changeset 53:080fd5739bb4 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/rseqc commit 734a31ae8ba22f0d75bda696c4856ee3e274e1ba
author iuc
date Tue, 20 Mar 2018 05:37:48 -0400
parents 34e4c586e3c0
children 5873cd7afb67
files bam2wig.xml test-data/output.RNA_fragment_size.txt test-data/output.tin.summary.txt test-data/testwig_wigsum100.wig
diffstat 4 files changed, 1800 insertions(+), 5 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/bam2wig.xml	Tue Nov 21 14:55:32 2017 -0500
+++ b/bam2wig.xml	Tue Mar 20 05:37:48 2018 -0400
@@ -37,7 +37,7 @@
         #end if
 
         #if str($wigsum_type.wigsum_type_selector) == "normalize":
-            -t ${wigsum.totalwig}
+            -t ${wigsum_type.totalwig}
         #end if
 
         @MULTIHITS@
@@ -81,8 +81,8 @@
         <test>
             <param name="input" value="pairend_strandspecific_51mer_hg19_chr1_1-100000.bam"/>
             <param name="chromsize" value="hg19.chrom.sizes"/>
-            <param name="multihits_type.multihits_type_selector" value="skipmultihits"/>
-            <param name="multihits_type.mapq" value="20"/>
+            <param name="multihits_type_selector" value="skip_multihits"/>
+            <param name="mapq" value="20"/>
             <output name="output" file="testwig.wig"/>
         </test>
         <test>
@@ -93,6 +93,13 @@
             <output name="outputfwd" file="testwig.Forward.wig"/>
             <output name="outputrv" file="testwig.Reverse.wig"/>
         </test>
+        <test>
+            <param name="input" value="pairend_strandspecific_51mer_hg19_chr1_1-100000.bam"/>
+            <param name="chromsize" value="hg19.chrom.sizes"/>
+            <param name="wigsum_type_selector" value="normalize"/>
+            <param name="totalwig" value="100"/>
+            <output name="output" file="testwig_wigsum100.wig"/>
+        </test>
     </tests>
 
     <help><![CDATA[
--- a/test-data/output.RNA_fragment_size.txt	Tue Nov 21 14:55:32 2017 -0500
+++ b/test-data/output.RNA_fragment_size.txt	Tue Mar 20 05:37:48 2018 -0400
@@ -1,6 +1,6 @@
 chrom	tx_start	tx_end	symbol	frag_count	frag_mean	frag_median	frag_std
 chr1	11873	14409	NR_046018	1	0	0	0
-chr1	14361	29370	NR_024540	14	66.5	51.0	41.1195990809
+chr1	14361	29370	NR_024540	14	66.5	51.0	41.119599080869314
 chr1	17368	17436	NR_106918	0	0	0	0
 chr1	17368	17436	NR_107062	0	0	0	0
 chr1	34610	36081	NR_026818	0	0	0	0
--- a/test-data/output.tin.summary.txt	Tue Nov 21 14:55:32 2017 -0500
+++ b/test-data/output.tin.summary.txt	Tue Mar 20 05:37:48 2018 -0400
@@ -1,2 +1,2 @@
 Bam_file	TIN(mean)	TIN(median)	TIN(stdev)
-input.bam	8.87096774194	8.87096774194	0.0
+input.bam	8.870967741935486	8.870967741935486	0.0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/testwig_wigsum100.wig	Tue Mar 20 05:37:48 2018 -0400
@@ -0,0 +1,1788 @@
+variableStep chrom=chr13
+variableStep chrom=chr12
+variableStep chrom=chr11
+variableStep chrom=chr10
+variableStep chrom=chr17
+variableStep chrom=chr16
+variableStep chrom=chr15
+variableStep chrom=chr14
+variableStep chrom=chr19
+variableStep chrom=chr18
