# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1561993402 14400
# Node ID 45385ba40a75a3c7ab5b05bf878c39423871bbfc

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460

diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,596 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@STACKS_VERSION@">stacks</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+
+    <token name="@STACKS_VERSION@">2.4</token>
+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token>
+    <!-- fix to 18.01 since https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7032 -->
+    <token name="@PROFILE@">18.01</token>
+
+    <xml name="citation">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation>
+            <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation>
+            <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation>
+            <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation>
+            <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation>
+            <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+
+    <xml name="version_cmd">
+        <version_command><![CDATA[
+        process_radtags -h |& grep process_radtags  | head -n 1 | cut -d" " -f 2
+        ]]>
+        </version_command>
+    </xml>
+
+    <token name="@STACKS_INFOS@">
+<![CDATA[
+--------
+
+**Created by:**
+
+Stacks was developed by Julian Catchen with contributions from Angel Amores, Paul Hohenlohe, and Bill Cresko
+
+**Project links:**
+
+`Stacks website <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/>`_
+
+`Stacks manual <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/>`_
+
+`Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_
+]]></token>
+
+    <!-- enzyme list for procrad and denovo -->
+    <xml name="enzymes">
+        <option value="">Unspecified</option>
+        <option value="aciI">aciI</option>
+        <option value="ageI">ageI</option>
+        <option value="aluI">aluI</option>
+        <option value="apaLI">apaLI</option>
+        <option value="apeKI">apeKI</option>
+        <option value="apoI">apoI</option>
+        <option value="aseI">aseI</option>
+        <option value="bamHI">bamHI</option>
+        <option value="bbvCI">bbvCI</option>
+        <option value="bfaI">bfaI</option>
+        <option value="bfuCI">bfuCI</option>
+        <option value="bgIII">bgIII</option>
+        <option value="bsaHI">bsaHI</option>
+        <option value="bspDI">bspDI</option>
+        <option value="bstYI">bstYI</option>
+        <option value="cac8I">cac8I</option>
+        <option value="claI">claI</option>
+        <option value="csp6I">csp6I</option>
+        <option value="ddeI">ddeI</option>
+        <option value="dpnII">dpnII</option>
+        <option value="eaeI">eaeI</option>
+        <option value="ecoRI">ecoRI</option>
+        <option value="ecoRV">ecoRV</option>
+        <option value="ecoT22I">ecoT22I</option>
+        <option value="haeIII">haeIII</option>
+        <option value="hindIII">hindIII</option>
+        <option value="hinP1I">hinP1I</option>
+        <option value="hpaII">hpaII</option>
+        <option value="kpnI">kpnI</option>
+        <option value="mluCI">mluCI</option>
+        <option value="mseI">mseI</option>
+        <option value="mslI">mslI</option>
+        <option value="mspI">mspI</option>
+        <option value="ncoI">ncoI</option>
+        <option value="ndeI">ndeI</option>
+        <option value="nheI">nheI</option>
+        <option value="nlaIII">nlaIII</option>
+        <option value="notI">notI</option>
+        <option value="nsiI">nsiI</option>
+        <option value="nspI">nspI</option>
+        <option value="pstI">pstI</option>
+        <option value="rsaI">rsaI</option>
+        <option value="sacI">sacI</option>
+        <option value="sau3AI">sau3AI</option>
+        <option value="sbfI">sbfI</option>
+        <option value="sexAI">sexAI</option>
+        <option value="sgrAI">sgrAI</option>
+        <option value="speI">speI</option>
+        <option value="sphI">sphI</option>
+        <option value="taqI">taqI</option>
+        <option value="xbaI">xbaI</option>
+        <option value="xhoI">xhoI</option>
+    </xml>
+
+    <!-- log file handling -->
+    <token name="@TEE_APPEND_LOG@"><![CDATA[
+        #if $output_log
+            2>> '$output_log' &&
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@CAT_LOG_TO_STDERR@"><![CDATA[
+        #if $output_log
+            cat '$output_log' 2>&1
+        #end if
+    ]]></token>
+    <xml name="in_log">
+        <param name="add_log" type="boolean" checked="true" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as dataset" />
+    </xml>
+    <xml name="out_log">
+        <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file">
+            <filter>add_log</filter>
+        </data>
+    </xml>
+
+    <!-- inputs from previous pipeline steps -->
+    <xml name="input_stacks_macro">
+        <param name="input_stacks" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Loci and polymorphism" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" />
+    </xml>
+    <xml name="input_cat_macro">
+        <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog of loci" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" />
+    </xml>
+    <xml name="input_matches_macro">
+        <param name="input_matches" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Matches to the catalog" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or sstacks" />
+    </xml>
+    <xml name="bam_input_macro">
+        <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="Aligned data" help="either the matches to the catalog (bam), i.e. tsv2bam, or reads aligned to a reference" />
+    </xml>
+    <xml name="input_aln_macro">
+        <param name="input_aln" format="vcf,fasta.gz" type="data_collection" collection_type="list" label="Assembled contigs and variant sites" help="output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" />
+    </xml>
+
+    <!-- code for creating links to the data sets from previous pipeline steps
+         - stacks (i.e ustacks outputs POP.tags.tsv, POP.alleles.tsv, POP.snps.tsv)
+             also stores sample names in list (samples)
+         - cat (cstacks catalog.tags.tsv, catalog.alleles.tsv, catalog.snps.tsv)
+         - matches (sstacks POP.matches.tsv) -->
+    <token name="@LINK_STACKS_INPUT@"><![CDATA[
+    #set $samples = []
+    #for $input_file in $input_stacks
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('^(?!catalog).+\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+            #if $filename.endswith('.tags.tsv')
+                $samples.append($filename[:-9])
+            #end if
+        #end if
+    #end for
+    ]]>
+    </token>
+    <token name="@LINK_CAT_INPUT@"><![CDATA[
+    #for $input_file in $input_cat
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('^catalog\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+        #end if
+    #end for
+    ]]></token>
+    <token name="@LINK_MATCHES_INPUT@"><![CDATA[
+    #for $input_file in $input_matches
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('matches.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+        #end if
+    #end for
+    ]]></token>
+
+    <!-- fastq input for process_radtags/shortreads (non-batch) and clone/kmerfilter (batch)
+         for batch processing chose multiple=false and paired
+         otherwise multiple=true and listtype=list:paired -->
+    <xml name="fastq_input_bc" token_multiple="false" token_listtype="paired">
+        <conditional name="input_type">
+            <param name="input_type_select" type="select" label="Single-end or paired-end reads">
+                <option value="single" selected="True">Single-end files</option>
+                <option value="paired">Paired-end files</option>
+            </param>
+            <when value="single">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Singles-end reads" />
+                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
+                    <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" />
+                </param>
+            </when>
+            <when value="paired">
+                <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" label="Paired-end reads" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/>
+                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
+                    <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" />
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+        <yield/>
+    </xml>
+
+    <xml name="fastq_input_bc_file" token_multiple="false" token_listtype="paired">
+        <expand macro="fastq_input_bc" multiple="@MULTIPLE@" listtype="@LISTTYPE@">
+            <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" label="Barcode file" />
+        </expand>
+    </xml>
+
+    <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks) 
+         - fastq_optional: makes fastq input optional (true/false) 
+         - se_option: wording for "single end" option (for tsv2bam this is the
+              reverse reads for the others its the forward reads)
+         - help: help text -->
+    <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_se_option="single end or forward reads" token_help="">
+        <conditional name="input_type">
+            <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@">
+                <option value="single" selected="true">@SE_OPTION@</option>
+                <option value="paired">(paired) dataset list</option>
+            </param>
+            <when value="single">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+            </when>
+            <when value="paired">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+    <!-- helper functions for linking fastq data sets -->
+    <token name="@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@"><![CDATA[
+    #from os.path import splitext
+    #import re
+
+    #def clean_ext($identifier)
+        #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam'))
+            #set $identifier = splitext($identifier)[0]
+        #end while
+$identifier#slurp
+    #end def
+
+    #def fastq_input_foo( $sample, $read_direction="", $infix="" )
+        #set $name = $clean_ext($sample.element_identifier)
+        #if $sample.is_collection:
+            #set $cur_sample=$sample[$read_direction]
+        #else:
+            #set $cur_sample=$sample
+        #end if
+
+        #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger')
+            #set $ext =  "fastq"
+            #set $inputype = "fastq"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz')
+            #set $ext = "fastq.gz"
+            #set $inputype = "gzfastq"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fasta')
+            #set $ext = "fasta"
