# HG changeset patch # User nml # Date 1510937350 18000 # Node ID c2e9103271316843168e5144a7c03e5033039222 planemo upload commit 132092ff7fe1c4810d1221054419389180b81657 diff -r 000000000000 -r c2e910327131 getmlst.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/getmlst.pl Fri Nov 17 11:49:10 2017 -0500 @@ -0,0 +1,34 @@ +#!/usr/bin/env perl + +use strict; +use warnings; +use Cwd; +use File::Copy; + +my ($mlst_db, $mlst_defs, $species) = @ARGV; + +$species =~ s/__pd__/#/ig; + +my $command = "getmlst.py --species '$species'"; + +my $rv = system($command); + +if ($rv == 0) +{ + #need to find output files in the dir + my $cur_dir = getcwd(); + + foreach my $file (<$cur_dir/*>) + { + if ($file =~ /\.fasta$/) + { + move($file, $mlst_db); + } + elsif ($file =~/\.txt$/) + { + move($file, $mlst_defs); + } + } +} +$rv = $rv >> 8; +exit $rv; diff -r 000000000000 -r c2e910327131 getmlst.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/getmlst.xml Fri Nov 17 11:49:10 2017 -0500 @@ -0,0 +1,101 @@ + + Download MLST datasets by species from pubmlst.org + + srst2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**GetMLST** + +GetMLST_ downloads MLST datasets from pubmlst.org. + +Data is downloaded for a species determined by the users + + - profiles (maps STs to allele numbers) + - numbered sequences for each locus in the scheme + +In addition, the alleles are concatenated together for use with SRST2. + +.. _`GetMLST`: https://github.com/katholt/srst2 + +----- + +**What it does** + +Searches a database for a given organism and returns the MLST Database(fasta) and MLST Definitions(tabular). + +**Usage** + +Enter the genus and species of the organism to search and press Execute + +**Tips** + +1. To produce a list of all species avaialble for a specific genus, enter the genus name and press "Execute". + + - *Helicobacter* will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated: + + - *The following 3 species match your query, please be more specific:* + - Helicobacter cinaedi + - Helicobacter pylori + - Helicobacter suis + + - + +2. To return a list of all species available from a database leave the name blank and press "Execute". + + - Leaving the text field blank will not generate MLST Database or MLST Definition files and an error will occur however the following output will be generated: + + - *The following 114 species match your query, please be more specific:* + - Achromobacter spp. + - Acinetobacter baumannii#1 + - Acinetobacter baumannii#2 + - Aeromonas spp. + - Anaplasma phagocytophilum + - Arcobacter spp. + - Aspergillus fumigatus + - Bacillus cereus + - Bacillus licheniformis + - Bacillus subtilis + - Bifidobacterium + - Bordetella spp. + - Borrelia spp. + - Brachyspira hampsonii + - Brachyspira hyodysenteriae + - Brachyspira intermedia + - Brachyspira pilosicoli + - Brachyspira spp. + - Burkholderia cepacia complex + - Burkholderia pseudomallei + - Campylobacter concisus/curvus + - Campylobacter fetus + - Campylobacter helveticus + - Campylobacter hyointestinalis + - ... + + + + + 10.1186/s13073-014-0090-6 + + diff -r 000000000000 -r c2e910327131 test-data/mlst_database_test.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/mlst_database_test.fasta Fri Nov 17 11:49:10 2017 -0500 @@ -0,0 +1,15049 @@ +>abcZ_1 +AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGACTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT +TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT +ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT +GGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTCTAATATCT +GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCCCGCAAATTCGTTGAT +ATTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGTCAA +AAAATTATTATCACAAATGGCTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAAC +AATATCGTTAAAAACGCCACTTACAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG +ATGCAAGGTATTTCCCTATTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA +>abcZ_2 +AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGT +TTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAAT +ATTTCCAACACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTACTATCCAACGTCGCGCTAATGATT 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