+variableStep chrom=chr8
+variableStep chrom=chr3
+variableStep chrom=chr1
+12674	0.05
+12675	0.05
+12676	0.05
+12677	0.05
+12678	0.05
+12679	0.05
+12680	0.05
+12681	0.05
+12682	0.05
+12683	0.05
+12684	0.05
+12685	0.05
+12686	0.05
+12687	0.05
+12688	0.05
+12689	0.05
+12690	0.05
+12691	0.05
+12692	0.05
+12693	0.05
+12694	0.05
+12695	0.05
+12696	0.05
+12697	0.05
+13221	0.05
+13222	0.05
+13223	0.05
+13224	0.05
+13225	0.05
+13226	0.05
+13227	0.05
+13228	0.05
+13229	0.05
+13230	0.05
+13231	0.05
+13232	0.05
+13233	0.05
+13234	0.05
+13235	0.05
+13236	0.05
+13237	0.05
+13238	0.05
+13239	0.05
+13240	0.05
+13241	0.05
+13242	0.05
+13243	0.05
+13244	0.05
+13245	0.05
+13246	0.05
+13247	0.05
+13483	0.05
+13484	0.05
+13485	0.05
+13486	0.05
+13487	0.05
+13488	0.05
+13489	0.05
+13490	0.05
+13491	0.05
+13492	0.05
+13493	0.05
+13494	0.05
+13495	0.05
+13496	0.05
+13497	0.05
+13498	0.05
+13499	0.05
+13500	0.05
+13501	0.05
+13502	0.05
+13503	0.05
+13504	0.05
+13505	0.05
+13506	0.05
+13507	0.05
+13508	0.05
+13509	0.05
+13510	0.05
+13511	0.05
+13512	0.05
+13513	0.05
+13514	0.05
+13515	0.05
+13516	0.05
+13517	0.05
+13518	0.05
+13519	0.05
+13520	0.05
+13521	0.05
+13522	0.05
+13523	0.05
+13524	0.05
+13525	0.05
+13526	0.05
+13527	0.05
+13528	0.05
+13529	0.05
+13530	0.05
+13531	0.05
+13532	0.05
+13533	0.05
+14596	0.05
+14597	0.05
+14598	0.05
+14599	0.05
+14600	0.05
+14601	0.05
+14602	0.05
+14603	0.05
+14604	0.05
+14605	0.05
+14606	0.05
+14607	0.05
+14608	0.05
+14609	0.05
+14610	0.05
+14611	0.05
+14612	0.05
+14613	0.05
+14614	0.05
+14615	0.05
+14616	0.05
+14617	0.05
+14618	0.05
+14619	0.05
+14620	0.05
+14621	0.05
+14622	0.05
+14623	0.05
+14624	0.05
+14625	0.05
+14626	0.05
+14627	0.05
+14628	0.05
+14629	0.05
+14630	0.05
+14631	0.05
+14632	0.05
+14633	0.05
+14634	0.05
+14635	0.05
+14636	0.05
+14637	0.05
+14638	0.05
+14639	0.05
+14640	0.05
+14641	0.05
+14642	0.05
+14643	0.05
+14644	0.05
+14645	0.05
+14676	0.05
+14677	0.05
+14678	0.05
+14679	0.05
+14680	0.05
+14681	0.05
+14682	0.05
+14683	0.05
+14684	0.05
+14685	0.05
+14686	0.05
+14687	0.05
+14688	0.05
+14689	0.05
+14690	0.05
+14691	0.05
+14692	0.05
+14693	0.05
+14694	0.05
+14695	0.05
+14696	0.05
+14697	0.05
+14698	0.05
+14699	0.05
+14700	0.05
+14701	0.05
+14702	0.05
+14703	0.05
+14704	0.05
+14705	0.05
+14706	0.05
+14707	0.05
+14708	0.05
+14709	0.05
+14710	0.05
+14711	0.05
+14712	0.05
+14713	0.05
+14714	0.05
+14715	0.05
+14716	0.05
+14717	0.05
+14718	0.05
+14719	0.05
+14720	0.05
+14721	0.05
+14722	0.05
+14723	0.05
+14724	0.05
+14725	0.05
+14726	0.05
+16455	0.05
+16456	0.05
+16457	0.05
+16458	0.05
+16459	0.05
+16460	0.05
+16461	0.05
+16462	0.05
+16463	0.05
+16464	0.05
+16465	0.05
+16466	0.05
+16467	0.05
+16468	0.05
+16469	0.05
+16470	0.05
+16471	0.05
+16472	0.05
+16473	0.05
+16474	0.05
+16475	0.05
+16476	0.05
+16477	0.05
+16478	0.05
+16479	0.05
+16480	0.05
+16481	0.05
+16482	0.05
+16483	0.05
+16484	0.05
+16485	0.05
+16486	0.05
+16487	0.05
+16488	0.05
+16489	0.05
+16490	0.05
+16491	0.05
+16492	0.05
+16493	0.05
+16494	0.05
+16495	0.05
+16496	0.05
+16497	0.05
+16498	0.05
+16499	0.05
+16500	0.05
+16501	0.05
