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planemo upload for repository https://github.com/phac-nml/galaxy_tools commit d5b7cb71616c0ac20e02ff8cb8c147b9d4a31691
| author | nml |
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| date | Wed, 11 Oct 2017 16:22:08 -0400 |
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| files | fastqc_stats.pl fastqc_stats.xml test-data/forward.fastq test-data/forward.txt test-data/output_pe.tsv test-data/output_single.tsv test-data/reference_1K.fa test-data/reverse.fastq test-data/reverse.txt |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fastqc_stats.pl Wed Oct 11 16:22:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,669 @@ +#!/usr/bin/env perl +package nml_fastqc_stats; +use strict; +use warnings; +use Pod::Usage; +use Getopt::Long; +use autodie; +use File::Basename; +use Bio::SeqIO; +use File::Temp qw/ tempdir /; +__PACKAGE__->run unless caller; + + + +sub run { + #grabbing arguments either from command line or from another module/script + my ( $rawdatas, $fastqs,$num_bps,$sample,$out) = get_parameters(@_); + + print_header($out,scalar @$fastqs); + my @results; + foreach my $rawdata ( @$rawdatas) { + my %results = %{ parse_FastQC($rawdata) } ; + push @results,\%results; + } + + + my %results; + + + if ( scalar @$rawdatas ==1 ) { + %results = % { $results[0]}; + + } + else { + #need to combine the info into a SINGLE results file + + my ($r1,$r2) = ($results[0],$results[1]); + + + foreach my $key( keys %$r1) { + if ( exists $r2->{$key}) { + my ($value1,$value2) = ($r1->{$key},$r2->{$key}); + + #check to see if data that could/should be different + my %diff_ignore = ('Filename'=>1); + my %combine = ('duplicate_lvl'=>1,'dist_length'=>1,'overre'=>1,'Total Sequences'=>1,'Sequence length'=>1,'%GC'=>1); + if (exists $combine{$key} ) { + if ( $key eq 'duplicate_lvl') { + $results{'Duplicate level R1'} = $value1; + $results{'Duplicate level R2'} = $value2; + } + elsif ( $key eq 'dist_length') { + my %dist=%{$value1}; + foreach my $key( keys %$value2) { + #adding the number of reads to either existing range or new + if ( exists $dist{$key}) { + $dist{$key}{'count'}+=$value2->{$key}{'count'}; + + } + else { + $dist{$key} = $value2->{$key}; + } + } + + $results{$key} = \%dist; + + } + elsif ( $key eq 'Total Sequences') { + $results{$key}= $value1 + $value2; + } + elsif ( $key eq 'overre') { + $results{$key}=$value1 + $value2; + } + elsif ( $key eq '%GC') { + $results{$key}=($value1 + $value2)/2; + } + elsif ( $key eq 'Sequence length') { + if ( $value1 eq $value2) { + $results{$key}= $value1; + } + else { + #figure out the range by splitting all values into array then sort + my @number = split /-/,$value1; + map { push @number,$_ } split'-',$value2; + @number = sort {$a <=> $b } @number; + $results{$key} = $number[0] . '-' . $number[$#number]; + } + } + + } + #both the same we are good + elsif ( $value1 eq $value2) { + $results{$key}=$value1; + } + elsif ( ! exists $diff_ignore{$key}) { + die "Have different value between fastqc files for '$key'\n"; + } + + + + } + else { + die "Cannot find key : '$key' in reverse fastqc file\n"; + } + } + + + } + + #add sample name given by user + $results{'filename'} = $sample; + + #perform coverage, total base pair and SE or PE + if ( $fastqs) { + my $result = determine_stats($fastqs,$num_bps); + if ( $result) { + foreach ( keys %$result) { + if ( exists $results{$_}) { + die "Have two functions with key: '$_'\n"; + } + else { + $results{$_}= $result->{$_}; + } + } + } + } + + print_csv($out,\%results); + + + + return 1; +} + +sub determine_stats { + my ($fastqs,$num_bps) = @_; + + + my %results; + my $number = scalar @$fastqs; + my $status; + + if ( $number ==1) { + $status='SE'; + } + elsif ( $number ==2) { + $status='PE'; + } + else { + $status='N/A'; + } + + $results{'pe_status'} = $status; + + #determine total base pair + + my $all_fastq = join (' ' , map { "\"$_\"" } @$fastqs); + + #one liner from : http://onetipperday.blogspot.ca/2012/05/simple-way-to-get-reads-length.html with some modification by Philip Mabon + my $total=`cat $all_fastq | perl -ne '\$s=<>;<>;<>;chomp(\$s);print length(\$s)."\n";' | sort | uniq -c | perl -e 'while(my \$line=<>){chomp \$line; \$line =~s/^\\s+//;(\$l,\$n)=split/\\s+/,\$line; \$t+= \$l*\$n;} print "\$t\n"'`; + chomp $total; + + $results{'total_bp'} = $total; + + if ($total) { + + $results{'coverage'} = sprintf "%.2f", ($total/$num_bps); + + #reference name stuff + #my $name = basename($reference); + #$name =~ s/\.fasta//; + + $results{'reference'} = $num_bps; + + + } + + return \%results; + +} + + +sub print_csv { + my ($out_fh,$results) = @_; + my %results = %{$results}; + + my @line; + + #Name + my $name = $results{'filename'} || 'N/A'; + $name =~ s/.fastq//; + push @line,$name; + + #Indicate if PE,SE or multiple + my $status= $results{'pe_status'} || 'N/A'; + push @line,$status; + + #encoding of fastq file + push @line, $results{'Encoding'} || 'N/A'; + + #number of reads found + my $reads = $results{'Total Sequences'} || 'N/A'; + + push @line,$reads || 'N/A'; + + #number of Total Base Pairs + push @line, $results{'total_bp'} || 'N/A'; + + #sequence read length range + push @line, $results{'Sequence length'} || 'N/A'; + + #most abundant read length + + my ($most_abundant) = sort {$results{'dist_length'}{$b}{'count'} <=> $results{'dist_length'}{$a}{'count'} } keys %{$results{'dist_length'}}; + my ($most_count) = $results{'dist_length'}{$most_abundant}{'count'} || 