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--- a/BC11-Kpn005_S2.rgi.txt Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ -ORF_ID Contig Start Stop Orientation Cut_Off Pass_Bitscore Best_Hit_Bitscore Best_Hit_ARO Best_Identities ARO Model_type SNPs_in_Best_Hit_ARO Other_SNPs Drug Class Resistance Mechanism AMR Gene Family Predicted_DNA Predicted_Protein CARD_Protein_Sequence Percentage Length of Reference Sequence ID Model_ID
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-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGATGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-13~~~AEA73284.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-13 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGGCACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCTATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-14~~~AFV48348.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-14 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-15~~~AGF70638.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-15 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCGGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTTTTGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCAAACTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGGGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-16~~~AGJ01153.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-16 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGTTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGTCGCAGCGGCAGCAGCTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-17~~~AGJ01154.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-17 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGCTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-18~~~AKO63215.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-18 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAATTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-19~~~AIH07017.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-19 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCACGGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-2~~~AAK70220.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-2 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-21~~~CEF57509.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-21 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGAGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-22~~~AIX87991.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-22 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGGGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGCTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-24~~~AKQ06274.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-24 -ATGTCACTGTATCGCCCTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-3~~~AAL05630.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-3 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-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCGGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGGGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-5~~~ABY91240.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-5 -ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCGGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-6~~~ACB71165.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-6 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-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATAGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA ->bccdc~~~KPC-8~~~ACI95258.1 carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-8 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-ATGAAAACATTTGCCGCATATGTAATTATCGCGTGTCTTTCGAGTACGGCATTAGCTGGTTCAATTACAGAAAATACGTCTTGGAACAAAGAGTTCTCTGCCGAAGCCGTCAATGGTGTCTTCGTGCTTTGTAAAAGTAGCAGTAAATCCTGCGCTACCAATGACTTAGCTCGTGCATCAAAGGAATATCTTCCAGCATCAACATTTAAGATCCCCAGCGCAATTATCGGCCTAGAAACTGGTGTCATAAAGAATGAGCATCAGGTTTTCAAATGGGACGGAAAGCCAAGAGCCATGAAGCAATGGGAAAGAGACTTGACCTTAAGAGGGGCAATACAAGTTTCAGCTTTTCCCGTATTTCAACAAATCGCCAGAGAAGTTGGCGAAGTAAGAATGCAGAAATACCTTAAAAAATTTTCCTATGGCAACCAGAATATCAGTGGTGGCATTGACAAATTCTGGTTGGAAGGCCAGCTTAGAATTTCCGCAGTTAATCAAGTGGAGTTTCTAGAGTCTCTATATTTAAATAAATTGTCAGCATCTAAAGAAAACCAGCTAATAGTAAAAGAGGCTTTGGTAACGGAGGCGGCACCTGAATATCTAGTGCATTCAAAAACTGGTTTTTCTGGTGTGGGAACTGAGTCAAATCCTGGTGTCGCATGGTGGGTTGGGTGGGTTGAGAAGGAGACAGAGGTTTACTTTTTCGCCTTTAACATGGATATAGACAACGAAAGTAAGTTGCCGCTAAGAAAATCCATTCCCACCAAAATCATGGAAAGTGAGGGCATCATTGGTGGCTAA ->bccdc~~~OXA-234~~~WP_038350216.1 OXA-51 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-234 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"375"}},"model_sequences":{"sequence":{"3451":{"protein_sequence":{"accession":"AAL12234.1","sequence":"MKTMIYPHQYNYIRSVILRLKNVYKTVNDKETVKVIQSETYNDINEIFGHIDDDIEESLKVLMNIRLSNKEIEAILNKFLEYVVPFELPSPQKLQKVFKKVKKIKIPQFEEYDLKVSSFVGWNELASNRKYIIYYDEKKQLKGLYGEISNQVVKGFCTICNKESNVSLFMKKSKTNSDGQYVKKGDYICRDSIHCNKQLTDINQFYNFIDKLD"},"dna_sequence":{"accession":"AY047358","fmin":"1710","fmax":"2352","strand":"+","sequence":"ATGAAAACAATGATTTATCCTCACCAATATAATTATATCAGATCGGTTATTTTAAGATTGAAAAATGTATATAAAACGGTAAATGATAAAGAAACCGTCAAAGTTATTCAATCGGAAACCTATAATGATATTAATGAGATTTTTGGTCATATAGATGACGATATTGAAGAATCTTTAAAAGTATTAATGAACATCAGATTATCAAACAAAGAAATTGAAGCAATACTTAATAAATTTTTAGAATATGTAGTACCTTTTGAACTACCTAGTCCGCAAAAACTTCAGAAAGTATTTAAGAAAGTTAAAAAAATAAAAATACCTCAATTTGAAGAATATGATTTGAAGGTAAGTTCATTTGTAGGATGGAATGAACTTGCATCAAATCGGAAATATATAATATATTACGATGAAAAAAAACAATTAAAAGGACTTTATGGAGAAATTTCTAATCAGGTTGTAAAGGGGTTCTGCACAATTTGTAATAAAGAATCTAATGTTTCATTATTCATGAAAAAGTCAAAAACCAATTCGGATGGTCAATATGTAAAAAAAGGTGACTATATATGTCGAGATAGCATTCATTGTAATAAACAATTAACAGATATTAATCAGTTTTATAATTTTATTGATAAACTAGATTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35508","NCBI_taxonomy_name":"Staphylococcus aureus","NCBI_taxonomy_id":"1280"}}}},"ARO_accession":"3003552","ARO_id":"40155","ARO_name":"fusB","ARO_description":"FusB encodes a 2-domain zinc-binding protein that binds the ribosomal translocase EF-G, causing it to dissociate from the ribosome. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"910":{"protein_sequence":{"accession":"AIT76106.1","sequence":"MKKSLSATLISALLAFSAPGFSAADNVAAVVDSTIKPLMAQQDIPGMAVAVSVKGKPYYFNYGFADIQAKQPVTENTLFELGSVSKTFTGVLGAVSVAKKEMALNDPAAKYQPELALPQWKGITLLDLATYTAGGLPLQVPDAVKSRADLLNFYQQWQPSRKPGYMRLYANSSIGLFGALTANAAGMPYEQLLTARILAPLGLSHTFITVPESAQSQYAYGYKNKKPVRVSPGQLDAESYGVKSASKDMLRWAEMNMEPSRAGNADLEMAMYLAQTRYYKTAAINQGLGWEMYDWPQQKDMIINGVTNEVALQPHPVTDNQVQPYNRASWVHKTGATTGFGAYVAFIPEKQVAIVILANKNYPNTERVKAAQAILSALE"},"dna_sequence":{"accession":"KM087853","fmin":"0","fmax":"1140","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATCGTTATCTGCAACACTGATTTCCGCTCTGCTGGCGTTTTCCGCCCCGGGGTTTTCTGCCGCTGATAATGTCGCGGCGGTGGTGGACAGCACCATTAAACCGCTGATGGCACAGCAGGATATTCCCGGGATGGCGGTTGCCGTCTCCGTAAAGGGTAAGCCCTATTATTTCAATTATGGTTTTGCCGATATTCAGGCAAAACAGCCGGTCACTGAAAATACACTATTTGAGCTCGGATCTGTAAGTAAAACTTTCACAGGTGTGCTGGGTGCGGTTTCTGTGGCGAAAAAAGAGATGGCGCTGAATGATCCGGCGGCAAAATACCAGCCGGAGCTGGCTCTGCCGCAGTGGAAGGGGATCACATTGCTGGATCTGGCTACCTATACCGCAGGCGGACTGCCGTTACAGGTGCCGGATGCGGTAAAAAGCCGTGCGGATCTGCTGAATTTCTATCAGCAGTGGCAGCCGTCCCGGAAACCGGGCTATATGCGTCTGTATGCAAACAGCAGTATCGGCCTGTTTGGTGCTCTGACCGCAAACGCGGCGGGGATGCCGTATGAGCAGTTGCTGACTGCACGGATCCTGGCACCGCTGGGGTTATCTCACACCTTTATTACTGTGCCGGAAAGTGCGCAAAGCCAGTATGCGTACGGTTATAAAAACAAAAAACCGGTCCGCGTGTCGCCGGGACAGCTTGATGCGGAATCTTACGGCGTGAAATCCGCCTCAAAAGATATGCTGCGCTGGGCGGAAATGAATATGGAGCCGTCACGGGCCGGTAATGCGGATCTGGAAATGGCAATGTATCTCGCCCAGACCCGCTACTATAAAACCGCCGCGATTAACCAGGGGCTGGGCTGGGAAATGTATGACTGGCCGCAGCAGAAAGATATGATCATTAACGGTGTGACCAACGAGGTCGCATTGCAGCCGCATCCGGTAACAGACAACCAGGTTCAGCCGTATAACCGTGCTTCCTGGGTGCATAAAACGGGCGCAACAACTGGTTTCGGCGCCTATGTCGCCTTTATTCCGGAAAAACAGGTGGCGATTGTGATTCTGGCGAATAAAAACTACCCGAATACCGAAAGAGTCAAAGCTGCACAGGCTATTTTGAGTGCACTGGAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3002146","ARO_id":"38546","ARO_name":"DHA-15","ARO_description":"DHA-15 is a beta-lactamase. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"950"}},"model_sequences":{"sequence":{"149":{"protein_sequence":{"accession":"YP_724476.1","sequence":"MSLIIKARNIRLDYAGRDVLDIDELEIHSYDRIGLVGDNGAGKSSLLKVLNGEIVLAEATLQRFGDFAHISQLGGIEIETVEDRAMLSRLGVSNVQNDTMSGGEETRAKIAAAFSQQVHGILADEPTSHLDLNGIDLLIGQLKAFDGALLVISHDRYFLDMVVDKIWELKDGKITEYWGGYSDYLRQKEEERQHQAVEYELMMKERERLESAVQEKRQQANRLDNKKKGEKSKNSTESAGRLGHAKMTGTKQRKLYQAAKSMEKRLAALEDIQAPEHLRSIRFRQSSALELHNKFPITADGLSLKFGSRTIFDDANFIIPLGAKVAITGSNGTGKTSLLKMISERADGLTISPKAEIGYFTQTGYKFNTHKSVLSFMQEECEYTVAEIRAVLASMGIGANDIQKNLSDLSGGEIIKLLLSKMLLGKYNILLMDEPGNYLDLKSIAALETMMKSYAGTIIFVSHDKQLVDNIADIIYEIKDHKIIKTFERDC"},"dna_sequence":{"accession":"NC_007682","fmin":"20649","fmax":"22125","strand":"+","sequence":"ATGAGTTTAATTATTAAAGCGAGAAACATACGCTTGGATTATGCTGGGCGTGATGTTTTGGATATTGATGAATTGGAAATTCACTCTTATGACCGTATTGGTCTTGTGGGTGATAACGGAGCAGGAAAGAGTAGTTTACTCAAAGTACTTAATGGCGAAATTGTTTTAGCCGAAGCGACATTACAGCGTTTTGGTGATTTTGCACATATCAGCCAACTGGGCGGAATCGAAATAGAAACGGTCGAAGACCGGGCAATGTTATCTCGCCTTGGTGTTTCCAATGTACAAAACGACACAATGAGTGGCGGAGAGGAAACTCGTGCAAAAATTGCTGCCGCATTTTCCCAACAAGTACATGGCATTCTAGCGGATGAACCAACCAGCCACCTTGATCTCAATGGAATAGATCTACTTATTGGTCAACTTAAAGCATTTGATGGAGCATTACTTGTTATCAGTCATGACCGATATTTTCTTGATATGGTTGTAGACAAGATATGGGAGTTAAAAGACGGTAAAATTACGGAATATTGGGGTGGTTACTCGGATTACTTGCGTCAAAAAGAAGAAGAGCGACAACACCAAGCCGTAGAATATGAGCTGATGATGAAGGAACGGGAGCGATTAGAATCTGCTGTGCAAGAAAAACGCCAGCAAGCTAATCGATTAGACAATAAGAAAAAAGGAGAAAAATCCAAAAACTCTACCGAAAGTGCTGGACGACTTGGGCATGCAAAAATGACTGGCACCAAGCAAAGAAAACTGTATCAGGCAGCTAAGAGTATGGAAAAGCGTTTGGCTGCATTAGAAGATATTCAAGCACCAGAGCATTTGCGTTCTATTCGTTTTCGTCAAAGTTCAGCCCTAGAACTGCACAATAAGTTCCCGATTACGGCAGATGGTCTGAGCTTAAAATTTGGTAGCCGTACTATCTTTGATGACGCTAACTTTATAATACCGCTTGGCGCTAAAGTCGCTATAACTGGATCGAATGGAACAGGGAAAACGTCCTTGTTAAAAATGATATCAGAACGTGCTGATGGATTAACCATATCTCCAAAAGCTGAAATTGGCTACTTTACACAAACAGGATATAAATTTAACACGCATAAATCTGTGCTCTCCTTTATGCAGGAAGAGTGCGAGTACACAGTTGCGGAAATTCGTGCAGTATTGGCTTCAATGGGGATCGGAGCGAATGATATTCAAAAAAACTTATCCGACTTATCGGGAGGTGAAATCATCAAACTGCTTTTATCCAAAATGCTTTTAGGAAAATATAATATTTTGCTTATGGATGAACCAGGAAACTATCTTGACCTAAAAAGTATTGCCGCATTAGAAACAATGATGAAGTCCTATGCAGGAACTATTATCTTCGTATCTCATGACAAGCAATTGGTCGATAATATTGCTGACATTATCTACGAGATCAAAGACCACAAAATCATCAAGACTTTTGAGAGAGATTGTTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3003109","ARO_id":"39685","ARO_name":"msrE","ARO_description":"MsrE is an ABC-efflux pump expressed to Klebsiella pneumoniae that confers resistance to erythromycin and streptogramin B antibiotics. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"450"}},"model_sequences":{"sequence":{"408":{"protein_sequence":{"accession":"AAN34365.1","sequence":"MGEFFPAQISEQLSHARGVIERHLAATLDTIHLFGSALDGGLKPDSNIDLLVTVSAAPNDSLRQALMLDLLKVSSPPGNGGPWRPLEVTVVARSEVVPWRYPARRGLQFGEWLRHDILSGTFEPAVLDHDLAILLTKARQHSLALLGPSAVTFFEPVPNEHFSKALFDTIAQWNSESDWKGDERNVVLALARIWYSASTGLIAPKDVAAAWVSERLPAEHRPIICKARAAYLGSEDDDLAMRVEETAAFVRYAKATIERILR"},"dna_sequence":{"accession":"AY138986","fmin":"0","fmax":"789","strand":"+","sequence":"ATGGGTGAATTCTTTCCTGCACAAATTTCCGAGCAGCTATCCCACGCTCGCGGGGTGATCGAGCGCCATCTAGCTGCAACGCTGGACACAATCCACCTGTTCGGATCTGCGCTCGATGGAGGGTTGAAGCCGGACAGCAACATCGACTTGCTCGTGACCGTCAGCGCCGCACCTAACGATTCGCTCCGGCAGGCACTAATGCTCGACCTGCTAAAAGTCTCATCACCGCCAGGCAATGGCGGACCATGGCGACCGCTGGAGGTGACTGTTGTCGCTCGAAGCGAAGTAGTGCCCTGGCGCTATCCGGCGCGACGTGGGCTTCAGTTCGGTGAGTGGCTCCGCCACGACATCCTCTCCGGAACGTTCGAGCCTGCCGTTCTGGATCACGATCTTGCGATTTTGCTGACCAAGGCGAGGCAACACAGCCTTGCACTGCTAGGTCCATCCGCAGTCACGTTCTTCGAGCCGGTGCCGAACGAGCATTTTTCCAAGGCGCTTTTCGACACGATTGCCCAGTGGAATTCAGAGTCGGATTGGAAGGGTGACGAGCGGAACGTCGTTCTTGCTCTTGCTCGCATTTGGTACAGTGCTTCAACGGGTCTCATTGCTCCTAAGGACGTTGCTGCCGCATGGGTATCGGAGCGTTTGCCTGCCGAGCATCGGCCCATCATTTGCAAGGCACGCGCGGCGTACCTGGGTAGCGAGGACGACGACCTAGCAATGCGCGTCGAAGAGACGGCTGCGTTCGTTCGATATGCCAAAGCAACGATTGAGAGAATCTTGCGTTGAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3002604","ARO_id":"39004","ARO_name":"aadA4","ARO_description":"aadA4 is an aminoglycoside nucleotidyltransferase gene encoded by plasmids and chromosomes in Bordetella parapertussis and E. coli","ARO_category":{"41439":{"category_aro_accession":"3004275","category_aro_cvterm_id":"41439","category_aro_name":"ANT(3'')","category_aro_description":"Nucleotidylylation of streptomycin at the hydroxyl group at position 3''","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35957":{"category_aro_accession":"0000039","category_aro_cvterm_id":"35957","category_aro_name":"spectinomycin","category_aro_description":"Spectinomycin is an aminoglycoside antibiotic used to treat different types of bacterial infections. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"163":{"model_id":"163","model_name":"OXA-376","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Thus, protein synthesis and subsequently structure\/function processes critical for life or replication are inhibited.