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comparison test-data/testdata1_f @ 0:a1574aada200 draft

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author iuc
date Wed, 15 Nov 2017 16:31:24 -0500
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:a1574aada200
1
2
3 ----------------------------------------------------
4 STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000)
5 and Falush, Stephens and Pritchard (2003)
6 Code by Pritchard, Falush and Hubisz
7 Version 2.3.4 (Jul 2012)
8 ----------------------------------------------------
9
10
11
12 Command line arguments: structure -i /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat -o outfile -m /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpKOW8yP -e /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpLDe27N
13 Input File: /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat
14
15 Run parameters:
16 200 individuals
17 5 loci
18 2 populations assumed
19 10000 Burn-in period
20 20000 Reps
21 RANDOMIZE turned off
22
23
24 --------------------------------------------
25 Proportion of membership of each pre-defined
26 population in each of the 2 clusters
27
28 Given Inferred Clusters Number of
29 Pop 1 2 Individuals
30
31 1: 0.033 0.967 100
32 2: 0.961 0.039 100
33 --------------------------------------------
34
35 Allele-freq. divergence among pops (Net nucleotide distance),
36 computed using point estimates of P.
37
38 1 2
39 1 - 0.0691
40 2 0.0691 -
41
42 Average distances (expected heterozygosity) between individuals in same cluster:
43 cluster 1 : 0.8378
44 cluster 2 : 0.8195
45
46 --------------------------------------------
47 Estimated Ln Prob of Data = -3966.7
48 Mean value of ln likelihood = -3924.5
49 Variance of ln likelihood = 84.4
50 Mean value of alpha = 0.0428
51
52 Mean value of Fst_1 = 0.0712
53 Mean value of Fst_2 = 0.0966
54
55
56 Inferred ancestry of individuals:
57 Label (%Miss) Pop: Inferred clusters
58 1 1 (0) 1 : 0.016 0.984
59 2 2 (0) 1 : 0.011 0.989
60 3 3 (0) 1 : 0.010 0.990
61 4 4 (0) 1 : 0.008 0.992
62 5 5 (0) 1 : 0.044 0.956
63 6 6 (0) 1 : 0.009 0.991
64 7 7 (0) 1 : 0.011 0.989
65 8 8 (0) 1 : 0.021 0.979
66 9 9 (0) 1 : 0.036 0.964
67 10 10 (0) 1 : 0.009 0.991
68 11 11 (0) 1 : 0.047 0.953
69 12 12 (0) 1 : 0.016 0.984
70 13 13 (0) 1 : 0.008 0.992
71 14 14 (0) 1 : 0.009 0.991
72 15 15 (0) 1 : 0.012 0.988
73 16 16 (0) 1 : 0.008 0.992
74 17 17 (0) 1 : 0.012 0.988
75 18 18 (0) 1 : 0.012 0.988
76 19 19 (0) 1 : 0.009 0.991
77 20 20 (0) 1 : 0.040 0.960
78 21 21 (0) 1 : 0.007 0.993
79 22 22 (0) 1 : 0.048 0.952
80 23 23 (0) 1 : 0.010 0.990
81 24 24 (0) 1 : 0.012 0.988
82 25 25 (0) 1 : 0.041 0.959
83 26 26 (0) 1 : 0.006 0.994
84 27 27 (0) 1 : 0.008 0.992
85 28 28 (0) 1 : 0.024 0.976
86 29 29 (0) 1 : 0.051 0.949
87 30 30 (0) 1 : 0.007 0.993