+            #set $inputype = "fasta"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fasta.gz')
+            #set $ext = "fasta.gz"
+            #set $inputype = "gzfasta"
+        #else
+            #set $inputype = "UNKNOWN"
+        #end if
+        #set $data_path = "stacks_inputs/"+$name+$infix+"."+$ext
+        #set $link_cmd = "ln -s '%s' '%s' &&" % ($cur_sample, $data_path)
+        #return ($link_cmd, $data_path, $name, $inputype)
+    #end def
+
+    ## fastq_input_batch determine link command, access path(s), and input type
+    ## for batch tools
+    ##
+    ## inputs
+    ## - sample data set / pair
+    ## - type "single" / "paired"
+    ## return (link_command, fwd_path, rev_path, inputype)
+    ## - link_command bash command(s) to link the data sets
+    ## - fwd_path file name of the link to the forward data set
+    ## - rev_path file name of the link to the forward data set (if type=paired)
+    ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q))
+    #def fastq_input_batch($sample, $type)
+        #if $type == "single"
+            #set ($link_cmd, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "")
+            #return ($link_cmd, $path, "", $inputype)
+        #else:
+            #set ($fwd_link_cmd, $fwd_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", ".1")
+            #set ($rev_link_cmd, $rev_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", ".2")
+            #return ( $fwd_link_cmd+$rev_link_cmd, $fwd_path, $rev_path, $inputype)
+        #end if
+    #end def
+
+    ## fastq_input_nonbatch determine link command, access path(s), and input type
+    ## for non-batch tools (procrad, shortreads, denovomap the former need R[12]_
+    ## and the latter needs .[12])
+    ##
+    ## inputs
+    ## - samples list of data set / pair
+    ## - type "single" / "paired"
+    ## - infix_pattern pattern for the infix of the files (needs to contain %d which is replaced by 1/2)
+    ## return (link_command, inputype)
+    ## - link_command bash command(s) to link the data sets
+    ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q))
+    #def fastq_input_nonbatch( $samples, $type, $infix_pattern )
+        #set $link_command = ""
+        #for $sample in $samples
+            #if $type == "single"
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "")
+                #set link_command += lc
+            #else:
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", $infix_pattern % (1))
+                #set link_command += lc
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", $infix_pattern % (2))
+                #set link_command += lc
+            #end if
+        #end for
+        #return ($link_command, $inputype)
+    #end def
+    ]]></token>
+
+    <!-- macro and token for BAM input, for each bam file w identifier NAME
+       - creates a link NAME.bam <- bam_inputs/NAME.INFIX.bam
+       - appends -B bam_inputs/NAME.INFIX.bam to variable bamlist
+
+         INFIX is set to"" per default, can be set with optional variable $infix
+         only needed for gstacks in denovo mode which needs .matches.bam -->
+    <token name="@BAM_INPUT@"><![CDATA[
+    #set $bamlist = ""
+    #for $bam in $input_bam:
+        #if $bam.is_of_type('bam')
+            #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam"
+            ln -s '$bam' bam_inputs/$filename &&
+            #set bamlist += " -B 'bam_inputs/"+$filename+"'"
+        #end if
+    #end for
+    ]]></token>
+
+    <token name="@EXTRACT_VCF@"><![CDATA[
+    ## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it
+    ## to make it usable in Galaxy (with the downside that we
+    ## need to gzip it again for downstream calls like populations)
+    && gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf
+    ]]></token>
+
+
+
+    <!-- tokens and macros for gapped alignment options
+         the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice
+         but allows to be used also in the full macro) -->
+    <token name="@GAP_OPTIONS@"><![CDATA[
+    #if $gapped.use_gapped == "yes"
+        --max_gaps $gapped.max_gaps
+        --min_aln_len $gapped.min_aln_len
+    #else
+        --disable-gapped
+    #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@GAP_OPTIONS_ONOFF@"><![CDATA[
+    #if $gapped.use_gapped != "yes"
+        --disable-gapped
+    #end if
+    ]]></token>
+    <xml name="gap_options">
+        <expand macro="gap_options_onoff">
+            <param argument="--max_gaps" type="float" value="2.0" label="Number of gaps allowed between stacks before merging"/>
+            <param argument="--min_aln_len" type="float" value="0.8" min="0.0" max="1.0" label="Minimum length of aligned sequence in a gapped alignment"/>
+        </expand>
+    </xml>
+    <xml name="gap_options_onoff">
+        <conditional name="gapped">
+            <param name="use_gapped" argument="--disable-gapped" type="select" label="Perform gapped alignments between stacks">
+                <option value="no">No</option>
+                <option value="yes" selected="true">Yes</option>
+            </param>
+            <when value="no"/>
+            <when value="yes">
+                <yield/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+
+    <!-- ustacks outputs collection containing SAMPLE.tags.tsv, SAMPLE.snps.tsv, SAMPLE.alleles.tsv (SAMPLE!=catalog) -->
+    <!-- TODO tags, snps, and alleles could go to sub collections; same for other tools -->
+    <xml name="ustacks_outputs_macro" token_tooladd="">
+        <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci and polymorphism">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.tags)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.snps)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.alleles)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
+        </collection>
+    </xml>
+    <!-- cstacks outputs collection containing catalog.tags.tsv, catalog.snps.tsv, catalog.alleles.tsv -->
+    <xml name="cstacks_outputs_macro" token_tooladd="">
+        <collection name="catalog" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Catalog of loci">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;catalog\.(tags|snps|alleles))\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
+        </collection>
+    </xml>
+    <!-- sstacks outputs collection containing SAMPLE.matches.tsv -->
+    <xml name="sstacks_outputs_macro" token_tooladd="">
+        <collection name="matches" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+\.matches)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
+        </collection>
+    </xml>
+    <!-- tsv2bam outputs collection containing SAMPLE.matches.bam -->
+    <xml name="tsv2bam_outputs_macro" token_tooladd="">
+        <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog (bam)">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+\.matches)\.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" />
+        </collection>
+    </xml>
+    <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz
+         + optional output alignments.bam (if no popmap is given) and POP.alns.bam otherwise-->
+    <xml name="gstacks_outputs_full_macro" token_tooladd="">
+        <expand macro="gstacks_outputs_macro"/>
+        <data format="txt" name="distribs" label="${tool.name} on ${on_string} log.distribs" from_work_dir="stacks_outputs/gstacks.log.distribs">
+            <filter>add_log_distribs</filter>
+        </data>
+        <collection name="gstacks_alns_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignments">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.*).alns.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" />
+            <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None</filter>
+        </collection>
+        <data name="gstacks_aln_out" format="bam" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignment" from_work_dir="stacks_outputs/alignments.bam">
+            <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None</filter>
+        </data>
+    </xml>
+    <xml name="gstacks_outputs_macro" token_tooladd="">
+        <collection name="gstacks_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Assembled contigs and variant sites">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;catalog\.calls\.vcf)$" ext="vcf" directory="stacks_outputs" />
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;catalog\.fa\.gz)$" ext="fasta.gz" directory="stacks_outputs" />
+        </collection>
+    </xml>
+
+    <!-- default output of populations -->
+    <xml name="populations_output_light" token_tooladd="">
+        <data format="tabular" name="out_haplotypes" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Raw Genotypes/Haplotypes" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv" />
+        <data format="tabular" name="out_hapstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level haplotype summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hapstats.tsv" />
+        <data format="txt" name="out_populations_log_distribs" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Populations log distributions" from_work_dir="stacks_outputs/populations.log.distribs" />
+        <data format="tabular" name="out_sumstats_sum" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Summary of Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats_summary.tsv" />
+        <data format="tabular" name="out_sumstats" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Population-level summary statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.sumstats.tsv" />
+        <data format="tabular" name="out_sql" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Genotyping markers" from_work_dir="stacks_outputs/populations.markers.tsv" />
+    </xml>
+
+    <xml name="populations_output_full">
+        <expand macro="populations_output_light"/>
+
+        <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv-->
+        <data format="tabular" name="out_phistats" label="${tool.name} on ${on_string} Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats.tsv">
+            <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_phistats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv">
+            <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_fststats_sum" label="${tool.name} on ${on_string} Summary of Fst statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv">
+            <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter>
+        </data>
+
+        <!-- fasta_loci populations.loci.fa
+             fasta_samples populations.samples.fa
+             fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa-->
+        <data format="tabular" name="out_fasta_strict" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus consensus sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.loci.fa">
+            <filter>populations_output['fasta_loci']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_fasta" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples.fa">
