# HG changeset patch
# User mnhn65mo
# Date 1558531717 14400
# Node ID 73d80db53ecc9a951590bb23a732d9531488544f
# Parent  22813beb2fa85470924818a533beaf187827c60e
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diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/butterfly_crossplot.R
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/butterfly_analysis/butterfly_crossplot.R	Wed May 22 09:28:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,561 @@
+##################################################################
+####   Script generique pour realiser les figures en croix  ######
+####       a partir des donnees brut                        ######
+##################################################################
+
+### Version V1.2 _ 2018-07-31
+
+library(ggplot2)
+library(RColorBrewer)
+
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+### importation code
+sourcefunctions<-args[1]
+source(sourcefunctions)
+
+## fonction d'importation des fichier des donnes
+### fonction d'importation, de concatenation des fichiers 
+### verification des nom de colonnes 
+### verification des doublon de ligne
+read.data <-  function(file=NULL,decimalSigne=".") {
+#    cat("1) IMPORTATION \n--------------\n")
+#    cat("<--",file,"\n")
+    data <- read.table(file,sep="\t",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
+    ## verification qu'il y a plusieur colonnes et essaye different separateur
+    if(ncol(data)==1) {
+        data <- read.table(file,sep=";",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
+        if(ncol(data)==1) {
+            data <- read.table(file,sep=",",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
+            if(ncol(data)==1) {
+                data <- read.table(file,sep=" ",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
+                if(ncol(data)==1) {
+                    stop("!!!! L'importation a echoue\n   les seperatateurs de colonne utilise ne sont pas parmi ([tabulation], ';' ',' [espace])\n   -> veuillez verifier votre fichier de donnees\n")
+                }
+            }
+        }
+    }
+    return(data)
+}
+
+
+
+
+
+filtre1niveau <- function(func,
+                          nom_fichier = filename, 
+                          dec=".",
+                          nom_fichierCouleur= color_filename,
+                          col_abscisse = "AB_MOYENNE",
+                          figure_abscisse = "Abondance",
+                          col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
+                          figure_ordonnee = "Diversite",
+                          nomGenerique="GLOBAL",
+                          vec_figure_titre = c("Les Papillons"),
+                          colourProtocole = TRUE,
+                          nomProtocole = "Papillons",
+                          vec_col_filtre = vec_col_filtre_usr,
+			  col_sousGroup = NULL,#
+                          val_filtre = NULL,#
+                          figure_nom_filtre = NULL,#
+                          bagplot = TRUE,
+                          bagProp=c(.05,.5,.95),
+                          seuilSegment=30,
+                          segmentSousSeuil=TRUE,
+                          forcageMajusculeFiltre=TRUE,
+                          forcageMajusculeSousGroupe=TRUE){
+
+    dCouleur <- read.data(file=nom_fichierCouleur)
+    d <- read.data(file=nom_fichier,decimalSigne=dec)
+    if(colourProtocole & !is.null(nomProtocole)) colourProtocole_p <- as.character(dCouleur[dCouleur[,2]==nomProtocole,3]) else colourProtocole_p <- NULL 
+
+    for(f in 1:length(vec_col_filtre)) {
+        if(length(vec_figure_titre)==1){
+            figure_titre_f <-  vec_figure_titre
+        }else{
+            figure_titre_f <- vec_figure_titre[f]
+        }
+        col_filtre_f <- vec_col_filtre[f]
+        #cat(col_sousGroup) #Just to check
+        if(func=="ggfiltre1niveau"){
+            #cat("ggfiltre1niveau")
+            ggfiltre1niveau(d,
+                        col_abscisse,
+                        figure_abscisse,
+                        col_ordonnee,
+                        figure_ordonnee,
+                        figure_titre = figure_titre_f,
+                        col_filtre = col_filtre_f,
+                        nomGenerique,
+                        val_filtre = NULL,
+                        figure_nom_filtre = NULL,
+                        tab_figure_couleur=  subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
+                        colourProtocole = colourProtocole_p,
+                        nomProtocole,
+                        bagplot,
+                        bagProp=c(.05,.5,.95),
+                        seuilSegment,
+                        segmentSousSeuil,
+                        forcageMajusculeFiltre)
+        }else if(func=="gglocal"){
+            #cat("gglocal")
+            gglocal(d,
+                    col_abscisse,
+                    figure_abscisse,
+                    col_ordonnee,
+                    figure_ordonnee,
+                    figure_titre = figure_titre_f,
+                    col_filtre = col_filtre_f,
+                    nomGenerique = nomGenerique,
+                    col_sousGroup = col_sousGroup,
+                    val_filtre = NULL,
+                    figure_nom_filtre = NULL,
+                    tab_figure_couleur= subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
+                    colourProtocole = colourProtocole_p,
+                    nomProtocole,
+                    couleurLocal="#f609c1",
+                    bagplot,
+                    bagProp,
+                    seuilSegment,
+                    segmentSousSeuil,
+                    forcageMajusculeFiltre,
+                    forcageMajusculeSousGroupe)
+        }else{
+            #cat("ggCompareLevel")
+            ggCompareLevel(d,
+                           col_abscisse,
+                           figure_abscisse,
+                           col_ordonnee,
+                           figure_ordonnee,
+                           figure_titre = figure_titre_f,
+                           col_filtre = col_filtre_f,
+                           nomGenerique = nomGenerique,
+                           val_filtre = NULL,
+                           figure_nom_filtre = NULL,
+                           tab_figure_couleur= subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
+                           colourProtocole = colourProtocole_p,
+                           nomProtocole, 
+                           bagplot,
+                           bagProp,
+                           seuilSegment,
+                           segmentSousSeuil,
+                           forcageMajusculeFiltre)
+        }
+    }    
+}
+
+ggfiltre1niveau <- function(d,
+                            col_abscisse = "AB_MOYENNE",
+                            figure_abscisse = "Abondance",
+                            col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
+                            figure_ordonnee = "Diversite",
+                            figure_titre = "Referentiel papillon",
+                            col_filtre = "nom_reseau",
+                            nomGenerique = "Global",
+                            val_filtre = NULL,
+                            figure_nom_filtre = NULL,
+                            tab_figure_couleur= NULL,
+                            colourProtocole = NULL,
+                            nomProtocole = NULL,
+                            bagplot = TRUE,
+                            bagProp=c(.05,.5,.95),
+                            seuilSegment=30,
+                            segmentSousSeuil=TRUE,
+                            forcageMajusculeFiltre=TRUE,
+                            result_dir="resultats/") {
+
+    d$groupe <- as.character(d[,col_filtre])
+    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
+    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
+    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
+    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)
+   
+    if(forcageMajusculeFiltre){
+        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
+
+    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
+
+    if(is.null(val_filtre)){ 
+        lesModalites <- unique(d$groupe) 
+    }else{
+        lesModalites <- val_filtre
+    }
+
+#    repResult <- dir(result_dir)
+#    current_dir<-getwd()
+#    dir.create(file.path(current_dir,result_dir))
+#
+#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
+#        dir.create(file.path(".",paste(result_dir,col_filtre,sep="")))}
+#
+#    nomRep1 <- paste(result_dir,col_filtre,"/",sep="")   
+    
+    d.autre <- d
+    d.autre$groupe <- nomGenerique
+
+    for(m in lesModalites) {
+        d.reseau <-  subset(d,groupe==m)
+        d.reseau$groupe <- m
+        ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
+
+        seuilResum <- nrow(d.reseau) >= seuilSegment
+        
+        ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
+        ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
+        colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
+
+        if(ggTableResum$groupe[2]==nomGenerique){
+            ggTableResum <- ggTableResum[c(2,1),]}
+      
+        if(!(is.null(tab_figure_couleur))) {
+            if(m %in% tab_figure_couleur$Modalite) {
+                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
+                                           as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == m])),
+                                           c(nomGenerique,m))
+            }else{
+                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
+                                           as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == ""])),
+                                           c(nomGenerique,m))
+            }
+        }
+
+#        repResult <- dir(nomRep1)
+#        if(!(m %in% repResult)){
+#            dir.create(paste(nomRep1,m,sep=""))}
+#        nomRep <- paste(nomRep1,m,"/",sep="") 
+#        
+#        
+#        if(!is.null(nomProtocole)){
+#            repResult <- dir(nomRep)
+#            if(!(nomProtocole %in% repResult)){
+#                dir.create(paste(nomRep,nomProtocole,sep=""))}
+#            nomRep <- paste(nomRep,nomProtocole,"/",sep="")
+#        } 
+        
+     
+        gg <- ggplot(ggTable,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe))
+        if(bagplot){
+            gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2) }
+        else {
+            gg <- gg + geom_point(alpha=.2)  
+        } 
+        gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe== nomGenerique),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
+        if(segmentSousSeuil) {
+            gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size=2.5)
+            gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size=2.5)
+            if(!(seuilResum)) {
+                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+            }
+        } else {
+            gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size = 2.5)
+            gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size = 2.5)