+16502	0.05
+16503	0.05
+16504	0.05
+16506	0.05
+16507	0.05
+16508	0.05
+16509	0.05
+16510	0.05
+16511	0.05
+16512	0.05
+16513	0.05
+16514	0.05
+16515	0.05
+16516	0.05
+16517	0.05
+16518	0.05
+16519	0.05
+16520	0.05
+16521	0.05
+16522	0.05
+16523	0.05
+16524	0.05
+16525	0.05
+16526	0.05
+16527	0.05
+16528	0.05
+16529	0.05
+16530	0.05
+16531	0.05
+16532	0.05
+16533	0.05
+16534	0.05
+16535	0.05
+16536	0.05
+16537	0.05
+16538	0.05
+16539	0.05
+16540	0.05
+16541	0.05
+16542	0.05
+16543	0.05
+16544	0.05
+16545	0.05
+16546	0.05
+16547	0.05
+16548	0.05
+16549	0.05
+16550	0.05
+16551	0.05
+16552	0.05
+16553	0.05
+16554	0.05
+16555	0.05
+16556	0.05
+17051	0.05
+17052	0.05
+17053	0.05
+17054	0.05
+17055	0.05
+17233	0.05
+17234	0.05
+17235	0.05
+17236	0.05
+17237	0.05
+17238	0.05
+17239	0.05
+17240	0.05
+17241	0.05
+17242	0.05
+17243	0.05
+17244	0.05
+17245	0.05
+17246	0.05
+17247	0.05
+17248	0.05
+17249	0.05
+17250	0.05
+17251	0.05
+17252	0.05
+17253	0.05
+17254	0.05
+17255	0.05
+17256	0.05
+17257	0.05
+17258	0.05
+17259	0.05
+17260	0.05
+17261	0.05
+17262	0.05
+17263	0.05
+17264	0.05
+17265	0.05
+17266	0.05
+17267	0.05
+17268	0.05
+17269	0.05
+17270	0.05
+17271	0.05
+17272	0.05
+17273	0.05
+17274	0.05
+17275	0.05
+17276	0.05
+17277	0.05
+17278	0.05
+17555	0.05
+17556	0.05
+17557	0.05
+17558	0.05
+17559	0.05
+17560	0.05
+17561	0.05
+17562	0.05
+17563	0.05
+17564	0.05
+17565	0.05
+17566	0.05
+17567	0.05
+17568	0.05
+17569	0.05
+17570	0.05
+17571	0.05
+17572	0.05
+17573	0.05
+17574	0.05
+17575	0.05
+17576	0.05
+17577	0.05
+17578	0.05
+17579	0.05
+17580	0.05
+17581	0.05
+17582	0.05
+17583	0.05
+17584	0.05
+17585	0.05
+17586	0.05
+17587	0.05
+17588	0.05
+17589	0.05
+17590	0.05
+17591	0.05
+17592	0.05
+17593	0.05
+17594	0.05
+17595	0.05
+17596	0.05
+17597	0.05
+17598	0.05
+17599	0.05
+17600	0.05
+17601	0.05
+17602	0.05
+17603	0.05
+17604	0.05
+17605	0.05
+20203	0.05
+20204	0.05
+20205	0.05
+20206	0.05
+20207	0.05
+20208	0.05
+20209	0.05
+20210	0.05
+20211	0.05
+20212	0.05
+20213	0.05
+20214	0.05
+20215	0.05
+20216	0.05
+20217	0.05
+20218	0.05
+20219	0.05
+20220	0.05
+20221	0.05
+20222	0.05
+20223	0.05
+20224	0.05
+20225	0.05
+20226	0.05
+20227	0.05
+20228	0.05
+20229	0.05
+20230	0.05
+20231	0.05
+20232	0.05
+20233	0.05
+20234	0.05
+20235	0.05
+20236	0.05
+20237	0.05
+20238	0.05
+20239	0.05
+20240	0.05
+20241	0.05
+20242	0.05
+20243	0.05
+20244	0.05
+20245	0.05
+20246	0.05
+20247	0.05
+20248	0.05
+20249	0.05
+20250	0.05
+20251	0.05
+20252	0.05
+20253	0.05
+20400	0.05
+20401	0.05
+20402	0.05
+20403	0.05
+20404	0.05
+20405	0.05
+20406	0.05
+20407	0.05
+20408	0.05
+20409	0.05
+20410	0.05
+20411	0.05
+20412	0.05
+20413	0.05
+20414	0.05
+20415	0.05
+20416	0.05
+20417	0.05
+20418	0.05
+20419	0.05
+20420	0.05
+20421	0.05
+20422	0.05
+20423	0.05
+20424	0.05
+20425	0.05
+20426	0.05
+20427	0.05
+20428	0.05
+20429	0.05
+20430	0.05
+20431	0.05
+20432	0.05
+20433	0.05
+20434	0.05
+20435	0.05
+20436	0.05
+20437	0.05
+20438	0.05
+20439	0.05
+20440	0.05
+20441	0.05
+20442	0.05
+20443	0.05
+20444	0.05
+20445	0.05
+20446	0.05
+20447	0.05
+20448	0.05
+20449	0.05