+            <filter>populations_output['fasta_samples']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_fasta_raw" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus, per-haplotpye sequences (regardless of biological plausibility)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.samples-raw.fa">
+            <filter>populations_output['fasta_samples_raw']</filter>
+        </data>
+
+        <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log
+             phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log-->
+        <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip">
+            <filter>populations_output['phylip']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log">
+            <filter>populations_output['phylip']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip">
+            <filter>populations_output['phylip_var']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_phylip_all_loci_var" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip (loci) all sequence as well as variable sites" from_work_dir="stacks_outputs/populations.var.phylip.log">
+            <filter>populations_output['phylip_var']</filter>
+        </data>
+
+        <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop -->
+        <data format="tabular" name="out_genepop_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.genepop">
+            <filter>populations_output['genepop']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_genepop_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.genepop">
+            <filter>populations_output['genepop']</filter>
+        </data>
+
+        <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf -->
+        <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.vcf">
+            <filter>populations_output['vcf']</filter>
+        </data>
+        <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_haps" label="${tool.name} on ${on_string} Haplotypes in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.vcf">
+            <filter>populations_output['vcf']</filter>
+        </data>
+
+        <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped-->
+        <data format="tabular" name="out_plink_markers" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK (makers)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.map">
+            <filter>populations_output['plink']</filter>
+        </data>
+        <data format="tabular" name="out_plink_genotypes" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK format (genotypes)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.ped">
+            <filter>populations_output['plink']</filter>
+        </data>
+
+		<!--structure populations.hzar-->
+        <data format="tabular" name="out_hzar" label="${tool.name} on ${on_string} hzar format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.hzar.csv">
+            <filter>populations_output['hzar']</filter>
+        </data>
+        <!--structure populations.structure-->
+        <data format="tabular" name="out_structure" label="${tool.name} on ${on_string} Structure format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.structure">
+            <filter>populations_output['structure']</filter>
+        </data>
+
+        <!-- radpainter populations.haps.radpainter -->
+        <data format="tabular" name="out_radpainter" label="${tool.name} on ${on_string} Radpainter format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.radpainter">
+            <filter>populations_output['radpainter']</filter>
+        </data>
+
+        <!-- treemix populations.treemix -->
+        <data format="tabular" name="out_treemix" label="${tool.name} on ${on_string} Treemix format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.treemix">
+            <filter>populations_output['treemix']</filter>
+        </data>
+    </xml>
+
+    <xml name="snp_options_alpha">
+        <param argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" >
+            <option value="0.1">0.1</option>
+            <option value="0.05" selected="True">0.05</option>
+            <option value="0.01">0.01</option>
+            <option value="0.001">0.001</option>
+        </param>
+    </xml>
+
+    <xml name="snp_options">
+        <conditional name="select_model">
+            <param argument="--model_type" type="select" label="Choose the model">
+                <option value="snp" selected="true">SNP</option>
+                <option value="bounded">Bounded SNP</option>
+                <option value="fixed">Fixed</option>
+            </param>
+            <when value="snp">
+                <expand macro="snp_options_alpha"/>
+            </when>
+            <when value="bounded">
+                <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="Lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/>
+                <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="Upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" />
+                <expand macro="snp_options_alpha"/>
+            </when>
+            <when value="fixed">
+                <yield/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="snp_options_full">
+        <expand macro="snp_options">
+            <param argument="--bc_err_freq" type="float" value="0.1" min="0.0" max="1.0" label="Barcode error frequency" help="between 0 and 1.0"/>
+        </expand>
+    </xml>
+
+	<!-- variant calling option for use in gstacks and denovomap 
+         default for var_alpha is 0.01 if model == marukilow (which is the case in denovomap and refmap)
+         otherwise no default is is available and gstacks will output and error
+         "Error: No value was provided for \-\-var-alpha and there is no default for this model)" 
+	-->
+    <xml name="variant_calling_options_vg" token_varalpha_default="">
+        <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="@VARALPHA_DEFAULT@" min="0" label="Alpha threshold for discovering SNPs" help="Default is 0.01 if the marukilow model is used (which is the case in refmap and denovomap), otherwise no default value is available." />
+        <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="Alpha threshold for calling genotypes" />
+    </xml>
+
+    <xml name="barcode_encoding_single" token_type="">
+        <option value="--inline_null" selected="True">@TYPE@ is inline with sequence, occurs only on single-end read (--inline_null)</option>
+        <option value="--index_null">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) (--index_null)</option>
+        <yield/>
+    </xml>
+
+    <xml name="barcode_encoding_pair" token_type="">
+        <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@">
+            <option value="--null_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i7 read if both i5 and i7 read are provided) (--null_index)</option>
+            <option value="--inline_inline">@TYPE@ is inline with sequence, occurs on single and paired-end read (--inline_inline)</option>
+            <option value="--index_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 and i7 reads) (--index_index)</option>
+            <option value="--inline_index">@TYPE@ is inline with sequence on single-end read and occurs in FASTQ header (from either i5 or i7 read) (--inline_index)</option>
+            <option value="--index_inline">@TYPE@ occurs in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) and is inline with sequence on single-end read (if single read data) or paired-end read (if paired data) (--index_inline)</option>
+        </expand>
+    </xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 macros_process.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros_process.xml	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,183 @@
+<?xml version="1.0"?>
+
+<!-- macros and tokens for process_radtags and process_short_reads -->
+
+<macros>
+
+    <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[
+    -p stacks_inputs/
+    #if $input_type.input_type_select == "paired"
+        --paired
+    #end if
+    -i $inputype
+    -b '$barcode'
+    $input_type.barcode_encoding
+    #if str( $outype ) != "auto"
+        -y $outype
+    #end if
+    -o stacks_outputs
+    ]]></token>
+    <xml name="process_output_types">
+        <param name="outype" argument="-y" type="select" label="Output format" >
+            <option value="auto" selected="True">Same as input</option>
+            <option value="fastq">fastq</option>
+            <option value="fasta">fasta</option>
+            <option value="gzfastq">gzipped fastq</option>
+            <option value="gzfasta">gzipped fasta</option>
+        </param>
+    </xml>
+
+    <xml name="discover_faqgz_output_macro" token_pattern="" token_dir="">
+        <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="@PATTERN@" dir="@DIR@"/>
+        <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq\.gz$" ext="fastqsanger.gz" directory="@DIR@/" />
+        <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa\.gz$" ext="fasta.gz" directory="@DIR@/" />
+    </xml>
+    <xml name="discover_faq_output_macro" token_pattern="" token_dir="">
+        <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fq$" ext="fastqsanger" directory="@DIR@/" />
+        <discover_datasets pattern="@PATTERN@\.fa$" ext="fasta" directory="@DIR@/" />
+    </xml>
+
+    <xml name="process_outputs">
+        <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
+            <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.+)" dir="stacks_outputs"/>
+        </collection>
+        <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
+            <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs"/>
+        </collection>
+
+        <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads">
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
+            <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.rem\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/>
+        </collection>
+
+        <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped -->
+        <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads">
+            <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
+            <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.*)" dir="stacks_outputs/discarded"/>
+        </collection>
+        <collection name="discarded_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads">
+            <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
+            <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs/discarded"/>
+        </collection>
+    </xml>
+
+    <!-- FASTQ filtering options -->
+    <xml name="process_filter">
+        <conditional name="filter_cond" >
+            <param name="filter_select" type="select" label="Do quality filtering">