+        }
+
+        gg <- gg + geom_point(data=d.reseau,size=2)
+        gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
+
+        if(!is.null(colourProtocole)){
+            gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole))
+        }else{
+            gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))
+        }
+
+        if(!(is.null(tab_figure_couleur))){
+            gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "") + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)}
+        
+        ggfile <- paste(nomRep,"region",nomProtocole,"_",m,".png",sep="")
+        #cat("Check",ggfile,":")
+        ggsave(ggfile,gg)
+        #cat("\n")
+        flush.console()
+    }
+}
+
+
+##############################################################
+gglocal <- function(d,
+                    col_abscisse = "AB_MOYENNE",
+                    figure_abscisse = "Abondance",
+                    col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
+                    figure_ordonnee = "Diversite",
+                    figure_titre = "Graphe referentiel",
+                    col_filtre = "NOM_RESEAU",
+                    nomGenerique = "GLOBAL",
+                    col_sousGroup = "PARCELLEID",
+                    val_filtre = NULL,
+                    figure_nom_filtre = NULL,
+                    tab_figure_couleur= NULL,
+                    colourProtocole = NULL,
+                    nomProtocole = NULL,
+                    couleurLocal="#f609c1",
+                    bagplot = TRUE,
+                    bagProp=c(.05,.5,.95),
+                    seuilSegment=30,
+                    segmentSousSeuil=TRUE,
+                    forcageMajusculeFiltre=TRUE,
+                    forcageMajusculeSousGroupe=TRUE) {
+    
+    d$groupe <- d[,col_filtre]
+    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
+    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
+    d$sousGroup <- d[,col_sousGroup]
+    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
+    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)
+    d$sousGroup <-gsub("/","_",d$sousGroup)
+    d$sousGroup <-gsub("!","",d$sousGroup)
+    if(forcageMajusculeFiltre){
+        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
+    if(forcageMajusculeSousGroupe){
+        d$sousGroup <- toupper(d$sousGroup)}
+    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(sousGroup)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
+    vecSousGroup <- as.character(unique(d$sousGroup))
+    if(is.null(val_filtre)){
+        lesModalites <- unique(d$groupe)}
+    else{ lesModalites <- val_filtre}
+    repResult <- dir("resultats/")
+#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
+#        dir.create(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))}
+#    nomRep1 <- paste("resultats/",col_filtre,"/",sep="")     
+    d.autre <- d
+    d.autre$groupe <- nomGenerique
+    for(m in lesModalites) {
+        d.reseau <-  subset(d,groupe==m)
+        d.reseau$groupe <- m
+        ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
+        seuilResum <- nrow(d.reseau) >= seuilSegment 
+        ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
+        ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
+        colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
+        if(ggTableResum$groupe[2]==nomGenerique){
+            ggTableResum <- ggTableResum[c(2,1),]}             
+        if(!(is.null(tab_figure_couleur))) {
+            if(m %in% tab_figure_couleur$Modalite) {
+                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
+                                             as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == m]),couleurLocal),
+                                           c(nomGenerique,m,""))
+            } else {
+                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
+                                             as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == ""]),couleurLocal),
+                                           c(nomGenerique,m,""))
+            }
+        }
+#        repResult <- dir(nomRep1)
+#        if(!(m %in% repResult)){
+#            dir.create(paste(nomRep1,m,sep=""))}
+#        nomRep <- paste(nomRep1,m,"/",sep="")      
+#        if(!is.null(nomProtocole)) {
+#            repResult <- dir(nomRep)
+#            if(!(nomProtocole %in% repResult)){
+#                dir.create(paste(nomRep,nomProtocole,sep=""))}
+#            nomRep <- paste(nomRep,nomProtocole,"/",sep="")
+#        }         
+        d.reseau <- subset(d.reseau, !(is.na(sousGroup)))        
+        figure_size<-  setNames(c(1,3,2.5), c(nomGenerique,m,""))
+        figure_shape<-  setNames(c(16,16,20), c(nomGenerique,m,""))        
+        vecSousGroup <- as.character(unique(d.reseau$sousGroup))        
+        for(p in vecSousGroup) {            
+            dp <-  subset(d.reseau,sousGroup == p)
+            dp$groupe <- dp$sousGroup
+            ggTableSous <- rbind(d.reseau,dp)
+            ggTableSous <- rbind(d.autre,d.reseau,dp)
+            names(figure_couleur)[3] <- p
+            names(figure_shape)[3] <- p
+            names(figure_size)[3] <- p                        
+            gg <- ggplot(ggTableSous,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe,shape=groupe,size=groupe))
+            if(bagplot){
+                gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2)
+            }else{
+                gg <- gg + geom_point(alpha=.2)}
+            gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe == nomGenerique),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
+            gg <- gg + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe == nomGenerique),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
+            if(segmentSousSeuil) {
+                gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size=2.5)
+                gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size=2.5)
+                if(!(seuilResum)) {
+                    gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+                    gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+                }
+            } else {
+                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size = 2.5)
+                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size = 2.5)
+            }
+            gg <- gg + geom_point(data=subset(ggTableSous,groupe != nomGenerique))
+            if(!(is.null(tab_figure_couleur))){
+                gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "") + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)}
+            gg <- gg + scale_shape_manual(values = figure_shape,name = "",guide=FALSE) + scale_size_manual(values = figure_size,guide=FALSE)
+            gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
+            if(!is.null(colourProtocole)){
+                gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole)) }
+            else{
+                gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))}                       
+            ggfile <- paste(nomRep,"network",nomProtocole,"_",m,"-",p,".png",sep="")
+            #cat("Check",ggfile,":")
+            ggsave(ggfile,gg)
+            #cat("\n")
+            flush.console()
+        }
+    }
+}
+
+
+
+#####################################################
+ggCompareLevel <- function(d,
+                           col_abscisse = "abond_moyenne",
+                           figure_abscisse = "Abondance",
+                           col_ordonnee = "diversite_moyenne",
+                           figure_ordonnee = "Diversite",
+                           figure_titre = "Rhooo il dechire ce graphe",
+                           col_filtre = "nom_reseau",
+                           nomGenerique = "Global",
+                           val_filtre = NULL,
+                           figure_nom_filtre = NULL,
+                           tab_figure_couleur= NULL,
+                           colourProtocole = NULL,
+                           nomProtocole = NULL,
+                           bagplot = TRUE,
+                           bagProp=c(.05,.5,.95),
+                           seuilSegment=30,
+                           segmentSousSeuil=FALSE,
+                           forcageMajusculeFiltre=TRUE){
+
+    d$groupe <- d[,col_filtre]
+    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
+    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
+    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
+    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)    
+    
+    if(forcageMajusculeFiltre){
+        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
+    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
+    if(is.null(val_filtre)){
+        lesModalites <- unique(d$groupe) 
+    }else{
+        lesModalites <- val_filtre
+    }
+#    repResult <- dir("resultats/")
+#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
+#        dir.create(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))
+#    }
+#    if(!is.null(nomProtocole)){
+#        repResult <- dir(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))
+#        if(!(nomProtocole %in% repResult)){
+#            dir.create(paste("resultats/",col_filtre,"/",nomProtocole,sep=""))}
+#        nomRep <- paste("resultats/",col_filtre,"/",nomProtocole,"/",sep="")
+#    }else{
+#        nomRep <- paste("resultats/",col_filtre,"/",sep="")   
+#    }
+    d.autre <- d
+    d.autre$groupe <- nomGenerique
+    d.reseau <-  subset(d,groupe %in% lesModalites)
+    ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
+    ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
+    ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
+    colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
+    ggSeuil <- aggregate(ordonnee ~ groupe, data=ggTable,length)
+    ggSeuil$seuilResum <- ggSeuil$ordonnee >= seuilSegment
+    colnames(ggSeuil)[ncol(ggSeuil)] <- "seuil"
+    ggTableResum <- merge(ggTableResum,ggSeuil,by="groupe")
+    t_figure_couleur <- subset(tab_figure_couleur,Modalite %in% c(nomGenerique,lesModalites))
+    modaliteSansCouleur <- lesModalites[(!(lesModalites %in% t_figure_couleur$Modalite))]
+    nbNxCol <- length(modaliteSansCouleur)
+    mypalette<-brewer.pal(nbNxCol,"YlGnBu")
+    figure_couleur <- setNames(c(as.character(t_figure_couleur$couleur),mypalette),c(as.character(t_figure_couleur$Modalite),modaliteSansCouleur))
+    tab_coul <- data.frame(groupe=names(figure_couleur),couleur=figure_couleur)
+    tab_coul <- merge(tab_coul,ggTableResum,"groupe")
+    tab_coul$nom <- paste(tab_coul$groupe," (",tab_coul$ordonnee,")",sep="")
+    figure_couleur <- setNames(as.character(tab_coul$couleur),tab_coul$groupe)
+    figure_couleur_nom<- tab_coul$nom
+    gg <- ggplot(ggTable,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe))
+    if(bagplot){
+        gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2) 
+    }else{
+        gg <- gg + geom_point(alpha=.2)
+    }
+    gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe=="Autre"),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe=="Autre"),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") 
