comparison pangenomeCogAnalysis_V1.pl @ 6:cf9da93e4145 draft

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use strict;
use warnings;

my $num_args = $#ARGV + 1;
if ($num_args != 10) {
    print "Il n'y a pas le bon nombre d'arguments !\n";
    exit;
}

# INPUT_
my $matrix_file = $ARGV[0]; # fichier tabulé : une liste d'orthogroupes qui se retrouvent ou non dans les différentes souches
my $species_file = $ARGV[1]; # association de chaque souche à son espèce (fichier tabulé également)
my $annotation = $ARGV[2]; # collection de fichiers tabulés qui contiennent pour chaque gène la ou les catégories de COG associée(s)
my $order = $ARGV[3]; # cette entrée correspond simplement au nom des souches qui sont rentrées dans le même ordre que les fichiers d'annotation : cela permet de savoir pour un fichier COG à quelle souche et donc plus tard à quelle espèce il correspond
my $annotation_GFF = $ARGV[4]; # fichiers avec les GFF
my $order_GFF = $ARGV[5];

# OUTPUT_
my $output = $ARGV[6]; # liste des espèces avec leurs orthogroupes (présence-absence)
my $output2 = $ARGV[7]; # fichier des moyennes
my $output3 = $ARGV[8]; # fichier de la liste des valeurs pour chaque catégorie de COG et pour chaque espèce 
my $output4 = $ARGV[9]; # fichier avec les catégories de COG pour core-génome / génome accessoire / gènes spé


# print "ok\n";
# exit;

#//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

############################################### GFF ###############################################


my @order_gff = split(',', $order_GFF); # liste de l'ordre des souches 
my ($g,$o);

my %hgff_order = (); #HASH -> key: un fichier GFF ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation_GFF et $order_GFF)
my %Gene_position = ();
my %Cat_genes = ();

my %hash_of_genes = ();

# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
foreach $g (@list_gff){
    # print "$g\n"; 
    $hgff_order{$g} = $order_gff[$o++]; # on fait correspondre pour chaque fichier GFF, un nom de souche
    open (G, $g);
    while (<G>) {
        my @table_gff = split (/\t/, $_);
        my $chr = $table_gff[0];
        my $start = $table_gff[3];

6:cf9da93e4145

use strict;
use warnings;

my $num_args = $#ARGV + 1;
if ($num_args != 9) {
    print "Il n'y a pas le bon nombre d'arguments !\n";
    exit;
}

# INPUT_
my $matrix_file = $ARGV[0]; # fichier tabulé : une liste d'orthogroupes qui se retrouvent ou non dans les différentes souches
my $species_file = $ARGV[1]; # association de chaque souche à son espèce (fichier tabulé également)
my $annotation = $ARGV[2]; # collection de fichiers tabulés qui contiennent pour chaque gène la ou les catégories de COG associée(s)
my $order = $ARGV[3]; # cette entrée correspond simplement au nom des souches qui sont rentrées dans le même ordre que les fichiers d'annotation : cela permet de savoir pour un fichier COG à quelle souche et donc plus tard à quelle espèce il correspond
my $annotation_GFF = $ARGV[4]; # fichiers avec les GFF
# my $order_GFF = $ARGV[5];

# OUTPUT_
my $output = $ARGV[5]; # liste des espèces avec leurs orthogroupes (présence-absence)
my $output2 = $ARGV[6]; # fichier des moyennes
my $output3 = $ARGV[7]; # fichier de la liste des valeurs pour chaque catégorie de COG et pour chaque espèce 
my $output4 = $ARGV[8]; # fichier avec les catégories de COG pour core-génome / génome accessoire / gènes spé


# print "ok\n";
# exit;

#//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

############################################### GFF ###############################################


# my @order_gff = split(',', $order_GFF); # liste de l'ordre des souches 
my ($g,$o);

my %hgff_order = (); #HASH -> key: un fichier GFF ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation_GFF et $order_GFF)
my %Gene_position = ();
my %Cat_genes = ();

my %hash_of_genes = ();


foreach $g (@list_gff){
    # print "$g\n"; 
    # $hgff_order{$g} = $order_gff[$o++]; # on fait correspondre pour chaque fichier GFF, un nom de souche
    open (G, $g);
    while (<G>) {
        my @table_gff = split (/\t/, $_);
        my $chr = $table_gff[0];
        my $start = $table_gff[3];