# HG changeset patch # User mvdbeek # Date 1446638252 18000 # Node ID 9f74a22d20607c8debd8640bf88dc2c738e2b141 planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/sra-tools commit 70fadb7e8972b1db550d0e067584930ce1ec8673-dirty diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 LICENSE --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/LICENSE Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,60 @@ +CONTENTS + + Public Domain Notice + Exceptions (for bundled 3rd-party code) + Copyright F.A.Q. + + +============================================================== + PUBLIC DOMAIN NOTICE + National Center for Biotechnology Information + +With the exception of certain third-party files summarized below, this +software is a "United States Government Work" under the terms of the +United States Copyright Act. It was written as part of the authors' +official duties as United States Government employees and thus cannot +be copyrighted. This software is freely available to the public for +use. The National Library of Medicine and the U.S. Government have not +placed any restriction on its use or reproduction. + +Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy +and reliability of the software and data, the NLM and the U.S. +Government do not and cannot warrant the performance or results that +may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S. +Government disclaim all warranties, express or implied, including +warranties of performance, merchantability or fitness for any +particular purpose. + +Please cite the authors in any work or product based on this material. + + +============================================================== +Copyright F.A.Q. + + +-------------------------------------------------------------- +Q. Our product makes use of the NCBI source code, and we made changes + and additions to that version of the NCBI code to better fit it to + our needs. Can we copyright the code, and how? + +A. You can copyright only the *changes* or the *additions* you made to the + NCBI source code. You should identify unambiguously those sections of + the code that were modified, e.g. by commenting any changes you made + in the code you distribute. Therefore, your license has to make clear + to users that your product is a combination of code that is public domain + within the U.S. (but may be subject to copyright by the U.S. in foreign + countries) and code that has been created or modified by you. + +-------------------------------------------------------------- +Q. Can we (re)license all or part of the NCBI source code? + +A. No, you cannot license or relicense the source code written by NCBI + since you cannot claim any copyright in the software that was developed + at NCBI as a 'government work' and consequently is in the public domain + within the U.S. + +-------------------------------------------------------------- +Q. What if these copyright guidelines are not clear enough or are not + applicable to my particular case? + +A. Contact us. Send your questions to 'sra-tools@ncbi.nlm.nih.gov'. diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,32 @@ +[![Build Status](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy) + +The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by +the NCBI: http://github.com/ncbi/sra-tools. + +# INSTALLATION + +Please use the Galaxy admin interface to install from the toolshed: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/matt-shirley/ncbi_sra_toolkit + +This software release was designed to install using the Galaxy toolshed under Linux and MacOS operating systems on Intel x86-compatible 32/64 bit architectures. + +*Build Requirements* + +- bash +- git +- make +- gcc +- g++ +- perl +- libxml2 + +On a Debian OS use: + + apt-get install build-essential libxml2-dev git + +On a Mac with [command line tools](https://developer.apple.com/downloads/index.action) installed: + + brew install git libxml2 + +CONTROLLED-ACCESS DATA + +Encrypted, controlled-access data is not supported. diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 README.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.txt Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,39 @@ +The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by +the NCBI Sequence Read Archive: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. +Use of SRA Toolkit software herin should comply with the GPL v2 or greater. + +Copyright (C) 2013 Matthew Shirley + + This program is free software: you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation, either version 2 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License + along with this program. If not, see . + +INSTALLATION + +This software release was designed to run under Linux, MacOSX operating systems on Intel x86-compatible 64 bit architectures. + +Build Requirements: + ar + bash + make + gcc, g++ + libxml2 + libcurl4 + zlib + +On a debian based Linux OS use: + + apt-get install build-essential libxml2-dev libcurl4-openssl-dev zlib-dev + +CONTROLLED-ACCESS DATA + +Encrypted, controlled-access data is not supported in this version of the SRA Toolkit Galaxy tool shed. \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 datatypes_conf.