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comparison test-data/top/test.fa.transdecoder.mRNA @ 0:8aef9a17faae draft

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date Fri, 20 Nov 2015 06:49:25 -0500
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2 TGACTAAGTGGCAATGATGCTCCTAATGAAACCACTGATCCTCGATCATCAGCAGTAGTA
3 TCAATAGCAGCATCAGCACCGTTAGACAGCTGTTTTTCTAAACCATTCAATGATTCATCT
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5 AGTAAATCCATGTGCAGTTAGTATTGAAAAGGAAAGAATAAATAAAAGTGGGTCAAAAGT
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7 AATTTAAACAGCTGAGATTGCTTTAGTCATCGCGTTGTTCCAGATCGTGAACGAAAACAC
8 CGATTCGCTCGCTAAAGTAGATACGAAATGTCCAGCAGATTTTGCTTAATTAAAACATAA
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10 CAACTGGTTATGTGAATAATGACTCAGTTAAATATTAAATGTACTCTAAACGGTTATCAT
11 ACAATTTATTAGGAGGATTATACCAGCTAGTAGGAATTTAACCATTTCAAATTTAAACCT
12 CTTTTTTTTCGTAACTTGGGGTCGTCATAATGAATAATTCTGTTTGTCGAATTTGAAGGG
13 AAAAACACACTTGTTATCTAATTCCAAAAAAAAATAAAAAATTTTTAAAAATTAGTGGGG
14 TTTTTTTTTCACCAATGTCTAATGATGTGTGATTTAAAAAAAAACGTGTGTAACGCATTG
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16 GTGCGACACATTACCCTATGTTTCCCACTCTTAATCACCAAAAATTTTTTCCGAATGTCG
17 CAAGACTCAGAATCGTTCATCCGGCAACTGTTTAAGGCATTTACGGATTTTAGTACTGAC
18 GTTGAGTCACTTAGAGGATTTTTAACGCCAGATTATCGACAGCTTGTCGATGGACGTGAA
19 TTGACACTTGACGATTTTATTTCTCATGCCAAAGCACTACGTACCCATCTTCATCGGCTC
20 GACATCAACGTTCAACAAATTGTCTGTCAAGGTAACAAGGCTGCCACTGTGCATATTGCC
21 CATGCGATACGTTCCTCTGGCGAGTCCAGCAGAATCAAAGTCATTGCATTTTACAGTTTT
22 AAAGACGGGCGTATTTCTTTGATCGATGAGTTGACGTACGTTCTTGAAGGTGGTAATGCA
23 GACAGAGAGCTTGGATCAGTACAATGACTTCAATTACCTTGACACTGCATTGCCCACGTT
24 ATTCAACGTCCATCAGGAACCGGACAAATTATTCAGAGTCCTTTTGAACTACTTCATAAT
25 TTTACAAATATTCAAGTGTAATTCGTAATATAATCAGTTTTATTCATCTTCGTTGTCTAA
26 AACTTTTATGTGCTGCAATATTTGGGGAATCTCGATTTGACATAATGATCCCAGTGCC
27 >CUFF.4.1|m.5 CUFF.4.1|g.5 ORF CUFF.4.1|g.5 CUFF.4.1|m.5 type:3prime_partial len:120 (+) CUFF.4.1:199-555(+)
28 CTCTTTTTAATATTTTACCGATGAGATTGCTATTATTAGTTACGTTGCTATCTATCGTTG
29 GTTACACTAATCAGTTGCTTTCCAACTGACCTCGAAGACGCTCCAGCTGTAATCTGGGTA
30 GCCCAATTTCCTCCAGATAACACTACACAGCACTATGAATTCAGATATATCGTAAATGAA
31 TTATATAATGCTAGCAAGATGACTGCATTAATGAACCATATATATATCGATAATCCGCTT
32 ATAAGCAATTCAACTAATAACGTTACTCACGAGTTATTGATTGATCTCCATGAACTTTAT
33 AATGACGGAGAGATTTCCAGGATAGTTCTACTCAGAACTTTGGTAACTCAATCTGCGGAT
