Mercurial > repos > iuc > semibin_generate_cannot_links
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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/semibin commit aa9bfb2fb62547ee8bac34f0de5b3beaa0bfd1a4"
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/generate_cannot_links.xml Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,138 @@ +<tool id="semibin_generate_cannot_links" name="SemiBin: Contig annotations" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="@PROFILE@"> + <description> + + </description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="biotools"/> + <expand macro="requirements"/> + <expand macro="version"/> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ +#import re +@FASTA_FILES@ +SemiBin + generate_cannot_links + --input-fasta 'contigs.fasta' + --output 'output' + --cannot-name 'cannot' +#if $mode.ref.select == "cached" + --reference-db-data-dir '$mode.ref.cached_db.fields.path' +#else + --taxonomy-annotation-table '$mode.ref.taxonomy_annotation_table' +#end if + @MIN_LEN@ +#if str($ml_threshold) != '' + --ml-threshold $ml_threshold +#end if + --cannot-name 'cannot' + --threads \${GALAXY_SLOTS:-1} + --processes \${GALAXY_SLOTS:-1} + ]]></command> + <inputs> + <conditional name="mode"> + <expand macro="mode_select"/> + <when value="single"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + <expand macro="ref-single"/> + </when> + <when value="co"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + <expand macro="ref-single"/> + </when> + <when value="multi"> + <expand macro="input-fasta-multi"/> + <expand macro="ref-multi"/> + </when> + </conditional> + <expand macro="min_len"/> + <expand macro="ml-threshold"/> + </inputs> + <outputs> + <expand macro="cannot_link_output"/> + </outputs> + <tests> + <test expect_num_outputs="1"> + <conditional name="mode"> + <param name="select" value="single"/> + <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_single.fasta"/> + <conditional name="ref"> + <param name="select" value="taxonomy"/> + <param name="taxonomy_annotation_table" value="taxonomy.tsv"/> + </conditional> + </conditional> + <conditional name="min_len"> + <param name="method" value="min-len"/> + <param name="min_len" value="0" /> + </conditional> + <param name="ml_threshold" value=""/> + <output name="cannot" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="g1k_0,g4k_0"/> + <has_text text="g2k_3,g4k_5"/> + <has_text text="g4k_6,g4k_5"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + <test expect_num_outputs="1"> + <conditional name="mode"> + <param name="select" value="single"/> + <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_single.fasta"/> + <conditional name="ref"> + <param name="select" value="taxonomy"/> + <param name="taxonomy_annotation_table" value="taxonomy.tsv"/> + </conditional> + </conditional> + <conditional name="min_len"> + <param name="method" value="min-len"/> + <param name="min_len" value="0" /> + </conditional> + <param name="ml_threshold" value=""/> + <output name="cannot" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="g1k_0,g4k_0"/> + <has_text text="g2k_3,g4k_5"/> + <has_text text="g4k_6,g4k_5"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + <test expect_num_outputs="1"> + <conditional name="mode"> + <param name="select" value="single"/> + <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_single.fasta"/> + <conditional name="ref"> + <param name="db_selector" value="cached"/> + <param name="cached_db" value="test-db"/> + </conditional> + </conditional> + <conditional name="min_len"> + <param name="method" value="min-len"/> + <param name="min_len" value="0" /> + </conditional> + <param name="ml_threshold" value=""/> + <output name="cannot" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="g1k_0,g2k_0"/> + <has_text text="g2k_9,g4k_1"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +@HELP_HEADER@ + +This tool runs the contig annotations using mmseqs with GTDB and generate cannot-link file used in the semi-supervised deep learning model training. + +Inputs +====== + +@HELP_INPUT_FASTA@ + +Outputs +======= + +@HELP_CANNOT@ + + ]]></help> + <expand macro="citations"/> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,351 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">1.1.1</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <token name="@PROFILE@">21.01</token> + <xml name="biotools"> + <xrefs> + <xref type="bio.tools">semibin</xref> + </xrefs> + </xml> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">semibin</requirement> + <yield/> + </requirements> + </xml> + <xml name="version"> + <version_command>SemiBin -v</version_command> + </xml> + <xml name="mode_fasta_bam"> + <conditional name="mode"> + <expand macro="mode_select"/> + <when value="single"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + <expand macro="input-bam-single"/> + </when> + <when value="co"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + <expand macro="input-bam-multi"/> + </when> + <when value="multi"> + <expand macro="input-fasta-multi"/> + <expand macro="input-bam-multi"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="mode_fasta"> + <conditional name="mode"> + <expand macro="mode_select"/> + <when value="single"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + </when> + <when value="co"> + <expand macro="input-fasta-single"/> + </when> + <when value="multi"> + <expand macro="input-fasta-multi"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="mode_select"> + <param name="select" type="select" label="Binning mode"> + <option value="single" selected="true">Single sample binning (each sample is assembled and binned independently)</option> + <option value="co">Co-assembly binning (samples are co-assembled together and binned together)</option> + <option value="multi">Multi-sample binning (multiple samples are assembled and binned individually, but information from multiple samples is used together)</option> + </param> + </xml> + <xml name="input-fasta-single"> + <param argument="--input-fasta" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Contig sequences"/> + </xml> + <xml name="input-fasta-multi"> + <conditional name="multi_fasta"> + <param name="select" type="select" label="Contig files of the samples"> + <option value="concatenated" selected="true">1 concatenated file (created using the dedicated tool) with all sample contigs </option> + <option value="multi">1 contig file per sample</option> + </param> + <when value="concatenated"> + <param argument="--input-fasta" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Combined contig sequences"/> + <expand macro="separator"/> + </when> + <when value="multi"> + <param argument="--input-fasta" type="data" multiple="true" format="fasta,fasta.gz" label="Contig sequences"/> + <expand macro="concat_min_len"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="concat_min_len"> + <param name="min_len" type="integer" min="0" value="0" label="Minimal length for contigs to be kept"/> + </xml> + <token name="@SINGLE_FASTA_FILES@"><![CDATA[ +#if $input_fasta.ext.endswith(".gz") +gunzip -c '$input_fasta' > 'contigs.fasta' && +#else +ln -s '$input_fasta' 'contigs.fasta' && +#end if + ]]></token> + <token name="@FASTA_FILES@"><![CDATA[ +#if $mode.select == 'single' or $mode.select == 'co' + #if $mode.input_fasta.ext.endswith(".gz") +gunzip -c '$mode.input_fasta' > 'contigs.fasta' && + #else +ln -s '$mode.input_fasta' 'contigs.fasta' && + #end if +#else + #if $mode.multi_fasta.select == 'concatenated' + #if $mode.multi_fasta.input_fasta.ext.endswith(".gz") +gunzip -c '$mode.multi_fasta.input_fasta' > 'contigs.fasta' && + #else +ln -s '$mode.multi_fasta.input_fasta' 'contigs.fasta' && + #end if +#set $separator = $mode.multi_fasta.separator + #else + #for $e in $mode.multi_fasta.input_fasta + #set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($e.element_identifier)) + #if $e.ext.endswith(".gz") +gunzip -c '$e' > '${identifier}.fasta' && + #else +ln -s '$e' '${identifier}.fasta' && + #end if + #end for +#set $separator = ':' +SemiBin concatenate_fasta + --input-fasta *.fasta + --output 'output' + --separator '$separator' + -m $mode.multi_fasta.min_len +&& +ln -s 'output/concatenated.fa' 'contigs.fasta' && + #end if +#end if + ]]></token> + <xml name="separator"> + <param argument="--separator" type="text" value=":" label="Separator in the contig file between sample name and contig name"/> + </xml> + <xml name="input-bam-single"> + <param argument="--input-bam" type="data" format="bam" label="Read mapping to the contigs" help="Sorted BAM files"/> + </xml> + <xml name="input-bam-multi"> + <param argument="--input-bam" type="data" format="bam" multiple="true" label="Read mapping to the contigs" help="One file per sample, sorted BAM files"/> + </xml> + <token name="@BAM_FILES@"><![CDATA[ +#if $mode.select == 'single' +#set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($input_bam.element_identifier)) +ln -s '$input_bam' '${identifier}.bam' && +#else + #for $e in $input_bam + #set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($e.element_identifier)) +ln -s '$e' '${identifier}.bam' && + #end for +#end if + ]]></token> + <xml name="ref_select"> + <param name="select" type="select" label="Reference database"> + <option value="cached" selected="true">Cached database</option> + <option value="taxonomy">Pre-computed taxonomy</option> + </param> + </xml> + <xml name="cached_db"> + <param name="cached_db" label="Cached databases" type="select"> + <options from_data_table="gtdb"> + <validator message="No GTDB database is available" type="no_options" /> + </options> + </param> + </xml> + <xml name="ref-single"> + <conditional name="ref"> + <expand macro="ref_select"/> + <when value="cached"> + <expand macro="cached_db"/> + </when> + <when value="taxonomy"> + <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="ref-multi"> + <conditional name="ref"> + <expand macro="ref_select"/> + <when value="cached"> + <expand macro="cached_db"/> + </when> + <when value="taxonomy"> + <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" multiple="true" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file" help="One per bin file"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="ref_single"> + <conditional name="ref"> + <expand macro="ref_select"/> + <when value="cached"> + <expand macro="cached_db"/> + </when> + <when value="taxonomy"> + <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="min_len"> + <conditional name="min_len"> + <param name="method" type="select" label="Method to set up the minimal length for contigs in binning"> + <option value="automatic">Automatic</option> + <option value="min-len">Manual</option> + <option value="ratio">Computation based on ratio of the number of base pairs</option> + </param> + <when value="automatic"/> + <when value="min-len"> + <param argument="--min-len" type="integer" min="0" value="0" label="Minimal length for contigs in binning"/> + </when> + <when value="ratio"> + <param argument="--ratio" type="float" min="0" max="1" value="0.05" label="Ratio of the number of base pairs of contigs between 1000-2500 bp below which the minimal length will be set as 1000bp, otherwise 2500bp."/> + </when> + </conditional> + </xml> + <token name="@MIN_LEN@"><![CDATA[ +#if $min_len.method == 'min-len' + --min-len $min_len.min_len +#else if $min_len.method == 'ratio' + --ratio $min_len.ratio +#end if + ]]></token> + <xml name="random-seed"> + <param argument="--random-seed" type="integer" min="0" value="0" label="Random seed to reproduce result"/> + </xml> + <xml name="ml-threshold"> + <param argument="--ml-threshold" type="integer" min="0" value="" optional="true" label="Length threshold for generating must-link constraints" help="If no value is given, the threshold is calculated from the contig, and the default minimum value is 4,000 bp."/> + </xml> + <xml name="epoches"> + <param argument="--epoches" type="integer" min="0" value="20" label="Number of epoches used in the training process"/> + </xml> + <xml name="batch-size"> + <param argument="--batch-size" type="integer" min="0" value="2048" label="Batch size used in the training process"/> + </xml> + <xml name="orf-finder"> + <param argument="--orf-finder" type="select" label="ORF finder used to estimate the number of bins"> + <option value="prodigal" selected="true">Prodigal</option> + <option value="fraggenescan">Fraggenescan</option> + </param> + </xml> + <xml name="max-node"> + <param argument="--max-node" type="float" min="0" max="1" value="1" label="Fraction of contigs that considered to be binned"/> + </xml> + <xml name="max-edges"> + <param argument="--max-edges" type="integer" min="0" value="200" label="Maximum number of edges that can be connected to one contig"/> + </xml> + <xml name="environment"> + <param argument="--environment" type="select" optional="true" label="Environment for the built-in model"> + <option value="" selected="true">None</option> + <option value="human_gut">Human gut</option> + <option value="dog_gut">Dog gut</option> + <option value="ocean">Ocean</option> + <option value="soil">Soil</option> + <option value="cat_gut">Cat gut</option> + <option value="human_oral">Human oral</option> + <option value="mouse_gut">Mouse gut</option> + <option value="pig_gut">Pig gut</option> + <option value="built_environment">Built environment</option> + <option value="wastewater">Wastewater</option> + <option value="global">Global</option> + </param> + </xml> + <xml name="minfasta-kbs"> + <param argument="--minfasta-kbs" type="integer" min="0" value="200" label="Miminimum bin size in Kbps"/> + </xml> + <xml name="no-recluster"> + <param argument="--no-recluster" type="boolean" truevalue="--no-recluster" falsevalue="" checked="false" label="Do not recluster bins?"/> + </xml> + <xml name="data"> + <param argument="--data" type="data" format="csv" label="Train data"/> + </xml> + <xml name="data_output_single"> + <data name="single_data" format="csv" from_work_dir="output/data.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Training data"> + <filter>mode["select"]=="single" or mode["select"]=="co"</filter> + </data> + <data name="single_data_split" format="csv" from_work_dir="output/data_split.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Split training data"> + <filter>mode["select"]=="single" or mode["select"]=="co"</filter> + </data> + </xml> + <xml name="data_output_multi"> + <collection name="multi_data" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Training data per sample"> + <filter>mode["select"]=="multi"</filter> + <discover_datasets pattern="(?P<designation>.*)\/data.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/> + </collection> + <collection name="multi_data_split" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Split training data per sample"> + <filter>mode["select"]=="multi"</filter> + <discover_datasets pattern="(?P<designation>.*)\/data_split.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/> + </collection> + </xml> + <xml name="generate_sequence_features_extra_outputs"> + <data name="single_cov" format="csv" from_work_dir="output/*_data_cov.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage"> + <filter>mode["select"]=="single" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + </data> + <data name="single_split_cov" format="csv" from_work_dir="output/*_data_split_cov.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data)"> + <filter>mode["select"]=="single" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + </data> + <collection name="co_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage"> + <filter>mode["select"]=="co" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P<designation>.*)_data_cov\.csv" format="csv" directory="output/" /> + </collection> + <collection name="co_split_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample"> + <filter>mode["select"]=="co" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P<designation>.