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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/RbtElements.dat Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,121 @@ +RBT_ELEMENT_FILE_V1.01 +TITLE RiboTargets Elemental Data File +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/RbtElements.dat#2 $ +#################################################################### +# +# Hydrogen-bond donor radius increment +# Only really used for hydrogen (so gives radius of 1.1-0.6 = 0.5) +HBOND_RADIUS_INCREMENT -0.6 +# +# Implicit hydrogen radius increment +# Only used for Carbon and maybe nitrogen +# So implicit carbon radius = 1.55+0.3 = 1.85) +IMPLICIT_RADIUS_INCREMENT 0.3 +#################################################################### +# +# ATOMIC ELEMENT MIN MAX COMMON ATOMIC VDW +# NUMBER NAME VAL VAL VAL MASS RADIUS +ELEMENT 0 DU 0 0 0 0.000 1.10 +ELEMENT 1 H 1 1 1 1.008 1.10 +ELEMENT 2 He 0 0 0 4.003 2.20 +ELEMENT 3 Li -1 1 -1 6.940 1.20 +ELEMENT 4 Be -2 2 -2 9.012 0.63 +ELEMENT 5 B 3 5 3 10.810 1.55 +ELEMENT 6 C 4 4 4 12.011 1.55 +ELEMENT 7 N 3 3 3 14.007 1.40 +ELEMENT 8 O 2 2 2 16.000 1.35 +ELEMENT 9 F 1 1 1 18.998 1.30 +ELEMENT 10 Ne 0 0 0 20.170 2.02 +ELEMENT 11 Na -1 1 -1 22.990 1.20 +ELEMENT 12 Mg -2 2 -2 24.305 0.74 +ELEMENT 13 Al -3 3 -3 26.982 1.20 +ELEMENT 14 Si 4 4 4 28.086 1.20 +ELEMENT 15 P 3 5 3 30.974 1.88 +ELEMENT 16 S 2 6 2 32.060 1.81 +ELEMENT 17 Cl 1 7 1 35.453 1.75 +ELEMENT 18 Ar 0 0 0 39.948 2.77 +ELEMENT 19 K -1 1 -1 39.102 1.20 +ELEMENT 20 Ca -2 2 -2 40.080 1.09 +ELEMENT 21 Sc 0 0 0 44.956 1.32 +ELEMENT 22 Ti 0 0 0 47.880 1.95 +ELEMENT 23 V 0 0 0 50.040 1.06 +ELEMENT 24 Cr 0 0 0 51.996 1.13 +ELEMENT 25 Mn 0 0 0 54.938 0.63 +ELEMENT 26 Fe 0 0 0 55.847 0.71 +ELEMENT 27 Co 0 0 0 58.933 1.13 +ELEMENT 28 Ni 0 0 0 58.710 1.24 +ELEMENT 29 Cu 0 0 0 63.546 1.15 +ELEMENT 30 Zn 0 0 0 65.380 0.70 +ELEMENT 31 Ga 0 0 0 69.720 1.55 +ELEMENT 32 Ge 0 0 0 72.590 2.72 +ELEMENT 33 As 0 0 0 74.922 0.83 +ELEMENT 34 Se 0 0 0 78.960 0.90 +ELEMENT 35 Br 1 7 1 79.904 1.95 +ELEMENT 36 Kr 0 0 0 83.800 1.90 +ELEMENT 37 Rb 0 0 0 85.467 2.65 +ELEMENT 38 Sr 0 0 0 87.620 2.02 +ELEMENT 39 Y 0 0 0 88.806 1.61 +ELEMENT 40 Zr 0 0 0 91.220 1.42 +ELEMENT 41 Nb 0 0 0 92.906 1.33 +ELEMENT 42 Mo 0 0 0 95.940 1.75 +ELEMENT 43 Tc 0 0 0 98.910 1.80 +ELEMENT 44 Ru 0 0 0 101.070 1.20 +ELEMENT 45 Rh 0 0 0 102.906 1.22 +ELEMENT 46 Pd 0 0 0 106.400 1.44 +ELEMENT 47 Ag 0 0 0 107.868 1.55 +ELEMENT 48 Cd 0 0 0 112.400 1.75 +ELEMENT 49 In 0 0 0 114.820 1.46 +ELEMENT 50 Sn 0 0 0 118.690 1.67 +ELEMENT 51 Sb 0 0 0 121.750 1.12 +ELEMENT 52 Te 0 0 0 127.600 1.26 +ELEMENT 53 I 1 7 1 126.905 2.15 +ELEMENT 54 Xe 0 0 0 131.300 2.10 +ELEMENT 55 Cs 0 0 0 132.905 3.01 +ELEMENT 56 Ba 0 0 0 137.340 2.41 +ELEMENT 57 La 0 0 0 138.905 1.83 +ELEMENT 58 Ce 0 0 0 140.120 1.86 +ELEMENT 59 Pr 0 0 0 140.908 1.62 +ELEMENT 60 Nd 0 0 0 144.240 1.79 +ELEMENT 61 Pm 0 0 0 145.000 1.76 +ELEMENT 62 Sm 0 0 0 150.400 1.74 +ELEMENT 63 Eu 0 0 0 151.960 1.96 +ELEMENT 64 Gd 0 0 0 157.250 1.69 +ELEMENT 65 Tb 0 0 0 158.925 1.66 +ELEMENT 66 Dy 0 0 0 162.500 1.63 +ELEMENT 67 Ho 0 0 0 164.930 1.61 +ELEMENT 68 Er 0 0 0 167.260 1.59 +ELEMENT 69 Tm 0 0 0 168.934 1.57 +ELEMENT 70 Yb 0 0 0 173.040 1.54 +ELEMENT 71 Lu 0 0 0 174.970 1.53 +ELEMENT 72 Hf 0 0 0 178.490 1.40 +ELEMENT 73 Ta 0 0 0 180.850 1.22 +ELEMENT 74 W 0 0 0 183.850 1.26 +ELEMENT 75 Re 0 0 0 186.200 1.30 +ELEMENT 76 Os 0 0 0 190.200 1.58 +ELEMENT 77 Ir 0 0 0 192.220 1.22 +ELEMENT 78 Pt 0 0 0 195.090 1.55 +ELEMENT 79 Au 0 0 0 196.967 1.45 +ELEMENT 80 Hg 0 0 0 200.590 1.98 +ELEMENT 81 Tl 0 0 0 204.370 1.71 +ELEMENT 82 Pb 0 0 0 207.200 2.16 +ELEMENT 83 Bi 0 0 0 208.981 1.73 +ELEMENT 84 Po 0 0 0 209.000 1.21 +ELEMENT 85 At 0 0 0 210.000 1.12 +ELEMENT 86 Rn 0 0 0 222.000 2.30 +ELEMENT 87 Fr 0 0 0 223.000 3.24 +ELEMENT 88 Ra 0 0 0 226.000 2.57 +ELEMENT 89 Ac 0 0 0 227.000 2.12 +ELEMENT 90 Th 0 0 0 232.038 1.84 +ELEMENT 91 Pa 0 0 0 231.036 1.60 +ELEMENT 92 U 0 0 0 238.029 1.75 +ELEMENT 93 Np 0 0 0 237.048 1.71 +ELEMENT 94 Pu 0 0 0 244.000 1.67 +ELEMENT 95 Am 0 0 0 243.000 1.66 +ELEMENT 96 Cm 0 0 0 248.000 1.65 +ELEMENT 97 Bk 0 0 0 247.000 1.64 +ELEMENT 98 Cf 0 0 0 251.000 1.63 +ELEMENT 99 Es 0 0 0 254.000 1.62 +ELEMENT 100 Fm 0 0 0 257.000 1.61 +ELEMENT 101 Md 0 0 0 256.000 1.60 +ELEMENT 102 No 0 0 0 254.000 1.59 +ELEMENT 103 Lr 0 0 0 257.000 1.58
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/cnx.rtf Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,157 @@ +*>>>>>>>>> Combined Residue Topology File for Proteins <<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> and Nucleic Acids <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>> Using All Hydrogens (ALLH) <<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> January 1996 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>> Direct comments to Alexander D. MacKerell Jr. <<<<<<<<< +*>>>>>> 410-706-7442 or email: alex,mmiris.ab.umd.edu <<<<<<<<< +* These files are a beta release; additional parameter development +* and testing may lead to alteration of the contents. +* +* $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/cnx.rtf#2 $ +* +* 30 Apr 1999 (D Morley, RiboTargets) +* Modified for RiboDock: +* Added hybridisation state tags to comment field +* Removed all but the MASS records (added element name) +* + 22 1 +!MASS 1 H 1.00800 H ! polar H (RBT::SP3) +!MASS 2 HC 1.00800 H ! N-ter H (RBT::SP3) +!MASS 3 HA 1.00800 H ! nonpolar H (RBT::SP3) +MASS 4 HT 1.00800 H ! TIPS3P WATER HYDROGEN (RBT::SP3) +MASS 5 HP 1.00800 H ! aromatic H (RBT::SP3) +MASS 6 HB 1.00800 H ! backbone H (RBT::SP3) +MASS 7 HR1 1.00800 H ! his he1, (+) his HG,HD2 (RBT::SP3) +MASS 8 HR2 1.00800 H ! (+) his HE1 (RBT::SP3) +MASS 9 HR3 1.00800 H ! neutral his HG, HD2 (RBT::SP3) +MASS 10 HS 1.00800 H ! thiol hydrogen (RBT::SP3) +MASS 11 HA1 1.00800 H ! for alkene; RHC=CR (RBT::SP3) +MASS 12 HA2 1.00800 H ! for alkene; H2C=CR (RBT::SP3) +!MASS 20 C 12.01100 C ! polar C (RBT::SP3) +MASS 21 CA 12.01100 C ! aromatic C (RBT::SP2) +MASS 22 CT1 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH (RBT::SP3) +MASS 23 CT2 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2 (RBT::SP3) +MASS 24 CT3 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3 (RBT::SP3) +MASS 25 CPH1 12.01100 C ! his CG and CD2 carbons (RBT::SP2) +MASS 26 CPH2 12.01100 C ! his CE1 carbon (RBT::SP2) +MASS 27 CPT 12.01100 C ! trp C between rings (RBT::SP2) +!MASS 28 CY 12.01100 C ! TRP C in pyrrole ring (RBT::SP2) +MASS 29 CP1 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CA) (RBT::SP3) +MASS 30 CP2 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CB/CG) (RBT::SP3) +MASS 31 CP3 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CD) (RBT::SP3) +MASS 32 CC 12.01100 C ! carbonyl C for sidechains asn,asp,gln,glu (RBT::SP2) +MASS 33 CD 12.01100 C ! carbonyl C for none amides, asp,glu,cter (RBT::SP2) +MASS 34 CPA 12.01100 C ! heme alpha-C +MASS 35 CPB 12.01100 C ! heme beta-C +MASS 36 CPM 12.01100 C ! heme meso-C +MASS 37 CM 12.01100 C ! heme CO carbon (RBT::SP2) +MASS 38 CS 12.01100 C ! thiolate carbon +MASS 39 CE1 12.01100 C ! for alkene; RHC=CR +MASS 40 CE2 12.01100 C ! for alkene; H2C=CR +!MASS 50 N 14.00700 N ! proline N (RBT::SP3) +MASS 51 NR1 14.00700 N ! neutral his protonated ring nitrogen (RBT::TRI) +MASS 52 NR2 14.00700 N ! neutral his unprotonated ring nitrogen (RBT::SP2) +MASS 53 NR3 14.00700 N ! charged his ring nitrogen (RBT::TRI) +!MASS 54 NH1 14.00700 N ! peptide nitrogen (RBT::TRI) +!MASS 55 NH2 14.00700 N ! amide nitrogen (RBT::TRI) +!MASS 56 NH3 14.00700 N ! ammonium nitrogen (RBT::SP3) +!MASS 57 NC2 14.00700 N ! guanidinium nitroogen (RBT::TRI) +MASS 58 NY 14.00700 N ! TRP N in pyrrole ring (RBT::TRI) +MASS 59 NP 14.00700 N ! Proline ring NH2+ (N-terminal) (RBT::SP3) +MASS 60 NPH 14.00700 N ! heme pyrrole N (RBT::TRI) +!MASS 70 O 15.99900 O ! carbonyl oxygen (RBT::SP2) +MASS 71 OB 15.99900 O ! carbonyl oxygen in acetic acid (RBT::SP2) +!MASS 72 OC 15.99900 O ! carboxylate oxygen (RBT::SP2) +!MASS 73 OH1 15.99900 O ! hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 74 OS 15.99940 O ! ester oxygen (RBT::SP3) +MASS 75 OT 15.99940 O ! TIPS3P WATER OXYGEN (RBT::SP3) +MASS 76 OM 15.99900 O ! heme CO/O2 oxygen (RBT::SP2) +MASS 81 S 32.06000 S ! sulphur (RBT::SP3) +!MASS 82 SM 32.06000 S ! sulfur C-S-S-C type (RBT::SP3) +MASS 83 SS 32.06000 S ! thiolate sulfur +! +! nucleic acid section +!MASS 104 HT 1.008000 ! TIPS3P WATER HYDROGEN +MASS 106 HN1 1.008000 H ! Nucleic acid amine proton (RBT::SP3) +MASS 107 HN2 1.008000 H ! Nucleic acid ring nitrogen proton (RBT::SP3) +MASS 108 HN3 1.008000 H ! Nucleic acid aromatic carbon proton (RBT::SP3) +MASS 109 HN4 1.008000 H ! Nucleic acid phosphate hydroxyl proton (RBT::SP3) +MASS 110 HN5 1.008000 H ! Nucleic acid ribose hydroxyl proton (RBT::SP3) +MASS 111 HN6 1.008000 H ! Nucleic acid ribose aliphatic proton (RBT::SP3) +MASS 112 HN7 1.008000 H ! Nucleic acid proton (equivalent to protein HA) (RBT::SP3) +MASS 113 HN3B 1.008000 H ! NAD+ aromatic hydrogen (RBT::SP3) +MASS 128 CN1 12.011000 C ! Nucleic acid carbonyl carbon (RBT::SP2) +MASS 129 CN2 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon to amide (RBT::SP2) +MASS 130 CN3 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 131 CN4 12.011000 C ! Nucleic acid purine C8 and ADE C2 (RBT::SP2) +MASS 132 CN5 12.011000 C ! Nucleic acid purine C4 and C5 (RBT::SP2) +MASS 133 CN6 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 ribose ring carbon (RBT::SP3) +MASS 134 CN6B 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 ribose ring carbon, C1' (RBT::SP3) +MASS 135 CN6C 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 deoxyribose ring carbon, C2' (RBT::SP3) +MASS 136 CN7 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT1) (RBT::SP3) +MASS 137 CN8 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT2) (RBT::SP3) +MASS 138 CN9 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT3) (RBT::SP3) +MASS 139 CN3A 12.011000 C ! NAD+ aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 140 CN3B 12.011000 C ! NAD+ aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 141 CN3C 12.011000 C ! NADH aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 142 CN3D 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon for 5MC (RBT::SP2) +MASS 143 CN1A 12.011000 C ! NAD+/NADH amide carbonyl carbon (RBT::SP2) +MASS 150 NN1 14.007000 N ! Nucleic acid amide nitrogen (RBT::TRI) +MASS 151 NN2 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen (RBT::TRI) +MASS 152 NN2U 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen, ura N3 (RBT::TRI) +MASS 153 NN2G 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen, gua N1 (RBT::TRI) +MASS 154 NN3 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen (RBT::SP2) +MASS 155 NN4 14.007000 N ! Nucleic acid purine N7 (RBT::SP2) +MASS 156 NN5 14.007000 N ! Nucleic acid sp2 amine nitrogen (RBT::TRI) +MASS 157 NN3A 