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+GGAAATAAAGTTAATGTTAACAATAACTATAGTTTAGGTGTACATGATGTTAACAAAAGTACACAAAGAA
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+CGAATCTACTCTTTTAACTAACGAAGAATACGACAAGCTTGTAAACAAAATGAGTGAAGGTGTTGCATGT
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+CTATCTTGAATTGGTATAAGAAAGACAATCCTAACAAGCCGGAAGGAGAAAATAAAAATGAATCCGCTGC
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+AAGCGCTCTAAGCCCACAGCAAAGGAGCGCGGTAAGTTTAGTAGTGAAACTATCTTAAACATTCATATAC
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+CAGTCAAGGCGGCACAGGTACAGAAGATAACGGCGTGTTGGTTTGTTCTCCTTGTCATCTATGGGCACAT
+GGTAGAGCAGATGGGCCAAACGGCGAACCATTCAACGAGGGGCGAAAGTGGTTTGAAAATTATAGGGAGG
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+
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+# Note Bacillus phage Pavlov, complete genome.
+# date 10-SEP-2015
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+KT001911 GenBank gene 39416 40024 . + 1 ID=CPT_Pavlov50;Name=CPT_Pavlov50
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@@ -0,0 +1,10 @@
+##gff-version 3
+##sequence-region KT001911 1 40024
+KT001911 annotation remark 1 40024 . . . gff-version=3;sequence-region=%28%27KT001911%27%2C 0%2C 40024%29
+KT001911 TransTermHP_2.09 terminator 6521 6544 100 + . ID=TERM 1
+KT001911 TransTermHP_2.09 terminator 7749 7766 83 + . ID=TERM 2
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+KT001911 TransTermHP_2.09 terminator 33846 33869 93 + . ID=TERM 7
diff -r 000000000000 -r c28817831a24 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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+
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+
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+
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+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r c28817831a24 transtermhp.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/transtermhp.py Fri Oct 09 09:22:42 2015 -0400
@@ -0,0 +1,70 @@
+#!/usr/bin/env python
+import sys
+import re
+import subprocess
+from Bio import SeqIO
+from BCBio import GFF
+from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
+
+
+def main(expterm, fasta, gff3):
+ with open(fasta, 'r') as handle:
+ seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta"))
+
+ # Build coords file
+ with open(gff3, 'r') as handle:
+ for rec in GFF.parse(handle, base_dict=seq_dict):
+ with open('tmp.coords', 'w') as coords:
+ for feat in rec.features:
+ if feat.type == 'gene':
+ coords.write('\t'.join([
+ feat.id,
+ str(feat.location.start + 1),
+ str(feat.location.end),
+ rec.id,
+ ]) + '\n')
+ with open('tmp.fasta', 'w') as fasta_handle:
+ SeqIO.write(rec, fasta_handle, 'fasta')
+
+ cmd = ['transterm', '-p', expterm, fasta, 'tmp.coords']
+ output = subprocess.check_output(cmd)
+ # TERM 1 4342 - 4366 + F 93 -11.5 -3.22878 | opp_overlap 4342, overlap 4340 4357
+ ttre = re.compile(
+ '^ (?P.*) (?P\d+) - (?P\d+)\s+'
+ '(?P[-+])\s+(?P[GFRTHNgfr]+)\s+'
+ '(?P\d+)\s+(?P[0-9.-]+)\s+(?P[0-9.-]+)'
+ )
+
+ rec.features = []
+ batches = output.split('SEQUENCE ')
+ for batch in batches[1:]:
+ batch_lines = batch.split('\n')
+ # Strip the header
+ interesting = batch_lines[2:]
+ unformatted = [x for x in interesting if x.startswith(' ')][0::2]
+ for terminator in unformatted:
+ m = ttre.match(terminator)
+ if m:
+ start = int(m.group('start')) - 1
+ end = int(m.group('end'))
+ if m.group('strand') == '+':
+ strand = 1
+ else:
+ strand = 0
+
+ feature = SeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="terminator",
+ strand=strand,
+ qualifiers={
+ "source": "TransTermHP_2.09",
+ "score": m.group('conf'),
+ "ID": m.group('name'),
+ }
+ )
+ rec.features.append(feature)
+ yield rec
+
+if __name__ == '__main__':
+ for record in main(*sys.argv[1:4]):
+ GFF.write([record], sys.stdout)
diff -r 000000000000 -r c28817831a24 transtermhp.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/transtermhp.xml Fri Oct 09 09:22:42 2015 -0400
@@ -0,0 +1,76 @@
+
+
+ finds rho-independent transcription terminators in bacterial genomes
+
+ macros.xml
+
+
+
+ $output]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
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+ doi:10.1186/gb-2007-8-2-r22
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