changeset 4:c6a297d05c8e draft

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--- a/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py	Fri May 13 09:17:14 2022 +0000
@@ -26,7 +26,11 @@
 	records.append(record)
 
 for seq_record in records:
-	output_line = f"{prefix}{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+	if prefix != 'none':
+		output_line = f"{prefix}{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+	else:
+		output_line = f"{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+
 	chromSizesoutput.write(output_line)
 
 chromSizesoutput.close()

--- a/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Fri May 13 09:17:14 2022 +0000
@@ -1,11 +1,31 @@
-<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="2.0">
+<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="2.1">
     <description>Chromosome sizes are needed for the creation of ribosome profiles. This tool generates a tab delimited chrom.sizes file from an inputted fasta</description>
     <command>
         python $__tool_directory__/calculating_chrom.sizes.py ${input1} ${input2} ${output1}
     </command>
     <inputs>
-        <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
-        <param name="input2" type="text" label="Chromosome Column Prefix (eg. chr)" />
+        <conditional name="refGenomeSource">
+            <param name="genomeSource" type="select" label="Will you select a reference from your history or use a built-in FASTA?">
+                <option value="builtin">Use a built-in FASTA</option>
+                <option value="history">Use one from the history</option>
+            </param>
+            <when value="builtin">
+                <param name="input1" type="select" label="Select a reference" help="if your reference of interest is not listed - contact RiboGalaxy team">
+                    <options from_data_table="builtin_fastas">
+                        <filter type="sort_by" column="2" />
+                        <validator type="no_options" message="No built-ins are available" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="input2" type="select" label="Chromosome Column Prefix (eg. chr)">
+            <option value="chr">'chr' (required for upload to GWIPS-Viz)</option>
+            <option value="none" selected='true'>None - do not add a prefix</option>
+            <option value="manual">Specify you own</option> 
+        </param> 
 
     </inputs>
     <outputs>
@@ -21,7 +41,7 @@
     <help>
 **What it does**
 
-creates a chromosome sizes file from a fasta file
+Creates a chromosome sizes file from a fasta file. 
     </help>
     <citations/>
 </tool>