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, ade N1 and N3 (RBT::SP2) +MASS 158 NN3I 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, inosine N3 (RBT::SP2) +!MASS 164 OT 15.999400 ! TIPS3P WATER OXYGEN +MASS 165 ON1 15.999400 O ! Nucleic acid carbonyl oxygen (RBT::SP2) +MASS 166 ON1C 15.999400 O ! Nucleic acid carbonyl oxygen, cyt O2 (RBT::SP2) +MASS 167 ON2 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate ester oxygen (RBT::SP3) +MASS 168 ON3 15.999400 O ! Nucleic acid =O in phosphate (RBT::SP2) +MASS 169 ON4 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 170 ON5 15.999400 O ! Nucleic acid ribose hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 171 ON6 15.999400 O ! Nucleic acid ribose ring oxygen (RBT::SP3) +MASS 172 ON2b 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate ester oxygen, tyr-phosphate (RBT::SP3) +MASS 182 P 30.974000 P ! phosphorus (RBT::SP2) +MASS 183 P2 30.974000 P ! pyrophosphate phosphorus +MASS 192 SOD 22.989770 Na ! Sodium Ion +MASS 193 MG 24.305000 Mg ! Magnesium Ion + +* 1 Nov 2002 (DM) Dummy atom type +MASS 666 DUM 0.00000 DU ! Dummy atom +!MASS 199 DUM 0.001 ! dummy atom + +* 9 Dec 2002 (SJ) CNX atom types +* types with the same name but not necessarily with the same functionality +MASS 701 H 1.00800 H ! polar H (RBT::SP3) +MASS 702 HC 1.00800 H ! charged polar H ie in ARG,LYS (RBT::SP3) +MASS 703 HA 1.00800 H ! apolar H (RBT::SP3) +MASS 704 C 12.01100 C ! amide C (RBT::SP2) +MASS 705 CH1E 12.01100 C ! Alpha-carbons with one hydrogen (RBT::SP3) +MASS 706 CH2E 12.01100 C ! Carbon with two hydrogens (RBT::SP3) +MASS 707 CH3E 12.01100 C ! Carbon with three hydrogens (RBT::SP3) +MASS 708 CH2G 12.01100 C ! GLY alpha carbon (RBT::SP3) +MASS 709 CH2P 12.01100 C ! Gamma and delta carbons in prolin (RBT::SP3) +MASS 710 C5W 12.01100 C ! TRP gamma carbon in pyrrole ring (RBT::SP2) +MASS 711 CW 12.01100 C ! TRP CD2 and CE2 at the fuse of the rings (RBT::SP2) +MASS 712 CR1E 12.01100 C ! PHE aromatic deltas epss and zeta (RBT::SP2) +MASS 713 C5 12.01100 C ! HIS gamma carbon (RBT::SP2) +MASS 714 CRH 12.01100 C ! HIS doubly protonated CE1 (RBT::SP2) +MASS 715 CR1H 12.01100 C ! HIS delta CD2 (RBT::SP2) +MASS 716 CRHH 12.01100 C ! HIS epsilon CE1 (RBT::SP2) +MASS 717 CF 12.01100 C ! PHE gamma carbon (RBT::SP2) +MASS 718 CY 12.01100 C ! TYR CG (RBT::SP2) +MASS 719 CY2 12.01100 C ! TYR CZ (RBT::SP2) +MASS 720 N 14.00700 N ! PRO N (RBT::TRI) +MASS 721 NR 14.00700 N ! HIS non-protonated ND1 (RBT::SP2) +MASS 722 NH1 14.00700 N ! amide N (RBT::TRI) +MASS 723 NH2 14.00700 N ! ammonium N (RBT::SP3) +MASS 724 NH3 14.00700 N ! charged N (RBT::SP3) +MASS 725 NC2 14.00700 N ! guanidinium charged N (RBT::TRI) +MASS 726 O 15.99900 O ! carbonyl oxygen (RBT::SP2) +MASS 727 OC 15.99900 O ! carboxylate oxygen (RBT::SP2) +MASS 728 OH1 15.99900 O ! hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 729 SH1E 32.06000 S ! CYS SG (RBT::SP3) +MASS 730 SM 32.06000 S ! MET SD (RBT::SP3)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/filters/gpfilter295.filter Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,15 @@ ++ * log - + SCORE.INTRA.VDW SCORE.INTRA.VDW.0 0.9913 + exp * SCORE.INTER.AROM.narom + * exp SCORE.INTER.POLAR.nhbd + LIG_POS_CHG +- * 684 + if SCORE.INTER.REPUL.nhba + LIG_NEG_CHG + / SCORE.INTER.VDW.nrep + SITE_PERC_AROMATOMS + if + - SCORE.INTER.POLAR.nhbd + + SCORE.INTRA.REPUL SCORE.INTRA.REPUL.0 + LIG_TOT_CHG + SITE_NLIPOC + - exp SITE_NEG_CHG + log LIG_NHBD
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/masses.rtf Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,180 @@ +* ... +* ... +* Copyright (c) 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992 +* Molecular Simulations Incorporated +* Confidential and Proprietary: All Rights Reserved +* ... +* .... +* TEMPLATE FOR CREATING CHARMm RTF file +* .... +* (%_m) replaced by first 4 characters of molecule name +* in QUANTA (if used) +* .. +* Build RTF for %m +* ... +* sorted alphabetically; metals follow organics +* Atom type numbers 201-229 are reserved for special QUANTA display atom types. +* Last current active number is 234. +* + 22 0 +MASS 7 B 10.81 B ! Boron +MASS 14 C 12.01100 C ! Carbonyl or Guanidinium carbon (RBT::SP2) +MASS 190 C3 12.01100 C ! Carbonyl carbon in 3-membered aliphatic ring (RBT::SP2) +MASS 192 C4 12.01100 C ! Carbonyl carbons in 4-membered aliphatic ring (RBT::SP2) +MASS 21 C5R 12.01100 C ! Aromatic carbon in a five membered ring (RBT::SP2) +MASS 23 C5RE 13.01900 C ! Extended aromatic carbon in five membered ring (RBT::SP2) +MASS 28 C5RP 12.01100 C ! for Aryl-Aryl bond between C5R rings (RBT::SP2) +MASS 189 C5RQ 12.01100 C ! for second Ar-Ar bond between C5RP rings (ortho) (RBT::SP2) +MASS 22 C6R 12.01100 C ! Aromatic carbon in a six membered ring (RBT::SP2) +MASS 24 C6RE 13.01900 C ! Extended aromatic carbon in six membered ring (RBT::SP2) +MASS 29 C6RP 12.01100 C ! for Aryl-Aryl bond between C6R rings (RBT::SP2) +MASS 194 C6RQ 12.01100 C ! Carbon of C6RP type ortho to C6RP pair (RBT::SP2) +MASS 230 CF1 12.01100 C ! Carbon with one Fluorine (RBT::SP3) +MASS 231 CF2 12.01100 C ! Carbon with two Fluorines (RBT::SP3) +MASS 232 CF3 12.01100 C ! Carbons with three Fluorines (RBT::SP3) +MASS 11 CH1E 13.01900 C ! Extended atom carbon with one hydrogen (RBT::SP3) +MASS 12 CH2E 14.02700 C ! Extended atom carbon with two hydrogens (RBT::SP3) +MASS 13 CH3E 15.03500 C ! Extended atom carbon with three hydrogens (RBT::SP3) +MASS 15 CM 12.01100 C ! Carbonmonoxide, or other triply bonded, carbon (RBT::SP) +MASS 199 CP3 12.01100 C ! Carbon on nitrogen in proline ring (RBT::SP3) +MASS 197 CPH1 12.01100 C ! CG and CD2 carbons in histidine ring (RBT::SP2) +MASS 198 CPH2 12.01100 C ! CE1 carbon in histidine ring (RBT::SP2) +MASS 195 CQ66 12.01100 C ! Third adjacent pair of CR66 types in fused rings (RBT::SP2) +MASS 25 CR55 12.01100 C ! Aromatic carbon-merged five membered rings (RBT::SP2) +MASS 26 CR56 12.01100 C ! Aromatic carbon-merged five/six membered rings (RBT::SP2) +MASS 27 CR66 12.01100 C ! Aromatic carbon-merged six membered rings (RBT::SP2) +MASS 196 CS66 12.01100 C ! Second adjacent pair of CR66 types in fused rings (RBT::SP2) +MASS 10 CT 12.01100 C ! Aliphatic carbon (tetrahedral) (RBT::SP3) +MASS 191 CT3 12.01100 C ! in 3-membered aliphatic ring, usually tetrahedral (RBT::SP3) +MASS 193 CT4 12.01100 C ! in 4-membered aliphatic ring, usually tetrahedral (RBT::SP3) +MASS 16 CUA1 12.01100 C ! Carbon in double bond, first pair (RBT::SP2) +MASS 17 CUA2 12.01100 C ! Carbon in double bond, second conjugated pair (RBT::SP2) +MASS 20 CUA3 12.01100 C ! Carbon in double bond, third conjugated pair (RBT::SP2) +MASS 18 CUY1 12.01100 C ! Carbon in triple bond, first pair (RBT::SP) +MASS 19 CUY2 12.01100 C ! Carbon in triple bond, second conjugated pair (RBT::SP) +MASS 1 H 1.00800 H ! Hydrogen bonding hydrogen (neutral group) (RBT::SP3) +MASS 3 HA 1.00800 H ! Aliphatic or aromatic hydrogen (RBT::SP3) +MASS 2 HC 1.00800 H ! Hydrogen bonding hydrogen (charged group) (RBT::SP3) +MASS 9 HMU 1.00800 H ! Mu-bonded hydrogen for metals and boron-hydride (RBT::SP3) +MASS 8 HO 1.00800 H ! Hydrogen on an alcohol oxygen (RBT::SP3) +MASS 4 HT 1.00800 H ! TIPS3P water model hydrogen (RBT::SP3) +MASS 31 N 14.00670 N ! Nitrogen; planar-valence of 3, i.e. nitrile, etc. (RBT::TRI) +MASS 234 N3 14.00670 N ! Nitrogen in a three membered ring (RBT::SP3) +MASS 34 N5R 14.00670 N ! Nitrogen in a five membered aromatic ring (RBT::TRI) +MASS 30 N5RP 14.00670 N ! for Ar-Ar bond between five membered rings (RBT::TRI) +MASS 35 N6R 14.00670 N ! Nitrogen in a six membered aromatic ring (RBT::SP2) +MASS 39 N6RP 14.00670 N ! for Aryl-Aryl bond between six membered rings (RBT::SP2) +MASS 37 NC 14.00670 N ! Charged guanidinium-type nitrogen (RBT::TRI) +MASS 186 NC2 14.00670 N ! for neutral guanidinium group - Arg sidechain (RBT::SP2) +MASS 38 NO2 14.00670 N ! Nitrogen in nitro, or related, group (RBT::TRI) +MASS 32 NP 14.00670 N ! Nitrogen in peptide, amide, or related, group (RBT::TRI) +MASS 183 NR1 14.00670 N ! Protonated nitrogen in neutral histidine ring (RBT::TRI) +MASS 184 NR2 14.00670 N ! Unprotonated nitrogen in neutral histidine ring (RBT::SP2) +MASS 185 NR3 14.00670 N ! Nitrogens in charged histidine ring (RBT::SP2) +MASS 182 NR55 14.00670 N ! N at fused bond between two 5-membered aromatics (RBT::SP2) +MASS 180 NR56 14.00670 N ! N at fused bond between 5 and 6-membered aryls (RBT::SP2) +MASS 181 NR66 14.00670 N ! N at fused bond between two 6-membered aromatics (RBT::SP2) +MASS 36 NT 14.00670 N ! Nitrogen (tetrahedral), i.e. Amine, etc. (RBT::SP3) +MASS 33 NX 14.00670 N ! Proline nitrogen, or similar (RBT::TRI) +MASS 40 O 15.99940 O ! Carbonyl oxygen for amides, or related structures (RBT::SP2) +MASS 56 O2M 15.99940 O ! Oxygen in Si-O-Al or Al-O-Al bond (RBT::SP3) +MASS 52 O5R 15.99940 O ! Oxygen in 5 membered aromatic ring-radicals, etc. (RBT::SP3) +MASS 53 O6R 15.99940 O ! Oxygen in 6 membered aromatic ring-radicals, etc. (RBT::SP3) +MASS 41 OA 15.99940 O ! Carbonyl oxygen for aldehydes, or related (RBT::SP2) +MASS 51 OAC 15.99940 O ! Carbonyl oxygen for acids, or related (RBT::SP2) +MASS 43 OC 15.99940 O ! Charged oxygen (RBT::SP3) +MASS 50 OE 15.99940 O ! Ether oxygen / Acetal oxygen (RBT::SP3) +MASS 47 OH2 15.99940 O ! ST2 water model oxygen (RBT::SP3) +MASS 42 OK 15.99940 O ! Carbonyl oxygen for ketones, or related (RBT::SP2) +MASS 48 OM 15.99940 O ! Carbonmonoxide, or other triply bonded, oxygen +MASS 49 OS 15.99940 O ! Ester oxygen (RBT::TRI) +MASS 57 OSH 0.00000 O ! Massless O for zeolites, or related cage cmpds. +MASS 55 OSI 15.99940 O ! Oxygen in Si-O-Si bond (RBT::SP3) +MASS 45 OT 15.99940 O ! Hydroxyl oxygen (tetrahedral) or Ionizable acid (RBT::SP3) +MASS 46 OW 15.99940 O ! TIP3P water model oxygen (RBT::SP3) +MASS 64 P6R 30.9738 P ! Phosphorous in aromatic 6-membered ring (RBT::SP3) +MASS 61 PO3 30.9738 P ! Phosphorous bonded to three oxygens (RBT::SP2) +MASS 62 PO4 30.9738 P ! Phosphorous bonded to four oxygens (RBT::SP2) +MASS 60 PT 30.9738 P ! Phosphorous, general; usually tetrahedral (RBT::SP3) +MASS 63 PUA1 30.9738 P ! Phosphorous double bond +MASS 233 PUY1 30.9738 P ! Triple bonded phosphorus +MASS 72 S5R 32.0600 S ! Sulphur in a five membered aromatic ring (RBT::SP3) +MASS 73 S6R 32.0600 S ! Sulphur in a six membered aromatic ring (RBT::SP3) +MASS 74 SE 32.060 S ! Thioether sulphur (RBT::SP3) +MASS 71 SH1E 33.06800 S ! Extended atom sulphur with one hydrogen (RBT::SP3) +MASS 75 SK 32.060 S ! Thioketone sulphur (RBT::SP2) +MASS 76 SO1 32.0600 S ! Sulphur bonded to one oxygen (RBT::SP3) +MASS 77 SO2 32.0600 S ! Sulphur bonded to two oxygens (RBT::SP3) +MASS 78 SO3 32.0600 S ! Sulphur bonded to three oxygens (RBT::SP2) +MASS 79 SO4 32.0600 S ! Sulphur bonded to four oxygens (RBT::SP2) +MASS 70 ST 32.06000 S ! Sulphur, general; usually tetrahedral (RBT::SP3) +MASS 94 XBR 79.904 Br ! Bromine +MASS 93 XCL 35.45300 Cl ! Chlorine +MASS 92 XF 18.99840 F ! Fluorine +MASS 95 XI 126.9045 I ! Iodine +MASS 91 MAL 26.9815 Al ! ALuminum +MASS 6 MBE 9.01218 Be ! Beryllium +MASS 84 MCA 40.080 Ca ! Calcium +MASS 83 MK 39.098 K ! Potassium +MASS 80 MLI 6.941 Li ! Lithium +MASS 82 MMG 24.305 Mg ! Magnesium +MASS 81 MNA 22.9898 Na ! Sodium +MASS 90 MSI 28.0855 Si ! Silicon +MASS 177 MSIU 28.08550 Si ! Silicon when as double bond +MASS 86 MFE 55.85 Fe ! Iron +MASS 87 MZN 65.3800 Zn ! Zinc (Added DM 30/7/2001) + +* 4 Jan 1999 (DM) Added old types from +* /darius/dsk1/progs/insightII/insight97/data/xplor/toppar/topallhdg.pro +* just to keep rbscore happy. The numeric force field types are ficticious +* and will not be recognised by Charmm +MASS 301 CX 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 302 CW 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 303 CN 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 304 CA 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 305 CB 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 306 CC 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 307 CV 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 308 CR 12.011 C ! (RBT::SP2) +MASS 309 CP 12.011 C ! Proline carbon CG,CD (RBT::SP3) +MASS 310 NA 14.007 N ! (RBT::TRI) +MASS 311 NB 14.007 N ! (RBT::TRI) +MASS 312 NH1 14.007 N ! (RBT::TRI) +MASS 313 NH2 14.007 N ! (RBT::TRI) +MASS 314 NH3 14.007 N ! (RBT::SP3) +MASS 315 OH 15.999 O ! (RBT::SP3) +MASS 316 S 32.060 S ! (RBT::SP3) + +* 4 Jan 1999 (DM) Added old types from +* /darius/dsk1/progs/insightII/insight97/data/xplor/toppar/topallhdg.dna +* just to keep rbscore happy. The numeric force field types are ficticious +* and will not be recognised by Charmm +MASS 400 H2 1.00800 H ! (RBT::SP3) +MASS 401 CH 12.01100 C ! (RBT::SP3) +MASS 402 C2 12.01100 C ! (RBT::SP3) +MASS 403 CE 12.01100 C ! (RBT::SP2) +MASS 404 CF 12.01100 C ! (RBT::SP2) +MASS 405 CS 12.01100 C ! (RBT::SP2) +MASS 406 N2 14.00670 N ! (RBT::TRI) Corrected DM 23/8/1999 +MASS 407 NS 14.00670 N ! (RBT::TRI) +MASS 408 NH2E 16.02270 N ! (RBT::SP3) +MASS 409 O2 15.99940 O ! (RBT::SP3) +MASS 411 SD 22.98980 Na ! +MASS 412 P 30.97400 P ! (RBT::SP3) +MASS 413 BR 79.90400 Br ! +MASS 414 MG 24.30500 Mg ! + +* 8 Jun 1999 (DM) Added types to keep wtTARrbt158.psf happy +MASS 450 HE 1.00800 H ! (RBT::SP3) + +* 18 Jan 2001 (DM) Dummy atom type +MASS 666 DUM 0.00000 DU ! Dummy atom + +* Charmm 27 additions +MASS 5 H 1.00800 H ! Nonpolar H prom charmm27 all-atom FF (RBT::SP3) +MASS 54 HG 1.00800 H ! Nonpolar H prom charmm27 all-atom FF (RBT::SP3) +MASS 58 NE 14.00670 N ! charmm27 N + +RESI XXXX 0.0 + +END
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/pmf/CFBr.pmf Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,60 @@ + 0.200 3.0000 + 0.400 3.0000 + 0.600 3.0000 + 0.800 3.0000 + 1.000 3.0000 + 1.200 0.0000 + 1.400 0.0000 + 1.600 0.0000 + 1.800 0.0000 + 2.000 0.0000 + 2.200 0.0000 + 2.400 0.0000 + 2.600 0.0000 + 2.800 0.0000 + 3.000 0.0000 + 3.200 0.0000 + 3.400 0.0000 + 3.600 0.0000 + 3.800 0.0000 + 4.000 0.0000 + 4.200 0.0000 + 4.400 0.0000 + 4.600 0.0000 + 4.800 0.0000 + 5.000 0.0000 + 5.200 0.0000 + 5.400 0.0000 + 5.600 0.0000 + 5.800 0.0000 + 6.000 0.0000 + 6.200 0.0000 + 6.400 0.0000 + 6.600 0.0000 + 6.800 0.0000 + 7.000 0.0000 + 7.200 0.0000 + 7.400 0.0000 + 7.600 0.0000 + 7.800 0.0000 + 8.000 0.0000 + 8.200 0.0000 + 8.400 0.0000 + 8.600 0.0000 + 8.800 0.0000 + 9.000 0.0000 + 9.200 0.0000 + 9.400 0.0000 + 9.600 0.0000 + 9.800 0.0000 +10.000 0.0000 +10.200 0.0000 +10.400 0.0000 +10.600 0.0000 +10.800 0.0000 +11.000 0.0000 +11.200 0.0000 +11.400 0.0000 +11.600 0.0000 +11.800 0.0000 +12.000 0.0000
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/pmf/smoothed/m2pmf.awk Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,41 @@ +#!/bin/awk -f +BEGIN{ + true = 1; + false = !true; + hashmarkcount = 0; + iscomment = true; # true for the first lines + i=0; + j=0; +}{ + if("#" == $1) { + hashmarkcount++; + iscomment = true; + } else + iscomment = false; + if(hashmarkcount < 6 && !iscomment ){ #get the first vector (x) + x[i]=$1; + i++; + } + else if ( !iscomment ){ # so we are at y + y[j]=$1; + j++; + } + +}END{ + # first padding at the beginning + for (j=0.2;j<x[0];j+=0.2) { + printf("%6.3f %6.4f\n", j,3.0); + } + # note i sould be equal to y + # we are considering 'i' number of data ( + # ys without x values will be discarded, xs without y will + # get y value 0 + # we are treating 'i' as the length of the vectors + for (j=0;j<i;j++) { + printf("%6.3f %6.4f\n", x[j],y[j]); + } + # zero padding at the end + for(j=x[j-1]+0.2;j<=12.0;j+=0.2) { + printf("%6.3f %6.4f\n", j,0.0); + } +}
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/pmf/smoothed/pmf2m.awk Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +#!/bin/awk -f +{ + a[NR]=$1; + b[NR]=$2; +}END{ + print "# name: x" + print "# type: matrix" + print "# rows: 1" + print "# columns: "NR + for(i=1;i<=NR;i++) + printf("%f ",a[i]); + print "" + print "# name: y" + print "# type: matrix" + print "# rows: 1" + print "# columns: "NR + for(i=1;i<=NR;i++) + printf("%f ",b[i]); + print " "; +}
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/pmf/smoothed/smoother.m Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,2310 @@ +## natural-cubic-spline interpolation +## usage: yspline = spline(x,y,xspline) +## example: +## x = 0:10; y = sin(x); +## xspline = 0:0.1:10; yspline = spline(x,y,xspline); +## ##plot(x,y,"+",xspline,yspline); +## Given the vectors x and y, which tabulate a function, with +## x(1) < x(2) < x(3) <... or x(1) > x(2) > x(3) >..., and given +## the vector xspline, this function returns a natural-cubic-spline +## interpolated vector yspline. +## author: Zdenek Remes, May 22, 1999 + + +function ynew = spline(x,y,xnew) +[x,index]=sort(x); +y=y(index); +n=length(y); +y2(1)=0.0; +y2(n)=0.0; +u(1)=0.0; +for i=2:n-1 + sig=(x(i)-x(i-1))/(x(i+1)-x(i-1)); + p=sig*y2(i-1)+2.0; + y2(i)=(sig-1.0)/p; + u(i)=(y(i+1)-y(i))/(x(i+1)-x(i))-(y(i)-y(i-1))/(x(i)-x(i-1)); + u(i)=(6.0*u(i)/(x(i+1)-x(i-1))-sig*u(i-1))/p; +endfor; +k=n-1; +while (k >= 1) + y2(k)=y2(k)*y2(k+1)+u(k); + k--; +endwhile; + +i1=1; in=length(xnew); + +#if (xnew(1) < x(1)) +# error("spline: bad xspline"); +#endif; +#if (xnew(in) > x(n)) +# error("spline: bad xspline"); +#endif; + +if (xnew(1) == x(1)) + ynew(1)=y(1); + i1=2; +endif; +if (xnew(in) == x(n)) + ynew(in)=y(n); + in=in-1; +endif; + + +for i=i1:in + khi=n; + klo=1; + while ((khi-klo) > 1) + k=floor((khi+klo)/2); + if (x(k) > xnew(i)) + khi=k; + else + klo=k; + endif; + endwhile; + h=x(khi)-x(klo); + a=(x(khi)-xnew(i))/h; + b=(xnew(i)-x(klo))/h; + ynew(i)=a*y(klo)+b*y(khi)+((a^3-a)*y2(klo)+(b^3-b)*y2(khi))*(h*h)/6.0; +endfor; +endfunction; + +## Savitzky-Golay smoothing filter +## usage: [xsavgol,ysavgol]=savgol(x,y,nl,nr,m) +## example: x=0:0.01:3;y1=sin(x.^3);y=y1+(rand(1,301)-0.5)/3; +## [xsavgol,ysavgol]=savgol(x,y,10,10,2); +## ##plot(x,y,"+",xsavgol,ysavgol,x,y1) +## Given vectors x, y containing a tabulated data y=f(x) with +## equally spaced x's this function calculates smoothed data +## ysavgol=g(xsavgol) by Savitzky-Golay smoothing filter. +## nl is the number of leftward (past) data points used, while +## nr is the number of rightward (future) data points, making +## the total number of data points used nl+nr+1. m is the order +## of the smoothing polynomial, also equal to the highest +## conserved moment; usual values are m=2 or m=4. +## The idea of Savitzky-Golay filtering is to smooth the +## underlying data y=f(x) within the moving window not by a +## constant (whose estimate is the average), but by a poly- +## nomial of higher order. Thus for a point y(i) the function +## savgol fits by a least-squares method a polynomial to +## points y(i-nl), ..., y(i+nr) in the moving window, and +## then set g(i-nl+1) to the value of that polynomial at +## position x(i). +## Zdenek Remes, Mai 22, 1999 + +function [xnew,ynew]=savgol(x,y,nl, nr, M) + + if max(diff(x,2))>100*eps + error("The x's must be equally spaced.") + endif + for i=-nl:nr + for j=0:M + A(i+nl+1,j+1)=i^j; + endfor + endfor + AA=inv(A'*A); + for i=-nl:nr + cc=0; + for m=0:M + cc=cc+AA(1,m+1)*i^m; + endfor + c(i+nl+1)=cc; + endfor + + nx=length(x); + for i=nl:nx-nr-1 + yy=0; + for j=-nl:nr + yy=yy+c(j+nl+1)*y(i+j+1); + endfor + xnew(i-nl+1)=x(i+1); + ynew(i-nl+1)=yy; + endfor +endfunction + +## x=0:0.01:3; +## y1=sin(x.^3); +## y=y1+(rand(1,301)-0.5)/3; +## [xsavgol,ysavgol]=savgol(x,y,10,10,2); +## plot(x,y,"+",xsavgol,ysavgol,x,y1); +## pause; +zero=[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ]; +##load -force CPNA.dat; +##[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +##save -ascii CPNA.sm xs ys; + +load -force CFBr.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFBr.sm xs ys; +printf("CFBr.sm\n"); +load -force CFC0.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFC0.sm xs ys; +printf("CFC0.sm\n"); +load -force CFC3.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFC3.sm xs ys; +printf("CFC3.sm\n"); +load -force CFCF.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCF.sm xs ys; +printf("CFCF.sm\n"); +load -force CFCL.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCL.sm xs ys; +printf("CFCL.sm\n"); +load -force CFCN.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCN.sm xs ys; +printf("CFCN.sm\n"); +load -force CFCO.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCO.sm xs ys; +printf("CFCO.sm\n"); +load -force CFCP.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCP.sm xs ys; +printf("CFCP.sm\n"); +load -force CFCW.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFCW.sm xs ys; +printf("CFCW.sm\n"); +load -force CFF_.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFF_.sm xs ys; +printf("CFF_.sm\n"); +load -force CFFe.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFFe.sm xs ys; +printf("CFFe.sm\n"); +load -force CFHL.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFHL.sm xs ys; +printf("CFHL.sm\n"); +load -force CFMg.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFMg.sm xs ys; +printf("CFMg.sm\n"); +load -force CFMn.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFMn.sm xs ys; +printf("CFMn.sm\n"); +load -force CFN0.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFN0.sm xs ys; +printf("CFN0.sm\n"); +load -force CFNA.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFNA.sm xs ys; +printf("CFNA.sm\n"); +load -force CFNC.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFNC.sm xs ys; +printf("CFNC.sm\n"); +load -force CFND.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFND.sm xs ys; +printf("CFND.sm\n"); +load -force CFNP.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFNP.sm xs ys; +printf("CFNP.sm\n"); +load -force CFNR.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFNR.sm xs ys; +printf("CFNR.sm\n"); +load -force CFNS.