Mercurial > repos > iuc > stacks2_denovomap
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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,596 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="@STACKS_VERSION@">stacks</requirement> + <yield/> + </requirements> + </xml> + + <token name="@STACKS_VERSION@">2.4</token> + <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token> + <!-- fix to 18.01 since https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7032 --> + <token name="@PROFILE@">18.01</token> + + <xml name="citation"> + <citations> + <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation> + <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation> + <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation> + <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation> + <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation> + <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation> + </citations> + </xml> + + <xml name="version_cmd"> + <version_command><![CDATA[ + process_radtags -h |& grep process_radtags | head -n 1 | cut -d" " -f 2 + ]]> + </version_command> + </xml> + + <token name="@STACKS_INFOS@"> +<![CDATA[ +-------- + +**Created by:** + +Stacks was developed by Julian Catchen with contributions from Angel Amores, Paul Hohenlohe, and Bill Cresko + +**Project links:** + +`Stacks website <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/>`_ + +`Stacks manual <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/>`_ + +`Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_ +]]></token> + + <!-- enzyme list for procrad and denovo --> + <xml name="enzymes"> + <option value="">Unspecified</option> + <option value="aciI">aciI</option> + <option value="ageI">ageI</option> + <option value="aluI">aluI</option> + <option value="apaLI">apaLI</option> + <option value="apeKI">apeKI</option> + <option value="apoI">apoI</option> + <option value="aseI">aseI</option> + <option value="bamHI">bamHI</option> + <option value="bbvCI">bbvCI</option> + <option value="bfaI">bfaI</option> + <option value="bfuCI">bfuCI</option> + <option value="bgIII">bgIII</option> + <option value="bsaHI">bsaHI</option> + <option value="bspDI">bspDI</option> + <option value="bstYI">bstYI</option> + <option value="cac8I">cac8I</option> + <option value="claI">claI</option> + <option value="csp6I">csp6I</option> + <option value="ddeI">ddeI</option> + <option value="dpnII">dpnII</option> + <option value="eaeI">eaeI</option> + <option value="ecoRI">ecoRI</option> + <option value="ecoRV">ecoRV</option> + <option value="ecoT22I">ecoT22I</option> + <option value="haeIII">haeIII</option> + <option value="hindIII">hindIII</option> + <option value="hinP1I">hinP1I</option> + <option value="hpaII">hpaII</option> + <option value="kpnI">kpnI</option> + <option value="mluCI">mluCI</option> + <option value="mseI">mseI</option> + <option value="mslI">mslI</option> + <option value="mspI">mspI</option> + <option value="ncoI">ncoI</option> + <option value="ndeI">ndeI</option> + <option value="nheI">nheI</option> + <option value="nlaIII">nlaIII</option> + <option value="notI">notI</option> + <option value="nsiI">nsiI</option> + <option value="nspI">nspI</option> + <option value="pstI">pstI</option> + <option value="rsaI">rsaI</option> + <option value="sacI">sacI</option> + <option value="sau3AI">sau3AI</option> + <option value="sbfI">sbfI</option> + <option value="sexAI">sexAI</option> + <option value="sgrAI">sgrAI</option> + <option value="speI">speI</option> + <option value="sphI">sphI</option> + <option value="taqI">taqI</option> + <option value="xbaI">xbaI</option> + <option value="xhoI">xhoI</option> + </xml> + + <!-- log file handling --> + <token name="@TEE_APPEND_LOG@"><![CDATA[ + #if $output_log + 2>> '$output_log' && + #end if + ]]></token> + <token name="@CAT_LOG_TO_STDERR@"><![CDATA[ + #if $output_log + cat '$output_log' 2>&1 + #end if + ]]></token> + <xml name="in_log"> + <param name="add_log" type="boolean" checked="true" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as dataset" /> + </xml> + <xml name="out_log"> + <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file"> + <filter>add_log</filter> + </data> + </xml> + + <!-- inputs from previous pipeline steps --> + <xml name="input_stacks_macro"> + <param name="input_stacks" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Loci and polymorphism" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" /> + </xml> + <xml name="input_cat_macro"> + <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog of loci" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" /> + </xml> + <xml name="input_matches_macro"> + <param name="input_matches" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Matches to the catalog" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or sstacks" /> + </xml> + <xml name="bam_input_macro"> + <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="Aligned data" help="either the matches to the catalog (bam), i.e. tsv2bam, or reads aligned to a reference" /> + </xml> + <xml name="input_aln_macro"> + <param name="input_aln" format="vcf,fasta.gz" type="data_collection" collection_type="list" label="Assembled contigs and variant sites" help="output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" /> + </xml> + + <!-- code for creating links to the data sets from previous pipeline steps + - stacks (i.e ustacks outputs POP.tags.tsv, POP.alleles.tsv, POP.snps.tsv) + also stores sample names in list (samples) + - cat (cstacks catalog.tags.tsv, catalog.alleles.tsv, catalog.snps.tsv) + - matches (sstacks POP.matches.tsv) --> + <token name="@LINK_STACKS_INPUT@"><![CDATA[ + #set $samples = [] + #for $input_file in $input_stacks + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^(?!catalog).+\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #if $filename.endswith('.tags.tsv') + $samples.append($filename[:-9]) + #end if + #end if + #end for + ]]> + </token> + <token name="@LINK_CAT_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_cat + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^catalog\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> + <token name="@LINK_MATCHES_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_matches + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('matches.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> + + <!