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes_conf.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,12 @@ + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 fastq_dump.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fastq_dump.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,142 @@ + + in FASTQ/A format from NCBI SRA. + + sra_macros.xml + + + + "$output_file" + #else: + "$input.accession" > "$output_accession" + #end if + ]]> + + fastq-dump --version + + + + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + input['input_select'] == "accession_number" + + + + + + input['input_select'] == "file" + + + + + + + + + + + + + + + + + + + This tool extracts reads from SRA archives using fastq-dump. + The fastq-dump program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + + diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 sam_dump.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sam_dump.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,117 @@ + + in SAM or BAM format from NCBI SRA. + + sra_macros.xml + + + + /dev/null + #end if + #if $input.input_select == "file": + > "$output_file" + #elif $input.input_select == "accession_number": + > "$output_accession" + #end if + ]]> + + sam-dump --version + + + + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + input['input_select'] == "accession_number" + + + + + + input['input_select'] == "file" + + + + + + + + + + + + + + + + This tool extracts reads from sra archives using sam-dump. + The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + + diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 sra.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra.py Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,45 @@ +""" +NCBI sra class +""" +import logging +import binascii +from galaxy.datatypes.data import nice_size +from galaxy.datatypes.binary import Binary + +log = logging.getLogger(__name__) + +class Sra(Binary): + """ Sequence Read Archive (SRA) """ + file_ext = 'sra' + + def __init__( self, **kwd ): + Binary.__init__( self, **kwd ) + + def sniff( self, filename ): + """ The first 8 bytes of any NCBI sra file is 'NCBI.sra', and the file is binary. + For details about the format, see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/helpsra/SRA_Overview_BK/#SRA_Overview_BK.4_SRA_Data_Structure + """ + try: + header = open(filename).read(8) + if binascii.b2a_hex(header) == binascii.hexlify('NCBI.sra'): + return True + else: + return False + except: + return False + + def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False): + if not dataset.dataset.purged: + dataset.peek = 'Binary sra file' + dataset.blurb = nice_size(dataset.get_size()) + else: + dataset.peek = 'file does not exist' + dataset.blurb = 'file purged from disk' + + def display_peek(self, dataset): + try: + return dataset.peek + except: + return 'Binary sra file (%s)' % (nice_size(dataset.get_size())) + +Binary.register_sniffable_binary_format('sra', 'sra', Sra) diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 sra_macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra_macros.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,48 @@ + + + + ngs_sdk + ncbi_vdb + sra_toolkit + ascp + perl + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies. + Galaxy tool wrapper originally written by Matt Shirley (mdshw5 at gmail.com). + Tool dependencies, clean-up and bug-fixes by Marius van den Beek (m.vandenbeek at gmail.com). + For support and bug reports contact Matt Shirley or Marius van den Beek or go to https://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy. + diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 sra_pileup.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra_pileup.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,89 @@ + + from NCBI sra. + + sra_macros.xml + + + + "$output_file" + #elif $input.input_select == "accession_number": + "$input.accession" > "$output_accession" + #elif $input.input_select == "text": + `cat $input.text` > "$output_text" + #end if + ]]> + + sra-pileup --version + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + +
+ + + + input['input_select'] == "accession_number" + + + input['input_select'] == "file" + + + input['input_select'] == "text" + + + + + + + + + + + + This tool produces pileup format from sra archives using sra-pileup. + The sra-pileup program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + + diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 test-data/bam_dump_result.bam Binary file test-data/bam_dump_result.bam has changed diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 test-data/fastq_dump_result.