88 31 31 (0) 1 : 0.009 0.991
89 32 32 (0) 1 : 0.019 0.981
90 33 33 (0) 1 : 0.013 0.987
91 34 34 (0) 1 : 0.022 0.978
92 35 35 (0) 1 : 0.006 0.994
93 36 36 (0) 1 : 0.173 0.827
94 37 37 (0) 1 : 0.008 0.992
95 38 38 (0) 1 : 0.010 0.990
96 39 39 (0) 1 : 0.062 0.938
97 40 40 (0) 1 : 0.044 0.956
98 41 41 (0) 1 : 0.006 0.994
99 42 42 (0) 1 : 0.030 0.970
100 43 43 (0) 1 : 0.050 0.950
101 44 44 (0) 1 : 0.008 0.992
102 45 45 (0) 1 : 0.026 0.974
103 46 46 (0) 1 : 0.006 0.994
104 47 47 (0) 1 : 0.027 0.973
105 48 48 (0) 1 : 0.018 0.982
106 49 49 (0) 1 : 0.014 0.986
107 50 50 (0) 1 : 0.046 0.954
108 51 51 (0) 1 : 0.007 0.993
109 52 52 (0) 1 : 0.010 0.990
110 53 53 (0) 1 : 0.036 0.964
111 54 54 (0) 1 : 0.024 0.976
112 55 55 (0) 1 : 0.019 0.981
113 56 56 (0) 1 : 0.008 0.992
114 57 57 (0) 1 : 0.007 0.993
115 58 58 (0) 1 : 0.131 0.869
116 59 59 (0) 1 : 0.016 0.984
117 60 60 (0) 1 : 0.187 0.813
118 61 61 (0) 1 : 0.099 0.901
119 62 62 (0) 1 : 0.032 0.968
120 63 63 (0) 1 : 0.008 0.992
121 64 64 (0) 1 : 0.138 0.862
122 65 65 (0) 1 : 0.017 0.983
123 66 66 (0) 1 : 0.025 0.975
124 67 67 (0) 1 : 0.026 0.974
125 68 68 (0) 1 : 0.006 0.994
126 69 69 (0) 1 : 0.078 0.922
127 70 70 (0) 1 : 0.014 0.986
128 71 71 (0) 1 : 0.252 0.748
129 72 72 (0) 1 : 0.008 0.992
130 73 73 (0) 1 : 0.011 0.989
131 74 74 (0) 1 : 0.079 0.921
132 75 75 (0) 1 : 0.014 0.986
133 76 76 (0) 1 : 0.012 0.988
134 77 77 (0) 1 : 0.009 0.991
135 78 78 (0) 1 : 0.008 0.992
136 79 79 (0) 1 : 0.007 0.993
137 80 80 (0) 1 : 0.147 0.853
138 81 81 (0) 1 : 0.015 0.985
139 82 82 (0) 1 : 0.032 0.968
140 83 83 (0) 1 : 0.007 0.993
141 84 84 (0) 1 : 0.265 0.735
142 85 85 (0) 1 : 0.008 0.992
143 86 86 (0) 1 : 0.006 0.994
144 87 87 (0) 1 : 0.013 0.987
145 88 88 (0) 1 : 0.090 0.910
146 89 89 (0) 1 : 0.011 0.989
147 90 90 (0) 1 : 0.007 0.993
148 91 91 (0) 1 : 0.036 0.964
149 92 92 (0) 1 : 0.053 0.947
150 93 93 (0) 1 : 0.021 0.979
151 94 94 (0) 1 : 0.008 0.992
152 95 95 (0) 1 : 0.069 0.931
153 96 96 (0) 1 : 0.017 0.983
154 97 97 (0) 1 : 0.008 0.992
155 98 98 (0) 1 : 0.017 0.983
156 99 99 (0) 1 : 0.008 0.992
157 100 100 (0) 1 : 0.012 0.988
158 101 101 (0) 2 : 0.991 0.009
159 102 102 (0) 2 : 0.343 0.657
160 103 103 (0) 2 : 0.979 0.021
161 104 104 (0) 2 : 0.959 0.041
162 105 105 (0) 2 : 0.929 0.071
163 106 106 (0) 2 : 0.988 0.012
164 107 107 (0) 2 : 0.931 0.069
165 108 108 (0) 2 : 0.984 0.016
166 109 109 (0) 2 : 0.979 0.021
167 110 110 (0) 2 : 0.977 0.023
168 111 111 (0) 2 : 0.986 0.014
169 112 112 (0) 2 : 0.726 0.274
170 113 113 (0) 2 : 0.903 0.097
171 114 114 (0) 2 : 0.977 0.023
172 115 115 (0) 2 : 0.983 0.017
173 116 116 (0) 2 : 0.970 0.030
174 117 117 (0) 2 : 0.992 0.008
175 118 118 (0) 2 : 0.992 0.008
176 119 119 (0) 2 : 0.965 0.035
177 120 120 (0) 2 : 0.986 0.014
178 121 121 (0) 2 : 0.983 0.017
179 122 122 (0) 2 : 0.992 0.008
