Mercurial > repos > iuc > stacks2_tsv2bam
view test-data/gstacks/catalog.calls.vcf @ 6:95351dd0fd3f draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 2f4c9bfc48d63075ae18a1687e8d01ffea509084
| author | iuc |
|---|---|
| date | Wed, 11 May 2022 06:47:07 +0000 |
| parents | 69842dd5aa48 |
| children |
line wrap: on
line source
##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20210824 ##source="Stacks v2.55" ##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> ##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 113 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 114 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 115 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 116 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 117 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 118 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 119 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 120 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 121 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 122 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 123 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 124 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 125 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 126 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 127 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 128 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 129 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 130 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 131 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 132 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 133 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 134 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 135 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 136 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 137 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 138 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 139 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 140 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 141 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 142 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 143 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 144 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 145 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 146 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 147 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 148 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 149 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 150 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 151 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 152 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 153 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 154 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 155 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 156 . A . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 1 157 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 158 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 159 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 160 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 161 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 162 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 163 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 164 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 165 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 166 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 167 . A . . . DP=16;AD=16 DP 11 5 1 168 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 169 . T . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 1 170 . G . . . DP=19;AD=16 DP 11 8 1 171 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 172 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 173 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 174 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 175 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 176 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 177 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 178 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 179 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 180 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 181 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 182 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 183 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 184 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 185 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 186 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 187 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 188 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 189 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 190 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 191 . C . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 1 192 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 193 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 194 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 195 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 196 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 197 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 198 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 199 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 200 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 201 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 202 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 203 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 1 204 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 2 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 3 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 5 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 15 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 18 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 21 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 23 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 24 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 25 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 26 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 27 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 28 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 29 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 30 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 31 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 32 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 2 33 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 34 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 2 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 60 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 62 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 2 63 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 64 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 65 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 66 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 68 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 69 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 70 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 71 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 72 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 73 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 75 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 76 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 77 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 81 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 82 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 83 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 84 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 85 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 86 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 87 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 88 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 89 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 90 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 2 105 . T . . . DP=12;AD=12 DP . 12 2 106 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 107 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 108 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 109 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 110 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 111 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 112 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 113 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 114 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 115 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 116 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 117 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 118 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 119 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 120 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 121 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 122 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 123 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 124 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 125 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 126 . C . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 2 127 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 128 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 129 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 130 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 131 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 132 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 133 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 134 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 135 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 136 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 137 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 138 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 139 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 140 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 141 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 142 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 143 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 144 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 145 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 146 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 147 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 148 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 149 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 150 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 151 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 152 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 153 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 154 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 155 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 156 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 157 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 158 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 159 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 160 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 161 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 162 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 163 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 2 164 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 165 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 166 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 167 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 168 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 169 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 170 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 171 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 172 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 173 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 174 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 175 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 176 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 2 177 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 178 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 179 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 180 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 181 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 182 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 2 183 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 184 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 185 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 186 . T . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 2 187 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 188 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 189 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 190 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 191 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 192 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 193 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 194 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 2 195 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 196 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 197 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 198 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 199 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 200 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 201 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 2 202 . A . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 2 203 . C . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 2 204 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 2 205 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 3 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 3 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 24 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 25 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 26 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 28 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 29 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 34 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 35 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 36 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 37 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 38 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 39 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 3 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 3 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 3 105 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 106 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 107 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 108 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 109 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 110 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 111 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 112 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 113 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 114 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 115 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 116 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 117 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13