comparison pangenomeCogAnalysis_V1.pl @ 8:9132bdc6ce8b draft

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#my ($f,$l);

my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)

# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
my $l = 0;
foreach my $f (@files){
    $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
    $l++;
}

    my $specie_name = $hSpecies{$strain_name};



    open (OUT5, "> Core/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
    print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n";

    my $refcoregenes2 = $coregenes2{$i};
    my %subhash = %$refcoregenes2;
    foreach my $gene (keys (%subhash)){
    # print "$gene\n";

    my $strain_name = $hCol_Annotated{$i}; 
    
    my $specie_name = $hSpecies{$strain_name};

    open (OUT6, "> GroupSpecific/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
    print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n";

    my $refGenes_of_OG = $Genes_of_OG{$i};
    my %subhash = %$refGenes_of_OG;
    
    foreach my $orthogroup (keys (%subhash)){

8:9132bdc6ce8b

#my ($f,$l);

my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)

# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
my $l = 1;
foreach my $f (@files){
    $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
    $l++;
}

    my $specie_name = $hSpecies{$strain_name};



    open (OUT5, "> Core/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
    print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n";

    my $refcoregenes2 = $coregenes2{$i};
    my %subhash = %$refcoregenes2;
    foreach my $gene (keys (%subhash)){
    # print "$gene\n";

    my $strain_name = $hCol_Annotated{$i}; 
    
    my $specie_name = $hSpecies{$strain_name};

    open (OUT6, "> GroupSpecific/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
    print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n";

    my $refGenes_of_OG = $Genes_of_OG{$i};
    my %subhash = %$refGenes_of_OG;
    
    foreach my $orthogroup (keys (%subhash)){