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35946":{"category_aro_accession":"0000027","category_aro_cvterm_id":"35946","category_aro_name":"roxithromycin","category_aro_description":"Roxithromycin is a semi-synthetic, 14-carbon ring macrolide antibiotic derived from erythromycin. It is used to treat respiratory tract, urinary and soft tissue infections. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"1625":{"protein_sequence":{"accession":"AEM97672.1","sequence":"MMKKSLCCALLLTASFSTFAAAKTEQQIADIVNRTITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGKPYYFTWGKADIANNHPVTQQTLFELGSVSKTFIGVLGGDAIARGEIKLSDPVTKYWPELTGKQWQGIRLLHLATYTAGGLPLQIPDDVRDKAALLHFYQNWQPQWTPGAKRLYANSSIGLFGALAVKPSGMSYEEAMTRRVLQPLKLAHTWITVPQNEQKDYAWGYREGKPVHVSPGQLDAEAYGVKSSVIDMARWVQANMDASHVQEKTLQQGIALAQSRYWRIGDMYQGLGWEMLNWPLKADSIINGSDSKVALAALPAVEVNPPAPAVKASWVHKTGSTGGFGSYVAFVPEKNLGIVMLANKSYPNPVRVEAAWRILEKLQ"},"dna_sequence":{"accession":"JF460794","fmin":"0","fmax":"1146","strand":"+","sequence":"ATGATGAAAAAATCGTTATGCTGCGCTCTGCTGCTGACAGCCTCTTTCTCCACATTTGCTGCCGCAAAAACAGAACAACAGATTGCCGATATCGTTAATCGCACCATCACCCCGTTGATGCAGGAGCAGGCTATTCCGGGTATGGCCGTTGCCGTTATCTACCAGGGAAAACCCTATTATTTCACCTGGGGTAAAGCCGATATCGCCAATAACCACCCAGTCACGCAGCAAACGCTGTTTGAGCTAGGATCGGTTAGTAAGACGTTTATCGGCGTGTTGGGCGGCGATGCTATCGCCCGCGGCGAAATTAAGCTCAGCGATCCGGTCACGAAATACTGGCCAGAACTGACAGGCAAACAGTGGCAGGGTATCCGCCTGCTGCACTTAGCCACCTATACGGCAGGCGGCCTACCGCTGCAGATCCCCGATGACGTTAGGGATAAAGCCGCATTACTGCATTTTTATCAAAACTGGCAGCCGCAATGGACTCCGGGCGCTAAGCGACTTTACGCTAACTCCAGCATTGGTCTGTTTGGCGCGCTGGCGGTGAAACCCTCAGGAATGAGTTACGAAGAGGCAATGACCAGACGCGTCCTGCAACCATTAAAACTGGCGCATACCTGGATTACGGTTCCGCAGAACGAACAAAAAGATTATGCCTGGGGCTATCGCGAAGGGAAGCCCGTACACGTTTCTCCGGGACAACTTGACGCCGAAGCCTATGGCGTGAAATCCAGCGTTATTGATATGGCCCGCTGGGTTCAGGCCAACATGGATGCCAGCCACGTTCAGGAGAAAACGCTCCAGCAGGGCATTGCGCTTGCGCAGTCTCGCTACTGGCGTATTGGCGATATGTACCAGGGATTAGGCTGGGAGATGCTGAACTGGCCGCTGAAAGCTGATTCGATCATCAACGGCAGCGACAGCAAAGTGGCATTGGCAGCGCTTCCCGCCGTTGAGGTAAACCCGCCCGCCCCCGCAGTGAAAGCCTCATGGGTGCATAAAACGGGCTCCACTGGTGGATTTGGCAGCTACGTAGCCTTCGTTCCAGAAAAAAACCTTGGCATCGTGATGCTGGCAAACAAAAGCTATCCTAACCCTGTCCGTGTCGAGGCGGCCTGGCGCATTCTTGAAAAGCTGCAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3002073","ARO_id":"38473","ARO_name":"CMY-60","ARO_description":"CMY-60 is a beta-lactamase. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"814":{"protein_sequence":{"accession":"AAP69916.1","sequence":"MLLFMFSIISFGNENQFMKEIFERKGLNGTFVVYDLKNDKIDYYNLDRANERFYPASSFKIFNTLIGLENGIVKNVDEMFYYYDGSKVFLDSWAKDSNLRYAIKVSQVPAYKKLARELGKERMQEGLNKLNYGNKEIGSEIDKFWLEGPLKISAMEQVKLLNLLSQSKLPFKLENQEQVKDITILEKKDDFILHGKTGWATDNIVVPIGWFVGWIETSDNIYSFAINLDISDSKFLPKREEIVREYFKNINVIK"},"dna_sequence":{"accession":"AY227054","fmin":"0","fmax":"765","strand":"+","sequence":"ATGTTATTATTTATGTTCTCGATTATTTCTTTTGGTAATGAAAATCAATTTATGAAAGAGATTTTTGAAAGAAAAGGTTTAAACGGAACTTTTGTTGTTTATGATTTAAAAAATGATAAAATTGATTATTATAATTTGGATAGAGCTAATGAGAGATTTTATCCTGCTTCATCATTTAAAATTTTTAATACTTTGATAGGATTAGAAAATGGGATAGTAAAAAATGTTGATGAAATGTTTTATTATTATGATGGTTCTAAAGTTTTTCTTGATTCATGGGCAAAAGATTCGAATTTAAGATATGCAATAAAGGTATCTCAAGTTCCAGCTTATAAAAAGCTTGCAAGAGAATTGGGAAAAGAAAGAATGCAAGAAGGATTAAATAAATTAAATTATGGAAATAAGGAAATAGGTAGTGAGATTGATAAGTTTTGGTTAGAAGGTCCATTAAAAATAAGTGCAATGGAACAAGTTAAATTATTAAATCTATTATCACAATCAAAACTTCCTTTTAAATTAGAAAATCAAGAACAAGTAAAAGATATTACGATTTTAGAGAAAAAAGATGATTTTATTTTACATGGAAAAACTGGGTGGGCTACTGATAATATAGTTGTTCCTATTGGTTGGTTTGTAGGTTGGATAGAAACTTCTGATAATATATATTCATTTGCTATTAATTTAGATATTTCTGATAGTAAATTTTTACCTAAACGTGAAGAAATTGTAAGAGAATATTTCAAAAATATAAATGTTATAAAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36931","NCBI_taxonomy_name":"Fusobacterium nucleatum","NCBI_taxonomy_id":"851"}}}},"ARO_accession":"3001780","ARO_id":"38180","ARO_name":"OXA-85","ARO_description":"OXA-85 is a beta-lactamase found in Fusobacterium nucleatum","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"345":{"model_id":"345","model_name":"bcrA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Monobactam antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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These beta-lactamases differ from the TEM and SHV enzymes in that they belong to molecular class D and functional group 2d. The OXA-type beta-lactamases confer resistance to ampicillin and cephalothin and are characterized by their high hydrolytic activity against oxacillin and cloxacillin and the fact that they are poorly inhibited by clavulanic acid. Amino acid substitutions in OXA enzymes can also give the ESBL phenotype. The OXA beta-lactamase family was originally created as a phenotypic rather than a genotypic group for a few beta-lactamases that had a specific hydrolysis profile. Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"750"}},"model_sequences":{"sequence":{"1308":{"protein_sequence":{"accession":"ACQ82807.1","sequence":"MRDTRFPCLCGIAASTLLFATTPAIAGEAPADRLKALVDAAVQPVMKANDIPGLAVAISLKGEPHYFSYGLASKEDGRRVTPETLFEIGSVSKTFTATLAGYALTQDKMRLDDRASQHWPALQGSRFDGISLLDLATYTAGGLPLQFPDSVQKDQAQIRDYYRQWQPTYAPGSQRLYSNPSIGLFGYLAARSLGQPFERLMEQQVFPALGLEQTHLDVPEAALAQYAQGYGKDDRPLRVGPGPLDAEGYGVKTSAADLLRFVDANLHPERLDRPWAQALDATHRGYYKVGDMTQGLGWEAYDWPISLKRLQAGNSTPMALQPHRIARLPAPQALEGQRLLNKTGSTNGFGAYVAFVPGRDLGLVILANRNYPNAERVKIAYAILSGLEQQGKVPLKR"},"dna_sequence":{"accession":"FJ666065","fmin":"0","fmax":"1194","strand":"+","sequence":"ATGCGCGATACCAGATTCCCCTGCCTGTGCGGCATCGCCGCTTCCACACTGCTGTTCGCCACCACCCCGGCCATTGCCGGCGAGGCCCCGGCGGATCGCCTGAAGGCACTGGTCGACGCCGCCGTACAACCGGTGATGAAGGCCAATGACATTCCGGGCCTGGCCGTAGCCATCAGCCTGAAAGGAGAACCGCATTACTTCAGCTATGGGCTGGCCTCGAAAGAGGACGGCCGCCGGGTGACGCCGGAGACCCTGTTCGAGATCGGCTCGGTGAGCAAGACCTTCACCGCCACCCTCGCCGGCTATGCCCTGACCCAGGACAAGATGCGCCTCGACGACCGCGCCAGCCAGCACTGGCCGGCACTGCAGGGCAGCCGCTTCGACGGCATCAGCCTGCTCGACCTCGCGACCTATACCGCCGGCGGCTTGCCGCTGCAGTTCCCCGACTCGGTGCAGAAGGACCAGGCACAGATCCGCGACTACTACCGCCAGTGGCAGCCGACCTACGCGCCGGGCAGCCAGCGCCTCTATTCCAACCCGAGCATCGGCCTGTTCGGCTATCTCGCCGCGCGCAGCCTGGGCCAGCCGTTCGAACGGCTCATGGAGCAGCAAGTGTTCCCGGCACTGGGCCTCGAACAGACCCACCTCGACGTGCCCGAGGCGGCGCTGGCGCAGTACGCCCAGGGCTATGGCAAGGACGACCGCCCGCTACGGGTCGGTCCCGGCCCGCTGGATGCCGAAGGCTACGGGGTGAAGACCAGCGCGGCCGACCTGCTGCGCTTCGTCGATGCCAACCTGCATCCGGAGCGCCTGGACAGGCCCTGGGCGCAGGCGCTCGATGCCACCCATCGCGGTTACTACAAGGTCGGCGACATGACCCAGGGCCTGGGCTGGGAAGCCTACGACTGGCCGATCTCCCTGAAGCGCCTGCAGGCCGGCAACTCGACGCCGATGGCGCTGCAACCGCACAGGATCGCCAGGCTGCCCGCGCCACAGGCGCTGGAGGGCCAGCGCCTGCTGAACAAGACCGGTTCCACCAACGGCTTCGGCGCCTACGTGGCGTTCGTCCCGGGCCGCGACCTGGGCCTGGTGATCCTGGCCAACCGCAACTATCCCAATGCCGAGCGGGTGAAGATCGCCTACGCCATCCTCAGCGGCCTGGAGCAGCAGGGCAAGGTGCCGCTGAAGCGCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3002497","ARO_id":"38897","ARO_name":"PDC-1","ARO_description":"PDC-1 is a beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa.","ARO_category":{"36237":{"category_aro_accession":"3000098","category_aro_cvterm_id":"36237","category_aro_name":"PDC beta-lactamase","category_aro_description":"PDC beta-lactamases are class C beta-lactamases that are found in Pseudomonas aeruginosa.