Mercurial > repos > mgarnier > pangenome_cog_analysis
changeset 5:3d565ddc7b95 draft
Uploaded
| author | mgarnier |
|---|---|
| date | Fri, 02 Jul 2021 19:02:28 +0000 |
| parents | db4e1e6850b0 |
| children | cf9da93e4145 |
| files | pangenomeCogAnalysis_V1.pl |
| diffstat | 1 files changed, 7 insertions(+), 4 deletions(-) [+] |
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--- a/pangenomeCogAnalysis_V1.pl Fri Jul 02 17:32:59 2021 +0000 +++ b/pangenomeCogAnalysis_V1.pl Fri Jul 02 19:02:28 2021 +0000 @@ -244,19 +244,22 @@ # STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE -------------------------------------------- my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria) my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches -my ($f,$l); +#my ($f,$l); my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order) # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # -foreach $f (@files){ - $hCorrespondance{$f} = $list[$l++]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche +my $l = 0; +foreach my $f (@files){ + $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche + $l++; } # #Affichage du hash -# foreach $f (keys %hCorrespondance){ +# foreach my $f (keys %hCorrespondance){ # print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n" # } +# exit; # STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) ------------------------------------- my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce