# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1538123347 14400
# Node ID 046cbf29795a984871a227a7cc5c35176edbd3f1

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 0fe00966500158720fb63dc9b28f6a4ca0d1e1eb

diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400
@@ -0,0 +1,172 @@
+<macros>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">samtools</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.9</token>
+    <token name="@FLAGS@">#set $flags = sum(map(int, str($filter).split(',')))</token>
+    <token name="@PREPARE_IDX@"><![CDATA[
+        ##prepare input and indices 
+        ln -s '$input' infile &&
+        #if $input.is_of_type('bam'):
+            #if str( $input.metadata.bam_index ) != "None":
+                ln -s '${input.metadata.bam_index}' infile.bai &&
+            #else:
+                samtools index infile infile.bai &&
+            #end if
+        #elif $input.is_of_type('cram'):
+            #if str( $input.metadata.cram_index ) != "None":
+                ln -s '${input.metadata.cram_index}' infile.crai &&
+            #else:
+                samtools index infile infile.crai &&
+            #end if
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@PREPARE_IDX_MULTIPLE@"><![CDATA[
+        ##prepare input and indices 
+        #for $i, $bam in enumerate( $input_bams ):
+            ln -s '$bam' '${i}' &&
+            #if $bam.is_of_type('bam'):
+                #if str( $bam.metadata.bam_index ) != "None":
+                    ln -s '${bam.metadata.bam_index}' '${i}.bai' &&
+                #else:
+                    samtools index '${i}' '${i}.bai' &&
+                #end if
+            #elif $bam.is_of_type('cram'):
+                #if str( $bam.metadata.cram_index ) != "None":
+                    ln -s '${bam.metadata.cram_index}' '${i}.crai' &&
+                #else:
+                    samtools index '${i}' '${i}.crai' &&
+                #end if
+            #end if
+        #end for
+    ]]></token>
+    <token name="@PREPARE_FASTA_IDX@"><![CDATA[
+        ##checks for reference data ($addref_cond.addref_select=="history" or =="cached")
+        ##and sets the -t/-T parameters accordingly:
+        ##- in case of history a symbolic link is used because samtools (view) will generate
+        ##  the index which might not be possible in the directory containing the fasta file
+        ##- in case of cached the absolute path is used which allows to read the cram file
+        ##  without specifying the reference
+        #if $addref_cond.addref_select == "history":
+            ln -s '${addref_cond.ref}' reference.fa &&
+            samtools faidx reference.fa &&
+            #set reffa="reference.fa"
+            #set reffai="reference.fa.fai"
+        #elif $addref_cond.addref_select == "cached":
+            #set reffa=str($addref_cond.ref.fields.path)
+            #set reffai=str($addref_cond.ref.fields.path)+".fai"
+        #else
+            #set reffa=None
+            #set reffai=None
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@ADDTHREADS@"><![CDATA[
+        ##compute the number of ADDITIONAL threads to be used by samtools (-@)
+        addthreads=\${GALAXY_SLOTS:-1} && (( addthreads-- )) &&
+    ]]></token>
+    <token name="@ADDMEMORY@"><![CDATA[
+        ##compute the number of memory available to samtools sort (-m)
+        ##use only 75% of available: https://github.com/samtools/samtools/issues/831
+        addmemory=\${GALAXY_MEMORY_MB_PER_SLOT:-768} && 
+        ((addmemory=addmemory*75/100)) &&
+    ]]></token>
+    <xml name="seed_input">
+       <param name="seed" type="integer" optional="True" label="Seed for random number generator" help="If empty a random seed is used." /> 
+    </xml>
+    <xml name="flag_options">
+        <option value="1">read is paired</option>
+        <option value="2">read is mapped in a proper pair</option>
+        <option value="4">read is unmapped</option>
+        <option value="8">mate is unmapped</option>
+        <option value="16">read reverse strand</option>
+        <option value="32">mate reverse strand</option>
+        <option value="64">read is the first in a pair</option>
+        <option value="128">read is the second in a pair</option>
+        <option value="256">alignment or read is not primary</option>
+        <option value="512">read fails platform/vendor quality checks</option>
+        <option value="1024">read is a PCR or optical duplicate</option>
+        <option value="2048">supplementary alignment</option>
+    </xml>
+
+    <!-- region specification macros and tokens for tools that allow the specification 
+         of region by bed file / space separated list of regions -->
+    <token name="@REGIONS_FILE@"><![CDATA[
+        #if $cond_region.select_region == 'tab':