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no" selected="true">No</option>
+            </param>
+            <when value="yes">
+                <param name="sliding" type="float" value="0.15" min="0" max="1" argument="-w" label="Set the size of the sliding window as a fraction of the read length, between 0 and 1" />
+                <param name="score" type="integer" value="10" min="0" max="40" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded" />
+                <param name="remove" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" argument="-c" label="Clean data, remove any read with an uncalled base" />
+                <param name="discard" type="boolean" checked="false" truevalue="-q" falsevalue="" argument="-q" label="Discard reads with low quality scores"/>
+                <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" />
+            </when>
+            <when value="no">
+                <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" />
+    </xml>
+    <token name="@PROCESS_FILTER@"><![CDATA[
+    #if $filter_cond.filter_select == 'yes':
+        -w $filter_cond.sliding
+        -s $filter_cond.score
+        $filter_cond.remove
+        $filter_cond.discard
+        $filter_cond.filter_illumina
+    #else
+        #if str($filter_cond.len_limit) != "":
+            --len_limit $filter_cond.len_limit
+        #end if
+    #end if
+    $capture
+    ]]></token>
+    <token name="@PROCESS_FASTQ_POSTPROC@"><![CDATA[
+    #if $capture:
+        && mkdir stacks_outputs/discarded/
+        && mv stacks_outputs/*discards stacks_outputs/discarded/
+
+        ## fix the _R[12]_0 that was added for preparing the input
+        #if $input_type.input_type_select == 'paired':
+            && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/_R1_0/.1/; s/_R2_0/.2/;')"; done
+        #end if
+        ## also remove the gz which is added by procrad (but its uncompressed)
+        && find stacks_outputs/discarded/ -type f -iname "*.gz.discards" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/.gz.discards$/.discards/;')"; done
+
+        ## the discard files are named fastq even if the output is fasta
+        #if str($outype).endswith("fasta"):
+            && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fa/;')"; done
+        #else
+            && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.fastq.discards/.fq/;')"; done
+        #end if
+    #end if
+    ## prepare paired read output for processing in galaxy
+    #if $input_type.input_type_select == 'paired':
+        && mkdir stacks_outputs/remaining
+        && find stacks_outputs -iregex ".*\.rem\.[12]\.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" stacks_outputs/remaining/; done
+        && find stacks_outputs/ -iregex ".*.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.1\./.forward./; s/\.2\./.reverse./')"; done
+    #end if
+    ]]></token>
+
+    <!-- adapter trimming options -->
+    <xml name="process_adapter">
+            <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the first read" />
+            <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the paired-read" />
+            <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="Number of mismatches allowed in the adapter sequence"/>
+    </xml>
+    <token name="@PROCESS_ADAPTER@"><![CDATA[
+    ## Adapter options
+    #if str($options_advanced.adapter_1) != "":
+        --adapter_1 $options_advanced.adapter_1
+    #end if
+    #if str($options_advanced.adapter_2) != "":
+        --adapter_2 $options_advanced.adapter_2
+    #end if
+    #if str($options_advanced.adapter_mm) != "":
+        --adapter_mm $options_advanced.adapter_mm
+    #end if
+    ]]></token>
+
+    <!-- barcode rescue options -->
+    <xml name="rescue_barcode">
+        <conditional name="rescue_cond">
+            <param name="rescue" type="select" argument="-r" label="Rescue mutated barcodes and RAD-Tags?">
+                <option value="-r">yes</option>
+                <option value="" selected="true">no</option>
+            </param>
+            <when value="-r">
+                <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/>
+                <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/>
+            </when>
+            <when value=""/>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <token name="@RESCUE_BARCODE@"><![CDATA[
+    #if str($options_advanced.rescue_cond.rescue) != ""
+        $options_advanced.rescue_cond.rescue
+        #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1) != "":
+            --barcode_dist_1 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_1
+        #end if
+        #if str($options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2) != "":
+            --barcode_dist_2 $options_advanced.rescue_cond.barcode_dist_2
+        #end if
+    #end if
+    ]]></token>
+
+    <!-- advanced options that are shared -->
+    <xml name="common_advanced">
+        <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" />
+        <param argument="--retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" />
+    </xml>
+    <token name="@COMMON_ADVANCED@"><![CDATA[
+    #if str($options_advanced.truncate)
+        -t $options_advanced.truncate
+    #end if
+    $options_advanced.retain_header
+    ]]></token>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 stacks_refmap.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/stacks_refmap.xml	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,151 @@
+<tool id="stacks2_refmap" name="Stacks2: reference map" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@">
+    <description>the Stacks pipeline with a reference genome (ref_map.pl)</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <expand macro="version_cmd"/>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@
+mkdir bam_inputs stacks_outputs&&
+@BAM_INPUT@
+
+ref_map.pl
+--samples bam_inputs
+#if str($popmap) != 'None':
+    --popmap '$popmap'
+#end if
+$paired_select
+-o stacks_outputs
+-T \${GALAXY_SLOTS:-1}
+--var-alpha $model_options.var_alpha
+--gt-alpha $model_options.gt_alpha
+
+@EXTRACT_VCF@
+
+#if $output_log
+    && mv stacks_outputs/ref_map.log $output_log
+#end if
+    ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <expand macro="bam_input_macro"/>
+        <param argument="--popmap" type="data" optional="true" format="tabular,txt" label="Population map" />
+        <param name="paired_select" type="select" label="Paired end options" help="select single/paired for single end data or to select advanced paired end options, --unpaired: treat reverse reads as if they were forward reads; --ignore-pe-reads: ignore paired-end reads even if present in the input">
+            <option value="" selected="true">single/paired</option>
+            <option value="--unpaired" selected="true">ignore read pairing (--unpaired)</option>
+            <option value="--ignore-pe-reads" selected="true">ignore paired-end reads (--ignore-pe-reads)</option>
+        </param>
+        <section name="model_options" title="Variant calling options (for gstacks)" expanded="true">
+            <expand macro="variant_calling_options_vg" varalpha_default="0.01"/>
+        </section>
+        <expand macro="in_log"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <expand macro="out_log"/> <!-- pipeline also writes other logs? .. could be a collection -->
+        <expand macro="gstacks_outputs_macro" tooladd="(gstacks)"/>
+        <expand macro="populations_output_light" tooladd="(populations)"/>
+    </outputs>
+
+    <tests>
+        <!-- bams as list -->
+        <test>
+            <param name="input_bam" ftype="bam" value="refmap/PopA_01.bam,refmap/PopA_02.bam"/>
+            <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" />
+            <param name="add_log" value="yes" />
+            <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output>
+            <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2">
+                <element name="catalog.calls.vcf" file="refmap/catalog.calls.vcf" ftype="vcf" lines_diff="2"/>
+                <element name="catalog.fa.gz" file="refmap/catalog.fa.gz" ftype="fasta.gz" compare="sim_size"/>
+            </output_collection>
+            <output ftype="tabular" name="out_haplotypes" value="refmap/populations.haplotypes.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_hapstats" value="refmap/populations.hapstats.tsv"/>
+            <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs" value="refmap/populations.log.distribs"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum" value="refmap/populations.sumstats_summary.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats" value="refmap/populations.sumstats.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sql" value="refmap/populations.markers.tsv"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input_bam" ftype="bam" value="refmap/PopA_01.bam,refmap/PopA_02.bam"/>
+            <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" />
+            <param name="paired_select" value="--unpaired"/>
+            <param name="model_options|var_alpha" value="0.1" />
+            <param name="model_options|gt_alpha" value="0.1" />
+            <assert_command>
+                <has_text text="--unpaired" />
+                <has_text text="--var-alpha 0.1" />
+                <has_text text="--gt-alpha 0.1" />
+            </assert_command>
+            <param name="add_log" value="yes" />
+            <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output>
+            <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_haplotypes"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_hapstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sql"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help>
+<![CDATA[
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+This program expects data that have been aligned to a reference genome, and can accept data directly from Bowtie, or from any aligner that can produce SAM format. To avoid datasets names problems, we recommand the use of the *Map with BWA for STACKS tool*. This program will execute each of the Stacks components: first, running pstacks on each of the samples specified, building loci (based on the reference alignment) and calling SNPs in each. Second, cstacks will be run to create a catalog of all loci specified as 'parents' or 'samples' on the command line, again using alignment to match loci in the catalog. Finally, sstacks will be executed to match each sample against the catalog. The ref_map.pl program will also load the results of each stage of the analysis: individual loci, the catalog, and matches against the catalog into the database (although this can be disabled). After matching the program will build a database index to speed up access (index_radtags.pl) and enable web-based filtering.
