# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1561993108 14400
# Node ID b2e3553e1be20d9fe22bd225b6161d4ef030c3f0
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460
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+ 10.1534/genetics.111.127324
+ 10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x
+ 10.1073/pnas.1006538107
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+`_
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+`Stacks manual `_
+
+`Stacks google group `_
+]]>
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+ > '$output_log' &&
+ #end if
+ ]]>
+ &1
+ #end if
+ ]]>
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+ add_log
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+ stacks_outputs/catalog.calls.vcf
+ ]]>
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+ add_log_distribs
+
+
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+ mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None
+
+
+ mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None
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+ advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'
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+ advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'
+
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+ advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'
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+ populations_output['fasta_loci']
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+ populations_output['fasta_samples']
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+ populations_output['fasta_samples_raw']
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+ populations_output['phylip']
+
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+ populations_output['phylip']
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+ populations_output['phylip_var']
+
+
+ populations_output['phylip_var']
+
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+ populations_output['genepop']
+
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+ populations_output['genepop']
+
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+
+
+ populations_output['vcf']
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+ populations_output['plink']
+
+
+ populations_output['plink']
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diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 macros_process.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros_process.xml Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,183 @@
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+ input_type['input_type_select'] == "single"
+
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+ input_type['input_type_select'] == "paired"
+
+
+
+
+ input_type['input_type_select'] == "paired"
+
+
+
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+ capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"
+
+
+
+ capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"
+
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diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 stacks_kmerfilter.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/stacks_kmerfilter.xml Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,200 @@
+
+Identify PCR clones
+
+ macros.xml
+
+
+
+ $kfreqdist
+#end if
+@TEE_APPEND_LOG@
+@CAT_LOG_TO_STDERR@
+
+## move outputs such that Galaxy can find them
+## if filtering is on then ...filt...fq is created
+## if normalization is on then ...norm...fq is created
+## if both are active then both files are created, but only norm is needed
+#if str($options_filtering.rare)!="" or str($options_filtering.abundant)!="" or str($options_normalization.normalize)!="":
+ #if str($options_normalization.normalize)!="":
+ #set infix="norm"
+ #else
+ #set infix="fil"
+ #end if
+ #if $capture:
+ #if $input_type.input_type_select == "single"
+ && mv stacks_outputs/*.discards.fastq '$discarded'
+ #else
+ && mv stacks_outputs/*.1.discards.fastq '$discarded_pair.forward'
+ && mv stacks_outputs/*.2.discards.fastq '$discarded_pair.reverse'
+ #end if
+ #end if
+ #if $input_type.input_type_select == "single"
+ && mv stacks_outputs/*.${infix}.fastq '$clean'
+ #else
+ && mv stacks_outputs/*.1.${infix}.fastq '$clean_pair.forward'
+ && mv stacks_outputs/*.2.${infix}.fastq '$clean_pair.reverse'
+ #end if
+#end if
+
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ input_type['input_type_select'] == 'single' and not options_kmer_char['k_dist']
+
+
+ input_type['input_type_select'] == 'paired' and not options_kmer_char['k_dist']
+
+
+ capture and input_type['input_type_select'] == 'single' and not options_kmer_char['k_dist']
+
+
+ capture and input_type['input_type_select'] == 'paired' and not options_kmer_char['k_dist']
+
+
+ options_kmer_char['write_k_freq']
+
+
+ options_kmer_char['k_dist']
+
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+
+
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/clonefilter/clonefilter.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+Processing single-end data.
+Searching for inline oligo on single-end read.
+Found 1 input file(s).
+Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz]
+ Reading data from:
+ stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz
+Calculating the distribution of cloned read pairs...
+5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv
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@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0 1 AC 0 0
+0 1 CA 0 0
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/cstacks/catalog.snps.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0 1 33 E 0 A C - -
+0 1 88 E 0 A C - -
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/cstacks/catalog.tags.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/catalog.tags.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0 1 consensus 0 1_1,2_1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0
+0 2 consensus 0 1_2,2_2 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0
+0 3 consensus 0 1_3,2_3 AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA 0 0 0
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/cstacks/cstacks.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/cstacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+cstacks parameters selected:
+ Loci matched based on sequence identity.
