view test-data/fastqc/fastqc_report.txt @ 2:a7387ce2a8ca draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tooldistillator commit d7cada7ddf775e946e218fdc839e6e4c8aac6d80

##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SRR8335315_150M_fastq
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	150000
Total Bases	1 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	5000-208721
%GC	49
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	fail
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	2.8365066666666667	2.0	1.0	4.0	1.0	6.0
2	5.008253333333333	3.0	2.0	7.0	1.0	12.0
3	4.9963733333333336	4.0	2.0	7.0	1.0	10.0
4	5.492173333333334	4.0	2.0	7.0	1.0	12.0
5	5.953973333333333	5.0	3.0	8.0	1.0	11.0
6	5.105973333333333	4.0	2.0	7.0	1.0	10.0
7	6.98078	6.0	4.0	9.0	2.0	13.0
8	7.78512	6.0	4.0	11.0	2.0	15.0
9	9.664386666666667	8.0	5.0	13.0	3.0	18.0
10-4999	12.829364350033384	11.984569138276553	6.997795591182364	17.925851703406813	3.997995991983968	22.989779559118237
5000-9999	12.78321836605465	11.9984	7.0	17.8802	4.0	23.0
10000-14999	12.457365374925567	11.4172	6.94	17.1414	3.9632	22.7734
15000-19999	12.328473958980618	11.2712	6.755	17.0012	3.809	22.425
20000-24999	11.82052704708205	10.740273037542662	6.310921501706485	16.367576791808872	3.4976109215017064	21.71706484641638
25000-29999	10.868158810996196	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
30000-34999	8.860082551892548	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
35000-39999	8.747852380952377	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
40000-44999	9.24235	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
45000-49999	9.2681	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
50000-54999	9.858916666666671	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
55000-59999	8.900866666666667	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
60000-64999	8.3888	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
65000-69999	8.4588	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
70000-74999	8.2615	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
75000-79999	8.1645	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
80000-84999	8.4919	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
85000-89999	8.2781	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
90000-94999	8.7185	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
95000-99999	8.6579	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
100000-104999	8.2408	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
105000-109999	8.4248	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
110000-114999	8.695	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
115000-119999	9.1269	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
120000-124999	9.1556	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
125000-129999	8.9884	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
130000-134999	9.1352	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
135000-139999	8.5902	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
140000-144999	8.9054	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
145000-149999	9.1072	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
150000-154999	8.9374	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
155000-159999	8.9778	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
160000-164999	9.1418	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
165000-169999	9.1	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
170000-174999	8.825	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
175000-179999	9.0798	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
180000-184999	9.086	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
185000-189999	9.243	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
190000-194999	9.3418	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
195000-199999	8.6886	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
200000-204999	8.9724	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
205000-208721	8.934443847393874	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	fail
#Quality	Count
6	137.0
7	83.0
8	315.0
9	713.0
10	17339.0
11	35124.0
12	52936.0
13	22175.0
14	2989.0
15	2807.0
16	3385.0
17	4515.0
18	5029.0
19	2257.0
20	188.0
21	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	4.296666666666667	33.91133333333333	14.367333333333331	47.42466666666667
2	14.108666666666666	8.154	37.97533333333333	39.762
3	66.384	18.305333333333333	9.292	6.018666666666666
4	26.55666666666667	14.106	55.059333333333335	4.278
5	12.635333333333335	13.586666666666666	66.95466666666667	6.823333333333332
6	39.425333333333334	28.451999999999998	17.297333333333334	14.825333333333331
7	17.63533333333333	7.803333333333333	43.79866666666667	30.762666666666664
