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planemo upload commit 18fef9393a17a3442ab7927d76b301bb43ec3de4

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/CHANGE	Tue Aug 09 10:52:40 2016 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+1.0
+===
+ - Supports SPades 3.9
+ - NEW: rnaSPAdes pipeline for de novo transcriptome assembly from RNA-Seq data.
+ - CHANGE: Improved memory consumption in metagenomic pipeline.
+ - FIX: Several minor bugs.

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/rnaspades.xml	Tue Aug 09 10:52:40 2016 -0400
@@ -0,0 +1,128 @@
+<tool id="rnaspades" name="rnaspades" version="1.0">
+  <description>pipeline for de novo transcriptome assembly from RNA-Seq</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="3.9.0">spades</requirement>
+  </requirements>
+  <command interpreter="perl">spades.pl 
+    $out_contigs 
+    $out_paths 
+    $out_log
+
+    ## if the first fileset is a paired-collection, use the key as the name
+    #if $files[0].file_type.type == "paired-collection":
+        $files[0].file_type.fastq_collection.name
+    #else:
+        NODE
+    #end if
+    ## A real command looks like: spades.py -k 21,33,55,77,99,127  -1 Y.fastq.gz -2 X.fastq.gz -t 24 -o output
+    spades.py
+    ## Forces unzipped output, faster
+    --disable-gzip-output
+    --rna
+    $onlyassembler
+
+    -t \${GALAXY_SLOTS:-16}
+
+    -k "$kmers"    
+
+
+    ## Sequence files
+      #set num=1
+      #if str( $lib_type ) == "paired_end":
+        #set prefix = 'pe'
+      #end if
+      --$prefix$num-$orientation    
+      #for $file in $files
+	#if $file.file_type.type == "separate"
+          --$prefix$num-1 fastq:$file.file_type.fwd_reads
+          --$prefix$num-2 fastq:$file.file_type.rev_reads
+        #elif $file.file_type.type == "interleaved"
+          --$prefix$num-12 fastq:$file.file_type.interleaved_reads
+        #elif $file.file_type.type == "paired-collection"
+        --$prefix$num-1 fastq:$file.file_type.fastq_collection.forward
+        --$prefix$num-2 fastq:$file.file_type.fastq_collection.reverse
+        #end if
+      #end for
+
+
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="onlyassembler" type="boolean" truevalue="--only-assembler" falsevalue="" checked="False" label="Run only assembly? (without read error correction)" />
+
+        <param name="kmers" type="text" label="K-mers to use, separated by commas" value="55" help="Recommended to use default of k-mer size of 55. In case your RNA-Seq data set contains long Illumina reads (150 bp and longer) you may try to use longer k-mer size (approximately half of the read length)" />
+    <!-- Reads -->
+
+      <param name="lib_type" type="select" label="Library type">
+	<option value="paired_end">Paired-end</option>
+      </param>
+      <param name="orientation" type="select" label="Orientation">
+	<option value="fr" selected="true">-> &lt;- (fr)</option>
+	<option value="rf">&lt;- -> (rf)</option>
+	<option value="ff">-> -> (ff)</option>
+      </param>
+      <repeat name="files" title="Files" min="1">
+	<conditional name="file_type">
+	  <param name="type" type="select" label="Select file format">
+	    <option value="separate">Separate input files</option>
+	    <option value="interleaved">Interleaved files</option>
+            <option value="paired-collection">Paired List Collection</option>
+	  </param>
+	  <when value="separate">
+	    <param name="fwd_reads" type="data" format="fastq" label="Forward reads" help="FASTQ format" />
+	    <param name="rev_reads" type="data" format="fastq" label="Reverse reads" help="FASTQ format" />
+	  </when>
+	  <when value="interleaved">
+	    <param name="interleaved_reads" type="data" format="fastq" label="Interleaved paired reads" help="FASTQ format" />
+	  </when>
+          <when value="paired-collection">
+            <param name="fastq_collection" type="data_collection" label="Paired-end reads collection" optional="false" format="fastq" collection_type="paired" help="FASTQ format" /> 
+          </when>
+	</conditional>
+      </repeat>
+
+
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="out_contigs" format="fasta" label="rnaSPAdes fasta" />
+    <data name="out_paths" format="txt" label="rnaSPAdes fastg" />
+    <data name="out_log" format="txt" label="SPAdes log" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="kmers" value="55" />
+      <param name="lib_type" value="paired_end" />
+      <param name="fwd_reads" value="ecoli_1K_1.fq" ftype="fastq" />
+      <param name="rev_reads" value="ecoli_1K_2.fq" ftype="fastq" />
+      <output name="out_contigs" file="transcripts.fasta" ftype="fasta" compare="re_match" lines_diff="1" />
+      <output name="out_paths" file="transcripts.paths" ftype="txt" compare="re_match" lines_diff="1" />
+    </test> 
+ </tests>
+  <help>
+**What it does**
+
+SPAdes – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. See http://bioinf.spbau.ru/en/spades for more details on SPAdes.