+ Number of mismatches allowed between stacks: 1
+ Gapped alignments: enabled
+Constructing catalog from 2 samples.
+
+Initializing new catalog...
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv
+ 3 loci were newly added to the catalog.
+
+Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2]
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+ 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
+Searching for gapped alignments...
+Merging matches into catalog...
+ 3 loci were matched to a catalog locus.
+ 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
+ 0 loci were newly added to the catalog.
+ 0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
+ 0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
+
+Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'.
+Final catalog contains 3 loci.
+cstacks is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,320 @@
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:/2
+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
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+@lane1_fakedata0_22 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_26 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_27 1:N:0:/2
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATTTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAGGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_10 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_11 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_12 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_13 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_14 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_15 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_16 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_17 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_18 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_19 1:N:0:/2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:/2
+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACGATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:/2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCTATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/denovo_map/denovo_map.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/denovo_map/denovo_map.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,309 @@
+denovo_map.pl version 2.4 started at 2019-06-18 10:34:45
+/home/berntm/miniconda3/envs/mulled-v1-2b57e7596f85ebb3b321e6c9681e8fd9250523a80d97945c46ac7743359454e7/bin/denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired
+
+ustacks
+==========
+
+Sample 1 of 2 'PopA_01'
+----------
+ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01
+ustacks parameters selected:
+ Input file: 'demultiplexed/PopA_01.1.fq'
+ Sample ID: 1
+ Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+ Repeat removal algorithm: enabled
+ Max distance allowed between stacks (M): 2
+ Max distance allowed to align secondary reads: 4
+ Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+ Deleveraging algorithm: disabled
+ Gapped assembly: enabled
+ Minimum alignment length: 0.8
+ Model type: SNP
+ Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 66 reads; formed:
+ 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%)
+ 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%)
+
+Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)...
+ Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+ Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+ Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+
+Sample 2 of 2 'PopA_02'
+----------
+ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02
+ustacks parameters selected:
+ Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq'
+ Sample ID: 2
+ Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+ Repeat removal algorithm: enabled
+ Max distance allowed between stacks (M): 2
+ Max distance allowed to align secondary reads: 4
+ Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+ Deleveraging algorithm: disabled
+ Gapped assembly: enabled
+ Minimum alignment length: 0.8
+ Model type: SNP
+ Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 60 reads; formed:
+ 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%)
+ 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%)
+
+Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)...
+ Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+ Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+ Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+
+Depths of Coverage for Processed Samples:
+PopA_01: 22.00x
+PopA_02: 20.00x
+
+cstacks
+==========
+cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+cstacks parameters selected:
+ Loci matched based on sequence identity.
+ Number of mismatches allowed between stacks: 1
+ Gapped alignments: enabled
+Constructing catalog from 2 samples.
+
+Initializing new catalog...
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
+ 3 loci were newly added to the catalog.
+
+Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2]
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+ 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
+Searching for gapped alignments...
+Merging matches into catalog...
+ 3 loci were matched to a catalog locus.
+ 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
+ 0 loci were newly added to the catalog.
+ 0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
+ 0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
+
+Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'.
+Final catalog contains 3 loci.
+cstacks is done.
+
+sstacks
+==========
+sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Searching for matches by sequence identity...
+ Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv
+ Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv
+ Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv
+Populating kmer dictionary for exact matches...done.
+Populating kmer dictionary for gapped alignments...done.
+
+Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2]
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+ 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+ 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+ 0 loci matched no catalog locus;
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 0 loci had no verified haplotypes.
+ 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv
+
+Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2]
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
+ Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+ 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+ 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+ 0 loci matched no catalog locus;
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 0 loci had no verified haplotypes.
+ 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv
+
+sstacks is done.
+
+tsv2bam
+==========
+tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+
+Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'.
+Configuration for this run:
+ Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+ Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+ Num. samples: 2
+ Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
+
+gstacks
+==========
+gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'.
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
+
+Configuration for this run:
+ Input mode: denovo
+ Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+ Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
+ Output to: 'stacks_outputs/'
+ Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05)
+
+Reading BAM headers...
+Processing all loci...
+20%...
+50%...
+100%
+
+Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
+ 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
+ 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
+ For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
+ Average contig size was 204.3 bp;
+ 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
+ Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
+ Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus),
+ 252 were successfuly aligned (100.0%);
+ Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
+
+Genotyped 3 loci:
+ effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
+ mean number of sites per locus: 194.3
+ a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
+
+gstacks is done.