*)_data_split_cov\.csv" format="csv" directory="output/" /> + </collection> + <collection name="multi_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage"> + <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P<designation>.*)_data_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" /> + </collection> + <collection name="multi_cov_sample" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage per sample"> + <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern="(?P<designation>.*)\/data_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/> + </collection> + <collection name="multi_split_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample"> + <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P<designation>.*)_data_split_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" /> + </collection> + <collection name="multi_split_cov_sample" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample"> + <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern="(?P<designation>.*)\/data_split_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/> + </collection> + <collection name="multi_contigs" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs"> + <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "contigs" in extra_output</filter> + <discover_datasets pattern="(?P<designation>.*).fa" format="fasta" directory="output/samples/" /> + </collection> + </xml> + <xml name="train_output"> + <data name="model" format="h5" from_work_dir="output/model.h5" label="${tool.name} on ${on_string}: Semi-supervised deep learning model" /> + </xml> + <xml name="cannot_link_output"> + <data name="cannot" format="txt" from_work_dir="output/cannot/cannot.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Cannot-link constraints" /> + </xml> + <token name="@HELP_HEADER@"><![CDATA[ +What it does +============ + +SemiBin is a Semi-supervised siamese neural network for metagenomic binning + +]]></token> + <token name="@HELP_INPUT_FASTA@"><![CDATA[ +- Contigs in fasta for 1 or several samples from single or co-assembly +]]></token> + <token name="@HELP_INPUT_BAM@"><![CDATA[ +- BAM with reads mapping to the contigs +]]></token> + <token name="@HELP_CANNOT@"><![CDATA[ +- Cannot-link constraints +]]></token> + <token name="@HELP_DATA@"><![CDATA[ +- Training data and split training data for the model +]]></token> + <token name="@HELP_MODEL@"><![CDATA[ +- Semi-supervised deep learning model +]]></token> + <token name="@HELP_BINS@"><![CDATA[ +- Reconstructed bins after reclustering +- Reconstructed bins before reclustering +]]></token> + <xml name="citations"> + <citations> + <citation type="doi">10.1038/s41467-022-29843-y</citation> + </citations> + </xml> +</macros> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/S1.fasta Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,13400 @@ +>g1k_0 +ATGGCTAATAATTATCAAACTTTATATGATTCAGCAATAAAAAGGATTCCATACGATCTT +ATTTCTGATCAAGCTTATGCAATTCTACAAAATGCTAAAACTCATAAAGTTTGCGATGGT +GTTTTATATATAATTGTAGCCAATGCCTTTGAAAAAAGTATTATTAACGGTAATTTTATT +AACATTATTTCTAAATATCTAAGCGAAGAATTCAAAAAGGAAAATATTGTTAATTTTGAA +TTTATTATAGACAATGAAAAATTATTAATTAATAGCAATTTTTTAATTAAAGAAACTAAT +ATTAAAAATCGTTTTAATTTTAGTGATGAACTTTTACGTTACAATTTTAACAATTTAGTA +ATTAGTAATTTTAATCAAAAAGCGATTAAGGCGATTGAAAATTTATTTTCAAATAACTAT +GATAATAGTTCAATGTGTAACCCTTTATTTTTATTTGGTAAAGTTGGTGTTGGTAAAACG +CATATCGTGGCTGCTGCTGGTAATCGTTTTGCTAATAGTAATCCTAATTTAAAAATTTAT +TATTATGAAGGGCAAGATTTTTTTCGAAAGTTTTGTTCTGCTTCGTTAAAAGGGACTAGT +TATGTTGAAGAGTTTAAAAAAGAAATTGCTTCAGCAGATTTATTAATTTTTGAAGATATT +CAAAATATCCAATCACGTGATTCAACGGCTGAATTGTTTTTTAATATCTTTAATGATATA +AAATTAAATGGTGGAAAAATTATCTTAACATCTGACCGTACACCAAACGAACTTAATGGT +TTTCATAATCGAATTATTTCGAGATTAGCGTCAGGTTTGCAGTGTAAAATTTCTCAACCC 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| scientific name | +168 | Xanthomonas citri | - | scientific name | +169 | Pasteurella | - | scientific name | +170 | Pasteurella multocida | - | scientific name | +171 | Enterococcus B faecium B | - | scientific name | +172 | Lacticaseibacillus | - | scientific name | +173 | Lacticaseibacillus paracasei | - | scientific name | +174 | Lacticaseibacillus rhamnosus | - | scientific name | +175 | Bacillus A thuringiensis S | - | scientific name | +176 | Yersinia enterocolitica | - | scientific name | +177 | Agrobacterium sp000192635 | - | scientific name | +178 | Vibrio vulnificus | - | scientific name | +179 | Bacillus A paranthracis | - | scientific name | +180 | Verrucomicrobiota A | - | scientific name | +181 | Chlamydiia | - | scientific name | +182 | Chlamydiales | - | scientific name | +183 | Chlamydiaceae | - | scientific name | +184 | Chlamydia | - | scientific name | +185 | Chlamydia trachomatis | - | scientific name | +186 | Citrobacter | - | scientific name | +187 | Citrobacter freundii | - | scientific name | +188 | Klebsiella A | - | scientific name | +189 | Klebsiella A michiganensis | - | scientific name | +190 | Clostridiales | - | scientific name | +191 | Clostridiaceae | - | scientific name | +192 | Clostridium F | - | scientific name | +193 | Clostridium F botulinum | - | scientific name | +194 | Stenotrophomonas | - | scientific name | +195 | Stenotrophomonas maltophilia | - | scientific name | +196 | Bacillus A cereus | - | scientific name | +197 | Proteus | - | scientific name | +198 | Proteus mirabilis | - | scientific name | +199 | Clostridium P | - | scientific name | +200 | Clostridium P perfringens | - | scientific name | +201 | Lactococcus | - | scientific name | +202 | Lactococcus lactis | - | scientific name | +203 | Acinetobacter nosocomialis | - | scientific name | +204 | Bacteroidota | - | scientific name | +205 | Bacteroidia | - | scientific name | +206 | Bacteroidales | - | scientific name | +207 | Bacteroidaceae | - | scientific name | +208 | Bacteroides | - | scientific name | +209 | Bacteroides fragilis | - | scientific name | +210 | Staphylococcus argenteus | - | scientific name | +211 | Rhizobium | - | scientific name | +212 | Rhizobium leguminosarum C | - | scientific name | +213 | Burkholderia cepacia | - | scientific name | +214 | Klebsiella A grimontii | - | scientific name | +215 | Pseudomonas A | - | scientific name | +216 | Pseudomonas A stutzeri | - | scientific name | +217 | Mannheimia | - | scientific name | +218 | Mannheimia haemolytica | - | scientific name | +219 | Flavobacteriales | - | scientific name | +220 | Flavobacteriaceae | - | scientific name | +221 | Flavobacterium | - | scientific name | +222 | Flavobacterium psychrophilum | - | scientific name | +223 | Streptococcus suis P | - | scientific name | +224 | Limosilactobacillus | - | scientific name | +225 | Limosilactobacillus reuteri | - | scientific name | +226 | Bacillus A pseudomycoides | - | scientific name | +227 | Bacillaceae H | - | scientific name | +228 | Bacillus C | - | scientific name | +229 | Bacillus C megaterium | - | scientific name | +230 | Enterobacter roggenkampii | - | scientific name | +231 | Moraxella | - | scientific name | +232 | Moraxella catarrhalis | - | scientific name | +233 | Burkholderia stagnalis | - | scientific name | +234 | Corynebacterium pseudotuberculosis | - | scientific name | +235 | Bacteroides uniformis | - | scientific name | +236 | Bifidobacterium breve | - | scientific name | +237 | Phocaeicola | - | scientific name | +238 | Phocaeicola vulgatus | - | scientific name | +239 | Klebsiella A oxytoca | - | scientific name | +240 | Spirochaetia | - | scientific name | +241 | Borreliales | - | scientific name | +242 | Borreliaceae | - | scientific name | +243 | Borreliella | - | scientific name | +244 | Borreliella burgdorferi | - | scientific name | +245 | Lactobacillus | - | scientific name | +246 | Lactobacillus crispatus | - | scientific name | +247 | Staphylococcus hominis | - | scientific name | +248 | Staphylococcus chromogenes | - | scientific name | +249 | Xanthomonas phaseoli | - | scientific name | +250 | Aeromonadaceae | - | scientific name | +251 | Aeromonas | - | scientific name | +252 | Aeromonas veronii | - | scientific name | +253 | Streptococcus iniae | - | scientific name | +254 | Enterobacter kobei | - | scientific name | +255 | Bacillus licheniformis | - | scientific name | +256 | Vibrio anguillarum | - | scientific name | +257 | Mycoplasmatales | - | scientific name | +258 | Mycoplasmoidaceae | - | scientific name | +259 | Mycoplasmoides | - | scientific name | +260 | Mycoplasmoides pneumoniae | - | scientific name | +261 | Vibrio lentus | - | scientific name | +262 | Ligilactobacillus | - | scientific name | +263 | Ligilactobacillus salivarius | - | scientific name | +264 | Enterobacter cloacae | - | scientific name | +265 | Staphylococcus saprophyticus | - | scientific name | +266 | Bacillus A tropicus | - | scientific name | +267 | Vibrio splendidus | - | scientific name | +268 | Salmonella diarizonae | - | scientific name | +269 | Pseudomonas E syringae | - | scientific name | +270 | Staphylococcus capitis | - | scientific name | +271 | Vibrio crassostreae | - | scientific name | +272 | Tannerellaceae | - | scientific name | +273 | Parabacteroides | - | scientific name | +274 | Parabacteroides distasonis | - | scientific name | +275 | Xanthomonas vasicola | - | scientific name | +276 | Vibrio cyclitrophicus | - | scientific name | +277 | Bifidobacterium animalis | - | scientific name | +278 | Aeromonas hydrophila | - | scientific name | +279 | Listeria monocytogenes C | - | scientific name | +280 | Bifidobacterium bifidum | - | scientific name | +281 | Staphylococcus simulans | - | scientific name | +282 | Xanthomonas arboricola | - | scientific name | +283 | Pseudomonas E tremae | - | scientific name | +284 | Metamycoplasmataceae | - | scientific name | +285 | Mycoplasmopsis | - | scientific name | +286 | Mycoplasmopsis bovis | - | scientific name | +287 | Treponematales | - | scientific name | +288 | Treponemataceae | - | scientific name | +289 | Treponema | - | scientific name | +290 | Treponema pallidum | - | scientific name | +291 | Escherichia albertii | - | scientific name | +292 | Bacillus A nitratireducens | - | scientific name | +293 | Sphingomonadales | - | scientific name | +294 | Sphingomonadaceae | - | scientific name | +295 | Sphingomonas | - | scientific name | +296 | Sphingomonas koreensis | - | scientific name | +297 | Xylella | - | scientific name | +298 | Xylella fastidiosa | - | scientific name | +299 | Bifidobacterium pseudocatenulatum | - | scientific name | +300 | Verrucomicrobiota | - | scientific name | +301 | Verrucomicrobiae | - | scientific name | +302 | Verrucomicrobiales | - | scientific name | +303 | Akkermansiaceae | - | scientific name | +304 | Akkermansia | - | scientific name | +305 | Akkermansia muciniphila | - | scientific name | +306 | Leclercia | - | scientific name | +307 | Leclercia adecarboxylata | - | scientific name | +308 | Bacillus A mycoides | - | scientific name | +309 | Coxiellales | - | scientific name | +310 | Coxiellaceae | - | scientific name | +311 | Coxiella | - | scientific name | +312 | Coxiella burnetii | - | scientific name | +313 | Rickettsiales | - | scientific name | +314 | Rickettsiaceae | - | scientific name | +315 | Rickettsia | - | scientific name | +316 | Rickettsia rickettsii | - | scientific name | +317 | Lactobacillus delbrueckii | - | scientific name | +318 | Leuconostoc | - | scientific name | +319 | Leuconostoc mesenteroides | - | scientific name | +320 | Agrobacterium pusense | - | scientific name | +321 | Serratia nematodiphila | - | scientific name | +322 | Acinetobacter radioresistens | - | scientific name | +323 | Weeksellaceae | - | scientific name | +324 | Elizabethkingia | - | scientific name | +325 | Elizabethkingia anophelis | - | scientific name | +326 | Pseudomonas E hunanensis | - | scientific name | +327 | Porphyromonadaceae | - | scientific name | +328 | Porphyromonas | - | scientific name | +329 | Porphyromonas gingivalis | - | scientific name | +330 | Streptomycetales | - | scientific name | +331 | Streptomycetaceae | - | scientific name | +332 | Streptomyces | - | scientific name | +333 | Streptomyces albidoflavus | - | scientific name | +334 | Bifidobacterium globosum | - | scientific name | +335 | Bacteroides ovatus | - | scientific name | +336 | Bacillus altitudinis | - | scientific name | +337 | Levilactobacillus | - | scientific name | +338 | Levilactobacillus brevis | - | scientific name | +339 | Haemophilus influenzae D | - | scientific name | +340 | Yersinia ruckeri | - | scientific name | +341 | Citrobacter braakii | - | scientific name | +342 | Chlamydophila | - | scientific name | +343 | Chlamydophila psittaci | - | scientific name | +344 | Limosilactobacillus fermentum | - | scientific name | +345 | Campylobacter D coli A | - | scientific name | +346 | Salmonella arizonae | - | scientific name | +347 | Aeromonas salmonicida | - | scientific name | +348 | Mesorhizobium | - | scientific name | +349 | Mesorhizobium sp002294985 | - | scientific name | +350 | Raoultella | - | scientific name | +351 | Raoultella ornithinolytica | - | scientific name | +352 | Mycobacterium chelonae | - | scientific name | +353 | Enterobacter cloacae M | - | scientific name | +354 | Mesorhizobium wenxiniae | - | scientific name | +355 | Cyanobacteria | - | scientific name | +356 | Cyanobacteriia | - | scientific name | +357 | PCC-6307 | - | scientific name | +358 | Cyanobiaceae | - | scientific name | +359 | Prochlorococcus A | - | scientific name | +360 | Prochlorococcus A sp000635495 | - | scientific name | +361 | Enterococcus B hirae | - | scientific name | +362 | Pantoea | - | scientific name | +363 | Pantoea ananatis | - | scientific name | +364 | Xanthomonas fragariae | - | scientific name | +365 | Xanthomonas campestris | - | scientific name | +366 | Lactobacillus helveticus | - | scientific name | +367 | Micrococcaceae | - | scientific name | +368 | Micrococcus | - | scientific name | +369 | Micrococcus luteus | - | scientific name | +370 | Streptococcus thermophilus | - | scientific name | +371 | Streptococcus dysgalactiae | - | scientific name | +372 | Staphylococcus lugdunensis | - | scientific name | +373 | Pseudomonas E syringae M | - | scientific name | +374 | Mesorhizobium muleiense | - | scientific name | +375 | Pseudomonas E chlororaphis F | - | scientific name | +376 | Vibrio breoganii | - | scientific name | +377 | Chromatiales | - | scientific name | +378 | Sedimenticolaceae | - | scientific name | +379 | GCF-000787395 | - | scientific name | +380 | GCF-000787395 sp000787395 | - | scientific name | +381 | Ralstonia | - | scientific name | +382 | Ralstonia solanacearum | - | scientific name | +383 | Stenotrophomonas maltophilia AK | - | scientific name | +384 | Streptococcus gordonii | - | scientific name | +385 | Staphylococcus A | - | scientific name | +386 | Staphylococcus A sciuri | - | scientific name | +387 | Bifidobacterium adolescentis | - | scientific name | +388 | Streptococcus suis W | - | scientific name | +389 | Chlamydophila abortus | - | scientific name | +390 | Rhizobium leguminosarum | - | scientific name | +391 | Aeromonas caviae | - | scientific name | +392 | Lactococcus lactis E | - | scientific name | +393 | Burkholderia vietnamiensis | - | scientific name | +394 | Microbacteriaceae | - | scientific name | +395 | Rathayibacter | - | scientific name | +396 | Rathayibacter sp002930885 | - | scientific name | +397 | Achromobacter | - | scientific name | +398 | Achromobacter xylosoxidans | - | scientific name | +399 | Salmonella houtenae | - | scientific name | +400 | Rhodobacterales | - | scientific name | +401 | Rhodobacteraceae | - | scientific name | +402 | Epibacterium | - | scientific name | +403 | Epibacterium mobile | - | scientific name | +404 | Morganella | - | scientific name | +405 | Morganella morganii | - | scientific name | +406 | Pseudomonas E sp002966775 | - | scientific name | +407 | Lachnospirales | - | scientific name | +408 | Lachnospiraceae | - | scientific name | +409 | Agathobacter | - | scientific name | +410 | Agathobacter rectalis | - | scientific name | +411 | Streptococcus salivarius | - | scientific name | +412 | Bacillus safensis | - | scientific name | +413 | Streptococcus sobrinus | - | scientific name | +414 | Streptococcus sanguinis | - | scientific name | +415 | Streptococcus pseudopneumoniae | - | scientific name | +416 | Macrococcus B | - | scientific name | +417 | Macrococcus B caseolyticus | - | scientific name | +418 | Ralstonia pseudosolanacearum | - | scientific name | +419 | Paeniclostridium | - | scientific name | +420 | Paeniclostridium sordellii | - | scientific name | +421 | Escherichia marmotae | - | scientific name | +422 | Mycobacterium intracellulare | - | scientific name | +423 | Enterococcus D | - | scientific name | +424 | Enterococcus D casseliflavus | - | scientific name | +425 | Pseudomonas A stutzeri AG | - | scientific name | +426 | Pseudomonas E protegens | - | scientific name | +427 | Pectobacterium | - | scientific name | +428 | Pectobacterium carotovorum | - | scientific name | +429 | Vibrio alginolyticus | - 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| scientific name | +470 | Clostridium G | - | scientific name | +471 | Clostridium G tetani | - | scientific name | +472 | Leptospira santarosai | - | scientific name | +473 | Alcanivoracaceae | - | scientific name | +474 | Alcanivorax | - | scientific name | +475 | Alcanivorax sp002354605 | - | scientific name | +476 | PS1 | - | scientific name | +477 | Thioglobaceae | - | scientific name | +478 | UBA2013 | - | scientific name | +479 | UBA2013 sp003489145 | - | scientific name | +480 | Rhizobium sp900469175 | - | scientific name | +481 | Rhodococcus | - | scientific name | +482 | Rhodococcus hoagii | - | scientific name | +483 | Alteromonadaceae | - | scientific name | +484 | Alteromonas | - | scientific name | +485 | Alteromonas macleodii | - | scientific name | +486 | Propionibacterium | - | scientific name | +487 | Propionibacterium freudenreichii | - | scientific name | +488 | Phocaeicola dorei | - | scientific name | +489 | Burkholderia cenocepacia B | - | scientific name | +490 | Rhizobium leguminosarum L | - 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| scientific name | +530 | Hyphomonas sp000682775 | - | scientific name | +531 | Escherichia sp005843885 | - | scientific name | +532 | Mycobacterium marinum | - | scientific name | +533 | Burkholderia contaminans | - | scientific name | +534 | Cronobacter dublinensis | - | scientific name | +535 | Enterobacter sesami | - | scientific name | +536 | Neisseria lactamica | - | scientific name | +537 | Mesorhizobium ciceri | - | scientific name | +538 | Helicobacter pylori A | - | scientific name | +539 | Staphylococcus xylosus | - | scientific name | +540 | Bacillus paralicheniformis | - | scientific name | +541 | Campylobacter hyointestinalis | - | scientific name | +542 | Riemerella | - | scientific name | +543 | Riemerella anatipestifer | - | scientific name | +544 | Oscillospirales | - | scientific name | +545 | Ruminococcaceae | - | scientific name | +546 | Ruminococcus D | - | scientific name | +547 | Ruminococcus D bicirculans | - | scientific name | +548 | Leptospira kirschneri | - | scientific name | +549 | Cyanobacteriales | - | scientific name | +550 | Microcystaceae | - | scientific name | +551 | Microcystis | - | scientific name | +552 | Microcystis panniformis | - | scientific name | +553 | Helicobacter C | - | scientific name | +554 | Helicobacter C cinaedi | - | scientific name | +555 | Rhodococcus fascians | - | scientific name | +556 | Pectobacterium brasiliense | - | scientific name | +557 | Rhizobium leguminosarum E | - | scientific name | +558 | Acinetobacter junii | - | scientific name | +559 | Acinetobacter indicus | - | scientific name | +560 | Bordetella holmesii | - | scientific name | +561 | Raoultella planticola | - | scientific name | +562 | Snodgrassella | - | scientific name | +563 | Snodgrassella alvi | - | scientific name | +564 | Streptococcus oralis | - | scientific name | +565 | Prevotella | - | scientific name | +566 | Prevotella intermedia | - | scientific name | +567 | Vibrio harveyi | - | scientific name | +568 | Burkholderia territorii | - | scientific name | +569 | Aeromonas dhakensis | - | scientific name | +570 | Vibrio campbellii | - | scientific name | +571 | Clostridium | - | scientific name | +572 | Clostridium butyricum | - | scientific name | +573 | Citrobacter portucalensis | - | scientific name | +574 | Coriobacteriia | - | scientific name | +575 | Coriobacteriales | - | scientific name | +576 | Eggerthellaceae | - | scientific name | +577 | Eggerthella | - | scientific name | +578 | Eggerthella lenta | - | scientific name | +579 | Acinetobacter ursingii | - | scientific name | +580 | Chlamydia suis | - | scientific name | +581 | Acutalibacteraceae | - | scientific name | +582 | Ruminococcus E | - | scientific name | +583 | Ruminococcus E bromii B | - | scientific name | +584 | Campylobacter A | - | scientific name | +585 | Campylobacter A concisus T | - | scientific name | +586 | Mycobacterium kansasii | - | scientific name | +587 | Bacillus atrophaeus | - | scientific name | +588 | Ochrobactrum | - | scientific name | +589 | Ochrobactrum intermedium | - | scientific name | +590 | Bacteroides stercoris | - | scientific name | +591 | Mesorhizobium sp003996995 | - | scientific name | +592 | Pseudomonas E fulva | - | scientific name | +593 | Actinobacillus | - | scientific name | +594 | Actinobacillus lignieresii | - | scientific name | +595 | Coriobacteriaceae | - | scientific name | +596 | Collinsella | - | scientific name | +597 | Collinsella sp002232035 | - | scientific name | +598 | Paenibacillales | - | scientific name | +599 | Paenibacillaceae | - | scientific name | +600 | Paenibacillus | - | scientific name | +601 | Paenibacillus odorifer | - | scientific name | +602 | Nostocaceae | - | scientific name | +603 | Fischerella | - | scientific name | +604 | Fischerella thermalis | - | scientific name | +605 | Kingella | - | scientific name | +606 | Kingella kingae | - | scientific name | +607 | Haemophilus B | - | scientific name | +608 | Haemophilus B ducreyi | - | scientific name | +609 | Streptococcus anginosus C | - | scientific name | +610 | Aliivibrio | - | scientific name | +611 | Aliivibrio fischeri | - | scientific name | +612 | Stenotrophomonas maltophilia F | - | scientific name | +613 | Enterococcus D gallinarum | - | scientific name | +614 | Acinetobacter johnsonii | - | scientific name | +615 | Empedobacter | - | scientific name | +616 | Empedobacter falsenii | - | scientific name | +617 | Dorea | - | scientific name | +618 | Dorea formicigenerans | - | scientific name | +619 | Parabacteroides merdae | - | scientific name | +620 | Curtobacterium | - | scientific name | +621 | Curtobacterium flaccumfaciens | - | scientific name | +622 | Stenotrophomonas maltophilia A | - | scientific name | +623 | Pseudomonas E mandelii | - | scientific name | +624 | Fusicatenibacter | - | scientific name | +625 | Fusicatenibacter saccharivorans | - | scientific name | +626 | Streptococcus equinus | - | scientific name | +627 | Campylobacter A concisus C | - | scientific name | +628 | Staphylococcus cohnii | - | scientific name | +629 | Blautia A | - | scientific name | +630 | Blautia A obeum | - | scientific name | +631 | Serratia marcescens | - | scientific name | +632 | Prochlorococcus A pastoris | - | scientific name | +633 | Methylophilaceae | - | scientific name | +634 | Methylopumilus | - | scientific name | +635 | Methylopumilus universalis | - | scientific name | +636 | Pseudomonas E monteilii | - | scientific name | +637 | Streptococcus parasanguinis B | - | scientific name | +638 | Carnobacteriaceae | - | scientific name | +639 | Carnobacterium | - | scientific name | +640 | Carnobacterium maltaromaticum | - | scientific name | +641 | Phyllobacterium | - | scientific name | +642 | Phyllobacterium sp900472835 | - | scientific name | +643 | Staphylococcus