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diff test-data/hmm-sites1.txt @ 0:043a6feaa8bc draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/transit/ commit 73c6b2baf9dda26c6809a4f36582f7cbdb161ea1
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/hmm-sites1.txt Mon Apr 22 14:42:47 2019 -0400 @@ -0,0 +1,74621 @@ +#HMM - Sites +# Tn-HMM +#Console: python /home/inithello/miniconda3/envs/__transit@2.3.3/bin/transit hmm input_file_0.wig,input_file_1.wig annotation.dat transit_out.txt -iN 0.0 -tC 0.0 -r Mean +# +# Mean: 225.23 +# Median: 112.00 +# pins (obs): 0.548435 +# pins (est): 0.668453 +# Run length (r): 5 +# State means: +# ES: 1.0101 GD: 3.6959 NE: 169.5859 GA: 847.9294 +# Self-Transition Prob: +# ES: -7.1294e-12 GD: -7.1294e-12 NE: -7.1294e-12 GA: -7.1294e-12 +# State Emission Parameters (theta): +# ES: 0.9900 GD: 0.2706 NE: 0.0059 GA: 0.0012 +# State Distributions:# ES: 16.17% GD: 4.51% NE: 78.02% GA: 1.31% +60 0 1.00e+00 1.28e-13 2.03e-15 4.05e-16 ES Rv0001_(dnaA) +72 0 1.00e+00 3.49e-14 1.21e-17 4.82e-19 ES Rv0001_(dnaA) +102 0 1.00e+00 9.54e-15 7.22e-20 5.75e-22 ES Rv0001_(dnaA) +188 0 1.00e+00 2.61e-15 4.30e-22 6.91e-25 ES Rv0001_(dnaA) +246 0 1.00e+00 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Rv0618_(galTa),Rv0619_(galTb) +712346 0 7.62e-13 4.52e-15 1.00e+00 2.00e-24 NE Rv0619_(galTb) +712373 0 7.62e-13 4.52e-15 1.00e+00 1.82e-24 NE Rv0619_(galTb) +712411 0 7.62e-13 4.52e-15 1.00e+00 1.80e-24 NE Rv0619_(galTb) +712480 9 7.99e-31 2.77e-16 1.00e+00 1.97e-24 NE Rv0619_(galTb) +712513 170 0.00e+00 4.62e-38 1.00e+00 5.08e-24 NE Rv0619_(galTb) +712531 48 1.26e-117 9.12e-29 1.00e+00 2.95e-24 NE Rv0619_(galTb) +712576 37 1.18e-95 1.11e-26 1.00e+00 2.45e-24 NE Rv0619_(galTb) +712627 24 1.09e-69 9.66e-22 1.00e+00 2.18e-24 NE Rv0619_(galTb) +712674 0 1.60e-19 6.14e-17 1.00e+00 1.92e-24 NE Rv0619_(galTb) +712728 10 1.70e-39 2.84e-18 1.00e+00 2.29e-24 NE Rv0620_(galK) +712773 0 2.69e-17 6.33e-17 1.00e+00 3.62e-24 NE Rv0620_(galK) +712935 0 2.70e-17 6.33e-17 1.00e+00 1.09e-23 NE Rv0620_(galK) +713145 19 3.01e-55 1.73e-19 1.00e+00 5.16e-23 NE Rv0620_(galK) +713328 342 0.00e+00 7.35e-64 1.00e+00 1.08e-21 NE Rv0620_(galK) +713620 0 5.72e-08 8.39e-11 1.00e+00 3.76e-22 NE Rv0620_(galK) 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+1217551 5 9.77e-32 3.38e-18 1.00e+00 4.44e-24 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1217731 0 1.60e-19 1.59e-17 1.00e+00 1.09e-23 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218146 50 2.15e-119 2.94e-24 1.00e+00 5.72e-23 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218205 0 1.60e-19 1.85e-20 1.00e+00 1.80e-22 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218352 