-- fastq input for process_radtags/shortreads (non-batch) and clone/kmerfilter (batch) + for batch processing chose multiple=false and paired + otherwise multiple=true and listtype=list:paired --> + <xml name="fastq_input_bc" token_multiple="false" token_listtype="paired"> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" type="select" label="Single-end or paired-end reads"> + <option value="single" selected="True">Single-end files</option> + <option value="paired">Paired-end files</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Singles-end reads" /> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" /> + </param> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" label="Paired-end reads" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" /> + </param> + </when> + </conditional> + <yield/> + </xml> + + <xml name="fastq_input_bc_file" token_multiple="false" token_listtype="paired"> + <expand macro="fastq_input_bc" multiple="@MULTIPLE@" listtype="@LISTTYPE@"> + <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" label="Barcode file" /> + </expand> + </xml> + + <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks) + - fastq_optional: makes fastq input optional (true/false) + - se_option: wording for "single end" option (for tsv2bam this is the + reverse reads for the others its the forward reads) + - help: help text --> + <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_se_option="single end or forward reads" token_help=""> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@"> + <option value="single" selected="true">@SE_OPTION@</option> + <option value="paired">(paired) dataset list</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </when> + </conditional> + </xml> + + <!-- helper functions for linking fastq data sets --> + <token name="@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@"><![CDATA[ + #from os.path import splitext + #import re + + #def clean_ext($identifier) + #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam')) + #set $identifier = splitext($identifier)[0] + #end while +$identifier#slurp + #end def + + #def fastq_input_foo( $sample, $read_direction="", $infix="" ) + #set $name = $clean_ext($sample.element_identifier) + #if $sample.is_collection: + #set $cur_sample=$sample[$read_direction] + #else: + #set $cur_sample=$sample + #end if + + #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger') + #set $ext = "fastq" + #set $inputype = "fastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz') + #set $ext = "fastq.gz" + #set $inputype = "gzfastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta') + #set $ext = "fasta" + #set $inputype = "fasta" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta.gz') + #set $ext = "fasta.gz" + #set $inputype = "gzfasta" + #else + #set $inputype = "UNKNOWN" + #end if + #set $data_path = "stacks_inputs/"+$name+$infix+"."+$ext + #set $link_cmd = "ln -s '%s' '%s' &&" % ($cur_sample, $data_path) + #return ($link_cmd, $data_path, $name, $inputype) + #end def + + ## fastq_input_batch determine link command, access path(s), and input type + ## for batch tools + ## + ## inputs + ## - sample data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## return (link_command, fwd_path, rev_path, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - fwd_path file name of the link to the forward data set + ## - rev_path file name of the link to the forward data set (if type=paired) + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_batch($sample, $type) + #if $type == "single" + #set ($link_cmd, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #return ($link_cmd, $path, "", $inputype) + #else: + #set ($fwd_link_cmd, $fwd_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", ".1") + #set ($rev_link_cmd, $rev_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", ".2") + #return ( $fwd_link_cmd+$rev_link_cmd, $fwd_path, $rev_path, $inputype) + #end if + #end def + + ## fastq_input_nonbatch determine link command, access path(s), and input type + ## for non-batch tools (procrad, shortreads, denovomap the former need R[12]_ + ## and the latter needs .[12]) + ## + ## inputs + ## - samples list of data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## - infix_pattern pattern for the infix of the files (needs to contain %d which is replaced by 1/2) + ## return (link_command, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_nonbatch( $samples, $type, $infix_pattern ) + #set $link_command = "" + #for $sample in $samples + #if $type == "single" + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #set link_command += lc + #else: + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", $infix_pattern % (1)) + #set link_command += lc + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", $infix_pattern % (2)) + #set link_command += lc + #end if + #end for + #return ($link_command, $inputype) + #end def + ]]></token> + + <!-- macro and token for BAM input, for each bam file w identifier NAME + - creates a link NAME.bam <- bam_inputs/NAME.INFIX.bam + - appends -B bam_inputs/NAME.INFIX.bam to variable bamlist + + INFIX is set to"" per default, can be set with optional variable $infix + only needed for gstacks in denovo mode which needs .matches.bam --> + <token name="@BAM_INPUT@"><![CDATA[ + #set $bamlist = "" + #for $bam in $input_bam: + #if $bam.is_of_type('bam') + #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam" + ln -s '$bam' bam_inputs/$filename && + #set bamlist += " -B 'bam_inputs/"+$filename+"'" + #end if + #end for + ]]></token> + + <token name="@EXTRACT_VCF@"><![CDATA[ + ## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it + ## to make it usable in Galaxy (with the downside that we + ## need to gzip it again for downstream calls like populations) + && gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf + ]]></token> + + + + <!-- tokens and macros for gapped alignment options + the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice + but allows to be used also in the full macro) --> + <token name="@GAP_OPTIONS@"><![CDATA[ + #if $gapped.use_gapped == "yes" + --max_gaps $gapped.max_gaps + --min_aln_len $gapped.min_aln_len + #else + --disable-gapped + #end if + ]]></token> + <token name="@GAP_OPTIONS_ONOFF@"><![CDATA[ + #if $gapped.use_gapped != "yes" + --disable-gapped + #end if + ]]></token> + <xml name="gap_options"> + <expand macro="gap_options_onoff"> + <param argument="--max_gaps" type="float" value="2.0" label="Number of gaps allowed between stacks before merging"/> + <param argument="--min_aln_len" type="float" value="0.8" min="0.0" max="1.0" label="Minimum length of aligned sequence in a gapped alignment"/> + </expand> + </xml> + <xml name="gap_options_onoff"> + <conditional name="gapped"> + <param name="use_gapped" argument="--disable-gapped" type="select" label="Perform gapped alignments between stacks"> + <option value="no">No</option> + <option value="yes" selected="true">Yes</option> + </param> + <when value="no"/> + <when value="yes"> + <yield/> + </when> + </conditional> + </xml> + + + <!-- ustacks outputs collection containing SAMPLE.tags.tsv, SAMPLE.snps.tsv, SAMPLE.alleles.tsv (SAMPLE!=catalog) --> + <!-- TODO tags, snps, and alleles could go to sub collections; same for other tools --> + <xml name="ustacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci and polymorphism"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.tags)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.snps)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.alleles)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- cstacks outputs collection containing catalog.tags.tsv, catalog.snps.tsv, catalog.alleles.tsv --> + <xml name="cstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="catalog" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Catalog of loci"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.(tags|snps|alleles))\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- sstacks outputs collection containing SAMPLE.matches.tsv --> + <xml name="sstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="matches" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.