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author jackcurragh
date Wed, 23 Mar 2022 12:50:45 +0000
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files samtools_faidx/macros.xml samtools_faidx/samtools_faidx.xml samtools_faidx/test-data/test.fasta samtools_faidx/test-data/test.fasta.fai
diffstat 4 files changed, 278265 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samtools_faidx/macros.xml	Wed Mar 23 12:50:45 2022 +0000
@@ -0,0 +1,223 @@
+<macros>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">samtools</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.13</token>
+    <token name="@PROFILE@">20.05</token>
+    <token name="@FLAGS@"><![CDATA[
+        #set $flags = 0
+        #if $filter
+            #set $flags = sum(map(int, str($filter).split(',')))
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@PREPARE_IDX@"><![CDATA[
+        ##prepare input and indices
+        ln -s '$input' infile &&
+        #if $input.is_of_type('bam'):
+            #if str( $input.metadata.bam_index ) != "None":
+                ln -s '${input.metadata.bam_index}' infile.bai &&
+            #else:
+                samtools index infile infile.bai &&
+            #end if
+        #elif $input.is_of_type('cram'):
+            #if str( $input.metadata.cram_index ) != "None":
+                ln -s '${input.metadata.cram_index}' infile.crai &&
+            #else:
+                samtools index infile infile.crai &&
+            #end if
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@PREPARE_IDX_MULTIPLE@"><![CDATA[
+        ##prepare input and indices
+        #for $i, $bam in enumerate( $input_bams ):
+            ln -s '$bam' '${i}' &&
+            #if $bam.is_of_type('bam'):
+                #if str( $bam.metadata.bam_index ) != "None":
+                    ln -s '${bam.metadata.bam_index}' '${i}.bai' &&
+                #else:
+                    samtools index '${i}' '${i}.bai' &&
+                #end if
+            #elif $bam.is_of_type('cram'):
+                #if str( $bam.metadata.cram_index ) != "None":
+                    ln -s '${bam.metadata.cram_index}' '${i}.crai' &&
+                #else:
+                    samtools index '${i}' '${i}.crai' &&
+                #end if
+            #end if
+        #end for
+    ]]></token>
+    <token name="@PREPARE_FASTA_IDX@"><![CDATA[
+        ##checks for reference data ($addref_cond.addref_select=="history" or =="cached")
+        ##and sets the -t/-T parameters accordingly:
+        ##- in case of history a symbolic link is used because samtools (view) will generate
+        ##  the index which might not be possible in the directory containing the fasta file
+        ##- in case of cached the absolute path is used which allows to read the cram file
+        ##  without specifying the reference
+        #if $addref_cond.addref_select == "history":
+            ln -s '${addref_cond.ref}' reference.fa &&
+            samtools faidx reference.fa &&
+            #set reffa="reference.fa"
+            #set reffai="reference.fa.fai"
+        #elif $addref_cond.addref_select == "cached":
+            #set reffa=str($addref_cond.ref.fields.path)
+            #set reffai=str($addref_cond.ref.fields.path)+".fai"
+        #else
+            #set reffa=None
+            #set reffai=None
+        #end if
+    ]]></token>
+
+    <xml name="optional_reference">
+        <conditional name="addref_cond">
+            <param name="addref_select" type="select" label="Use a reference sequence">
+                <help>@HELP@</help>
+                <option value="no">No</option>
+                <option value="history">Use a genome/index from the history</option>
+                <option value="cached">Use a built-in genome</option>
+            </param>
+            <when value="no"/>
+            <when value="history">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Reference"/>
+            </when>
+            <when value="cached">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="select" label="Reference">
+                    <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="input" key="dbkey" column="dbkey"/>
+                    </options>
+                    <validator  type="no_options" message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset"/>