'N/A'; + + push @line, $most_abundant; + push @line, $most_count; + + #coverage against reference + push @line, $results{'coverage'} || 'N/A'; + push @line, $results{'reference'} || 'N/A'; + + + #duplicate level + if ( $results{'pe_status'} eq 'SE') { + push @line, $results{'duplicate_lvl'} || 'N/A'; + } + elsif ( $results{'pe_status'} eq 'PE') { + push @line, $results{'Duplicate level R1'} || 'N/A'; + push @line, $results{'Duplicate level R2'} || 'N/A'; + } + + + + #determine percentage of reads that are over-represented sequences + push @line, exists $results{'overre'} ? $results{'overre'} : 'N/A'; + + print $out_fh join("\t",@line) . "\n"; + + return; +} + +sub print_header { + my ($out_fh,$fastqs) = @_; + + my @headers; + if ( $fastqs==2) { + @headers = ('Name','SE/PE','Encoding' , '# of Reads', 'Total # Base Pairs', 'Sequence length range','Most abundant read length','# of reads for abundant','Estimated Coverage','Reference length','Duplicate % R1','Duplicate % R2','# of Overrepresented sequences'); + } + else { + @headers = ('Name','SE/PE','Encoding' , '# of Reads', 'Total # Base Pairs', 'Sequence length range','Most abundant read length','# of reads for abundant','Estimated Coverage','Reference length','Duplicate %','# of Overrepresented sequences'); + } + + print $out_fh join("\t",@headers) . "\n"; + + + return; +} + + + +sub parse_FastQC { + my ($file) = @_; + + my %results; + + my %todo = ( + 'Per base sequence quality' => \&per_base_quality, + 'Per sequence quality scores' => \&per_seq_quality, + 'Per base sequence content' => \&per_seq_content, + 'Per base GC content' => \&per_base_gc_content, + 'Per sequence GC content' => \&per_seq_gc_content, + 'Per base N content' => \&per_base_n_content, + 'Sequence Length Distribution' => \&seq_length_dis, + 'Sequence Duplication Levels' => \&seq_dupli_lvl, + 'Overrepresented sequences' => \&overrepresented_seq, + 'Kmer Content' => \&kmer_content, + 'Basic Statistics' => \&basic_stats + + ); + + + open my $in , '<', $file; + + #get header + my $version = <$in>; + + #create functional code + my $next_sec = next_section($in); + + my %sections; + + while ( my ($sec_name,$fh_lines) = $next_sec->()) { + if (! ($sec_name || $fh_lines)) { + last; + } + + + #see if we are at a beginning of new section + if ($sec_name =~ /^>>(.*)\s+(warn|fail|pass)$/) { + my ($name,$status) = ($1,$2); + $sections{$name}= $status; + + if ( exists $todo{$name}) { + my $result =$todo{$name}->($fh_lines); + + if ( $result) { + #combine results together + foreach ( keys %$result) { + if ( exists $results{$_}) { + die "Have two functions with key: '$_'\n"; + } + else { + $results{$_}= $result->{$_}; + } + } + } + } + } + } + + + return \%results; +} + + +sub basic_stats { + my ($lines) = @_; + my $header = <$lines>; + + my %stats; + + while (<$lines>) { + chomp; + my @data = split/\t/; + my $value = pop @data; + if ( $value eq '>>END_MODULE') { + last; + } + my $key = join(' ',@data); + $stats{$key}=$value; + } + + return \%stats; +} + + + +sub per_base_quality { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + +sub per_seq_quality { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + +sub per_seq_content { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} +sub per_base_gc_content { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + +sub per_seq_gc_content { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + +sub per_base_n_content { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + +sub seq_length_dis { + my ($lines) = @_; + my %results; + + my $header = <$lines>; + my %lengths; + while (<$lines>) { + chomp; + if ( $_ =~ /^>>/) { + next; + } + + my ($key,$value) = split/\s+/; + if ( $key =~ /(\d+)-(\d+)/) { + $lengths{$1}{'count'} =$value; + $lengths{$1}{'key'} =$key; + + } + else { + $lengths{$key}{'count'} =$value; + $lengths{$key}{'key'} =$key; + } + + } + + + return {'dist_length' => \%lengths}; +} +sub seq_dupli_lvl { + my ($lines) = @_; + + my $perc_dupl = <$lines>; + my $perc; + if ( $perc_dupl =~ /^\#Total Duplicate Percentage\s+(.*)$/ ) { + $perc = $1; + } + elsif ($perc_dupl =~ /^\#Total Deduplicated Percentage\s+(.*)$/ ) { + $perc = $1; + #version 0.11.2 and above, it indicates as Deduplicate insetad of Duplicated + #we want to know % of Duplicate sequences instead + $perc = $perc - 100.00; + } + + my $header = <$lines>; + #ignoring the results of the graph for now + + $perc = sprintf "%.2f",$perc; + + return {'duplicate_lvl' => $perc}; +} + +sub overrepresented_seq { + my ($lines) = @_; + + my %results; + + my $header = <$lines>; + my %seqs; + my $total; + + while ( <$lines>) { + chomp; + if ( $_=~ />>END_MODULE/) { + last; + } + my @data = split/\s+/; + + $seqs{$data[0]} =$data[2]; + $total+=$data[2]; + + } + + if ( ! $total) { + $results{'overre'}=0; + + } + else { + $results{'overre'} = sprintf "%.2f",$total; + } + + + + return \%results; +} + +sub kmer_content { + my ($lines) = @_; + my %results; + + return \%results; +} + + + +sub next_section { + my ($in)=@_; + my $lines; + + return sub { + local $/ = ">>END_MODULE\n"; + $lines= <$in>; + my ($name,$sec); + { + if ($lines) { + local $/ = "\n"; + open $sec ,'<',\$lines; + $name = <$sec>; + chomp $name; + } + + } + + + return ($name,$sec); + } +} + + +sub get_parameters { + my ($out,$sample,@rawdatas,@fastq,$ref,$rawdataSE,$rawdataPE_R1,$rawdataPE_R2,$fastqSE,$fastqPE_R1,$fastqPE_R2,$galaxy,$num_bps); + #determine if our input are as sub arguments or getopt::long + if ( @_ && $_[0] eq __PACKAGE__ ) { + # Get command line options + GetOptions( + 'o|out=s' => \$out, + 'fastq_se=s' => \$fastqSE, + 'fastq_pe_1=s' => \$fastqPE_R1, + 'fastq_pe_2=s' => \$fastqPE_R2, + 'g_rawdata_se=s' => \$rawdataSE, + 'g_rawdata_pe_1=s' => \$rawdataPE_R1, + 'g_rawdata_pe_2=s' => \$rawdataPE_R2, + 'sample=s' => \$sample, + 'ref=s' => \$ref, + 'num_bps=s' => \$num_bps + ); + } + else { + die "NYI\n"; + #( $file, $out ) = @_; + } + + if ( !