61 2.30e-141 1.15e-28 1.00e+00 1.14e-21 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218370 0 1.60e-19 1.22e-20 1.00e+00 3.39e-21 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218381 101 2.91e-221 3.20e-34 1.00e+00 2.59e-20 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218508 58 1.34e-137 3.65e-23 1.00e+00 7.27e-20 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218532 0 6.83e-08 3.14e-09 1.00e+00 2.04e-19 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218562 0 6.87e-08 3.20e-09 1.00e+00 9.48e-19 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218760 0 6.87e-08 3.21e-09 1.00e+00 4.67e-18 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1218785 1 6.91e-10 2.35e-09 1.00e+00 2.34e-17 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1219028 0 6.87e-08 3.21e-09 1.00e+00 1.16e-16 NE Rv1091_(PE_PGRS22) +1219035 1 6.91e-10 2.35e-09 1.00e+00 5.83e-16 NE +1219133 0 6.87e-08 3.21e-09 1.00e+00 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4.39e-24 NE Rv1158c_(-) +1284293 0 1.28e-10 9.80e-12 1.00e+00 1.23e-23 NE Rv1158c_(-) +1284339 0 1.28e-10 9.80e-12 1.00e+00 5.41e-23 NE Rv1158c_(-) +1284353 0 1.28e-10 9.80e-12 1.00e+00 2.63e-22 NE Rv1158c_(-) +1284425 0 1.28e-10 9.79e-12 1.00e+00 1.31e-21 NE Rv1158c_(-) +1284509 131 2.76e-272 2.34e-29 1.00e+00 1.61e-20 NE Rv1158c_(-) +1284551 51 1.28e-123 4.12e-29 1.00e+00 2.90e-20 NE Rv1158c_(-) +1284611 0 2.69e-17 5.88e-18 1.00e+00 7.80e-20 NE Rv1158c_(-) +1284787 0 2.70e-17 6.01e-18 1.00e+00 3.54e-19 NE Rv1158c_(-) +1284796 5 2.77e-27 1.28e-18 1.00e+00 1.78e-18 NE Rv1158c_(-) +1284800 314 0.00e+00 3.30e-60 1.00e+00 3.75e-17 NE Rv1158c_(-) +1284876 90 1.61e-201 2.06e-34 1.00e+00 2.47e-17 NE +1284901 394 0.00e+00 2.76e-75 1.00e+00 2.65e-16 NE +1284942 0 1.60e-19 1.22e-20 1.00e+00 6.03e-17 NE +1284953 538 0.00e+00 5.63e-93 1.00e+00 2.00e-15 NE +1284959 184 0.00e+00 4.73e-47 1.00e+00 4.65e-16 NE +1285036 0 1.60e-19 2.90e-16 1.00e+00 2.74e-16 NE Rv1159_(pimE) +1285050 110 3.07e-239 4.82e-31 1.00e+00 1.13e-15 NE Rv1159_(pimE) +1285131 27 8.67e-70 1.99e-08 1.00e+00 2.09e-15 NE Rv1159_(pimE) +1285169 0 1.23e-12 7.92e-03 9.92e-01 6.95e-15 NE Rv1159_(pimE) +1285211 0 1.17e-12 8.09e-03 9.92e-01 3.20e-14 NE Rv1159_(pimE) +1285253 65 1.36e-142 1.49e-11 1.00e+00 2.17e-13 NE Rv1159_(pimE) +1285259 0 4.08e-05 9.78e-01 2.18e-02 1.36e-14 GD Rv1159_(pimE) +1285265 2 7.70e-09 9.99e-01 8.98e-04 5.29e-16 GD Rv1159_(pimE) +1285304 0 5.53e-05 1.00e+00 1.93e-05 1.13e-17 GD Rv1159_(pimE) +1285331 0 5.54e-05 1.00e+00 4.19e-07 2.45e-19 GD Rv1159_(pimE) +1285380 0 5.54e-05 1.00e+00 9.13e-09 5.33e-21 GD Rv1159_(pimE) +1285400 0 5.54e-05 1.00e+00 2.00e-10 