+
+populations
+==========
+populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Logging to 'stacks_outputs/populations.log'.
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+populations parameters selected:
+ Percent samples limit per population: 0
+ Locus Population limit: 1
+ Percent samples overall: 0
+ Minor allele frequency cutoff: 0
+ Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
+ Applying Fst correction: none.
+ Pi/Fis kernel smoothing: off
+ Fstats kernel smoothing: off
+ Bootstrap resampling: off
+
+Parsing population map...
+The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
+Working on 2 samples.
+Working on 1 population(s):
+ 1: PopA_01, PopA_02
+Working on 1 group(s) of populations:
+ defaultgrp: 1
+
+Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
+Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
+Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
+Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
+
+Processing data in batches:
+ * load a batch of catalog loci and apply filters
+ * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
+ * write the above statistics in the output files
+ * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
+More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+Now processing...
+Batch 1
+
+Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
+Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
+Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
+ Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
+Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
+ Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
+Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
+
+Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
+ 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
+Populations is done.
+denovo_map.pl is done.
+
+denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+PopA_01 1
+PopA_02 1
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gentest.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gentest.sh Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,19 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+mkdir stacks_outputs
+
+denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired &&
+gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf
+rm stacks_outputs/catalog.calls
+
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/
+mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/
+mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/
+mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/
+mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/
+mv stacks_outputs/populations.* populations/
+mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/
+
+rmdir stacks_outputs
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam
Binary file test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam
Binary file test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/alignments.bam
Binary file test-data/gstacks/alignments.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/catalog.calls.vcf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,597 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190618
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02
+1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12
+1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12
+1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 113 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 114 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 115 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 116 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 117 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 118 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 119 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 120 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 121 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 122 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 123 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 124 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 125 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 126 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 127 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 128 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 129 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 130 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 131 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 132 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 133 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 134 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 135 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 136 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 137 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 138 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 139 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 140 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 141 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 142 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 143 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 144 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 145 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 146 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 147 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 148 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 149 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 150 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 151 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 152 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 153 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 154 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 155 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 156 . A . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
+1 157 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 158 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 159 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 160 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 161 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 162 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 163 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 164 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 165 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 166 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 167 . A . . . DP=16;AD=16 DP 11 5
+1 168 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 169 . T . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
+1 170 . G . . . DP=19;AD=16 DP 11 8
+1 171 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 172 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 173 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 174 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 175 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 176 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 177 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 178 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 179 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 180 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 181 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 182 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 183 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 184 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 185 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 186 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 187 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 188 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 189 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 190 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 191 . C . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
+1 192 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 193 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 194 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 195 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 196 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 197 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 198 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
+1 199 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
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+3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20
+3 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
+3 105 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 106 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 107 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 108 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 109 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 110 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 111 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 112 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 113 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 114 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 115 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 116 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 117 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13
+3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
+3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13
+3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
+3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
+3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/catalog.fa.gz
Binary file test-data/gstacks/catalog.fa.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/gstacks.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,34 @@
+gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
+
+Configuration for this run:
+ Input mode: denovo
+ Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+ Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
+ Output to: 'stacks_outputs/'
+ Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05)
+
+Reading BAM headers...
+Processing all loci...
+20%...
+50%...
+100%
+
+Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
+ 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
+ 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
+ For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
+ Average contig size was 204.3 bp;
+ 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
+ Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
+ Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus),
+ 252 were successfuly aligned (100.0%);
+ Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
+
+Genotyped 3 loci:
+ effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
+ mean number of sites per locus: 194.3
+ a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
+
+gstacks is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/gstacks/gstacks.log.distribs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,43 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN effective_coverages_per_sample
+# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of
+# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more).
+sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns
+PopA_01 3 96 32.000 32.000
+PopA_02 3 90 30.000 30.000
+END effective_coverages_per_sample
+
+BEGIN phasing_rates_per_sample
+sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate
+PopA_01 3 2 2 0.000
+PopA_02 3 3 3 0.000
+END phasing_rates_per_sample
+
+BEGIN clockings
+Num. threads: 1
+Parallel time: 0.0
+Average thread time spent:
+ 0.0 reading (3.1%)
+ 0.0 processing (95.2%)
+ 0.0 pre-alignments block (72.2%)
+ 0.0 reformatting fw-reads (0.1%)
+ 0.0 assembling (22.2%)
+ 0.0 initializing alignments (5.4%)
+ 0.0 aligning (42.9%)
+ 0.0 merging read pairs (1.5%)
+ 0.0 post-alignments block (21.2%)
+ 0.0 filtering reads (0.0%)
+ 0.0 counting nucleotides (3.5%)
+ 0.0 genotyping (1.9%)
+ 0.0 haplotyping (1.0%)
+ 0.0 computing consensus (0.1%)
+ 0.0 building_fa (0.1%)
+ 0.0 building_vcf (14.6%)
+ 0.0 writing_fa (0.1%)
+ 0.0 writing_vcf (1.3%)
+ 0.0 clocking (0.2%)
+Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%)
+VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1
+END clockings
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/kmerfilter/kfreq.tsv
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# KmerFrequency Count
+1 408
+2 136
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/kmerfilter/kmerfilter.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+Using a kmer size of 16
+Filtering out reads by identifying rare kmers: On.
+ A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read.
+ A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row.
+Filtering out reads by identifying abundant kmers: On.
+ Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times.
+ A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers.
+Normalizing read depth: Off.
+Found 1 input file(s).
+Found 0 paired input file(s).
+Generating kmer distribution...
+Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq]
+540 unique k-mers recorded.
+Filtering reads by kmer frequency...
+Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq]
+ 5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads.
+Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log'
+
+5 total sequences;
+ 0 rare k-mer reads;
+ 0 abundant k-mer reads;
+5 retained reads.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/blacklist.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+666
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.fixed.phylip
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+1 0
+1
+# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.fixed.phylip.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019
+# Seq Pos Locus ID Column Population
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.fst_summary.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+ 1
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.haplotypes.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02
+1 2 AC/CA AC/CA
+2 2 GG/GG AA/GG
+3 2 CG/TT CG/TT
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.haps.genepop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019
+1,2,3
+pop
+PopA_01, 0102 0102 0101
+PopA_02, 0102 0102 0102
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.haps.radpainter
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+PopA_01 PopA_02
+AC/CA AC/CA
+CG/TT CG/TT
+GG AA/GG
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.haps.vcf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,18 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190617
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##INFO=
+#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02
+1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1
+2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1
+3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.hapstats.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 1 PopA_01,PopA_02
+# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes
+1 un 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
+2 un 205 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3
+3 un 410 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.hzar.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# Stacks v2.4; HZAR v0.2-5; June 18, 2019
+Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N
+1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.loci.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,47 @@
+populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+populations parameters selected:
+ Percent samples limit per population: 0
+ Locus Population limit: 1
+ Percent samples overall: 0
+ Minor allele frequency cutoff: 0
+ Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
+ Applying Fst correction: none.
+ Pi/Fis kernel smoothing: off
+ Fstats kernel smoothing: off
+ Bootstrap resampling: off
+
+Parsing population map...
+The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
+Working on 2 samples.
+Working on 1 population(s):
+ 1: PopA_01, PopA_02
+Working on 1 group(s) of populations:
+ defaultgrp: 1
+
+Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
+Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
+Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
+Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
+
+Processing data in batches:
+ * load a batch of catalog loci and apply filters
+ * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
+ * write the above statistics in the output files
+ * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
+More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+Now processing...
+Batch 1
+
+Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
+Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
+Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
+ Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
+Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
+ Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
+Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
+
+Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
+ 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
+Populations is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.log.distribs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,42 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN batch_progress
+Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen.