34 GATGCTACATGGATAATCAACTTGACAGATGATGTGCTTAATGGATTACCACTGCTGAAG
35 AAGCGAGACCGATACACCACACAATGTCATAGTACAAATATGGCAAGCACATATGACTGT
36 GACACTGGAGCCAATGCTGTTGGAGCCCGAGGTGGAGCCACGTTAGCAGCCGACTATAGA
37 GGTGATTGGGGGGGG
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39 CGACGTTAATAAAATATTTAACAAAGCCTTTAAAAAATTAACGATAGCTAGTCAAAGGAA
40 GCTTAACGCGTATTCAGCCTCATTAAGACAATCAGGAAGCTTTTTTTTACCATCAGCATA
41 TACCTCTAACCCTTTGATTTATTTTTATATCTCGAGATTTCGTTCGTTATTTTATAGGTC
42 GTTTCGATAAGACCTTAATACAATCTGATTTAGTGGTTGTTTAAGATTTCGGAAAAGCCT
43 TTTTTTCAAAAAAAGTTTTCCAGTTATTGTTTCATTATTTCTAATTGATTTACTGAAGAA
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45 ATTTTTAACGGTCGGCTTGATTGCTGGCGCGTTTCTATACTCGTTGATATATTTTGTGGA
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51 CTACAACTTTGAGTATGTCAATGTTACTGGCCTCCCTATTCCCGCCGTTTGGTCCAAGAT
52 GCCCGCCGTCTTACAAACTATGAAGAAATACCCCAAAGCGGAATGGATCTGGTTGTTGGA
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55 CGGGGATTTGCGTTATACACCAAGTAATTATAGTTTAAAAGATATCGAAAATCTCATGGT
56 CATAATCTCACAGGATCACAATGGATTAAACGCAGGTAGTATCTTGTTCCGTAATTCACC
57 TGCTACTGCCTTGTTTTTGGATATTTGGACAGATCCTGTTGTTGCAGAATGTGCGAAAGC
58 CAATAATGAACAAGACATGCTTGGATATTTGATTTCTAAGCATTCACAACTTGCTTCGCT
59 GGTTGGCCTTATTCCTCAAAGAAAAATAAATGCTTTTCACGAAGGTCCGGAAAATATGGA
60 ATGGCAAAAAGGTGATTTGGTAATTCACTTTGCTGGATGTTGGGTTGAAAACCGCTGCGA
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62 TGTTTAATTTGTTTGTGTTTTAAAAAATTTTATATATATAAACAAAGCGCCGTATAATTT
63 TCCGTCAATCTTCCTTTCTTTATCTGAATCTCTAATAATGTTTACTATTTTTTAATCTTT
64 ACATACCTAATTAATATAGCGGTTGTGCCATAGCAATCAAAGTTTCAGGTTAGTTTTTTA
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71 TGCTAAGTCTAAAAGATGTATTTTTTAACGGTGGTTCCATTACGTCTGTGCACCCACTGT
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75 TTTCACTGTTTGAAACAACTTCACCAAATTAATTCATTAGTGTCAATTTCTATTACATGC
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77 AAGATGATTGTGAAAAAACAAAGCGTTAGGATTTGTAAAAGGCAATTCCACAATTTGAAT
78 TACAATACTGTAACTGAATATAGCGCGGCACATGGTACAAACAACGTGCTGGTAATAAAT
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83 ATTTCACTTTCAAATTTTTTATCTCTTCCGCGTTACAAATTCCTGTTGTTTTCTGTGGTT
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85 GACCGGCTTACTTCATTAAAAAACAACTTTGTTGAGGAAAATGATAATGCCGTCTTAAAA
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93 TTGAACTATACACGGCTACCTTCCTACACGAAGCCTGATGATGATACCGTCTATCACTTC