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFNS.sm xs ys; +printf("CFNS.sm\n"); +load -force CFOA.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOA.sm xs ys; +printf("CFOA.sm\n"); +load -force CFOC.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOC.sm xs ys; +printf("CFOC.sm\n"); +load -force CFOD.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOD.sm xs ys; +printf("CFOD.sm\n"); +load -force CFOE.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOE.sm xs ys; +printf("CFOE.sm\n"); +load -force CFOR.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOR.sm xs ys; +printf("CFOR.sm\n"); +load -force CFOS.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFOS.sm xs ys; +printf("CFOS.sm\n"); +load -force CFP_.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFP_.sm xs ys; +printf("CFP_.sm\n"); +load -force CFSA.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFSA.sm xs ys; +printf("CFSA.sm\n"); +load -force CFSD.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFSD.sm xs ys; +printf("CFSD.sm\n"); +load -force CFV_.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFV_.sm xs ys; +printf("CFV_.sm\n"); +load -force CFZn.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFZn.sm xs ys; +printf("CFZn.sm\n"); +load -force CFcF.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFcF.sm xs ys; +printf("CFcF.sm\n"); +load -force CFcP.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CFcP.sm xs ys; +printf("CFcP.sm\n"); +load -force CNBr.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CNBr.sm xs ys; +printf("CNBr.sm\n"); +load -force CNC0.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CNC0.sm xs ys; +printf("CNC0.sm\n"); +load -force CNC3.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CNC3.sm xs ys; +printf("CNC3.sm\n"); +load -force CNCF.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CNCF.sm xs ys; +printf("CNCF.sm\n"); +load -force CNCL.dat; +[xs,ys]=savgol(x,y,5,5,4); +save -ascii CNCL.sm xs ys; +printf("CNCL.sm\n"); +load -force CNCN.dat; 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/dock_grid.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,96 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Free docking (grid-based VDW) + +SECTION SCORE + INTER RbtInterGridSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_1 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 5.0 # Dock with a high penalty for leaving the cavity + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.1 # Gradually ramp up dihedral weight from 0.1->0.5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW1 TRUE # Enable vdW grid with ECUT=1 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW FALSE # Disable indexed vdW +END_SECTION + +SECTION RANDOM_POP + TRANSFORM RbtRandPopTransform + POP_SIZE 50 + SCALE_CHROM_LENGTH TRUE +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE1 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max translational mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_3 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.2 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW1 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=1 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 TRUE # Enable vdW grid with ECUT=5 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE3 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_5 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.3 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW TRUE # Enable indexed vdW + ECUT@SCORE.INTER.VDW 25.0 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE5 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_10 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.5 # Final dihedral weight matches SF file + ECUT@SCORE.INTER.VDW 120.0 # Final ECUT matches SF file +END_SECTION + +SECTION MC_10K + TRANSFORM RbtSimAnnTransform + START_T 10.0 + FINAL_T 10.0 + NUM_BLOCKS 5 + STEP_SIZE 0.1 + MIN_ACC_RATE 0.25 + PARTITION_DIST 8.0 + PARTITION_FREQ 50 + HISTORY_FREQ 0 +END_SECTION + +SECTION SIMPLEX + TRANSFORM RbtSimplexTransform + MAX_CALLS 200 + NCYCLES 20 + STOPPING_STEP_LENGTH 10e-4 + PARTITION_DIST 8.0 + STEP_SIZE 1.0 + CONVERGENCE 0.001 +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 1.0 # revert to standard cavity penalty +END_SECTION +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/dock_solv.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,104 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Free docking (with SOLVATION, indexed VDW) + +SECTION SCORE + INTER RbtSolvIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_1 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 5.0 # Dock with a high penalty for leaving the cavity + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.1 # Gradually ramp up dihedral weight from 0.1->0.5 + ECUT@SCORE.INTER.VDW 1.0 # Gradually ramp up energy cutoff for switching to quadratic + USE_4_8@SCORE.INTER.VDW TRUE # Start docking with a 4-8 vdW potential + DA1MAX@SCORE.INTER.POLAR 180.0 # Broader angular dependence + DA2MAX@SCORE.INTER.POLAR 180.0 # Broader angular dependence + DR12MAX@SCORE.INTER.POLAR 1.5 # Broader distance range +END_SECTION + +SECTION RANDOM_POP + TRANSFORM RbtRandPopTransform + POP_SIZE 50 + SCALE_CHROM_LENGTH TRUE +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE1 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max translational mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_3 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.2 + ECUT@SCORE.INTER.VDW 5.0 + DA1MAX@SCORE.INTER.POLAR 140.0 + DA2MAX@SCORE.INTER.POLAR 140.0 + DR12MAX@SCORE.INTER.POLAR 1.2 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE3 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_5 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.3 + ECUT@SCORE.INTER.VDW 25.0 + USE_4_8@SCORE.INTER.VDW FALSE # Now switch to a convential 6-12 for final GA, MC, minimisation + DA1MAX@SCORE.INTER.POLAR 120.0 + DA2MAX@SCORE.INTER.POLAR 120.0 + DR12MAX@SCORE.INTER.POLAR 0.9 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE5 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_10 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.5 # Final dihedral weight matches SF file + ECUT@SCORE.INTER.VDW 120.0 # Final ECUT matches SF file + DA1MAX@SCORE.INTER.POLAR 80.0 + DA2MAX@SCORE.INTER.POLAR 100.0 + DR12MAX@SCORE.INTER.POLAR 0.6 +END_SECTION + +SECTION MC_10K + TRANSFORM RbtSimAnnTransform + START_T 10.0 + FINAL_T 10.0 + NUM_BLOCKS 5 + STEP_SIZE 0.1 + MIN_ACC_RATE 0.25 + PARTITION_DIST 8.0 + PARTITION_FREQ 50 + HISTORY_FREQ 0 +END_SECTION + +SECTION SIMPLEX + TRANSFORM RbtSimplexTransform + MAX_CALLS 200 + NCYCLES 20 + STOPPING_STEP_LENGTH 10e-4 + PARTITION_DIST 8.0 + STEP_SIZE 1.0 + CONVERGENCE 0.001 +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 1.0 # revert to standard cavity penalty +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/dock_solv_grid.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,96 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Free docking (with SOLVATION, grid-based VDW) + +SECTION SCORE + INTER RbtSolvGridSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_1 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 5.0 # Dock with a high penalty for leaving the cavity + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.1 # Gradually ramp up dihedral weight from 0.1->0.5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW1 TRUE # Enable vdW grid with ECUT=1 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW FALSE # Disable indexed vdW +END_SECTION + +SECTION RANDOM_POP + TRANSFORM RbtRandPopTransform + POP_SIZE 50 + SCALE_CHROM_LENGTH TRUE +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE1 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max translational mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_3 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.2 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW1 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=1 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 TRUE # Enable vdW grid with ECUT=5 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE3 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_5 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.3 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW5 FALSE # Disable vdW grid with ECUT=5 + ENABLED@SCORE.INTER.VDW TRUE # Enable indexed vdW + ECUT@SCORE.INTER.VDW 25.0 +END_SECTION + +SECTION GA_SLOPE5 + TRANSFORM RbtGATransform + PCROSSOVER 0.4 # Prob. of crossover + XOVERMUT TRUE # Cauchy mutation after each crossover + CMUTATE FALSE # True = Cauchy; False = Rectang. for regular mutations + STEP_SIZE 1.0 # Max torsional mutation +END_SECTION + +SECTION SETSLOPE_10 + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.INTRA.DIHEDRAL 0.5 # Final dihedral weight matches SF file + ECUT@SCORE.INTER.VDW 120.0 # Final ECUT matches SF file +END_SECTION + +SECTION MC_10K + TRANSFORM RbtSimAnnTransform + START_T 10.0 + FINAL_T 10.0 + NUM_BLOCKS 5 + STEP_SIZE 0.1 + MIN_ACC_RATE 0.25 + PARTITION_DIST 8.0 + PARTITION_FREQ 50 + HISTORY_FREQ 0 +END_SECTION + +SECTION SIMPLEX + TRANSFORM RbtSimplexTransform + MAX_CALLS 200 + NCYCLES 20 + STOPPING_STEP_LENGTH 10e-4 + PARTITION_DIST 8.0 + STEP_SIZE 1.0 + CONVERGENCE 0.001 +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform + WEIGHT@SCORE.RESTR.CAVITY 1.0 # revert to standard cavity penalty +END_SECTION +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/minimise.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Simplex minimisation + +SECTION SCORE + INTER RbtInterIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION SIMPLEX + TRANSFORM RbtSimplexTransform + MAX_CALLS 200 + NCYCLES 20 + STOPPING_STEP_LENGTH 10e-4 + PARTITION_DIST 8.0 + STEP_SIZE 1.0 + CONVERGENCE 0.001 +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/minimise_solv.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Simplex minimisation (with SOLVATION) + +SECTION SCORE + INTER RbtSolvIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION SIMPLEX + TRANSFORM RbtSimplexTransform + MAX_CALLS 200 + NCYCLES 20 + STOPPING_STEP_LENGTH 10e-4 + PARTITION_DIST 8.0 + STEP_SIZE 1.0 + CONVERGENCE 0.001 +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/score.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Score only + +SECTION SCORE + INTER RbtInterIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/score_pmf.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Score only (PMF) + +SECTION SCORE + INTER RbtPMFIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + TARGET RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/scripts/score_solv.