Mercurial > repos > iuc > transit_hmm
view test-data/hmm-sites1.txt @ 5:7db455b6434b draft default tip
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/transit/ commit d1f8cb0c56e082656c5d4a8729e612bdc5b6e3cc"
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#HMM - Sites # Tn-HMM #Console: python /Users/delphinel/miniconda3/envs/transit_test/bin/transit hmm transit-in1-rep1_smol.wig,transit-in1-rep2_smol.wig transit-in1_smol.prot hmm_smol # # Mean: 257.30 # Median: 132.00 # Normalization: TTR # LOESS Correction: False # pins (obs): 0.473974 # pins (est): 0.633445 # Run length (r): 5 # State means: # ES: 1.0101 GD: 3.9520 NE: 195.2002 GA: 976.0011 # Self-Transition Prob: # ES: -3.5286e-12 GD: -3.5286e-12 NE: -3.5286e-12 GA: -3.5286e-12 # State Emission Parameters (theta): # ES: 0.9900 GD: 0.2530 NE: 0.0051 GA: 0.0010 # State Distributions:# ES: 24.47% GD: 4.70% NE: 70.82% GA: 0.00% 60 0 1.00e+00 5.77e-14 8.74e-16 1.74e-16 ES Rv0001_(dnaA) 72 0 1.00e+00 1.47e-14 4.52e-18 1.80e-19 ES Rv0001_(dnaA) 102 0 1.00e+00 3.77e-15 2.34e-20 1.86e-22 ES Rv0001_(dnaA) 188 0 1.00e+00 9.63e-16 1.21e-22 1.94e-25 ES Rv0001_(dnaA) 246 0 1.00e+00 2.46e-16 6.34e-25 1.64e-27 ES Rv0001_(dnaA) 333 0 1.00e+00 6.29e-17 1.05e-26 1.44e-27 ES Rv0001_(dnaA) 360 0 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