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35923":{"category_aro_accession":"0000004","category_aro_cvterm_id":"35923","category_aro_name":"monobactam","category_aro_description":"Monobactams are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"1012":{"protein_sequence":{"accession":"AIT76105.1","sequence":"MKKSLSATLVSALLAFSAPGFSAADNVAAVVDSTIKPLMAQQDIPGMAVAVSVKGKPYYFNYGFADVQAKQPVTENTLFELGSVSKTFTGVLGAVSVAKKETSLNDPAVKYQPELTQPQWKGITLLDLATYTAGGLPLQVPEAVKSSEDLLHFYQQWQPSWQPGKMRLYANSSIGLFGALTATAAGMPYEQLLTARILAPLGLSHTFITVPESAQSQYAYGYKNNQPVRVTGGPLDAESYGVKSASKDMLRWAEINMSPSRAGNADLEMAMYLAQTRYYKTAAINQGLGWEMYDWPQQKDMIINGVTNEVALQPHPVTDNQVQPYNRASWVHKTGATTGFGAYVAFIPEKQVAIVILANKNYPNTERVKAAQAILSALE"},"dna_sequence":{"accession":"KM087852","fmin":"0","fmax":"1140","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATCGTTATCTGCAACACTGGTTTCCGCCCTGCTGGCCTTTTCTGCCCCGGGGTTCTCTGCCGCTGATAATGTCGCGGCAGTCGTCGACAGCACCATTAAACCGCTGATGGCACAGCAGGATATCCCCGGGATGGCGGTTGCTGTCTCCGTAAAGGGAAAACCGTATTACTTCAACTATGGTTTTGCGGATGTGCAGGCAAAACAGCCGGTCACTGAAAATACACTATTTGAACTCGGATCTGTAAGTAAAACTTTCACAGGTGTGCTGGGTGCGGTTTCCGTGGCGAAAAAAGAGACGTCGCTGAATGACCCGGCAGTCAAATACCAGCCTGAACTGACACAGCCGCAGTGGAAAGGGATCACATTACTGGATCTGGCCACCTATACCGCAGGCGGGCTGCCGTTACAGGTGCCGGAAGCGGTGAAAAGCAGTGAGGATCTGCTGCATTTCTATCAGCAGTGGCAGCCGTCATGGCAACCGGGAAAGATGCGTCTGTATGCGAACAGCAGTATCGGCCTGTTCGGTGCGCTGACCGCGACAGCGGCGGGAATGCCTTATGAGCAGCTGCTGACCGCACGTATCCTGGCGCCGCTGGGGTTATCACATACCTTTATTACTGTACCGGAAAGTGCGCAAAGTCAGTATGCATACGGTTATAAAAACAATCAGCCGGTACGGGTGACGGGGGGACCGCTCGATGCGGAATCTTACGGGGTAAAATCCGCCTCAAAAGATATGCTGCGCTGGGCAGAAATCAATATGTCGCCGTCACGGGCGGGCAATGCGGATCTGGAAATGGCGATGTATCTCGCACAGACCCGTTACTATAAAACGGCGGCAATCAACCAGGGACTGGGCTGGGAGATGTATGACTGGCCGCAGCAGAAAGATATGATCATTAACGGCGTGACCAATGAAGTGGCATTGCAGCCGCATCCGGTAACGGATAATCAGGTTCAGCCGTATAACCGCGCTTCCTGGGTACATAAAACAGGAGCAACAACCGGTTTCGGTGCTTATGTGGCCTTTATTCCGGAAAAACAGGTGGCGATTGTGATTCTGGCAAATAAAAACTACCCGAATACCGAAAGAGTCAAAGCCGCACAGGCTATTTTGAGTGCACTGGAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36917","NCBI_taxonomy_name":"Morganella morganii","NCBI_taxonomy_id":"582"}}}},"ARO_accession":"3002147","ARO_id":"38547","ARO_name":"DHA-16","ARO_description":"DHA-16 is a beta-lactamase. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"825":{"protein_sequence":{"accession":"AAV97952.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTSAVQQKLAALEKSSGRRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"AY847143","fmin":"82","fmax":"958","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAGTGCGGTGCAGCAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAAGGCGGCTGGGCGTCGCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCTGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGACTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3001909","ARO_id":"38309","ARO_name":"CTX-M-47","ARO_description":"CTX-M-47 is a beta-lactamase found in the Enterobacteriaceae family","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"889":{"protein_sequence":{"accession":"AGW83447.1","sequence":"MYKKALIAATSILFLSSCSSNTVKQHQIHSISANKNSEEIKSLFDQAQTTGVLVIKRGQTEEIYGNDLKRAPTAYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPDWEKDMTLGDAMKASAIPVYQELARRIGLDLMSKEVKRVGFGNASIGSKVDNFWLVGPLKITPQQETQFAYQLALKTLPFSQDVQEQVQSMVFIEEKNGSKIYAKSGWGWDVEPQVGWLTGWIVQPQGEIVAFSLNLEMKKGTPSSIRKEIAYKGLEQLGIL"},"dna_sequence":{"accession":"KF297578","fmin":"0","fmax":"822","strand":"+","sequence":"ATGTATAAAAAAGCCCTTATCGCTGCAACAAGTATCCTATTTTTATCCTCCTGTTCTTCCAATACGGTAAAACAACATCAAATACACTCTATTTCTGCCAATAAAAATTCAGAAGAAATTAAATCACTGTTTGATCAGGCACAGACCACGGGTGTTTTGGTGATTAAGCGAGGGCAAACAGAAGAAATTTATGGCAATGATCTTAAAAGAGCACCAACCGCCTATGTTCCCGCCTCAACCTTTAAAATGTTAAATGCTTTAATTGGACTTGAACATCATAAGGCAACTACAACTGAAGTATTTAAATGGGATGGGCAAAAACGTTTATTTCCTGATTGGGAAAAGGACATGACACTGGGTGATGCCATGAAAGCTTCTGCGATTCCAGTTTACCAAGAATTAGCCCGACGAATTGGTCTAGATCTTATGTCTAAAGAGGTGAAACGAGTTGGTTTTGGTAATGCTAGCATTGGTTCAAAAGTAGATAATTTTTGGCTTGTTGGCCCTCTAAAAATTACACCTCAACAAGAAACCCAATTTGCTTATCAATTAGCCCTTAAAACGCTTCCATTTAGCCAAGATGTACAAGAACAAGTTCAATCAATGGTGTTCATAGAGGAAAAAAATGGAAGTAAAATTTATGCCAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTTGAACCACAAGTTGGTTGGTTAACAGGCTGGATCGTTCAACCACAAGGAGAAATTGTCGCATTCTCACTTAATTTAGAAATGAAAAAAGGAACTCCTAGCTCTATTCGCAAAGAAATTGCTTATAAAGGCTTAGAACAACTGGGTATTTTATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39094","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter calcoaceticus","NCBI_taxonomy_id":"471"}}}},"ARO_accession":"3001536","ARO_id":"37936","ARO_name":"OXA-349","ARO_description":"OXA-349 is a beta-lactamase. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"1711":{"protein_sequence":{"accession":"AEX99752.1","sequence":"MRYIRLCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIKQSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"JQ029959","fmin":"28","fmax":"889","strand":"+","sequence":"ATGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCGCCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACAAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGCATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATATATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGAGCACTGGCAACGCTAAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001184","ARO_id":"37564","ARO_name":"SHV-142","ARO_description":"SHV-142 is a beta-lactamase.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. They are structurally similar to carbapenems, however, where carbapenems have a carbon, penems have a sulfur.