+20450	0.05
+20773	0.05
+20774	0.05
+20775	0.05
+20776	0.05
+20777	0.05
+20778	0.05
+20779	0.05
+20780	0.05
+20781	0.05
+20782	0.05
+20783	0.05
+20784	0.05
+20785	0.05
+20786	0.05
+20787	0.05
+20788	0.05
+20789	0.05
+20790	0.05
+20791	0.05
+20792	0.05
+20793	0.05
+20794	0.05
+20795	0.05
+20796	0.05
+20797	0.05
+20798	0.05
+20799	0.05
+20800	0.05
+20801	0.05
+20802	0.05
+20803	0.05
+20804	0.05
+20805	0.05
+20806	0.05
+20807	0.05
+20808	0.05
+20809	0.05
+20810	0.05
+20811	0.05
+20812	0.05
+20813	0.05
+20814	0.05
+20815	0.05
+20816	0.05
+20817	0.05
+20818	0.05
+20819	0.05
+20849	0.05
+20850	0.05
+20851	0.05
+20852	0.05
+20853	0.05
+20854	0.05
+20855	0.05
+20856	0.05
+20857	0.05
+20858	0.05
+20859	0.05
+20860	0.05
+20861	0.05
+20862	0.05
+20863	0.05
+20864	0.05
+20865	0.05
+20866	0.05
+20867	0.05
+20868	0.05
+20869	0.05
+20870	0.05
+20871	0.05
+20872	0.05
+20873	0.05
+20874	0.05
+20875	0.05
+20876	0.05
+20877	0.05
+20878	0.05
+20879	0.05
+20880	0.05
+20881	0.05
+20882	0.05
+20883	0.05
+20884	0.05
+20885	0.05
+20886	0.05
+20887	0.05
+20888	0.05
+20889	0.05
+20890	0.05
+20891	0.05
+20892	0.05
+20893	0.05
+20894	0.05
+20895	0.05
+20896	0.05
+20897	0.05
+20898	0.05
+20899	0.05
+21469	0.05
+21470	0.05
+21471	0.05
+21472	0.05
+21473	0.10
+21474	0.10
+21475	0.10
+21476	0.10
+21477	0.10
+21478	0.10
+21479	0.10
+21480	0.10
+21481	0.10
+21482	0.10
+21483	0.10
+21484	0.10
+21485	0.10
+21486	0.10
+21487	0.10
+21488	0.10
+21489	0.10
+21490	0.10
+21491	0.10
+21492	0.10
+21493	0.10
+21494	0.10
+21495	0.10
+21496	0.10
+21497	0.10
+21498	0.10
+21499	0.10
+21500	0.10
+21501	0.10
+21502	0.10
+21503	0.10
+21504	0.10
+21505	0.10
+21506	0.10
+21507	0.10
+21508	0.05
+21509	0.05
+21510	0.05
+21511	0.05
+21512	0.05
+21513	0.05
+21514	0.05
+21515	0.05
+21516	0.05
+21517	0.05
+21526	0.05
+21527	0.05
+21528	0.05
+21529	0.05
+21530	0.05
+21531	0.05
+21543	0.05
+21544	0.05
+21545	0.05
+21546	0.05
+21547	0.05
+21548	0.05
+21549	0.05
+21550	0.05
+21551	0.05
+21552	0.05
+21553	0.05
+21554	0.05
+21555	0.05
+21556	0.05
+21557	0.05
+21558	0.05
+21559	0.05
+21560	0.05
+21561	0.05
+21562	0.05
+21563	0.05
+21564	0.05
+21565	0.05
+21566	0.05
+21567	0.05
+21568	0.05
+21569	0.05
+21570	0.05
+21571	0.05
+21572	0.05
+21573	0.05
+21574	0.05
+21575	0.05
+21576	0.05
+21577	0.05
+21578	0.05
+21579	0.05
+21580	0.05
+21581	0.05
+21582	0.05
+21583	0.05
+21584	0.05
+21585	0.05
+21586	0.05
+21587	0.05
+21588	0.05
+21589	0.05
+21590	0.05
+21591	0.05
+21592	0.05
+21593	0.05
+21723	0.05
+21724	0.05
+21725	0.05
+21726	0.05
+21727	0.05
+21728	0.05
+21729	0.05
+21730	0.05
+21731	0.05
+21732	0.05
+21733	0.05
+21734	0.05
+21735	0.05
+21736	0.05
+21737	0.05
+21738	0.05
+21739	0.05
+21740	0.05
+21741	0.05
+21742	0.05
+21743	0.05
+21744	0.05
+21745	0.05
+21746	0.05
+21747	0.05
+21748	0.05
+21749	0.05
+21750	0.05
+21751	0.05
+21752	0.05
+21753	0.05
+21754	0.05
+21755	0.05
+21756	0.05
+21757	0.05
+21758	0.05
+21759	0.05
+21760	0.05
+21761	0.05
+21762	0.05
+21763	0.05
+21764	0.05
+21765	0.05
+21766	0.05
+21767	0.05
+21768	0.05
+21963	0.05
+21964	0.05
+21965	0.05
+21966	0.05
+21967	0.05