1.16e-22 GD Rv1159_(pimE) +1285470 0 5.54e-05 1.00e+00 5.10e-12 2.57e-24 GD Rv1159_(pimE) +1285520 0 5.54e-05 1.00e+00 8.57e-13 1.34e-25 GD Rv1159_(pimE) +1285568 0 5.54e-05 1.00e+00 7.64e-13 2.25e-25 GD Rv1159_(pimE) +1285587 0 5.54e-05 1.00e+00 7.62e-13 8.16e-25 GD Rv1159_(pimE) +1285639 0 5.54e-05 1.00e+00 7.62e-13 5.57e-23 GD Rv1159_(pimE) +1285649 7 5.04e-18 1.00e+00 6.67e-12 3.99e-19 GD Rv1159_(pimE) +1285725 0 5.64e-05 1.00e+00 7.64e-13 4.71e-20 GD Rv1159_(pimE) +1285751 0 5.66e-05 1.00e+00 7.65e-13 8.35e-22 GD Rv1159_(pimE) +1285754 0 5.67e-05 1.00e+00 8.15e-13 2.14e-22 GD Rv1159_(pimE) +1285894 0 5.67e-05 1.00e+00 3.10e-12 5.98e-23 GD Rv1159_(pimE) +1285902 0 5.67e-05 1.00e+00 1.08e-10 7.86e-23 GD Rv1159_(pimE) +1285956 0 5.67e-05 1.00e+00 4.92e-09 2.88e-21 GD Rv1159_(pimE) +1286022 0 5.67e-05 1.00e+00 2.26e-07 1.33e-19 GD Rv1159_(pimE) +1286177 0 5.67e-05 1.00e+00 1.04e-05 6.25e-18 GD Rv1159_(pimE) +1286201 0 5.67e-05 9.99e-01 4.75e-04 3.25e-16 GD Rv1159_(pimE) +1286252 342 0.00e+00 4.68e-45 1.00e+00 5.47e-12 NE Rv1159_(pimE) +1286285 43 2.44e-107 9.66e-23 1.00e+00 7.56e-13 NE Rv1159_(pimE),Rv1159A_(phhB) +1286307 0 5.61e-15 4.80e-13 1.00e+00 1.45e-13 NE Rv1159A_(phhB) +1286340 0 5.64e-15 4.89e-13 1.00e+00 2.89e-14 NE Rv1159A_(phhB) +1286347 0 5.64e-15 4.89e-13 1.00e+00 5.83e-15 NE Rv1159A_(phhB) 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Rv1475c_(acn) +1664808 0 1.00e+00 1.70e-15 3.41e-26 6.76e-27 ES Rv1475c_(acn) +1664866 0 1.00e+00 6.21e-15 3.43e-26 6.79e-27 ES Rv1475c_(acn) +1664872 0 1.00e+00 2.27e-14 3.49e-26 6.92e-27 ES Rv1475c_(acn) +1664964 0 1.00e+00 8.31e-14 3.73e-26 7.37e-27 ES Rv1475c_(acn) +1664980 0 1.00e+00 3.04e-13 4.58e-26 9.05e-27 ES Rv1475c_(acn) +1665037 0 1.00e+00 1.11e-12 7.71e-26 1.52e-26 ES Rv1475c_(acn) +1665077 0 1.00e+00 4.07e-12 1.92e-25 3.76e-26 ES Rv1475c_(acn) +1665088 0 1.00e+00 1.49e-11 6.11e-25 1.20e-25 ES Rv1475c_(acn) +1665202 0 1.00e+00 5.45e-11 2.14e-24 4.19e-25 ES Rv1475c_(acn) +1665339 0 1.00e+00 1.99e-10 7.75e-24 1.52e-24 ES Rv1475c_(acn) +1665454 0 1.00e+00 7.30e-10 2.83e-23 5.53e-24 ES Rv1475c_(acn) +1665493 0 1.00e+00 2.67e-09 1.03e-22 2.02e-23 ES Rv1475c_(acn) +1665500 0 1.00e+00 9.77e-09 3.78e-22 7.40e-23 ES Rv1475c_(acn) +1665583 0 1.00e+00 3.58e-08 1.38e-21 2.71e-22 ES Rv1475c_(acn) +1665604 0 1.00e+00 1.31e-07 5.06e-21 9.90e-22 ES Rv1475c_(acn) +1665771 0 1.00e+00 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Rv3151_(nuoG) +3518190 0 1.60e-19 2.94e-06 1.00e+00 4.08e-17 NE Rv3151_(nuoG) +3518227 13 1.73e-45 5.26e-08 1.00e+00 8.77e-18 NE Rv3151_(nuoG) +3518310 0 1.61e-19 2.94e-06 1.00e+00 1.73e-18 NE Rv3151_(nuoG) +3518371 4 1.65e-27 8.53e-07 1.00e+00 