$sample) { + $sample = "Unknown sample"; + } + + if ( $fastqSE) { + if ( ! (-e $fastqSE) ) { + print "ERROR: Was given a fastq SE file but could not find it: '$fastqSE'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + else { + push @fastq,$fastqSE; + } + if ( !$rawdataSE || !( -e $rawdataSE)) { + print "ERROR: Was not given or could not rawdata file: '$rawdataSE'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + else { + push @rawdatas,$rawdataSE; + } + + } + elsif ( !$fastqPE_R1 || ! (-e $fastqPE_R1) || !$fastqPE_R2 || ! (-e $fastqPE_R2) ) { + print "ERROR: Was given a fastqPE R1 or R2 file but could not find it: '$fastqPE_R1' , '$fastqPE_R2'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + + } + else { + push @fastq,$fastqPE_R1; + push @fastq,$fastqPE_R2; + + + for my $rawdata ( ($rawdataPE_R1,$rawdataPE_R2)) { + if (!$rawdata || !(-e $rawdata)) { + print "ERROR: Was not given or could not rawdata file: '$rawdata'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + else { + push @rawdatas,$rawdata; + } + } + } + + if ( $ref && !( -e $ref ) ) { + print "ERROR: Was given a reference file but could not find it: '$ref'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ($ref && $num_bps) + { + print "ERROR: Was given both a reference file and number of base pairs. One or the other please."; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ($ref) + { + $num_bps = 0; + my $in = Bio::SeqIO->new(-format=>'fasta' , -file => $ref); + while ( my $seq = $in->next_seq()) { + $num_bps += $seq->length(); + } + + if ($num_bps == 0) + { + print "ERROR: number of base pairs read from reference file is 0. Please check validity of reference file."; + pod2usage( -verbose=> 1 ); + } + } + + $out = _set_out_fh($out); + + return (\@rawdatas,\@fastq,$num_bps,$sample,$out); +} + + + +sub _set_out_fh { + my ($output) = @_; + my $out_fh; + + if ( defined $output && ref $output && ref $output eq 'GLOB' ) { + $out_fh = $output; + } + elsif ( defined $output ) { + open( $out_fh, '>', $output ); + } + else { + $out_fh = \*STDOUT; + } + + return $out_fh; +} + + + +1; + +=head1 NAME + +nml_fastqc_stats.pl.pl - (Galaxy only script) Parse fastqc runs into a csv summary report + + +=head1 SYNOPSIS + + nml_fastqc_stats.pl.pl -z fastqc.txt + nml_fastqc_stats.pl.pl -z fastqc.txt -o results.csv --ref NC_33333.fa + nml_fastqc_stats.pl.pl -z fastqc.txt -o results.csv --ref NC_33333.fa --fastq ya_R1.fastq --fatq ya_R2.fastq + +=head1 OPTIONS + +=over + + +=item B<-z> + +FastQC txt rawdata file + + +=item B<-o> B<--out> + +Output csv file + +=item B<--fastq> + +Path to fastq file(s) . Used for providing total base pairs and coverage information + + +=item B<--ref> + +Path to reference file. Needed for providing coverage information + +=back + +=head1 DESCRIPTION + + + + +=cut
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fastqc_stats.xml Wed Oct 11 16:22:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,106 @@ +<tool id="FastQC_Summary" name="FastQC Summary" version="1.2"> + <description>Provide a one line summary of a FastQC report(s)</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.6.924">perl-bioperl</requirement> + <requirement type="package" version="2.49">perl-getopt-long</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ + + perl $__tool_directory__/fastqc_stats.pl + + + #if $single_or_mate.library_type == "single" + --fastq_se $single_or_mate.fastq_file --g_rawdata_se $rawdata_file + --sample "$single_or_mate.fastq_file.name" + #elif $single_or_mate.library_type == "paired" + --fastq_pe_1 $single_or_mate.forward_fastq --fastq_pe_2 $single_or_mate.reverse_fastq --g_rawdata_pe_1 $single_or_mate.forward_rawdata --g_rawdata_pe_2 $single_or_mate.reverse_rawdata + --sample "$single_or_mate.forward_fastq.name" + #else + --fastq_pe_1 $single_or_mate.fastq_collection.forward --fastq_pe_2 $single_or_mate.fastq_collection.reverse --g_rawdata_pe_1 $single_or_mate.fastqc_collection.forward --g_rawdata_pe_2 $single_or_mate.fastqc_collection.reverse + --sample "$single_or_mate.fastq_collection.name" + #end if + + + + #if $ref_or_num.select == "reference" + --ref $ref_or_num.ref_file + #else + --num_bps $ref_or_num.bp_num + #end if + -o $out_file + + ]]></command> + <inputs> + <conditional name="single_or_mate"> + <param name="library_type" type="select" label="Is this library single or paired-end?"