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"732":{"model_id":"732","model_name":"OXA-237","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"770":{"model_id":"770","model_name":"SHV-57","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"807":{"model_id":"807","model_name":"OKP-B-1","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"375"}},"model_sequences":{"sequence":{"3673":{"protein_sequence":{"accession":"NP_253464.1","sequence":"MRILLAEDDLLLGDGIRAGLRLEGDTVEWVTDGVAAENALVTDEFDLLVLDIGLPRRSGLDILRNLRHQGLLTPVLLLTARDKVADRVAGLDSGADDYLTKPFDLDELQARVRALTRRTTGRALPQLVHGELRLDPATHQVTLSGQAVELAPREYALLRLLLENSGKVLSRNQLEQSLYGWSGDVESNAIEVHVHHLRRKLGNQLIRTVRGIGYGIDQPAP"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002516.2","fmin":"5364070","fmax":"5364736","strand":"+","sequence":"ATGAGAATACTGCTGGCCGAGGACGACCTGCTGCTCGGCGACGGCATCCGCGCCGGGCTGCGCCTGGAAGGCGATACCGTGGAATGGGTGACCGACGGCGTGGCCGCGGAGAACGCGCTGGTCACCGACGAGTTCGACCTGCTGGTGCTCGACATCGGACTGCCGCGCCGCAGCGGCCTGGACATCCTGCGCAACCTGCGTCACCAGGGCCTGCTCACCCCGGTGCTGCTGCTCACCGCGCGGGACAAGGTGGCCGACCGGGTCGCCGGGCTCGACAGCGGTGCCGACGACTACCTGACCAAGCCCTTCGATCTCGACGAACTGCAGGCACGGGTGCGCGCCCTGACCCGCCGCACCACCGGTCGCGCCCTGCCGCAACTGGTGCACGGCGAGCTGCGCCTGGACCCGGCGACCCACCAGGTGACCCTGTCCGGGCAGGCGGTGGAACTGGCGCCGCGCGAATACGCACTGCTGCGCCTGCTGCTGGAGAACAGCGGCAAGGTGCTCTCGCGCAACCAACTGGAGCAGAGCCTCTACGGCTGGAGCGGCGACGTCGAGAGCAACGCCATCGAAGTCCACGTCCACCACCTGCGGCGCAAGCTCGGCAACCAGTTGATCCGCACCGTCCGCGGCATCGGCTACGGCATCGACCAGCCGGCGCCCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3003582","ARO_id":"40192","ARO_name":"basR","ARO_description":"Response regulator for Lipid A modification genes; two-component system involved in polymyxin resistance that senses high extracellular Fe(2+)","ARO_category":{"41433":{"category_aro_accession":"3004269","category_aro_cvterm_id":"41433","category_aro_name":"pmr phosphoethanolamine transferase","category_aro_description":"This family of phosphoethanolamine transferase catalyze the addition of 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (L-Ara4N) and phosphoethanolamine to lipid A, which impedes the binding of colistin to the cell membrane.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36192":{"category_aro_accession":"3000053","category_aro_cvterm_id":"36192","category_aro_name":"peptide antibiotic","category_aro_description":"Peptide antibiotics have a wide range of antibacterial mechanisms, depending on the amino acids that make up the antibiotic, although most act to disrupt the cell membrane in some manner. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"2045":{"protein_sequence":{"accession":"ADN26580.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTSAVQQKLAALEKSSGGRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTQNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGGYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"HQ166709","fmin":"0","fmax":"876","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAGTGCGGTGCAGCAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAGGGCGGCTGGGCGTCGCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCAGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGGCTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3001953","ARO_id":"38353","ARO_name":"CTX-M-93","ARO_description":"CTX-M-93 is a beta-lactamase found in Escherichia coli","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"964":{"protein_sequence":{"accession":"CAJ77817.2","sequence":"MNIKALLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSTSKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQTQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVGWLTGWVVQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL"},"dna_sequence":{"accession":"AM231720","fmin":"0","fmax":"825","strand":"+","sequence":"ATGAACATTAAAGCACTCTTACTTATAACAAGCACTATTTTTATTTCAGCCTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCACTTCAAAATCTGATGAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGCACACACTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGGCCAAACTCAACAAAGCTATGGTAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCAAAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCACAGAAATATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTGTTCCCAGAATGGGAAAAGGACATGACCCTAGGTGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGCTGGTGGGTCCTTTAAAAATTACGCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAAGTGCAATCCATGCTATTCATAGAAGAAAAGAATGGAAATAAAATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAGACCCACAAGTAGGCTGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGGAATATTGTAGCGTTCTCCCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAGAGATTACTTATAAAAGTTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3001438","ARO_id":"37838","ARO_name":"OXA-100","ARO_description":"OXA-100 is a beta-lactamase. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"3306":{"protein_sequence":{"accession":"CAA33795.1","sequence":"MRFTATVLSRVATGLALGLSMATASLAETPVEALSETVARIEEQLGARVGLSLMETGTGWSWSHREDELFLMNSTVKVPVCGAILARWDAGRLSLSDALPVRKADLVPYAPVTETRVGGNMTLDELCLAAIDMSDNVAANILIGHLGGPEAVTQFFRSVGDPTSRLDRIEPKLNDFASGDERDTTSPAAMSETLRALLLGDVLSPEARGKLAEWMRHGGVTGALLRAEAEDAWLILDKSGSGSHTRNLVAVIQPEGGAPWIATMFISDTDAEFEVRNEALKDLGRAVVAVVRE"},"dna_sequence":{"accession":"X15791","fmin":"1375","fmax":"2257","strand":"+","sequence":"ATGCGGTTCACCGCTACCGTCCTGTCGCGTGTCGCGACAGGGCTCGCTCTCGGCCTGTCCATGGCCACGGCCTCCCTCGCCGAAACGCCTGTCGAGGCGCTCTCCGAAACCGTCGCCCGGATCGAGGAACAGCTCGGCGCCCGCGTCGGCCTCTCGCTCATGGAGACCGGCACGGGTTGGTCCTGGTCTCACCGCGAGGACGAGCTTTTCCTCATGAACAGCACGGTCAAGGTGCCGGTCTGCGGCGCCATCCTCGCGCGTTGGGACGCGGGCAGGCTGTCGCTCTCCGATGCGCTGCCGGTGCGCAAGGCCGACCTCGTGCCCTACGCGCCCGTCACGGAGACGCGGGTCGGCGGCAACATGACCCTCGACGAGCTCTGCCTCGCGGCGATCGACATGAGCGACAATGTGGCGGCGAACATCCTGATCGGGCATCTCGGGGGGCCGGAGGCGGTGACGCAGTTCTTCCGCAGCGTCGGCGACCCGACGAGCCGTCTCGACCGCATCGAGCCCAAGCTGAACGACTTCGCTTCTGGAGACGAGCGGGACACCACGAGCCCGGCCGCCATGTCCGAGACGCTGCGAGCGCTGCTGCTGGGCGACGTGCTGTCTCCGGAGGCCCGCGGGAAGCTGGCGGAGTGGATGCGCCACGGCGGCGTGACCGGCGCATTGCTGCGCGCCGAGGCCGAGGACGCCTGGCTGATCCTCGACAAGTCGGGCAGCGGAAGCCACACGCGCAACCTCGTCGCGGTGATCCAGCCTGAAGGCGGAGCGCCCTGGATCGCGACCATGTTCATCTCGGATACGGACGCGGAGTTCGAGGTTCGCAACGAGGCGCTCAAAGATCTGGGTAGGGCGGTGGTCGCGGTTGTTCGCGAATAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"40171","NCBI_taxonomy_name":"Rhodobacter capsulatus","NCBI_taxonomy_id":"1061"}}}},"ARO_accession":"3003563","ARO_id":"40170","ARO_name":"RCP-1","ARO_description":"RCP is a class A beta-lactamase found in Rhodopseudomonas capsulata.","ARO_category":{"41399":{"category_aro_accession":"3004235","category_aro_cvterm_id":"41399","category_aro_name":"RCP beta-lactamase","category_aro_description":"A family of class A beta-lactamases that have been discovered in the Rhodobacter genus.