+21968	0.05
+21969	0.05
+21970	0.05
+21971	0.05
+21972	0.05
+21973	0.05
+21974	0.05
+21975	0.05
+21976	0.05
+21977	0.05
+21978	0.05
+21979	0.05
+21980	0.05
+21981	0.05
+21982	0.05
+21983	0.05
+21984	0.05
+21985	0.05
+21986	0.05
+21987	0.05
+21988	0.05
+21989	0.05
+21990	0.05
+21991	0.05
+21992	0.05
+21993	0.05
+21994	0.05
+21995	0.05
+21996	0.05
+21997	0.05
+21998	0.05
+21999	0.05
+22000	0.05
+22001	0.10
+22002	0.10
+22003	0.10
+22004	0.10
+22005	0.10
+22006	0.05
+22062	0.05
+22063	0.05
+22064	0.05
+22065	0.05
+22066	0.05
+22067	0.05
+22068	0.05
+22069	0.05
+22070	0.05
+22071	0.05
+22072	0.05
+22073	0.05
+22074	0.05
+22075	0.05
+22076	0.05
+22077	0.05
+22078	0.05
+22079	0.05
+22080	0.05
+22081	0.05
+22082	0.05
+22083	0.05
+22084	0.05
+22085	0.05
+22086	0.05
+22087	0.05
+22088	0.05
+22089	0.05
+22090	0.05
+22091	0.05
+22092	0.05
+22093	0.05
+22094	0.05
+22095	0.05
+22096	0.05
+22097	0.05
+22098	0.05
+22099	0.05
+22100	0.05
+22101	0.05
+22102	0.05
+22103	0.05
+22104	0.05
+22105	0.05
+22106	0.05
+22107	0.05
+22108	0.05
+22109	0.05
+22110	0.05
+22111	0.05
+22112	0.05
+22343	0.05
+22344	0.05
+22345	0.05
+22346	0.05
+22347	0.05
+22348	0.05
+22349	0.05
+22350	0.05
+22351	0.05
+22352	0.05
+22353	0.05
+22354	0.05
+22355	0.05
+22356	0.05
+22357	0.05
+22358	0.05
+22359	0.05
+22360	0.05
+22361	0.05
+22362	0.05
+22363	0.05
+22364	0.05
+22365	0.05
+22366	0.05
+22367	0.05
+22368	0.05
+22369	0.05
+22370	0.05
+22371	0.05
+22372	0.05
+22373	0.05
+22374	0.05
+22375	0.05
+22376	0.05
+22377	0.05
+22378	0.05
+22379	0.05
+22380	0.05
+22381	0.05
+22382	0.05
+22383	0.05
+22384	0.05
+22385	0.05
+22386	0.05
+22387	0.05
+22388	0.05
+22389	0.05
+22390	0.05
+22434	0.05
+22435	0.05
+22436	0.05
+22437	0.05
+22438	0.05
+22439	0.05
+22440	0.05
+22441	0.05
+22442	0.05
+22443	0.05
+22444	0.05
+22445	0.05
+22446	0.10
+22447	0.10
+22448	0.10
+22449	0.15
+22450	0.15
+22451	0.15
+22452	0.15
+22453	0.15
+22454	0.15
+22455	0.15
+22456	0.15
+22457	0.15
+22458	0.15
+22459	0.15
+22460	0.15
+22461	0.15
+22462	0.15
+22463	0.15
+22464	0.15
+22465	0.15
+22466	0.15
+22467	0.15
+22468	0.15
+22469	0.15
+22470	0.15
+22471	0.15
+22472	0.15
+22473	0.15
+22474	0.15
+22475	0.15
+22476	0.15
+22477	0.15
+22478	0.15
+22479	0.15
+22480	0.10
+22481	0.10
+22482	0.10
+22483	0.10
+22484	0.10
+22485	0.10
+22486	0.10
+22487	0.10
+22488	0.10
+22489	0.10
+22490	0.10
+22491	0.05
+22492	0.05
+22493	0.05
+22494	0.05
+22495	0.05
+22496	0.05
+22497	0.05
+22498	0.05
+22499	0.05
+22544	0.05
+22545	0.05
+22546	0.05
+22547	0.05
+22548	0.05
+22549	0.05
+22550	0.05
+22551	0.05
+22552	0.05
+22553	0.05
+22554	0.05
+22555	0.05
+22556	0.05
+22557	0.05
+22558	0.05
+22559	0.05
+22560	0.05
+22561	0.05
+22562	0.05
+22563	0.05
+22564	0.05
+22565	0.05
+22566	0.05
+22567	0.05
+22568	0.05
+22569	0.05
+22570	0.05
+22571	0.05
+22572	0.05
+22573	0.05
+22574	0.05
+22575	0.05
+22576	0.05
+22577	0.05
+22578	0.05
+22579	0.05
+22580	0.05
+22581	0.05
+22582	0.05
+22583	0.05
+22584	0.05
+22585	0.05
+22586	0.05
+22587	0.05
+22588	0.05
+22589	0.05
+22590	0.05
+22591	0.05
+22710	0.05
+22711	0.05
+22712	0.05
+22713	0.05