180 123 123 (0) 2 : 0.989 0.011
181 124 124 (0) 2 : 0.977 0.023
182 125 125 (0) 2 : 0.991 0.009
183 126 126 (0) 2 : 0.993 0.007
184 127 127 (0) 2 : 0.993 0.007
185 128 128 (0) 2 : 0.982 0.018
186 129 129 (0) 2 : 0.991 0.009
187 130 130 (0) 2 : 0.976 0.024
188 131 131 (0) 2 : 0.986 0.014
189 132 132 (0) 2 : 0.985 0.015
190 133 133 (0) 2 : 0.936 0.064
191 134 134 (0) 2 : 0.897 0.103
192 135 135 (0) 2 : 0.987 0.013
193 136 136 (0) 2 : 0.992 0.008
194 137 137 (0) 2 : 0.940 0.060
195 138 138 (0) 2 : 0.992 0.008
196 139 139 (0) 2 : 0.989 0.011
197 140 140 (0) 2 : 0.994 0.006
198 141 141 (0) 2 : 0.976 0.024
199 142 142 (0) 2 : 0.978 0.022
200 143 143 (0) 2 : 0.993 0.007
201 144 144 (0) 2 : 0.983 0.017
202 145 145 (0) 2 : 0.986 0.014
203 146 146 (0) 2 : 0.993 0.007
204 147 147 (0) 2 : 0.960 0.040
205 148 148 (0) 2 : 0.991 0.009
206 149 149 (0) 2 : 0.990 0.010
207 150 150 (0) 2 : 0.980 0.020
208 151 151 (0) 2 : 0.990 0.010
209 152 152 (0) 2 : 0.665 0.335
210 153 153 (0) 2 : 0.993 0.007
211 154 154 (0) 2 : 0.991 0.009
212 155 155 (0) 2 : 0.733 0.267
213 156 156 (0) 2 : 0.984 0.016
214 157 157 (0) 2 : 0.983 0.017
215 158 158 (0) 2 : 0.955 0.045
216 159 159 (0) 2 : 0.986 0.014
217 160 160 (0) 2 : 0.992 0.008
218 161 161 (0) 2 : 0.970 0.030
219 162 162 (0) 2 : 0.972 0.028
220 163 163 (0) 2 : 0.984 0.016
221 164 164 (0) 2 : 0.981 0.019
222 165 165 (0) 2 : 0.992 0.008
223 166 166 (0) 2 : 0.981 0.019
224 167 167 (0) 2 : 0.984 0.016
225 168 168 (0) 2 : 0.991 0.009
226 169 169 (0) 2 : 0.994 0.006
227 170 170 (0) 2 : 0.965 0.035
228 171 171 (0) 2 : 0.992 0.008
229 172 172 (0) 2 : 0.991 0.009
230 173 173 (0) 2 : 0.993 0.007
231 174 174 (0) 2 : 0.879 0.121
232 175 175 (0) 2 : 0.974 0.026
233 176 176 (0) 2 : 0.987 0.013
234 177 177 (0) 2 : 0.985 0.015
235 178 178 (0) 2 : 0.984 0.016
236 179 179 (0) 2 : 0.993 0.007
237 180 180 (0) 2 : 0.989 0.011
238 181 181 (0) 2 : 0.974 0.026
239 182 182 (0) 2 : 0.973 0.027
240 183 183 (0) 2 : 0.981 0.019
241 184 184 (0) 2 : 0.991 0.009
242 185 185 (0) 2 : 0.987 0.013
243 186 186 (0) 2 : 0.969 0.031
244 187 187 (0) 2 : 0.989 0.011
245 188 188 (0) 2 : 0.991 0.009
246 189 189 (0) 2 : 0.952 0.048
247 190 190 (0) 2 : 0.993 0.007
248 191 191 (0) 2 : 0.951 0.049
249 192 192 (0) 2 : 0.920 0.080
250 193 193 (0) 2 : 0.981 0.019
251 194 194 (0) 2 : 0.963 0.037
252 195 195 (0) 2 : 0.990 0.010
253 196 196 (0) 2 : 0.987 0.013
254 197 197 (0) 2 : 0.953 0.047
255 198 198 (0) 2 : 0.821 0.179
256 199 199 (0) 2 : 0.987 0.013
257 200 200 (0) 2 : 0.989 0.011
258
259
260 Estimated Allele Frequencies in each cluster
261 First column gives estimated ancestral frequencies
262
263
264 Locus 1 :
265 9 alleles
266 0.0% missing data
267 0 (0.115) 0.049 0.191
268 1 (0.219) 0.245 0.208
269 -1 (0.160) 0.077 0.357
270 3 (0.065) 0.018 0.041
271 -2 (0.099) 0.189 0.015
272 2 (0.133) 0.088 0.144