+    gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.7,size = 2.5)
+    gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.7,size = 2.5)
+    if(any(ggTableResum$seuil)){
+        gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,!(seuil)),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+        gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,!(seuil)),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
+    }
+                    
+    #browser()                    #  gg <- gg + geom_point(data=d.reseau,size=2)
+    gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "",labels =  figure_couleur_nom) + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)
+    gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
+    if(!is.null(colourProtocole)){
+        gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole)) 
+    }else{
+        gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))
+    }
+    ggfile <- paste(nomRep,nomProtocole,"_",col_filtre,"_","comparaison.png",sep="")
+    #cat("Check",ggfile,":")    
+    ggsave(ggfile,gg)
+    #cat("\n")
+flush.console()
+}
+
+
+#########################################
+
+#Lancement des fonctions :
+
+  #Variables a definir :
+
+#filename="BDD_PAPILLONS_2016.txt"
+#color_filename<-"code_couleurs.csv"
+
+  #func
+#func="ggCompareLevel"
+#func="ggfiltre1niveau"
+#func="gglocal"
+
+  #colSousGroupe
+#col_sousGroup_usr = NULL    #ggfiltre #ggCompareLevel
+#col_sousGroup_usr = "PARCELLENOM"   #gglocal
+
+  #vec_col_filtre_usr
+#vec_col_filtre_usr = c("CONDUITEPARCELLE")  #ggCompareLevel
+#vec_col_filtre_usr = c("REGION")   #ggfiltre
+#vec_col_filtre_usr = c("NOM_RESEAU") #gglocal
+
+
+
+#Exe fonction :
+
+#filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup=NULL)   #ggfiltre ou ggCompareLevel, depend de func et de vec_col_filtre_usr
+#filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup = col_sousGroup_usr,vec_col_filtre=vec_col_filtre_usr) ## ==local
+
+########################################################
+
+filename=args[2]
+color_filename=args[3]
+functions=strsplit(args[4],",")[[1]]
+
+
+
+#create result dir
+nomRep="resultats/"
+dir.create(file.path(".", nomRep), showWarnings = FALSE)
+
+for (func in functions){
+  print(func)
+  if(func=="ggCompareLevel"){
+    col_sousGroup_usr=NULL
+    vec_col_filtre_usr=c("CONDUITEPARCELLE")
+  }else if(func=="ggfiltre1niveau"){
+    col_sousGroup_usr=NULL
+    vec_col_filtre_usr=c("REGION")
+  }else if(func=="gglocal"){
+    col_sousGroup_usr="PARCELLENOM"
+    vec_col_filtre_usr=c("NOM_RESEAU")
+  }else{
+    #sortie erreur
+    write("Error, unknown function. Exit(1).", stderr())
+    q('no')
+  }
+
+ filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup=col_sousGroup_usr,vec_col_filtre=vec_col_filtre_usr)
+}
+
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/butterfly_crossplot.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/butterfly_analysis/butterfly_crossplot.xml	Wed May 22 09:28:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,81 @@
+<tool id="butterfly_crossplot" name="Butterfly data analysis and graph display" version="0.1.0">
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.2.1">r-ggplot2</requirement>
+	<requirement type="package" version="1.5_9">r-cairo</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        Rscript '$__tool_directory__/butterfly_crossplot.R' 
+          '$__tool_directory__/stat_bag.r' 
+          '$butterfly_db'
+          '$__tool_directory__/code_couleurs.csv' 
+          $function
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="function" type="select" multiple="True" optional="false" label="Select your analyse" help="Chose at least one element you want to compare. It can be geographical regions, local networks or production methods.">
+            <option value="ggCompareLevel">Compare production methods</option>
+            <option value="ggfiltre1niveau">Compare regions</option>
+            <option value="gglocal">Compare local networks</option>
+        </param>
+        <param name="butterfly_db" type="data" format="csv,tabular" label="Butterfly datafile" help="Describe file content."/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="png" name="ggCompareLevel" label="Compare production methods" from_work_dir="resultats/Papillons_CONDUITEPARCELLE_comparaison.png">
+            <filter>'ggCompareLevel' in function</filter>
+        </data>
+        <collection type="list" name="output_ggfiltre" label="Compare regions">
+            <discover_datasets pattern="region(?P&lt;designation&gt;.+)\.png" visible="false" format="png" directory="resultats"/>
+                <filter>'ggfiltre1niveau' in function</filter>
+        </collection>
+        <collection type="list" name="output_gglocal" label="Compare local networks">
+            <discover_datasets pattern="network(?P&lt;designation&gt;.+)\.png" visible="false" format="png" directory="resultats"/>
+                <filter>'gglocal' in function</filter>
+        </collection>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="butterfly_db" value="shortBDD_PAPILLONS_2016.txt"/>
+            <param name="function" value="ggCompareLevel"/>
+            <output name="ggCompareLevel" value="output_ggcomparelevel.png" ftype="png"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="butterfly_db" value="shortBDD_PAPILLONS_2016.txt"/>
+            <param name="function" value="ggfiltre1niveau"/>
+            <output_collection name="output_ggfiltre" type="list">
+                <element name="Papillons_BOURGOGNE" value="bourgogne.png" ftype="png"/>
+            </output_collection>
+        </test>
+    </tests>    
+    <help><![CDATA[
+
+=====================================
+Butterfly analysis and data display
+=====================================
+
+**What it does**
+  
+This tool allows to compare butterfly diversity and abundance across regions, observation networks, and production methods.
+
+It uses measures from the Observatoire Agricole de la Biodiversity.
+    
+Plots show abundance (x) versus diversity (y). 
+
+Line lenght gives information about dispertion, longer lines means bigger heterogeneity accross fields.
+
+|
+
+**How to use it**
+
+Chose a database file, and one or more data display.
+
+|
+
+**Outputs**
+
+*Compare production methods* option will show differences accross agricultural production methods accross all data.
+
+*Compare regions* option will create a collection of graph. One plot for each region in created, they show data informations in that region compared with global data.
+
+*Compare local networks* does the same as the 'regions' option but for every observation networks.
+
+    ]]></help>
+</tool>
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/code_couleurs.csv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/butterfly_analysis/code_couleurs.csv	Wed May 22 09:28:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,24 @@
+Filtre;Modalite;couleur
+TYPECULTURE;ARBORICULTURE;"#006600"
+TYPECULTURE;AUTRE_CULTURE_PERENNE;"#FF5050"
+TYPECULTURE;GRANDE_CULTURE;"#FFC000"
+TYPECULTURE;MARAICHAGE;"#FF6600"
+TYPECULTURE;PRAIRIE;"#97B314"
+TYPECULTURE;VITICULTURE;"#660066"
+NOM_RESEAU;;"#31849B"
+Protocole;Abeilles;"#EE7F00"
+Protocole;Invertebres;"#97B314"
+Protocole;Papillons;"#009EE0"
+Protocole;Vers de terre;"#666666"
+TYPECULTURE;GLOBAL;"#9f0d0d"
+NOM_RESEAU;GLOBAL;"#9f0d0d"
+REGIONNAME;;"#31849B"
+REGIONNAME;GLOBAL;"#9f0d0d"
+ANNEE;;"#31849B"
+ANNEE;GLOBAL;"#9f0d0d"
+REGION;GLOBAL;"#9f0d0d"
+REGION;;"#666666"
+CONDUITEPARCELLE;;"#31849B"
+CONDUITEPARCELLE;GLOBAL;"#9f0d0d"
+TRAVAILSOL;;"#31849B"
+TRAVAILSOL;GLOBAL;"#9f0d0d"
\ No newline at end of file
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/stat_bag.r
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/butterfly_analysis/stat_bag.r	Wed May 22 09:28:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,145 @@
+library(ggplot2)
+StatBag <- ggproto("Statbag", Stat,
+                   compute_group = function(data, scales, prop = 0.5) {
+
+                     #################################
+                     #################################
+                     # originally from aplpack package, plotting functions removed
+                     plothulls_ <- function(x, y, fraction, n.hull = 1,
+                                            col.hull, lty.hull, lwd.hull, density=0, ...){
+                       # function for data peeling:
+                       # x,y : data
+                       # fraction.in.inner.hull : max percentage of points within the hull to be drawn
+                       # n.hull : number of hulls to be plotted (if there is no fractiion argument)
+                       # col.hull, lty.hull, lwd.hull : style of hull line
+                       # plotting bits have been removed, BM 160321
+                       # pw 130524
+                       if(ncol(x) == 2){ y <- x[,2]; x <- x[,1] }
+                       n <- length(x)
+                       if(!missing(fraction)) { # find special hull
+                         n.hull <- 1
+                         if(missing(col.hull)) col.hull <- 1
+                         if(missing(lty.hull)) lty.hull <- 1
+                         if(missing(lwd.hull)) lwd.hull <- 1
+                         x.old <- x; y.old <- y
+                         idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx]
+                         for( i in 1:(length(x)/3)){
+                           x <- x[-idx]; y <- y[-idx]
+                           if( (length(x)/n) < fraction ){
+                             return(cbind(x.hull,y.hull))
+                           }
+                           idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx];
+                         }
+                       }
+                       if(missing(col.hull)) col.hull <- 1:n.hull
+                       if(length(col.hull)) col.hull <- rep(col.hull,n.hull)
+                       if(missing(lty.hull)) lty.hull <- 1:n.hull
+                       if(length(lty.hull)) lty.hull <- rep(lty.hull,n.hull)
+                       if(missing(lwd.hull)) lwd.hull <- 1
+                       if(length(lwd.hull)) lwd.hull <- rep(lwd.hull,n.hull)
+                       result <- NULL
+                       for( i in 1:n.hull){
+                         idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx]
+                         result <- c(result, list( cbind(x.hull,y.hull) ))
+                         x <- x[-idx]; y <- y[-idx]
+                         if(0 == length(x)) return(result)
+                       }
+                       result
+                     } # end of definition of plothulls
+                     #################################
+
+
+                     # prepare data to go into function below
+                     the_matrix <- matrix(data = c(data$x, data$y), ncol = 2)
+
+                     # get data out of function as df with names
+                     setNames(data.frame(plothulls_(the_matrix, fraction = prop)), nm = c("x", "y"))
+                     # how can we get the hull and loop vertices passed on also?