+\.matches)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- tsv2bam outputs collection containing SAMPLE.matches.bam --> + <xml name="tsv2bam_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog (bam)"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.+\.matches)\.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz + + optional output alignments.bam (if no popmap is given) and POP.alns.bam otherwise--> + <xml name="gstacks_outputs_full_macro" token_tooladd=""> + <expand macro="gstacks_outputs_macro"/> + <data format="txt" name="distribs" label="${tool.name} on ${on_string} log.distribs" from_work_dir="stacks_outputs/gstacks.log.distribs"> + <filter>add_log_distribs</filter> + </data> + <collection name="gstacks_alns_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignments"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.*).alns.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None</filter> + </collection> + <data name="gstacks_aln_out" format="bam" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignment" from_work_dir="stacks_outputs/alignments.bam"> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None</filter> + </data> + </xml> + <xml name="gstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> + <collection name="gstacks_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Assembled contigs and variant sites"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.calls\.vcf)$" ext="vcf" directory="stacks_outputs" /> + <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.fa\.gz)$" ext="fasta.gz" directory="stacks_outputs" /> + </collection> + </xml> + + <!-- default output of populations --> + <xml name="populations_output_light" token_tooladd=""> + <data format="tabular" name="out_haplotypes" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Raw Genotypes/Haplotypes" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_hapstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level haplotype summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hapstats.tsv" /> + <data format="txt" name="out_populations_log_distribs" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Populations log distributions" from_work_dir="stacks_outputs/populations.log.distribs" /> + <data format="tabular" name="out_sumstats_sum" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Summary of Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats_summary.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_sumstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats.tsv" /> + <data format="tabular" name="out_sql" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Genotyping markers" from_work_dir="stacks_outputs/populations.markers.tsv" /> + </xml> + + <xml name="populations_output_full"> + <expand macro="populations_output_light"/> + + <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv--> + <data format="tabular" name="out_phistats" label="${tool.name} on ${on_string} Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phistats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fststats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Fst statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv"> + <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> + </data> + + <!-- fasta_loci populations.loci.fa + fasta_samples populations.samples.fa + fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa--> + <data format="tabular" name="out_fasta_strict" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus consensus sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.loci.fa"> + <filter>populations_output['fasta_loci']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fasta" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples.fa"> + <filter>populations_output['fasta_samples']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_fasta_raw" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences (regardless of biological plausibility)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples-raw.fa"> + <filter>populations_output['fasta_samples_raw']</filter> + </data> + + <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log + phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log--> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip"> + <filter>populations_output['phylip']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log"> + <filter>populations_output['phylip']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip"> + <filter>populations_output['phylip_var']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip.log"> + <filter>populations_output['phylip_var']</filter> + </data> + + <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop --> + <data format="tabular" name="out_genepop_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.genepop"> + <filter>populations_output['genepop']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_genepop_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.genepop"> + <filter>populations_output['genepop']</filter> + </data> + + <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf --> + <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.vcf"> + <filter>populations_output['vcf']</filter> + </data> + <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.vcf"> + <filter>populations_output['vcf']</filter> + </data> + + <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped--> + <data format="tabular" name="out_plink_markers" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK (makers)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.map"> + <filter>populations_output['plink']</filter> + </data> + <data format="tabular" name="out_plink_genotypes" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK format (genotypes)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.ped"> + <filter>populations_output['plink']</filter> + </data> + + <!--structure populations.hzar--> + <data format="tabular" name="out_hzar" label="${tool.name} on ${on_string} hzar format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hzar.csv"> + <filter>populations_output['hzar']</filter> + </data> + <!--structure populations.structure--> + <data format="tabular" name="out_structure" label="${tool.name} on ${on_string} Structure format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.structure"> + <filter>populations_output['structure']</filter> + </data> + + <!-- radpainter populations.haps.radpainter --> + <data format="tabular" name="out_radpainter" label="${tool.name} on ${on_string} Radpainter format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.radpainter"> + <filter>populations_output['radpainter']</filter> + </data> + + <!