94 AATGAGGATTTTAAAGAATATGGTGCCAGTCGAAGCGAATTTTACCCTTATCTTCTCGCA
95 GCCGTCTCTGATAGAGGAGAGCATCATAGTATACCTCCAGAAGATACTCCTTATTTCAAT
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101 TCTTTTCATAAGTATGAAACTCATTAAAGGAGGAATACCTTTCTTTTTTCTGTATTGTGA
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103 AACTTATTACCATAATTTTATTTTAGACTTGCTATCCTTATTGTCTAAACGCACATTGTT
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131 TGCTACTGCCTTGTTTTTGGATATTTGGACAGATCCTGTTGTTGCAGAATGTGCGAAAGC
132 CAATAATGAACAAGACATGCTTGGATATTTGATTTCTAAGCATTCACAACTTGCTTCGCT
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142 ATTTGCATTTCACCGCAGCTGCCATTTTCTGTTAAATGCTGATAGAAGTTTTATTGAATC
143 ATTCGTGTCGGATTATACTAAGTTTTTATTTATCTTGTTTTTTGGCCCTACAAAGTATTG
144 GTATGTCCTTATTTTATATTGATTACACTGGCTTTTGGCCTTATAAAGATATAGATTAGT
145 TGCTAAGTCTAAAAGATGTATTTTTTAACGGTGGTTCCATTACGTCTGTGCACCCACTGT
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147 AGGAGAAAGAATATTTGAATAGATTTATCGACAAAATATATTTCGTTAAATTTACACAAT
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151 AAGATGATTGTGAAAAAACAAAGCGTTAGGATTTGTAAAAGGCAATTCCACAATTTGAAT
152 TACAATACTGTAACTGAATATAGCGCGGCACATGGTACAAACAACGTGCTGGTAATAAAT
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169 GCCGTCTCTGATAGAGGAGAGCATCATAGTATACCTCCAGAAGATACTCCTTATTTCAAT
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174 AGCTCAGAATTTGCACCAGTATATTTAGCTGACTGGTATGCTGCTTATGGCGAAATGCTG
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177 AACTTATTACCATAATTTTATTTTAGACTTGCTATCCTTATTGTCTAAACGCACATTGTT
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179 TCTATAAATCCCGTTAGCGGTGATTTGCTTTCGGTCAGCCTATTTTTAGAATATAATTTT
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184 AAGAAAATTAATTAGATTTGTAAAAATGTGCAGCTTCATAATTATTTATGGAGCGAATCA
185 TTTATGTTTAAATAAGACGGCA
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187 GAATTTCTGAGCTACTTTAGGTAGTAAAATAAGAGGTGAATTGTGAGCCCCGGTTTGCTT
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190 CATTGTTAATGTTCGATAGCTTTATGAAGAGAAATCAGCTAGCCTTAATCATGTTTCGTG
191 CTTGCTCGAAGTTGCAGTACCATGGAGTAAATACCAGCCTTTCGAGGCATTTGTTTCTTG
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193 CTGCTCTTGATACTTTTGAACCTCGACACATTGGACCTTCTAAAACGGATCAACAATATC
194 AATTGGAGTCACTAGGGTATAAGGATTTTGATTCTTTCCTCAAAGATGTAATTCCAGATT