+                   },
+
+                   required_aes = c("x", "y")
+)
+
+#' @inheritParams ggplot2::stat_identity
+#' @param prop Proportion of all the points to be included in the bag (default is 0.5)
+stat_bag <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "polygon",
+                     position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA, 
+                     inherit.aes = TRUE, prop = 0.5, alpha = 0.3, ...) {
+  layer(
+    stat = StatBag, data = data, mapping = mapping, geom = geom, 
+    position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
+    params = list(na.rm = na.rm, prop = prop, alpha = alpha, ...)
+  )
+}
+
+
+geom_bag <- function(mapping = NULL, data = NULL,
+                     stat = "identity", position = "identity",
+                     prop = 0.5, 
+                     alpha = 0.3,
+                     ...,
+                     na.rm = FALSE,
+                     show.legend = NA,
+                     inherit.aes = TRUE) {
+  layer(
+    data = data,
+    mapping = mapping,
+    stat = StatBag,
+    geom = GeomBag,
+    position = position,
+    show.legend = show.legend,
+    inherit.aes = inherit.aes,
+    params = list(
+      na.rm = na.rm,
+      alpha = alpha,
+      prop = prop,
+      ...
+    )
+  )
+}
+
+#' @rdname ggplot2-ggproto
+#' @format NULL
+#' @usage NULL
+#' @export
+GeomBag <- ggproto("GeomBag", Geom,
+                   draw_group = function(data, panel_scales, coord) {
+                     n <- nrow(data)
+                     if (n == 1) return(zeroGrob())
+
+                     munched <- coord_munch(coord, data, panel_scales)
+                     # Sort by group to make sure that colors, fill, etc. come in same order
+                     munched <- munched[order(munched$group), ]
+
+                     # For gpar(), there is one entry per polygon (not one entry per point).
+                     # We'll pull the first value from each group, and assume all these values
+                     # are the same within each group.
+                     first_idx <- !duplicated(munched$group)
+                     first_rows <- munched[first_idx, ]
+
+                     ggplot2:::ggname("geom_bag",
+                                      grid:::polygonGrob(munched$x, munched$y, default.units = "native",
+                                                         id = munched$group,
+                                                         gp = grid::gpar(
+                                                           col = first_rows$colour,
+                                                           fill = alpha(first_rows$fill, first_rows$alpha),
+                                                           lwd = first_rows$size * .pt,
+                                                           lty = first_rows$linetype
+                                                         )
+                                      )
+                     )
+
+
+                   },
+
+                   default_aes = aes(colour = "NA", fill = "grey20", size = 0.5, linetype = 1,
+                                     alpha = NA, prop = 0.5),
+
+                   handle_na = function(data, params) {
+                     data
+                   },
+
+                   required_aes = c("x", "y"),
+
+                   draw_key = draw_key_polygon
+)
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/test-data/bourgogne.png
Binary file butterfly_analysis/test-data/bourgogne.png has changed
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/test-data/output_ggcomparelevel.png
Binary file butterfly_analysis/test-data/output_ggcomparelevel.png has changed
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_analysis/test-data/shortBDD_PAPILLONS_2016.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/butterfly_analysis/test-data/shortBDD_PAPILLONS_2016.txt	Wed May 22 09:28:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,50 @@
+PARCELLEID	PARCELLENOM	ANNEE	TYPECULTURE	CONDUITEPARCELLE	REGION	AB_MOYENNE	AB_TOTALE	DIVERSITE_MOYENNE	DIVERSITE_TOTALE	NB_PASSAGES	AUTRES	NON_IDENTIFIES	AMARYLLIS	AURORES	BELLE_DAME	CITRONS	CUIVRE	DEMI_DEUILS	FLAMBES	GAZE	HESPERIDES_ORANGEES	HESPERIDES_TACHETEES	LYCENES_BLEUS	MACHAONS	MEGERES	MYRTIL	PAON_DU_JOUR	PETITES_TORTUES	PIERIDES_BLANCHES	PROCRIS	ROBERT_LE_DIABLE	SOUCIS	TABAC_D_ESPAGNE	TIRCIS	VULCAIN	SURFACE	LATITUDE	LONGITUDE	PAYSAGEINTENSIF	ESPECESCULTIVEES	TETEROTATIONEC	PCULTURAUXN1EC	PCULTURAUXN2EC	INTERCULTURE	DATESEMIS	TRAVAILSOL	ANNEEPLANTATION	INTERRANG	PRAIRIETEMPORAIRE	AGEPRAIRIE	ESEMEERGA	ESEMEERGI	ESEMEEDACTYLE	ESEMEEFETUQUE	ESEMEELEG	ESEMEEAUTRE	UPATURE	UPATURENBUGB	UFAUCHE	DATEDEBUTFAUCHE	NBFAUCHESPARAN	ANNEECONVERSION	NBPASSAGE_INSECTICIDE	NBPASSAGE_HERBICIDE	NBPASSAGE_FONGICIDE	NBPASSAGE_MOLLUCIDE	NBPASSAGE_AUTRE	NBPASSAGE_MINERALE	NBPASSAGE_F_ORGANIQUE	NBPASSAGE_A_ORGANIQUE	NBPASSAGE_CALCIQUE	CODE_EXPLOITATION	NOM_EXPLOITATION	INSEE	COMMUNE	NUM_DEPARTEMENT	DEPARTEMENT	CODE_RESEAU	NOM_RESEAU	NOM_RESEAU2	BORDURE_LISIERE	BORDURE_HAIE	BORDURE_BE	BORDURE_ROUTE	BORDURE_FOSSE	BORDURE_AUCUNE	BORDURE_BANDEFLEURIE	BORDURE_AUTRE	MA_AUTRECULTURE	MA_PRAIRIE	MA_BOIS	MA_ZURBAINE	MA_ETANG	MA_AUTRE	DISTANCE_PARCOURUE	NR	NR
+0000041_SQ7JB_0034048	LA_FAISANDERIE	2012	GRANDE_CULTURE	CONVENTIONNELLE	ILE_DE_FRANCE	3.8	19	1.33333333333333	2	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3.4	0.4	0	0	0	0	0	5	48.851323	1.92986	0	TRITICALE	BLE	COLZA	LUZERNE	0	06_09_2011__00:00:00	LABOUR_PROFOND	NR	NR	NR	NR	0	0	0	0	0	0	0	NR	0	NR	NR	NR	0	1	1	0	1	0	0	0	NR	141	FERME_EXPERIMENTALE_DE_GRIGNON	78615	THIVERVAL_GRIGNON	78	YVELINES	102	BIODIVERSITE_EN_PLAINE_DE_VERSAILLES_ET_SUR_LE_PLATEAU_DES_ALLUETS	NR	0	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	200	NR	NR
+0000041_SQ7JB_0034048	LA_FAISANDERIE	2013	GRANDE_CULTURE	CONVENTIONNELLE	ILE_DE_FRANCE	3.5	14	2	6	4	0	0	0	0	0	0	0	0.25	0	0	0	0.75	0	0	0	0.75	0.25	0	1	0	0	0	0	0	0.5	5	48.851323	1.92986	0	TRITICALE	BLE	COLZA	LUZERNE	0	06_09_2011__00:00:00	LABOUR_PROFOND	NR	NR	NR	NR	0	0	0	0	0	0	0	NR	0	NR	NR	NR	0	1	1	0	1	0	0	0	NR	141	FERME_EXPERIMENTALE_DE_GRIGNON	78615	THIVERVAL_GRIGNON	78	YVELINES	102	BIODIVERSITE_EN_PLAINE_DE_VERSAILLES_ET_SUR_LE_PLATEAU_DES_ALLUETS	NR	0	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	200	NR	NR
+0000081_GP8M7_0034048	COIN_DU_MUR	2012	GRANDE_CULTURE	CONVENTIONNELLE	ILE_DE_FRANCE	2.4	12	1.75	4	5	0	0	0	0	0	0	0	0.2	0	0	0	0	0	0	0	0.2	0	0	1.8	0	0	0	0	0	0.2	18	48.842794	1.952176	1	BLE	BLE	MA?S	TRITICALE	0	21_10_2011__00:00:00	TRAVAIL_SUPERFICIEL	NR	NR	NR	NR	0	0	0	0	0	0	0	NR	0	NR	NR	NR	0	1	2	0	1	1	1	0	NR	141	FERME_EXPERIMENTALE_DE_GRIGNON	78615	THIVERVAL_GRIGNON	78	YVELINES	102	BIODIVERSITE_EN_PLAINE_DE_VERSAILLES_ET_SUR_LE_PLATEAU_DES_ALLUETS	NR	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	200	NR	NR
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+0001201_V8E17_0001207	COURCELLES	2015	VITICULTURE	AUTRE	PICARDIE	2.5	20	3	4	8	0	0	0	0	0	0	0	0.5	0	0	0	0	0	0	0.5	0.75	0	0	0.75	0	0	0	0	0	0	0.25	49.065745	3.59084	1	VIGNE	NR	NR	NR	NR	NR	NR	1989	ENHERBE_PARTIELLEMENT	NR	NR	0	0	0	0	0	0	NR	NR	NR	NR	NR	NR	1	3	6	0	0	0	0	1	0	881	EARL_CHAMPAGNE_JAMES_KOHLER	2748	TRELOU_SUR_MARNE	2	AISNE	81	AOC_CHAMPAGNE	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR	NR
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_crossplot.R
--- a/butterfly_crossplot.R	Mon Aug 13 10:06:35 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,556 +0,0 @@
-##################################################################
-####   Script generique pour realiser les figures en croix  ######
-####       a partir des donnees brut                        ######
-##################################################################
-
-### Version V1.2 _ 2018-07-31
-
-library(ggplot2)
-library(RColorBrewer)
-
-args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
-
-### importation code
-sourcefunctions<-args[1]
-source(sourcefunctions)
-
-## fonction d'importation des fichier des donnes
-### fonction d'importation, de concatenation des fichiers 
-### verification des nom de colonnes 
-### verification des doublon de ligne
-read.data <-  function(file=NULL,decimalSigne=".") {
-#    cat("1) IMPORTATION \n--------------\n")
-#    cat("<--",file,"\n")
-    data <- read.table(file,sep="\t",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
-    ## verification qu'il y a plusieur colonnes et essaye different separateur
-    if(ncol(data)==1) {
-        data <- read.table(file,sep=";",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
-        if(ncol(data)==1) {
-            data <- read.table(file,sep=",",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
-            if(ncol(data)==1) {
-                data <- read.table(file,sep=" ",stringsAsFactors=FALSE,header=TRUE,dec=decimalSigne)
-                if(ncol(data)==1) {
