# HG changeset patch
# User mgarnier
# Date 1625253925 0
# Node ID cf9da93e4145f01d057cbe069b8ea301a55db263
# Parent  3d565ddc7b950801cad1b9c1a4f7168e9f0b8119
Uploaded

diff -r 3d565ddc7b95 -r cf9da93e4145 pangenomeCogAnalysis_V1.pl
--- a/pangenomeCogAnalysis_V1.pl	Fri Jul 02 19:02:28 2021 +0000
+++ b/pangenomeCogAnalysis_V1.pl	Fri Jul 02 19:25:25 2021 +0000
@@ -4,7 +4,7 @@
 use warnings;
 
 my $num_args = $#ARGV + 1;
-if ($num_args != 10) {
+if ($num_args != 9) {
     print "Il n'y a pas le bon nombre d'arguments !\n";
     exit;
 }
@@ -15,13 +15,13 @@
 my $annotation = $ARGV[2]; # collection de fichiers tabulés qui contiennent pour chaque gène la ou les catégories de COG associée(s)
 my $order = $ARGV[3]; # cette entrée correspond simplement au nom des souches qui sont rentrées dans le même ordre que les fichiers d'annotation : cela permet de savoir pour un fichier COG à quelle souche et donc plus tard à quelle espèce il correspond
 my $annotation_GFF = $ARGV[4]; # fichiers avec les GFF
-my $order_GFF = $ARGV[5];
+# my $order_GFF = $ARGV[5];
 
 # OUTPUT_
-my $output = $ARGV[6]; # liste des espèces avec leurs orthogroupes (présence-absence)
-my $output2 = $ARGV[7]; # fichier des moyennes
-my $output3 = $ARGV[8]; # fichier de la liste des valeurs pour chaque catégorie de COG et pour chaque espèce 
-my $output4 = $ARGV[9]; # fichier avec les catégories de COG pour core-génome / génome accessoire / gènes spé
+my $output = $ARGV[5]; # liste des espèces avec leurs orthogroupes (présence-absence)
+my $output2 = $ARGV[6]; # fichier des moyennes
+my $output3 = $ARGV[7]; # fichier de la liste des valeurs pour chaque catégorie de COG et pour chaque espèce 
+my $output4 = $ARGV[8]; # fichier avec les catégories de COG pour core-génome / génome accessoire / gènes spé
 
 
 # print "ok\n";
@@ -472,7 +472,7 @@
 ############################################### GFF ###############################################
 
 
-my @order_gff = split(',', $order_GFF); # liste de l'ordre des souches 
+# my @order_gff = split(',', $order_GFF); # liste de l'ordre des souches 
 my ($g,$o);
 
 my %hgff_order = (); #HASH -> key: un fichier GFF ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation_GFF et $order_GFF)
@@ -481,10 +481,10 @@
 
 my %hash_of_genes = ();
 
-# ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
+
 foreach $g (@list_gff){
     # print "$g\n"; 
-    $hgff_order{$g} = $order_gff[$o++]; # on fait correspondre pour chaque fichier GFF, un nom de souche
+    # $hgff_order{$g} = $order_gff[$o++]; # on fait correspondre pour chaque fichier GFF, un nom de souche
     open (G, $g);
     while (<G>) {
         my @table_gff = split (/\t/, $_);