8	22.85	17.016666666666666	37.35666666666667	22.776666666666667
9	15.648000000000001	5.405333333333333	35.742000000000004	43.20466666666667
10-4999	25.032629926519707	25.026529058116232	25.05940788243153	24.881433132932532
5000-9999	25.026564605357425	25.117699789958074	24.96846532067271	24.88727028401179
10000-14999	24.998636583465146	25.082778861044673	25.067274867305482	24.851309688184692
15000-19999	24.957521341264087	25.025887904144806	25.17200605421943	24.844584700371676
20000-24999	24.544872623517886	25.01475688901418	26.216800893356364	24.223569594111574
25000-29999	22.875343560026536	25.65902598193856	28.820455191648954	22.64517526638595
30000-34999	22.91190288113749	24.342077911279258	32.31613520143017	20.429884006153078
35000-39999	23.53886783786887	19.003329888620968	36.04700118651204	21.410801086998124
40000-44999	24.587721041128553	20.271210013908206	35.063580369560896	20.077488575402345
45000-49999	24.47	20.765	35.52	19.245
50000-54999	22.197183098591548	21.295774647887324	38.37871674491392	18.128325508607197
55000-59999	20.373440362970072	20.40834133147195	43.97522031236367	15.24299799319431
60000-64999	21.16	19.220000000000002	43.6	16.02
65000-69999	20.990000000000002	18.94	45.739999999999995	14.330000000000002
70000-74999	20.91	20.02	43.55	15.52
75000-79999	19.99	19.43	45.31	15.27
80000-84999	20.25	19.66	45.69	14.399999999999999
85000-89999	20.05	19.689999999999998	45.050000000000004	15.21
90000-94999	19.93	18.86	47.14	14.069999999999999
95000-99999	18.529999999999998	19.46	48.199999999999996	13.81
100000-104999	21.18	19.42	44.769999999999996	14.63
105000-109999	20.75	18.87	45.85	14.530000000000001
110000-114999	18.83	18.61	48.36	14.2
115000-119999	18.45438512105179	16.017316017316016	52.41301907968574	13.115279781946448
120000-124999	17.7	15.22	55.46	11.62
125000-129999	18.26	15.9	53.620000000000005	12.22
130000-134999	19.02	14.96	54.04	11.98
135000-139999	19.220000000000002	14.180000000000001	51.480000000000004	15.120000000000001
140000-144999	17.14	15.559999999999999	52.94	14.360000000000001
145000-149999	18.92	14.360000000000001	52.6	14.12
150000-154999	19.400000000000002	14.08	54.0	12.520000000000001
155000-159999	19.46	14.360000000000001	54.92	11.26
160000-164999	17.66	15.299999999999999	53.300000000000004	13.74
165000-169999	17.88	15.58	53.44	13.100000000000001
170000-174999	20.080000000000002	13.38	52.019999999999996	14.52
175000-179999	19.139999999999997	15.459999999999999	53.559999999999995	11.84
180000-184999	19.139999999999997	14.399999999999999	54.279999999999994	12.18
185000-189999	18.98	14.64	55.879999999999995	10.5
190000-194999	18.7	15.76	54.76	10.780000000000001
195000-199999	18.88	14.82	52.239999999999995	14.06
200000-204999	19.6	14.14	53.080000000000005	13.18
205000-208721	18.860827512090275	14.696399785061795	53.65394948952176	12.78882321332617
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	fail
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0030211480362537764
10	0.0
11	0.0
12	0.0
13	0.0
14	0.0
15	0.0
16	0.0
17	0.0
18	0.0
19	0.0
20	0.0
21	0.01098901098901099
22	0.0
23	0.0
24	0.0
25	0.0
26	0.0
27	0.03195352214960058
28	0.014084507042253521
29	0.0
30	0.13404050144648022
31	0.6515987240993016
32	4.365585435255064
33	8.07823071481413
34	8.102099195858269
35	7.376039428478657
36	7.751923323708468
37	10.778857946251179
38	13.90096796160248
39	16.88144315732909
40	19.242435425714486
41	20.759412312263024
42	23.75459958757026
43	30.76369586650474
44	38.712517858667844
45	53.019687712451756
46	78.24846612843099
47	107.9843877253144
48	151.45301841673114
49	225.22760967406697
50	302.3114753659073
51	349.9400019314715
52	328.4055662555808
53	258.19951647078744
54	156.96207917099116
55	79.11733522003487
56	43.087768215696755
57	20.466679103342795
58	6.582160143149255
59	4.06042097946794
60	2.3842483826977854
61	0.22012758000914515
62	0.0
63	0.0
64	0.0
65	0.0
66	0.0
67	0.0
68	0.0
69	0.0
70	0.0
71	0.0
72	0.0
73	0.0
74	0.0
75	0.0
76	0.0
77	0.0
78	0.0
79	0.0
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10-4999	0.0
5000-9999	0.0
10000-14999	0.0
15000-19999	0.0
20000-24999	0.0
25000-29999	0.0
30000-34999	0.0
35000-39999	0.0
40000-44999	0.0
45000-49999	0.0
50000-54999	0.0
55000-59999	0.0
60000-64999	0.0
65000-69999	0.0
70000-74999	0.0
75000-79999	0.0
80000-84999	0.0
85000-89999	0.0
90000-94999	0.0
95000-99999	0.0
100000-104999	0.0
105000-109999	0.0
110000-114999	0.0
115000-119999	0.0
120000-124999	0.0
125000-129999	0.0
130000-134999	0.0
135000-139999	0.0
140000-144999	0.0
145000-149999	0.0
150000-154999	0.0
155000-159999	0.0
160000-164999	0.0
165000-169999	0.0
170000-174999	0.0
175000-179999	0.0
180000-184999	0.0
185000-189999	0.0
190000-194999	0.0
195000-199999	0.0
200000-204999	0.0
205000-208721	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