-                    stop("!!!! L'importation a echoue\n   les seperatateurs de colonne utilise ne sont pas parmi ([tabulation], ';' ',' [espace])\n   -> veuillez verifier votre fichier de donnees\n")
-                }
-            }
-        }
-    }
-    return(data)
-}
-
-
-
-
-
-filtre1niveau <- function(func,
-                          nom_fichier = filename, 
-                          dec=".",
-                          nom_fichierCouleur= color_filename,
-                          col_abscisse = "AB_MOYENNE",
-                          figure_abscisse = "Abondance",
-                          col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
-                          figure_ordonnee = "Diversite",
-                          nomGenerique="GLOBAL",
-                          vec_figure_titre = c("Les Papillons"),
-                          colourProtocole = TRUE,
-                          nomProtocole = "Papillons",
-                          vec_col_filtre = vec_col_filtre_usr,
-			  col_sousGroup = NULL,#
-                          val_filtre = NULL,#
-                          figure_nom_filtre = NULL,#
-                          bagplot = TRUE,
-                          bagProp=c(.05,.5,.95),
-                          seuilSegment=30,
-                          segmentSousSeuil=TRUE,
-                          forcageMajusculeFiltre=TRUE,
-                          forcageMajusculeSousGroupe=TRUE){
-
-    dCouleur <- read.data(file=nom_fichierCouleur)
-    d <- read.data(file=nom_fichier,decimalSigne=dec)
-    if(colourProtocole & !is.null(nomProtocole)) colourProtocole_p <- as.character(dCouleur[dCouleur[,2]==nomProtocole,3]) else colourProtocole_p <- NULL 
-
-    for(f in 1:length(vec_col_filtre)) {
-        if(length(vec_figure_titre)==1){
-            figure_titre_f <-  vec_figure_titre
-        }else{
-            figure_titre_f <- vec_figure_titre[f]
-        }
-        col_filtre_f <- vec_col_filtre[f]
-        #cat(col_sousGroup) #Just to check
-        if(func=="ggfiltre1niveau"){
-            #cat("ggfiltre1niveau")
-            ggfiltre1niveau(d,
-                        col_abscisse,
-                        figure_abscisse,
-                        col_ordonnee,
-                        figure_ordonnee,
-                        figure_titre = figure_titre_f,
-                        col_filtre = col_filtre_f,
-                        nomGenerique,
-                        val_filtre = NULL,
-                        figure_nom_filtre = NULL,
-                        tab_figure_couleur=  subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
-                        colourProtocole = colourProtocole_p,
-                        nomProtocole,
-                        bagplot,
-                        bagProp=c(.05,.5,.95),
-                        seuilSegment,
-                        segmentSousSeuil,
-                        forcageMajusculeFiltre)
-        }else if(func=="gglocal"){
-            #cat("gglocal")
-            gglocal(d,
-                    col_abscisse,
-                    figure_abscisse,
-                    col_ordonnee,
-                    figure_ordonnee,
-                    figure_titre = figure_titre_f,
-                    col_filtre = col_filtre_f,
-                    nomGenerique = nomGenerique,
-                    col_sousGroup = col_sousGroup,
-                    val_filtre = NULL,
-                    figure_nom_filtre = NULL,
-                    tab_figure_couleur= subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
-                    colourProtocole = colourProtocole_p,
-                    nomProtocole,
-                    couleurLocal="#f609c1",
-                    bagplot,
-                    bagProp,
-                    seuilSegment,
-                    segmentSousSeuil,
-                    forcageMajusculeFiltre,
-                    forcageMajusculeSousGroupe)
-        }else{
-            #cat("ggCompareLevel")
-            ggCompareLevel(d,
-                           col_abscisse,
-                           figure_abscisse,
-                           col_ordonnee,
-                           figure_ordonnee,
-                           figure_titre = figure_titre_f,
-                           col_filtre = col_filtre_f,
-                           nomGenerique = nomGenerique,
-                           val_filtre = NULL,
-                           figure_nom_filtre = NULL,
-                           tab_figure_couleur= subset(dCouleur,Filtre==col_filtre_f),
-                           colourProtocole = colourProtocole_p,
-                           nomProtocole, 
-                           bagplot,
-                           bagProp,
-                           seuilSegment,
-                           segmentSousSeuil,
-                           forcageMajusculeFiltre)
-        }
-    }    
-}
-
-ggfiltre1niveau <- function(d,
-                            col_abscisse = "AB_MOYENNE",
-                            figure_abscisse = "Abondance",
-                            col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
-                            figure_ordonnee = "Diversite",
-                            figure_titre = "Referentiel papillon",
-                            col_filtre = "nom_reseau",
-                            nomGenerique = "Global",
-                            val_filtre = NULL,
-                            figure_nom_filtre = NULL,
-                            tab_figure_couleur= NULL,
-                            colourProtocole = NULL,
-                            nomProtocole = NULL,
-                            bagplot = TRUE,
-                            bagProp=c(.05,.5,.95),
-                            seuilSegment=30,
-                            segmentSousSeuil=TRUE,
-                            forcageMajusculeFiltre=TRUE,
-                            result_dir="resultats/") {
-
-    d$groupe <- as.character(d[,col_filtre])
-    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
-    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
-    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
-    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)
-   
-    if(forcageMajusculeFiltre){
-        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
-
-    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
-
-    if(is.null(val_filtre)){ 
-        lesModalites <- unique(d$groupe) 
-    }else{
-        lesModalites <- val_filtre
-    }
-
-#    repResult <- dir(result_dir)
-#    current_dir<-getwd()
-#    dir.create(file.path(current_dir,result_dir))
-#
-#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
-#        dir.create(file.path(".",paste(result_dir,col_filtre,sep="")))}
-#
-#    nomRep1 <- paste(result_dir,col_filtre,"/",sep="")   
-    
-    d.autre <- d
-    d.autre$groupe <- nomGenerique
-
-    for(m in lesModalites) {
-        d.reseau <-  subset(d,groupe==m)
-        d.reseau$groupe <- m
-        ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
-
-        seuilResum <- nrow(d.reseau) >= seuilSegment
-        
-        ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
-        ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
-        colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
-
-        if(ggTableResum$groupe[2]==nomGenerique){
-            ggTableResum <- ggTableResum[c(2,1),]}
-      
-        if(!(is.null(tab_figure_couleur))) {
-            if(m %in% tab_figure_couleur$Modalite) {
-                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
-                                           as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == m])),
-                                           c(nomGenerique,m))
-            }else{
-                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
-                                           as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == ""])),
-                                           c(nomGenerique,m))
-            }
-        }
-
-#        repResult <- dir(nomRep1)
-#        if(!(m %in% repResult)){
-#            dir.create(paste(nomRep1,m,sep=""))}
-#        nomRep <- paste(nomRep1,m,"/",sep="") 
-#        
-#        
-#        if(!is.null(nomProtocole)){
-#            repResult <- dir(nomRep)
-#            if(!(nomProtocole %in% repResult)){
-#                dir.create(paste(nomRep,nomProtocole,sep=""))}
-#            nomRep <- paste(nomRep,nomProtocole,"/",sep="")
-#        } 
-        
-     
-        gg <- ggplot(ggTable,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe))
-        if(bagplot){
-            gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2) }
-        else {
-            gg <- gg + geom_point(alpha=.2)  
-        } 
-        gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe== nomGenerique),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
-        if(segmentSousSeuil) {