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/fastq_dump_result.fastq Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,40 @@ +@1/1 +AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.1 1 length=100 +EGGEGGGDFGEEEAEECGDEGGFEEGEFGBEEDDECFEFDD@CDDBA8:>@:4+36945&4354445>/B>@ +@1/2 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.1 1 length=100 +GHHHDFDFGFGEGFBGEGGEGEGGGHGFGHFHFHHHHHHHEF?EFEFF?EHGGHHHGHFHEHDEHGHFFEEE9BDDBEBAD.AD:ACBBC=4@>?5>=+? +@2/1 +AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.2 2 length=100 +HHHHHHEGFHEEFEEHEEHHGGEGGGGEFGFGGGGHHHHFBEEEEEFGGEEAEEEDD0ADDBD9BDBDDA@6?BA;?CD=:-7<<::)1;5,6-6A@?=9 +@2/2 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.2 2 length=100 +HHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGHHHHHHHHHHHFHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHBHGHHFDBDDED5FCFCEEGF<@>>>@,<5<@@?>;D +@3/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCA ++SRR925743.3 3 length=100 +HHHHFHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGEFHGEGGFGGGGGGHHHHEFEIDDEEEEEDD4DD;??:6>6<@.<==@?.@@BEEEE3B;BB;>B7C@DA=DFBDD.BEE=9 +@4/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.4 4 length=100 +HHGBHHHHGFHHHHHFDHHFHGEHHHHHEFHHHHEGEGEFFFAFFFDCFGF?@GCDFGFEFHHEFDF*F6DC4DD:A8>@D@CD8->=>=<@CB@##### +@4/2 +ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.4 4 length=100 +GFFFHHFFHHHFHHFEFGGBGEEEE?<9?6=>>:=DDDD@DBGDB;DBDBA.ADD8<2<>6A@=A5>550=>>>>BE;EEEDEEE79+336<68=BCEB@ +@5/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTCACACTCACCCTA ++SRR925743.5 5 length=100 +GGGFGFFGGGFBGGEGGFFGGGCFFGGGGGEGFFFFFGFFGFFFDFFB+FGGFEE?FCF::7B5A?+BB############################### +@5/2 +ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGT ++SRR925743.5 5 length=100 +479<.>><:+?=9@######## diff -r 000000000000 -r 9f74a22d2060 test-data/sam_dump_result.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam_dump_result.sam Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,3025 @@ +@HD VN:1.3 +@SQ SN:1 AS:CM000663.1 LN:249250621 +@SQ SN:2 AS:CM000664.1 LN:243199373 +@SQ SN:3 AS:CM000665.1 LN:198022430 +@SQ SN:4 AS:CM000666.1 LN:191154276 +@SQ SN:5 AS:CM000667.1 LN:180915260 +@SQ SN:6 AS:CM000668.1 LN:171115067 +@SQ SN:7 AS:CM000669.1 LN:159138663 +@SQ SN:8 AS:CM000670.1 LN:146364022 +@SQ SN:9 AS:CM000671.1 LN:141213431 +@SQ SN:10 AS:CM000672.1 LN:135534747 +@SQ SN:11 AS:CM000673.1 LN:135006516 +@SQ SN:12 AS:CM000674.1 LN:133851895 +@SQ SN:13 AS:CM000675.1 LN:115169878 +@SQ SN:14 AS:CM000676.1 LN:107349540 +@SQ SN:15 AS:CM000677.1 LN:102531392 +@SQ SN:16 AS:CM000678.1 LN:90354753 +@SQ SN:17 AS:CM000679.1 LN:81195210 +@SQ SN:18 AS:CM000680.1 LN:78077248 +@SQ SN:19 AS:CM000681.1 LN:59128983 +@SQ SN:20 AS:CM000682.1 LN:63025520 +@SQ SN:21 AS:CM000683.1 LN:48129895 +@SQ SN:22 AS:CM000684.1 LN:51304566 +@SQ SN:X AS:CM000685.1 LN:155270560 +@SQ SN:Y AS:CM000686.1 LN:59373566 +@SQ SN:M 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HH +CM000679.1 41245977 G 2 .. HH +CM000679.1 41245978 C 2 .. HH +CM000679.1 41245979 C 2 .. HH +CM000679.1 41245980 A 2 .. HH +CM000679.1 41245981 A 2 .. HH +CM000679.1 41245982 A 2 .. HH +CM000679.1 41245983 T 2 .. HH +CM000679.1 41245984 C 2 .. HH +CM000679.1 41245985 T 2 .. HH +CM000679.1 41245986 G 2 .. HH +CM000679.1 41245987 C 2 .. EH +CM000679.1 41245988 T 2 .. HH +CM000679.1 41245989 T 2 .. HH +CM000679.1 41245990 T 2 .. HH +CM000679.1 41245991 C 2 .. BH +CM000679.1 41245992 T 3 ..^>. FHH +CM000679.1 41245993 T 3 ... HHH +CM000679.1 41245994 G 3 ... DHH +CM000679.1 41245995 A 3 ... FHH +CM000679.1 41245996 T 3 ... FFH +CM000679.1 41245997 A 3 ... EHH +CM000679.1 41245998 A 3 ... EHH +CM000679.1 41245999 A 3 ... FHH +CM000679.1 41246000 A 3 ... 7CH +CM000679.1 41246001 T 3 ... ?FH +CM000679.1 41246002 C 3 ... CGH +CM000679.1 41246003 C 3 ... EEH +CM000679.1 41246004 T 3 ... EHH +CM000679.1 41246005 C 3 ... EFH +CM000679.1 41246006 A 3 ... CHH +CM000679.1 41246007 G 5 ...^>.^>. 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EBC +CM000679.1 41247326 C 3 .$.$.$ HA# +CM000679.1 41247333 T 1 ^]a 4 +CM000679.1 41247334 C 1 a : +CM000679.1 41247335 A 2 ,^], ?