Mercurial > repos > mgarnier > pangenome_cog_analysis
comparison pangenomeCogAnalysis_V1.pl @ 8:9132bdc6ce8b draft
Uploaded
author | mgarnier |
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date | Fri, 02 Jul 2021 19:45:01 +0000 |
parents | cf9da93e4145 |
children | ccb38fd085b2 |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
7:3f4e4e7d77ff | 8:9132bdc6ce8b |
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247 #my ($f,$l); | 247 #my ($f,$l); |
248 | 248 |
249 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order) | 249 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order) |
250 | 250 |
251 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # | 251 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # |
252 my $l = 0; | 252 my $l = 1; |
253 foreach my $f (@files){ | 253 foreach my $f (@files){ |
254 $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche | 254 $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche |
255 $l++; | 255 $l++; |
256 } | 256 } |
257 | 257 |
535 my $specie_name = $hSpecies{$strain_name}; | 535 my $specie_name = $hSpecies{$strain_name}; |
536 | 536 |
537 | 537 |
538 | 538 |
539 open (OUT5, "> Core/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n"; | 539 open (OUT5, "> Core/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n"; |
540 print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n"; | 540 print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n"; |
541 | 541 |
542 my $refcoregenes2 = $coregenes2{$i}; | 542 my $refcoregenes2 = $coregenes2{$i}; |
543 my %subhash = %$refcoregenes2; | 543 my %subhash = %$refcoregenes2; |
544 foreach my $gene (keys (%subhash)){ | 544 foreach my $gene (keys (%subhash)){ |
545 # print "$gene\n"; | 545 # print "$gene\n"; |
571 my $strain_name = $hCol_Annotated{$i}; | 571 my $strain_name = $hCol_Annotated{$i}; |
572 | 572 |
573 my $specie_name = $hSpecies{$strain_name}; | 573 my $specie_name = $hSpecies{$strain_name}; |
574 | 574 |
575 open (OUT6, "> GroupSpecific/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n"; | 575 open (OUT6, "> GroupSpecific/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n"; |
576 print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n"; | 576 print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n"; |
577 | 577 |
578 my $refGenes_of_OG = $Genes_of_OG{$i}; | 578 my $refGenes_of_OG = $Genes_of_OG{$i}; |
579 my %subhash = %$refGenes_of_OG; | 579 my %subhash = %$refGenes_of_OG; |
580 | 580 |
581 foreach my $orthogroup (keys (%subhash)){ | 581 foreach my $orthogroup (keys (%subhash)){ |