Mercurial > repos > iuc > tooldistillator_summarize
diff test-data/fastqc/fastqc_report.txt @ 2:def7a82d23e1 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tooldistillator commit d7cada7ddf775e946e218fdc839e6e4c8aac6d80
| author | iuc |
|---|---|
| date | Wed, 03 Jul 2024 12:07:36 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/fastqc/fastqc_report.txt Wed Jul 03 12:07:36 2024 +0000 @@ -0,0 +1,417 @@ +##FastQC 0.12.1 +>>Basic Statistics pass +#Measure Value +Filename SRR8335315_150M_fastq +File type Conventional base calls +Encoding Sanger / Illumina 1.9 +Total Sequences 150000 +Total Bases 1 Gbp +Sequences flagged as poor quality 0 +Sequence length 5000-208721 +%GC 49 +>>END_MODULE +>>Per base sequence quality fail +#Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile +1 2.8365066666666667 2.0 1.0 4.0 1.0 6.0 +2 5.008253333333333 3.0 2.0 7.0 1.0 12.0 +3 4.9963733333333336 4.0 2.0 7.0 1.0 10.0 +4 5.492173333333334 4.0 2.0 7.0 1.0 12.0 +5 5.953973333333333 5.0 3.0 8.0 1.0 11.0 +6 5.105973333333333 4.0 2.0 7.0 1.0 10.0 +7 6.98078 6.0 4.0 9.0 2.0 13.0 +8 7.78512 6.0 4.0 11.0 2.0 15.0 +9 9.664386666666667 8.0 5.0 13.0 3.0 18.0 +10-4999 12.829364350033384 11.984569138276553 6.997795591182364 17.925851703406813 3.997995991983968 22.989779559118237 +5000-9999 12.78321836605465 11.9984 7.0 17.8802 4.0 23.0 +10000-14999 12.457365374925567 11.4172 6.94 17.1414 3.9632 22.7734 +15000-19999 12.328473958980618 11.2712 6.755 17.0012 3.809 22.425 +20000-24999 11.82052704708205 10.740273037542662 6.310921501706485 16.367576791808872 3.4976109215017064 21.71706484641638 +25000-29999 10.868158810996196 NaN NaN NaN NaN NaN +30000-34999 8.860082551892548 NaN NaN NaN NaN NaN +35000-39999 8.747852380952377 NaN NaN NaN NaN NaN +40000-44999 9.24235 NaN NaN NaN NaN NaN +45000-49999 9.2681 NaN NaN NaN NaN NaN +50000-54999 9.858916666666671 NaN NaN NaN NaN NaN +55000-59999 8.900866666666667 NaN NaN NaN NaN NaN +60000-64999 8.3888 NaN NaN NaN NaN NaN +65000-69999 8.4588 NaN NaN NaN NaN NaN +70000-74999 8.2615 NaN NaN NaN NaN NaN +75000-79999 8.1645 NaN NaN NaN NaN NaN +80000-84999 8.4919 NaN NaN NaN NaN NaN +85000-89999 8.2781 NaN NaN NaN NaN NaN +90000-94999 8.7185 NaN NaN NaN NaN NaN +95000-99999 8.6579 NaN NaN NaN NaN NaN +100000-104999 8.2408 NaN NaN NaN NaN NaN +105000-109999 8.4248 NaN NaN NaN NaN NaN +110000-114999 8.695 NaN NaN NaN NaN NaN +115000-119999 9.1269 NaN NaN NaN NaN NaN +120000-124999 9.1556 NaN NaN NaN NaN NaN +125000-129999 8.9884 NaN NaN NaN NaN NaN +130000-134999 9.1352 NaN NaN NaN NaN NaN +135000-139999 8.5902 NaN NaN NaN NaN NaN +140000-144999 8.9054 NaN NaN NaN NaN NaN +145000-149999 9.1072 NaN NaN NaN NaN NaN +150000-154999 8.9374 NaN NaN NaN NaN NaN +155000-159999 8.9778 NaN NaN NaN NaN NaN +160000-164999 9.1418 NaN NaN NaN NaN NaN +165000-169999 9.1 NaN NaN NaN NaN NaN +170000-174999 8.825 NaN NaN NaN NaN NaN +175000-179999 9.0798 NaN NaN NaN NaN NaN +180000-184999 9.086 NaN NaN NaN NaN NaN +185000-189999 9.243 NaN NaN NaN NaN NaN +190000-194999 9.3418 NaN NaN NaN NaN NaN +195000-199999 8.6886 NaN NaN NaN NaN NaN +200000-204999 8.9724 NaN NaN NaN NaN NaN +205000-208721 8.934443847393874 NaN NaN NaN NaN NaN +>>END_MODULE +>>Per sequence quality scores fail +#Quality Count +6 137.0 +7 83.0 +8 315.0 +9 713.0 +10 17339.0 +11 35124.0 +12 52936.0 +13 22175.0 +14 2989.0 +15 2807.0 +16 3385.0 +17 4515.0 +18 5029.0 +19 2257.0 +20 188.0 +21 8.0 +>>END_MODULE +>>Per base sequence content fail +#Base G A T C +1 4.296666666666667 33.91133333333333 14.367333333333331 47.42466666666667 +2 14.108666666666666 8.154 37.97533333333333 39.762 +3 66.384 18.305333333333333 9.292 6.018666666666666 +4 26.55666666666667 14.106 55.059333333333335 4.278 +5 12.635333333333335 13.586666666666666 66.95466666666667 6.823333333333332 +6 39.425333333333334 28.451999999999998 17.297333333333334 14.825333333333331 +7 17.63533333333333 7.803333333333333 43.79866666666667 30.762666666666664 +8 22.85 17.016666666666666 37.35666666666667 22.776666666666667 +9 15.648000000000001 5.405333333333333 35.742000000000004 43.20466666666667 +10-4999 25.032629926519707 25.026529058116232 25.05940788243153 24.881433132932532 +5000-9999 25.026564605357425 25.117699789958074 24.96846532067271 24.88727028401179 +10000-14999 24.998636583465146 25.082778861044673 25.067274867305482 24.851309688184692 +15000-19999 24.957521341264087 25.025887904144806 25.17200605421943 24.844584700371676 +20000-24999 24.544872623517886 25.01475688901418 26.216800893356364 24.223569594111574 +25000-29999 22.875343560026536 25.65902598193856 28.820455191648954 22.64517526638595 +30000-34999 22.91190288113749 24.342077911279258 32.31613520143017 20.429884006153078 +35000-39999 23.53886783786887 19.003329888620968 36.04700118651204 21.410801086998124 +40000-44999 24.587721041128553 20.271210013908206 35.063580369560896 20.077488575402345 +45000-49999 24.47 20.765 35.52 19.245 +50000-54999 22.197183098591548 21.295774647887324 38.37871674491392 18.128325508607197 +55000-59999 20.373440362970072 20.40834133147195 43.97522031236367 15.24299799319431 +60000-64999 21.16 19.220000000000002 43.6 16.02 +65000-69999 20.990000000000002 18.94 45.739999999999995 14.330000000000002 +70000-74999 20.91 20.02 43.55 15.52 +75000-79999 19.99 19.43 45.31 15.27 +80000-84999 20.25 19.66 45.69 14.399999999999999 +85000-89999 20.05 19.689999999999998 45.050000000000004 15.21 +90000-94999 19.93 18.86 47.14 14.069999999999999 +95000-99999 18.529999999999998 19.46 48.199999999999996 13.81 +100000-104999 21.18 19.42 44.769999999999996 14.63 +105000-109999 20.75 18.87 45.85 14.530000000000001 +110000-114999 18.83 18.61 48.36 14.2 +115000-119999 18.45438512105179 16.017316017316016 52.41301907968574 13.115279781946448 +120000-124999 17.7 15.22 55.46 11.62 +125000-129999 18.26 15.9 53.620000000000005 12.22 +130000-134999 19.02 14.96 54.04 11.98 +135000-139999 19.220000000000002 14.180000000000001 51.480000000000004 15.120000000000001 +140000-144999 17.14 15.559999999999999 52.94 14.360000000000001 +145000-149999 18.92 14.360000000000001 52.6 14.12 +150000-154999 19.400000000000002 14.08 54.0 12.520000000000001 +155000-159999 19.46 14.360000000000001 54.92 11.26 +160000-164999 17.66 15.299999999999999 53.300000000000004 13.74 +165000-169999 17.88 15.58 53.44 13.100000000000001 +170000-174999 20.080000000000002 13.38 52.019999999999996 14.52 +175000-179999 19.139999999999997 15.459999999999999 53.559999999999995 11.84 +180000-184999 19.139999999999997 14.399999999999999 54.279999999999994 12.18 +185000-189999 18.98 14.64 55.879999999999995 10.5 +190000-194999 18.7 15.76 54.76 10.780000000000001 +195000-199999 18.88 14.82 52.239999999999995 14.06 +200000-204999 19.6 14.14 53.080000000000005 13.18 +205000-208721 18.860827512090275 14.696399785061795 53.65394948952176 12.78882321332617 +>>END_MODULE +>>Per sequence GC content fail +#GC Content Count +0 0.0 +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0030211480362537764 +10 0.0 +11 0.0 +12 0.0 +13 0.0 +14 0.0 +15 0.0 +16 0.0 +17 0.0 +18 0.0 +19 0.0 +20 0.0 +21 0.01098901098901099 +22 0.0 +23 0.0 +24 0.0 +25 0.0 +26 0.0 +27 0.03195352214960058 +28 0.014084507042253521 +29 0.0 +30 0.13404050144648022 +31 0.6515987240993016 +32 4.365585435255064 +33 8.07823071481413 +34 8.102099195858269 +35 7.376039428478657 +36 7.751923323708468 +37 10.778857946251179 +38 13.90096796160248 +39 16.88144315732909 +40 19.242435425714486 +41 20.759412312263024 +42 23.75459958757026 +43 30.76369586650474 +44 38.712517858667844 +45 53.019687712451756 +46 78.24846612843099 +47 107.9843877253144 +48 151.45301841673114 +49 225.22760967406697 +50 302.3114753659073 +51 349.9400019314715 +52 328.4055662555808 +53 258.19951647078744 +54 156.96207917099116 +55 79.11733522003487 +56 43.087768215696755 +57 20.466679103342795 +58 6.582160143149255 +59 4.06042097946794 +60 2.3842483826977854 +61 0.22012758000914515 +62 0.0 +63 0.0 +64 0.0 +65 0.0 +66 0.0 +67 0.0 +68 0.0 +69 0.0 +70 0.0 +71 0.0 +72 0.0 +73 0.0 +74 0.0 +75 0.0 +76 0.0 +77 0.0 +78 0.0 +79 0.0 +80 0.0 +81 0.0 +82 0.0 +83 0.0 +84 0.0 +85 0.0 +86 0.0 +87 0.0 +88 0.0 +89 0.0 +90 0.0 +91 0.0 +92 0.0 +93 0.0 +94 0.0 +95 0.0 +96 0.0 +97 0.0 +98 0.0 +99 0.0 +100 0.0 +>>END_MODULE +>>Per base N content pass +#Base N-Count +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +10-4999 0.0 +5000-9999 0.0 +10000-14999 0.0 +15000-19999 0.0 +20000-24999 0.0 +25000-29999 0.0 +30000-34999 0.0 +35000-39999 0.0 +40000-44999 0.0 +45000-49999 0.0 +50000-54999 0.0 +55000-59999 0.0 +60000-64999 0.0 +65000-69999 0.0 +70000-74999 0.0 +75000-79999 0.0 +80000-84999 0.0 +85000-89999 0.0 +90000-94999 0.0 +95000-99999 0.0 +100000-104999 0.0 +105000-109999 0.0 +110000-114999 0.0 +115000-119999 0.0 +120000-124999 0.0 +125000-129999 0.0 +130000-134999 0.0 +135000-139999 0.0 +140000-144999 0.0 +145000-149999 0.0 +150000-154999 0.0 +155000-159999 0.0 +160000-164999 0.0 +165000-169999 0.0 +170000-174999 0.0 +175000-179999 0.0 +180000-184999 0.0 +185000-189999 0.0 +190000-194999 0.0 +195000-199999 0.0 +200000-204999 0.0 +205000-208721 0.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Length Distribution warn +#Length Count +5000-9999 137977.0 +10000-14999 10879.0 +15000-19999 904.0 +20000-24999 187.0 +25000-29999 39.0 +30000-34999 7.0 +35000-39999 2.0 +40000-44999 1.0 +45000-49999 0.0 +50000-54999 1.0 +55000-59999 1.0 +60000-64999 0.0 +65000-69999 0.0 +70000-74999 0.0 +75000-79999 0.0 +80000-84999 0.0 +85000-89999 0.0 +90000-94999 0.0 +95000-99999 0.0 +100000-104999 0.0 +105000-109999 0.0 +110000-114999 0.0 +115000-119999 1.0 +120000-124999 0.0 +125000-129999 0.0 +130000-134999 0.0 +135000-139999 0.0 +140000-144999 0.0 +145000-149999 0.0 +150000-154999 0.0 +155000-159999 0.0 +160000-164999 0.0 +165000-169999 0.0 +170000-174999 0.0 +175000-179999 0.0 +180000-184999 0.0 +185000-189999 0.0 +190000-194999 0.0 +195000-199999 0.0 +200000-204999 0.0 +205000-208722 1.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Duplication Levels pass +#Total Deduplicated Percentage 99.98987609018297 +#Duplication Level Percentage of total +1 99.98775136045838 +2 0.002249664426082111 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +>10 0.009998975115548148 +>50 0.0 +>100 0.0 +>500 0.0 +>1k 0.0 +>5k 0.0 +>10k+ 0.0 +>>END_MODULE +>>Overrepresented sequences pass +>>END_MODULE +>>Adapter Content pass +#Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence PolyA PolyG +1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 +2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.048 0.0 +3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05466666666666667 0.0 +4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07333333333333333 0.0 +5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.076 0.0 +6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07666666666666666 0.0 +7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.078 0.0 +8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07866666666666666 0.0 +9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07866666666666666 0.0 +10-4999 0.006921309285237195 0.011708884435537996 0.0038714762859050635 0.030482832331329448 0.40742391449565646 0.04174669338677307 +5000-9999 0.021416533333332266 0.02898479999999927 0.013654533333331914 0.07978186666666254 1.3782287999999951 0.11218719999999903 +10000-14999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015249733333331994 0.08989226666667194 1.7913912000000154 0.12575466666666735 +15000-19999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8224974666667417 0.1286317333333276 +20000-24999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8256551999998967 0.12866666666666093 +25000-29999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +30000-34999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +35000-39999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +40000-44999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +45000-49999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +50000-54999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +55000-59999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +60000-64999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +65000-69999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +70000-74999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +75000-79999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +80000-84999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +85000-89999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +90000-94999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +95000-99999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +100000-104999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +105000-109999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +110000-114999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +115000-119999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +120000-124999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +125000-129999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +130000-134999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +135000-139999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +140000-144999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +145000-149999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +150000-154999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +155000-159999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +160000-164999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +165000-169999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +170000-174999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +175000-179999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +180000-184999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +185000-189999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +190000-194999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +195000-199999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +200000-204999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 +205000-208710 0.025999999999999787 0.030666666666664757 0.015333333333332378 0.0913333333333354 1.8260000000000205 0.1286666666666718 +>>END_MODULE