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Score only (with SOLVATION) + +SECTION SCORE + INTER RbtSolvIdxSF.prm + INTRA RbtIntraSF.prm + SYSTEM RbtTargetSF.prm +END_SECTION + +SECTION FINAL + TRANSFORM RbtNullTransform +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtInterGridSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,139 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intermolecular scoring function (without SOLVATION, grid-based VDW) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtInterGridSF.prm#2 $ + +################################################################################ +# Constant scoring function +# Represents loss of translation, rotational entropy of ligand +SECTION CONST + SCORING_FUNCTION RbtConstSF + WEIGHT +5.4 +END_SECTION + +################################################################################ +# Rotational scoring function +# Represents loss of torsional entropy of ligand +SECTION ROT + SCORING_FUNCTION RbtRotSF + WEIGHT +1.0 +END_SECTION + +################################################################################ +# Pseudo SFs for setting up atomic attributes for polar and lipo atoms +SECTION SETUP_POLAR + SCORING_FUNCTION RbtSetupPolarSF + RADIUS 5.0 + NORM 25 + POWER 0.5 + CHGFACTOR 0.5 + GUANFACTOR 0.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Hydrogen-bond scoring function (also Metal-acceptor, C.cat - acceptor) +SECTION POLAR + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 3.4 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.05 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 0.6 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 80.0 + A2 180.0 + DA2MIN 60.0 + DA2MAX 100.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE TRUE + ABS_DR12 TRUE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 4.41 + INCR 2.46 + ATTR TRUE + LP_OSP2 TRUE + LP_PHI 45 + LP_DPHIMIN 15 + LP_DPHIMAX 30 + LP_DTHETAMIN 20 + LP_DTHETAMAX 60 +END_SECTION + +################################################################################ +# Repulsive polar scoring function (donor-donor, acceptor-acceptor, metal-donor, C.cat-donor etc) +SECTION REPUL + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 5.0 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.6 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 1.1 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 60.0 + A2 180.0 + DA2MIN 30.0 + DA2MAX 60.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE FALSE + ABS_DR12 FALSE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 5.32 + INCR 3.51 + ATTR FALSE + LP_OSP2 FALSE +END_SECTION + +################################################################################ +# Aromatic (pi-pi) scoring function, also used for cation-pi +#SECTION AROM +# SCORING_FUNCTION RbtAromIdxSF +# WEIGHT -1.8 +# R12 3.5 +# DR12MIN 0.25 +# DR12MAX 0.6 +# DAMIN 20.0 +# DAMAX 30.0 +# GRIDSTEP 0.5 +# RANGE 4.1 +# INCR 4.1 +#END_SECTION + +################################################################################ +# +# VDW SCORING FUNCTIONS +# Two precalculated grids are loaded with different values of ECUT +# Each is initially disabled +# We also load an indexed-grid version which is enabled +# +SECTION VDW1 + SCORING_FUNCTION RbtVdwGridSF + WEIGHT 1.0 + GRID _vdw1.grd + SMOOTHED FALSE + ENABLED FALSE +END_SECTION + +SECTION VDW5 + SCORING_FUNCTION RbtVdwGridSF + WEIGHT 1.0 + GRID _vdw5.grd + SMOOTHED FALSE + ENABLED FALSE +END_SECTION + +SECTION VDW + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.0 + USE_4_8 FALSE + USE_TRIPOS FALSE + RMAX 1.5 + ECUT 120.0 + E0 1.5 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtInterIdxSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,126 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intermolecular scoring function (without SOLVATION, indexed VDW) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtInterIdxSF.prm#3 $ + +################################################################################ +# Constant scoring function +# Represents loss of translation, rotational entropy of ligand +# DM 14 June 2006 - also calculates solvent penalty for all enabled solvent +# SOLVENT_PENALTY is defined as a fraction of the ligand binding penalty +# i.e. ligand binding penalty = 1.0 * WEIGHT +# solvent binding penalty = N(enabled solvent) * SOLVENT_PENALTY * WEIGHT +# 0.37 * 5.4 = 2.0 kJ/mol, which corresponds to GOLD Chemscore penalty +# Verdonk et al, J. Med. Chem. 2005 (48) 6504-6515 +SECTION CONST + SCORING_FUNCTION RbtConstSF + SOLVENT_PENALTY 0.37 + WEIGHT +5.4 +END_SECTION + +################################################################################ +# Rotational scoring function +# Represents loss of torsional entropy of ligand +SECTION ROT + SCORING_FUNCTION RbtRotSF + WEIGHT +1.0 +END_SECTION + +################################################################################ +# Pseudo SFs for setting up atomic attributes for polar and lipo atoms +SECTION SETUP_POLAR + SCORING_FUNCTION RbtSetupPolarSF + RADIUS 5.0 + NORM 25 + POWER 0.5 + CHGFACTOR 0.5 + GUANFACTOR 0.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Hydrogen-bond scoring function (also Metal-acceptor, C.cat - acceptor) +SECTION POLAR + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 3.4 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.05 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 0.6 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 80.0 + A2 180.0 + DA2MIN 60.0 + DA2MAX 100.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE TRUE + ABS_DR12 TRUE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 5.31 + INCR 3.36 + ATTR TRUE + LP_OSP2 TRUE + LP_PHI 45 + LP_DPHIMIN 15 + LP_DPHIMAX 30 + LP_DTHETAMIN 20 + LP_DTHETAMAX 60 +END_SECTION + +################################################################################ +# Repulsive polar scoring function (donor-donor, acceptor-acceptor, metal-donor, C.cat-donor etc) +SECTION REPUL + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 5.0 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.6 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 1.1 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 60.0 + A2 180.0 + DA2MIN 30.0 + DA2MAX 60.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE FALSE + ABS_DR12 FALSE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 5.32 + INCR 3.51 + ATTR FALSE + LP_OSP2 FALSE +END_SECTION + +################################################################################ +# Aromatic (pi-pi) scoring function, also used for cation-pi +#SECTION AROM +# SCORING_FUNCTION RbtAromIdxSF +# WEIGHT -1.8 +# R12 3.5 +# DR12MIN 0.25 +# DR12MAX 0.6 +# DAMIN 20.0 +# DAMAX 30.0 +# GRIDSTEP 0.5 +# RANGE 4.1 +# INCR 4.1 +#END_SECTION + +################################################################################ +# Van der Waals scoring function +SECTION VDW + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.0 + USE_4_8 FALSE + USE_TRIPOS FALSE + RMAX 1.5 + ECUT 120.0 + E0 1.5 + FAST_SOLVENT TRUE +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtIntraSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intra-ligand scoring function +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtIntraSF.prm#2 $ + +SECTION VDW + SCORING_FUNCTION RbtVdwIntraSF + WEIGHT 1.0 + USE_4_8 FALSE + USE_TRIPOS TRUE + RMAX 1.5 + ECUT 120 + E0 1.5 +END_SECTION + +SECTION POLAR + SCORING_FUNCTION RbtPolarIntraSF + WEIGHT 3.4 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.05 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 0.6 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 80.0 + A2 180.0 + DA2MIN 60.0 + DA2MAX 100.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE TRUE + ABS_DR12 TRUE + RANGE 4.41 + ATTR TRUE + TRACE 0 + LP_OSP2 TRUE + LP_PHI 45 + LP_DPHIMIN 15 + LP_DPHIMAX 30 + LP_DTHETAMIN 20 + LP_DTHETAMAX 60 +END_SECTION + +SECTION REPUL + SCORING_FUNCTION RbtPolarIntraSF + WEIGHT 5.0 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.6 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 1.1 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 60.0 + A2 180.0 + DA2MIN 30.0 + DA2MAX 60.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE FALSE + ABS_DR12 FALSE + RANGE 5.32 + ATTR FALSE + LP_OSP2 FALSE +END_SECTION + +SECTION DIHEDRAL + SCORING_FUNCTION RbtDihedralIntraSF + WEIGHT 0.5 + IMPL_H_CORR TRUE +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtIonicAtoms.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,197 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Receptor ionic atom definitions +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtIonicAtoms.prm#2 $ +################################################################################ +# +# Revision history: +# +# 21 Nov 2001 (DM) Added Heme Fe entries +# 19 Oct 2001 (DM) Extended list of metal ions +# 13 Jun 2000 (DM) Branched from RbtRNAScoringFunction.prm +# New format for ionic atoms (separate section for each residue) +# +################################################################################ +# Formal charges for RNA atoms +# +# A/ADE +# +SECTION A + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION + +SECTION ADE + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION +# +# C/CYT +# +SECTION C + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION + +SECTION CYT + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION +# +# G/GUA +# +SECTION G + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION + +SECTION GUA + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION +# +# U/URA +# +SECTION U + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION + +SECTION URA + O1P -0.5 + O2P -0.5 +END_SECTION + +################################################################################# +# Formal charges for amino acids +# +# LYS+ +# +SECTION LYS + HZ1 +0.333 + HZ2 +0.333 + HZ3 +0.333 +END_SECTION +# +# ARG+ +# +SECTION ARG + HE +0.167 + HH11 +0.167 + HH12 +0.167 + HH21 +0.167 + HH22 +0.167 + CZ +0.167 +END_SECTION +# +# HSP+ +# +SECTION HSP + HD1 +0.333 + HE2 +0.333 + CE1 +0.333 +END_SECTION + +SECTION HIS + MANDATORY HD1,HE2 + HD1 +0.333 + HE2 +0.333 + CE1 +0.333 +END_SECTION +# +# ASP- +# +SECTION ASP + FORBIDDEN HD1,HD2 + OD1 -0.5 + OD2 -0.5 +END_SECTION +# +# GLU- +# +SECTION GLU + FORBIDDEN HE1,HE2 + OE1 -0.5 + OE2 -0.5 +END_SECTION + +################################################################################# +# Formal charges for metal cations +# +SECTION NA + NA +1.0 +END_SECTION + +SECTION MG + MG +1.0 +END_SECTION + +SECTION K + K +1.0 +END_SECTION + +SECTION CA + CA +1.0 +END_SECTION + +SECTION V + V +1.0 +END_SECTION + +SECTION MN + MN +1.0 +END_SECTION + +SECTION FE + FE +1.0 +END_SECTION + +# Specific entries for GOLD PDB test set +SECTION FS4 + FE1 +1.0 + FE2 +1.0 + FE3 +1.0 + FE4 +1.0 +END_SECTION + +SECTION HEM + FE +1.0 +END_SECTION + +SECTION NI + NI +1.0 +END_SECTION + +SECTION ZN + ZN +1.0 +END_SECTION + +# Specific entries for ASTEX MOL2 test set +SECTION HG + HG +1.0 +END_SECTION + +SECTION CD + CD +1.0 +END_SECTION + +SECTION FS + FE1 +1.0 + FE2 +1.0 + FE3 +1.0 + FE4 +1.0 +END_SECTION + +SECTION CO + CO +1.0 +END_SECTION + +#These metals occur in undefined residues +SECTION UNK + MG +1.0 + MN +1.0 + ZN +1.0 + FE1 +1.0 + FE2 +1.0 + FE3 +1.0 + FE4 +1.0 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtPMFIdxSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,46 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Protein-ligand PMF (indexed version) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtPMFIdxSF.prm#2 $ +################################################################################ +# +# Revision history: +# +# References: +# +################################################################################ +# Constant scoring function +# Represents loss of translation, rotational entropy of ligand +SECTION CONST + SCORING_FUNCTION RbtConstSF + WEIGHT +5.4 # Free-energy weighting +END_SECTION + +################################################################################ +# Rotational scoring function +# Represents loss of torsional entropy of ligand +SECTION ROT + SCORING_FUNCTION RbtRotSF + WEIGHT +1.0 # Free-energy weighting +END_SECTION + +################################################################################ +# Setup PMF atom types +SECTION SETUP_PMF + SCORING_FUNCTION RbtSetupPMFSF +END_SECTION + +################################################################################ +# Intermolecular PMF +SECTION PMF + SCORING_FUNCTION RbtPMFIdxSF + SLOPE -3.0 # slope of the repulsive short-range linear term + CC_CUTOFF 6.0 # count only shorter C_receptor - C_ligand interactions + WEIGHT 1.0 + GRIDSTEP 1.0 # indexed grid distance (need not be dense) + BORDER 1.0 # + PMFDIR data/pmf # ${RBT_ROOT/}data/pmf where the .pmfs are +END_SECTION +############################################################################### +# OVERALL_CUTOFF 9.0 # value of overall cutoff (similar to C cutoff but for all types) + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtSolvGridSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,104 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intermolecular scoring function (with SOLVATION, grid-based VDW) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtSolvGridSF.prm#3 $ + +################################################################################ +# Constant scoring function +# Represents loss of translation, rotational entropy of ligand +SECTION CONST + SCORING_FUNCTION RbtConstSF + WEIGHT +5.4 +END_SECTION + +################################################################################ +# Rotational scoring function +# Represents loss of torsional entropy of ligand +SECTION ROT + SCORING_FUNCTION RbtRotSF + WEIGHT +1.0 +END_SECTION + +################################################################################ +# Pseudo SFs for setting up atomic attributes for polar and lipo atoms +SECTION SETUP_POLAR + SCORING_FUNCTION RbtSetupPolarSF + RADIUS 5.0 + NORM 25 + POWER 0.5 + CHGFACTOR 0.5 + GUANFACTOR 0.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Hydrogen-bond scoring function (also Metal-acceptor, C.cat - acceptor) +SECTION POLAR + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 5.0 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.05 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 0.6 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 80.0 + A2 180.0 + DA2MIN 60.0 + DA2MAX 100.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE TRUE + ABS_DR12 TRUE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 4.41 + INCR 2.46 + ATTR TRUE + LP_OSP2 TRUE + LP_PHI 45 + LP_DPHIMIN 15 + LP_DPHIMAX 30 + LP_DTHETAMIN 20 + LP_DTHETAMAX 60 +END_SECTION + +################################################################################ +# +# VDW SCORING FUNCTIONS +# Two precalculated grids are loaded with different values of ECUT +# Each is initially disabled +# We also load an indexed-grid version which is enabled +# +SECTION VDW1 + SCORING_FUNCTION RbtVdwGridSF + WEIGHT 1.5 + GRID _vdw1.grd + SMOOTHED FALSE + ENABLED FALSE +END_SECTION + +SECTION VDW5 + SCORING_FUNCTION RbtVdwGridSF + WEIGHT 1.5 + GRID _vdw5.grd + SMOOTHED FALSE + ENABLED FALSE +END_SECTION + +SECTION VDW + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.5 + USE_4_8 FALSE + USE_TRIPOS FALSE + RMAX 1.5 + ECUT 120.0 + E0 1.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Desolvation scoring function +SECTION SOLV + SCORING_FUNCTION RbtSAIdxSF + WEIGHT 0.5 + GRIDSTEP 0.5 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtSolvIdxSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,90 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intermolecular scoring function (with SOLVATION, indexed VDW) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtSolvIdxSF.prm#3 $ + +################################################################################ +# Constant scoring function +# Represents loss of translation, rotational entropy of ligand +# DM 14 June 2006 - also calculates solvent penalty for all enabled solvent +# SOLVENT_PENALTY is defined as a fraction of the ligand binding penalty +# i.e. ligand binding penalty = 1.0 * WEIGHT +# solvent binding penalty = N(enabled solvent) * SOLVENT_PENALTY * WEIGHT +# 0.37 * 5.4 = 2.0 kJ/mol, which corresponds to GOLD Chemscore penalty +# Verdonk et al, J. Med. Chem. 2005 (48) 6504-6515 +SECTION CONST + SCORING_FUNCTION RbtConstSF + SOLVENT_PENALTY 0.37 + WEIGHT +5.4 +END_SECTION + +################################################################################ +# Rotational scoring function +# Represents loss of torsional entropy of ligand +SECTION ROT + SCORING_FUNCTION RbtRotSF + WEIGHT +1.0 +END_SECTION + +################################################################################ +# Pseudo SFs for setting up atomic attributes for polar and lipo atoms +SECTION SETUP_POLAR + SCORING_FUNCTION RbtSetupPolarSF + RADIUS 5.0 + NORM 25 + POWER 0.5 + CHGFACTOR 0.5 + GUANFACTOR 0.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Hydrogen-bond scoring function (also Metal-acceptor, C.cat - acceptor) +SECTION POLAR + SCORING_FUNCTION RbtPolarIdxSF + WEIGHT 5.0 + R12FACTOR 1.0 + R12INCR 0.05 + DR12MIN 0.25 + DR12MAX 0.6 + A1 180.0 + DA1MIN 30.0 + DA1MAX 80.0 + A2 180.0 + DA2MIN 60.0 + DA2MAX 100.0 + INCMETAL TRUE + INCHBD TRUE + INCHBA TRUE + INCGUAN TRUE + GUAN_PLANE TRUE + ABS_DR12 TRUE + GRIDSTEP 0.5 + RANGE 5.31 + INCR 3.36 + ATTR TRUE + LP_OSP2 TRUE + LP_PHI 45 + LP_DPHIMIN 15 + LP_DPHIMAX 30 + LP_DTHETAMIN 20 + LP_DTHETAMAX 60 +END_SECTION + +################################################################################ +# Van der Waals scoring function +SECTION VDW + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.5 + USE_4_8 FALSE + USE_TRIPOS FALSE + RMAX 1.5 + ECUT 120.0 + E0 1.5 +END_SECTION + +################################################################################ +# Desolvation scoring function +SECTION SOLV + SCORING_FUNCTION RbtSAIdxSF + WEIGHT 0.5 + GRIDSTEP 0.5 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/RbtTargetSF.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,9 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Intra-target scoring function +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/RbtTargetSF.prm#2 $ + +SECTION DIHEDRAL + SCORING_FUNCTION RbtDihedralTargetSF + WEIGHT 0.5 + IMPL_H_CORR TRUE +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/Tripos52_dihedrals.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,247 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Dihedral parameters from Tripos 5.2 forcefield +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/Tripos52_dihedrals.prm#2 $ +################################################################################ +# +# Revision history: +# +# 05 Dec 2003 (DM) Added extra params by analogy, and from COSMIC(90)! +# to cover all GOLD/FLEXX/NA ligands (except sulphonamide params) +# 09 May 2002 (DM) Initial version from J Comp Chem, 10 (1989) 982-1012 +################################################################################ +# +DEFAULT 0.200,+3 + +SECTION C.1_C.1 + *_* 0.000,+1 +END_SECTION + +SECTION C.1_C.2 + *_* 0.000,+1 +END_SECTION + +SECTION C.2_C.2 + *_* 1.424,-2 +END_SECTION + +SECTION C.1_C.3 + *_* 0.000,+1 +END_SECTION + +SECTION C.2_C.3 + *_* 0.120,-3 + *_C.2 0.126,+3 + *_C.3 0.126,+3 + *_H 0.274,+3 + O.2_C.3 0.700,-3 + C.2_C.2 0.126,-3 + C.2_H 0.273,-3 + C.3_C.2 0.126,+3 + C.3_C.3 0.126,+3 + C.3_H 0.274,+3 + H_C.2 0.274,+3 + H_C.3 0.274,+3 + H_H 0.274,+3 + C.2_* 0.126,-3 + H_* 0.274,+3 + C.2_C.3 0.126,-3 +END_SECTION + +SECTION C.3_C.3 + *_* 0.200,+3 + C.2_C.2 0.040,+3 + C.2_C.3 0.126,+3 + C.3_C.2 0.126,+3 + C.3_C.3 0.500,+3 + *_H 0.320,+3 + H_* 0.320,+3 +END_SECTION + +SECTION C.1_C.ar + *_* 0.000,+1 +END_SECTION + +SECTION C.2_C.ar + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.cat_C.ar + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_C.ar + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_C.ar + *_* 0.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.1_N.2 + *_* 0.000,+1 +END_SECTION + +SECTION C.2_N.2 + *_* 12.00,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_N.2 + *_* 0.400,-3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_N.2 + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION N.2_N.2 + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.2_N.3 + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION C.3_N.3 + *_* 0.200,+3 +END_SECTION + +SECTION C.3_N.4 + *_* 0.200,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_N.3 + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_N.4 + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION N.3_N.3 + *_* 0.200,+3 +END_SECTION + +SECTION C.2_N.am + *_* 6.460,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_N.am + *_* 0.200,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_N.am + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION N.2_N.am + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION N.3_N.am + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION N.4_N.am + *_* 0.120,-3 +END_SECTION + +SECTION N.am_N.am + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.2_N.pl3 + *_* 12.00,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_N.pl3 + *_* 0.400,-3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_N.pl3 + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION N.2_N.pl3 + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION N.pl3_N.pl3 + *_* 1.600,-2 +END_SECTION + +SECTION C.2_O.3 + *_* 5.800,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_O.3 + *_* 1.200,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_O.3 + *_* 1.200,-2 +END_SECTION + +SECTION N.2_O.3 + *_* 1.000,+2 +END_SECTION + +SECTION N.3_O.3 + *_* 0.200,+3 +END_SECTION + +SECTION N.am_O.3 + *_* 1.000,-2 +END_SECTION + +SECTION N.pl3_O.3 + *_* 1.000,-2 +END_SECTION + +SECTION C.2_P.3 + *_* 1.000,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_P.3 + *_* 0.400,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_P.3 + *_* 1.000,+3 +END_SECTION + +SECTION O.3_P.3 + *_* 0.400,+3 +END_SECTION + +SECTION C.2_S.2 + *_* 1.000,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_S.2 + *_* 0.400,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_S.2 + *_* 1.000,+3 +END_SECTION + +SECTION N.3_S.2 + *_* 0.400,+3 +END_SECTION + +SECTION C.2_S.3 + *_* 1.000,-2 +END_SECTION + +SECTION C.3_S.3 + *_* 0.400,+3 +END_SECTION + +SECTION C.ar_S.3 + *_* 1.000,+3 +END_SECTION + +SECTION S.3_S.3 + *_* 4.000,+3 +END_SECTION +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/Tripos52_vdw.