felis | - | scientific name | +644 | Corynebacterium striatum | - | scientific name | +645 | Rhizobium alamii | - | scientific name | +646 | Stenotrophomonas geniculata | - | scientific name | +647 | Bacteroides xylanisolvens | - | scientific name | +648 | Acidimicrobiia | - | scientific name | +649 | Acidimicrobiales | - | scientific name | +650 | RAAP-2 | - | scientific name | +651 | RAAP-2 | - | scientific name | +652 | RAAP-2 sp003138815 | - | scientific name | +653 | Chlamydia muridarum | - | scientific name | +654 | Sharpea | - | scientific name | +655 | Sharpea azabuensis | - | scientific name | +656 | Alteromonas australica | - | scientific name | +657 | Pseudomonas A kunmingensis | - | scientific name | +658 | Bifidobacterium infantis | - | scientific name | +659 | Agrobacterium sp900473305 | - | scientific name | +660 | Piscirickettsiales | - | scientific name | +661 | Piscirickettsiaceae | - | scientific name | +662 | Piscirickettsia | - | scientific name | +663 | Piscirickettsia salmonis | - | scientific name | +664 | Pseudoalteromonas | - | scientific name | +665 | Pseudoalteromonas agarivorans | - | scientific name | +666 | Haemophilus haemolyticus | - | scientific name | +667 | Photobacterium angustum | - | scientific name | +668 | Prevotella copri | - | scientific name | +669 | Leuconostoc pseudomesenteroides | - | scientific name | +670 | Rhodococcus erythropolis | - | scientific name | +671 | Lonsdalea | - | scientific name | +672 | Lonsdalea populi | - | scientific name | +673 | Clostridium J | - | scientific name | +674 | Clostridium J sulfidigenes | - | scientific name | +675 | Bacillus marinus | - | scientific name | +676 | Bog-793 | - | scientific name | +677 | Fen-455 | - | scientific name | +678 | Fen-455 sp003140595 | - | scientific name | +679 | Anaplasmataceae | - | scientific name | +680 | Wolbachia | - | scientific name | +681 | Wolbachia sp000008025 | - | scientific name | +682 | Enterococcus D sp002850555 | - | scientific name | +683 | Bifidobacterium vaginale G | - | scientific name | +684 | Gallibacterium | - | scientific name | +685 | Gallibacterium anatis | - | scientific name | +686 | Enterococcus E | - | scientific name | +687 | Enterococcus E cecorum | - | scientific name | +688 | Limosilactobacillus reuteri D | - | scientific name | +689 | Pseudomonas E chlororaphis | - | scientific name | +690 | Ensifer | - | scientific name | +691 | Ensifer adhaerens | - | scientific name | +692 | Streptomyces californicus | - | scientific name | +693 | Anaplasma | - | scientific name | +694 | Anaplasma phagocytophilum | - | scientific name | +695 | Bacillus A mobilis | - | scientific name | +696 | Planococcaceae | - | scientific name | +697 | Lysinibacillus | - | scientific name | +698 | Lysinibacillus fusiformis | - | scientific name | +699 | RAAP-2 sp003155915 | - | scientific name | +700 | Rhizobium rhizogenes | - | scientific name | +701 | Hafnia | - | scientific name | +702 | Hafnia paralvei | - | scientific name | +703 | Rhodothermia | - | scientific name | +704 | Balneolales | - | scientific name | +705 | Balneolaceae | - | scientific name | +706 | Balneola | - | scientific name | +707 | Balneola sp002364085 | - | scientific name | +708 | Corynebacterium amycolatum | - | scientific name | +709 | Burkholderia gladioli | - | scientific name | +710 | Ochrobactrum A | - | scientific name | +711 | Ochrobactrum A pseudogrignonense | - | scientific name | +712 | SAR86 | - | scientific name | +713 | D2472 | - | scientific name | +714 | D2472 | - | scientific name | +715 | D2472 sp002358345 | - | scientific name | +716 | Bifidobacterium sp002884815 | - | scientific name | +717 | Stenotrophomonas indicatrix | - | scientific name | +718 | Staphylococcus agnetis | - | scientific name | +719 | Borreliella garinii | - | scientific name | +720 | Lactobacillus taiwanensis | - | scientific name | +721 | Mycoplasmataceae | - | scientific name | +722 | Mycoplasma | - | scientific name | +723 | Mycoplasma capri | - | scientific name | +724 | Sphingobium | - | scientific name | +725 | Sphingobium yanoikuyae | - | scientific name | +726 | Campylobacter lanienae | - | scientific name | +727 | Clostridium beijerinckii | - | scientific name | +728 | Anoxybacillaceae | - | scientific name | +729 | Geobacillus | - | scientific name | +730 | Geobacillus thermoleovorans | - 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| scientific name | +751 | Mycobacterium fortuitum | - | scientific name | +752 | Muribaculaceae | - | scientific name | +753 | CAG-873 | - | scientific name | +754 | CAG-873 sp002478045 | - | scientific name | +755 | Corynebacterium ulcerans | - | scientific name | +756 | Pseudomonas D | - | scientific name | +757 | Pseudomonas D aestusnigri | - | scientific name | +758 | Fusobacterium polymorphum | - | scientific name | +759 | Leptotrichiaceae | - | scientific name | +760 | Streptobacillus | - | scientific name | +761 | Streptobacillus moniliformis | - | scientific name | +762 | Brochotrichaceae | - | scientific name | +763 | Brochothrix | - | scientific name | +764 | Brochothrix thermosphacta | - | scientific name | +765 | Carnobacterium divergens | - | scientific name | +766 | UBA4871 | - | scientific name | +767 | UBA4871 sp002119605 | - | scientific name | +768 | Comamonas | - | scientific name | +769 | Comamonas acidovorans | - | scientific name | +770 | Mesorhizobium sp004791585 | - | scientific name | +771 | Staphylococcus urealyticus | - | scientific name | +772 | Hafnia alvei | - | scientific name | +773 | Staphylococcus arlettae | - | scientific name | +774 | Bartonella | - | scientific name | +775 | Bartonella henselae | - | scientific name | +776 | Rathayibacter toxicus | - | scientific name | +777 | Atlantibacter | - | scientific name | +778 | Atlantibacter hermannii | - | scientific name | +779 | Phaeobacter | - | scientific name | +780 | Phaeobacter inhibens | - | scientific name | +781 | Serratia marcescens B | - | scientific name | +782 | Pseudomonas E veronii | - | scientific name | +783 | Rubidibacteraceae | - | scientific name | +784 | QS-4-48-99 | - | scientific name | +785 | QS-4-48-99 sp003021505 | - | scientific name | +786 | Ochrobactrum anthropi | - | scientific name | +787 | Weissella confusa | - | scientific name | +788 | Vibrio crassostreae C | - | scientific name | +789 | Helicobacter pylori CG | - | scientific name | +790 | Photobacterium kishitanii | - | scientific name | +791 | Clostridium Q | - | scientific name | +792 | Clostridium Q sp003024715 | - | scientific name | +793 | Chloroflexota | - | scientific name | +794 | Dehalococcoidia | - | scientific name | +795 | Dehalococcoidales | - | scientific name | +796 | Dehalococcoidaceae | - | scientific name | +797 | Dehalococcoides | - | scientific name | +798 | Dehalococcoides mccartyi B | - | scientific name | +799 | Streptococcus parauberis | - | scientific name | +800 | Acidobacteriota | - | scientific name | +801 | Acidobacteriae | - | scientific name | +802 | Bryobacterales | - | scientific name | +803 | Bryobacteraceae | - | scientific name | +804 | Bog-375 | - | scientific name | +805 | Bog-375 sp003142185 | - | scientific name | +806 | Mycoplasmoides gallisepticum | - | scientific name | +807 | Escherichia sp000208585 | - | scientific name | +808 | Helicobacter E | - | scientific name | +809 | Helicobacter E felis | - | scientific name | +810 | Agrobacterium deltaense | - | scientific name | +811 | Zymomonas | - | scientific name | +812 | Zymomonas mobilis | - | scientific name | +813 | Bacillus A cereus U | - | scientific name | +814 | Elizabethkingia meningoseptica | - | scientific name | +815 | Lactobacillus gasseri | - | scientific name | +816 | Thermoanaerobacteria | - | scientific name | +817 | Caldicellulosiruptorales | - | scientific name | +818 | Caldicellulosiruptoraceae | - | scientific name | +819 | Caldicellulosiruptor | - | scientific name | +820 | Caldicellulosiruptor bescii | - | scientific name | +821 | Neisseria