+            -t '$cond_region.targetregions'
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@REGIONS_MANUAL@"><![CDATA[
+        #if $cond_region.select_region == 'text':
+            #for $i, $x in enumerate($cond_region.regions_repeat):
+               '${x.region}'
+            #end for
+        #end if
+    ]]></token>
+    <xml name="regions_macro">
+        <conditional name="cond_region">
+            <param name="select_region" type="select" label="Filter by regions" help="restricts output to only those alignments which overlap the specified region(s)">
+                <option value="no" selected="True">No</option>
+                <option value="text">Manualy specify regions</option>
+                <option value="tab">Regions from tabular file</option>
+            </param>
+            <when value="no"/>
+            <when value="text">
+                <repeat name="regions_repeat" min="1" default="1" title="Regions">
+                    <param name="region" type="text" label="region" help="format chr:from-to">
+                        <validator type="regex" message="Required format: CHR[:FROM[-TO]]; where CHR: string containing any character except quotes, whitespace and colon; FROM and TO: any integer">^[^\s'\":]+(:\d+(-\d+){0,1}){0,1}$</validator>
+                    </param>
+                </repeat>
+            </when>
+            <when value="tab">
+                <param name="targetregions" argument="-t/--target-regions" type="data" format="tabular" label="Target regions file" help="Do stats in these regions only. Tab-delimited file chr,from,to (1-based, inclusive)" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SAM_def,
+                title={Definition of SAM/BAM format},
+                url = {https://samtools.github.io/hts-specs/},}
+            </citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp352</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr076</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr509</citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Danecek_et_al,
+                Author={Danecek, P., Schiffels, S., Durbin, R.},
+                title={Multiallelic calling model in bcftools (-m)},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/call-m.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Durbin_VCQC,
+                Author={Durbin, R.},
+                title={Segregation based metric for variant call QC},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/rd-SegBias.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Li_SamMath,
+                Author={Li, H.},
+                title={Mathematical Notes on SAMtools Algorithms},
+                url = {http://www.broadinstitute.org/gatk/media/docs/Samtools.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SamTools_github,
+                title={SAMTools GitHub page},
+                url = {https://github.com/samtools/samtools},}
+            </citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="version_command">
+        <version_command><![CDATA[samtools 2>&1 | grep Version]]></version_command>
+    </xml>
+    <xml name="stdio">
+        <stdio>
+            <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />
+        </stdio>
+    </xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a samtools_markdup.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samtools_markdup.xml	Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400
@@ -0,0 +1,80 @@
+<tool id="samtools_markdup" name="Samtools markdup" version="@TOOL_VERSION@">
+    <description>marks duplicate alignments</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <expand macro="stdio"/>
+    <expand macro="version_command"/>
+    <command><![CDATA[
+@ADDTHREADS@
+## coordinate sort input 
+#if not $bamfile.is_of_type('bam'):
+    samtools sort
+    -@ \$addthreads -m \${GALAXY_MEMORY_MB:-768}M -T sorttemp
+    -O sam
+    -o coordsort.sam
+    '$bamfile' &&
+#else:
+    ln -s '$bamfile' coordsort.sam &&
+#end if
+
+samtools markdup 
+
+-@ \$addthreads
+#if str($maxlen) != '':
+    -l $maxlen
+#end if 
+$remove 
+$stats 
+$supp
+coordsort.sam 
+'$output'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="bamfile" type="data" format="sam,bam,cram" optional="false" label="Alignment" />
+        <param name="remove" type="boolean" argument="-r" truevalue="-r" falsevalue="" label="Remove duplicate reads" />
+        <param name="maxlen" type="integer" optional="true" argument="-l" min="0" label="Expected maximum read length of INT bases. (default 300)"/>
+	<param name="stats" type="boolean" argument="-s" truevalue="-s" falsevalue="" label="Print basic statistics" />