+
+--------
+
+**Input files**
+
+- SAM, BAM
+
+- Population map::
+
+    indv_01    1
+    indv_02    1
+    indv_03    1
+    indv_04    2
+    indv_05    2
+    indv_06    2
+
+**Output files**
+
+- XXX.tags.tsv file:
+
+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_
+
+Notes: For the tags file, each stack will start in the file with a consensus sequence for the entire stack followed by the flags for that stack. Then, each individual read that was merged into that stack will follow. The next stack will start with another consensus sequence.
+
+
+- XXX.snps.tsv file:
+
+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_
+
+Notes: If a stack has two SNPs called within it, then there will be two lines in this file listing each one.
+
+
+- XXX.alleles.tsv file:
+
+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_
+
+
+- XXX.matches.tsv file:
+
+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_
+
+Notes: Each line in this file records a match between a catalog locus and a locus in an individual, for a particular haplotype. The Batch ID plus the Catalog ID together represent a unique locus in the entire population, while the Sample ID and the Stack ID together represent a unique locus in an individual sample.
+
+
+- other files:
+
+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_
+
+@STACKS_INFOS@
+]]>
+    </help>
+    <expand macro="citation" />
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz
Binary file test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/clonefilter.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+Processing single-end data.
+Searching for inline oligo on single-end read.
+Found 1 input file(s).
+Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz]
+  Reading data from:
+  stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz
+Calculating the distribution of cloned read pairs...
+5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0	1	AC	0	0
+0	1	CA	0	0
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.snps.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0	1	33	E	0	A	C	-	-
+0	1	88	E	0	A	C	-	-
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.tags.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/catalog.tags.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45
+0	1	consensus	0	1_1,2_1	AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC	0	0	0
+0	2	consensus	0	1_2,2_2	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT	0	0	0
+0	3	consensus	0	1_3,2_3	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA	0	0	0
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/cstacks.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cstacks/cstacks.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+cstacks parameters selected:
+  Loci matched based on sequence identity.
+  Number of mismatches allowed between stacks: 1
+  Gapped alignments: enabled
+Constructing catalog from 2 samples.
+
+Initializing new catalog...
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv
+  3 loci were newly added to the catalog.
+
+Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2]
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+  3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
+Searching for gapped alignments...
+Merging matches into catalog...
+  3 loci were matched to a catalog locus.
+  0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
+  0 loci were newly added to the catalog.
+  0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
+    0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
+
+Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'.
+Final catalog contains 3 loci.
+cstacks is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,320 @@
+>lane1_fakedata0_0 1:N:0:
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA
+>lane1_fakedata0_1 1:N:0:
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA
+>lane1_fakedata0_2 1:N:0:
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA
+>lane1_fakedata0_3 1:N:0:
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA
+>lane1_fakedata0_4 1:N:0:
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA
+>lane1_fakedata0_5 1:N:0:
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+  3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%)
+
+Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)...
+  Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+  Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+
+Sample 2 of 2 'PopA_02'
+----------
+ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02
+ustacks parameters selected:
+  Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq'
+  Sample ID: 2
+  Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+  Repeat removal algorithm: enabled
+  Max distance allowed between stacks (M): 2
+  Max distance allowed to align secondary reads: 4
+  Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+  Deleveraging algorithm: disabled
+  Gapped assembly: enabled
+  Minimum alignment length: 0.8
+  Model type: SNP
+  Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 60 reads; formed:
+  4 stacks representing 55 primary reads (91.7%)
+  5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%)
+
+Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)...
+  Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+  Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+
+Depths of Coverage for Processed Samples:
+PopA_01: 22.00x
+PopA_02: 20.00x
+
+cstacks
+==========
+cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+cstacks parameters selected:
+  Loci matched based on sequence identity.
+  Number of mismatches allowed between stacks: 1
+  Gapped alignments: enabled
+Constructing catalog from 2 samples.
+
+Initializing new catalog...
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
+  3 loci were newly added to the catalog.
+
+Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2]
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+  3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
+Searching for gapped alignments...
+Merging matches into catalog...
+  3 loci were matched to a catalog locus.
+  0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
+  0 loci were newly added to the catalog.
+  0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
+    0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
+
+Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'.
+Final catalog contains 3 loci.
+cstacks is done.
+
+sstacks
+==========
+sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Searching for matches by sequence identity...
+  Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv
+  Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv
+  Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv
+Populating kmer dictionary for exact matches...done.
+Populating kmer dictionary for gapped alignments...done.
+
+Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2]
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+  0 loci matched no catalog locus;
+    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+    0 loci had no verified haplotypes.
+    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv
+
+Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2]
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
+  Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+  0 loci matched no catalog locus;
+    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+    0 loci had no verified haplotypes.
+    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv
+
+sstacks is done.
+
+tsv2bam
+==========
+tsv2bam -P stacks_outputs  -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+
+Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'.
+Configuration for this run:
+  Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+  Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+  Num. samples: 2
+  Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
+
+gstacks
+==========
+gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'.
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
+
+Configuration for this run:
+  Input mode: denovo
+  Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+  Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
+  Output to: 'stacks_outputs/'
+  Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05)
+
+Reading BAM headers...
+Processing all loci...
+20%...
+50%...
+100%
+
+Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
+  0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
+  0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
+  For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
+    Average contig size was 204.3 bp;
+  0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
+    Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
+  Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus),
+    252 were successfuly aligned (100.0%);
+  Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
+
+Genotyped 3 loci:
+  effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
+  mean number of sites per locus: 194.3
+  a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
+
+gstacks is done.
+
+populations
+==========
+populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+
+Logging to 'stacks_outputs/populations.log'.
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+populations parameters selected:
+  Percent samples limit per population: 0
+  Locus Population limit: 1
+  Percent samples overall: 0
+  Minor allele frequency cutoff: 0
+  Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
+  Applying Fst correction: none.
+  Pi/Fis kernel smoothing: off
+  Fstats kernel smoothing: off
+  Bootstrap resampling: off
+
+Parsing population map...
+The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
+Working on 2 samples.
+Working on 1 population(s):
+    1: PopA_01, PopA_02
+Working on 1 group(s) of populations:
+    defaultgrp: 1
+
+Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
+Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
+Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
+Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
+
+Processing data in batches:
+  * load a batch of catalog loci and apply filters
+  * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
+  * write the above statistics in the output files
+  * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
+More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+Now processing...
+Batch 1 
+
+Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
+Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
+Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
+  Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
+Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
+  Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
+Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
+
+Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
+  1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
+Populations is done.
+denovo_map.pl is done.