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mandatory_reference" token_help="" token_argument="">
+        <conditional name="addref_cond">
+            <param name="addref_select" type="select" label="Use a reference sequence">
+                <help>@HELP@</help>
+                <option value="history">Use a genome/index from the history</option>
+                <option value="cached">Use a built-in genome</option>
+            </param>
+            <when value="history">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Reference"/>
+            </when>
+            <when value="cached">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="select" label="Reference">
+                    <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="input" key="dbkey" column="dbkey"/>
+                        <validator message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset" type="no_options" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+
+    <token name="@ADDTHREADS@"><![CDATA[
+        ##compute the number of ADDITIONAL threads to be used by samtools (-@)
+        addthreads=\${GALAXY_SLOTS:-1} && (( addthreads-- )) &&
+    ]]></token>
+    <token name="@ADDMEMORY@"><![CDATA[
+        ##compute the number of memory available to samtools sort (-m)
+        ##use only 75% of available: https://github.com/samtools/samtools/issues/831
+        addmemory=\${GALAXY_MEMORY_MB_PER_SLOT:-768} &&
+        ((addmemory=addmemory*75/100)) &&
+    ]]></token>
+    <xml name="seed_input">
+       <param name="seed" type="integer" optional="True" label="Seed for random number generator" help="If empty a random seed is used." />
+    </xml>
+    <xml name="flag_options" token_s1="false" token_s2="false" token_s4="false" token_s8="false" token_s16="false" token_s32="false" token_s64="false" token_s128="false" token_s256="false" token_s512="false" token_s1024="false" token_s2048="false">
+        <option value="1" selected="@S1@">Read is paired</option>
+        <option value="2" selected="@S2@">Read is mapped in a proper pair</option>
+        <option value="4" selected="@S4@">Read is unmapped</option>
+        <option value="8" selected="@S8@">Mate is unmapped</option>
+        <option value="16" selected="@S16@">Read is mapped to the reverse strand of the reference</option>
+        <option value="32" selected="@S32@">Mate is mapped to the reverse strand of the reference</option>
+        <option value="64" selected="@S64@">Read is the first in a pair</option>
+        <option value="128" selected="@S128@">Read is the second in a pair</option>
+        <option value="256" selected="@S256@">Alignment of the read is not primary</option>
+        <option value="512" selected="@S512@">Read fails platform/vendor quality checks</option>
+        <option value="1024" selected="@S1024@">Read is a PCR or optical duplicate</option>
+        <option value="2048" selected="@S2048@">Alignment is supplementary</option>
+    </xml>
+
+    <!-- region specification macros and tokens for tools that allow the specification
+         of region by bed file / space separated list of regions -->
+    <token name="@REGIONS_FILE@"><![CDATA[
+        #if $cond_region.select_region == 'tab':
+            -t '$cond_region.targetregions'
+        #end if
+    ]]></token>
+    <token name="@REGIONS_MANUAL@"><![CDATA[
+        #if $cond_region.select_region == 'text':
+            #for $i, $x in enumerate($cond_region.regions_repeat):
+               '${x.region}'
+            #end for
+        #end if
+    ]]></token>
+    <xml name="regions_macro">
+        <conditional name="cond_region">
+            <param name="select_region" type="select" label="Filter by regions" help="restricts output to only those alignments which overlap the specified region(s)">
+                <option value="no" selected="True">No</option>
+                <option value="text">Manualy specify regions</option>
+                <option value="tab">Regions from tabular file</option>
+            </param>
+            <when value="no"/>
+            <when value="text">
+                <repeat name="regions_repeat" min="1" default="1" title="Regions">
+                    <param name="region" type="text" label="region" help="format chr:from-to">
