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comparison pangenomeCogAnalysis_V1.pl @ 5:3d565ddc7b95 draft
Uploaded
author | mgarnier |
---|---|
date | Fri, 02 Jul 2021 19:02:28 +0000 |
parents | db4e1e6850b0 |
children | cf9da93e4145 |
comparison
equal
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inserted
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4:db4e1e6850b0 | 5:3d565ddc7b95 |
---|---|
242 ############################################### COG ############################################### | 242 ############################################### COG ############################################### |
243 | 243 |
244 # STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE -------------------------------------------- | 244 # STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE -------------------------------------------- |
245 my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria) | 245 my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria) |
246 my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches | 246 my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches |
247 my ($f,$l); | 247 #my ($f,$l); |
248 | 248 |
249 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order) | 249 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order) |
250 | 250 |
251 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # | 251 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # |
252 foreach $f (@files){ | 252 my $l = 0; |
253 $hCorrespondance{$f} = $list[$l++]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche | 253 foreach my $f (@files){ |
254 $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche | |
255 $l++; | |
254 } | 256 } |
255 | 257 |
256 # #Affichage du hash | 258 # #Affichage du hash |
257 # foreach $f (keys %hCorrespondance){ | 259 # foreach my $f (keys %hCorrespondance){ |
258 # print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n" | 260 # print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n" |
259 # } | 261 # } |
262 # exit; | |
260 | 263 |
261 # STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) ------------------------------------- | 264 # STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) ------------------------------------- |
262 my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce | 265 my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce |
263 my %species_names; # HASH -> key: nom d'espèce ; val: 1 | 266 my %species_names; # HASH -> key: nom d'espèce ; val: 1 |
264 | 267 |