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,324 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE vdW parameters from Tripos 5.2 forcefield and GOLD paper +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/Tripos52_vdw.prm#2 $ +################################################################################ +# +# Revision history: +# +# 15 May 2002 (DM) Added extended types (carbons with implicit Hs, +# plus polar H) +# 13 May 2002 (DM) Initial version from J Comp Chem, 10 (1989) 982-1012 +# and J Mol Biol, 267 (1997) 727-748 +################################################################################ +# +# Hydrogen +# +SECTION H + R 1.500 + K 0.042 + IP 13.60 + POL 4.00 +END_SECTION + +SECTION H.P + R 1.200 + K 0.042 + IP 13.60 + POL 4.00 + isHBD TRUE +END_SECTION +# +# Carbon +# +SECTION C.cat + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.3 + R 1.700 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 13.80 +END_SECTION +# +# Increment R by 0.1 for each implicit hydrogen +# Need to adjust POL to maintain same well depth +# Leave K untouched for now + + +SECTION C.3.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.3.H2 + R 1.900 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 19.27 +END_SECTION + +SECTION C.3.H3 + R 2.000 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 22.47 +END_SECTION + +SECTION C.2 + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.2.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.2.H2 + R 1.900 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 19.27 +END_SECTION + +SECTION C.ar + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.ar.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.1 + R 1.700 + K 0.107 + IP 17.47 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.1.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 17.47 + POL 16.38 +END_SECTION +# +# Nitrogen +# +SECTION N.4 + R 1.550 + K 0.095 + IP 33.29 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.3 + R 1.550 + K 0.095 + IP 18.93 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.pl3 + R 1.550 + K 0.095 + IP 19.72 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.am + R 1.550 + K 0.095 + IP 19.72 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.2 + R 1.550 + K 0.095 + IP 22.10 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.ar + R 1.550 + K 0.095 + IP 22.10 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.1 + R 1.550 + K 0.095 + IP 23.91 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION +# +# Oxygen +# +SECTION O.co2 + R 1.520 + K 0.116 + IP 35.12 + POL 5.4 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION O.3 + R 1.520 + K 0.116 + IP 24.39 + POL 5.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION O.2 + R 1.520 + K 0.116 + IP 26.65 + POL 5.40 + isHBA TRUE +END_SECTION +# +# Sulphur +# +SECTION S.3 + R 1.800 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.o + R 1.700 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.o2 + R 1.700 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.2 + R 1.800 + K 0.314 + IP 17.78 + POL 29.40 +END_SECTION +# +# Phosphorous +# +SECTION P.3 + R 1.800 + K 0.314 + IP 16.78 + POL 40.6 +END_SECTION +# +# Halides +# +SECTION F + R 1.470 + K 0.109 + IP 20.86 + POL 3.70 +END_SECTION + +SECTION Cl + R 1.750 + K 0.314 + IP 15.03 + POL 21.80 +END_SECTION + +SECTION Br + R 1.850 + K 0.434 + IP 13.10 + POL 31.20 +END_SECTION + +SECTION I + R 1.980 + K 0.623 + IP 12.67 + POL 49.00 +END_SECTION +# +# Metals +# +SECTION Na + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION K + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION Ca + R 1.200 + K 0.600 +END_SECTION + +SECTION Mg + R 1.200 + K 0.600 +END_SECTION + +SECTION Li + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION Al + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION + +SECTION Si + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION +# +# Undefined types +# +SECTION UNDEFINED + R 1.200 + K 0.600 +END_SECTION + +SECTION Du + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION + +SECTION LP + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/Tripos52_vdw.prm.old Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,319 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE vdW parameters from Tripos 5.2 forcefield and GOLD paper +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/Tripos52_vdw.prm#2 $ +################################################################################ +# +# Revision history: +# +# 15 May 2002 (DM) Added extended types (carbons with implicit Hs, +# plus polar H) +# 13 May 2002 (DM) Initial version from J Comp Chem, 10 (1989) 982-1012 +# and J Mol Biol, 267 (1997) 727-748 +################################################################################ +# +# Hydrogen +# +SECTION H + R 1.500 + K 0.042 + IP 13.60 + POL 4.00 +END_SECTION + +SECTION H.P + R 1.200 + K 0.042 + IP 13.60 + POL 4.00 + isHBD TRUE +END_SECTION +# +# Carbon +# +SECTION C.cat + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.3 + R 1.700 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 13.80 +END_SECTION +# +# Increment R by 0.1 for each implicit hydrogen +# Need to adjust POL to maintain same well depth +# Leave K untouched for now + + +SECTION C.3.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.3.H2 + R 1.900 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 19.27 +END_SECTION + +SECTION C.3.H3 + R 2.000 + K 0.107 + IP 14.61 + POL 22.47 +END_SECTION + +SECTION C.2 + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.2.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.2.H2 + R 1.900 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 19.27 +END_SECTION + +SECTION C.ar + R 1.700 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.ar.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 15.62 + POL 16.38 +END_SECTION + +SECTION C.1 + R 1.700 + K 0.107 + IP 17.47 + POL 13.80 +END_SECTION + +SECTION C.1.H1 + R 1.800 + K 0.107 + IP 17.47 + POL 16.38 +END_SECTION +# +# Nitrogen +# +SECTION N.4 + R 1.550 + K 0.095 + IP 33.29 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.3 + R 1.550 + K 0.095 + IP 18.93 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.pl3 + R 1.550 + K 0.095 + IP 19.72 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.am + R 1.550 + K 0.095 + IP 19.72 + POL 8.40 +END_SECTION + +SECTION N.2 + R 1.550 + K 0.095 + IP 22.10 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.ar + R 1.550 + K 0.095 + IP 22.10 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION N.1 + R 1.550 + K 0.095 + IP 23.91 + POL 8.40 + isHBA TRUE +END_SECTION +# +# Oxygen +# +SECTION O.co2 + R 1.520 + K 0.116 + IP 35.12 + POL 5.4 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION O.3 + R 1.520 + K 0.116 + IP 24.39 + POL 5.40 + isHBA TRUE +END_SECTION + +SECTION O.2 + R 1.520 + K 0.116 + IP 26.65 + POL 5.40 + isHBA TRUE +END_SECTION +# +# Sulphur +# +SECTION S.3 + R 1.800 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.o + R 1.700 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.o2 + R 1.700 + K 0.314 + IP 15.50 + POL 29.40 +END_SECTION + +SECTION S.2 + R 1.800 + K 0.314 + IP 17.78 + POL 29.40 +END_SECTION +# +# Phosphorous +# +SECTION P.3 + R 1.800 + K 0.314 + IP 16.78 + POL 40.6 +END_SECTION +# +# Halides +# +SECTION F + R 1.470 + K 0.109 + IP 20.86 + POL 3.70 +END_SECTION + +SECTION Cl + R 1.750 + K 0.314 + IP 15.03 + POL 21.80 +END_SECTION + +SECTION Br + R 1.850 + K 0.434 + IP 13.10 + POL 31.20 +END_SECTION + +SECTION I + R 1.980 + K 0.623 + IP 12.67 + POL 49.00 +END_SECTION +# +# Metals +# +SECTION Na + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION K + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION Ca + R 1.200 + K 0.600 +END_SECTION + +SECTION Li + R 1.200 + K 0.400 +END_SECTION + +SECTION Al + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION + +SECTION Si + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION +# +# Undefined types +# +SECTION UNDEFINED + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION + +SECTION Du + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION + +SECTION LP + R 1.200 + K 0.042 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/calcgrid_vdw1.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE vdw potential (4-8 functional form, ECUT=1.0) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/calcgrid_vdw1.prm#2 $ + +SECTION VDW_1 + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.0 # Free-energy weighting + USE_4_8 TRUE # TRUE = Use 4-8 potential (Ref (16)) + USE_TRIPOS FALSE # FALSE = IP/POL method for kij + RMAX 1.5 # Truncate at RMAX*rmin + ECUT 1.0 # Switch to quadratic at E=ECUT*kij + E0 1.5 # At r=0, E=E0*ECUT*kij + TRACE 0 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/calcgrid_vdw5.