3.54e-19 NE Rv3151_(nuoG) +3518464 0 4.38e-19 2.94e-06 1.00e+00 7.07e-20 NE Rv3151_(nuoG) +3518554 6 5.30e-31 4.59e-07 1.00e+00 1.48e-20 NE Rv3151_(nuoG) +3518639 0 9.15e-17 2.93e-06 1.00e+00 3.80e-21 NE Rv3151_(nuoG) +3518644 57 1.62e-130 6.23e-14 1.00e+00 5.39e-20 NE Rv3151_(nuoG) +3518788 46 1.28e-113 1.16e-14 1.00e+00 1.37e-20 NE Rv3151_(nuoG) +3518921 0 1.27e-10 1.78e-08 1.00e+00 3.10e-21 NE Rv3151_(nuoG) +3518932 0 1.28e-10 1.78e-08 1.00e+00 5.06e-22 NE Rv3151_(nuoG) +3518952 0 1.28e-10 1.78e-08 1.00e+00 1.13e-22 NE Rv3151_(nuoG) +3518968 0 1.28e-10 1.78e-08 1.00e+00 3.53e-23 NE Rv3151_(nuoG) +3519223 0 1.28e-10 1.78e-08 1.00e+00 4.45e-23 NE +3519247 95 2.23e-200 2.94e-21 1.00e+00 6.09e-21 NE +3519337 41 1.21e-103 3.39e-16 1.00e+00 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+3520066 0 2.82e-08 9.95e-01 4.51e-03 2.83e-16 GD Rv3152_(nuoH) +3520154 0 2.82e-08 9.96e-01 4.05e-03 6.05e-18 GD Rv3152_(nuoH) +3520179 0 2.81e-08 9.96e-01 4.04e-03 1.31e-19 GD Rv3152_(nuoH) +3520196 0 2.77e-08 9.96e-01 4.04e-03 3.09e-21 GD Rv3152_(nuoH) +3520215 0 2.61e-08 9.96e-01 4.04e-03 1.50e-21 GD Rv3152_(nuoH) +3520246 41 6.48e-88 7.58e-04 9.99e-01 7.48e-17 GD Rv3152_(nuoH) +3520300 0 3.00e-17 9.96e-01 4.04e-03 2.67e-19 GD Rv3152_(nuoH) +3520314 20 4.39e-55 3.36e-01 6.64e-01 3.85e-17 GD Rv3152_(nuoH) +3520320 14 9.49e-45 7.64e-01 2.36e-01 2.88e-17 GD Rv3152_(nuoH) +3520343 0 4.08e-04 9.96e-01 4.03e-03 1.62e-18 GD Rv3152_(nuoH) +3520480 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 8.89e-21 GD Rv3152_(nuoH) +3520512 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 5.40e-23 GD Rv3152_(nuoH),Rv3153_(nuoI) +3520550 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 5.77e-25 GD Rv3153_(nuoI) +3520593 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 2.98e-25 GD Rv3153_(nuoI) +3520598 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 9.69e-24 GD Rv3153_(nuoI) +3520610 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 4.43e-22 GD Rv3153_(nuoI) +3520625 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 2.04e-20 GD Rv3153_(nuoI) +3520666 0 4.10e-04 9.96e-01 4.03e-03 9.44e-19 GD Rv3153_(nuoI) +3520688 19 6.62e-40 4.03e-01 5.97e-01 7.16e-15 GD Rv3153_(nuoI) +3520699 0 1.04e-10 9.96e-01 4.13e-03 1.52e-17 GD Rv3153_(nuoI) +3520726 0 1.33e-10 9.95e-01 4.55e-03 2.57e-16 GD Rv3153_(nuoI) +3520795 57 8.17e-123 8.85e-07 1.00e+00 6.72e-13 NE Rv3153_(nuoI) +3520815 0 3.29e-10 7.85e-01 2.15e-01 2.73e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3520849 0 4.19e-10 7.85e-01 2.15e-01 5.52e-15 NE Rv3153_(nuoI) +3520861 0 4.43e-10 7.85e-01 2.15e-01 1.39e-15 NE Rv3153_(nuoI) +3520869 41 2.46e-91 1.02e-05 1.00e+00 