subflava B | - | scientific name | +822 | Pseudomonas E lundensis | - | scientific name | +823 | Bordetella avium | - | scientific name | +824 | Metamycoplasma | - | scientific name | +825 | Metamycoplasma hominis | - | scientific name | +826 | Photobacterium phosphoreum | - | scientific name | +827 | Acidobacteriales | - | scientific name | +828 | Koribacteraceae | - | scientific name | +829 | Bog-209 | - | scientific name | +830 | Bog-209 sp003162935 | - | scientific name | +831 | Vibrio jasicida | - | scientific name | +832 | Bacteroides fragilis A | - | scientific name | +833 | Staphylococcus gallinarum | - | scientific name | +834 | Blautia A wexlerae | - | scientific name | +835 | Streptococcus sp001556435 | - | scientific name | +836 | Idiomarina | - | scientific name | +837 | Idiomarina abyssalis | - | scientific name | +838 | Marinifilaceae | - | scientific name | +839 | Odoribacter | - | scientific name | +840 | Odoribacter splanchnicus | - | scientific name | +841 | Latilactobacillus curvatus | - | scientific name | +842 | Pantoea dispersa | - | scientific name | +843 | Helicobacter D | - | scientific name | +844 | Helicobacter D pullorum | - | scientific name | +845 | Enterocloster | - | scientific name | +846 | Enterocloster bolteae | - | scientific name | +847 | Butyricicoccaceae | - | scientific name | +848 | Agathobaculum | - | scientific name | +849 | Agathobaculum butyriciproducens | - | scientific name | +850 | Citrobacter A | - | scientific name | +851 | Citrobacter A amalonaticus | - 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| scientific name | +933 | Burkholderia sp002223185 | - | scientific name | +934 | Bifidobacterium sp002451435 | - | scientific name | +935 | Mesorhizobium sp004020645 | - | scientific name | +936 | Pandoraea | - | scientific name | +937 | Pandoraea apista | - | scientific name | +938 | Acinetobacter venetianus | - | scientific name | +939 | Bacillaceae C | - | scientific name | +940 | Bacillus E | - | scientific name | +941 | Bacillus E coagulans A | - | scientific name | +942 | Clostridium F botulinum A | - | scientific name | +943 | Vibrio coralliirubri | - | scientific name | +944 | Vibrio tasmaniensis A | - | scientific name | +945 | Pediococcus pentosaceus | - | scientific name | +946 | Sulfitobacter | - | scientific name | +947 | Sulfitobacter pontiacus | - | scientific name | +948 | Erysipelotrichaceae | - | scientific name | +949 | Longicatena | - | scientific name | +950 | Longicatena innocuum | - | scientific name | +951 | Tetragenococcus | - | scientific name | +952 | Tetragenococcus halophilus | - | scientific name | +953 | Arcobacteraceae | - | scientific name | +954 | Aliarcobacter | - | scientific name | +955 | Aliarcobacter butzleri | - | scientific name | +956 | Anaerostipes | - | scientific name | +957 | Anaerostipes hadrus | - | scientific name | +958 | Haemophilus aegyptius | - | scientific name | +959 | Halomonadaceae | - | scientific name | +960 | Halomonas | - | scientific name | +961 | Halomonas meridiana | - | scientific name | +962 | Leptospira weilii | - | scientific name | +963 | Staphylococcus delphini | - | scientific name | +964 | Pseudomonas E lactis | - | scientific name | +965 | Aggregatibacter aphrophilus | - | scientific name | +966 | Coprococcus | - | scientific name | +967 | Coprococcus eutactus A | - | scientific name | +968 | Alteromonas mediterranea | - | scientific name | +969 | Patescibacteria | - | scientific name | +970 | ABY1 | - | scientific name | +971 | SG8-24 | - | scientific name | +972 | UBA9934 | - | scientific name | +973 | UBA9934 | - | scientific name | +974 | UBA9934 sp003453595 | - | scientific name | +975 | Salmonella bongori | - | scientific name | +976 | Tropheryma | - | scientific name | +977 | Tropheryma whipplei | - | scientific name | +978 | Nitrosococcales | - | scientific name | +979 | Methylophagaceae | - | scientific name | +980 | Methylophaga | - | scientific name | +981 | Methylophaga sp002696735 | - | scientific name | +982 | Steroidobacterales | - | scientific name | +983 | Steroidobacteraceae | - | scientific name | +984 | 13-2-20CM-66-19 | - | scientific name | +985 | 13-2-20CM-66-19 sp001914695 | - | scientific name | +986 | Streptococcus uberis | - | scientific name | +987 | Pectobacterium parmentieri | - | scientific name | +988 | Mesorhizobium sp003952425 | - | scientific name | +989 | Streptococcus gallolyticus | - | scientific name | +990 | Pluralibacter | - | scientific name | +991 | Pluralibacter gergoviae | - | scientific name | +992 | Chromobacteriaceae | - | scientific name | +993 | Chromobacterium | - | scientific name | +994 | Chromobacterium violaceum | - 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| scientific name | +1016 | Ligilactobacillus murinus | - | scientific name | +1017 | Rhodospirillales | - | scientific name | +1018 | Thalassospiraceae | - | scientific name | +1019 | Thalassospira | - | scientific name | +1020 | Thalassospira xiamenensis | - | scientific name | +1021 | Streptomyces filamentosus | - | scientific name | +1022 | Acinetobacter schindleri | - | scientific name | +1023 | Shewanellaceae | - | scientific name | +1024 | Shewanella | - | scientific name | +1025 | Shewanella algae | - | scientific name | +1026 | Streptococcus mitis | - | scientific name | +1027 | Serratia plymuthica | - | scientific name | +1028 | Clavibacter | - | scientific name | +1029 | Clavibacter michiganensis | - | scientific name | +1030 | Rothia sp001808955 | - | scientific name | +1031 | Mesorhizobium sp004022705 | - | scientific name | +1032 | Pseudomonas E sp001655595 | - | scientific name | +1033 | Vampirovibrionia | - | scientific name | +1034 | Gastranaerophilales | - | scientific name | +1035 | Gastranaerophilaceae | - 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| scientific name | +1078 | Eisenbergiella tayi | - | scientific name | +1079 | Corynebacterium sp000755185 | - | scientific name | +1080 | Mesorhizobium sp004791025 | - | scientific name | +1081 | Firmicutes F | - | scientific name | +1082 | Halanaerobiia | - | scientific name | +1083 | Halanaerobiales | - | scientific name | +1084 | Halanaerobiaceae | - | scientific name | +1085 | Halanaerobium | - | scientific name | +1086 | Halanaerobium congolense | - | scientific name | +1087 | Pseudomonas E extremorientalis | - | scientific name | +1088 | Anaplasma marginale | - | scientific name | +1089 | Pedosphaerales | - | scientific name | +1090 | Pedosphaeraceae | - | scientific name | +1091 | UBA11358 | - | scientific name | +1092 | UBA11358 sp003134375 | - | scientific name | +1093 | Wolbachia pipientis C | - | scientific name | +1094 | Lactobacillus paragasseri | - | scientific name | +1095 | Providencia | - | scientific name | +1096 | Providencia stuartii | - | scientific name | +1097 | Trueperella | - | scientific name | +1098 | Trueperella pyogenes | - | scientific name | +1099 | Bacteroides cellulosilyticus | - | scientific name | +1100 | Cupriavidus | - | scientific name | +1101 | Cupriavidus metallidurans | - | scientific name | +1102 | Pseudomonas E fluorescens AN | - | scientific name | +1103 | Ureaplasma | - | scientific name | +1104 | Ureaplasma urealyticum | - | scientific name | +1105 | Pseudomonas E brassicacearum | - | scientific name | +1106 | Vibrio nigripulchritudo | - | scientific name | +1107 | Pseudomonas E sp002874965 | - | scientific name | +1108 | Haemophilus haemolyticus I | - | scientific name | +1109 | Pantoea septica | - | scientific name | +1110 | Pseudomonas D pachastrellae | - | scientific name | +1111 | Elizabethkingia miricola | - | scientific name | +1112 | UBA1033 | - | scientific name | +1113 | UBA1033 sp002407675 | - | scientific name | +1114 | Dysgonomonadaceae | - | scientific name | +1115 | Proteiniphilum | - | scientific name | +1116 | Proteiniphilum sp002410345 | - | scientific name | +1117 | Enterobacter chengduensis | - | scientific name | +1118 | Melissococcus | - | scientific name | +1119 | Melissococcus plutonius | - | scientific name | +1120 | Bog-515 | - | scientific name | +1121 | Bog-515 sp003155135 | - | scientific name | +1122 | Microgenomatia | - | scientific name | +1123 | UBA1400 | - | scientific name | +1124 | CG1-02-47-37 | - | scientific name | +1125 | GWC1-49-16 | - | scientific name | +1126 | GWC1-49-16 sp001029675 | - | scientific name | +1127 | Edwardsiella tarda | - | scientific name | +1128 | Curtissbacterales | - | scientific name | +1129 | GWA2-41-24 | - | scientific name | +1130 | GWC1-40-35 | - | scientific name | +1131 | GWC1-40-35 sp001775095 | - | scientific name | +1132 | Citrobacter youngae | - | scientific name | +1133 | Serratia liquefaciens | - | scientific name | +1134 | Rhizobium laguerreae | - | scientific name | +1135 | Aliarcobacter cryaerophilus A | - | scientific name | +1136 | Curtobacterium sp003234365 | - 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| scientific name | +1494 | Acinetobacter bereziniae | - | scientific name | +1495 | Prochlorococcus A sp000634215 | - | scientific name | +1496 | Streptococcus lutetiensis | - | scientific name | +1497 | GWC2-36-17 A | - | scientific name | +1498 | UBA10092 | - | scientific name | +1499 | UBA10092 | - | scientific name | +1500 | UBA10092 sp003455995 | - | scientific name | +1501 | Pseudescherichia | - | scientific name | +1502 | Pseudescherichia sp002298805 | - | scientific name | +1503 | Faecalibacterium prausnitzii C | - | scientific name | +1504 | Faecalimonas | - | scientific name | +1505 | Faecalimonas umbilicata | - | scientific name | +1506 | Pediococcus damnosus | - | scientific name | +1507 | Pseudomonas E kilonensis | - | scientific name | +1508 | Rhizobium sp900469615 | - | scientific name | +1509 | Streptomyces albus | - | scientific name | +1510 | Pseudomonas E fragi B | - | scientific name | +1511 | Ellin6529 | - | scientific name | +1512 | CSP1-4 | - | scientific name | +1513 | CSP1-4 | - 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| scientific name | +1853 | Plesiomonas | - | scientific name | +1854 | Plesiomonas shigelloides | - | scientific name | +1855 | Erysipelothrix | - | scientific name | +1856 | Erysipelothrix rhusiopathiae | - | scientific name | +1857 | Gemmatimonadota | - | scientific name | +1858 | Gemmatimonadetes | - | scientific name | +1859 | SG8-23 | - | scientific name | +1860 | UBA6960 | - | scientific name | +1861 | UBA2589 | - | scientific name | +1862 | UBA2589 sp002500925 | - | scientific name | +1863 | Mesorhizobium opportunistum | - | scientific name | +1864 | Methyloligellaceae | - | scientific name | +1865 | Methyloceanibacter | - | scientific name | +1866 | Methyloceanibacter sp002383105 | - | scientific name | +1867 | UBA12059 | - | scientific name | +1868 | UBA12059 | - | scientific name | +1869 | UBA12059 sp001829185 | - | scientific name | +1870 | Burkholderia pyrrocinia | - | scientific name | +1871 | Acinetobacter oleivorans | - | scientific name | +1872 | Treponema D sp002449305 | - | scientific name | +1873 | Thermodesulfobacteria | - | scientific name | +1874 | Thermodesulfobacteriales | - | scientific name | +1875 | Thermodesulfobacteriaceae | - | scientific name | +1876 | Thermodesulfobacterium | - | scientific name | +1877 | Thermodesulfobacterium commune | - | scientific name | +1878 | Brevundimonas diminuta B | - | scientific name | +1879 | Corynebacterium pseudodiphtheriticum | - | scientific name | +1880 | Kosakonia radicincitans | - | scientific name | +1881 | Enterobacter cloacae I | - | scientific name | +1882 | UBA1033 sp002409675 | - | scientific name | +1883 | Mycoplana | - | scientific name | +1884 | Mycoplana sp900469965 | - | scientific name | +1885 | Palsa-288 | - | scientific name | +1886 | Palsa-288 sp003162875 | - | scientific name | +1887 | Alcaligenes phenolicus | - | scientific name | +1888 | Pseudomonas E mendocina | - | scientific name | +1889 | Phaeobacter piscinae | - | scientific name | +1890 | Campylobacter sp002139875 | - | scientific name | +1891 | UBA3495 | - | scientific name | +1892 | UBA2588 | - | scientific name | +1893 | UBA2588 | - | scientific name | +1894 | UBA2588 sp002723125 | - | scientific name | +1895 | Aliivibrio finisterrensis | - | scientific name | +1896 | Marisediminitalea | - | scientific name | +1897 | Marisediminitalea aggregata | - | scientific name | +1898 | Bifidobacterium thermophilum | - | scientific name | +1899 | Thermotoga petrophila | - | scientific name | +1900 | Duganella | - | scientific name | +1901 | Duganella sp003217375 | - | scientific name | +1902 | Edwardsbacteria | - | scientific name | +1903 | AC1 | - | scientific name | +1904 | AC1 | - | scientific name | +1905 | EtOH8 | - | scientific name | +1906 | UBA2226 | - | scientific name | +1907 | UBA2226 sp001777915 | - | scientific name | +1908 | UBA8366 | - | scientific name | +1909 | GCA-2696645 | - | scientific name | +1910 | GCA-2696645 | - | scientific name | +1911 | GCA-2696645 sp002709955 | - | scientific name | +1912 | Neisseria mucosa A | - | scientific name | +1913 | Dojkabacteria | - 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| scientific name | +2177 | Acidovorax A citrulli | - | scientific name | +2178 | RC9 sp900317925 | - | scientific name | +2179 | ER4 | - | scientific name | +2180 | ER4 sp000765235 | - | scientific name | +2181 | Methylopumilus planktonicus | - | scientific name | +2182 | Gluconobacter thailandicus | - | scientific name | +2183 | Paraburkholderia graminis | - | scientific name | +2184 | Prevotella sp900314755 | - | scientific name | +2185 | Leifsonia | - | scientific name | +2186 | Leifsonia sp900100265 | - | scientific name | +2187 | Pseudomonas E koreensis B | - | scientific name | +2188 | Enterobacter cloacae J | - | scientific name | +2189 | Lelliottia | - | scientific name | +2190 | Lelliottia nimipressuralis | - | scientific name | +2191 | Streptomyces sp000177195 | - | scientific name | +2192 | Paraburkholderia caballeronis | - | scientific name | +2193 | UBA9145 | - | scientific name | +2194 | UBA9145 sp002477465 | - | scientific name | +2195 | Streptococcus halitosis | - | scientific name | +2196 | Prevotella sp000834015 | - 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| +45487 | 45486 | genus | - | +45488 | 45487 | species | - | +45489 | 42828 | species | - | +45490 | 43731 | genus | - | +45491 | 45490 | species | - | +45492 | 45401 | family | - | +45493 | 45492 | genus | - | +45494 | 45493 | species | - | +45495 | 43425 | species | - | +45496 | 43092 | species | - | +45497 | 42886 | family | - | +45498 | 45497 | genus | - | +45499 | 45498 | species | - | +45500 | 44552 | species | - | +45501 | 44073 | species | - | +45502 | 43006 | species | - | +45503 | 42810 | species | - |
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_database.loc Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Tab separated with 4 columns: +# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB) +# - name (Galaxy shows this in the UI) +# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB) +# - path (folder name containing the Kraken DB) +test-db "Test Database" test-db ${__HERE__}/test-db \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/gtdb.loc.sample Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools +#to use a directory of metagenomics files. +#file has this format (white space characters are TAB characters) +# - db-build-version-date +# - db-name +# - build +# - /path/to/data \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,6 @@ +<tables> + <table name="gtdb" comment_char="#"> + <columns>value, name, dbkey, path</columns> + <file path="tool-data/gtdb.loc" /> + </table> +</tables>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Fri Oct 14 21:35:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,6 @@ +<tables> + <table name="gtdb" comment_char="#"> + <columns>value, name, dbkey, path</columns> + <file path="${__HERE__}/test-data/test_database.loc" /> + </table> +</tables> \ No newline at end of file