+
+This wrapper runs SPAdes 3.9, collects the output, and throws away all the temporary files. It also produces a single Fasta file with a corresponding file assembly_graph.fastg.
+
+**License**
+
+SPAdes is developed by and copyrighted to Saint-Petersburg Academic University, and is released under GPLv2.
+
+This wrapper is copyrighted by Philip Mabon and is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+
+This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
+
+You should have received a copy of the GNU General Public License along with this program.  If not, see http://www.gnu.org/licenses/.
+
+** Acknowledgments **
+
+Original wrapper developed by Lionel Guy.
+
+Anton Korobeynikov greatlty helped understanding how SPAdes work, and integrated handy features into SPAdes.
+
+Nicola Soranzo fixed various bugs.
+  </help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1089/cmb.2012.0021</citation>
+    </citations>
+</tool>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/spades.pl	Tue Aug 09 10:52:40 2016 -0400
@@ -0,0 +1,103 @@
+#!/usr/bin/env perl
+## A wrapper script to call spades.py and collect its output
+use strict;
+use warnings;
+use File::Temp qw/ tempfile tempdir /;
+use File::Copy;
+use Getopt::Long;
+
+# Parse arguments
+my ($out_contigs_file,
+    $out_paths_file,
+    $out_log_file,
+    $new_name,
+    @sysargs) = @ARGV;
+
+
+my $output_dir = 'output_dir';
+
+# Create log handle
+open my $log, '>', $out_log_file or die "Cannot write to $out_log_file: $?\n";
+
+# Run program
+runSpades(@sysargs);
+collectOutput($new_name);
+print $log "Done\n";
+close $log;
+exit 0;
+
+# Run spades
+sub runSpades {
+    my $cmd = join(" ", @_) . " -o $output_dir";
+    my $return_code = system($cmd);
+    if ($return_code) {
+	print $log "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n";
+	die "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n";
+    }
+    return 0;
+}
+
+# Collect output
+sub collectOutput{
+    my ($new_name) = @_;
+    
+    # To do: check that the files are there
+    # Collects output
+    if ( not -e "$output_dir/transcripts.fasta") {
+        die "Could not find transcripts.fasta file\n";
+    }
+    if ( not -e "$output_dir/transcripts.paths") {
+        die "Could not find transcripts.paths file\n";
+    }
+
+    #if a new name is given for the contigs, change them before moving them
+    if ( $new_name ne 'NODE') {
+        renameContigs($new_name);
+    }
+    else {
+        move "$output_dir/transcripts.fasta", $out_contigs_file;
+        move "$output_dir/transcripts.paths", $out_paths_file;        
+    }
+
+    
+
+    open LOG, '<', "$output_dir/spades.log" 
+	or die "Cannot open log file $output_dir/spades.log: $?";
+    print $log $_ while (<LOG>);
+    return 0;
+}
+
+#Change name in contig and fastg file
+sub renameContigs{
+    my ($name) = @_;
+
+    open my $in, '<',"$output_dir/transcripts.fasta" or die $!;
+    open my $out,'>', $out_contigs_file;
+
+    while ( my $line = <$in>) {
+        #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number.