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE vdw potential (4-8 functional form, ECUT=5.0) +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/calcgrid_vdw5.prm#2 $ + +SECTION VDW_5 + SCORING_FUNCTION RbtVdwIdxSF + WEIGHT 1.0 # Free-energy weighting + USE_4_8 TRUE # TRUE = Use 4-8 potential (Ref (16)) + USE_TRIPOS FALSE # FALSE = IP/POL method for kij + RMAX 1.5 # Truncate at RMAX*rmin + ECUT 5.0 # Switch to quadratic at E=ECUT*kij + E0 1.5 # At r=0, E=E0*ECUT*kij + TRACE 0 +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/sf/solvation_asp.prm Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,353 @@ +RBT_PARAMETER_FILE_V1.00 +TITLE Params for quick SASA calculation and ASP solvation +VERSION $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/sf/solvation_asp.prm#2 $ + +SECTION UNDEFINED + R 1.200 + P 1.000 + ASP 0.000 +END_SECTION +# +# Carbon +# +SECTION C_sp3 + R 1.700 + P 2.149 + ASP 0.8438 +END_SECTION + +SECTION CH_sp3 + R 1.800 + P 1.276 + ASP 0.0114 +END_SECTION + +SECTION CH2_sp3 + R 1.900 + P 1.045 + ASP 0.0046 +END_SECTION + +SECTION CH3_sp3 + R 2.000 + P 0.880 + ASP 0.0064 +END_SECTION + +SECTION C_sp2 + R 1.720 + P 1.554 + ASP 0.0789 +END_SECTION + +SECTION CH_sp2 + R 1.800 + P 1.073 + ASP -0.0014 +END_SECTION + +SECTION CH2_sp2 + R 1.800 + P 0.961 + ASP 0.0095 +END_SECTION + +SECTION C_sp2p + R 1.720 + P 1.554 +# ASP -2.3757 +# ASP -1.18785 + ASP -0.7919 + CHG_SCALING TRUE +END_SECTION + +SECTION C_ar + R 1.720 + P 1.554 + ASP 0.0170 +END_SECTION + +SECTION CH_ar + R 1.800 + P 1.073 + ASP -0.0143 +END_SECTION + +SECTION C_sp + R 1.780 + P 0.737 + ASP -0.0052 +END_SECTION + +SECTION C_sp3_P + R 1.700 + P 2.149 + ASP -0.0473 +END_SECTION + +SECTION CH_sp3_P + R 1.800 + P 1.276 + ASP -0.0394 +END_SECTION + +SECTION CH2_sp3_P + R 1.900 + P 1.045 + ASP -0.0078 +END_SECTION + +SECTION CH3_sp3_P + R 2.000 + P 0.880 + ASP 0.0033 +END_SECTION + +SECTION C_sp2_P + R 1.720 + P 1.554 + ASP -0.2609 +END_SECTION + +SECTION CH_sp2_P + R 1.800 + P 1.073 + ASP -0.0227 +END_SECTION + +SECTION CH2_sp2_P + R 1.800 + P 0.961 + ASP -0.0050 +END_SECTION + +SECTION C_ar_P + R 1.720 + P 1.554 + ASP 0.0759 +END_SECTION + +SECTION CH_ar_P + R 1.800 + P 1.073 + ASP -0.0015 +END_SECTION +# +# Hydrogen +# +SECTION H + R 1.200 + P 1.000 + ASP 0.000 +END_SECTION + +SECTION HO + R 1.000 + P 0.944 + ASP 0.0499 +END_SECTION + +SECTION HN + R 1.100 + P 1.128 + ASP -0.0242 +END_SECTION + +SECTION HNp + R 1.200 + P 1.049 +# ASP -5.854 +# ASP -2.927 + ASP -1.951333 + CHG_SCALING TRUE +END_SECTION + +SECTION HS + R 1.200 + P 0.928 + ASP 0.0487 +END_SECTION +# +# Oxygen +# +SECTION O_sp3 + R 1.520 + P 1.080 + ASP -0.1380 +END_SECTION + +SECTION OH_sp3 + R 1.520 + P 1.080 + ASP -0.2720 +END_SECTION + +# DM 17 Jan 2006 - new type for water oxygen +# ASP value is undetermined at present +SECTION OW + R 1.520 + P 1.080 + ASP 0.000 +END_SECTION + +SECTION O_tri + R 1.520 + P 1.080 + ASP 0.0965 +END_SECTION + +SECTION OH_tri + R 1.520 + P 1.080 + ASP -0.0985 +END_SECTION + +SECTION O_sp2 + R 1.500 + P 0.926 + ASP -0.1122 +END_SECTION + +SECTION ON + R 1.500 + P 0.926 + ASP -0.0055 +END_SECTION + +SECTION Om + R 1.700 + P 0.922 +# ASP -2.1509 +# ASP -1.07545 + ASP -0.71696667 + CHG_SCALING TRUE +END_SECTION +# +# Nitrogen +# +SECTION N_sp3 + R 1.600 + P 1.215 + ASP -0.6249 +END_SECTION + +SECTION NH_sp3 + R 1.600 + P 1.215 + ASP -0.3960 +END_SECTION + +SECTION NH2_sp3 + R 1.600 + P 1.215 + ASP -0.2150 +END_SECTION + +SECTION N_sp3p + R 1.600 + P 1.215 + ASP -0.1186 +END_SECTION + +SECTION N_tri + R 1.550 + P 1.028 + ASP -0.2300 +END_SECTION + +SECTION NH_tri + R 1.550 + P 1.028 + ASP -0.4149 +END_SECTION + +SECTION NH2_tri + R 1.550 + P 1.028 + ASP -0.1943 +END_SECTION + +SECTION N_sp2 + R 1.550 + P 1.413 + ASP -0.0768 +END_SECTION + +SECTION N_sp2p + R 1.550 + P 1.413 + ASP -0.2744 +END_SECTION + +SECTION N_ar + R 1.550 + P 1.413 + ASP -0.5310 +END_SECTION + +# P value is nominal, not in HHS paper +SECTION N_sp + R 1.550 + P 1.000 + ASP -0.1208 +END_SECTION +# +# Sulphur +# +SECTION S_sp3 + R 1.800 + P 1.121 + ASP -0.0685 +END_SECTION + +SECTION S_sp2 + R 1.800 + P 1.121 + ASP -0.0314 +END_SECTION +# +# Phosphorous +# +SECTION P + R 1.800 + P 1.589 + ASP -1.2750 +END_SECTION +# +# Halides +# +SECTION F + R 1.470 + P 0.906 + ASP 0.0043 +END_SECTION + +SECTION Cl + R 1.750 + P 0.906 + ASP -0.0096 +END_SECTION + +SECTION Br + R 1.850 + P 0.898 + ASP -0.0194 +END_SECTION + +SECTION I + R 1.980 + P 0.876 + ASP -0.0189 +END_SECTION +# +# Single type for metals at present +# +SECTION Metal +# R 1.200 + R 0.700 + P 1.000 +# ASP -5.000 +# ASP -2.500 + ASP -1.6667 + CHG_SCALING TRUE +END_SECTION
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/rdock/data/top_all22_prot_na.inp Mon Aug 29 09:07:58 2016 -0400 @@ -0,0 +1,124 @@ +*>>>>>>>>> Combined Residue Topology File for Proteins <<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> and Nucleic Acids <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>> Using All Hydrogens (ALLH) <<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> January 1996 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< +*>>>>>>> Direct comments to Alexander D. MacKerell Jr. <<<<<<<<< +*>>>>>> 410-706-7442 or email: alex,mmiris.ab.umd.edu <<<<<<<<< +* These files are a beta release; additional parameter development +* and testing may lead to alteration of the contents. +* +* $Id: //depot/dev/client3/rdock/2013.1/data/top_all22_prot_na.inp#2 $ +* +* 30 Apr 1999 (D Morley, RiboTargets) +* Modified for RiboDock: +* Added hybridisation state tags to comment field +* Removed all but the MASS records (added element name) +* + 22 1 +MASS 1 H 1.00800 H ! polar H (RBT::SP3) +MASS 2 HC 1.00800 H ! N-ter H (RBT::SP3) +MASS 3 HA 1.00800 H ! nonpolar H (RBT::SP3) +MASS 4 HT 1.00800 H ! TIPS3P WATER HYDROGEN (RBT::SP3) +MASS 5 HP 1.00800 H ! aromatic H (RBT::SP3) +MASS 6 HB 1.00800 H ! backbone H (RBT::SP3) +MASS 7 HR1 1.00800 H ! his he1, (+) his HG,HD2 (RBT::SP3) +MASS 8 HR2 1.00800 H ! (+) his HE1 (RBT::SP3) +MASS 9 HR3 1.00800 H ! neutral his HG, HD2 (RBT::SP3) +MASS 10 HS 1.00800 H ! thiol hydrogen (RBT::SP3) +MASS 11 HA1 1.00800 H ! for alkene; RHC=CR (RBT::SP3) +MASS 12 HA2 1.00800 H ! for alkene; H2C=CR (RBT::SP3) +MASS 20 C 12.01100 C ! polar C (RBT::SP2) +MASS 21 CA 12.01100 C ! aromatic C (RBT::SP2) +MASS 22 CT1 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH (RBT::SP3) +MASS 23 CT2 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2 (RBT::SP3) +MASS 24 CT3 12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3 (RBT::SP3) +MASS 25 CPH1 12.01100 C ! his CG and CD2 carbons (RBT::SP2) +MASS 26 CPH2 12.01100 C ! his CE1 carbon (RBT::SP2) +MASS 27 CPT 12.01100 C ! trp C between rings (RBT::SP2) +MASS 28 CY 12.01100 C ! TRP C in pyrrole ring (RBT::SP2) +MASS 29 CP1 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CA) (RBT::SP3) +MASS 30 CP2 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CB/CG) (RBT::SP3) +MASS 31 CP3 12.01100 C ! tetrahedral C (proline CD) (RBT::SP3) +MASS 32 CC 12.01100 C ! carbonyl C for sidechains asn,asp,gln,glu (RBT::SP2) +MASS 33 CD 12.01100 C ! carbonyl C for none amides, asp,glu,cter (RBT::SP2) +MASS 34 CPA 12.01100 C ! heme alpha-C +MASS 35 CPB 12.01100 C ! heme beta-C +MASS 36 CPM 12.01100 C ! heme meso-C +MASS 37 CM 12.01100 C ! heme CO carbon (RBT::SP2) +MASS 38 CS 12.01100 C ! thiolate carbon +MASS 39 CE1 12.01100 C ! for alkene; RHC=CR +MASS 40 CE2 12.01100 C ! for alkene; H2C=CR +MASS 50 N 14.00700 N ! proline N (RBT::TRI) +MASS 51 NR1 14.00700 N ! neutral his protonated ring nitrogen (RBT::TRI) +MASS 52 NR2 14.00700 N ! neutral his unprotonated ring nitrogen (RBT::SP2) +MASS 53 NR3 14.00700 N ! charged his ring nitrogen (RBT::TRI) +MASS 54 NH1 14.00700 N ! peptide nitrogen (RBT::TRI) +MASS 55 NH2 14.00700 N ! amide nitrogen (RBT::TRI) +MASS 56 NH3 14.00700 N ! ammonium nitrogen (RBT::SP3) +MASS 57 NC2 14.00700 N ! guanidinium nitroogen (RBT::TRI) +MASS 58 NY 14.00700 N ! TRP N in pyrrole ring (RBT::TRI) +MASS 59 NP 14.00700 N ! Proline ring NH2+ (N-terminal) (RBT::SP3) +MASS 60 NPH 14.00700 N ! heme pyrrole N (RBT::TRI) +MASS 70 O 15.99900 O ! carbonyl oxygen (RBT::SP2) +MASS 71 OB 15.99900 O ! carbonyl oxygen in acetic acid (RBT::SP2) +MASS 72 OC 15.99900 O ! carboxylate oxygen (RBT::SP2) +MASS 73 OH1 15.99900 O ! hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 74 OS 15.99940 O ! ester oxygen (RBT::SP3) +MASS 75 OT 15.99940 O ! TIPS3P WATER OXYGEN (RBT::SP3) +MASS 76 OM 15.99900 O ! heme CO/O2 oxygen (RBT::SP2) +MASS 81 S 32.06000 S ! sulphur (RBT::SP3) +MASS 82 SM 32.06000 S ! sulfur C-S-S-C type (RBT::SP3) +MASS 83 SS 32.06000 S ! thiolate sulfur +! +! nucleic acid section +!MASS 104 HT 1.008000 ! TIPS3P WATER HYDROGEN +MASS 106 HN1 1.008000 H ! Nucleic acid amine proton (RBT::SP3) +MASS 107 HN2 1.008000 H ! Nucleic acid ring nitrogen proton (RBT::SP3) +MASS 108 HN3 1.008000 H ! Nucleic acid aromatic carbon proton (RBT::SP3) +MASS 109 HN4 1.008000 H ! Nucleic acid phosphate hydroxyl proton (RBT::SP3) +MASS 110 HN5 1.008000 H ! Nucleic acid ribose hydroxyl proton (RBT::SP3) +MASS 111 HN6 1.008000 H ! Nucleic acid ribose aliphatic proton (RBT::SP3) +MASS 112 HN7 1.008000 H ! Nucleic acid proton (equivalent to protein HA) (RBT::SP3) +MASS 113 HN3B 1.008000 H ! NAD+ aromatic hydrogen (RBT::SP3) +MASS 128 CN1 12.011000 C ! Nucleic acid carbonyl carbon (RBT::SP2) +MASS 129 CN2 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon to amide (RBT::SP2) +MASS 130 CN3 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 131 CN4 12.011000 C ! Nucleic acid purine C8 and ADE C2 (RBT::SP2) +MASS 132 CN5 12.011000 C ! Nucleic acid purine C4 and C5 (RBT::SP2) +MASS 133 CN6 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 ribose ring carbon (RBT::SP3) +MASS 134 CN6B 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 ribose ring carbon, C1' (RBT::SP3) +MASS 135 CN6C 12.011000 C ! Nucleic acid sp3 deoxyribose ring carbon, C2' (RBT::SP3) +MASS 136 CN7 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT1) (RBT::SP3) +MASS 137 CN8 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT2) (RBT::SP3) +MASS 138 CN9 12.011000 C ! Nucleic acid carbon (equivalent to protein CT3) (RBT::SP3) +MASS 139 CN3A 12.011000 C ! NAD+ aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 140 CN3B 12.011000 C ! NAD+ aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 141 CN3C 12.011000 C ! NADH aromatic carbon (RBT::SP2) +MASS 142 CN3D 12.011000 C ! Nucleic acid aromatic carbon for 5MC (RBT::SP2) +MASS 143 CN1A 12.011000 C ! NAD+/NADH amide carbonyl carbon (RBT::SP2) +MASS 150 NN1 14.007000 N ! Nucleic acid amide nitrogen (RBT::TRI) +MASS 151 NN2 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen (RBT::TRI) +MASS 152 NN2U 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen, ura N3 (RBT::TRI) +MASS 153 NN2G 14.007000 N ! Nucleic acid protonated ring nitrogen, gua N1 (RBT::TRI) +MASS 154 NN3 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen (RBT::SP2) +MASS 155 NN4 14.007000 N ! Nucleic acid purine N7 (RBT::SP2) +MASS 156 NN5 14.007000 N ! Nucleic acid sp2 amine nitrogen (RBT::TRI) +MASS 157 NN3A 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, ade N1 and N3 (RBT::SP2) +MASS 158 NN3I 14.007000 N ! Nucleic acid unprotonated ring nitrogen, inosine N3 (RBT::SP2) +!MASS 164 OT 15.999400 ! TIPS3P WATER OXYGEN +MASS 165 ON1 15.999400 O ! Nucleic acid carbonyl oxygen (RBT::SP2) +MASS 166 ON1C 15.999400 O ! Nucleic acid carbonyl oxygen, cyt O2 (RBT::SP2) +MASS 167 ON2 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate ester oxygen (RBT::SP3) +MASS 168 ON3 15.999400 O ! Nucleic acid =O in phosphate (RBT::SP2) +MASS 169 ON4 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 170 ON5 15.999400 O ! Nucleic acid ribose hydroxyl oxygen (RBT::SP3) +MASS 171 ON6 15.999400 O ! Nucleic acid ribose ring oxygen (RBT::SP3) +MASS 172 ON2b 15.999400 O ! Nucleic acid phosphate ester oxygen, tyr-phosphate (RBT::SP3) +MASS 182 P 30.974000 P ! phosphorus (RBT::SP2) +MASS 183 P2 30.974000 P ! pyrophosphate phosphorus +MASS 192 SOD 22.989770 Na ! Sodium Ion +MASS 193 MG 24.305000 Mg ! Magnesium Ion + +* 1 Nov 2002 (DM) Dummy atom type +MASS 666 DUM 0.00000 DU ! Dummy atom +!MASS 199 DUM 0.001 ! dummy atom