+                        <validator type="regex" message="Required format: CHR[:FROM[-TO]]; where CHR: string containing any character except quotes, whitespace and colon; FROM and TO: any integer">^[^\s'\":]+(:\d+(-\d+){0,1}){0,1}$</validator>
+                    </param>
+                </repeat>
+            </when>
+            <when value="tab">
+                <param name="targetregions" argument="-t/--target-regions" type="data" format="tabular" label="Target regions file" help="Do stats in these regions only. Tab-delimited file chr,from,to (1-based, inclusive)" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SAM_def,
+                title={Definition of SAM/BAM format},
+                url = {https://samtools.github.io/hts-specs/},}
+            </citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp352</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr076</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr509</citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Danecek_et_al,
+                Author={Danecek, P., Schiffels, S., Durbin, R.},
+                title={Multiallelic calling model in bcftools (-m)},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/call-m.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Durbin_VCQC,
+                Author={Durbin, R.},
+                title={Segregation based metric for variant call QC},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/rd-SegBias.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Li_SamMath,
+                Author={Li, H.},
+                title={Mathematical Notes on SAMtools Algorithms},
+                url = {http://www.broadinstitute.org/gatk/media/docs/Samtools.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SamTools_github,
+                title={SAMTools GitHub page},
+                url = {https://github.com/samtools/samtools},}
+            </citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="version_command">
+        <version_command><![CDATA[samtools 2>&1 | grep Version]]></version_command>
+    </xml>
+    <xml name="stdio">
+        <stdio>
+            <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />
+        </stdio>
+    </xml>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samtools_faidx/samtools_faidx.xml	Wed Mar 23 12:50:45 2022 +0000
@@ -0,0 +1,30 @@
+<tool id="samtools_chrom_sizes" name="Samtools Chromosome Sizes" version="2.0.4" profile="@PROFILE@">
+    <description>order of storing aligned sequences</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <expand macro="stdio"/>
+    <expand macro="version_command"/>
+    <command><![CDATA[
+        samtools faidx '${input1}' --fai-idx '${output1}'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+       <data name="output1" format="fai"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input1" value="test.fasta" ftype="fasta" />
+            <output name="output1" file="test.fasta.fai" ftype="fai" lines_diff="4" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+**What it does**
+
+Creates a FAI index for a given FASTA file 
+    </help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/samtools_faidx/test-data/test.fasta	Wed Mar 23 12:50:45 2022 +0000
@@ -0,0 +1,271320 @@
+>YAL012W
+GACCCCATACCACTTCTTTTTGTTATTCTTAAATATGTTGTAACGCTATG
+TAATTCCACCCTTCATTACTAATAATTAGCCATTCACGTGATCTCAGCCA
+GTTGTGGCGCCACACTTTTTTTTCCATAAAAATCCTCGAGGAAAAGAAAA
+GAAAAAAATATTTCAGTTATTTAAAGCATAAGATGCCAGGTAGATGGAAC
+TTGTGCCGTGCCAGATTGAATTTTGAAAGTACAATTGAGGCCTATACACA
+TAGACATTTGCACCTTATACATATACACACAAGACAAAACCAAAAAAAAT
+ATGACTCTACAAGAATCTGATAAATTTGCTACCAAGGCCATTCATGCCGG
+TGAACATGTGGACGTTCACGGTTCCGTGATCGAACCCATTTCTTTGTCCA
+CCACTTTCAAACAATCTTCTCCAGCTAACCCTATCGGTACTTACGAATAC
+TCCAGATCTCAAAATCCTAACAGAGAGAACTTGGAAAGAGCAGTTGCCGC
+TTTAGAGAACGCTCAATACGGGTTGGCTTTCTCCTCTGGTTCTGCCACCA
+CCGCCACAATCTTGCAATCGCTTCCTCAGGGCTCCCATGCGGTCTCTATC
+GGTGATGTGTACGGTGGTACCCACAGATACTTCACCAAAGTCGCCAACGC
+TCACGGTGTGGAAACCTCCTTCACTAACGATTTGTTGAACGATCTACCTC
+AATTGATAAAGGAAAACACCAAATTGGTCTGGATCGAAACCCCAACCAAC
+CCAACTTTGAAGGTCACCGACATCCAAAAGGTGGCAGACCTTATCAAGAA
+GCACGCTGCCGGCCAAGACGTGATCTTGGTTGTCGACAACACCTTCTTGT
+CCCCATATATCTCCAATCCATTGAACTTCGGTGCAGACATCGTTGTCCAC
+TCCGCTACAAAGTACATCAACGGTCACTCAGACGTTGTGCTCGGTGTCCT
+GGCCACTAATAACAAGCCATTGTACGAGCGTCTGCAGTTCTTACAAAACG