-- treemix populations.treemix --> + <data format="tabular" name="out_treemix" label="${tool.name} on ${on_string} Treemix format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.treemix"> + <filter>populations_output['treemix']</filter> + </data> + </xml> + + <xml name="snp_options_alpha"> + <param argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" > + <option value="0.1">0.1</option> + <option value="0.05" selected="True">0.05</option> + <option value="0.01">0.01</option> + <option value="0.001">0.001</option> + </param> + </xml> + + <xml name="snp_options"> + <conditional name="select_model"> + <param argument="--model_type" type="select" label="Choose the model"> + <option value="snp" selected="true">SNP</option> + <option value="bounded">Bounded SNP</option> + <option value="fixed">Fixed</option> + </param> + <when value="snp"> + <expand macro="snp_options_alpha"/> + </when> + <when value="bounded"> + <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="Lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/> + <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="Upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" /> + <expand macro="snp_options_alpha"/> + </when> + <when value="fixed"> + <yield/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="snp_options_full"> + <expand macro="snp_options"> + <param argument="--bc_err_freq" type="float" value="0.1" min="0.0" max="1.0" label="Barcode error frequency" help="between 0 and 1.0"/> + </expand> + </xml> + + <!-- variant calling option for use in gstacks and denovomap + default for var_alpha is 0.01 if model == marukilow (which is the case in denovomap and refmap) + otherwise no default is is available and gstacks will output and error + "Error: No value was provided for \-\-var-alpha and there is no default for this model)" + --> + <xml name="variant_calling_options_vg" token_varalpha_default=""> + <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="@VARALPHA_DEFAULT@" min="0" label="Alpha threshold for discovering SNPs" help="Default is 0.01 if the marukilow model is used (which is the case in refmap and denovomap), otherwise no default value is available." /> + <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="Alpha threshold for calling genotypes" /> + </xml> + + <xml name="barcode_encoding_single" token_type=""> + <option value="--inline_null" selected="True">@TYPE@ is inline with sequence, occurs only on single-end read (--inline_null)</option> + <option value="--index_null">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) (--index_null)</option> + <yield/> + </xml> + + <xml name="barcode_encoding_pair" token_type=""> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@"> + <option value="--null_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i7 read if both i5 and i7 read are provided) (--null_index)</option> + <option value="--inline_inline">@TYPE@ is inline with sequence, occurs on single and paired-end read (--inline_inline)</option> + <option value="--index_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 and i7 reads) (--index_index)</option> + <option value="--inline_index">@TYPE@ is inline with sequence on single-end read and occurs in FASTQ header (from either i5 or i7 read) (--inline_index)</option> + <option value="--index_inline">@TYPE@ occurs in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) and is inline with sequence on single-end read (if single read data) or paired-end read (if paired data) (--index_inline)</option> + </expand> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros_process.xml Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,183 @@ +<?xml version="1.0"?> + +<!-- macros and tokens for process_radtags and process_short_reads --> + +<macros> + + <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[ + -p stacks_inputs/ + #if $input_type.input_type_select == "paired" + --paired + #end if + -i $inputype + -b '$barcode' + $input_type.barcode_encoding + #if str( $outype ) != "auto" + -y $outype + #end if + -o stacks_outputs + ]]></token> + <xml name="process_output_types"> + <param name="outype" argument="-y" type="select" label="Output format" > + <option value="auto" selected="True">Same as input</option> + <option value="fastq">fastq</option> + <option value="fasta">fasta</option> + <option value="gzfastq">gzipped fastq</option> + <option value="gzfasta">gzipped fasta</option> + </param> + </xml> + + <xml name="discover_faqgz_output_macro" token_pattern="" token_dir=""> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="@PATTERN@" dir="@DIR@"/> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq\.gz$" ext="fastqsanger.gz" directory="@DIR@/" /> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa\.gz$" ext="fasta.gz" directory="@DIR@/" /> + </xml> + <xml name="discover_faq_output_macro" token_pattern="" token_dir=""> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq$" ext="fastqsanger" directory="@DIR@/" /> + <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa$" ext="fasta" directory="@DIR@/" /> + </xml> + + <xml name="process_outputs"> + <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<name>.+)" dir="stacks_outputs"/> + </collection> + <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs"/> + </collection> + + <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads"> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.rem\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/> + </collection> + + <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped --> + <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<name>.*)" dir="stacks_outputs/discarded"/> + </collection> + <collection name="discarded_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> + <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/discarded"/> + </collection> + </xml> + + <!-- FASTQ filtering options --> + <xml name="process_filter"> + <conditional name="filter_cond" > + <param name="filter_select" type="select" label="Do quality filtering"> + <option value="yes">Yes</option> + <option value="no" selected="true">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="sliding" type="float" value="0.15" min="0" max="1" argument="-w" label="Set the size of the sliding window as a fraction of the read length, between 0 and 1" /> + <param name="score" type="integer" value="10" min="0" max="40" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded" /> + <param name="remove" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" argument="-c" label="Clean data, remove any read with an uncalled base" /> + <param name="discard" type="boolean" checked="false" truevalue="-q" falsevalue="" argument="-q" label="Discard reads with low quality scores"/> + <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" /> + </when> + <when value="no"> + <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/> + </when> + </conditional> + <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" /> + </xml> + <token name="@PROCESS_FILTER@"><![CDATA[ + #if $filter_cond.filter_select == 'yes': + -w $filter_cond.sliding + -s $filter_cond.score + $filter_cond.remove + $filter_cond.discard + $filter_cond.filter_illumina + #else + #if str($filter_cond.len_limit) != "": + --len_limit $filter_cond.len_limit + #end if + #end if + $capture + ]]></token> + <token name="@PROCESS_FASTQ_POSTPROC@"><![CDATA[ + #if $capture: + && mkdir stacks_outputs/discarded/ + && mv stacks_outputs/*discards stacks_outputs/discarded/ + + ## fix the _R[12]_0 that was added for preparing the input + #if $input_type.input_type_select == 'paired': + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/_R1_0/.1/; s/_R2_0/.2/;')"; done + #end if + ## also remove the gz which is added by procrad (but its uncompressed) + && find stacks_outputs/discarded/ -type f -iname "*.gz.discards" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/.gz.discards$/.discards/;')"; done + + ## the discard files are named fastq even if the output is fasta + #if str($outype).endswith("fasta"): + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fa/;')"; done + #else + && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fq/;')"; done + #end if + #end if + ## prepare paired read output for processing in galaxy + #if $input_type.input_type_select == 'paired': + && mkdir stacks_outputs/remaining + && find stacks_outputs -iregex ".