+
+denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+PopA_01	1
+PopA_02	1
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gentest.sh
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gentest.sh	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,19 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+mkdir stacks_outputs
+
+denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired  && 
+gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf
+rm stacks_outputs/catalog.calls
+
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/
+mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/
+mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/
+mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/
+mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/
+mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/
+mv stacks_outputs/populations.* populations/
+mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/
+
+rmdir stacks_outputs
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam
Binary file test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam
Binary file test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/alignments.bam
Binary file test-data/gstacks/alignments.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/catalog.calls.vcf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,597 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190618
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
+1	1	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	2	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	3	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	4	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	5	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	6	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	7	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	8	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	9	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	10	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	11	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	12	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	13	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	14	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	15	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	16	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	17	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	18	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	19	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+1	21	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	22	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	23	.	T	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
+1	24	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	25	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	26	.	C	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	18	12
+1	27	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	28	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	29	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	30	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	31	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	32	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	33	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	34	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+1	35	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	36	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	37	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	38	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	39	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	40	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	41	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	42	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	43	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	44	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	45	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	46	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	47	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	48	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	49	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	50	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	51	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	52	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	53	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	54	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	55	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	56	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	57	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	58	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	59	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	60	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	61	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	62	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	63	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	64	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	65	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	66	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	67	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	68	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	69	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	70	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+1	71	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+2	115	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
+2	116	.	A	.	.	.	DP=46;AD=46	DP	23	23
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+3	128	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
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+3	135	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
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+3	143	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	144	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	145	.	T	C	40	.	DP=30;AD=16,14;AF=0.467	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57	1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
+3	146	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	147	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	148	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	149	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	150	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	151	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	152	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	153	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	154	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	155	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	156	.	T	.	.	.	DP=30;AD=29	DP	17	13
+3	157	.	T	G	40	.	DP=30;AD=16,14;AF=0.467	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57	1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
+3	158	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	159	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	160	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	161	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	162	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	163	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	164	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	165	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	166	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	167	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	168	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	169	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	170	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	171	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	172	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	173	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	174	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	175	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	176	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	177	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	178	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	179	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	180	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	181	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	182	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	183	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	184	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	185	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	186	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	187	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	188	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	189	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	190	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	191	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	192	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	193	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	194	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	195	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	196	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	197	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	198	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	199	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	200	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	201	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	202	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	203	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
+3	204	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	17	13
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/catalog.fa.gz
Binary file test-data/gstacks/catalog.fa.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/gstacks.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,34 @@
+gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
+
+Configuration for this run:
+  Input mode: denovo
+  Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+  Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
+  Output to: 'stacks_outputs/'
+  Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05)
+
+Reading BAM headers...
+Processing all loci...
+20%...
+50%...
+100%
+
+Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
+  0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
+  0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
+  For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
+    Average contig size was 204.3 bp;
+  0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
+    Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
+  Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus),
+    252 were successfuly aligned (100.0%);
+  Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
+
+Genotyped 3 loci:
+  effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
+  mean number of sites per locus: 194.3
+  a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
+
+gstacks is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/gstacks.log.distribs
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,43 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+#       e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN effective_coverages_per_sample
+# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of
+# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more).
+sample	n_loci	n_used_fw_reads	mean_cov	mean_cov_ns
+PopA_01	3	96	32.000	32.000
+PopA_02	3	90	30.000	30.000
+END effective_coverages_per_sample
+
+BEGIN phasing_rates_per_sample
+sample	n_gts	n_multisnp_hets	n_phased	misphasing_rate
+PopA_01	3	2	2	0.000
+PopA_02	3	3	3	0.000
+END phasing_rates_per_sample
+
+BEGIN clockings
+Num. threads: 1
+Parallel time: 0.0
+Average thread time spent:
+     0.0  reading (3.1%)
+     0.0  processing (95.2%)
+             0.0 pre-alignments block (72.2%)
+             0.0  reformatting fw-reads (0.1%)
+             0.0  assembling (22.2%)
+             0.0  initializing alignments (5.4%)
+             0.0  aligning (42.9%)
+             0.0  merging read pairs (1.5%)
+             0.0 post-alignments block (21.2%)
+             0.0  filtering reads (0.0%)
+             0.0  counting nucleotides (3.5%)
+             0.0  genotyping (1.9%)
+             0.0  haplotyping (1.0%)
+             0.0  computing consensus (0.1%)
+             0.0  building_fa (0.1%)
+             0.0  building_vcf (14.6%)
+     0.0  writing_fa (0.1%)
+     0.0  writing_vcf (1.3%)
+     0.0  clocking (0.2%)
+Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%)
+VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1
+END clockings
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kfreq.tsv
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# KmerFrequency	Count
+1	408
+2	136
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kmerfilter.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+Using a kmer size of 16
+Filtering out reads by identifying rare kmers: On.
+  A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read.
+  A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row.
+Filtering out reads by identifying abundant kmers: On.
+  Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times.
+  A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers.
+Normalizing read depth: Off.
+Found 1 input file(s).
+Found 0 paired input file(s).
+Generating kmer distribution...
+Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq]
+540 unique k-mers recorded.
+Filtering reads by kmer frequency...
+Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq]
+  5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads.
+Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log'
+
+5 total sequences;
+  0 rare k-mer reads;
+  0 abundant k-mer reads;
+5 retained reads.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/blacklist.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/blacklist.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+666
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fixed.phylip
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+1	0
+1
+# Stacks v2.4;  Phylip sequential; June 17, 2019
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fixed.phylip.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+# Stacks v2.4;  Phylip sequential; June 17, 2019
+# Seq Pos	Locus ID	Column	Population
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fst_summary.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+	1
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haplotypes.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# Catalog Locus ID	Cnt	PopA_01	PopA_02
+1	2	AC/CA	AC/CA
+2	2	GG/GG	AA/GG
+3	2	CG/TT	CG/TT
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.genepop
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019
+1,2,3
+pop
+PopA_01,	0102	0102	0101
+PopA_02,	0102	0102	0102
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.radpainter
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+PopA_01	PopA_02
+AC/CA	AC/CA
+CG/TT	CG/TT
+GG	AA/GG
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.vcf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,18 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190617
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
+1	1	.	AC	CA	.	PASS	snp_columns=34,89	GT	0/1	0/1
+2	1	.	CG	TT	.	PASS	snp_columns=145,157	GT	0/1	0/1
+3	1	.	GG	AA	.	PASS	snp_columns=163,182	GT	0/0	0/1
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.hapstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
+# Locus ID	Chr	BP	Pop ID	N	Haplotype Cnt	Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity P-value	Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity P-value	HWE P-value	HWE P-value SE	Haplotypes
+1	un	1	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+2	un	205	1	4	2	0.50000	0.00000	0.00000	1.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AA:1;GG:3
+3	un	410	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	CG:2;TT:2
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.hzar.csv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# Stacks v2.4;  HZAR v0.2-5; June 18, 2019
+Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N
+1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.loci.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.loci.fa	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,47 @@
+populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv
+Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+populations parameters selected:
+  Percent samples limit per population: 0
+  Locus Population limit: 1
+  Percent samples overall: 0
+  Minor allele frequency cutoff: 0
+  Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
+  Applying Fst correction: none.
+  Pi/Fis kernel smoothing: off
+  Fstats kernel smoothing: off
+  Bootstrap resampling: off
+
+Parsing population map...
+The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
+Working on 2 samples.
+Working on 1 population(s):
+    1: PopA_01, PopA_02
+Working on 1 group(s) of populations:
+    defaultgrp: 1
+
+Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
+Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
+Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
+Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
+
+Processing data in batches:
+  * load a batch of catalog loci and apply filters
+  * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
+  * write the above statistics in the output files
+  * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
+More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
+Now processing...
+Batch 1 
+
+Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
+Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
+Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
+  Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
+Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
+  Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
+Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
+
+Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
+  1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
+Populations is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.log.distribs
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.log.distribs	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,42 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+#       e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN batch_progress
+Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen.