# +CM000679.1 41247336 A 2 ,, >A +CM000679.1 41247337 G 2 ,, @< +CM000679.1 41247338 C 2 ,, 5; +CM000679.1 41247339 C 2 ,, =6 +CM000679.1 41247340 T 2 ,, :2 +CM000679.1 41247341 G 2 ,, 11 +CM000679.1 41247342 T 3 ,,^], :5# +CM000679.1 41247343 A 3 ,,, ,/B +CM000679.1 41247344 A 3 ,,, ?7@ +CM000679.1 41247345 C 3 ,,, ;?C +CM000679.1 41247346 T 3 ,,, -=1 +CM000679.1 41247353 C 3 ,,, 7D4 +CM000679.1 41247354 T 3 ,,, 7=1 +CM000679.1 41247355 T 3 ,,, 8D/ +CM000679.1 41247356 T 3 ,,g +C& +CM000679.1 41247357 G 3 ,,, 5B% +CM000679.1 41247358 G 3 ,,, (AA +CM000679.1 41247359 G 3 ,,, -A' +CM000679.1 41247360 A 3 ,,, 5D8 +CM000679.1 41247361 G 3 ,,, '@A +CM000679.1 41247362 G 3 ,,, .;= +CM000679.1 41247363 C 3 ,,, DGD +CM000679.1 41247364 T 3 ,,, ;G. +CM000679.1 41247365 G 3 ,,, AG9 +CM000679.1 41247366 A 3 ,,, DGA +CM000679.1 41247367 A 3 ,,, ?C@ +CM000679.1 41247368 G 3 ,,, >GA +CM000679.1 41247369 T 3 ,,, CGD +CM000679.1 41247370 G 3 ,,, DG= +CM000679.1 41247371 G 3 ,,, =F, +CM000679.1 41247372 G 3 ,,, @G; +CM000679.1 41247373 C 3 ,,, ED> +CM000679.1 41247374 A 3 ,,, BGA +CM000679.1 41247375 G 3 ,,, EGE +CM000679.1 41247376 A 3 ,,, BB= +CM000679.1 41247377 C 3 ,,, EEB +CM000679.1 41247378 T 3 ,,, BG? +CM000679.1 41247379 G 3 ,,, ;GC +CM000679.1 41247380 C 3 ,,, FFE +CM000679.1 41247381 T 3 ,,, FFA +CM000679.1 41247382 T 3 ,,, FGA +CM000679.1 41247383 G 3 ,,, EE? +CM000679.1 41247384 A 3 ,,, EHD +CM000679.1 41247385 G 3 ,,, E>; +CM000679.1 41247386 T 3 ,,, AF? +CM000679.1 41247387 C 3 ,,, EHE +CM000679.1 41247388 C 3 ,,, ;HC +CM000679.1 41247389 A 3 ,,, FDD +CM000679.1 41247390 G 3 ,,, EGE +CM000679.1 41247391 G 3 ,,, ?HE +CM000679.1 41247392 A 3 ,,, FGB +CM000679.1 41247393 G 3 ,,, DEE +CM000679.1 41247394 T 3 ,,, DE? +CM000679.1 41247395 T 3 ,,, >FA +CM000679.1 41247396 T 3 ,,, @@C +CM000679.1 41247397 G 3 ,,, =HF +CM000679.1 41247398 A 3 ,,, FHG +CM000679.1 41247399 G 3 ,,, FHE +CM000679.1 41247400 A 3 ,,, ?H= +CM000679.1 41247401 C 3 ,,, FHF +CM000679.1 41247402 C 3 ,,, FHF +CM000679.1 41247403 A 3 ,,, FHF +CM000679.1 41247404 G 3 ,,, FGF +CM000679.1 41247405 C 3 ,,, @FE +CM000679.1 41247406 C 3 ,,, EHF +CM000679.1 41247407 T 3 ,,, FE5 +CM000679.1 41247408 C 3 ,,, DHD +CM000679.1 41247409 G 3 ,,, EHF +CM000679.1 41247410 G 3 ,,, FHH +CM000679.1 41247411 T 3 ,,, FHH +CM000679.1 41247412 A 3 ,,, FHH +CM000679.1 41247413 A 3 ,,, FHF +CM000679.1 41247414 C 3 ,,, FHH +CM000679.1 41247415 A 3 ,,, EHH +CM000679.1 41247416 T 3 ,,, FHF +CM000679.1 41247417 G 3 ,,, FHH +CM000679.1 41247418 G 3 ,,, DHH +CM000679.1 41247419 T 3 ,,, DHF +CM000679.1 41247420 G 3 ,,, DHH +CM000679.1 41247421 A 3 ,,, DHH +CM000679.1 41247422 A 3 ,,, DHH +CM000679.1 41247423 A 3 ,,, ?HH +CM000679.1 41247424 C 3 ,,, @HH +CM000679.1 41247425 C 3 ,,, BHH +CM000679.1 41247426 C 3 ,,, BHH +CM000679.1 41247427 C 3 ,,, @GH +CM000679.1 41247428 A 3 ,,, DHH +CM000679.1 41247429 T 3 ,,, BHH +CM000679.1 41247430 C 3 ,,, DHG +CM000679.1 41247431 T 3 ,,, CGH +CM000679.1 41247432 C 3 ,$,$,$ DGH +CM000679.1 41247820 C 1 ^>. 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HD +CM000679.1 41248487 A 2 .. HD +CM000679.1 41248488 T 2 .. HD +CM000679.1 41248489 T 2 .. HD +CM000679.1 41248490 G 2 .. HD +CM000679.1 41248491 A 2 .. HC +CM000679.1 41248492 G 2 .. HD +CM000679.1 41248493 A 2 .. HD +CM000679.1 41248494 C 2 .. HA +CM000679.1 41248495 A 2 .. HC +CM000679.1 41248496 G 2 .. HF +CM000679.1 41248497 G 2 .. HD +CM000679.1 41248498 A 2 .. FA +CM000679.1 41248499 G 2 .. HD +CM000679.1 41248500 A 2 .. FD +CM000679.1 41248501 A 2 .. HF +CM000679.1 41248502 T 2 .. HD +CM000679.1 41248503 C 2 .. FE +CM000679.1 41248504 G 2 .. HE +CM000679.1 41248505 C 2 .. HD +CM000679.1 41248506 T 2 .. HD +CM000679.1 41248507 T 2 .. HF +CM000679.1 41248508 G 2 .. FD +CM000679.1 41248509 A 2 .. HE +CM000679.1 41248510 A 2 .. HE +CM000679.1 41248511 C 2 .. HB +CM000679.1 41248512 C 2 .. HC +CM000679.1 41248513 A 2 .. H> +CM000679.1 41248514 G 2 .. HE +CM000679.1 41248515 G 2 .. HE +CM000679.1 41248516 G 2 .. H> +CM000679.1 41248517 A 2 .. H> +CM000679.1 41248518 G 2 .. HB +CM000679.1 41248519 T 2 .. E+ +CM000679.1 41248520 T 2 .. H9 +CM000679.1 41248521 G 2 .. HD +CM000679.1 41248522 G 2 .. FE +CM000679.1 41248523 A 2 .. HC +CM000679.1 41248524 G 2 .. H7 +CM000679.1 41248525 A 2 .. FB +CM000679.1 41248526 T 2 .. HE +CM000679.1 41248527 T 2 .. HB +CM000679.1 41248528 G 2 .. GD +CM000679.1 41248529 C 2 .. HC +CM000679.1 41248530 A 2 .. HF +CM000679.1 41248531 G 2 .. FB +CM000679.1 41248532 T 2 .. HD +CM000679.1 41248533 G 2 .. F. +CM000679.1 41248534 A 2 .. HD +CM000679.1 41248535 G 2 .. DD +CM000679.1 41248536 C 2 .. F5 +CM000679.1 41248537 C 2 .. H6 +CM000679.1 41248538 G 2 .. H@ +CM000679.1 41248539 A 2 .. F? +CM000679.1 41248540 G 2 .. HA +CM000679.1 41248541 A 2 .. H> +CM000679.1 41248542 T 2 .. F= +CM000679.1 41248543 G 2 .. F: +CM000679.1 41248544 G 2 .. H- +CM000679.1 41248545 C 2 .. BB +CM000679.1 41248546 G 2 .. G8 +CM000679.1 41248547 C 2 .. HA +CM000679.1 41248548 C 2 .. HA +CM000679.1 41248549 A 2 .. E+ +CM000679.1 41248550 C 2 .. FA +CM000679.1 41248551 T 2 .. BC +CM000679.1 41248552 A 2 .. HC +CM000679.1 41248553 C 2 .. FC +CM000679.1 41248554 A 2 .. H@ +CM000679.1 41248555 C 2 .. H< +CM000679.1 41248556 T 2 .. EC +CM000679.1 41248557 C 2 .. B4 +CM000679.1 41248558 C 2 .. F@ +CM000679.1 41248559 A 2 .. 