195 CTGTGCGAACACCTGAGAGCCAATTGATGGCTTTTGGGTCTGTGAATCCCAACGAAAAAA
196 ATCCTCCTGTTAACTACTCCGAAAGCGAATTTACGACTCTGGCAAACAATGTGGCTAATC
197 AAAATAAGCTGATTAAGAGCTTCATTGGCATGGGATACTATAATGTAAAGCTTCCTGCTG
198 CTATTCAGCGTAATGTTCTTGAGAACCCTGAATGGTATACTCAATATACTCCATATCAGG
199 CTGAAATTTCTCAAGGGCGTCTGGAATCTATGATGAATTATCAAACCATGATTGCTGATC
200 TCACAGGTCTCAGCATTAGCAATGCTAGTTTACTGGATGAAGGAACTGCTGCTGGAGAAG
201 CAATGGTTATGTTGATGGCCAACGACAAAAAGAAGCGCAAAACGTTTTTAGTGGACAAGA
202 ATATATACCCCAATACTCTGTCTGTTTTACGTACTCGTGCTTCTGGTTTTGGTATCAAAA
203 TTGAATTAGACAATATCACTCCTGAACTCATTACGAAGTCTGCTAAGCATGTTTTTGGTA
204 TCTTTGTGCAATACCCAGCGGCGGATGGCTCTATTTTTGACTATGGTCATTTAGCTGCTA
205 CAGCACGCTCTTTTAATATGCACGTCGTAGCTGCCACCGATTTACTAGCTCTCACTATTT
206 TGAAATCGCCTGGGGAATGGGGTGCCGATGTTGCTGTTGGTTCCACTCAGCGCTTTGGTC
207 TGCCCATGGGCTATGGTGGCCCCCATGCCGGATTCTTTGCTTGTAGTGAAGAATTTAAAC
208 GAAAGATACCCGGTCGTCTTATTGGTCTCAGCAAAGATCGTTTAGAAAATCCCGCATACC
209 GGTTGGCTCTTCAAACAAGAGAACAACATATTCGTCGTGAAAAGGCTACAAGTAACATTT
210 GCACGGCTCAAGCTTTGTTAGCCAATATGTCTGCATTCTATGCTATTTACCATGGGCCAA
211 ATGGTCTCCAAGAAATTGCAAACCGTATTTACGCTAGTACCTCCTTCTTAAAATCTGCTT
212 TGGAATCTTCAGGATATAAAATTGTTAATAAAAGTCATTTCTTTGACACATTAACTATCG
213 AAGTTGAGTCGGCTGACAAAGTTCTTGCGAAAGCACTTGATCACGGTTACAATTTAAGAA
214 AGGTTGATGATTCACATGTTGGTCTTTCATTGGACGAGACCGTTTGCGATAAAGATATTC
215 AAGCTTTGTTTAGCATCTTTAATATAAATAAGAGTGTTGATCAGTATTATATGGAAATTG
216 CAACGTCGGAACCTAATGGAAATTCTGCTTCAACAGTCGATAATCTCAGCATTTGTTCTC
217 TTCCTGAAAACTTTAGACGAACAACCCTCTATTTACAACATCCCGTGTTTAACAGATACC
218 ATTCGGAAACTGAACTTATGCGTTATATTCATCATTTGCAGTCGAAGGATCTATCTTTAG
219 CTCATGCCATGACCCCATTGGGTTCGTGCACAATGAAGTTGAATGCTGTCACCGAAATGA
220 TGCCAATCACAAATCCATTATTTGCCAACATTCATCCATATGTTCCAGAGGAACAAGCTA
221 AAGGTTATCGTCATGTTATCGAAGATTTGCAGTTAATGTTAACGACCATCACCGGCTTTG
222 ATGCTGCATGCTTTCAACCAAATTCGGGAGCCGCTGGAGAATACACTGGCTTAAGTGTTA
223 TTCGAGCATATCAGCGGTCTATTGGTCAAGGTCATCGCAATATTTGCTTAATTCCTGTTT
224 CGGCTCACGGTACTAATCCAGCTTCAGCTGCTATGGCTGGGTTTACTGTTATTCCTGTAA
225 AATGTCTCAATAACGGTTATTTGGATATGCAAGACTTAAAAGAAAAGGCCTCTAAACACG
226 CCGACAAGTTAGCTGCCTTTATGGTAACTTATCCTAGTACTTTTGGCATTTTTGAGCCTG
227 ATGTTAAGGAAGCTTTGGAAGTAATTCACGAACATGGTGGTCAGGTTTACTTTGATGGTG
228 CTAACATGAATGCAATGGTTGGTTTATGCAAGGCTGGTGATATTGGTGCTGATGTTTGTC
229 ACTTAAATCTTCATAAGACATTTTGCATTCCTCACGGCGGTGGCGGTCCTGGTGTAGGTC
230 CTATTTGTGTAAAAAAGCATCTTGCTGATTTCCTACCATCTCATCCTGTAGTTTCATGCG