+22714	0.05
+22715	0.05
+22716	0.05
+22717	0.05
+22718	0.05
+22719	0.05
+22720	0.05
+22721	0.05
+22722	0.05
+22723	0.05
+22724	0.05
+22725	0.05
+22726	0.05
+22727	0.05
+22728	0.05
+22729	0.05
+22730	0.05
+22731	0.05
+22732	0.05
+22733	0.05
+22734	0.05
+22735	0.05
+22736	0.05
+22737	0.05
+22738	0.05
+22739	0.05
+22740	0.05
+22741	0.05
+22742	0.05
+22743	0.05
+22744	0.05
+22745	0.05
+22746	0.05
+22747	0.05
+22748	0.05
+22749	0.05
+22750	0.05
+22751	0.05
+22752	0.05
+22753	0.05
+22754	0.05
+22755	0.05
+22756	0.05
+22757	0.05
+22758	0.05
+22759	0.05
+22760	0.05
+23105	0.05
+23106	0.05
+23107	0.05
+23108	0.05
+23109	0.05
+23110	0.05
+23111	0.05
+23112	0.05
+23113	0.05
+23114	0.05
+23115	0.05
+23116	0.05
+23117	0.05
+23118	0.05
+23119	0.05
+23120	0.05
+23121	0.05
+23122	0.05
+23123	0.05
+23124	0.05
+23125	0.05
+23126	0.05
+23127	0.05
+23128	0.05
+23129	0.05
+23130	0.05
+23131	0.05
+23132	0.05
+23133	0.05
+23134	0.05
+23135	0.05
+23136	0.05
+23137	0.05
+23138	0.05
+23139	0.05
+23140	0.05
+23141	0.05
+23142	0.05
+23143	0.05
+23144	0.05
+23145	0.05
+23146	0.05
+23147	0.05
+23148	0.05
+23149	0.05
+23150	0.05
+23151	0.05
+23152	0.05
+23153	0.05
+23154	0.05
+23354	0.05
+23355	0.05
+23356	0.05
+23357	0.05
+23358	0.05
+23359	0.05
+23360	0.05
+23361	0.05
+23362	0.05
+23363	0.05
+23364	0.05
+23365	0.05
+23366	0.05
+23367	0.05
+23368	0.05
+23369	0.05
+23370	0.05
+23371	0.05
+23372	0.05
+23373	0.05
+23374	0.05
+23375	0.05
+23376	0.05
+23377	0.05
+23378	0.05
+23379	0.05
+23380	0.05
+23381	0.05
+23382	0.05
+23383	0.05
+23384	0.05
+23385	0.05
+23386	0.05
+23387	0.05
+23388	0.05
+23389	0.05
+23390	0.05
+23391	0.05
+23392	0.05
+23393	0.05
+23394	0.05
+23395	0.05
+23396	0.05
+23397	0.05
+23398	0.05
+23399	0.05
+23400	0.05
+23401	0.05
+23402	0.05
+23403	0.05
+23404	0.05
+24395	0.05
+24396	0.05
+24397	0.05
+24398	0.05
+24399	0.05
+24400	0.05
+24401	0.05
+24402	0.05
+24403	0.05
+24404	0.05
+24405	0.05
+24406	0.05
+24407	0.05
+24408	0.05
+24409	0.05
+24410	0.05
+24411	0.05
+24412	0.05
+24413	0.05
+24414	0.05
+24415	0.05
+24416	0.05
+24417	0.05
+24418	0.05
+24419	0.05
+24420	0.05
+24421	0.05
+24422	0.05
+24423	0.05
+24424	0.05
+24425	0.05
+24426	0.05
+24427	0.05
+24428	0.05
+24429	0.05
+24430	0.05
+24431	0.05
+24432	0.05
+24433	0.05
+24434	0.05
+24435	0.05
+24558	0.05
+24559	0.05
+24560	0.05
+24561	0.05
+24562	0.05
+24563	0.05
+24564	0.05
+24565	0.05
+24566	0.05
+24567	0.05
+24568	0.05
+24569	0.05
+24570	0.05
+24571	0.05
+24572	0.05
+24573	0.05
+24574	0.05
+24575	0.05
+24576	0.05
+24577	0.05
+24578	0.05
+24579	0.05
+24580	0.05
+24581	0.05
+24582	0.05
+24583	0.05
+24584	0.05
+24585	0.05
+24586	0.05
+24587	0.05
+24588	0.05
+24589	0.05
+24590	0.05
+24591	0.05
+24592	0.05
+24593	0.05
+24594	0.05
+24595	0.05
+24596	0.05
+24597	0.05
+24598	0.05
+24599	0.05
+24600	0.05
+24601	0.05
+24602	0.05
+24603	0.05
+24604	0.05
+24605	0.05
+24606	0.05
+24607	0.05
+24608	0.05
+28411	0.05
+28412	0.05
+28413	0.05
+28414	0.05
+28415	0.05
+28416	0.05
+28417	0.05
+28418	0.05
+28419	0.05
+28420	0.05
+28421	0.05
+28422	0.05
+28423	0.05
+28424	0.05
+28425	0.05
+28426	0.05
+28427	0.05