60 +CM000679.1 41248560 T 2 .. F= +CM000679.1 41248561 C 2 .. ?* +CM000679.1 41248562 C 2 .. F: +CM000679.1 41248563 T 2 .. F? +CM000679.1 41248564 G 2 ..$ E# +CM000679.1 41248565 G 2 .^>, BH +CM000679.1 41248566 C 2 ., EH +CM000679.1 41248567 A 2 ., EH +CM000679.1 41248568 A 2 ., EF +CM000679.1 41248569 C 2 ., CF +CM000679.1 41248570 A 2 ., EH +CM000679.1 41248571 G 2 ., DH +CM000679.1 41248572 G 2 ., EF +CM000679.1 41248573 G 2 ., EH +CM000679.1 41248574 C 2 ., >F +CM000679.1 41248575 A 2 ., /H +CM000679.1 41248576 A 2 ., BH +CM000679.1 41248577 G 2 ., CF +CM000679.1 41248578 A 2 ., CF +CM000679.1 41248579 C 2 ., BG +CM000679.1 41248580 C 2 ., 5H +CM000679.1 41248581 C 2 ., EH +CM000679.1 41248582 C 2 ., EH +CM000679.1 41248583 G 2 ., EH +CM000679.1 41248584 T 2 .$, #F +CM000679.1 41248585 C 1 , G +CM000679.1 41248586 T 1 , H +CM000679.1 41248587 C 1 ,$ E +CM000679.1 41249199 T 1 ^>. 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+CM000679.1 41252835 A 5 ...c, FGF%2 +CM000679.1 41252836 C 5 ...,, H>HAG +CM000679.1 41252837 C 5 ...,, GDHDF +CM000679.1 41252838 T 5 ...,, HEH@D +CM000679.1 41252839 C 5 ...,, FBHDG +CM000679.1 41252840 C 5 ...,, HEHHH +CM000679.1 41252841 C 5 ...,, H@= +CM000679.1 41252858 C 5 ...,, E7HDH +CM000679.1 41252859 C 5 ...,, E7HFH +CM000679.1 41252860 T 5 .$.$.,, @7HHH +CM000679.1 41252861 G 3 .,, HHH +CM000679.1 41252862 C 3 .,, EHH +CM000679.1 41252863 C 3 .,, HHH +CM000679.1 41252864 T 3 .,, FFH +CM000679.1 41252865 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252866 A 3 .,, CHH +CM000679.1 41252867 G 3 .,, AHH +CM000679.1 41252868 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252869 C 3 .,, CHH +CM000679.1 41252870 T 3 .,, CFH +CM000679.1 41252871 C 3 .,, DEH +CM000679.1 41252872 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252873 C 3 .,, GHG +CM000679.1 41252874 G 3 .,, ?HH +CM000679.1 41252875 A 3 .,, ;HH +CM000679.1 41252876 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252877 T 3 .,, 6HH +CM000679.1 41252878 A 3 .,, =FH +CM000679.1 41252879 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252880 C 3 .,, DHH +CM000679.1 41252881 T 3 .,, CFH +CM000679.1 41252882 G 3 .,, BFH +CM000679.1 41252883 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252884 G 3 .,, DHH +CM000679.1 41252885 A 3 .$,, #FH +CM000679.1 41252886 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252887 T 2 ,, HG +CM000679.1 41252888 A 2 ,, HH +CM000679.1 41252889 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252890 A 2 ,, GH +CM000679.1 41252891 G 2 ,, GH +CM000679.1 41252892 G 2 ,, HH +CM000679.1 41252893 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252894 G 2 ,, HH +CM000679.1 41252895 T 2 ,, GH +CM000679.1 41252896 A 2 ,, EH +CM000679.1 41252897 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252898 A 2 ,, FH +CM000679.1 41252899 C 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41252909 T 1 ^], # +CM000679.1 41252910 A 1 , F +CM000679.1 41252911 G 1 , . +CM000679.1 41252912 T 1 , E +CM000679.1 41252913 T 1 , F +CM000679.1 41252914 A 1 , F +CM000679.1 41252915 A 1 , B +CM000679.1 41252916 T 1 , H +CM000679.1 41252917 T 1 , H +CM000679.1 41252918 T 1 , H +CM000679.1 41252919 T 1 , H +CM000679.1 41252920 T 1 , F +CM000679.1 41252921 G 1 , F +CM000679.1 41252922 T 1 , F +CM000679.1 41252923 A 1 , F +CM000679.1 41252924 T 1 , F +CM000679.1 41252925 T 1 , B +CM000679.1 41252926 T 1 , C +CM000679.1 41252927 T 1 , A +CM000679.1 41252928 T 1 , A +CM000679.1 41252929 A 1 , C +CM000679.1 41252930 G 1 , 5 +CM000679.1 41252931 T 1 , < +CM000679.1 41252932 A 1 , F +CM000679.1 41252933 G 1 , B +CM000679.1 41252934 A 1 , D +CM000679.1 41252935 G 1 , D +CM000679.1 41252936 A 1 , C +CM000679.1 41252937 C 1 , F +CM000679.1 41252938 A 1 , E +CM000679.1 41252939 G 1 , 9 +CM000679.1 41252940 G 1 , H +CM000679.1 41252941 T 1 , E +CM000679.1 41252942 T 1 , H +CM000679.1 41252943 T 1 , H +CM000679.1 41252944 C 1 , H +CM000679.1 41252945 G 1 , F +CM000679.1 41252946 C 1 , F +CM000679.1 41252947 C 1 , B +CM000679.1 41252948 A 1 , D +CM000679.1 41252949 T 1 , D +CM000679.1 41252950 G 1 , G +CM000679.1 41252951 T 1 , G +CM000679.1 41252952 T 1 , E +CM000679.1 41252953 G 1 , F +CM000679.1 41252954 G 1 , @ +CM000679.1 41252955 