+	<param name="supp" type="boolean" argument="-S" truevalue="-S" falsevalue="" label="Mark supplementary reads of duplicates as duplicates" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+	<!-- output bam, if input was name sorted then restore this sorting order -->
+	<data name="output" format="bam"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <!-- tests and data extracted from 
+	     https://github.com/samtools/samtools/blob/6d79411685d8f0fbb34e123f52d72b63271f4dcb/test/test.pl#L2616 
+             TODO the 1st 4 tests are negative, I do not know how to test for the error code 
+-->
+<!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/1_name_sort.expected.sam', err=>'1_name_sort.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/1_name_sort.sam -", expect_fail=>1);
+    test_cmd($opts, out=>'markdup/2_bad_order.expected.sam', err=>'2_bad_order.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/2_bad_order.sam -", expect_fail=>1);
+    test_cmd($opts, out=>'markdup/3_missing_mc.expected.sam', err=>'3_missing_mc.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/3_missing_mc.sam -", expect_fail=>1);
+    test_cmd($opts, out=>'markdup/4_missing_ms.expected.sam', err=>'4_missing_ms.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/4_missing_ms.sam -", expect_fail=>1);-->
+        <test>
+            <param name="bamfile" value="5_markdup.sam" />
+            <output name="output" file="5_markdup.expected.bam" />
+        </test>
+        <!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/5_markdup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/5_markdup.sam -");-->
+        <test>
+            <param name="bamfile" value="6_remove_dups.sam" />
+            <param name="remove" value="-r" />
+            <output name="output" file="6_remove_dups.expected.bam" />
+        </test>
+        <!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/6_remove_dups.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam -r $$opts{path}/markdup/6_remove_dups.sam -");-->
+        <test>
+            <param name="bamfile" value="7_mark_supp_dup.bam" />
+            <param name="supp" value="-S" />
+            <output name="output" file="7_mark_supp_dup.expected.bam" />
+        </test>
+        <!--
+        test_cmd($opts, out=>'markdup/7_mark_supp_dup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -S -O sam $$opts{path}/markdup/7_mark_supp_dup.sam -");-->
+    </tests>
+    <help>
+Mark duplicate alignments from a coordinate sorted file that has been run through fixmate with the -m option. This program relies on the MC and ms tags that fixmate provides. 
+
+Note: The Galaxy tool sorts the data automatically if the input is SAM or query name sorted. 
+The output is BAM (which is query name sorted again if the input is).
+    </help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a test-data/5_markdup.expected.bam
Binary file test-data/5_markdup.expected.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a test-data/5_markdup.expected.sam
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/5_markdup.expected.sam	Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400
@@ -0,0 +1,18 @@
+@HD	VN:1.4	SO:coordinate
+@SQ	SN:contig_000000000	LN:11391
+entry1	1187	contig_000000000	109	60	250M	=	137	278	GATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTCTTTATTTATTATCATTATTATTATTATTCTTATTATTGTTATATAAAAACATCGTAAACACAGTAAACGATAGTACTAATACTACTACTAATAAAGATAGATTTTTTTATATATATATATGTATGATCTTTTAACGTTACTTATTCAAATGCTATGTCATTTTGTAATATTTGTCATGGCAAGTATCAAACTGCTTCGGTTCTCATTGATTAG	1111>DD3DFFF3B333B3FBG3D3A33BG3D3F3333AFG3DF3D33B22D22222222D2B2A2ADE2AA2DAG222BD22D11//11//00B110ABB2FD1?>/>A2@2@2@F2@F21GB11FDDF21111111B2B11>/?1FB22>>>22>B2BG22B12B>F>11/0<0/2B2222B2@G11>22@22@G222201?1??1<?DF1FG1001<1>1F1=11>111>1-....000=0000=00	NM:i:18	AS:i:164	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:6744
+entry2	163	contig_000000000	109	60	250M	=	137	278	TATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATACAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCATGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAG	BBBBB5F5DFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHEHHGHHGHHFHHHHHGHHHHHFHHHD5A33FBGBFHGGGFGGEGGGBGGAEGAEHH5GD5FEGFD5GGFGHFHE4GHGGHHHHHHHDEEA?FGHHGHGHFBEFFHEGHH4GGHHCFFFHHFHHHHHHBFHG1FFBFF01BGHHHFCFF@1GHHBGGFHFF1?1?FBGGF11FD110FG.<FFGGH1FGH0DG00	NM:i:2	AS:i:240	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9279
+entry3	99	contig_000000000	116	60	250M	=	222	356	ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG	BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHGHHHHHGHHHHHHHHHFHHHGHHGHHHHGHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHIHHHIIHHHHHHHGHGHHHGHHHHGHHHGHHGHHHHGHHHHHHGHBFFHHHHHHHGHHHGHEHHHFFGGHHHHHHHEHHHFH=GHHHF	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9509
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