273 -3 (0.125) 0.206 0.039
274 -4 (0.052) 0.112 0.002
275 -5 (0.032) 0.016 0.001
276
277 Locus 2 :
278 12 alleles
279 0.0% missing data
280 1 (0.117) 0.170 0.060
281 -1 (0.082) 0.033 0.123
282 2 (0.241) 0.330 0.306
283 5 (0.083) 0.042 0.091
284 -2 (0.046) 0.009 0.030
285 3 (0.141) 0.112 0.216
286 6 (0.038) 0.003 0.073
287 0 (0.064) 0.033 0.031
288 7 (0.031) 0.002 0.025
289 4 (0.033) 0.002 0.035
290 -3 (0.068) 0.112 0.008
291 -4 (0.056) 0.153 0.003
292
293 Locus 3 :
294 11 alleles
295 0.0% missing data
296 3 (0.167) 0.173 0.200
297 -1 (0.081) 0.021 0.187
298 2 (0.117) 0.065 0.208
299 0 (0.174) 0.157 0.236
300 4 (0.122) 0.175 0.056
301 1 (0.155) 0.309 0.071
302 5 (0.065) 0.045 0.019
303 -3 (0.025) 0.002 0.005
304 -2 (0.029) 0.002 0.015
305 7 (0.036) 0.040 0.002
306 6 (0.028) 0.011 0.001
307
308 Locus 4 :
309 14 alleles
310 0.0% missing data
311 8 (0.074) 0.015 0.168
312 7 (0.108) 0.061 0.140
313 6 (0.120) 0.145 0.067
314 9 (0.075) 0.022 0.080
315 2 (0.036) 0.002 0.049
316 10 (0.046) 0.004 0.224
317 5 (0.155) 0.208 0.112
318 14 (0.109) 0.123 0.073
319 4 (0.055) 0.011 0.052
320 13 (0.033) 0.003 0.024
321 3 (0.042) 0.069 0.002
322 15 (0.057) 0.149 0.004
323 17 (0.050) 0.140 0.002
324 16 (0.039) 0.049 0.002
325
326 Locus 5 :
327 15 alleles
328 0.0% missing data
329 9 (0.037) 0.003 0.082
330 -3 (0.131) 0.181 0.116
331 7 (0.131) 0.078 0.312
332 8 (0.043) 0.003 0.215
333 6 (0.085) 0.066 0.071
334 3 (0.046) 0.013 0.021
335 5 (0.106) 0.105 0.082
336 -2 (0.117) 0.226 0.041
337 -1 (0.083) 0.080 0.042
338 4 (0.055) 0.108 0.006
339 -4 (0.050) 0.085 0.005
340 -5 (0.024) 0.005 0.002
341 1 (0.037) 0.030 0.002
342 2 (0.028) 0.011 0.001
343 0 (0.025) 0.006 0.001
344
345 Values of parameters used in structure:
346 DATAFILE=/tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat, OUTFILE=outfile, NUMINDS=200, NUMLOCI=5, MISSING=-999, LABEL=1, POPDATA=1, POPFLAG=0, PHENOTYPE=0, EXTRACOLS=0, MAXPOPS=2, BURNIN=10000, NUMREPS=20000, USEPOPINFO=0, INFERALPHA=1, INFERLAMBDA=0, POPSPECIFICLAMBDA=0, POPALPHAS=0, COMPUTEPROB=1, NOADMIX=0, ADMBURNIN=500, UPDATEFREQ=100, PRINTLIKES=0, INTERMEDSAVE=0, PRINTKLD=0, PRINTNET=1, PRINTLAMBDA=1, ANCESTDIST=0, NUMBOXES=1000, ANCESTPINT=0.90000, GENSBACK=2, MIGRPRIOR=0.01000, PRINTQHAT=0, PRINTQSUM=1, ALPHA=1.0000, FREQSCORR=1, FPRIORMEAN=0.0100, FPRIORSD=0.0500, ONEFST=0, LAMBDA=1.0000, UNIFPRIORALPHA=1, ALPHAMAX=10.0000, ALPHAPRIORA=1.0000, ALPHAPRIORB=2.0000, ALPHAPROPSD=0.0250, STARTATPOPINFO=0, RANDOMIZE=0, LINKAGE=0, METROFREQ=10, REPORTHITRATE=0, MARKOVPHASE=0, PHASED=0, PLOIDY=2, PHASEINFO=0 LOCPRIOR=0, LOCPRIORINIT=1.000000, LOCDATA=1, LOCISPOP=1, LOCPRIORSTEP=0.100000, MAXLOCPRIOR=20.000000, SEED=2245,
347 [STRAT parameters]: NUMSIMSTATS=1000, PHENOTYPECOL=-9, POOLFREQ=10, LOCUSxONLY=0, EMERROR=0.00100, MISSINGPHENO=-9,