--- a/get_chrom_sizes/test-data/test.fasta.sizes	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6692 +0,0 @@
-chrYAL012W	1785
-chrYAL069W	915
-chrYAL068W_A	855
-chrYAL068C	963
-chrYAL067W_A	828
-chrYAL067C	2382
-chrYAL066W	909
-chrYAL065C	987
-chrYAL064W_B	981
-chrYAL064C_A	981
-chrYAL064W	885
-chrYAL063C_A	891
-chrYAL063C	4569
-chrYAL062W	1974
-chrYAL061W	1854
-chrYAL060W	1749
-chrYAL059C_A	1023
-chrYAL059W	1239
-chrYAL058W	2109
-chrYAL056C_A	951
-chrYAL056W	3243
-chrYAL055W	1143
-chrYAL054C	2742
-chrYAL053W	2952
-chrYAL051W	3744
-chrYAL049C	1341
-chrYAL048C	2589
-chrYAL047W_A	930
-chrYAL047C	2469
-chrYAL046C	957
-chrYAL045C	909
-chrYAL044W_A	933
-chrYAL044C	1113
-chrYAL043C	2958
-chrYAL042C_A	978
-chrYAL042W	1848
-chrYAL041W	3165
-chrYAL040C	2343
-chrYAL039C	1410
-chrYAL038W	2103
-chrYAL037C_B	1575
-chrYAL037C_A	693
-chrYAL037W	1404
-chrYAL036C	1710
-chrYAL035W	3609
-chrYAL034C_B	954
-chrYAL034W_A	1470
-chrYAL034C	1842
-chrYAL033W	1122
-chrYAL032C	1740
-chrYAL031W_A	909
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-chrYAL022C	2154
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-chrYAL020C	1602
-chrYAL019W_A	1170
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-chrYAR003W	1881
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-chrYAR015W	1521
-chrYAR018C	1908
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-chrYAR020C	768
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-chrYAR028W	1305
-chrYAR029W	825
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-chrYAR033W	1305
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-chrYAR035C_A	681
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-chrQ0070	2493
-chrQ0065	2271
-chrQ0060	1848
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-chrQ0050	3105
-chrQ0075	1665
-chrQ0080	747
-chrQ0085	1380
-chrQ0092	741
-chrQ0105	1758
-chrQ0120	2517
-chrQ0115	2154
-chrQ0110	1872
-chrQ0130	831
-chrQ0140	1797
-chrQ0142	777
-chrQ0143	753
-chrQ0144	930
-chrQ0160	1308
-chrQ0182	1005
-chrQ0250	1356
-chrQ0255	2019
-chrQ0275	1410
-chrQ0297	526
-chrYER054C	2247
-chrYER114C	3723
-chrYER169W	2991
-chrYEL077C	4397
-chrYEL077W_A	1083
-chrYEL076C_A	1251
-chrYEL076C	1251
-chrYEL075W_A	1212
-chrYEL075C	969
-chrYEL074W	939
-chrYEL073C	924
-chrYEL072W	1296
-chrYEL071W	2091
-chrYEL070W	2109
-chrYEL069C	2295
-chrYEL068C	933
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-chrYEL066W	1140
-chrYEL065W	2487
-chrYEL064C	2043
-chrYEL063C	2373
-chrYEL062W	2448
-chrYEL061C	3603
-chrYEL060C	2508
-chrYEL059C_A	825
-chrYEL059W	909
-chrYEL058W	2274
-chrYEL057C	1302
-chrYEL056W	1806
-chrYEL055C	3669
-chrYEL054C	1098
-chrYEL053W_A	948
-chrYEL053C	2802
-chrYEL052W	2130
-chrYEL051W	1371
-chrYEL050W_A	792
-chrYEL050C	1782
-chrYEL049W	963
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-chrYEL047C	2013
-chrYEL046C	1764
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-chrYEL044W	1101
-chrYEL043W	3471
-chrYEL042W	2157
-chrYEL041W	2088
-chrYEL040W	2004
-chrYEL039C	942
-chrYEL038W	1284
-chrYEL037C	1797
-chrYEL036C	2103
-chrYEL035C	1101
-chrYEL034C_A	1203
-chrYEL034W	1074
-chrYEL033W	1020
-chrYEL032W	3516
-chrYEL032C_A	762
-chrYEL031W	4248
-chrYEL030C_A	915
-chrYEL030W	2535
-chrYEL029C	1539
-chrYEL028W	1062
-chrYEL027W	1083
-chrYEL026W	981
-chrYEL025C	4167
-chrYEL024W	1248
-chrYEL023C	2649
-chrYEL022W	4980
-chrYEL021W	1404
-chrYEL020C_B	798
-chrYEL020W_A	864
-chrYEL020C	2283
-chrYEL019C	1404
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-chrYEL018W	1440
-chrYEL017C_A	732
-chrYEL017W	1614
-chrYEL016C	2082
-chrYEL015W	2256
-chrYEL014C	906
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-chrYEL012W	1257
-chrYEL011W	2715
-chrYEL010W	951
-chrYEL009C_A	1008
-chrYEL009C	1446
-chrYEL008W	981
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-chrYEL007W	2601
-chrYEL006W	1608
-chrYEL005C	1449
-chrYEL004W	1629
-chrYEL003W	936
-chrYEL002C	1893
-chrYEL001C	1278
-chrYER001W	2889
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-chrYER004W	1296
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-chrYER007W	2157
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-chrYER010C	1305
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-chrYER012W	1197
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-chrYER019W	2034
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-chrYER180C_A	858
-chrYER181C	924
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\ No newline at end of file

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+    </table>
+</tables>
\ No newline at end of file