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"750"}},"model_sequences":{"sequence":{"2018":{"protein_sequence":{"accession":"ACQ82814.1","sequence":"MRDTRFPCLCGIAASTLLFATTPAIAVEAPADRLKALVDAAVQPVMKANDIPGLTVAISLKGEPHYFSYGLASKEDGRRVTPETLFEIGSVSKTFTATLAGYALAQDKMRLDDRASQHWPALQGSRFDGISLLDLATYTAGGLPLQFPDSVQKDRAQIRDYYRQWQPTYAPGSQRLYSNPSIGLFGYLAARSLGQPFERLMEQQLFPALGLEQTHLDVPEAALAQYAQGYGKDDRPLRVGPGPLDAEGYGVKTSAADLLRFVDANLHPERLDRPWAQALDATHRGYYKVGDMTQGLGWEAYDWPISLKRLQAGNSTPMALQPHRIARLPAPQALEGQRLLNKTGSTNGFGAYVAFVPGRDLGLVILANRNYPNAERVKIAYAILSGLEQQGKVPLKR"},"dna_sequence":{"accession":"FJ666072","fmin":"0","fmax":"1194","strand":"+","sequence":"ATGCGCGATACCAGATTCCCCTGCCTGTGCGGCATCGCCGCTTCCACACTGCTGTTCGCCACCACCCCGGCCATTGCCGTCGAGGCCCCGGCGGATCGCCTGAAGGCACTGGTCGACGCCGCCGTACAACCGGTGATGAAGGCCAATGACATTCCGGGCCTGACCGTAGCCATCAGCCTGAAAGGAGAACCGCATTACTTCAGCTATGGGCTGGCCTCGAAAGAGGACGGCCGCCGGGTGACGCCGGAGACCCTGTTCGAGATCGGCTCGGTGAGCAAGACCTTCACCGCCACCCTCGCCGGCTATGCCCTGGCCCAGGACAAGATGCGCCTCGACGACCGCGCCAGCCAGCACTGGCCGGCACTGCAGGGCAGCCGCTTCGACGGCATCAGCCTGCTCGACCTCGCGACCTATACCGCCGGCGGCTTGCCGCTGCAGTTCCCCGACTCGGTGCAGAAGGACCGGGCACAGATCCGCGACTACTACCGCCAGTGGCAGCCGACCTACGCGCCGGGCAGCCAGCGCCTCTATTCCAACCCGAGCATCGGCCTGTTCGGCTATCTCGCCGCGCGCAGCCTGGGCCAGCCGTTCGAACGGCTCATGGAGCAGCAACTGTTCCCGGCACTGGGCCTCGAACAGACCCACCTCGACGTGCCCGAGGCGGCGCTGGCGCAGTACGCCCAGGGCTATGGCAAGGACGACCGCCCGCTACGGGTCGGTCCCGGCCCGCTGGATGCCGAAGGCTACGGGGTGAAGACCAGCGCGGCCGACCTGCTGCGCTTCGTCGATGCCAACCTGCATCCGGAGCGCCTGGACAGGCCCTGGGCGCAGGCGCTCGATGCCACCCATCGCGGTTACTACAAGGTCGGCGACATGACCCAGGGCCTGGGCTGGGAAGCCTACGACTGGCCGATCTCCCTGAAGCGCCTGCAGGCCGGCAACTCGACGCCGATGGCGCTGCAACCGCACAGGATCGCCAGGCTGCCCGCGCCACAGGCGCTGGAGGGCCAGCGCCTGCTGAACAAGACCGGTTCCACCAACGGCTTCGGCGCCTACGTGGCGTTCGTCCCGGGCCGCGACCTGGGCCTGGTGATCCTGGCCAACCGCAACTATCCCAATGCCGAGCGGGTGAAGATCGCCTACGCCATCCTCAGCGGCCTGGAGCAGCAGGGCAAGGTGCCGCTGAAGCGCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3002508","ARO_id":"38908","ARO_name":"PDC-9","ARO_description":"PDC-9 is a extended-spectrum beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa.","ARO_category":{"36237":{"category_aro_accession":"3000098","category_aro_cvterm_id":"36237","category_aro_name":"PDC beta-lactamase","category_aro_description":"PDC beta-lactamases are class C beta-lactamases that are found in Pseudomonas aeruginosa.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35977":{"category_aro_accession":"0000060","category_aro_cvterm_id":"35977","category_aro_name":"ceftazidime","category_aro_description":"Ceftazidime is a third-generation cephalosporin antibiotic. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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From the Lahey list of GES beta-lactamases.","ARO_category":{"36205":{"category_aro_accession":"3000066","category_aro_cvterm_id":"36205","category_aro_name":"GES beta-lactamase","category_aro_description":"GES beta-lactamases or Guiana extended-spectrum beta-lactamases are related to the other plasmid-located class A beta-lactamases","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1254":{"model_id":"1254","model_name":"CTX-M-46","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"768":{"protein_sequence":{"accession":"AAV97956.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTNAVQQKLAALEKSSGGRLGVPLIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"AY847147","fmin":"81","fmax":"957","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAATGCGGTGCAACAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAGGGCGGCTGGGCGTCCCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCTGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGACTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001908","ARO_id":"38308","ARO_name":"CTX-M-46","ARO_description":"CTX-M-46 is a beta-lactamase found in the Enterobacteriaceae family","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1043":{"protein_sequence":{"accession":"AAN41427.1","sequence":"MAIRFLTILLSTFFLTSFVHAQEHVLERSDWKKFFSDLRAEGAIVISDERQAEHALLVFGQERAAKRYSPASTFKLPHTLFALDADAVRDEFQVFRWDGVKRSFAGHNQDQDLRSAMRNSAVWVYELFAKEIGEDKARRYLKQIDYGNADPSTIKGDYWIDGNLEISAHEQISFLRKLYRNQLPFQVEHQRLVKDLMITEAGRNWILRAKTGWEGRFGWWVGWVEWPTGPVFFALNIDTPNRTDDLFKREAIARAILRSIDALPPN"},"dna_sequence":{"accession":"AY139598","fmin":"1486","fmax":"2287","strand":"+","sequence":"ATGGCAATCCGATTCCTCACCATACTGCTATCTACTTTTTTTCTTACCTCATTCGTGCATGCGCAAGAACACGTGCTAGAGCGTTCTGACTGGAAGAAGTTCTTCAGCGACCTCCGGGCCGAAGGTGCAATCGTTATTTCAGACGAACGTCAAGCGGAGCATGCTTTATTGGTTTTTGGTCAAGAGCGAGCAGCAAAGCGTTACTCGCCTGCTTCAACCTTCAAGCTTCCACACACACTTTTTGCACTCGATGCAGACGCCGTTCGTGATGAGTTCCAGGTTTTTCGATGGGACGGCGTTAAACGGAGCTTTGCGGGCCATAATCAAGACCAAGACTTGCGATCAGCGATGCGAAATTCTGCGGTCTGGGTTTATGAGCTATTTGCAAAAGAGATCGGAGAGGACAAAGCAAGACGCTATTTAAAGCAAATTGATTATGGCAACGCCGACCCTTCGACAATCAAGGGCGATTACTGGATAGATGGCAATCTTGAAATCTCAGCGCACGAACAGATTTCGTTTCTCAGAAAACTCTATCGAAATCAGCTGCCATTTCAGGTGGAACATCAGCGCTTGGTCAAAGATCTCATGATTACGGAAGCCGGGCGCAATTGGATACTACGCGCAAAGACCGGCTGGGAAGGCAGGTTTGGCTGGTGGGTAGGGTGGGTGGAGTGGCCAACCGGTCCCGTATTCTTCGCGCTGAATATTGATACGCCAAACAGAACGGATGATCTTTTCAAAAGAGAGGCAATCGCGCGGGCAATCCTTCGCTCTATCGACGCATTGCCGCCCAACTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36791","NCBI_taxonomy_name":"uncultured bacterium","NCBI_taxonomy_id":"77133"}}}},"ARO_accession":"3001775","ARO_id":"38175","ARO_name":"OXA-119","ARO_description":"OXA-119 is a beta-lactamase found in Enterobacteriaceae","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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Major facilitator superfamily (MFS) transporters and ABC transporters comprise the two largest and most functionally diverse of the transporter superfamilies. However, MFS transporters are distinct from ABC transporters in both their primary sequence and structure and in the mechanism of energy coupling. As secondary transporters they are, like RND and SMR transporters, energized by the electrochemical proton gradient.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35963":{"category_aro_accession":"0000045","category_aro_cvterm_id":"35963","category_aro_name":"acriflavin","category_aro_description":"Acriflavin is a topical antiseptic. It has the form of an orange or brown powder. It may be harmful in the eyes or if inhaled. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"400"}},"model_sequences":{"sequence":{"1671":{"protein_sequence":{"accession":"BAB72069.1","sequence":"MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVFPKHGLVVLVNAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYASELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVVVWLPERKILFGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLVVPSHSEVGDASLLKLTLEQAVKGLNESKKPSKPSN"},"dna_sequence":{"accession":"AB074433","fmin":"16","fmax":"757","strand":"+","sequence":"ATGAGCAAGTTATCTGTATTCTTTATATTTTTGTTTTGCAGCATTGCTACCGCAGCAGAGTCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAAAAGCTTGATGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTGAAGAAGTTAACGGGTGGGGCGTTTTTCCTAAACATGGTTTGGTGGTTCTTGTAAATGCTGAGGCTTACCTAATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGAGCGTGGCTATAAAATAAAAGGCAGCATTTCCTCTCATTTTCATAGCGACAGCACGGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCGATCTATCCCCACGTATGCATCTGAATTAACAAATGAACTGCTTAAAAAAGACGGTAAGGTTCAAGCCACAAATTCATTTAGCGGAGTTAACTATTGGCTAGTTAAAAATAAAATTGAAGTTTTTTATCCAGGCCCGGGACACACTCCAGATAACGTAGTGGTTTGGTTGCCTGAAAGGAAAATATTATTCGGTGGTTGTTTTATTAAACCGTACGGTTTAGGCAATTTGGGTGACGCAAATATAGAAGCTTGGCCAAAGTCCGCCAAATTATTAAAGTCCAAATATGGTAAGGCAAAACTGGTTGTTCCAAGTCACAGTGAAGTTGGAGACGCATCACTCTTGAAACTTACATTAGAGCAGGCGGTTAAAGGGTTAAACGAAAGTAAAAAACCATCAAAACCAAGCAACTAAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3002201","ARO_id":"38601","ARO_name":"IMP-10","ARO_description":"IMP-10 is a beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa","ARO_category":{"36029":{"category_aro_accession":"3000020","category_aro_cvterm_id":"36029","category_aro_name":"IMP beta-lactamase","category_aro_description":"Plasmid mediated IMP-type carbapenemases, of which at least 26 varieties are currently known, became established in Japan in the 1990s in enteric gram-negative organisms, Pseudomonas and Acinetobacter species. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1312":{"model_id":"1312","model_name":"OXA-111","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36526":{"category_aro_accession":"3000387","category_aro_cvterm_id":"36526","category_aro_name":"phenicol antibiotic","category_aro_description":"Phenicols are broad spectrum bacteriostatic antibiotics acting on bacterial protein synthesis. More specifically, the phenicols block peptide elongation by binding to the peptidyltansferase centre of the 70S ribosome.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1425":{"model_id":"1425","model_name":"RbpA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36189":{"category_aro_accession":"3000050","category_aro_cvterm_id":"36189","category_aro_name":"tetracycline antibiotic","category_aro_description":"These antibiotics are derived from tetracycline, a polyketide antibiotic that inhibits the 30S subunit of bacterial ribosomes.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36296":{"category_aro_accession":"3000157","category_aro_cvterm_id":"36296","category_aro_name":"rifamycin antibiotic","category_aro_description":"Rifamycin antibiotics are a group of broad-spectrum ansamycin antibiotics that inhibit bacterial RNA polymerase by binding to a highly conserved region, blocking the oligonucleotide exit tunnel, and preventing the extension of nascent mRNAs.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36310":{"category_aro_accession":"3000171","category_aro_cvterm_id":"36310","category_aro_name":"diaminopyrimidine antibiotic","category_aro_description":"Diaminopyrimidines are a class of organic compounds containing a pyrimidine ring substituted by two amine groups. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"600"}},"model_sequences":{"sequence":{"1487":{"protein_sequence":{"accession":"AAS92558.1","sequence":"MSNKVNFKTASFLFSVCLALSAFNAHANKSDAAAKQIKKLEEDFDGRIGVFAIDTGSGNTFGYRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDINQKVKYESRDLEYYSPITTKYKGSGMTLGDMASAALQYSDNGATNIIMERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWELELNTAIPGDKRDTSTPKAVANSLNKLALGNVLNAKVKAIYQNWLKGNTTGDARIRASVPADWVVGDKTGSCGAYGTANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAID"},"dna_sequence":{"accession":"AY584237","fmin":"123","fmax":"1008","strand":"+","sequence":"ATGTCAAACAAAGTAAATTTTAAAACGGCTTCATTTTTGTTTAGTGTTTGTTTAGCTTTGTCGGCATTTAATGCTCATGCTAACAAAAGTGATGCTGCGGCAAAACAAATAAAAAAATTAGAGGAAGACTTTGATGGGAGGATTGGCGTCTTTGCAATAGATACAGGATCGGGTAATACATTTGGGTATAGATCAGATGAGCGGTTCCCTTTATGCAGTTCATTTAAAGGTTTTTTGGCGGCTGCTGTTTTAGAGAGGGTGCAACAAAAAAAACTAGATATCAACCAAAAGGTTAAATATGAGAGTAGGGATCTAGAATATTATTCACCTATTACAACAAAATATAAAGGCTCAGGTATGACATTAGGTGATATGGCTTCTGCTGCATTGCAATATAGCGACAATGGGGCAACAAATATAATTATGGAACGATTTCTTGGCGGTCCTGAGGGGATGACTAAATTTATGCGTTCTATTGGAGATAATGAGTTTAGGTTAGATCGCTGGGAACTGGAACTTAACACTGCAATCCCAGGAGATAAACGTGACACTTCAACGCCAAAAGCTGTTGCAAATAGTTTGAATAAACTAGCTTTGGGGAATGTTCTCAATGCTAAAGTGAAAGCGATTTATCAAAATTGGTTAAAAGGTAATACAACTGGTGATGCTCGAATTCGTGCTAGTGTTCCTGCTGATTGGGTTGTAGGTGACAAAACTGGGAGCTGTGGGGCATATGGTACTGCGAATGATTATGCCGTCATTTGGCCTAAAAATAGAGCACCATTAATTGTCTCTATATATACAACACGAAAATCGAAAGATGATAAGCACAGTGATAAAACTATTGCGGAAGCATCACGTATTGCAATTCAGGCAATTGATTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36783","NCBI_taxonomy_name":"Serratia marcescens","NCBI_taxonomy_id":"615"}}}},"ARO_accession":"3002381","ARO_id":"38781","ARO_name":"SME-3","ARO_description":"SME-3 is a beta-lactamase found in Serratia marcescens","ARO_category":{"36194":{"category_aro_accession":"3000055","category_aro_cvterm_id":"36194","category_aro_name":"SME beta-lactamase","category_aro_description":"SME beta-lactamases are chromosome-mediated class A beta-lactamases that hydrolyze carbapenems in Serratia marcescens.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"4364":{"protein_sequence":{"accession":"AFQ32277.1","sequence":"MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDLWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"JQ341060","fmin":"881","fmax":"1742","strand":"-","sequence":"TTAGCGTTGCCAGTGCTCGATCAGCGCCGCGCCGATCCCGGCGATTTGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGGGTATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCGACAATCCCGCGCGCACCCCGTTCGCCAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCCGGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGCTGCCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCCATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTTTCCCAGAGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCTGCGGGGCCGCCGACGGTGGCCAGTAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATGGCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGCCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGCGAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCGGCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGAAAGCGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATCATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTAGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGGCTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGATAATACACAGGCGAATATAACGCAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001344","ARO_id":"37744","ARO_name":"SHV-143","ARO_description":"From the Lahey list of beta-lactamases.