*\.rem\.[12]\.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" stacks_outputs/remaining/; done + && find stacks_outputs/ -iregex ".*.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.1\./.forward./; s/\.2\./.reverse./')"; done + #end if + ]]></token> + + <!-- adapter trimming options --> + <xml name="process_adapter"> + <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the first read" /> + <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the paired-read" /> + <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="Number of mismatches allowed in the adapter sequence"/> + </xml> + <token name="@PROCESS_ADAPTER@"><![CDATA[ + ## Adapter options + #if str($options_advanced.adapter_1) != "": + --adapter_1 $options_advanced.adapter_1 + #end if + #if str($options_advanced.adapter_2) != "": + --adapter_2 $options_advanced.adapter_2 + #end if + #if str($options_advanced.adapter_mm) != "": + --adapter_mm $options_advanced.adapter_mm + #end if + ]]></token> + + <!-- barcode rescue options --> + <xml name="rescue_barcode"> + <conditional name="rescue_cond"> + <param name="rescue" type="select" argument="-r" label="Rescue mutated barcodes and RAD-Tags?"> + <option value="-r">yes</option> + <option value="" selected="true">no</option> + </param> + <when value="-r"> + <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/> + <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/> + </when> + <when value=""/> + </conditional> + </xml> + <token name="@RESCUE_BARCODE@"><![CDATA[ + #if str($options_advanced.rescue_cond.rescue) != "" + $options_advanced.rescue_cond.rescue + #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1) != "": + --barcode_dist_1 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1 + #end if + #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2) != "": + --barcode_dist_2 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2 + #end if + #end if + ]]></token> + + <!-- advanced options that are shared --> + <xml name="common_advanced"> + <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" /> + <param argument="--retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" /> + </xml> + <token name="@COMMON_ADVANCED@"><![CDATA[ + #if str($options_advanced.truncate) + -t $options_advanced.truncate + #end if + $options_advanced.retain_header + ]]></token> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/stacks_denovomap.xml Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,245 @@ +<tool id="stacks2_denovomap" name="Stacks2: de novo map" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@"> + <description>the Stacks pipeline without a reference genome (denovo_map.pl)</description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <expand macro="version_cmd"/> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ +@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@ +mkdir stacks_inputs stacks_outputs&& + +#set ($link_command, $inputype) = $fastq_input_nonbatch( $input_type.fqinputs, $input_type.input_type_select, ".%d" ) +$link_command + +denovo_map.pl +--samples stacks_inputs +#if str($popmap) != 'None': + --popmap '$popmap' +#end if +-o stacks_outputs +-T \${GALAXY_SLOTS:-1} + +-M $assembly_options.M +-n $assembly_options.n +--var-alpha $model_options.var_alpha +--gt-alpha $model_options.gt_alpha +#if $input_type.input_type_select == "paired" + --paired +#end if +$pe_options.rm_pcr_duplicates +--min-samples-per-pop $popfilter_options.min_samples_per_pop +--min-populations $popfilter_options.min_populations + +## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it +## to make it usable in Galaxy (with the downside that we +## need to gzip it again for downstream calls like populations) +&& gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf +&& mv stacks_outputs/denovo_map.log $output_log + ]]></command> + + <inputs> + <expand macro="fastq_input"/> + <param argument="--popmap" type="data" optional="true" format="tabular,txt" label="Population map" /> + <section name="assembly_options" title="Assembly options" expanded="true"> + <param name="M" argument="-M" type="integer" value="2" label="Number of mismatches allowed between loci when processing a single individual" help="used in ustacks"/> + <param name="n" argument="-n" type="integer" value="1" label="Number of mismatches allowed between loci when building the catalog" help="used in cstacks; suggested: set to -M"/> + </section> + <section name="model_options" title="SNP model options" expanded="true"> + <expand macro="variant_calling_options_vg" varalpha_default="0.01"/> + </section> + <section name="pe_options" title="Paired-end options" expanded="true"> + <param argument="--rm-pcr-duplicates" name="rm_pcr_duplicates" type="boolean" checked="false" truevalue="--rm-pcr-duplicates" falsevalue="" label="remove all but one set of read pairs of the same sample that have the same insert length" help="" /> + </section> + <section name="popfilter_options" title="Population filtering options" expanded="true"> + <param argument="--min-samples-per-pop" name="min_samples_per_pop" type="integer" value="0" label="minimum percentage of individuals in a population required to process a locus for that population" help="(for populations; default: 0)"/> + <param argument="--min-populations" name="min_populations" type="integer" value="1" label="minimum number of populations a locus must be present in to process a locus" help="(for populations; default: 1)" /> + </section> + <expand macro="in_log"/> + </inputs> + <outputs> + <expand macro="out_log"/> <!-- pipeline also writes tsv2bam.log, gstacks.log, populations.log .. could be a collection --> + <expand macro="ustacks_outputs_macro" tooladd="(ustacks)"/> + <expand macro="cstacks_outputs_macro" tooladd="(cstacks)"/> + <expand macro="sstacks_outputs_macro" tooladd="(sstacks)"/> + <expand macro="tsv2bam_outputs_macro" tooladd="(tsv2bam)"/> + <expand macro="gstacks_outputs_macro" tooladd="(gstacks)"/> + <expand macro="populations_output_light" tooladd="(populations)"/> + </outputs> + + <tests> + <!