# HG changeset patch
# User jvolkening
# Date 1709858677 0
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# Parent  c97a821e54f31bac2d265216e47846ed9d09bce4
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@@ -0,0 +1,15 @@
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+    <xml name="version_command">
+        <version_command>@TOOL_NAME@ --version | perl -wpe 's/.+@TOOL_NAME@ v//'</version_command>
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+            <yield />
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="requirement_pigz">
+        <requirement type="package" version="2.8">pigz</requirement>
+    </xml>
+    <token name="@PIPE_PIGZ@">| pigz -p ${GALAXY_SLOTS:-1} --no-name --no-time</token>
+</macros>
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+<tool id="b2b_sync_reads" name="Sync paired reads"
+    version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" license="MIT" profile="21.01">
 
     <description>Synchronize trimmed/filtered read-pair set</description>
-
-    <!-- ***************************************************************** -->
-
-    <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.019">b2b-utils</requirement>
-    </requirements>
-
-    <!-- ***************************************************************** -->
-
-    <version_command>sync_reads --version | perl -wnE'print "$1\n" for /sync_reads v(.+)/g'</version_command>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_NAME@">sync_reads</token>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">0.005</token>
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+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <edam_topics>
+        <edam_topic>topic_0080</edam_topic> <!-- Sequence analysis -->
+    </edam_topics>
+    <edam_operations>
+        <edam_operation>operation_0335</edam_operation> <!-- Formatting -->
+    </edam_operations>
+    <expand macro="requirements" />
+    <expand macro="version_command" />
 
     <!-- ***************************************************************** -->
 
diff -r c97a821e54f3 -r e8df16b34fec test-data/test.il.bad.fq
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+++ b/test-data/test.il.bad.fq	Fri Mar 08 00:44:37 2024 +0000
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++
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++
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++
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++
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