+        #also move the remainder of the length
+        if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) {
+            $line = ">$name" . "_$1 $2\n";
+        }
+        print $out $line;
+    }
+    close $in;
+    close $out;
+    
+
+    open $in, '<',"$output_dir/transcripts.paths" or die $!;
+    open $out,'>', $out_paths_file;
+
+    while ( my $line = <$in>) {
+        #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number.
+        #also move the remainder of the length
+        if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) {
+            $line = ">$name" . "_$1 $2\n";
+        }
+        print $out $line;
+    }
+    close $in;
+    close $out;
+
+}

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ecoli_1K_1.fq	Tue Aug 09 10:52:40 2016 -0400
@@ -0,0 +1,8216 @@
+@EAS20_8_6_1_9_1972/1 trim=6
+ACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCG
++
+HHHHHHGHHHHFHHGGHHFHHHHHFHHFHFHHHHHFHHHHHFHHHHHHHHFHHFHFDHHGG@BGGHCDHE:;3)7.A973A:AA5>AD9G=D<D
+@EAS20_8_6_1_163_1521/1
+GCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTG
++
+HGHHIHHHDHHHHHIHHIHHHHHHHHHBHHHHHFHCFHHHHHHHGHHHHHEHHFHHHGHHIHHHGHGHHHIHFHHHHHGH?5<<;BD>6>?BGEHHGHFG
+@EAS20_8_6_1_178_1948/1
+ATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGA
++
+GHHHHHHHHHGGHHHHHHGHHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHFHHHEHHHHHHHFHFHIHHIHHHIHHHGHIIGGHBGGGHHFFGBHIFFGCIGGEFDG@AG
+@EAS20_8_6_1_318_1522/1 trim=5
+AAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCAC
++
+HHHHHHHHHHIHHHHHHHHHHHHHHHHHGEHHHHHEHHHHHHIHHHHGHHEHHGHBHDDEHHEGH?HEGGGIHDIGFFFEHE;EE;=AFE;AB/B
+@EAS20_8_6_1_348_1372/1
+AAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAAC
++
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHEHHGHHIHHHDHHHHHHHHHHFHHHGHHFHHH@HHHFHHHEHH<HH?@D>DHDEBEEGDFDCHECGB:?43CCCFG?90<6
+@EAS20_8_6_1_389_646/1 trim=2
+ACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAAC
++
+HBHGGHHIGHHHGDHHGHHDHHHGDHFGGHHHHHHHHHHHHIHHGFGHHHHHGHGGHGGDHHEFHDDHGGGHHH=HDDB9FHGGEIEHICEB?DBBAE
+@EAS20_8_6_1_513_951/1
+TTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGG
++
+HHHHHDHHHHHHIHGHGIEEDFHBDDHGGGBC?C?IHD>GFHGHG?DDGEB?;?,DCF=D??F=BDBGE=DDGDG.>76?>EB>54+?;=5;BEBDAGGA
+@EAS20_8_6_1_530_1080/1 trim=1
+AAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAG
++
+EHHHHHHGHHFEHHHHHGHHHHHHGHH=BHHHEHHHHHHHEHFEEHHFDHHHHHHFGHHHHFHFHHEHFHFEHEEHB>EG=F?E=>FHE@CH5HB:81@
+@EAS20_8_6_1_546_406/1
+AAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCAT
++
+HHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHIHHHHHHHHHHHHIFHHHHHHHHHHHIFHHHHHHHHHHHHHGHHHHFHHHHFHHHHEHHDH@8GFHHGHEFBHHGG5G
+@EAS20_8_6_1_553_1132/1 correct
+CGTTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTCAATTGCGCCAG
++
+HHHHHIHHHHHHGHHHHHHHHHDHHHHHHHHHHHIGHH@HHHHHGHHFHDHHHHHHHHGGGHH=HDHHHFHHHGHHHFHH55445#A@@:55555EGGDE
+@EAS20_8_6_1_594_142/1 trim=11
+GGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTTCTGTGTTTCCTGTACGCGTCAGCCCG
++
+HIHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIHHFHDHHGEBEEEHHGHIIHHFHHEG@FAFHD;DEFHHH@E.:82=??:=:F5?E6;4<:@B?AE
+@EAS20_8_6_1_641_1277/1 trim=50
+GGGCTTTTTTCTGTGTTTCCTGTACGCGTCAGCCCGCACCGTTACCTGTG
++
+HHE=GHHHHHECGHHHG@FDHEFF7@@CAA?FA>FA?9;;>@;5=1AA+D
+@EAS20_8_6_1_660_979/1 trim=5
+AGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAAT
++
+HHEGHHHHHHHHHHHHHHHHGFFHHHFEEAHEHHGHHEHDFGHIHHHGGD<9F:FHFHHBC4EEEDEBGHHGE@BCBEDGGFFGACFG=4C39:B
+@EAS20_8_6_1_763_241/1 trim=42
+TTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTT
++
+GHHHIG@HHHHHHGHGIHHHHHHHEDDFEHCBGGHHHHH@HFFGGAGE;B+>3223;D
+@EAS20_8_6_1_789_699/1
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++
+HGHHHHHHHHGHF@GHHGHHFHF@FD??F>CDHHFHHHHHBEFHHAHCHHHEHH@HHHDFHH;HGHGFHHF>1DDFF?FFEHFEHF0AE.2061585=@/
+@EAS20_8_6_1_802_355/1 correct
+AGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGAT
++
+HIHHHHHHIGHDHHHHH#HHFDFBB?DDA>EFGDFHHFHFHHHHHHHEGFHHHFGHBH=;FF@;FEGHHHHHFHCHHEHDFHEHHFHDH=?HEFEHEHAH
+@EAS20_8_6_1_807_1707/1 trim=15
+TCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTTTCAATCATCGCCACCAGGTGGTTGGTGATTTTGGCGG
++
+FHCEHGFHHHHGEEHHHHGHHFFHFHGHHHGHGFHH=HFCHHHHHEHEHHDFHHFFHHHHAHHBHA4>C6?@=8>5FBBFE?EEB
+@EAS20_8_6_1_918_1054/1 correct trim=10
+AACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCA
++
+HHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEHHFHHHHGHHHEHHHFIHGHFHHHFHGGFHC>D1D<AFD:CGGGGAB=FCECE23B/#8>=DD:EC
+@EAS20_8_6_1_1078_254/1 correct trim=20
+CACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTTCTGTGTTT
++
+HHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGFHHHEBBEHHHHH?EFFF#8==2<.7:?2/=>DFF/>.?6?DD
+@EAS20_8_6_1_1107_1548/1
+ATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTG
++
+HHHHHGHHHHHHHHIHHFHHHHFEHHHHGHHHHHHHHHBEEHHHHHHHHHIHHFHDHHEHIHHHGHH@<CFFHEHHGGHGCEC:HDGG@EG;EDBDBEBF
+@EAS20_8_6_1_1173_908/1 trim=15
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++
+HEHECHHHGHHHHHGHDHHHFHHHEGHHHHHDHBHHCDFEFHAHBEHEEFCGGHHGGGGFEDECGDACEEC=GGDD?B2B;>4CC
+@EAS20_8_6_1_1216_1097/1
+ATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTA
++
+HHHHGHHHHHEHDHHEHHHHGGHHHHHGGHHHHHGHHHHIHIHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFGHHHHHHHHHHEHGHHHHHHHHIHHHHHFFFHFGHEC
+@EAS20_8_6_1_1393_1905/1 trim=5
+TACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACA
++
+F:CCDBDDDDGGEHHEBEGDHHGFGHHGHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHA<=?AHHFHFCC;?ECA=,DB@A;BGGFH<EC5?C?@9=:BHHH?