-            gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size=2.5)
-            gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size=2.5)
-            if(!(seuilResum)) {
-                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-            }
-        } else {
-            gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size = 2.5)
-            gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size = 2.5)
-        }
-
-        gg <- gg + geom_point(data=d.reseau,size=2)
-        gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
-
-        if(!is.null(colourProtocole)){
-            gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole))
-        }else{
-            gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))
-        }
-
-        if(!(is.null(tab_figure_couleur))){
-            gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "") + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)}
-        
-        ggfile <- paste(nomRep,nomProtocole,"_",m,".png",sep="")
-        #cat("Check",ggfile,":")
-        ggsave(ggfile,gg)
-        #cat("\n")
-        flush.console()
-    }
-}
-
-
-##############################################################
-gglocal <- function(d,
-                    col_abscisse = "AB_MOYENNE",
-                    figure_abscisse = "Abondance",
-                    col_ordonnee = "DIVERSITE_MOYENNE",
-                    figure_ordonnee = "Diversite",
-                    figure_titre = "Graphe referentiel",
-                    col_filtre = "NOM_RESEAU",
-                    nomGenerique = "GLOBAL",
-                    col_sousGroup = "PARCELLEID",
-                    val_filtre = NULL,
-                    figure_nom_filtre = NULL,
-                    tab_figure_couleur= NULL,
-                    colourProtocole = NULL,
-                    nomProtocole = NULL,
-                    couleurLocal="#f609c1",
-                    bagplot = TRUE,
-                    bagProp=c(.05,.5,.95),
-                    seuilSegment=30,
-                    segmentSousSeuil=TRUE,
-                    forcageMajusculeFiltre=TRUE,
-                    forcageMajusculeSousGroupe=TRUE) {
-    
-    d$groupe <- d[,col_filtre]
-    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
-    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
-    d$sousGroup <- d[,col_sousGroup]
-    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
-    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)
-    d$sousGroup <-gsub("/","_",d$sousGroup)
-    d$sousGroup <-gsub("!","",d$sousGroup)
-    if(forcageMajusculeFiltre){
-        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
-    if(forcageMajusculeSousGroupe){
-        d$sousGroup <- toupper(d$sousGroup)}
-    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(sousGroup)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
-    vecSousGroup <- as.character(unique(d$sousGroup))
-    if(is.null(val_filtre)){
-        lesModalites <- unique(d$groupe)}
-    else{ lesModalites <- val_filtre}
-    repResult <- dir("resultats/")
-#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
-#        dir.create(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))}
-#    nomRep1 <- paste("resultats/",col_filtre,"/",sep="")     
-    d.autre <- d
-    d.autre$groupe <- nomGenerique
-    for(m in lesModalites) {
-        d.reseau <-  subset(d,groupe==m)
-        d.reseau$groupe <- m
-        ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
-        seuilResum <- nrow(d.reseau) >= seuilSegment 
-        ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
-        ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
-        colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
-        if(ggTableResum$groupe[2]==nomGenerique){
-            ggTableResum <- ggTableResum[c(2,1),]}             
-        if(!(is.null(tab_figure_couleur))) {
-            if(m %in% tab_figure_couleur$Modalite) {
-                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
-                                             as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == m]),couleurLocal),
-                                           c(nomGenerique,m,""))
-            } else {
-                figure_couleur <- setNames(c(as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == nomGenerique]),
-                                             as.character(tab_figure_couleur$couleur[tab_figure_couleur$Modalite == ""]),couleurLocal),
-                                           c(nomGenerique,m,""))
-            }
-        }
-#        repResult <- dir(nomRep1)
-#        if(!(m %in% repResult)){
-#            dir.create(paste(nomRep1,m,sep=""))}
-#        nomRep <- paste(nomRep1,m,"/",sep="")      
-#        if(!is.null(nomProtocole)) {
-#            repResult <- dir(nomRep)
-#            if(!(nomProtocole %in% repResult)){
-#                dir.create(paste(nomRep,nomProtocole,sep=""))}
-#            nomRep <- paste(nomRep,nomProtocole,"/",sep="")
-#        }         
-        d.reseau <- subset(d.reseau, !(is.na(sousGroup)))        
-        figure_size<-  setNames(c(1,3,2.5), c(nomGenerique,m,""))
-        figure_shape<-  setNames(c(16,16,20), c(nomGenerique,m,""))        
-        vecSousGroup <- as.character(unique(d.reseau$sousGroup))        
-        for(p in vecSousGroup) {            
-            dp <-  subset(d.reseau,sousGroup == p)
-            dp$groupe <- dp$sousGroup
-            ggTableSous <- rbind(d.reseau,dp)
-            ggTableSous <- rbind(d.autre,d.reseau,dp)
-            names(figure_couleur)[3] <- p
-            names(figure_shape)[3] <- p
-            names(figure_size)[3] <- p                        
-            gg <- ggplot(ggTableSous,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe,shape=groupe,size=groupe))
-            if(bagplot){
-                gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2)
-            }else{
-                gg <- gg + geom_point(alpha=.2)}
-            gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe == nomGenerique),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
-            gg <- gg + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe == nomGenerique),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed")
-            if(segmentSousSeuil) {
-                gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size=2.5)
-                gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size=2.5)
-                if(!(seuilResum)) {
-                    gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-                    gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe!=nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-                }
-            } else {
-                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.8,size = 2.5)
-                gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,groupe==nomGenerique),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.8,size = 2.5)
-            }
-            gg <- gg + geom_point(data=subset(ggTableSous,groupe != nomGenerique))
-            if(!(is.null(tab_figure_couleur))){
-                gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "") + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)}
-            gg <- gg + scale_shape_manual(values = figure_shape,name = "",guide=FALSE) + scale_size_manual(values = figure_size,guide=FALSE)
-            gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
-            if(!is.null(colourProtocole)){
-                gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole)) }
-            else{
-                gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))}                       
-            ggfile <- paste(nomRep,nomProtocole,"_",m,"-",p,".png",sep="")
-            #cat("Check",ggfile,":")
-            ggsave(ggfile,gg)
-            #cat("\n")
-            flush.console()
-        }
-    }
-}
-
-
-
-#####################################################
-ggCompareLevel <- function(d,
-                           col_abscisse = "abond_moyenne",
-                           figure_abscisse = "Abondance",
-                           col_ordonnee = "diversite_moyenne",
-                           figure_ordonnee = "Diversite",
-                           figure_titre = "Rhooo il dechire ce graphe",
-                           col_filtre = "nom_reseau",
-                           nomGenerique = "Global",
-                           val_filtre = NULL,
-                           figure_nom_filtre = NULL,
-                           tab_figure_couleur= NULL,
-                           colourProtocole = NULL,
-                           nomProtocole = NULL,
-                           bagplot = TRUE,
-                           bagProp=c(.05,.5,.95),
-                           seuilSegment=30,
