# HG changeset patch # User lehmanju # Date 1602829971 0 # Node ID 8e325ff2ec5cc5cf209b8fe167b67a218d71f9a8 # Parent 3a150fca6d600a844ca2c2371995ecf989fbe536 Uploaded diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c rnaquast/.shed.yml --- a/rnaquast/.shed.yml Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ b/rnaquast/.shed.yml Fri Oct 16 06:32:51 2020 +0000 @@ -3,5 +3,5 @@ remote_repository_url: https://git.ufz.de/lehmanju/rnaquast homepage_url: https://github.com/ablab/rnaquast name: rnaquast -owner: lehmanju +owner: iuc long_description: rnaQUAST is a tool for evaluating RNA-Seq assemblies using reference genome and gene database. In addition, rnaQUAST is also capable of estimating gene database coverage by raw reads and de novo quality assessment using third-party software. diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c rnaquast/macros.xml --- a/rnaquast/macros.xml Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,15 +0,0 @@ - - - - rnaquast - - - - 2.1.0 - 3.7 - - - 10.1093/bioinformatics/btw218 - - - diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c rnaquast/rna_quast.xml --- a/rnaquast/rna_quast.xml Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ b/rnaquast/rna_quast.xml Fri Oct 16 06:32:51 2020 +0000 @@ -124,7 +124,9 @@ --lower_threshold $lower_threshold --upper_threshold $upper_threshold -o outputdir + && mkdir details + ## move per outputs that are generated for each input (outputdir/ASSEMBLER_output) ## to a joint dir (details) to make them discoverable ## also remove "ASSEMBLER." prefixes from files (otherwise the test macros don't work) @@ -137,6 +139,7 @@ mv \$f details/"\$d"_____"\$(basename \$f | sed 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In each row the best values are indicated with \textbf{bold}. For the transcript metrics (rows 2, 3) we highlighted the best \textbf{relative} values i.e. divided by the total number of transcripts in the corresponding assembly.}\begin{adjustbox}{width=1\textwidth}\small\begin{tabular}{|l*{2}{|r}|}\hline\textbf{METRICS/TRANSCRIPTS} & \textbf{spades.311} \\ \hline\hline -\multicolumn{2}{l}{\bf BASIC TRANSCRIPTS METRICS} \\ \hline -Transcripts & 3339 \\ -Transcripts $>$ 500 bp & \textbf{467} \\ -Transcripts $>$ 1000 bp & \textbf{36} \\ \hline -\end{tabular}\end{adjustbox}\end{table} -\FloatBarrier\clearpage\lfoot{generated by rnaQUAST} -\begin{figure}[t]\centering\includegraphics[width = \linewidth]{/tmp/tmp1jbzr0_g/job_working_directory/000/7/working/outputdir/spades.311_output/transcript_length.png}\caption{Plot showing cumulative transcript length distribution. Each point represents the number of transcripts in the assembly with the corresponding length or longer; black dashed line corresponds to the database isoforms; the plot is given in logarithmic scale.}\end{figure}\FloatBarrier\clearpage -\end{document} \ No newline at end of file diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c rnaquast/test-data/short_report.tsv --- a/rnaquast/test-data/short_report.tsv Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 -Transcripts 3339 -Transcripts > 500 bp 467 -Transcripts > 1000 bp 36 diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c rnaquast/test-data/short_report.txt --- a/rnaquast/test-data/short_report.txt Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,8 +0,0 @@ -SHORT SUMMARY REPORT - -METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 - - == BASIC TRANSCRIPTS METRICS == -Transcripts 3339 -Transcripts > 500 bp 467 -Transcripts > 1000 bp 36 diff -r 3a150fca6d60 -r 8e325ff2ec5c 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