+END batch_progress
+
+BEGIN samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
+n_samples n_loci
+2 3
+END samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
+# Absent samples at locus Count
+0 3
+END missing_samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN snps_per_loc_prefilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
+n_snps n_loci
+2 3
+END snps_per_loc_prefilters
+
+BEGIN samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
+n_samples n_loci
+2 3
+END samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
+# Absent samples at locus Count
+0 3
+END missing_samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN snps_per_loc_postfilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
+n_snps n_loci
+2 3
+END snps_per_loc_postfilters
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.markers.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map
+1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
+2 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a;
+3 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b;
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.phistats.tsv
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Phi_st Means
+ 1
+
+# Fst' Means
+ 1
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.plink.map
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.plink.map Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019
+un 1_33 0 34
+un 1_88 0 89
+un 2_144 0 349
+un 2_156 0 361
+un 3_162 0 571
+un 3_181 0 590
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.plink.ped
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019
+1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C C T G T G G G G
+1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C C T G T A G A G
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.samples-raw.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.samples-raw.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.samples.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.samples.fa Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.snps.genepop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.snps.genepop Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019
+1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181
+pop
+PopA_01, 0102 0102 0204 0304 0303 0303
+PopA_02, 0102 0102 0204 0304 0103 0103
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.snps.vcf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.snps.vcf Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190617
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##INFO=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##FORMAT=
+##INFO=
+#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02
+1 34 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
+1 89 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
+2 145 . C T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
+2 157 . G T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
+3 163 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
+3 182 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.structure
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.structure Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Stacks v2.4; Structure v2.3; June 17, 2019
+ 1_33 1_88 2_144 2_156 3_162 3_181
+PopA_01 1 1 1 2 3 3 3
+PopA_01 1 2 2 4 4 3 3
+PopA_02 1 1 1 2 3 1 1
+PopA_02 1 2 2 4 4 3 3
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.sumstats.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.sumstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+# 1 PopA_01,PopA_02
+# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private
+1 un 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+1 un 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+2 un 367 162 1 G A 2 0.75000000 0.50000 0.50000 0.37500 0.62500 0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+2 un 386 181 1 G A 2 0.75000000 0.50000 0.50000 0.37500 0.62500 0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+3 un 554 144 1 C T 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+3 un 566 156 1 G T 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/populations/populations.sumstats_summary.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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+12 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
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+12 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
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+12 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+12 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+12 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
+13 1 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 2 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 3 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 4 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 5 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 6 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 7 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 8 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 9 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 10 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 11 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 12 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 13 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 14 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 15 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 16 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 17 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 18 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 19 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 20 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 21 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 22 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 23 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 24 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 25 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 26 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 27 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 28 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 29 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 30 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 31 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 32 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 33 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 34 . A C 40 . DP=28;AD=15,13;AF=0.464 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78 0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13 35 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 36 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 37 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 38 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 39 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 40 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 41 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 42 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 43 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 44 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 45 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 46 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 47 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 48 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 49 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 50 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 51 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 52 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 53 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 54 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 55 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 56 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 57 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 58 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 59 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 60 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 61 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 62 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 63 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 64 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 65 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 66 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 67 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 68 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 69 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 70 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 71 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 72 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 73 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 74 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 75 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 76 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 77 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 78 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 79 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 80 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 81 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 82 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 83 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 84 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 85 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 86 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 87 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 88 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 89 . C A 40 . DP=28;AD=15,13;AF=0.464 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78 0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13 90 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 91 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 92 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 93 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
+13 94 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/catalog.fa.gz
Binary file test-data/refmap/catalog.fa.gz has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02
+1 2 consensus consensus
+2 2 consensus consensus
+3 2 consensus consensus
+4 2 consensus consensus
+5 2 consensus consensus
+6 2 consensus consensus
+7 2 consensus consensus
+8 2 consensus consensus
+9 2 consensus consensus
+10 2 AC/CA AC/CA
+11 2 consensus consensus
+12 2 AC/CA AC/CA
+13 2 AC/CA AC/CA
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.hapstats.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 1 PopA_01,PopA_02
+# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes
+10 Contig_3091 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
+12 Contig_3358 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
+13 Contig_3569 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.log.distribs
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,57 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN batch_progress
+Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%).
+Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+ 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+END batch_progress
+
+BEGIN samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
+n_samples n_loci
+2 13
+END samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
+# Absent samples at locus Count
+0 13
+END missing_samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN snps_per_loc_prefilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
+n_snps n_loci
+0 10
+2 3
+END snps_per_loc_prefilters
+
+BEGIN samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
+n_samples n_loci
+2 13
+END samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
+# Absent samples at locus Count
+0 13
+END missing_samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN snps_per_loc_postfilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
+n_snps n_loci
+0 10
+2 3
+END snps_per_loc_postfilters
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.markers.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map
+1 0 0.00000 0.00000 1.00000
+2 0 0.00000 0.00000 1.00000
+3 0 0.00000 0.00000 1.00000
+4 0 0.00000 0.00000 1.00000
+5 0 0.00000 0.00000 1.00000
+6 0 0.00000 0.00000 1.00000
+7 0 0.00000 0.00000 1.00000
+8 0 0.00000 0.00000 1.00000
+9 0 0.00000 0.00000 1.00000
+10 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
+11 0 0.00000 0.00000 1.00000
+12 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
+13 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.sumstats.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+# 1 PopA_01,PopA_02
+# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private
+10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
+13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Variant positions
+# Pop ID Private Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr
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+# All positions (variant and fixed)
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+
+Total Sequences 7000
+Ambiguous Barcodes 0
+Low Quality 0
+Trimmed Reads 0
+Orphaned Paired-ends 0
+Retained Reads 7000
+
+Barcode Filename Total Retained
+ATGGGG PopA_01 160 160
+GGGTAA PopA_02 146 146
+AGGAAA PopA_03 224 224
+TTTAAG PopA_04 168 168
+GGTGTG PopA_05 220 220
+TGATGT PopA_06 214 214
+GGTTGT PopA_07 182 182
+ATAAGT PopA_08 232 232
+AAGATA PopA_09 182 182
+TGTGAG PopA_10 168 168
+ATAGTT PopA_11 200 200
+GGAAGG PopA_12 178 178
+TTTGTG PopA_13 190 190
+TTAAAT PopA_14 166 166
+AATAAG PopA_15 152 152
+AAGAGG PopA_16 174 174
+TAGTGT PopA_17 242 242
+TGGAAG PopA_18 148 148
+GGGTTG PopA_19 110 110
+CATCAT PopA_20 178 178
+GGAGAG PopB_20 210 210
+GTTTTA PopB_01 136 136
+TGATAA PopB_02 166 166
+GTTGAT PopB_03 148 148
+AGATTA PopB_04 180 180
+GTATAG PopB_05 136 136
+TTGGGA PopB_06 166 166
+ATATAT PopB_07 242 242
+GATGAG PopB_08 208 208
+GGGAAT PopB_09 198 198
+AGTAAT PopB_10 164 164
+GGGATA PopB_11 146 146
+GAGAAG PopB_12 162 162
+AGTAGA PopB_13 204 204
+AAGGAT PopB_14 180 180
+AGGGTA PopB_15 134 134
+TGTTTT PopB_16 138 138
+ATGATG PopB_17 142 142
+GAGTTA PopB_18 160 160
+ATGTAG PopB_19 146 146
+
+Sequences not recorded
+Barcode Total
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/shortreads/reads.forward.fq
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/shortreads/reads.reverse.fq
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/sstacks/PopA_01.matches.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/PopA_01.matches.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1 1 1 AC 9 94M
+1 1 1 CA 9 94M
+2 1 2 consensus 28 94M
+3 1 3 consensus 20 94M
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/sstacks/PopA_02.matches.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/PopA_02.matches.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1 2 1 AC 6 94M
+1 2 1 CA 6 94M
+2 2 2 consensus 28 94M
+3 2 3 consensus 20 94M
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/sstacks/sstacks.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/sstacks.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,48 @@
+Searching for matches by sequence identity...
+ Parsing stacks_inputs/catalog.tags.tsv
+ Parsing stacks_inputs/catalog.snps.tsv
+ Parsing stacks_inputs/catalog.alleles.tsv
+Populating kmer dictionary for exact matches...done.
+Populating kmer dictionary for gapped alignments...done.
+
+Processing sample 'stacks_inputs/PopA_01' [1 of 2]
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+ 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+ 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+ 0 loci matched no catalog locus;
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 0 loci had no verified haplotypes.
+ 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_inputs/PopA_01.matches.tsv
+
+Processing sample 'stacks_inputs/PopA_02' [2 of 2]
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv
+ Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+ 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+ 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+ 0 loci matched no catalog locus;
+ 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+ 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+ 0 loci had no verified haplotypes.