C 1 , E +CM000679.1 41252956 C 1 , < +CM000679.1 41252957 A 1 , B +CM000679.1 41252958 G 1 , B +CM000679.1 41252959 G 1 , D +CM000679.1 41252960 C 1 , C +CM000679.1 41252961 T 1 , B +CM000679.1 41252962 G 1 , H +CM000679.1 41252963 G 1 , < +CM000679.1 41252964 T 1 , E +CM000679.1 41252965 C 1 , F +CM000679.1 41252966 T 1 , H +CM000679.1 41252967 C 1 , F +CM000679.1 41252968 A 1 , E +CM000679.1 41252969 C 1 , G +CM000679.1 41252970 A 1 , D +CM000679.1 41252971 C 1 , G +CM000679.1 41252972 T 1 , E +CM000679.1 41252973 C 1 , G +CM000679.1 41252974 C 1 , F +CM000679.1 41252975 T 1 , F +CM000679.1 41252976 G 1 , F +CM000679.1 41252977 A 1 , E +CM000679.1 41252978 C 1 , G +CM000679.1 41252979 C 1 , G +CM000679.1 41252980 T 1 , D +CM000679.1 41252981 C 1 , E +CM000679.1 41252982 A 1 , E +CM000679.1 41252983 G 1 , F +CM000679.1 41252984 G 1 , C +CM000679.1 41252985 T 1 , E +CM000679.1 41252986 G 1 , C +CM000679.1 41252987 A 1 , F +CM000679.1 41252988 T 1 , G +CM000679.1 41252989 C 1 , G +CM000679.1 41252990 T 1 , H +CM000679.1 41252991 G 1 , B +CM000679.1 41252992 C 1 , H +CM000679.1 41252993 C 1 , H +CM000679.1 41252994 T 1 , H +CM000679.1 41252995 G 1 , H +CM000679.1 41252996 C 1 , H +CM000679.1 41252997 C 1 , H +CM000679.1 41252998 T 1 , H +CM000679.1 41252999 C 1 ,$ H +CM000679.1 41253448 G 2 ^].^]. 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HG +CM000679.1 41253494 G 2 .. # +CM000679.1 41253539 A 1 . < +CM000679.1 41253540 G 1 . @ +CM000679.1 41253541 A 1 . @ +CM000679.1 41253542 C 1 .$ # +CM000679.1 41253549 T 1 ^], ? +CM000679.1 41253550 C 1 , > +CM000679.1 41253551 A 1 , . +CM000679.1 41253552 C 1 , E +CM000679.1 41253553 T 1 , B +CM000679.1 41253554 C 2 ,^], D# +CM000679.1 41253555 T 2 ,, E? +CM000679.1 41253556 A 2 ,, BD +CM000679.1 41253557 C 2 ,, EC +CM000679.1 41253558 G 2 ,, FD +CM000679.1 41253559 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253560 C 2 ,, FB +CM000679.1 41253561 C 2 ,, CF +CM000679.1 41253562 C 2 ,, C> +CM000679.1 41253563 A 2 ,, EF +CM000679.1 41253564 G 2 ,, D= +CM000679.1 41253565 G 2 ,, FE +CM000679.1 41253566 C 2 ,, >B +CM000679.1 41253567 T 2 ,, <8 +CM000679.1 41253568 G 2 ,, HD +CM000679.1 41253569 G 2 ,, HC +CM000679.1 41253570 A 2 ,, ;D +CM000679.1 41253571 G 2 ,, HA +CM000679.1 41253572 T 2 ,, H/ +CM000679.1 41253573 G 2 ,, HF +CM000679.1 41253574 C 2 ,, FG +CM000679.1 41253575 A 2 ,, DB +CM000679.1 41253576 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253577 T 2 ,, B; +CM000679.1 41253578 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253579 G 2 ,, 09 +CM000679.1 41253580 C 2 ,, =E +CM000679.1 41253581 G 2 ,, 7E +CM000679.1 41253582 C 2 ,, >B +CM000679.1 41253583 G 2 ,, @E +CM000679.1 41253584 A 2 ,, 6B +CM000679.1 41253585 T 2 ,, EF +CM000679.1 41253586 C 2 ,, DE +CM000679.1 41253587 T 2 ,, FG +CM000679.1 41253588 T 2 ,, @G +CM000679.1 41253589 G 2 ,, FC +CM000679.1 41253590 G 2 ,, H> +CM000679.1 41253591 C 2 ,, HG +CM000679.1 41253592 T 2 ,, EG +CM000679.1 41253593 C 2 ,, HF +CM000679.1 41253594 G 2 ,, GE +CM000679.1 41253595 C 2 ,, GF +CM000679.1 41253596 T 2 ,, GG +CM000679.1 41253597 G 2 ,, FG +CM000679.1 41253598 C 2 ,, GG +CM000679.1 41253599 A 2 ,, FF +CM000679.1 41253600 A 2 ,, ?6 +CM000679.1 41253601 C 2 ,, FH +CM000679.1 41253602 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253603 T 2 ,, EF +CM000679.1 41253604 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253605 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253606 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253607 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253608 G 2 ,, FH +CM000679.1 41253609 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253610 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253611 C 2 ,, HF +CM000679.1 41253612 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253613 A 2 ,, EH +CM000679.1 41253614 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253615 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253616 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253617 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253618 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253619 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253620 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253621 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253622 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253623 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253624 A 2 ,, HG +CM000679.1 41253625 T 2 ,, GH +CM000679.1 41253626 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253627 C 2 ,, EF +CM000679.1 41253628 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253629 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253630 