-                           segmentSousSeuil=FALSE,
-                           forcageMajusculeFiltre=TRUE){
-
-    d$groupe <- d[,col_filtre]
-    d$abscisse <- d[,col_abscisse]
-    d$ordonnee <- d[,col_ordonnee]
-    d$groupe <-gsub("/","_",d$groupe)
-    d$groupe <-gsub("!","",d$groupe)    
-    
-    if(forcageMajusculeFiltre){
-        d$groupe <- toupper(d$groupe)}
-    d <- subset(d,!(is.na(groupe)) & !(is.na(abscisse)) & !(is.na(ordonnee)) & groupe != "")
-    if(is.null(val_filtre)){
-        lesModalites <- unique(d$groupe) 
-    }else{
-        lesModalites <- val_filtre
-    }
-#    repResult <- dir("resultats/")
-#    if(!(col_filtre %in% repResult)){
-#        dir.create(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))
-#    }
-#    if(!is.null(nomProtocole)){
-#        repResult <- dir(paste("resultats/",col_filtre,sep=""))
-#        if(!(nomProtocole %in% repResult)){
-#            dir.create(paste("resultats/",col_filtre,"/",nomProtocole,sep=""))}
-#        nomRep <- paste("resultats/",col_filtre,"/",nomProtocole,"/",sep="")
-#    }else{
-#        nomRep <- paste("resultats/",col_filtre,"/",sep="")   
-#    }
-    d.autre <- d
-    d.autre$groupe <- nomGenerique
-    d.reseau <-  subset(d,groupe %in% lesModalites)
-    ggTable <- rbind(d.autre,d.reseau)
-    ggTableResum <- aggregate(cbind(ordonnee, abscisse) ~ groupe, data = ggTable,quantile, c(.25,.5,.75))
-    ggTableResum <- data.frame(ggTableResum[,1],ggTableResum[,2][,1:3],ggTableResum[,3][,1:3])
-    colnames(ggTableResum) <- c("groupe","ordonnee.inf","ordonnee.med","ordonnee.sup","abscisse.inf","abscisse.med","abscisse.sup")
-    ggSeuil <- aggregate(ordonnee ~ groupe, data=ggTable,length)
-    ggSeuil$seuilResum <- ggSeuil$ordonnee >= seuilSegment
-    colnames(ggSeuil)[ncol(ggSeuil)] <- "seuil"
-    ggTableResum <- merge(ggTableResum,ggSeuil,by="groupe")
-    t_figure_couleur <- subset(tab_figure_couleur,Modalite %in% c(nomGenerique,lesModalites))
-    modaliteSansCouleur <- lesModalites[(!(lesModalites %in% t_figure_couleur$Modalite))]
-    nbNxCol <- length(modaliteSansCouleur)
-    mypalette<-brewer.pal(nbNxCol,"YlGnBu")
-    figure_couleur <- setNames(c(as.character(t_figure_couleur$couleur),mypalette),c(as.character(t_figure_couleur$Modalite),modaliteSansCouleur))
-    tab_coul <- data.frame(groupe=names(figure_couleur),couleur=figure_couleur)
-    tab_coul <- merge(tab_coul,ggTableResum,"groupe")
-    tab_coul$nom <- paste(tab_coul$groupe," (",tab_coul$ordonnee,")",sep="")
-    figure_couleur <- setNames(as.character(tab_coul$couleur),tab_coul$groupe)
-    figure_couleur_nom<- tab_coul$nom
-    gg <- ggplot(ggTable,aes(x=abscisse,y=ordonnee,colour=groupe,fill=groupe))
-    if(bagplot){
-        gg <- gg + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[1],colour=NA,alpha=.7) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[2],colour=NA,alpha=.4) + stat_bag(data=d.autre,prop=bagProp[3],colour=NA,alpha=.2) 
-    }else{
-        gg <- gg + geom_point(alpha=.2)
-    }
-    gg <- gg + geom_hline(data=subset(ggTableResum,groupe=="Autre"),aes(yintercept = ordonnee.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") + geom_vline(data=subset(ggTableResum,groupe=="Autre"),aes(xintercept = abscisse.med,colour=groupe),size=.5,linetype="dashed") 
-    gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.7,size = 2.5)
-    gg <- gg + geom_segment(data=ggTableResum,aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.7,size = 2.5)
-    if(any(ggTableResum$seuil)){
-        gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,!(seuil)),aes(x = abscisse.med, y = ordonnee.inf, xend = abscisse.med, yend = ordonnee.sup),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-        gg <- gg + geom_segment(data=subset(ggTableResum,!(seuil)),aes(x = abscisse.inf, y = ordonnee.med, xend = abscisse.sup, yend = ordonnee.med),alpha=.5,size = 1.5,colour="white")
-    }
-                    
-    #browser()                    #  gg <- gg + geom_point(data=d.reseau,size=2)
-    gg <- gg + scale_colour_manual(values = figure_couleur,name = "",labels =  figure_couleur_nom) + scale_fill_manual(values = figure_couleur,name = "",guide=FALSE)
-    gg <- gg + labs(list(title=figure_titre,x=figure_abscisse,y=figure_ordonnee))
-    if(!is.null(colourProtocole)){
-        gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA), axis.ticks = element_line(colour = colourProtocole, size = 1), axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"),plot.title = element_text(colour = colourProtocole)) 
-    }else{
-        gg <- gg + theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),legend.text = element_text(size = 7),legend.background = element_rect(fill=NA))
-    }
-    ggfile <- paste(nomRep,nomProtocole,"_",col_filtre,"_","comparaison.png",sep="")
-    #cat("Check",ggfile,":")    
-    ggsave(ggfile,gg)
-    #cat("\n")
-flush.console()
-}
-
-
-#########################################
-
-#Lancement des fonctions :
-
-  #Variables a definir :
-
-#filename="BDD_PAPILLONS_2016.txt"
-#color_filename<-"code_couleurs.csv"
-
-  #func
-#func="ggCompareLevel"
-#func="ggfiltre1niveau"
-#func="gglocal"
-
-  #colSousGroupe
-#col_sousGroup_usr = NULL    #ggfiltre #ggCompareLevel
-#col_sousGroup_usr = "PARCELLENOM"   #gglocal
-
-  #vec_col_filtre_usr
-#vec_col_filtre_usr = c("CONDUITEPARCELLE")  #ggCompareLevel
-#vec_col_filtre_usr = c("REGION")   #ggfiltre
-#vec_col_filtre_usr = c("NOM_RESEAU") #gglocal
-
-
-
-#Exe fonction :
-
-#filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup=NULL)   #ggfiltre ou ggCompareLevel, depend de func et de vec_col_filtre_usr
-#filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup = col_sousGroup_usr,vec_col_filtre=vec_col_filtre_usr) ## ==local
-
-########################################################
-
-filename=args[2]
-color_filename=args[3]
-func=args[4]
-
-if(func=="ggCompareLevel"){
-col_sousGroup_usr=NULL
-vec_col_filtre_usr=c("CONDUITEPARCELLE")
-}else if(func=="ggfiltre1niveau"){
-col_sousGroup_usr=NULL
-vec_col_filtre_usr=c("REGION")
-}else if(func=="gglocal"){
-col_sousGroup_usr="PARCELLENOM"
-vec_col_filtre_usr=c("NOM_RESEAU")
-}else{
-#sortie erreur
-write("Error, unknown function. Exit(1).", stderr())
-q('no')
-}
-
-#create result dir
-nomRep="resultats/"
-dir.create(file.path(".", nomRep), showWarnings = FALSE)
-
-
-filtre1niveau(func=func,nom_fichier=filename,nom_fichierCouleur=color_filename,col_sousGroup=col_sousGroup_usr,vec_col_filtre=vec_col_filtre_usr)
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc butterfly_crossplot.xml
--- a/butterfly_crossplot.xml	Mon Aug 13 10:06:35 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,38 +0,0 @@
-<tool id="Butterfly_crossplot" name="Butterfly data analysis" version="0.1.0">
-    <requirements>
-        <requirement type="package" version="2.2.1">r-ggplot2</requirement>
-        <requirement type="package" version="1.1_2">r-rcolorbrewer</requirement>
-        <requirement type="package" version="0.9.10">xorg-libxrender</requirement>
-        <requirement type="package" version="0.9.10">xorg-libsm</requirement>
-        <requirement type="package" version="1.5">libconfig</requirement>
-        <requirement type="package" version="1.5_9">r-cairo</requirement>
-    </requirements>
-    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        Rscript '$__tool_directory__/butterfly_crossplot.R' '$__tool_directory__/stat_bag.r' '$butterfly_db' '$__tool_directory__/code_couleurs.csv' '$function'
-        ##'$__tool_directory__/BDD_PAPILLONS_2016.txt'
-    ]]></command>
-    <inputs>
-        <param name="function" type="select" label="Chose your analyse">
-            <option value="ggCompareLevel">Compare production methods</option>
-            <option value="ggfiltre1niveau">Compare regions</option>
-            <option value="gglocal">Compare local networks</option>
-        </param>
-        <param name="butterfly_db" type="data" format="csv,tabular" label="Butterfly datafile"/>
-    </inputs>
-    <outputs>
-        <data format="png" name="ggCompareLevel" label="Compare production methods" from_work_dir="resultats/Papillons_CONDUITEPARCELLE_comparaison.png">
-            <filter>function=='ggCompareLevel'</filter>
-        </data>
-        <collection type="list" name="output_ggfiltre" label="Compare regions">
-            <discover_datasets pattern="__designation_and_ext__" visible="false" format="png" directory="resultats"/>
-                <filter>function=='ggfiltre1niveau'</filter>
-        </collection>
-        <collection type="list" name="output_gglocal" label="Compare local network">
-            <discover_datasets pattern="__designation_and_ext__" visible="false" format="png" directory="resultats"/>
-                <filter>function=='gglocal'</filter>
-        </collection>
-   </outputs>
-    <help><![CDATA[
-        TODO: Fill in help.