5000-9999	137977.0
10000-14999	10879.0
15000-19999	904.0
20000-24999	187.0
25000-29999	39.0
30000-34999	7.0
35000-39999	2.0
40000-44999	1.0
45000-49999	0.0
50000-54999	1.0
55000-59999	1.0
60000-64999	0.0
65000-69999	0.0
70000-74999	0.0
75000-79999	0.0
80000-84999	0.0
85000-89999	0.0
90000-94999	0.0
95000-99999	0.0
100000-104999	0.0
105000-109999	0.0
110000-114999	0.0
115000-119999	1.0
120000-124999	0.0
125000-129999	0.0
130000-134999	0.0
135000-139999	0.0
140000-144999	0.0
145000-149999	0.0
150000-154999	0.0
155000-159999	0.0
160000-164999	0.0
165000-169999	0.0
170000-174999	0.0
175000-179999	0.0
180000-184999	0.0
185000-189999	0.0
190000-194999	0.0
195000-199999	0.0
200000-204999	0.0
205000-208722	1.0
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	pass
#Total Deduplicated Percentage	99.98987609018297
#Duplication Level	Percentage of total
1	99.98775136045838
2	0.002249664426082111
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
>10	0.009998975115548148
>50	0.0
>100	0.0
>500	0.0
>1k	0.0
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0
2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.048	0.0
3	0.0	0.0	0.0	0.0	0.05466666666666667	0.0
4	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07333333333333333	0.0
5	0.0	0.0	0.0	0.0	0.076	0.0
6	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07666666666666666	0.0
7	0.0	0.0	0.0	0.0	0.078	0.0
8	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07866666666666666	0.0
9	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07866666666666666	0.0
10-4999	0.006921309285237195	0.011708884435537996	0.0038714762859050635	0.030482832331329448	0.40742391449565646	0.04174669338677307
5000-9999	0.021416533333332266	0.02898479999999927	0.013654533333331914	0.07978186666666254	1.3782287999999951	0.11218719999999903
10000-14999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015249733333331994	0.08989226666667194	1.7913912000000154	0.12575466666666735
15000-19999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8224974666667417	0.1286317333333276
20000-24999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8256551999998967	0.12866666666666093
25000-29999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
30000-34999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
35000-39999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
40000-44999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
45000-49999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
50000-54999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
55000-59999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
60000-64999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
65000-69999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
70000-74999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
75000-79999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
80000-84999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
85000-89999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
90000-94999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
95000-99999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
100000-104999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
105000-109999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
110000-114999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
115000-119999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
120000-124999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
125000-129999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
130000-134999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
135000-139999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
140000-144999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
145000-149999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
150000-154999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
155000-159999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
160000-164999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
165000-169999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
170000-174999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
175000-179999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
180000-184999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
185000-189999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
190000-194999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
195000-199999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
200000-204999	0.02599999999999909	0.030666666666663924	0.015333333333331962	0.09133333333333983	1.8259999999999277	0.12866666666666093
205000-208710	0.025999999999999787	0.030666666666664757	0.015333333333332378	0.0913333333333354	1.8260000000000205	0.1286666666666718
>>END_MODULE