> + <option value="single">Single-end</option> + <option value="paired">Paired-end</option> + <option value="collection">Collection Paired-end Fastqs</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fastq_file" type="data" format="fastqsanger,fastq" label="Single end FASTQ"/> + <param name="rawdata_file" type="data" format="txt" label="FastQC RawData"/> + </when> + <when value="paired"> + <param name="forward_fastq" type="data" format="fastqsanger,fastq" label="Forward FASTQ"/> + <param name="reverse_fastq" type="data" format="fastqsanger,fastq" label="Reverse FASTQ"/> + <param name="forward_rawdata" type="data" format="txt" label="FASTQC forward RawData"/> + <param name="reverse_rawdata" type="data" format="txt" label="FASTQC reverse RawData"/> + </when> + <when value="collection"> + <param name="fastq_collection" type="data_collection" label="Paired-end Fastq collection" help="" optional="false" format="txt" collection_type="paired" /> + <param name="fastqc_collection" type="data_collection" label="Paired-end FastQC collection" help="" optional="false" format="txt" collection_type="paired" /> + </when> + </conditional> + <conditional name="ref_or_num"> + <param name="select" type="select" label="Reference file or number of base pairs?"> + <option value="reference">Reference file</option> + <option value="num_pairs">Number of base pairs</option> + </param> + <when value="reference"> + <param name="ref_file" type="data" format='fasta' help="To determine raw genome coverage." label="Reference file"/> + </when> + <when value="num_pairs"> + <param name="bp_num" type="integer" value="" label="Number of base pairs"/> + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="out_file" label="Output csv file"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="fastq_file" value="forward.fastq"/> + <param name="rawdata_file" value="forward.txt"/> + <param name="ref_file" value="reference_1K.fa"/> + <output name="out_file" value="output_single.tsv"/> + </test> + <test> + <param name="library_type" value="paired"/> + <param name="forward_fastq" value="forward.fastq"/> + <param name="reverse_fastq" value="reverse.fastq"/> + <param name="forward_rawdata" value="forward.txt"/> + <param name="reverse_rawdata" value="reverse.txt"/> + <param name="ref_file" value="reference_1K.fa"/> + <output name="out_file" value="output_pe.tsv"/> + </test> + </tests> + <help> + +What it does +============ +This script provides a one line summary of the FastQC report. + +Inputs +====== +- **Is this library single or paired end?**: Choose Single-end or Paired-end. This option will display the correct number of input fields depending on the option selected +- **Fastq input**: - Fastqc file +- **FastQC rawData input**: - This is the txt file produced by the FastQC tool +- **Sample Name**: Sample name that will appear in the output file +- **Reference file or number of base pairs?**: Choose between providing a reference file or providing a number of basepairs to determine the raw genome coverage. + +Outputs +======= +- **Output csv file**: Summarizes the FastQC report in a csv format + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/forward.fastq Wed Oct 11 16:22:08 2017 -0400 @@ -0,0 +1,8216 @@ +@EAS20_8_6_1_9_1972/1 trim=6 +ACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCG ++ +HHHHHHGHHHHFHHGGHHFHHHHHFHHFHFHHHHHFHHHHHFHHHHHHHHFHHFHFDHHGG@BGGHCDHE:;3)7.A973A:AA5>AD9G=D<D +@EAS20_8_6_1_163_1521/1 +GCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTG ++ +HGHHIHHHDHHHHHIHHIHHHHHHHHHBHHHHHFHCFHHHHHHHGHHHHHEHHFHHHGHHIHHHGHGHHHIHFHHHHHGH?5<<;BD>6>?BGEHHGHFG +@EAS20_8_6_1_178_1948/1 +ATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGA ++ +GHHHHHHHHHGGHHHHHHGHHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHFHHHEHHHHHHHFHFHIHHIHHHIHHHGHIIGGHBGGGHHFFGBHIFFGCIGGEFDG@AG +@EAS20_8_6_1_318_1522/1 trim=5 +AAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCAC ++ 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24.31840311587147 26.071080817916258 +30-31 24.49975597852611 26.720351390922403 23.30405075646657 25.47584187408492 +32-33 22.90543851053405 26.825085742283193 23.983341499265066 26.286134247917687 +34-35 25.946876537137236 24.938514510575505 24.495818986719133 24.618789965568126 +36-37 25.989119683481704 26.063303659742832 23.516320474777448 24.43125618199802 +38-39 24.795031055900623 24.472049689440993 24.39751552795031 26.335403726708073 +40-41 26.512678885262364 23.87647501883003 24.303288978157166 25.30755711775044 +42-43 25.61314791403287 24.652338811630848 23.615676359039192 26.118836915297095 +44-45 27.326175869120657 25.0 23.05725971370143 24.616564417177912 +46-47 24.767080745341616 25.491718426501038 24.4824016563147 25.25879917184265 +48-49 25.1039501039501 25.285862785862783 25.363825363825367 24.246361746361746 +50-51 24.743353514082653 24.48012634903922 25.612003158725983 25.164516978152147 +52-53 24.31715725271811 25.086184036064708 25.03314770617873 25.563511005038453 +54-55 24.785637727759916 25.026795284030012 25.214362272240088 24.97320471596999 +56-57 24.18655097613883 24.322125813449023 26.22017353579176 25.271149674620393 +58-59 25.782537067545302 23.613399231191654 25.645249862712795 24.95881383855025 +60-61 26.10508757297748 24.02001668056714 25.243258270781205 24.63163747567417 +62-63 25.176404177250916 25.486875529212533 24.47078746824725 24.865932825289303 +64-65 25.58874210224009 24.23894313612866 24.641010913268236 25.531303848363006 +66-67 23.42051131354687 25.683220687628562 25.91830737584484 24.977960622979722 +68-69 23.325429756965026 23.503260225251925 26.615293420272675 26.556016597510375 +70-71 24.026562028373075 23.603984304255963 25.89797766374887 26.471476003622097 +72-73 26.16279069767442 23.286413708690333 25.061199510403913 25.489596083231337 +74-75 25.472575147195535 24.325999380229316 25.8444375581035 24.356987914471645 +76-77 25.142495250158326 24.0025332488917 24.287523749208358 26.567447751741607 +78-79 25.176621708413617 24.213230571612073 25.272960822093772 25.337186897880535 +80-81 26.151806430228703 