Mercurial > repos > iuc > umi_tools_whitelist
comparison umi-tools_whitelist.xml @ 3:853f74e08009 draft
planemo upload commit d8f6e961cc9f14c5b39762f87e11352c0aadefc9
| author | iuc |
|---|---|
| date | Sat, 31 Mar 2018 17:36:28 -0400 |
| parents | c1743022a8cd |
| children | 095c349b4343 |
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equal
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| 2:c1743022a8cd | 3:853f74e08009 |
|---|---|
| 23 #set $gz = False | 23 #set $gz = False |
| 24 #if $input_type.type == 'single': | 24 #if $input_type.type == 'single': |
| 25 #if $input_type.input_single.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): | 25 #if $input_type.input_single.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): |
| 26 ln -s '$input_type.input_single' input_single.gz && | 26 ln -s '$input_type.input_single' input_single.gz && |
| 27 #set $gz = True | 27 #set $gz = True |
| 28 #else | |
| 29 ln -s '$input_type.input_single' input_single.txt && | |
| 28 #end if | 30 #end if |
| 29 #elif $input_type.type == 'paired': | 31 #elif $input_type.type == 'paired': |
| 30 #if $input_type.input_read1.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): | 32 #if $input_type.input_read1.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): |
| 31 ln -s '$input_type.input_read1' input_read1.gz && | 33 ln -s '$input_type.input_read1' input_read1.gz && |
| 32 ln -s '$input_type.input_read2' input_read2.gz && | 34 ln -s '$input_type.input_read2' input_read2.gz && |
| 33 #set $gz = True | 35 #set $gz = True |
| 36 #else | |
| 37 ln -s '$input_type.input_read1' input_read1.txt && | |
| 38 ln -s '$input_type.input_read2' input_read2.txt && | |
| 34 #end if | 39 #end if |
| 35 #else ## paired_collection | 40 #else ## paired_collection |
| 36 #if $input_type.input_readpair.forward.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): | 41 #if $input_type.input_readpair.forward.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"): |
| 37 ln -s '$input_type.input_readpair.forward' input_read1.gz && | 42 ln -s '$input_type.input_readpair.forward' input_read1.gz && |
| 38 ln -s '$input_type.input_readpair.reverse' input_read2.gz && | 43 ln -s '$input_type.input_readpair.reverse' input_read2.gz && |
| 39 #set $gz = True | 44 #set $gz = True |
| 45 #else | |
| 46 ln -s '$input_type.input_readpair.forward' input_read1.txt && | |
| 47 ln -s '$input_type.input_readpair.reverse' input_read2.txt && | |
| 40 #end if | 48 #end if |
| 41 #end if | 49 #end if |
| 50 | |
| 42 umi_tools whitelist | 51 umi_tools whitelist |
| 43 --bc-pattern='$bc_pattern' | 52 --bc-pattern='$bc_pattern' |
| 44 --subset-reads='$subset_reads' | 53 --subset-reads='$subset_reads' |
| 45 #if $input_type.type == 'single': | 54 #if $input_type.type == 'single': |
| 46 #if $gz: | 55 #if $gz: |
| 47 --stdin=input_single.gz | 56 --stdin=input_single.gz |
| 48 #else | 57 #else |
| 49 --stdin='$input_type.input_single' | 58 --stdin=input_single.txt |
| 50 #end if | 59 #end if |
| 51 #else: ## equally valid for both 'paired' and 'paired_collection' | 60 #else: ## equally valid for both 'paired' and 'paired_collection' |
| 52 #if $gz: | 61 #if $gz: |
| 53 --stdin=input_read1.gz | 62 --stdin=input_read1.gz |
| 54 --read2-in=input_read2.gz | 63 --read2-in=input_read2.gz |
| 55 #else: | 64 #else: |
| 56 --stdin='$input_type.input_read1' | 65 --stdin=input_read1.txt |
| 57 --read2-in='$input_type.input_read2' | 66 --read2-in=input_read2.txt |
| 58 #end if | 67 #end if |
| 59 #if $input_type.barcode.barcode_select == "1": | 68 #if $input_type.barcode.barcode_select == "1": |
| 60 --bc-pattern2='$input_type.barcode.bc_pattern2' | 69 --bc-pattern2='$input_type.barcode.bc_pattern2' |
| 61 #end if | 70 #end if |
| 62 #end if | 71 #end if |