comparison mothur/tools/mothur/get.oturep.xml @ 4:5265aa9067e0

set output formats to match input formats

3:b849cd7e132a

  --cmd='get.oturep'
  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile
  --outputdir='$logfile.extra_files_path'
  #if $as_datasets.__str__ == "yes":
   --datasetid='$logfile.id' --new_file_path='$__new_file_path__'
   --new_datasets='^\S+?\.((unique|[0-9.]*)(\S+)\.rep\.fasta)$:fasta','^\S+?\.((unique|[0-9.]*)(\S+)\.rep\.names)$:names'
  #end if
  --fasta=$fasta
  --list=$otu_list
  #if $input.source == 'column':
   --column=$input.dist

4:5265aa9067e0

  --cmd='get.oturep'
  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile
  --outputdir='$logfile.extra_files_path'
  #if $as_datasets.__str__ == "yes":
   --datasetid='$logfile.id' --new_file_path='$__new_file_path__'
   --new_datasets='^\S+?\.((unique|[0-9.]*)(\S+)\.rep\.fasta)$:${fasta.ext}','^\S+?\.((unique|[0-9.]*)(\S+)\.rep\.names)$:names'
  #end if
  --fasta=$fasta
  --list=$otu_list
  #if $input.source == 'column':
   --column=$input.dist