-- paired input using also reverse reads, + the results are tested for equality, the tools corresponding the the programs + used in the pipeline have also a test (should be the first) that test for + equality thereby it is "ensured" that the pipeline w defaults is doing the same + as the components w defaults. --> + <test> + <param name="input_type|input_type_select" value="paired"/> + <param name="input_type|fqinputs"> + <collection type="list:paired"> + <element name="PopA_01"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="demultiplexed/PopA_01.1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <element name="reverse" value="demultiplexed/PopA_01.2.fq" ftype="fastqsanger"/> + </collection> + </element> + <element name="PopA_02"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="demultiplexed/PopA_02.1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <element name="reverse" value="demultiplexed/PopA_02.2.fq" ftype="fastqsanger"/> + </collection> + </element> + </collection> + </param> + <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" /> + <output_collection name="tabs" count="6"> + <element name="PopA_01.tags" file="ustacks/PopA_01.tags.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_01.snps" file="ustacks/PopA_01.snps.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_01.alleles" file="ustacks/PopA_01.alleles.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_02.tags" file="ustacks/PopA_02.tags.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_02.snps" file="ustacks/PopA_02.snps.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_02.alleles" file="ustacks/PopA_02.alleles.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + </output_collection> + <output_collection name="catalog" type="list" count="3"> + <element name="catalog.alleles" file="cstacks/catalog.alleles.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="catalog.snps" file="cstacks/catalog.snps.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2" /> + <element name="catalog.tags" file="cstacks/catalog.tags.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2" /> + </output_collection> + <output_collection name="matches" type="list" count="2"> + <element name="PopA_01.matches" file="sstacks/PopA_01.matches.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + <element name="PopA_02.matches" file="sstacks/PopA_02.matches.tsv" ftype="tabular" lines_diff="2"/> + </output_collection> + <output_collection name="bams" type="list" count="2"> + <element name="PopA_01.matches" file="tsv2bam/PopA_01.matches.bam" ftype="bam" compare="sim_size"/> + <element name="PopA_02.matches" file="tsv2bam/PopA_02.matches.bam" ftype="bam" compare="sim_size" /> + </output_collection> + <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"> + <element name="catalog.calls.vcf" file="gstacks/catalog.calls.vcf" ftype="vcf" lines_diff="2"/> + <element name="catalog.fa.gz" file="gstacks/catalog.fa.gz" ftype="fasta.gz" compare="sim_size"/> + </output_collection> + <output ftype="tabular" name="out_haplotypes" value="populations/populations.haplotypes.tsv"/> + <output ftype="tabular" name="out_hapstats" value="populations/populations.hapstats.tsv" compare="sim_size"/> + <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs" value="populations/populations.log.distribs" compare="sim_size"/> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum" value="populations/populations.sumstats_summary.tsv"/> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats" value="populations/populations.sumstats.tsv" compare="sim_size"/> + <output ftype="tabular" name="out_sql" value="populations/populations.markers.tsv"/> + </test> + <!-- SE input as multi selection, defaults testing against the output of the pipeline components --> + <test> + <param name="input_type|input_type_select" value="single"/> + <param name="input_type|fqinputs" value="demultiplexed/PopA_01.1.fq,demultiplexed/PopA_02.1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" /> + <output_collection name="tabs" count="6"/> + <output_collection name="catalog" type="list" count="3"/> + <output_collection name="matches" type="list" count="2"/> + <output_collection name="bams" type="list" count="2"/> + <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"/> + <output ftype="tabular" name="out_haplotypes"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_hapstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sql"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + </test> + <!-- SE input as list, non-defaults, testing only correct size of the collections --> + <test> + <param name="input_type|input_type_select" value="paired"/> + <param name="input_type|fqinputs"> + <collection type="list"> + <element name="PopA_01" value="demultiplexed/PopA_01.1.fq" ftype="fastqsanger" /> + <element name="PopA_02" value="demultiplexed/PopA_02.1.fq" ftype="fastqsanger"/> + </collection> + </param> + <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" /> + <param name="assembly_options|M" value="3" /> + <param name="assembly_options|n" value="3" /> + <param name="model_options|var_alpha" value="0.1" /> + <param name="model_options|gt_alpha" value="0.1" /> + <param name="pe_options|rm_pcr_duplicates" value="--rm-pcr-duplicates" /> + <param name="popfilter_options|min_samples_per_pop" value="1"/> + <param name="popfilter_options|min_populations" value="0" /> + <assert_command> + <has_text text="-M 3" /> + <has_text text="-n 3" /> + <has_text text="\-\-var-alpha 0.1" /> + <has_text text="\-\-gt-alpha 0.1" /> + <has_text text="\-\-rm-pcr-duplicates" /> + <has_text text="\-\-min-samples-per-pop 1" /> + <has_text text="\-\-min-populations 0" /> + </assert_command> + <output_collection name="tabs" count="6"/> + <output_collection name="catalog" type="list" count="3"/> + <output_collection name="matches" type="list" count="2"/> + <output_collection name="bams" type="list" count="2"/> + <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"/> + <output ftype="tabular" name="out_haplotypes"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_hapstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sql"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + </test> + </tests> + + <help> +<![CDATA[ +.. class:: infomark + +**What it does** + +This program will run each of the Stacks components: first, running ustacks on each of the samples specified, building loci and calling SNPs in each. Second, cstacks will be run to create a catalog of all loci that were marked as 'parents' or 'samples' on the command line, and finally, sstacks will be executed to match each sample against the catalog. A bit more detail on this process can be found in the FAQ. The denovo_map.pl program will also load the results of each stage of the analysis: individual loci, the catalog, and matches against the catalog into the database (although this can be disabled). After matching, the program will build a database index to speed up access (index_radtags.pl) and enable web-based filtering. + +-------- + +**Input files** + +FASTQ, FASTA + +- Population map:: + + indv_01 1 + indv_02 1 + indv_03 1 + indv_04 2 + indv_05 2 + indv_06 2 + + +**Output files** + + +- XXX.tags.tsv file: + +See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_ + +Notes: For the tags file, each stack will start in the file with a consensus sequence for the entire stack followed by the flags for that stack. Then, each individual read that was merged into that stack will follow. The next stack will start with another consensus sequence. + + +- XXX.snps.tsv file: + +See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_ + +Notes: If a stack has two SNPs called within it, then there will be two lines in this file listing each one. + + +- XXX.alleles.tsv file: + +See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_ + + +- XXX.matches.tsv file: + +See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_ + +Notes: Each line in this file records a match between a catalog locus and a locus in an individual, for a particular haplotype. The Batch ID plus the Catalog ID together represent a unique locus in the entire population, while the Sample ID and the Stack ID together represent a unique locus in an individual sample. + + +- other files: + +See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_ + +@STACKS_INFOS@ +]]> + </help> + <expand macro="citation" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +Processing single-end data. +Searching for inline oligo on single-end read. +Found 1 input file(s). +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz] + Reading data from: + stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz +Calculating the distribution of cloned read pairs... +5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 AC 0 0 +0 1 CA 0 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 33 E 0 A C - - +0 1 88 E 0 A C - -
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.tags.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 consensus 0 1_1,2_1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0 +0 2 consensus 0 1_2,2_2 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0 +0 3 consensus 0 1_3,2_3 AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA 0 0 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/cstacks.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,29 @@ +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,320 @@ +>lane1_fakedata0_0 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_1 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_2 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_3 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_4 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_5 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_6 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_7 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_8 1:N:0: 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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_4 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_5 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATTTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_6 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_7 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAGGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_8 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_9 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_10 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_11 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_12 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_13 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_14 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_15 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_16 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_17 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_18 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata2_19 1:N:0:/2 +CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_0 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_1 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_2 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_3 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_4 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_5 1:N:0:/2 +CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_6 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_7 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACGATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_8 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_9 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_10 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata7_11 1:N:0:/2 +CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCTATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/denovo_map.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,309 @@ +denovo_map.pl version 2.4 started at 2019-06-18 10:34:45 +/home/berntm/miniconda3/envs/mulled-v1-2b57e7596f85ebb3b321e6c9681e8fd9250523a80d97945c46ac7743359454e7/bin/denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired + +ustacks +========== + +Sample 1 of 2 'PopA_01' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_01.1.fq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Sample 2 of 2 'PopA_02' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Depths of Coverage for Processed Samples: +PopA_01: 22.00x +PopA_02: 20.00x + +cstacks +========== +cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. + +sstacks +========== +sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done. + +tsv2bam +========== +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ + +Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'. +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done. + +gstacks +========== +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. + +populations +========== +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/populations.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. +denovo_map.pl is done. + +denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +PopA_01 1 +PopA_02 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gentest.sh Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ +#!/usr/bin/env bash + +mkdir stacks_outputs + +denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired && +gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf +rm stacks_outputs/catalog.calls + +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/ +mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/ +mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/ +mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/ +mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/ +mv stacks_outputs/populations.* populations/ +mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/ + +rmdir stacks_outputs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,597 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190618 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . 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DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 +3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 +3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,34 @@ +gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name` + +BEGIN effective_coverages_per_sample +# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of +# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). +sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns +PopA_01 3 96 32.000 32.000 +PopA_02 3 90 30.000 30.000 +END effective_coverages_per_sample + +BEGIN phasing_rates_per_sample +sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate +PopA_01 3 2 2 0.000 +PopA_02 3 3 3 0.000 +END phasing_rates_per_sample + +BEGIN clockings +Num. threads: 1 +Parallel time: 0.0 +Average thread time spent: + 0.0 reading (3.1%) + 0.0 processing (95.2%) + 0.0 pre-alignments block (72.2%) + 0.0 reformatting fw-reads (0.1%) + 0.0 assembling (22.2%) + 0.0 initializing alignments (5.4%) + 0.0 aligning (42.9%) + 0.0 merging read pairs (1.5%) + 0.0 post-alignments block (21.2%) + 0.0 filtering reads (0.0%) + 0.0 counting nucleotides (3.5%) + 0.0 genotyping (1.9%) + 0.0 haplotyping (1.0%) + 0.0 computing consensus (0.1%) + 0.0 building_fa (0.1%) + 0.0 building_vcf (14.6%) + 0.0 writing_fa (0.1%) + 0.0 writing_vcf (1.3%) + 0.0 clocking (0.2%) +Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%) +VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 +END clockings