+CCATTGGTGCTATCCCATCTCCTTTCGATGCTTGGTTGACCCACAGAGGT
+TTGAAGACTTTGCATCTACGTGTCAGACAAGCTGCCCTCAGCGCCAACAA
+AATCGCTGAATTCTTGGCAGCAGACAAGGAAAACGTTGTCGCAGTCAACT
+ACCCAGGTTTGAAGACACACCCTAACTACGACGTAGTGTTAAAGCAACAC
+CGTGATGCCCTTGGTGGTGGTATGATCTCCTTCAGAATCAAGGGTGGTGC
+TGAAGCTGCTTCCAAGTTCGCCTCCTCCACAAGACTGTTCACATTGGCCG
+AATCCCTTGGTGGTATCGAATCTCTATTGGAAGTGCCCGCTGTGATGACC
+CACGGTGGTATCCCAAAGGAGGCCAGAGAGGCCTCTGGTGTTTTTGACGA
+CTTGGTTAGAATCTCTGTCGGTATTGAAGACACTGACGATCTTTTGGAAG
+ACATCAAGCAAGCCTTGAAACAAGCCACCAACTAATCGCCAGTGCCACGT
+CTCTGCCTTCGACCGGACCTTTTTAAGTACGATAAATATCCTTTTATAAA
+TATATAGTCTAAAATATCCATTAATACTGTGCTCAATCAATCGTGTTAGA
+TGATTTAGTTTTTTCCAAATCGTTATTATAGTGCAGAAGTAGTATACATA
+AAGGCATATGCATGCGATTTGGAAGTAACGCTCGCCGTAGACAAGTAAGA
+ATGCCTGCTGTCTTGAGAACCAGGTCCAAAGAATCCTCTATAGAGCAGAA
+GCCTGCTTCCAGAACTAGAACGAGATCAAGAAGGG
+>YAL069W
+CACACCACACCACACCCACACACACACATCCTAACACTACCCTAACACAG
+CCCTAATCTAACCCTGGCCAACCTGTCTCTCAACTTACCCTCCATTACCC
+TGCCTCCACTCGTTACCCTGTCCCATTCAACCATACCACTCCGAACCACC
+ATCCATCCCTCTACTTACTACCACTCACCCACCGTTACCCTCCAATTACC
+CATATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCAT
+GACCTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAA
+ATGATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCAC
+CACATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACG
+GATGCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACT
+TCACTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATC
+ATTATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCA
+TAACGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTC
+CCAAATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCAC
+CATATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAA
+ATCCCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATA
+ATACATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAA
+CGTAAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGA
+ATATTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACT
+GTCGTAACACTCTTT
+>YAL068W_A
+ATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCATGAC
+CTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAAATG
+ATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCACCAC
+ATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACGGAT
+GCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACTTCA
+CTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATCATT
+ATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCATAA
+CGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTCCCA
+AATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCACCAT
+ATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAAATC
+CCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATAATA
+CATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAACGT
+AAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGAATA
+TTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACTGTC
+GTAACACTCTTTATTCACCGAGCAATAATACGGTAGTGGCTCAAACTCAT
+GCGGGTGCTATGATACAATTATATCTTATTTCCATTCCCATATGCTAACC
+GCAATATCCTAAAAGCATAACTGATGCATCTTTAATCTTGTATGTGACAC
+TACTC
+>YAL068C
+TGCGCATACGAATACACATAAGCGCCATAAAACAGTACTCCACATACGAA
+ACCTATGAAAGATTTATGATTCGTTCAGAAACAAGAGCATCTCCATAGAG
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+TGGTGCCAGTCAGCGATCGTTTAAATAGCAACAACCCATGAGGGAATGGG
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+>YGR169C_A
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+YDL045W_A	888	3094783	50	51
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+YDL043C	1401	3099230	50	51
+YDL042C	2289	3100669	50	51
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+YDR235W	2235	3712423	50	51
+YDR236C	1257	3714712	50	51
+YDR237W	1479	3716004	50	51
+YDR238C	3522	3717522	50	51
+YDR239C	2964	3721124	50	51
+YDR240C	2079	3724157	50	51
+YDR241W	888	3726287	50	51
+YDR242W	2250	3727202	50	51
+YDR243C	2367	3729506	50	51
+YDR244W	2439	3731930	50	51
+YDR245W	1782	3734427	50	51
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+YDR466W	3297	4224599	50	51
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+YDR504C	984	4293497	50	51
+YDR505C	3126	4294510	50	51
+YDR506C	2427	4297708	50	51
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+YGR162W	3459	8311922	50	51
+YGR163W	1626	8315460	50	51
+YGR164W	936	8317128	50	51
+YGR165W	1638	8318092	50	51
+YGR166W	2283	8319772	50	51
+YGR167W	1302	8322110	50	51
+YGR168C	1731	8323448	50	51
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