+@EAS20_8_6_1_1477_92/1
+ACCGTTACCTGTGGTAATGGTGATGGTGGTGGTAATGGTGGTGCTAATGCGTTTCATGGATGTTGTGTACTCTGTAATTTTTATCTGTCTGTGCGCTATG
++
+HHGHFHHHHHHHHHGFFHHHBG?GGC8DD9GF??=FFBCGBAF>FGCFHGHGGGD5DFD9EHGEFEFD?CB0C?<.AFBCGGA@8B=C=E?A7,A7?7??
+@EAS20_8_6_1_1556_445/1 trim=29
+ACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAA
++
+HHGHHHHHHHHHHHHHGHHHHDHHEHHHHGHHDHHCHFHHHDHHHEGGHFFIHEIGFEDFGCGCEGEDG:C
+@EAS20_8_6_1_1669_38/1 trim=17
+GTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCG
++
+HGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHIHHHCIHHIHHIGFFHEGGFCGGEGDG@E@FFDD9GDEDGJFJ9FGBE
+@EAS20_8_6_1_1692_295/1
+TCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACA
++
+HHHIHHHHHHHIHGHDGHHHHHHHHHHGHHHIHBHFHHGHGHFHFHHHHHDHBHGHHHHHEGFHHEHGGHGHBGHHHFBBGEGGE:ECCF:ACBCAA3G1
+@EAS20_8_6_1_1713_508/1 trim=70
+CGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAA
++
+HHIIHHHHIGHHFHHHHEFHFEHFFHHE@D
+@EAS20_8_6_1_1752_449/1 correct trim=4
+TTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCA
++
+HHHGBFHHHBFHHHEBFFF'FEGAAEEEGGD-HAHFHFFFFDGA8=B@D+:/::=BHDEDEF6BE8>899ECF?=>AC#?D:;9>GAAC37CC>CC
+@EAS20_8_6_2_17_2016/1 trim=33
+TGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCG
++
+IHGHHHHHHGHHHHHBGHFGDEEHHHHHEHHEDGHHFHGHDHGFDFD8EEFCF@GDGFFI4B-?E>?
+@EAS20_8_6_2_30_542/1 trim=3
+CTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCG
++
+IHEHHHHHBHHH@HEHHHGHGC=HHHHGHHHFHDGGEHGGHGHBHGHDGDEDHHDD>EEHDHDEDAGF>CABDHAGFHGEHD7F>DAFAD>EDGB7F
+@EAS20_8_6_2_65_168/1
+GGGTGGACTCAGCAATATCGACGGTAGATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTC
++
+HHH@HHGHIIHHEHFHHIGHHGHFCEEEEGFHHHHCHGHGHEHFFHHHBH@FHEHGGEEGHEBH=@GBG@EDE4BB5F.<F?E:EF=C4B83)359)0C8
+@EAS20_8_6_2_79_54/1 correct trim=11
+GAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTTCTGTGTTT
++
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHFGGHDGEBABHHHHGAGFHGGFGG9B6=>=(+=DC@B#6.>4?;?
+@EAS20_8_6_2_112_1765/1 trim=3
+ACACGCAGAAAACGTTCTGCATTTGCCACTGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCC
++
+HHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGHHIHHFHFHFFFHFHGHHHHGBHFHFHGHCHHGHHDCHGBHIFIDEGEHEHEEG;H??7BB2<.8,?C
+@EAS20_8_6_2_144_121/1 trim=58
+CCATGTGATCAGCCGGAATGCGGCTTGCCGCAATACGGCGGG
++
+HHIDHHHHHGCHHHHHHHHHHHHHEHH5HHFBDHHAHH9H>A
+@EAS20_8_6_2_299_1267/1
+AGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACATTTTCTCGCCACGGCAAATCA
++
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