24.063639376864433 24.99171362280411 24.79284057010275 +82-83 23.785253143051307 24.634726469588855 25.959904858987425 25.620115528372413 +84-85 25.47302032235459 24.176594253679045 23.791170287316046 26.559215136650316 +86-87 25.983965014577258 24.599125364431487 24.41690962099125 25.0 +88-89 25.739977519670287 24.241288872236794 25.40277257399775 24.615961034095164 +90-91 23.935331230283914 25.276025236593057 26.301261829652994 24.48738170347003 +92-93 25.051166598444535 25.46049938600082 25.255832992222675 24.232501023331967 +94-95 25.559380378657487 24.82788296041308 25.086058519793458 24.52667814113597 +96-97 24.40281030444965 26.182669789227162 24.68384074941452 24.730679156908668 +98-99 25.12291052114061 22.959685349065882 24.72959685349066 27.18780727630285 +100 27.139874739039666 22.129436325678498 25.052192066805844 25.678496868475992 +>>END_MODULE +>>Per sequence GC content fail +#GC Content Count +0 0.0 +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +10 0.0 +11 0.0 +12 0.0 +13 0.0 +14 0.0 +15 0.0 +16 0.0 +17 0.0 +18 0.0 +19 0.0 +20 0.0 +21 0.0 +22 0.0 +23 0.0 +24 0.0 +25 0.0 +26 0.0 +27 0.0 +28 0.0 +29 0.5 +30 4.0 +31 7.5 +32 12.0 +33 18.0 +34 16.0 +35 17.0 +36 18.0 +37 23.5 +38 31.0 +39 25.5 +40 22.0 +41 16.0 +42 16.0 +43 23.0 +44 23.0 +45 32.0 +46 65.5 +47 135.5 +48 161.0 +49 134.0 +50 135.0 +51 139.5 +52 153.0 +53 174.5 +54 180.0 +55 164.0 +56 140.0 +57 135.0 +58 126.0 +59 96.5 +60 75.0 +61 56.5 +62 38.0 +63 31.0 +64 24.0 +65 17.0 +66 13.0 +67 8.5 +68 8.5 +69 12.5 +70 11.0 +71 7.5 +72 4.0 +73 1.0 +74 1.0 +75 1.5 +76 1.5 +77 1.5 +78 0.5 +79 0.5 +80 1.0 +81 1.0 +82 0.5 +83 0.0 +84 0.0 +85 0.0 +86 0.0 +87 0.0 +88 0.0 +89 0.0 +90 0.0 +91 0.0 +92 0.0 +93 0.0 +94 0.0 +95 0.0 +96 0.0 +97 0.0 +98 0.0 +99 0.0 +100 0.0 +>>END_MODULE +>>Per base N content pass +#Base N-Count +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +10-11 0.0 +12-13 0.0 +14-15 0.0 +16-17 0.0 +18-19 0.0 +20-21 0.0 +22-23 0.0 +24-25 0.0 +26-27 0.0 +28-29 0.0 +30-31 0.0 +32-33 0.0 +34-35 0.0 +36-37 0.0 +38-39 0.0 +40-41 0.0 +42-43 0.0 +44-45 0.0 +46-47 0.0 +48-49 0.0 +50-51 0.0 +52-53 0.0 +54-55 0.0 +56-57 0.0 +58-59 0.0 +60-61 0.0 +62-63 0.0 +64-65 0.0 +66-67 0.0 +68-69 0.0 +70-71 0.0 +72-73 0.0 +74-75 0.0 +76-77 0.0 +78-79 0.0 +80-81 0.0 +82-83 0.0 +84-85 0.0 +86-87 0.0 +88-89 0.0 +90-91 0.0 +92-93 0.0 +94-95 0.0 +96-97 0.0 +98-99 0.0 +100 0.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Length Distribution warn +#Length Count +30-31 13.0 +32-33 6.0 +34-35 11.0 +36-37 6.0 +38-39 21.0 +40-41 17.0 +42-43 17.0 +44-45 29.0 +46-47 5.0 +48-49 20.0 +50-51 21.0 +52-53 18.0 +54-55 22.0 +56-57 23.0 +58-59 17.0 +60-61 30.0 +62-63 28.0 +64-65 46.0 +66-67 13.0 +68-69 23.0 +70-71 30.0 +72-73 16.0 +74-75 40.0 +76-77 17.0 +78-79 39.0 +80-81 48.0 +82-83 39.0 +84-85 60.0 +86-87 30.0 +88-89 58.0 +90-91 59.0 +92-93 49.0 +94-95 106.0 +96-97 43.0 +98-99 76.0 +100-101 958.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Duplication Levels warn +#Total Deduplicated Percentage 64.02142161635832 +#Duplication Level Percentage of deduplicated Percentage of total +1 64.86692015209125 41.52872444011685 +2 20.988593155893536 26.874391431353455 +3 8.897338403041825 17.088607594936708 +4 4.030418250950571 10.321324245374878 +5 0.7604562737642585 2.4342745861733204 +6 0.45627376425855515 1.7526777020447908 +7 0.0 0.0 +8 0.0 0.0 +9 0.0 0.0 +>10 0.0 0.0 +>50 0.0 0.0 +>100 0.0 0.0 +>500 0.0 0.0 +>1k 0.0 0.0 +>5k 0.0 0.0 +>10k+ 0.0 0.0 +>>END_MODULE +>>Overrepresented sequences warn +#Sequence Count Percentage Possible Source +AAAAATACGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAA 6 0.2921129503407984 No Hit +CGTTACCTGTGGTAATGGTGATGGTGGTGGTAATGGTGGTGCTAATGCGT 6 0.2921129503407984 No Hit +CGTTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACA 6 0.2921129503407984 No Hit +GAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAA 6 0.2921129503407984 No Hit +ACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGC 6 0.2921129503407984 No Hit +CGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTTTCAATCATC 6 0.2921129503407984 No Hit +CGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGA 5 0.24342745861733206 No Hit +TGGTGGTGGTAATGGTGGTGCTAATGCGTTTCATGGATGTTGTGTACTCT 5 0.24342745861733206 No Hit +GTAAACAGGCAGCCAGCACCGCAGCAGAGTAGTCGGAACCGTTGCGTCCA 5 0.24342745861733206 No Hit +AAATCAGCGCAGCGTTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATG 5 0.24342745861733206 No Hit +ATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCT 5 0.24342745861733206 No Hit +TTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACT 5 0.24342745861733206 No Hit +TTTTCTCGCCACGGCAAATCAGCGCAGCGTTGATGCTATCCGGGCACTGC 5 0.24342745861733206 No Hit +AGTTCGGCAAAAATACGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTG 5 0.24342745861733206 No Hit +TTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATG 5 0.24342745861733206 No Hit +TAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAA 5 0.24342745861733206 No Hit +TCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGT 4 0.19474196689386564 No Hit +GCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTG 4 0.19474196689386564 No Hit +CGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTT 4 0.19474196689386564 No Hit +TACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTT 4 0.19474196689386564 No Hit +GGTGGCCACCTGCCCCTGCCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACAC 4 0.19474196689386564 No Hit +ATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCA 4 0.19474196689386564 No Hit +GATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTG 4 0.19474196689386564 No Hit +AGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTG 4 0.19474196689386564 No Hit +GTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAG 4 0.19474196689386564 No Hit +GCAAAAATACGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCT 4 0.19474196689386564 No Hit +CTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAA 4 0.19474196689386564 No Hit +ATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGA 4 0.19474196689386564 No Hit +AAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATT 4 0.19474196689386564 No Hit +CAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCG 4 0.19474196689386564 No Hit +TCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACATTTTCTCGCCACGGCAAAT 4 0.19474196689386564 No Hit +ATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGC 4 0.19474196689386564 No Hit +AAGTTTTCAATTGCGCCAGCGGGAACCCCGGCTGGGCGGCGGCGAGTCCC 4 0.19474196689386564 No Hit +GCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGT 4 0.19474196689386564 No Hit +ACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGA 4 0.19474196689386564 No Hit +TTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTCAATTGCGCCAGCGGGAACC 4 0.19474196689386564 No Hit +TACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCAC 4 0.19474196689386564 No Hit +AAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGAC 4 0.19474196689386564 No Hit +TTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGA 4 0.19474196689386564 No Hit +GCGTAAACAGGCAGCCAGCACCGCAGCAGAGTAGTCGGAACCGTTGCGTC 4 0.19474196689386564 No Hit +CCCTGCCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTC 4 0.19474196689386564 No Hit +ACGCGTCAGCCCGCACCGTTACCTGTGGTAATGGTGATGGTGGTGGTAAT 4 0.19474196689386564 No Hit +GGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACT 4 0.19474196689386564 No Hit +CTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATT 4 0.19474196689386564 No Hit +TTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGAT 4 0.19474196689386564 No Hit +TTGCGTCCAAGCACCACCAGTTCGCCTTTTTCATTACCGGCGG 4 0.19474196689386564 No Hit +AAATACGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATG 4 0.19474196689386564 No Hit +TATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTCAATTGCGCCAGCGGGA 4 0.19474196689386564 No Hit +GCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCC 4 0.19474196689386564 No Hit +ACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACA 4 0.19474196689386564 No Hit +TCAGCAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTT 4 0.19474196689386564 No Hit +AATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGC 4 0.19474196689386564 No Hit +AAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTG 4 0.19474196689386564 No Hit +GGGCGGCGGCGAGTCCCGTCAAAAGTTCGGCAAAAATACGTTCGGCATCG 4 0.19474196689386564 No Hit +AGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTA 4 0.19474196689386564 No Hit +ATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACA 4 0.19474196689386564 No Hit +GGGTGGACTCAGCAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCC 4 0.19474196689386564 No Hit +TCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTT 4 0.19474196689386564 No Hit +TCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTTTC 4 0.19474196689386564 No Hit +GATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAAC 4 0.19474196689386564 No Hit +AATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCA 4 0.19474196689386564 No Hit +GGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTT 4 0.19474196689386564 No Hit +TTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACATTTTCTCGCCACGGCAAA 4 0.19474196689386564 No Hit +ACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACC 4 0.19474196689386564 No Hit +ACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCAT 4 0.19474196689386564 No Hit +TAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATA 4 0.19474196689386564 No Hit +CGCAGCAGAGTAGTCGGAACCGTTGCGTCCAAGCACCACCAGTTCGCCTTTTTCATTACCGGCGG 4 0.19474196689386564 No Hit +AAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGC 4 0.19474196689386564 No Hit +CAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACT 4 0.19474196689386564 No Hit +GTGGCCACCTGCCCCTGCCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACG 3 0.1460564751703992 No Hit +AACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTA 3 0.1460564751703992 No Hit +TAAACAGGCAGCCAGCACCGCAGCAGAGTAGTCGGAACCGTTGCGTCCAA 3 0.1460564751703992 No Hit +AATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGA 3 0.1460564751703992 No Hit +GCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAA 3 0.1460564751703992 No Hit +CCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCT 3 0.1460564751703992 No Hit +CGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTA 3 0.1460564751703992 No Hit +GTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCA 3 0.1460564751703992 No Hit +CAAATCAGCGCAGCGTTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAAT 3 0.1460564751703992 No Hit +AGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTT 3 0.1460564751703992 No Hit +CATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTC 3 0.1460564751703992 No Hit +CGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAA 3 0.1460564751703992 No Hit +TGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTTTCAATCATCGCC 3 0.1460564751703992 No Hit +GCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTG 3 0.1460564751703992 No Hit +TCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTT 3 0.1460564751703992 No Hit +AGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAAT 3 0.1460564751703992 No Hit +TATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCG 3 0.1460564751703992 No Hit +GCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGAT 3 0.1460564751703992 No Hit +AAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCA 3 0.1460564751703992 No Hit +TAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATA 3 0.1460564751703992 No Hit +GGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGG 3 0.1460564751703992 No Hit +TTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATG 3 0.1460564751703992 No Hit +TCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGT 3 0.1460564751703992 No Hit +CTCAGCAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTT 3 0.1460564751703992 No Hit +CTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATA 3 0.1460564751703992 No Hit +GGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGG 3 0.1460564751703992 No Hit +TTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCAC 3 0.1460564751703992 No Hit +GATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGT 3 0.1460564751703992 No Hit +GCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCC 3 0.1460564751703992 No Hit +GCCACCTGCCCCTGCCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAG 3 0.1460564751703992 No Hit +AGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGA 3 0.1460564751703992 No Hit +ATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCAT 3 0.1460564751703992 No Hit +GGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCA 3 0.1460564751703992 No Hit +TCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAG 3 0.1460564751703992 No Hit +AAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAAT 3 0.1460564751703992 No Hit +ATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGA 3 0.1460564751703992 No Hit +CGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGG 3 0.1460564751703992 No Hit +CGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCT 3 0.1460564751703992 No Hit +GCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAA 3 0.1460564751703992 No Hit +GTGATCAGCCGGAATGCGGCTTGCCGCAATACGGCGGG 3 0.1460564751703992 No Hit +AGCGGGAACCCCGGCTGGGCGGCGGCGAGTCCCGTCAAAAGTTCGGCAAA 3 0.1460564751703992 No Hit +TGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTT 3 0.1460564751703992 No Hit +GTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTT 3 0.1460564751703992 No Hit +AAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACG 3 0.1460564751703992 No Hit +TTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAG 3 0.1460564751703992 No Hit +TGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTG 3 0.1460564751703992 No Hit +ACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACG 3 0.1460564751703992 No Hit +ATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGG 3 0.1460564751703992 No Hit +CAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTC 3 0.1460564751703992 No Hit +TCCTGTACGCGTCAGCCCGCACCGTTACCTGTGGTAATGGTGATGGTGGT 3 0.1460564751703992 No Hit +TGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCA 3 0.1460564751703992 No Hit +TGATGGTGGTGGTAATGGTGGTGCTAATGCGTTTCATGGATGTTGTGTAC 3 0.1460564751703992 No Hit +TTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCG 3 0.1460564751703992 No Hit +CCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCAT 3 0.1460564751703992 No Hit +CCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGG 3 0.1460564751703992 No Hit +TAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACA 3 0.1460564751703992 No Hit +AGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGG 3 0.1460564751703992 No Hit +AAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCA 3 0.1460564751703992 No Hit +CTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTT 3 0.1460564751703992 No Hit +AGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC 3 0.1460564751703992 No Hit +GCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTT 3 0.1460564751703992 No Hit +TATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAG 3 0.1460564751703992 No Hit +TTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACC 3 0.1460564751703992 No Hit +CTGCCTGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTG 3 0.1460564751703992 No Hit +AGCAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTT 3 0.1460564751703992 No Hit +TGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGT 3 0.1460564751703992 No Hit +GCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACT 3 0.1460564751703992 No Hit +CTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTAT 3 0.1460564751703992 No Hit 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25.46283874429836 +54-55 26.42022288665398 24.381625441696116 24.59907583582495 24.59907583582495 +56-57 24.254143646408842 24.475138121546962 26.436464088397788 24.834254143646408 +58-59 24.512534818941504 24.930362116991645 25.68245125348189 24.874651810584957 +60-61 25.843971631205676 25.390070921985814 25.70212765957447 23.06382978723404 +62-63 24.53810623556582 24.740184757505773 25.894919168591223 24.82678983833718 +64-65 25.769569041336855 23.57080035180299 25.505716798592786 25.15391380826737 +66-67 25.216611891245893 23.423961756797134 25.51538691365402 25.844039438302957 +68-69 25.416036308623298 23.57034795763994 