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253631 T 2 ,, @H +CM000679.1 41253632 G 2 ,, ED +CM000679.1 41253633 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253634 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253635 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253636 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253637 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253638 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253639 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253640 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253641 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253642 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253643 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253644 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253645 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253646 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253647 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253648 T 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41253695 T 2 ^].^]. HH +CM000679.1 41253696 T 2 .. HH +CM000679.1 41253697 T 2 .. HH +CM000679.1 41253698 T 2 .. HH +CM000679.1 41253699 T 2 .. HH +CM000679.1 41253700 A 2 .. HH +CM000679.1 41253701 G 2 .. HH +CM000679.1 41253702 T 2 .. HH +CM000679.1 41253703 A 2 .. HH +CM000679.1 41253704 G 2 .. HH +CM000679.1 41253705 A 2 .. HH +CM000679.1 41253706 G 2 .. HH +CM000679.1 41253707 A 2 .. HH +CM000679.1 41253708 T 2 .. DH +CM000679.1 41253709 G 2 .. HH +CM000679.1 41253710 G 2 .. HH +CM000679.1 41253711 G 2 .. HH +CM000679.1 41253712 T 2 .. @H +CM000679.1 41253713 T 2 .. HH +CM000679.1 41253714 T 2 .. HH +CM000679.1 41253715 C 2 .. HH +CM000679.1 41253716 A 2 .. HH +CM000679.1 41253717 C 2 .. HH +CM000679.1 41253718 C 2 .. HH +CM000679.1 41253719 A 2 .. DH +CM000679.1 41253720 T 2 .. GH +CM000679.1 41253721 G 2 .. HH +CM000679.1 41253722 T 2 .. FH +CM000679.1 41253723 T 2 .. GH +CM000679.1 41253724 G 2 .. HH +CM000679.1 41253725 G 2 .. HH +CM000679.1 41253726 C 2 .. FH +CM000679.1 41253727 C 2 .. 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HH +CM000679.1 41253752 C 4 ..^],^], HH## +CM000679.1 41253753 A 4 ..,, HHA? +CM000679.1 41253754 A 4 ..,, HD7A +CM000679.1 41253755 A 4 ..,, HH<, +CM000679.1 41253756 T 4 ..,, HHA< +CM000679.1 41253757 T 4 ..,, HH:< +CM000679.1 41253758 A 4 ..,, HG1C +CM000679.1 41253759 T 4 ..,, FH-9 +CM000679.1 41253760 C 4 ..,, GH>E +CM000679.1 41253761 T 4 ..,, HH5E +CM000679.1 41253762 G 4 ..,, @E4? +CM000679.1 41253763 C 4 ..,, HHDH +CM000679.1 41253764 C 4 ..,, FHEH +CM000679.1 41253765 T 4 ..,, HH>C +CM000679.1 41253766 G 4 ..,, HHAH +CM000679.1 41253767 C 4 ..,, HHBH +CM000679.1 41253768 C 4 ..,, HHFH +CM000679.1 41253769 T 4 ..,, BDBH +CM000679.1 41253770 C 4 ..,, G>EB +CM000679.1 41253771 A 4 ..,, @4BH +CM000679.1 41253772 G 4 ..,, =>?E +CM000679.1 41253773 C 4 ..,, G?HG +CM000679.1 41253774 C 4 ..,, E?HH +CM000679.1 41253775 T 4 ..,, H1HF +CM000679.1 41253776 C 4 ..,, F-BH +CM000679.1 41253777 C 4 ..,, H;HH +CM000679.1 41253778 C 4 ..,, H:FH +CM000679.1 41253779 G 4 ..,, D.FG +CM000679.1 41253780 A 4 ..,, BHF +CM000679.1 41253794 C 4 .$.$,, H?HG +CM000679.1 41253795 A 2 ,, HG +CM000679.1 41253796 G 2 ,, HG +CM000679.1 41253797 G 2 ,, HG +CM000679.1 41253798 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253799 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253800 C 2 ,, GE +CM000679.1 41253801 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253802 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253803 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253804 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253805 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253806 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253807 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253808 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253809 A 2 ,, FH +CM000679.1 41253810 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253811 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253812 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253813 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253814 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253815 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253816 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253817 C 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41255927 C 4 ^].^].^].^]. 