view test-data/gstacks/catalog.calls.vcf @ 5:f6e91108b7b1 draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 16654f3b3faaba994cea5fda8d4907ea4f059605"
author iuc
date Thu, 14 Apr 2022 09:32:27 +0000
parents 7370bb65bad4
children
line wrap: on
line source

##fileformat=VCFv4.2
##fileDate=20210824
##source="Stacks v2.55"
##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
1	1	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	2	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	3	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	4	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	5	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	6	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	7	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	8	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	9	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	10	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	11	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	12	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	13	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	14	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	15	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	16	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	17	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	18	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	19	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	20	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	21	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	22	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	23	.	T	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
1	24	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	25	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	26	.	C	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
1	27	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	28	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	29	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	30	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	31	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	32	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	33	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	34	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
1	35	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	36	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	37	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	38	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	39	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	40	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	41	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	42	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	43	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	44	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	45	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	46	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	47	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	48	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	49	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	50	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	51	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	52	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	53	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	54	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	55	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	56	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	57	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	58	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	59	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	60	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	61	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	62	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	63	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	64	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	65	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	66	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	67	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	68	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	69	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	70	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	71	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	72	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	73	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	74	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	75	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	76	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	77	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	78	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	79	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	80	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	81	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	82	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	83	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	84	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	85	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	86	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	87	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	88	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	89	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
1	90	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	91	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	92	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	93	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	94	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
1	105	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	106	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	107	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	108	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	109	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	110	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	111	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	112	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	113	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	114	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	115	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	116	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	117	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	118	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	119	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	120	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	121	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	122	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	123	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	124	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	125	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	126	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	127	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	128	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	129	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	130	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	131	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	132	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	133	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	134	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	135	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	136	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	137	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	138	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	139	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	140	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	141	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	142	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	143	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	144	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	145	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	146	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	147	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	148	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	149	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	150	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	151	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	152	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	153	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	154	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	155	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	156	.	A	.	.	.	DP=19;AD=18	DP	11	8
1	157	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	158	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	159	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	160	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	161	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	162	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	163	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	164	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	165	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	166	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	167	.	A	.	.	.	DP=16;AD=16	DP	11	5
1	168	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	169	.	T	.	.	.	DP=19;AD=18	DP	11	8
1	170	.	G	.	.	.	DP=19;AD=16	DP	11	8
1	171	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	172	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	173	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	174	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	175	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	176	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	177	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	178	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	179	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	180	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	181	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	182	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	183	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	184	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	185	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	186	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	187	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	188	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	189	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	190	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	191	.	C	.	.	.	DP=19;AD=18	DP	11	8
1	192	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	193	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	194	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	195	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	196	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	197	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	198	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	199	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	200	.	A	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	201	.	T	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	202	.	C	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	203	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
1	204	.	G	.	.	.	DP=19;AD=19	DP	11	8
2	1	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	2	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	3	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	4	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	5	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	6	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	7	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	8	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	9	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	10	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	11	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	12	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	13	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	14	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	15	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	16	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	17	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	18	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	19	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	20	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	21	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	22	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	23	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	24	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	25	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	26	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	27	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	28	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	29	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	30	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	31	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	32	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
2	33	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	34	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	35	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	36	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	37	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	38	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	39	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	40	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	41	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	42	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	43	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	44	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	45	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	46	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	47	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	48	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	49	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	50	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	51	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	52	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	53	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	54	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
2	55	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	56	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	57	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	58	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	59	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	60	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	61	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	62	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
2	63	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	64	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	65	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	66	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	67	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	68	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	69	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	70	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	71	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	72	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	73	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	74	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	75	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	76	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	77	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	78	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	79	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	80	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	81	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	82	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	83	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	84	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	85	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	86	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	87	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	88	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	89	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	90	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	91	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	92	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	93	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	94	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
2	105	.	T	.	.	.	DP=12;AD=12	DP	.	12