7.16e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3520873 12 4.36e-39 2.41e-05 1.00e+00 2.52e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3520939 223 0.00e+00 5.43e-34 1.00e+00 4.40e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3520945 188 0.00e+00 1.37e-47 1.00e+00 3.29e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3520981 51 1.28e-123 3.61e-29 1.00e+00 1.59e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3521061 0 1.60e-19 1.22e-20 1.00e+00 1.20e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3521068 270 0.00e+00 6.07e-57 1.00e+00 4.25e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3521071 287 0.00e+00 6.71e-61 1.00e+00 4.59e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3521075 181 0.00e+00 1.20e-46 1.00e+00 2.78e-14 NE Rv3153_(nuoI) +3521265 153 0.00e+00 6.96e-43 1.00e+00 2.43e-14 NE Rv3154_(nuoJ) +3521313 2043 0.00e+00 5.40e-297 1.00e+00 1.87e-10 NE Rv3154_(nuoJ) +3521361 17 1.07e-55 1.69e-24 1.00e+00 1.27e-14 NE Rv3154_(nuoJ) +3521542 76 1.49e-173 1.95e-32 1.00e+00 4.07e-15 NE Rv3154_(nuoJ) +3521601 184 0.00e+00 4.73e-47 1.00e+00 2.17e-15 NE Rv3154_(nuoJ) +3521639 59 1.34e-139 3.03e-30 1.00e+00 4.68e-16 NE Rv3154_(nuoJ) +3521665 0 1.60e-19 1.22e-20 1.00e+00 8.90e-17 NE Rv3154_(nuoJ) +3521769 40 2.03e-99 5.09e-26 1.00e+00 2.30e-17 NE Rv3154_(nuoJ) +3521820 27 1.11e-75 6.19e-26 1.00e+00 5.68e-18 NE Rv3154_(nuoJ) +3521908 310 0.00e+00 5.48e-64 1.00e+00 7.00e-18 NE Rv3154_(nuoJ) +3521939 9 1.00e-39 3.32e-20 1.00e+00 8.80e-19 NE Rv3155_(nuoK) +3521945 0 1.60e-19 7.29e-19 1.00e+00 1.76e-19 NE Rv3155_(nuoK) 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Rv3271c_(-) +3653185 87 1.28e-188 9.44e-23 1.00e+00 3.97e-24 NE Rv3271c_(-) +3653222 9 1.00e-39 1.09e-21 1.00e+00 2.26e-24 NE Rv3271c_(-) +3653359 32 1.15e-85 6.62e-25 1.00e+00 2.26e-24 NE +3653404 58 1.34e-137 4.61e-30 1.00e+00 2.59e-24 NE +3653491 0 2.69e-17 5.58e-19 1.00e+00 1.93e-24 NE Rv3272_(-) +3653614 0 2.70e-17 5.70e-19 1.00e+00 1.96e-24 NE Rv3272_(-) +3653640 120 5.47e-257 4.10e-35 1.00e+00 4.62e-24 NE Rv3272_(-) +3653686 352 0.00e+00 1.22e-69 1.00e+00 2.07e-23 NE Rv3272_(-) +3653785 50 1.27e-121 4.91e-29 1.00e+00 4.79e-24 NE Rv3272_(-) +3653810 6 9.82e-34 3.30e-22 1.00e+00 2.44e-24 NE Rv3272_(-) +3653826 48 1.26e-117 7.44e-28 1.00e+00 2.57e-24 NE Rv3272_(-) +3653836 41 1.21e-103 8.02e-28 1.00e+00 2.59e-24 NE Rv3272_(-) +3653844 0 1.60e-19 1.22e-20 1.00e+00 2.55e-24 NE Rv3272_(-) +3654066 416 0.00e+00 1.42e-76 1.00e+00 3.61e-23 NE Rv3272_(-) +3654085 231 0.00e+00 2.27e-53 1.00e+00 1.67e-23 NE Rv3272_(-) +3654125 0 2.69e-17 5.58e-19 1.00e+00 3.86e-24 NE Rv3272_(-) +3654188 0 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