# HG changeset patch
# User mgarnier
# Date 1625255101 0
# Node ID 9132bdc6ce8bc4f59007dff5074425a075e77044
# Parent  3f4e4e7d77ffffc06571409bc67fc77323ece64b
Uploaded

diff -r 3f4e4e7d77ff -r 9132bdc6ce8b pangenomeCogAnalysis_V1.pl
--- a/pangenomeCogAnalysis_V1.pl	Fri Jul 02 19:25:36 2021 +0000
+++ b/pangenomeCogAnalysis_V1.pl	Fri Jul 02 19:45:01 2021 +0000
@@ -249,7 +249,7 @@
 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)
 
 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
-my $l = 0;
+my $l = 1;
 foreach my $f (@files){
     $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
     $l++;
@@ -537,7 +537,7 @@
 
 
     open (OUT5, "> Core/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
-    print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n";
+    print OUT5 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n";
 
     my $refcoregenes2 = $coregenes2{$i};
     my %subhash = %$refcoregenes2;
@@ -573,7 +573,7 @@
     my $specie_name = $hSpecies{$strain_name};
 
     open (OUT6, "> GroupSpecific/$strain_name.$specie_name.txt") or die "Cannot create file $!\n";
-    print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tLetter assigned\n";
+    print OUT6 "Orthogroup\tGene\tChromosome\tStart\tEnd\tCOG categories\tNumber assigned\n";
 
     my $refGenes_of_OG = $Genes_of_OG{$i};
     my %subhash = %$refGenes_of_OG;