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############################################### COG ###############################################

# STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE --------------------------------------------
my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria)
my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches 
my ($f,$l);

my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)

# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
foreach $f (@files){
    $hCorrespondance{$f} = $list[$l++]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
}

# #Affichage du hash
# foreach $f (keys %hCorrespondance){
#     print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n"
# }

# STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) -------------------------------------
my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce 
my %species_names; # HASH -> key: nom d'espèce ; val: 1 

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############################################### COG ###############################################

# STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE --------------------------------------------
my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria)
my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches 
#my ($f,$l);

my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)

# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
my $l = 0;
foreach my $f (@files){
    $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
    $l++;
}

# #Affichage du hash
# foreach my $f (keys %hCorrespondance){
#     print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n"
# }
# exit;

# STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) -------------------------------------
my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce 
my %species_names; # HASH -> key: nom d'espèce ; val: 1