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--- a/rnaquast/test-data/short_report.tex Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,13 +0,0 @@ -\documentclass[12pt,a4paper]{article} -\usepackage{fancyhdr}\usepackage{graphicx}\usepackage{placeins}\usepackage{adjustbox} -\begin{document} -\pagestyle{fancy}\fancyhf{}\chead{Short summary report} -\begin{table}[t]\centering\caption {rnaQUAST metrics for assembled transcripts. In each row the best values are indicated with \textbf{bold}. For the transcript metrics (rows 2, 3) we highlighted the best \textbf{relative} values i.e. divided by the total number of transcripts in the corresponding assembly.}\begin{adjustbox}{width=1\textwidth}\small\begin{tabular}{|l*{2}{|r}|}\hline\textbf{METRICS/TRANSCRIPTS} & \textbf{spades.311} \\ \hline\hline -\multicolumn{2}{l}{\bf BASIC TRANSCRIPTS METRICS} \\ \hline -Transcripts & 3339 \\ -Transcripts $>$ 500 bp & \textbf{467} \\ -Transcripts $>$ 1000 bp & \textbf{36} \\ \hline -\end{tabular}\end{adjustbox}\end{table} -\FloatBarrier\clearpage\lfoot{generated by rnaQUAST} -\begin{figure}[t]\centering\includegraphics[width = \linewidth]{/tmp/tmp1jbzr0_g/job_working_directory/000/7/working/outputdir/spades.311_output/transcript_length.png}\caption{Plot showing cumulative transcript length distribution. Each point represents the number of transcripts in the assembly with the corresponding length or longer; black dashed line corresponds to the database isoforms; the plot is given in logarithmic scale.}\end{figure}\FloatBarrier\clearpage -\end{document} \ No newline at end of file
--- a/rnaquast/test-data/short_report.tsv Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 -Transcripts 3339 -Transcripts > 500 bp 467 -Transcripts > 1000 bp 36
--- a/rnaquast/test-data/short_report.txt Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,8 +0,0 @@ -SHORT SUMMARY REPORT - -METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 - - == BASIC TRANSCRIPTS METRICS == -Transcripts 3339 -Transcripts > 500 bp 467 -Transcripts > 1000 bp 36
--- a/rnaquast/test-data/spades.311.fasta Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,25057 +0,0 @@ ->NODE_1_length_9201_cov_23186_ID_1 -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTAGTTTC -TTGGCTTCCTATGCTAAATCCCATAACTAACCTACCATTCGATTCAGAAAAATTCGCACT -ATCCAGCTGCACTCTTCTTCTGAAGAGTTAAGCACTCCATTATGCTCATTGGGTTGCTAC -TACTTGATATGTACAAACAATATTCTCCTCCGATATTCCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAC -ACTCCGGTTTTGTTCTCTTCCCTCCATTTCCCTCTCTTCTACGGTTAATACTTTCCTCTT -CGTCTTTTTCTACACCCTCGTTTAGTTGCTTCTTATTCCTTCCCGCTTTCCTGCACTAAC -ATTTTGCCGCATTACACTATATGATCGTAGTACATCTTACAACTCCGCATACCGCGTCGC -CGCGTCGCCGCGTCGCCAAAAATTTACTTCGCCAACCATTCCATATCTGTTAAGTATACA -TGTATATATTGCACTGGCTATTCATCTTGCACTTTTCCTCTTTCTTCTTCCCAGTAGCCT -CATCCTTTTACGCTGCCTCTCTGGAACTTGCCATCATCATTCCCTAGAAACTGCCATTTA -CTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTCCCCACTGTTCACTGTTCACTGTTCACTTGTCTC -TTACATCTTTCTTGGTAAAATCGTAGTTCGTAGTATTTTTTTTCATATCAAAGGCATGTC -CTGTTAACTATAGGAAATGAGCTTTTCTCAATTCTCTAAACTTATACAAGCACTCATGTT 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