-    ]]></help>
-</tool>
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc code_couleurs.csv
--- a/code_couleurs.csv	Mon Aug 13 10:06:35 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,24 +0,0 @@
-Filtre;Modalite;couleur
-TYPECULTURE;ARBORICULTURE;"#006600"
-TYPECULTURE;AUTRE_CULTURE_PERENNE;"#FF5050"
-TYPECULTURE;GRANDE_CULTURE;"#FFC000"
-TYPECULTURE;MARAICHAGE;"#FF6600"
-TYPECULTURE;PRAIRIE;"#97B314"
-TYPECULTURE;VITICULTURE;"#660066"
-NOM_RESEAU;;"#31849B"
-Protocole;Abeilles;"#EE7F00"
-Protocole;Invertebres;"#97B314"
-Protocole;Papillons;"#009EE0"
-Protocole;Vers de terre;"#666666"
-TYPECULTURE;GLOBAL;"#9f0d0d"
-NOM_RESEAU;GLOBAL;"#9f0d0d"
-REGIONNAME;;"#31849B"
-REGIONNAME;GLOBAL;"#9f0d0d"
-ANNEE;;"#31849B"
-ANNEE;GLOBAL;"#9f0d0d"
-REGION;GLOBAL;"#9f0d0d"
-REGION;;"#666666"
-CONDUITEPARCELLE;;"#31849B"
-CONDUITEPARCELLE;GLOBAL;"#9f0d0d"
-TRAVAILSOL;;"#31849B"
-TRAVAILSOL;GLOBAL;"#9f0d0d"
\ No newline at end of file
diff -r 22813beb2fa8 -r 73d80db53ecc stat_bag.r
--- a/stat_bag.r	Mon Aug 13 10:06:35 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,145 +0,0 @@
-library(ggplot2)
-StatBag <- ggproto("Statbag", Stat,
-                   compute_group = function(data, scales, prop = 0.5) {
-
-                     #################################
-                     #################################
-                     # originally from aplpack package, plotting functions removed
-                     plothulls_ <- function(x, y, fraction, n.hull = 1,
-                                            col.hull, lty.hull, lwd.hull, density=0, ...){
-                       # function for data peeling:
-                       # x,y : data
-                       # fraction.in.inner.hull : max percentage of points within the hull to be drawn
-                       # n.hull : number of hulls to be plotted (if there is no fractiion argument)
-                       # col.hull, lty.hull, lwd.hull : style of hull line
-                       # plotting bits have been removed, BM 160321
-                       # pw 130524
-                       if(ncol(x) == 2){ y <- x[,2]; x <- x[,1] }
-                       n <- length(x)
-                       if(!missing(fraction)) { # find special hull
-                         n.hull <- 1
-                         if(missing(col.hull)) col.hull <- 1
-                         if(missing(lty.hull)) lty.hull <- 1
-                         if(missing(lwd.hull)) lwd.hull <- 1
-                         x.old <- x; y.old <- y
-                         idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx]
-                         for( i in 1:(length(x)/3)){
-                           x <- x[-idx]; y <- y[-idx]
-                           if( (length(x)/n) < fraction ){
-                             return(cbind(x.hull,y.hull))
-                           }
-                           idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx];
-                         }
-                       }
-                       if(missing(col.hull)) col.hull <- 1:n.hull
-                       if(length(col.hull)) col.hull <- rep(col.hull,n.hull)
-                       if(missing(lty.hull)) lty.hull <- 1:n.hull
-                       if(length(lty.hull)) lty.hull <- rep(lty.hull,n.hull)
-                       if(missing(lwd.hull)) lwd.hull <- 1
-                       if(length(lwd.hull)) lwd.hull <- rep(lwd.hull,n.hull)
-                       result <- NULL
-                       for( i in 1:n.hull){
-                         idx <- chull(x,y); x.hull <- x[idx]; y.hull <- y[idx]
-                         result <- c(result, list( cbind(x.hull,y.hull) ))
-                         x <- x[-idx]; y <- y[-idx]
-                         if(0 == length(x)) return(result)
-                       }
-                       result
-                     } # end of definition of plothulls
-                     #################################
-
-
-                     # prepare data to go into function below
-                     the_matrix <- matrix(data = c(data$x, data$y), ncol = 2)
-
-                     # get data out of function as df with names
-                     setNames(data.frame(plothulls_(the_matrix, fraction = prop)), nm = c("x", "y"))
-                     # how can we get the hull and loop vertices passed on also?
-                   },
-
-                   required_aes = c("x", "y")
-)
-
-#' @inheritParams ggplot2::stat_identity
-#' @param prop Proportion of all the points to be included in the bag (default is 0.5)
-stat_bag <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "polygon",
-                     position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA, 
-                     inherit.aes = TRUE, prop = 0.5, alpha = 0.3, ...) {
-  layer(
-    stat = StatBag, data = data, mapping = mapping, geom = geom, 
-    position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
-    params = list(na.rm = na.rm, prop = prop, alpha = alpha, ...)
-  )
-}
-
-
-geom_bag <- function(mapping = NULL, data = NULL,
-                     stat = "identity", position = "identity",
-                     prop = 0.5, 
-                     alpha = 0.3,
-                     ...,
-                     na.rm = FALSE,
-                     show.legend = NA,
-                     inherit.aes = TRUE) {
-  layer(
-    data = data,
-    mapping = mapping,
-    stat = StatBag,
-    geom = GeomBag,
-    position = position,
-    show.legend = show.legend,
-    inherit.aes = inherit.aes,
-    params = list(
-      na.rm = na.rm,
-      alpha = alpha,
-      prop = prop,
-      ...
-    )
-  )
-}
-
-#' @rdname ggplot2-ggproto
-#' @format NULL
-#' @usage NULL
-#' @export
-GeomBag <- ggproto("GeomBag", Geom,
-                   draw_group = function(data, panel_scales, coord) {
-                     n <- nrow(data)
-                     if (n == 1) return(zeroGrob())
-
-                     munched <- coord_munch(coord, data, panel_scales)
-                     # Sort by group to make sure that colors, fill, etc. come in same order
-                     munched <- munched[order(munched$group), ]
-
-                     # For gpar(), there is one entry per polygon (not one entry per point).
-                     # We'll pull the first value from each group, and assume all these values
-                     # are the same within each group.
-                     first_idx <- !duplicated(munched$group)
-                     first_rows <- munched[first_idx, ]
-
-                     ggplot2:::ggname("geom_bag",
-                                      grid:::polygonGrob(munched$x, munched$y, default.units = "native",
-                                                         id = munched$group,
-                                                         gp = grid::gpar(
-                                                           col = first_rows$colour,
-                                                           fill = alpha(first_rows$fill, first_rows$alpha),
-                                                           lwd = first_rows$size * .pt,
-                                                           lty = first_rows$linetype
-                                                         )
-                                      )
-                     )
-
-
-                   },
-
-                   default_aes = aes(colour = "NA", fill = "grey20", size = 0.5, linetype = 1,
-                                     alpha = NA, prop = 0.5),
-
-                   handle_na = function(data, params) {
-                     data
-                   },
-
-                   required_aes = c("x", "y"),
-
-                   draw_key = draw_key_polygon
-)