+28428	0.05
+28429	0.05
+28430	0.05
+28431	0.10
+28432	0.10
+28433	0.10
+28434	0.10
+28435	0.10
+28436	0.10
+28437	0.10
+28438	0.10
+28439	0.10
+28440	0.10
+28441	0.10
+28442	0.10
+28443	0.10
+28444	0.10
+28445	0.10
+28446	0.10
+28447	0.10
+28448	0.10
+28449	0.10
+28450	0.10
+28451	0.10
+28452	0.10
+28453	0.10
+28454	0.10
+28455	0.10
+28456	0.10
+28457	0.10
+28458	0.10
+28459	0.10
+28460	0.05
+28461	0.05
+28462	0.05
+28463	0.05
+28464	0.05
+28465	0.05
+28466	0.05
+28467	0.05
+28468	0.05
+28469	0.05
+28470	0.05
+28471	0.05
+28472	0.05
+28473	0.05
+28474	0.05
+28475	0.05
+28476	0.05
+28477	0.05
+40638	0.05
+40639	0.05
+40640	0.05
+40641	0.05
+40642	0.05
+40643	0.05
+40644	0.05
+40645	0.05
+40646	0.05
+40647	0.05
+40648	0.10
+40649	0.10
+40650	0.10
+40651	0.10
+40652	0.10
+40653	0.10
+40654	0.10
+40655	0.10
+40656	0.10
+40657	0.10
+40658	0.10
+40659	0.10
+40660	0.10
+40661	0.10
+40662	0.10
+40663	0.10
+40664	0.10
+40665	0.10
+40666	0.10
+40667	0.10
+40668	0.10
+40669	0.10
+40670	0.10
+40671	0.10
+40672	0.10
+40673	0.10
+40674	0.10
+40675	0.10
+40676	0.10
+40677	0.10
+40678	0.10
+40679	0.10
+40680	0.15
+40681	0.15
+40682	0.15
+40683	0.15
+40684	0.15
+40685	0.15
+40686	0.15
+40687	0.10
+40688	0.10
+40689	0.10
+40690	0.10
+40691	0.10
+40692	0.10
+40693	0.05
+40694	0.05
+40695	0.05
+40696	0.05
+40697	0.05
+40698	0.05
+40699	0.05
+40700	0.05
+40701	0.05
+40702	0.05
+40703	0.05
+40704	0.05
+40705	0.05
+40706	0.05
+40707	0.05
+40708	0.05
+40709	0.05
+40710	0.05
+40711	0.05
+40712	0.05
+40713	0.05
+40714	0.05
+40715	0.05
+40716	0.05
+40717	0.05
+40718	0.05
+40719	0.05
+40720	0.05
+40721	0.05
+40722	0.05
+40723	0.05
+40724	0.05
+40725	0.05
+40726	0.05
+40727	0.05
+40728	0.05
+40729	0.05
+40730	0.05
+40895	0.05
+40896	0.05
+40897	0.05
+40898	0.05
+40899	0.05
+40900	0.05
+40901	0.05
+40902	0.05
+40903	0.05
+40904	0.05
+40905	0.05
+40906	0.05
+40907	0.05
+40908	0.05
+40909	0.05
+40910	0.05
+40911	0.05
+40912	0.05
+40913	0.05
+40914	0.05
+40915	0.05
+40916	0.05
+40917	0.05
+40918	0.05
+40919	0.05
+40920	0.05
+40921	0.05
+40922	0.05
+40923	0.05
+40924	0.05
+40925	0.05
+40926	0.05
+40927	0.05
+40928	0.05
+40929	0.05
+40930	0.05
+40931	0.05
+40932	0.05
+40933	0.05
+40934	0.05
+40935	0.05
+40936	0.05
+40937	0.05
+40938	0.05
+40939	0.05
+40940	0.05
+40941	0.05
+40942	0.05
+40943	0.05
+40944	0.05
+40945	0.05
+57998	0.05
+57999	0.05
+58000	0.05
+58001	0.05
+58002	0.05
+58003	0.05
+58004	0.05
+58005	0.05
+58006	0.05
+58007	0.05
+58008	0.05
+58009	0.05
+58010	0.05
+58011	0.05
+58012	0.05
+58013	0.05
+58014	0.05
+58015	0.05
+58016	0.05
+58017	0.05
+58018	0.05
+58019	0.05
+58020	0.05
+58021	0.05
+58022	0.05
+58023	0.05
+58024	0.05
+58025	0.05
+58026	0.05
+58027	0.05
+58028	0.05
+58029	0.05
+58030	0.05
+58031	0.05
+58032	0.05
+58033	0.05
+58034	0.05
+58035	0.05
+58036	0.05
+58037	0.05
+58038	0.05
+58039	0.05
+58040	0.05
+58041	0.05
+58042	0.05
+58043	0.05
+58044	0.05
+58045	0.05
+58046	0.05
+58047	0.05
+58135	0.05
+58136	0.05
+58137	0.05
+58138	0.05
+58139	0.05
+58140	0.05
+58141	0.05
+58142	0.05
+58143	0.05
+58144	0.05
+58145	0.05
+58146	0.05