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HHH +CM000679.1 41277074 G 3 ... HHH +CM000679.1 41277075 G 3 ... HHH +CM000679.1 41277076 A 3 ... HHH +CM000679.1 41277077 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277078 A 3 ... HHH +CM000679.1 41277079 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277080 T 3 ... HHH +CM000679.1 41277081 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277082 A 3 ... HHH +CM000679.1 41277083 G 3 ... HHH +CM000679.1 41277084 T 3 ... FFF +CM000679.1 41277085 G 3 ... HHH +CM000679.1 41277086 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277087 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277088 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277089 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277090 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277091 T 3 ... GFG +CM000679.1 41277092 T 3 ... HEH +CM000679.1 41277093 C 3 ... HHH +CM000679.1 41277094 C 3 ... HHG +CM000679.1 41277095 T 3 ... HFF +CM000679.1 41277096 G 3 ... HHF +CM000679.1 41277097 A 3 ... FFF +CM000679.1 41277098 T 4 ...^F, HHHC +CM000679.1 41277099 C 4 ..., HHHA +CM000679.1 41277100 C 4 ...t HHH? +CM000679.1 41277101 T 5 ...,^F. HHH6H +CM000679.1 41277102 C 5 ...,. HHHAH +CM000679.1 41277103 A 5 ...,. BFH>H +CM000679.1 41277104 G 5 ...,. HHB?H +CM000679.1 41277105 C 5 ...,. HHFFH +CM000679.1 41277106 G 5 ...,. FHH@H +CM000679.1 41277107 C 5 ...,. EHHEH +CM000679.1 41277108 T 5 ...,. DAFAH +CM000679.1 41277109 T 5 ...,. EFH@H +CM000679.1 41277110 C 5 ...,. HHACH +CM000679.1 41277111 C 5 ...,. HHHFH +CM000679.1 41277112 C 5 ...,. HHHFH +CM000679.1 41277113 T 5 ...,. HBC3H +CM000679.1 41277114 C 5 ...,. HFH@H +CM000679.1 41277115 G 5 ...,. H8A>G +CM000679.1 41277116 C 5 ...,. HFF?H +CM000679.1 41277117 G 5 ...,. H?C4H +CM000679.1 41277118 A 5 ...,. >CEBH +CM000679.1 41277119 C 5 ...,. FFH=H +CM000679.1 41277120 C 5 ...,. FFFGH +CM000679.1 41277121 T 5 ...,. FDCCH +CM000679.1 41277122 A 5 ...,. DBD>F +CM000679.1 41277123 C 5 ...,. GEGFH +CM000679.1 41277124 A 7 ...,.^].^]. EBFEHHH +CM000679.1 41277125 A 7 ...,... 6EFFFHH +CM000679.1 41277126 A 7 ...,... E?@EHHH +CM000679.1 41277127 C 7 ...,... EGFGHHH +CM000679.1 41277128 T 7 ...,... EB=?HHH +CM000679.1 41277129 G 7 ...,... D>@DCHH +CM000679.1 41277130 C 7 ...,... EA@HEFH +CM000679.1 41277131 C 7 ...,... CDEHEFH +CM000679.1 41277132 C 7 ...,... EECHDHH +CM000679.1 41277133 C 9 ...,...^],^], FCFEEHH@B +CM000679.1 41277134 C 11 ...,...,,^].^]. HFAHHHH38HH +CM000679.1 41277135 C 11 ...,...,,.. GEGHDHH<=HH +CM000679.1 41277136 T 11 ...,...,,.. ?/9?H@H+(HH +CM000679.1 41277137 C 11 ...,...,,.. HEDHHHH@CHH +CM000679.1 41277138 C 11 ...,...,,.. H6EHHHH=GHH +CM000679.1 41277139 C 11 ...,...,,.. D>EHHHH;EHH +CM000679.1 41277140 C 11 ...,...,,.. HBCHHHH;GHH +CM000679.1 41277141 A 11 ...,...,,.. 48/HCBE@@HH +CM000679.1 41277142 G 11 ...,...,,.. B1?H:>HFFHDCHH +CM000679.1 41277148 A 11 ...,...,,.. AA@EEGBE>HH +CM000679.1 41277149 C 11 ...,...,,.. EEAHEFHBBHH +CM000679.1 41277150 A 11 ...,...,,.. BA7FEFH@EHH +CM000679.1 41277151 A 11 ...,...,,.. BA9HHGE?8HH +CM000679.1 41277152 C 11 ...,...,,.. ED>FCFFEEHH +CM000679.1 41277153 G 11 ...,...,,.. C4=HHFFDGHH +CM000679.1 41277154 C 11 ...,...,,.. DD;HEHH@DHH +CM000679.1 41277155 C 11 ...,...,,.. FDDHHHHGFHH +CM000679.1 41277156 T 11 ...,...,,.. <9:HFHHGFHH +CM000679.1 41277157 T 11 ...,...,,.. C@;HCHHGFHH +CM000679.1 41277158 A 11 ...,...,,.. 54>FEHH<1HH +CM000679.1 41277159 C 11 ...,...,,.. 8?@HHEHHDHH +CM000679.1 41277160 G 11 ...,...,,.. :=6HEFHE?HH +CM000679.1 41277161 C 11 ...,...,,.. ;< +CM000679.1 41277184 C 13 ,...,,..,,,,, HBGGHHHFHGGHD +CM000679.1 41277185 C 13 ,...,,..,,,,, HEGGHHHEHGGEF +CM000679.1 41277186 C 13 ,...,,..,,,,, HEIHHHHHHGGHF +CM000679.1 41277187 G 13 cCCCccCCccccc HGHGHHHDHGEEE +CM000679.1 41277188 T 13 ,...,,..,,,,, HEEEEDEE?#GFGGEFFHF +CM000679.1 41277219 T 10 .,,..,,,,, =EFGGBA?EF +CM000679.1 41277220 C 10 .,,..,,,,, CGGDGFHGFG +CM000679.1 41277221 C 10 .$,,..,,,,, #GGGFFHGFG +CM000679.1 41277222 A 9 ,,..,,,,, BDGGCBB>> +CM000679.1 41277223 C 9 ,,..,,,,, HGFGGHGFG +CM000679.1 41277224 T 9 ,,..,,,,, FECGFBFDE +CM000679.1 41277225 C 9 ,,..,,,,, HGCFGHGHH +CM000679.1 41277226 T 9 ,,..,,,,, EDCGBFE@D +CM000679.1 41277227 C 9 ,,..,,,,, HGDEGHGHH +CM000679.1 41277228 C 9 ,,..,,,,, HH9HHHHHH +CM000679.1 41277229 C 9 ,,..,,,,, HH@HHHHHH +CM000679.1 41277230 A 9 ,,..,,,,, HH@GGFFHF +CM000679.1 41277231 C 9 ,,..,,,,, HHDBHHHHH +CM000679.1 41277232 G 9 ,$,$..,,,,, HHDFFHGHH +CM000679.1 41277233 C 7 .$.$,,,,, =GHHHHF +CM000679.1 41277234 C 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41277235 A 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41277236 G 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41277237 T 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41277238 A 5 ,,,,, HFHEE +CM000679.1 41277239 C 7 ,,,,,^].^]. 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