+END batch_progress
+
+BEGIN samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
+n_samples	n_loci
+2	3
+END samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+0	3
+END missing_samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN snps_per_loc_prefilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
+n_snps	n_loci
+2	3
+END snps_per_loc_prefilters
+
+BEGIN samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
+n_samples	n_loci
+2	3
+END samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+0	3
+END missing_samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN snps_per_loc_postfilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
+n_snps	n_loci
+2	3
+END snps_per_loc_postfilters
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.markers.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+# Catalog Locus ID		Total Genotypes	Max	Genotype Freqs	F	Mean Log Likelihood	Genotype Map	
+1		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
+2		2	50.00000	aa:1(50.0%);ab:1(50.0%);	0.00000	1.00000	AA:b;GG:a;	
+3		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	CG:a;TT:b;	
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.phistats.tsv
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Phi_st Means
+	1
+
+# Fst' Means
+	1
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.plink.map
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.plink.map	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Stacks v2.4;  PLINK v1.07; June 17, 2019
+un	1_33	0	34
+un	1_88	0	89
+un	2_144	0	349
+un	2_156	0	361
+un	3_162	0	571
+un	3_181	0	590
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.plink.ped
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.plink.ped	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# Stacks v2.4;  PLINK v1.07; June 17, 2019
+1	PopA_01	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	G	G	G	G
+1	PopA_02	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	A	G	A	G
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.samples-raw.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.samples-raw.fa	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.samples.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.samples.fa	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Stacks version 2.4; June 17, 2019
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.snps.genepop
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.snps.genepop	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019
+1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181
+pop
+PopA_01,	0102	0102	0204	0304	0303	0303
+PopA_02,	0102	0102	0204	0304	0103	0103
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.snps.vcf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.snps.vcf	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20190617
+##source="Stacks v2.4"
+##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
+1	34	.	A	C	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07	0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
+1	89	.	A	C	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07	0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
+2	145	.	C	T	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29	0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
+2	157	.	G	T	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29	0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
+3	163	.	G	A	.	PASS	NS=2;AF=0.250	GT:DP:AD:GQ:GL	0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45	0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
+3	182	.	G	A	.	PASS	NS=2;AF=0.250	GT:DP:AD:GQ:GL	0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45	0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.structure
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.structure	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Stacks v2.4;  Structure v2.3; June 17, 2019
+		1_33	1_88	2_144	2_156	3_162	3_181
+PopA_01	1	1	1	2	3	3	3
+PopA_01	1	2	2	4	4	3	3
+PopA_02	1	1	1	2	3	1	1
+PopA_02	1	2	2	4	4	3	3
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.sumstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.sumstats.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
+# Locus ID	Chr	BP	Col	Pop ID	P Nuc	Q Nuc	N	P	Obs Het	Obs Hom	Exp Het	Exp Hom	Pi	Smoothed Pi	Smoothed Pi P-value	Fis	Smoothed Fis	Smoothed Fis P-value	HWE P-value	Private
+1	un	34	33	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+1	un	89	88	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+2	un	367	162	1	G	A	2	0.75000000	0.50000	0.50000	0.37500	0.62500	0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+2	un	386	181	1	G	A	2	0.75000000	0.50000	0.50000	0.37500	0.62500	0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+3	un	554	144	1	C	T	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+3	un	566	156	1	G	T	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.sumstats_summary.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.sumstats_summary.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Variant positions
+# Pop ID	Private	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
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+# All positions (variant and fixed)
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+12	44	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	45	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	46	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	47	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	48	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	49	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	50	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	51	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	52	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	53	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	54	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	55	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	56	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	57	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	60	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	61	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	62	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	64	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	65	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	66	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	67	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	68	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	70	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	71	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	72	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	73	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	74	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	75	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	76	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	77	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	78	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	80	.	T	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	81	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	88	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	89	.	A	C	40	.	DP=30;AD=15,15;AF=0.5	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07	1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
+12	90	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
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+12	92	.	G	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	93	.	A	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+12	94	.	C	.	.	.	DP=30;AD=30	DP	18	12
+13	1	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	2	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	3	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	4	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	5	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	6	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	7	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	8	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	9	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	10	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	11	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	12	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	13	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	14	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	15	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	16	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	17	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
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+13	19	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	20	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	21	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	22	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	23	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	24	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	25	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	26	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	27	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	28	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	29	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	30	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	31	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	32	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	33	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	34	.	A	C	40	.	DP=28;AD=15,13;AF=0.464	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78	0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13	35	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	36	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	37	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	38	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	39	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	40	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	41	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	42	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	43	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	44	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	45	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	46	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	47	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	48	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	49	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	50	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	51	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	52	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	53	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	54	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	55	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	56	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	57	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	58	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	59	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	60	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	61	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	62	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	63	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	64	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	65	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	66	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	67	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	68	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	69	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	70	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	71	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	72	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	73	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	74	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	75	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	76	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	77	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	78	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	79	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	80	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	81	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	82	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	83	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	84	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	85	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	86	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	87	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	88	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	89	.	C	A	40	.	DP=28;AD=15,13;AF=0.464	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78	0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13	90	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	91	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	92	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	93	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	94	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/catalog.fa.gz
Binary file test-data/refmap/catalog.fa.gz has changed
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID	Cnt	PopA_01	PopA_02
+1	2	consensus	consensus
+2	2	consensus	consensus
+3	2	consensus	consensus
+4	2	consensus	consensus
+5	2	consensus	consensus
+6	2	consensus	consensus
+7	2	consensus	consensus
+8	2	consensus	consensus
+9	2	consensus	consensus
+10	2	AC/CA	AC/CA
+11	2	consensus	consensus
+12	2	AC/CA	AC/CA
+13	2	AC/CA	AC/CA
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/populations.hapstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.hapstats.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
+# Locus ID	Chr	BP	Pop ID	N	Haplotype Cnt	Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity P-value	Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity P-value	HWE P-value	HWE P-value SE	Haplotypes
+10	Contig_3091	1	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+12	Contig_3358	1	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+13	Contig_3569	1	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/populations.log.distribs
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,57 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+#       e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN batch_progress
+Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%).
+Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+END batch_progress
+
+BEGIN samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
+n_samples	n_loci
+2	13
+END samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+0	13
+END missing_samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN snps_per_loc_prefilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
+n_snps	n_loci
+0	10
+2	3
+END snps_per_loc_prefilters
+
+BEGIN samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
+n_samples	n_loci
+2	13
+END samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+0	13
+END missing_samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN snps_per_loc_postfilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
+n_snps	n_loci
+0	10
+2	3
+END snps_per_loc_postfilters
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/populations.markers.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID		Total Genotypes	Max	Genotype Freqs	F	Mean Log Likelihood	Genotype Map	
+1		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+2		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+3		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+4		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+5		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+6		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+7		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+8		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+9		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+10		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
+11		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+12		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
+13		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/populations.sumstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
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+# All positions (variant and fixed)
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:/1
+ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/shortreads/PopA_01.rem.forward.fq.gz
Binary file test-data/shortreads/PopA_01.rem.forward.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/shortreads/PopA_01.rem.reverse.fq.gz
Binary file test-data/shortreads/PopA_01.rem.reverse.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/shortreads/PopA_01.reverse.fq.gz
Binary file test-data/shortreads/PopA_01.reverse.fq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/shortreads/process_shortreads.out
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/shortreads/process_shortreads.out	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,56 @@
+process_shortreads v2.2, executed 2018-12-03 21:27:19
+process_shortreads -p stacks_inputs/ -i fastq -b /tmp/tmpiZT6X4/files/000/dataset_2.dat --inline_null -o stacks_outputs
+File	Retained Reads	Low Quality	Ambiguous Barcodes	Trimmed Reads	Orphaned paired-end reads	Total
+R1.fastq	7000	0	0	0	0	7000
+
+Total Sequences	7000
+Ambiguous Barcodes	0
+Low Quality	0
+Trimmed Reads	0
+Orphaned Paired-ends	0
+Retained Reads	7000
+
+Barcode	Filename	Total	Retained
+ATGGGG	PopA_01	160	160
+GGGTAA	PopA_02	146	146
+AGGAAA	PopA_03	224	224
+TTTAAG	PopA_04	168	168
+GGTGTG	PopA_05	220	220
+TGATGT	PopA_06	214	214
+GGTTGT	PopA_07	182	182
+ATAAGT	PopA_08	232	232
+AAGATA	PopA_09	182	182
+TGTGAG	PopA_10	168	168
+ATAGTT	PopA_11	200	200
+GGAAGG	PopA_12	178	178
+TTTGTG	PopA_13	190	190
+TTAAAT	PopA_14	166	166
+AATAAG	PopA_15	152	152
+AAGAGG	PopA_16	174	174
+TAGTGT	PopA_17	242	242
+TGGAAG	PopA_18	148	148
+GGGTTG	PopA_19	110	110
+CATCAT	PopA_20	178	178
+GGAGAG	PopB_20	210	210
+GTTTTA	PopB_01	136	136
+TGATAA	PopB_02	166	166
+GTTGAT	PopB_03	148	148
+AGATTA	PopB_04	180	180
+GTATAG	PopB_05	136	136
+TTGGGA	PopB_06	166	166
+ATATAT	PopB_07	242	242
+GATGAG	PopB_08	208	208
+GGGAAT	PopB_09	198	198
+AGTAAT	PopB_10	164	164
+GGGATA	PopB_11	146	146
+GAGAAG	PopB_12	162	162
+AGTAGA	PopB_13	204	204
+AAGGAT	PopB_14	180	180
+AGGGTA	PopB_15	134	134
+TGTTTT	PopB_16	138	138
+ATGATG	PopB_17	142	142
+GAGTTA	PopB_18	160	160
+ATGTAG	PopB_19	146	146
+
+Sequences not recorded
+Barcode	Total
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diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/shortreads/reads.reverse.fq
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/PopA_01.matches.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1	1	1	AC	9	94M
+1	1	1	CA	9	94M
+2	1	2	consensus	28	94M
+3	1	3	consensus	20	94M
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/sstacks/PopA_02.matches.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/PopA_02.matches.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1	2	1	AC	6	94M
+1	2	1	CA	6	94M
+2	2	2	consensus	28	94M
+3	2	3	consensus	20	94M
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/sstacks/sstacks.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sstacks/sstacks.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,48 @@
+Searching for matches by sequence identity...
+  Parsing stacks_inputs/catalog.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/catalog.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/catalog.alleles.tsv
+Populating kmer dictionary for exact matches...done.
+Populating kmer dictionary for gapped alignments...done.
+
+Processing sample 'stacks_inputs/PopA_01' [1 of 2]
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+  0 loci matched no catalog locus;
+    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+    0 loci had no verified haplotypes.
+    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_inputs/PopA_01.matches.tsv
+
+Processing sample 'stacks_inputs/PopA_02' [2 of 2]
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
+  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
+  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
+Searching for gapped alignments...
+Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
+  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
+  0 loci matched no catalog locus;
+    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
+    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
+    0 loci had no verified haplotypes.
+    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
+Outputing to file stacks_inputs/PopA_02.matches.tsv
+
+sstacks is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/stacks_outputs/catalog.calls
Binary file test-data/stacks_outputs/catalog.calls has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/stacks_outputs/tsv2bam.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/stacks_outputs/tsv2bam.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+tsv2bam v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11)
+tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+Configuration for this run:
+  Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+  Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+  Num. samples: 2
+  Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/tsv2bam/PopA_01.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/tsv2bam/PopA_02.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/tsv2bam/tsv2bam.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/tsv2bam/tsv2bam.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+tsv2bam v2.4, executed 2019-06-17 21:22:16 (zlib-1.2.11)
+tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/
+Configuration for this run:
+  Stacks directory: 'stacks_outputs/'
+  Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv'
+  Num. samples: 2
+  Paired-end reads directory: 'demultiplexed/'
+
+Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'.
+Loading the catalog...
+Processing sample 'PopA_01'...
+Processing sample 'PopA_02'...
+
+Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
+Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
+
+tsv2bam is done.
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
+1	1	AC	50.00	9
+1	1	CA	50.00	9
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/ustacks/PopA_01.snps.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ustacks/PopA_01.snps.tsv	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,283 @@
+# ustacks version 2.4; generated on 2019-06-18 10:34:45
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+1	1	1	O	24.95	A	-		
+1	1	2	O	24.95	T	-		
+1	1	3	O	24.95	T	-		
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+1	1	6	O	24.95	T	-		
+1	1	7	O	24.95	T	-		
+1	1	8	O	24.95	T	-		
+1	1	9	O	24.95	G	-		
+1	1	10	O	24.95	C	-		
+1	1	11	O	24.95	T	-		
+1	1	12	O	24.95	G	-		
+1	1	13	O	24.95	C	-		
+1	1	14	O	24.95	T	-		
+1	1	15	O	24.95	T	-		
+1	1	16	O	24.95	C	-		
+1	1	17	O	24.95	A	-		
+1	1	18	O	24.95	G	-		
+1	1	19	O	24.95	G	-		
+1	1	20	O	24.95	A	-		
+1	1	21	O	24.95	A	-		
+1	1	22	O	24.95	T	-		
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+1	1	24	O	24.95	T	-		
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+1	1	26	O	24.95	T	-		
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+1	1	30	O	24.95	A	-		
+1	1	31	O	24.95	T	-		
+1	1	32	O	24.95	A	-		
+1	1	33	E	-19.78	A	C		
+1	1	34	O	24.95	T	-		
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+1	1	63	O	24.95	G	-		
+1	1	64	O	24.95	A	-		
+1	1	65	O	24.95	T	-		
+1	1	66	O	24.95	G	-		
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+1	1	71	O	24.95	A	-		
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+2	2	primary	0	lane1_fakedata0_6 1:N:0:/1	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT			
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+2	2	primary	0	lane1_fakedata0_27 1:N:0:/1	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT			
+2	2	secondary		lane1_fakedata0_22 1:N:0:/1	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCCCGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT			
+2	2	secondary		lane1_fakedata0_26 1:N:0:/1	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTATCTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT			
+2	3	consensus			AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA	0	0	0
+2	3	model			OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_0 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_2 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_3 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
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+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_5 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
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+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_7 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
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+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_9 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_10 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_11 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_12 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_13 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_14 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_15 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_16 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_17 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_18 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	primary	0	lane1_fakedata2_19 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
+2	3	secondary		lane1_fakedata2_1 1:N:0:/1	AATTCTCTACACCACTGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA			
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/ustacks/ustacks.log
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ustacks/ustacks.log	Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400
@@ -0,0 +1,92 @@
+ustacks parameters selected:
+  Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fastq'
+  Sample ID: 1
+  Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+  Repeat removal algorithm: enabled
+  Max distance allowed between stacks (M): 2
+  Max distance allowed to align secondary reads: 4
+  Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+  Deleveraging algorithm: disabled
+  Gapped assembly: enabled
+  Minimum alignment length: 0.8
+  Model type: SNP
+  Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 66 reads; formed:
+  4 stacks representing 63 primary reads (95.5%)
+  3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%)
+
+Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)...
+  Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+  Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+
+Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.
+ustacks parameters selected:
+  Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq'
+  Sample ID: 2
+  Min depth of coverage to create a stack (m): 3
+  Repeat removal algorithm: enabled
+  Max distance allowed between stacks (M): 2
+  Max distance allowed to align secondary reads: 4
+  Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
+  Deleveraging algorithm: disabled
+  Gapped assembly: enabled
+  Minimum alignment length: 0.8
+  Model type: SNP
+  Alpha significance level for model: 0.05
+
+Loading RAD-Tags...
+
+Loaded 60 reads; formed:
+  4 stacks representing 55 primary reads (91.7%)
+  5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%)
+
+Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)...
+  Blacklisted 0 stacks.
+Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Assembling stacks (max. dist. M=2)...
+  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
+Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%)
+
+Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
+  Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments.
+Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
+Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
+  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
+Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+
+Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
+Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
+Writing tags, SNPs, and alleles files...
+Refetching read IDs...done.
+ustacks is done.