+58147	0.05
+58148	0.05
+58149	0.05
+58150	0.05
+58151	0.05
+58152	0.05
+58153	0.05
+58154	0.05
+58155	0.05
+58156	0.05
+58157	0.05
+58158	0.05
+58159	0.05
+58160	0.05
+58161	0.05
+58162	0.05
+58163	0.05
+58164	0.05
+58165	0.05
+58166	0.05
+58167	0.05
+58168	0.05
+58169	0.05
+58170	0.05
+58171	0.05
+58172	0.05
+58173	0.05
+58174	0.05
+58175	0.05
+58176	0.05
+58177	0.05
+58178	0.05
+58179	0.05
+58180	0.05
+58181	0.05
+58182	0.05
+58183	0.05
+58184	0.05
+58185	0.05
+80866	0.05
+80867	0.05
+80868	0.05
+80869	0.05
+80870	0.05
+80871	0.05
+80872	0.05
+80873	0.05
+80874	0.05
+80875	0.05
+80876	0.05
+80877	0.05
+80878	0.05
+80879	0.05
+80880	0.05
+80881	0.05
+80882	0.05
+80883	0.05
+80884	0.05
+80885	0.05
+80886	0.05
+80887	0.05
+80888	0.05
+80889	0.05
+80890	0.05
+80891	0.05
+80892	0.05
+80893	0.05
+80894	0.05
+80895	0.05
+80896	0.05
+80897	0.05
+80898	0.05
+80899	0.05
+80900	0.05
+80901	0.05
+80902	0.05
+80903	0.05
+80904	0.05
+80905	0.05
+80906	0.05
+80907	0.05
+80908	0.05
+80909	0.05
+80910	0.05
+80911	0.05
+80912	0.05
+80913	0.05
+80914	0.05
+80915	0.05
+80916	0.05
+87735	0.05
+87736	0.05
+87737	0.05
+87738	0.05
+87739	0.05
+87740	0.05
+87741	0.05
+87742	0.05
+87743	0.05
+87744	0.05
+87745	0.05
+87746	0.05
+87747	0.05
+87748	0.05
+87749	0.05
+87750	0.05
+87751	0.05
+87752	0.05
+87753	0.05
+87754	0.05
+87755	0.05
+87756	0.05
+87757	0.05
+87758	0.05
+87759	0.05
+87760	0.05
+87761	0.05
+87762	0.05
+87763	0.05
+87764	0.05
+87765	0.05
+87766	0.05
+87767	0.05
+87768	0.05
+87769	0.05
+87770	0.05
+87771	0.05
+87772	0.05
+87773	0.05
+87774	0.05
+87775	0.05
+87776	0.05
+87777	0.05
+87778	0.05
+87779	0.05
+87780	0.05
+87781	0.05
+87782	0.05
+87800	0.05
+87801	0.05
+87802	0.05
+87803	0.05
+87804	0.05
+87805	0.05
+87806	0.05
+87807	0.05
+87808	0.05
+87809	0.05
+87810	0.05
+87811	0.05
+87812	0.05
+87813	0.05
+87814	0.05
+87815	0.05
+87816	0.05
+87817	0.05
+87818	0.05
+87819	0.05
+87820	0.05
+87821	0.05
+87822	0.05
+87823	0.05
+87824	0.05
+87825	0.05
+87826	0.05
+87827	0.05
+87828	0.05
+87829	0.05
+87830	0.05
+87831	0.05
+87832	0.05
+87833	0.05
+87834	0.05
+87835	0.05
+87836	0.05
+87837	0.05
+87838	0.05
+87839	0.05
+87840	0.05
+87841	0.05
+94827	0.05
+94828	0.05
+94829	0.05
+94830	0.05
+94831	0.05
+94832	0.05
+94833	0.05
+94834	0.05
+94835	0.05
+94836	0.05
+94837	0.05
+94838	0.05
+94839	0.05
+94840	0.05
+94841	0.05
+94842	0.05
+94843	0.05
+94844	0.05
+94845	0.05
+94846	0.05
+94847	0.05
+94848	0.05
+94849	0.05
+94850	0.05
+94851	0.05
+94852	0.05
+94853	0.05
+94854	0.05
+94855	0.05
+94856	0.05
+94857	0.05
+94858	0.05
+94859	0.05
+94860	0.05
+94861	0.05
+94862	0.05
+94863	0.05
+94864	0.05
+94865	0.05
+94866	0.05
+94867	0.05
+94868	0.05
+94869	0.05
+94870	0.05
+94871	0.05
+94872	0.05
+94873	0.05
+94874	0.05
+94875	0.05
+94876	0.05
+94877	0.05
+variableStep chrom=chrY
+variableStep chrom=chrX
+variableStep chrom=chr9
+variableStep chrom=chrM
+variableStep chrom=chr22
+variableStep chrom=chr20
+variableStep chrom=chr21
+variableStep chrom=chr7
+variableStep chrom=chr6
+variableStep chrom=chr5
+variableStep chrom=chr4
+variableStep chrom=chr2