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# KmerFrequency Count +1 408 +2 136
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +Using a kmer size of 16 +Filtering out reads by identifying rare kmers: On. + A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read. + A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row. +Filtering out reads by identifying abundant kmers: On. + Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times. + A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers. +Normalizing read depth: Off. +Found 1 input file(s). +Found 0 paired input file(s). +Generating kmer distribution... +Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq] +540 unique k-mers recorded. +Filtering reads by kmer frequency... +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq] + 5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads. +Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log' + +5 total sequences; + 0 rare k-mer reads; + 0 abundant k-mer reads; +5 retained reads.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +666
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +1 0 +1 +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 +# Seq Pos Locus ID Column Population
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ + 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 +1 2 AC/CA AC/CA +2 2 GG/GG AA/GG +3 2 CG/TT CG/TT
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1,2,3 +pop +PopA_01, 0102 0102 0101 +PopA_02, 0102 0102 0102
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +PopA_01 PopA_02 +AC/CA AC/CA +CG/TT CG/TT +GG AA/GG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,18 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 +2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 +3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +1 un 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +2 un 205 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3 +3 un 410 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; HZAR v0.2-5; June 18, 2019 +Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N +1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1 +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2 +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3 +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,47 @@ +populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen. +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_postfilters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +2 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a; +3 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Phi_st Means + 1 + +# Fst' Means + 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.map Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +un 1_33 0 34 +un 1_88 0 89 +un 2_144 0 349 +un 2_156 0 361 +un 3_162 0 571 +un 3_181 0 590
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C C T G T G G G G +1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C C T G T A G A G
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.samples-raw.fa Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.samples.fa Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG +>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.snps.genepop Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181 +pop +PopA_01, 0102 0102 0204 0304 0303 0303 +PopA_02, 0102 0102 0204 0304 0103 0103
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.snps.vcf Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,21 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 34 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 +1 89 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 +2 145 . C T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 +2 157 . G T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 +3 163 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99 +3 182 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,57 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen. + 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%). +Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_postfilters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 0 0.00000 0.00000 1.00000 +2 0 0.00000 0.00000 1.00000 +3 0 0.00000 0.00000 1.00000 +4 0 0.00000 0.00000 1.00000 +5 0 0.00000 0.00000 1.00000 +6 0 0.00000 0.00000 1.00000 +7 0 0.00000 0.00000 1.00000 +8 0 0.00000 0.00000 1.00000 +9 0 0.00000 0.00000 1.00000 +10 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +11 0 0.00000 0.00000 1.00000 +12 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +13 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Variant positions +# Pop ID Private Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 2.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 +# All positions (variant and fixed) +# Pop ID Private Sites Variant_Sites Polymorphic_Sites %Polymorphic_Loci Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 1222 6 6 0.49100 2.00000 0.00000 0.00000 0.99755 0.00122 0.00100 0.00491 0.00489 0.00200 0.99509 0.00489 0.00200 0.00245 0.00122 0.00100 0.99755 0.00122 0.00100 0.00327 0.00217 0.00133 -0.00245 0.00122 0.00000
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/shortreads/PopA_01.fq Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,640 @@ +@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ +BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB +@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1 +ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT ++ 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sstacks/sstacks.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,48 @@ +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_inputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_inputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_inputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_inputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_inputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done.
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/tsv2bam/tsv2bam.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,17 @@ +tsv2bam v2.4, executed 2019-06-17 21:22:16 (zlib-1.2.11) +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45 +1 1 AC 50.00 9 +1 1 CA 50.00 9
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ustacks/ustacks.log Mon Jul 01 11:04:37 2019 -0400 @@ -0,0 +1,92 @@ +ustacks parameters selected: + Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fastq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. +ustacks parameters selected: + Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done.