+ 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_inputs/PopA_02.matches.tsv
+
+sstacks is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/stacks_outputs/catalog.calls
Binary file test-data/stacks_outputs/catalog.calls has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/stacks_outputs/tsv2bam.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/stacks_outputs/tsv2bam.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+tsv2bam v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+Configuration for this run:
+ Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+ Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+ Num. samples: 2
+ Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/tsv2bam/PopA_01.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/tsv2bam/PopA_02.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam has changed
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/tsv2bam/tsv2bam.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/tsv2bam/tsv2bam.log Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+tsv2bam v2.4, executed 2019-06-17 21:22:16 (zlib-1.2.11)
+tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+Configuration for this run:
+ Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+ Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+ Num. samples: 2
+ Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1 1 AC 50.00 9
+1 1 CA 50.00 9
diff -r 000000000000 -r b2e3553e1be2 test-data/ustacks/PopA_01.snps.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ustacks/PopA_01.snps.tsv Mon Jul 01 10:58:28 2019 -0400
@@ -0,0 +1,283 @@
+# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1 1 0 O 24.95 A -
+1 1 1 O 24.95 A -
+1 1 2 O 24.95 T -
+1 1 3 O 24.95 T -
+1 1 4 O 24.95 C -
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+1 1 8 O 24.95 T -
+1 1 9 O 24.95 G -
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+1 1 11 O 24.95 T -
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+1 1 13 O 24.95 C -
+1 1 14 O 24.95 T -
+1 1 15 O 24.95 T -
+1 1 16 O 24.95 C -
+1 1 17 O 24.95 A -
+1 1 18 O 24.95 G -
+1 1 19 O 24.95 G -
+1 1 20 O 24.95 A -
+1 1 21 O 24.95 A -
+1 1 22 O 24.95 T -
+1 1 23 O 24.95 C -
+1 1 24 O 24.95 T -
+1 1 25 O 24.95 C -
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+1 1 27 O 24.95 C -
+1 1 28 O 24.95 G -
+1 1 29 O 24.95 T -
+1 1 30 O 24.95 A -
+1 1 31 O 24.95 T -
+1 1 32 O 24.95 A -
+1 1 33 E -19.78 A C
+1 1 34 O 24.95 T -
+1 1 35 O 24.95 C -
+1 1 36 O 24.95 T -
+1 1 37 O 24.95 G -
+1 1 38 O 24.95 A -
+1 1 39 O 24.95 G -
+1 1 40 O 24.95 T -
+1 1 41 O 24.95 A -
+1 1 42 O 24.95 T -
+1 1 43 O 24.95 G -
+1 1 44 O 24.95 T -
+1 1 45 O 24.95 G -
+1 1 46 O 24.95 C -
+1 1 47 O 24.95 G -
+1 1 48 O 24.95 T -
+1 1 49 O 24.95 A -
+1 1 50 O 24.95 C -
+1 1 51 O 24.95 G -
+1 1 52 O 24.95 T -
+1 1 53 O 24.95 A -
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+1 1 55 O 24.95 G -
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+1 1 60 O 24.95 T -
+1 1 61 O 24.95 T -
+1 1 62 O 24.95 A -
+1 1 63 O 24.95 G -
+1 1 64 O 24.95 A -
+1 1 65 O 24.95 T -
+1 1 66 O 24.95 G -
+1 1 67 O 24.95 G -
+1 1 68 O 24.95 A -
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+1 1 70 O 24.95 A -
+1 1 71 O 24.95 A -
+1 1 72 O 24.95 C -
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+1 1 77 O 24.95 G -
+1 1 78 O 24.95 C -
+1 1 79 O 24.95 T -
+1 1 80 O 24.95 G -
+1 1 81 O 24.95 C -
+1 1 82 O 24.95 C -
+1 1 83 O 24.95 A -
+1 1 84 O 24.95 G -
+1 1 85 O 24.95 A -
+1 1 86 O 24.95 C -
+1 1 87 O 24.95 G -
+1 1 88 E -19.78 A C
+1 1 89 O 24.95 G -
+1 1 90 O 24.95 A -
+1 1 91 O 24.95 G -
+1 1 92 O 24.95 A -
+1 1 93 O 24.95 C -
+1 2 0 O 38.82 A -
+1 2 1 O 38.82 A -
+1 2 2 O 38.82 T -
+1 2 3 O 38.82 T -
+1 2 4 O 38.82 C -
+1 2 5 O 38.82 G -
+1 2 6 O 38.82 G -
+1 2 7 O 38.82 C -
+1 2 8 O 38.82 T -
+1 2 9 O 38.82 T -
+1 2 10 O 38.82 G -
+1 2 11 O 38.82 C -
+1 2 12 O 38.82 A -