2	106	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	107	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	108	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	109	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	110	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	111	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	112	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	113	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	114	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	115	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	116	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	117	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	118	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	119	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	120	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	121	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	122	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	123	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	124	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	125	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	126	.	C	.	.	.	DP=46;AD=45	DP	23	23
2	127	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	128	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	129	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	130	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	131	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	132	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	133	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	134	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	135	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	136	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	137	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	138	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	139	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	140	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	141	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	142	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	143	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	144	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	145	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	146	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	147	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	148	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	149	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	150	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	151	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	152	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	153	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	154	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	155	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	156	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	157	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	158	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	159	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	160	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	161	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	162	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	163	.	G	A	40	.	DP=46;AD=34,12;AF=0.261	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45	1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99
2	164	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	165	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	166	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	167	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	168	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	169	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	170	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	171	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	172	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	173	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	174	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	175	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	176	.	G	.	.	.	DP=46;AD=45	DP	23	23
2	177	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	178	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	179	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	180	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	181	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	182	.	G	A	40	.	DP=46;AD=34,12;AF=0.261	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45	1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99
2	183	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	184	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	185	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	186	.	T	.	.	.	DP=46;AD=45	DP	23	23
2	187	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	188	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	189	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	190	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	191	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	192	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	193	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	194	.	G	.	.	.	DP=46;AD=45	DP	23	23
2	195	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	196	.	G	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	197	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	198	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	199	.	T	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	200	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	201	.	C	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
2	202	.	A	.	.	.	DP=34;AD=34	DP	23	11
2	203	.	C	.	.	.	DP=34;AD=34	DP	23	11
2	204	.	G	.	.	.	DP=34;AD=34	DP	23	11
2	205	.	G	.	.	.	DP=34;AD=34	DP	23	11
3	1	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	2	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	3	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	4	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	5	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	6	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	7	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	8	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	9	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	10	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	11	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	12	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	13	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	14	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	15	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	16	.	A	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
3	17	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	18	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	19	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	20	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	21	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	22	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	23	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	24	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	25	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	26	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	27	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	28	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	29	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	30	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	31	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	32	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	33	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	34	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	35	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	36	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	37	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	38	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	39	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	40	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	41	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	42	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	43	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	44	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	45	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	46	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	47	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	48	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	49	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	50	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	51	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	52	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	53	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	54	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	55	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	56	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	57	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	58	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	59	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	60	.	T	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
3	61	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	62	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	63	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	64	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	65	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	66	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	67	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	68	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	69	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	70	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	71	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	72	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	73	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	74	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	75	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	76	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	77	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	78	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	79	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	80	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	81	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	82	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	83	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	84	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	85	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	86	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	87	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	88	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	89	.	T	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	90	.	C	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	91	.	T	.	.	.	DP=40;AD=39	DP	20	20
3	92	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	93	.	G	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	94	.	A	.	.	.	DP=40;AD=40	DP	20	20
3	105	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	106	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	107	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	108	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	109	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	110	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	111	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	112	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	113	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	114	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	115	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	116	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	117	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	118	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	119	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	120	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	121	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	122	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	123	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	124	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	125	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	126	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	127	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	128	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	129	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	130	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	131	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	132	.	C	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	17	13
3	133	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	134	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	135	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	136	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	137	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	138	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	139	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	140	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	141	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	142	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	143	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	144	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	145	.	T	C	40	.	DP=30;AD=16,14;AF=0.467	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57	1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
3	146	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	147	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	148	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	149	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	150	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	151	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	152	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	153	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	154	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	155	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	156	.	T	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	17	13
3	157	.	T	G	40	.	DP=30;AD=16,14;AF=0.467	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57	1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
3	158	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	159	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	160	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	161	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	162	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	163	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	164	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	165	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	166	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	167	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	168	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	169	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	170	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	171	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	172	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	173	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	174	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	175	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	176	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	177	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	178	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	179	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	180	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	181	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	182	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	183	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	184	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	185	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	186	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	187	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	188	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	189	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	190	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	191	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	192	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	193	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	194	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	195	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	196	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	197	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	198	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	199	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	200	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	201	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	202	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	203	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
3	204	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13