# HG changeset patch # User iuc # Date 1631544584 0 # Node ID e654095ab1431b06845277dacd9ed28dab2bbd8a # Parent 8250ea3a15013b3bd94cf65847b8cee93ce9c42a "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/umi_tools commit bf6a3aa532e8f9d122da4c1e39f3e256ae587b79" diff -r 8250ea3a1501 -r e654095ab143 macros.xml --- a/macros.xml Wed Feb 10 19:29:55 2021 +0000 +++ b/macros.xml Mon Sep 13 14:49:44 2021 +0000 @@ -1,5 +1,43 @@ + + + + 1.1.2 + 0 + 21.01 + + + umi_tools + + + + + + 10.1101/gr.209601.116 + + @misc{githubUMI-tools, + title = {UMI-tools}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/CGATOxford/UMI-tools}, + } + + + + +
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+ + + + @@ -23,90 +61,510 @@ - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqillumina,fastqillumina.gz,fastqsolexa,fastqsolexa.gz + + + umi-tools + + - - + + - + + - - - + + + + + - - + + + + - - - 10.1101/gr.209601.116 - - @misc{githubUMI-tools, - title = {UMI-tools}, - publisher = {GitHub}, - journal = {GitHub repository}, - url = {https://github.com/CGATOxford/UMI-tools}, - } - - - - - - umi_tools - - - - 0.5.5 + + + + 'input.bam' && + samtools index -b 'input.bam' && + #set $input_file = 'input.bam' + #else: + ln -sf '${input}' 'input.bam' && + ln -sf '$input.metadata.bam_index' 'input.bam.bai' && + #set $input_file = 'input.bam' + #end if + ]]> + + + + + + + + + + .{8,12})(?PGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P.{8})(?P.{6})T{3}.* + + Where only reads with a 3' T-tail and `GAGTGATTGCTTGTGACGCCTT` in + the correct position to yield two cell barcodes of 8-12 and 8bp + respectively, and a 6bp UMI will be retained. + + You can also specify fuzzy matching to allow errors. For example if + the discard group above was specified as below this would enable + matches with up to 2 errors in the discard_1 group. + + :: + + (?PGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT){s<=2} + + Note that all UMIs must be the same length for downstream + processing with dedup, group or count commands]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ``, +replacing with e.g ":". + +Alternatively, if your UMIs are encoded in a tag, you can specify this +by setting the option --extract-umi-method=tag and set the tag name +with the --umi-tag option. For example, if your UMIs are encoded in +the 'UM' tag, provide the following options: +``--extract-umi-method=tag`` ``--umi-tag=UM`` + +Finally, if you have used umis to extract the UMI +/- cell barcode, +you can specify ``--extract-umi-method=umis`` + +The start position of a read is considered to be the start of its alignment +minus any soft clipped bases. A read aligned at position 500 with +cigar 2S98M will be assumed to start at position 498.]]> + + + +
+ + + + + + + + + + + +
+
+ + = (2* umi B counts) - 1. Each + network is a read group. + +]]> + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + log + + + +
diff -r 8250ea3a1501 -r e654095ab143 test-data/chr19_gene_tags.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/chr19_gene_tags.sam Mon Sep 13 14:49:44 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1492 @@ +@HD VN:1.4 SO:queryname +@SQ SN:chr1 LN:248956422 +@SQ SN:chr2 LN:242193529 +@SQ SN:chr3 LN:198295559 +@SQ SN:chr4 LN:190214555 +@SQ SN:chr5 LN:181538259 +@SQ SN:chr6 LN:170805979 +@SQ SN:chr7 LN:159345973 +@SQ SN:chr8 LN:145138636 +@SQ SN:chr9 LN:138394717 +@SQ SN:chr10 LN:133797422 +@SQ SN:chr11 LN:135086622 +@SQ SN:chr12 LN:133275309 +@SQ SN:chr13 LN:114364328 +@SQ SN:chr14 LN:107043718 +@SQ SN:chr15 LN:101991189 +@SQ SN:chr16 LN:90338345 +@SQ SN:chr17 LN:83257441 +@SQ SN:chr18 LN:80373285 +@SQ SN:chr19 LN:58617616 +@SQ SN:chr20 LN:64444167 +@SQ SN:chr21 LN:46709983 +@SQ SN:chr22 LN:50818468 +@SQ SN:chrX LN:156040895 +@SQ SN:chrY LN:57227415 +@SQ SN:chrM LN:16569 +@SQ SN:GL000008.2 LN:209709 +@SQ SN:GL000009.2 LN:201709 +@SQ SN:GL000194.1 LN:191469 +@SQ SN:GL000195.1 LN:182896 +@SQ 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finding putative error cell barcodes +2021-07-13 15:21:14,249 INFO building bktree +2021-07-13 15:21:14,249 INFO done building bktree +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Finished - finding putative error cell barcodes +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Top 1 cell barcodes passed the selected threshold +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Writing out whitelist +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Parsed 100 reads +2021-07-13 15:21:14,249 INFO 100 reads matched the barcode pattern +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Found 23 unique cell barcodes +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Found 15 total reads matching the selected cell barcodes +2021-07-13 15:21:14,249 INFO Found 85 total reads which can be error corrected to the selected cell barcodes +# job finished in 1 seconds at Tue Jul 13 15:21:14 2021 -- 7.19 0.62 0.08 0.02 -- ba3841c0-b2d5-4188-88ca-4ee241163293 diff -r 8250ea3a1501 -r e654095ab143 umi-tools_counts.xml --- a/umi-tools_counts.xml Wed Feb 10 19:29:55 2021 +0000 +++ b/umi-tools_counts.xml Mon Sep 13 14:49:44 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