231 GCGGTAAGAATGGTATCACATCTGTTAGCTCTTCTCCTTTTGGCTCTGCTGGTATTTTAC
232 CTATCTCATGGGCATACATGAGAATGATGGGACTTGCCGGTTTGCGTGACGCTTCCAAAG
233 CCGCTCTGTTAAATGCCAATTATATGGCCAAGCGCCTGTCATCTCATTATAAACTTGTTT
234 ACACTAATAAGAACAACCTCTGTGCTCATGAGTTTATTCTAGATGCTCGCGAATTTAAAG
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236 CACCAACTCTTTCCTGGCCTATTGCTAATACACTGATGATTGAGCCTACCGAGTCTGAGA
237 GTATGTATGAGATGGACCGCTTCTGTGATGCTTTAATTTCTATTCGACAAGAAATTCGTG
238 AAATTGAAGAAGGTCTCCAGCCTAAGGACAATAACCTGCTCGTTAATGCTCCCCACCCTC
239 AAAAGGACATTGCATCTGAGAAATGGGATCGTCCTTATACTCGAGAGCGGGCTGTCTATC
240 CTGTGCCTCTTTTAAAGGAACGGAAATTCTGGCCTAGCGTTGCTCGATTAGATGATGCGT
241 ACGGTGACAAGAACTTATTTTGTACTTGTTCCCCAGTTGTTTAGCGGTCAAAAAGAGCTC
242 ACCTGCTAGATTACTTCAACCTTTTCCCAGTTAAGTTCAACCTAATTTTTACTCCATTTG
243 GTAGTTCGTTCAACACCAATTCCCACGTTTATATATAGACCAATTTTTTACTACATCTTG
244 TTAGACAATTCTTTCCGTTATCACTTTTTCGAATTTTTTTTAATTACGTTTTAATTTTGA
245 AGGTTAGAATTATCCTTTGCTGGAACATGAGGTTTTCAACAACCTTTTTTTAATCTGATA
246 ATCTAATTTTGCTAGTCATATAATTGCGACTTTCTGATAAAAACATTACCTATACTTTAT
247 AAATATGTCGTTTTTAAATATTAACTCCTATGTCTTACTTGCATCCTTGAAATTTACGAC
248 TAGAAATTTGGTGCTTTGGATTTTCGTTACATTAAGTAAGGCCATTGAATCGATATGACA
249 CGTAAATGTTAAATTTCAAAATATTTTGGAGAGCACCATGTATAATTTAAATATACGAAT
250 TTTTTCCTTTAAATTTGTGGTTCTTTTTTAAAAAATATCAAGACGAGTACTCGATTACTC
251 GTAAGTATTCAAG
252 >CUFF.9.1|m.6 CUFF.9.1|g.6 ORF CUFF.9.1|g.6 CUFF.9.1|m.6 type:complete len:156 (+) CUFF.9.1:173-640(+)
253 AGCGAAACAAACAAATCACGTTATAGACGGTGGCAGGGCCATAAAAGGTATTCCCTCGCT
254 TTAAAAAGAAACAATGTCAAAAAGCTTTCTTTATAAACTATTGGAAGATTGAAGACATTA
255 AAGAAGAAAAGTCCTGCTTACCCTTGGACTTTTTTCAGCAGTTTTCATTGCCATGCCTAT
256 CAACCAAAAGTTTTATTCATATCTGGTAAAGCGAAATGGTGGTGAAGGTGAACCTGAATT
257 TCGACTTCCTATGGGTTTTATTGGAATCACACTTTTTGAAATAGGAATTTTACTTTTCGG
258 TTGGACTGCAAGATATAAGATTTTTTGGTTTGTGCCAACAATTGGATCAGCCATTATGGG
259 TGGTGGGTACATTATGACTTCCAATCCCTTAAACATGTATGTGGTAGATTCATATGGAAT
260 TTACTCAGCCAGTGCGTCAGCGGGTGTAAAAATATTTCAACTATTATTAGGAGCCATCTT
261 TCCATTATTTGCTGAAAGTCTATTTCGTCGACTGAACTACGGATGGGGGTGTACTTTACT
262 TGCCTTTATTTTATTAGCTTGTGGCTGTAGTCTTCCAATCTTATTCAAGTATGGAAAACA
263 AATTAGAAATCTACGACCATTTGACCCCTCAAAATACTAGTTGATTTAACTGATCAAAGT
264 GAGGATTTTCACACACATTTTCAGAGTACTTGGAACGTGCCGAGCTGATTAAAAAACACC
265 GGTATTAACAAAAAATTTTATTTATGAAGCAATACGCTATTTCGTTATGAGAAACTTGAT
266 TCAATGAAACTATTATAAACCTTA