24.75037821482602 26.263237518910742 +70-71 24.815724815724817 25.58353808353808 25.33783783783784 24.26289926289926 +72-73 24.86739469578783 23.993759750390016 26.708268330733233 24.430577223088925 +74-75 23.585505403687222 25.174825174825177 25.588048315321043 25.651621106166562 +76-77 25.88733311624878 22.89156626506024 23.542819928362096 27.678280690328883 +78-79 25.89522546419098 23.70689655172414 24.46949602122016 25.928381962864723 +80-81 23.34710743801653 25.860881542699726 25.068870523415974 25.723140495867767 +82-83 25.23995734091717 25.4888019907572 23.569143263419836 25.702097404905793 +84-85 25.32894736842105 24.48830409356725 23.172514619883042 27.010233918128655 +86-87 25.12315270935961 25.31261841606669 24.744221295945433 24.820007578628267 +88-89 25.14642717688403 25.849277625927375 24.56071846934791 24.44357672784069 +90-91 24.382207578253706 26.153212520593083 23.72322899505766 25.74135090609555 +92-93 25.11707109408259 24.26564495530013 26.394210302256276 24.223073648361005 +94-95 23.239120681920145 27.366532077164646 22.925078510542846 26.469268730372363 +96-97 25.331369661266567 26.90230731467845 24.594992636229748 23.171330387825233 +98-99 23.752598752598754 25.675675675675674 25.519750519750517 25.05197505197505 +100 24.944567627494457 24.057649667405766 25.942350332594234 25.055432372505543 +>>END_MODULE +>>Per sequence GC content fail +#GC Content Count +0 0.0 +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +10 0.0 +11 0.0 +12 0.0 +13 0.0 +14 0.0 +15 0.0 +16 0.0 +17 0.0 +18 0.0 +19 0.0 +20 0.0 +21 0.0 +22 0.0 +23 0.0 +24 0.0 +25 0.0 +26 0.0 +27 0.5 +28 0.5 +29 0.0 +30 1.0 +31 2.5 +32 8.0 +33 19.5 +34 25.5 +35 21.0 +36 13.0 +37 23.5 +38 32.0 +39 27.0 +40 23.0 +41 20.0 +42 23.0 +43 24.0 +44 21.5 +45 27.5 +46 57.5 +47 127.5 +48 157.5 +49 132.5 +50 119.0 +51 127.0 +52 168.5 +53 200.5 +54 200.0 +55 182.5 +56 161.0 +57 132.5 +58 105.5 +59 80.5 +60 60.5 +61 53.0 +62 47.0 +63 38.0 +64 25.0 +65 18.5 +66 16.5 +67 13.5 +68 11.0 +69 8.0 +70 5.5 +71 4.5 +72 2.5 +73 1.5 +74 4.0 +75 5.5 +76 3.5 +77 2.0 +78 2.5 +79 2.5 +80 1.5 +81 0.5 +82 0.5 +83 1.0 +84 1.0 +85 0.5 +86 0.0 +87 0.0 +88 0.0 +89 0.0 +90 0.0 +91 0.0 +92 0.0 +93 0.0 +94 0.0 +95 0.0 +96 0.0 +97 0.0 +98 0.0 +99 0.0 +100 0.0 +>>END_MODULE +>>Per base N content pass +#Base N-Count +1 0.0 +2 0.0 +3 0.0 +4 0.0 +5 0.0 +6 0.0 +7 0.0 +8 0.0 +9 0.0 +10-11 0.0 +12-13 0.0 +14-15 0.0 +16-17 0.0 +18-19 0.0 +20-21 0.0 +22-23 0.0 +24-25 0.0 +26-27 0.0 +28-29 0.0 +30-31 0.0 +32-33 0.0 +34-35 0.0 +36-37 0.0 +38-39 0.0 +40-41 0.0 +42-43 0.0 +44-45 0.0 +46-47 0.0 +48-49 0.0 +50-51 0.0 +52-53 0.0 +54-55 0.0 +56-57 0.0 +58-59 0.0 +60-61 0.0 +62-63 0.0 +64-65 0.0 +66-67 0.0 +68-69 0.0 +70-71 0.0 +72-73 0.0 +74-75 0.0 +76-77 0.0 +78-79 0.0 +80-81 0.0 +82-83 0.0 +84-85 0.0 +86-87 0.0 +88-89 0.0 +90-91 0.0 +92-93 0.0 +94-95 0.0 +96-97 0.0 +98-99 0.0 +100 0.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Length Distribution warn +#Length Count +30-31 11.0 +32-33 14.0 +34-35 26.0 +36-37 11.0 +38-39 13.0 +40-41 27.0 +42-43 17.0 +44-45 15.0 +46-47 16.0 +48-49 23.0 +50-51 15.0 +52-53 18.0 +54-55 34.0 +56-57 14.0 +58-59 24.0 +60-61 38.0 +62-63 22.0 +64-65 38.0 +66-67 17.0 +68-69 25.0 +70-71 26.0 +72-73 28.0 +74-75 41.0 +76-77 25.0 +78-79 44.0 +80-81 54.0 +82-83 39.0 +84-85 53.0 +86-87 30.0 +88-89 62.0 +90-91 51.0 +92-93 45.0 +94-95 107.0 +96-97 54.0 +98-99 75.0 +100-101 902.0 +>>END_MODULE +>>Sequence Duplication Levels warn +#Total Deduplicated Percentage 66.60175267770204 +#Duplication Level Percentage of deduplicated Percentage of total +1 67.32456140350878 44.839337877312566 +2 20.46783625730994 27.26387536514119 +3 8.406432748538013 16.79649464459591 +4 2.7777777777777777 7.400194741966894 +5 0.5847953216374269 1.9474196689386565 +6 0.43859649122807015 1.7526777020447908 +7 0.0 0.0 +8 0.0 0.0 +9 0.0 0.0 +>10 0.0 0.0 +>50 0.0 0.0 +>100 0.0 0.0 +>500 0.0 0.0 +>1k 0.0 0.0 +>5k 0.0 0.0 +>10k+ 0.0 0.0 +>>END_MODULE +>>Overrepresented sequences warn +#Sequence Count Percentage Possible Source +CGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGG 6 0.2921129503407984 No Hit +CGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCT 6 0.2921129503407984 No Hit +ATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGC 6 0.2921129503407984 No Hit +AACAACCATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAG 6 0.2921129503407984 No Hit +TGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCC 6 0.2921129503407984 No Hit +AATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCA 6 0.2921129503407984 No Hit +TATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAA 5 0.24342745861733206 No Hit +GGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGG 5 0.24342745861733206 No Hit +TGGCATTGCTTTCCAGAATATCGGCAACACGCAGAAAACGTTCTGCATTT 5 0.24342745861733206 No Hit +TCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTC 5 0.24342745861733206 No Hit +CAGGCAGCCAGCACCGCAGCAGAGTAGTCGGAACCGTTGCGTCCAAGCAC 5 0.24342745861733206 No Hit +AAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTG 5 0.24342745861733206 No Hit +AAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTAC 5 0.24342745861733206 No Hit +TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCA 5 0.24342745861733206 No Hit +CGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTT 4 0.19474196689386564 No Hit +AACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTA 4 0.19474196689386564 No Hit 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