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"917":{"protein_sequence":{"accession":"CEA29750.1","sequence":"MVKRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"LN515533","fmin":"0","fmax":"867","strand":"+","sequence":"GTGGTTAAGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACTAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGTGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAACGGGGTGCGCGCGGGATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGGATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGAGCACTGGCAACGCTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3003154","ARO_id":"39731","ARO_name":"SHV-187","ARO_description":"From the Lahey list of beta-lactamases.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. The SHV-1 beta-lactamase is most commonly found in K. pneumoniae and is responsible for up to 20% of the plasmid-mediated ampicillin resistance in this species. ESBLs in this family also have amino acid changes around the active site, most commonly at positions 238 or 238 and 240. More than 60 SHV varieties are known.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1559":{"model_id":"1559","model_name":"mtrA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"400"}},"model_sequences":{"sequence":{"3590":{"protein_sequence":{"accession":"AAF66228.1","sequence":"MVFEKIDKNSWNRKEYFDHYFASVPCTYSMTVKVDITQIKEKGMKLYPAMLYYIAMIVNRHSEFRTAINQDGELGIYDEMIPSYTIFHNDTETFSSLWTECKSDFKSFLADYESDTQRYGNNHRMEGKPNAPENIFNVSMIPWSTFDGFNLNLQKGYDYLIPIFTMGKYYKEDNKIILPLAIQVHHAVCDGFHICRFVNELQELINS"},"dna_sequence":{"accession":"AF226276.1","fmin":"3583","fmax":"4207","strand":"+","sequence":"ATGGTATTTGAAAAAATTGATAAAAATAGTTGGAACAGAAAAGAGTATTTTGACCACTACTTTGCAAGTGTACCTTGTACATACAGCATGACCGTTAAAGTGGATATCACACAAATAAAGGAAAAGGGAATGAAACTATATCCTGCAATGCTTTATTATATTGCAATGATTGTAAACCGCCATTCAGAGTTTAGGACGGCAATCAATCAAGATGGTGAATTGGGGATATATGATGAGATGATACCAAGCTATACAATATTTCACAATGATACTGAAACATTTTCCAGCCTTTGGACTGAGTGTAAGTCTGACTTTAAATCATTTTTAGCAGATTATGAAAGTGATACGCAACGGTATGGAAACAATCATAGAATGGAAGGAAAGCCAAATGCTCCGGAAAACATTTTTAATGTATCTATGATACCGTGGTCAACCTTCGATGGCTTTAATCTGAATTTGCAGAAAGGATATGATTATTTGATTCCTATTTTTACTATGGGGAAATATTATAAAGAAGATAACAAAATTATACTTCCTTTGGCAATTCAAGTTCATCACGCAGTATGTGACGGATTTCACATTTGCCGTTTTGTAAACGAATTGCAGGAATTGATAAATAGTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36807","NCBI_taxonomy_name":"Clostridium difficile","NCBI_taxonomy_id":"1496"}}}},"ARO_accession":"3002682","ARO_id":"39116","ARO_name":"catD","ARO_description":"catD is a chromosome and transposon-encoded variant of the cat gene found in Clostridium difficile","ARO_category":{"36261":{"category_aro_accession":"3000122","category_aro_cvterm_id":"36261","category_aro_name":"chloramphenicol acetyltransferase (CAT)","category_aro_description":"Inactivates chloramphenicol by addition of an acyl group. cat is used to describe many variants of the chloramphenicol acetyltransferase gene in a range of organisms including Acinetobacter calcoaceticus, Agrobacterium tumefaciens, Bacillus clausii, Bacillus subtilis, Campylobacter coli, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Lactococcus lactis, Listeria monocytogenes, Listonella anguillarum Morganella morganii, Photobacterium damselae subsp. piscicida, Proteus mirabilis, Salmonella typhi, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus intermedius, Streptococcus agalactiae, Streptococcus suis and Streptomyces acrimycini","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36521":{"category_aro_accession":"3000382","category_aro_cvterm_id":"36521","category_aro_name":"azidamfenicol","category_aro_description":"Azidamfenicol is a water soluble derivative of chloramphenicol, sharing the same mode of action of inhibiting peptide synthesis by interacting with the 23S RNA of the 50S ribosomal subunit.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"36524":{"category_aro_accession":"3000385","category_aro_cvterm_id":"36524","category_aro_name":"chloramphenicol","category_aro_description":"Chloramphenicol is a bacteriostatic antimicrobial originally derived from the bacterium Streptomyces venezuelae. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1607":{"protein_sequence":{"accession":"AAM34291.1","sequence":"MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGKNLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEKDMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPLKITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQVGWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII"},"dna_sequence":{"accession":"AF509241","fmin":"0","fmax":"828","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATTTATACTTCCTATATTCAGCATTTCTATTCTAGTTTCTCTCAGTGCATGTTCATCTATTAAAACTAAATCTGAAGATAATTTTCATATTTCTTCTCAGCAACATGAAAAAGCTATTAAAAGCTATTTTGATGAAGCTCAAACACAGGGTGTAATTATTATTAAAGAGGGTAAAAATCTTAGCACCTATGGTAATGCTCTTGCACGAGCAAATAAAGAATATGTCCCTGCATCAACATTTAAGATGCTAAATGCTTTAATCGGGCTAGAAAATCATAAAGCAACAACAAATGAGATTTTCAAATGGGATGGTAAAAAAAGAACTTATCCTATGTGGGAGAAAGATATGACTTTAGGTGAGGCAATGGCATTGTCAGCAGTTCCAGTATATCAAGAGCTTGCAAGACGGACTGGCCTAGAGCTAATGCAGAAAGAAGTAAAGCGGGTTAATTTTGGAAATACAAATATTGGAACACAGGTCGATAATTTTTGGTTAGTTGGCCCCCTTAAAATTACACCAGTACAAGAAGTTAATTTTGCCGATGACCTTGCACATAACCGATTACCTTTTAAATTAGAAACTCAAGAAGAAGTTAAAAAAATGCTTCTAATTAAAGAAGTAAATGGTAGTAAGATTTATGCAAAAAGTGGATGGGGAATGGGTGTTACTCCACAGGTAGGTTGGTTGACTGGTTGGGTGGAGCAAGCTAATGGAAAAAAAATCCCCTTTTCGCTCAACTTAGAAATGAAAGAAGGAATGTCTGGTTCTATTCGTAATGAAATTACTTATAAGTCGCTAGAAAATCTTGGAATCATTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3001419","ARO_id":"37819","ARO_name":"OXA-24","ARO_description":"OXA-24 is a beta-lactamase found in A. baumannii and P. aeruginosa.","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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