+1 2 13 O 38.82 A -
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+1 2 20 O 38.82 T -
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+1 2 22 O 38.82 A -
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+1 2 28 O 38.82 C -
+1 2 29 O 38.82 C -
+1 2 30 O 38.82 C -
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+1 2 50 O 38.82 G -
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+1 2 60 O 38.82 A -
+1 2 61 O 27.99 A -
+1 2 62 O 38.82 T -
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+1 2 64 O 38.82 T -
+1 2 65 O 38.82 G -
+1 2 66 O 38.82 G -
+1 2 67 O 38.82 G -
+1 2 68 O 38.82 A -
+1 2 69 O 38.82 A -
+1 2 70 O 38.82 T -
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+1 2 72 O 38.82 G -
+1 2 73 O 38.82 G -
+1 2 74 O 38.82 A -
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+1 2 79 O 38.82 A -
+1 2 80 O 38.82 T -
+1 2 81 O 38.82 A -
+1 2 82 O 38.82 A -
+1 2 83 O 38.82 T -
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+1 2 86 O 38.82 A -
+1 2 87 O 38.82 G -
+1 2 88 O 38.82 G -
+1 2 89 O 38.82 A -
+1 2 90 O 38.82 C -
+1 2 91 O 38.82 T -
+1 2 92 O 38.82 A -
+1 2 93 O 38.82 T -
+1 3 0 O 27.73 A -
+1 3 1 O 27.73 A -
+1 3 2 O 27.73 T -
+1 3 3 O 27.73 T -
+1 3 4 O 27.73 C -
+1 3 5 O 27.73 T -
+1 3 6 O 27.73 C -
+1 3 7 O 27.73 T -
+1 3 8 O 27.73 A -
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+1 3 18 O 27.73 A -
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+1 3 20 O 27.73 C -
+1 3 21 O 27.73 A -
+1 3 22 O 27.73 A -
+1 3 23 O 27.73 T -
+1 3 24 O 27.73 T -
+1 3 25 O 27.73 C -
+1 3 26 O 27.73 T -
+1 3 27 O 27.73 A -
+1 3 28 O 27.73 A -
+1 3 29 O 27.73 A -
+1 3 30 O 27.73 A -
+1 3 31 O 27.73 A -
+1 3 32 O 27.73 T -
+1 3 33 O 27.73 G -
+1 3 34 O 27.73 A -
+1 3 35 O 27.73 C -
+1 3 36 O 27.73 T -
+1 3 37 O 27.73 A -
+1 3 38 O 27.73 C -
+1 3 39 O 27.73 C -
+1 3 40 O 27.73 A -
+1 3 41 O 27.73 G -
+1 3 42 O 27.73 A -
+1 3 43 O 27.73 G -
+1 3 44 O 27.73 A -
+1 3 45 O 27.73 G -
+1 3 46 O 27.73 A -
+1 3 47 O 27.73 C -
+1 3 48 O 27.73 A -
+1 3 49 O 27.73 A -
+1 3 50 O 27.73 C -
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+ Sample ID: 1
+ Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+ Repeat removal algorithm: enabled
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+ Deleveraging algorithm: disabled
+ Gapped assembly: enabled
+ Minimum alignment length: 0.8
+ Model type: SNP
+ Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
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+ 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%)
+
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+Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)...
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+Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
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+ Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
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+ Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+ustacks parameters selected:
+ Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq'
+ Sample ID: 2
+ Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+ Repeat removal algorithm: enabled
+ Max distance allowed between stacks (M): 2
+ Max distance allowed to align secondary reads: 4
+ Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+ Deleveraging algorithm: disabled
+ Gapped assembly: enabled
+ Minimum alignment length: 0.8
+ Model type: SNP
+ Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 60 reads; formed:
+ 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%)
+ 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%)
+
+Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)...
+ Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+ Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+ Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+ Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.