# HG changeset patch
# User nml
# Date 1505853462 14400
# Node ID e1867440ed368e39b29701fbed2a345b0ba360a5

planemo upload for repository https://github.com/phac-nml/snvphyl-galaxy commit 008f4667b70be22e9ddf496738b3f74bb942ed28

diff -r 000000000000 -r e1867440ed36 seqtk_nml.pl
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/seqtk_nml.pl	Tue Sep 19 16:37:42 2017 -0400
@@ -0,0 +1,268 @@
+#!/usr/bin/env perl
+package seqtk_nml;
+use warnings;
+use strict;
+use Bio::SeqIO;
+use Getopt::Long;
+use Pod::Usage;
+use File::Copy;
+__PACKAGE__->run unless caller;
+
+
+my $rv;
+
+sub get_parameters {
+    my ($fastaref, $type, $coverage, $length,$log);
+    my ($for,$rev,$out_for,$out_rev);
+    #determine if our input are as sub arguments or getopt::long
+    if ( @_ && $_[0] eq __PACKAGE__ ) {
+        Getopt::Long::Configure('bundling');
+        GetOptions(
+            'ref=s' => \$fastaref,
+            'type=s' => \$type,
+            'forward=s'   => \$for,
+            'reverse=s'   => \$rev,
+            'out_forward=s'   => \$out_for,
+            'out_reverse=s'   => \$out_rev,
+            'log=s'=> \$log,
+            'cov=s' => \$coverage
+        );
+    }
+
+    if ( !$for || !( -e $for ) ) {
+        print "ERROR: Was not given or could not find fastq file: '$for'\n";
+        pod2usage( -verbose => 1 );
+    }
+
+    if ( !$out_for ) {
+        print "ERROR: Was not given output file path for fastq\n";
+        pod2usage( -verbose => 1 );
+    }
+
+    if ( $type eq 'paired') {
+        if ( !$rev || !( -e $rev ) ) {
+            print "ERROR: Was not given or could not find reverse fastq file: '$rev'\n";
+            pod2usage( -verbose => 1 );
+        }
+        
+        if ( !$out_rev ) {
+            print "ERROR: Was not given output file path for reverse fastq\n";
+            pod2usage( -verbose => 1 );
+        }        
+    }
+
+    if ( !$coverage ) {
+        print "ERROR: Was not given a coverage number\n";
+        pod2usage( -verbose => 1 );
+    }
+
+    if ( $coverage <=0  ) {
+        print "ERROR: Was given a coverage less than 0\n";
+        pod2usage( -verbose => 1 );
+    }
+
+    
+    
+    if ( !$log ) {
+        print "ERROR: Was not given a log file\n";
+        pod2usage( -verbose => 1 );
+    }
+
+    
+    return ($fastaref, $type, $coverage, $length, $log,$for,$rev,$out_for,$out_rev);
+}
+
+
+sub run {
+    my ($fastaref, $type, $coverage, $length, $log,$for,$rev,$out_for,$out_rev) = get_parameters(@_);
+    my $subsample_size;
+
+
+    #open log fh here
+    open my $log_fh,">" ,"$log";
+
+    
+    my @in_fastqs;
+    my @out_fastqs;
+    
+    
+    if ($type eq "single"){
+	$in_fastqs[0] = $for;
+        $out_fastqs[0] = $out_for;
+    }elsif ($type eq 'paired' ) {
+	$in_fastqs[0] = $for;
+	$in_fastqs[1] = $rev;
+        $out_fastqs[0] = $out_for;
+        $out_fastqs[1] = $out_rev;
+    }
+    else {
+        die "Given unknown read type of '$type'";
+    }
+
+    #get total read lengths from all fastq files given
+    my $total= get_total_length(@in_fastqs);
+
+    
+    if (!($coverage)){
+	$coverage = 50;
+    }
+
+    my $seq_in  = Bio::SeqIO->new(
+        -format => 'fasta',
+        -file   => $fastaref,
+    );
+
+    while ( my $seq = $seq_in->next_seq()) {
+        $length += $seq->length();
+    }
+
+
+    print $log_fh "Downsampling to coverage of: $coverage\n";
+    print $log_fh "Total number of Basepairs: $total\n";
+    print $log_fh "Length of Reference: $length\n";
+    
+    my $rawcoverage = $total/$length;
+    printf $log_fh "Raw Coverage: %.3f\n",$rawcoverage;
+
+    if($rawcoverage > $coverage){
+	#need to downsample
+	#calculate $subsample_size
+	$subsample_size = $coverage/$rawcoverage;
+	printf $log_fh "subsample: %.3f",$subsample_size;
+
+	foreach my $fastq (@in_fastqs){
+            my $out = shift @out_fastqs;
+            #seed always set to 42 for reproducibility 
+            my $seqCommand = "seqtk sample -s42 $fastq $subsample_size > $out";
+            $rv = system($seqCommand);
+            #need to bit shift 8 bit because seqtk exit code for some reason are greater then standard 0-255 values that most unix application expect
+            die "Error when running '$seqCommand' command" if $rv >>8; 
+	}	
+    } else {
+	#no sampling needed, just copy the fastq's to the output
+	print "Subsampling not required\n";
+	foreach my $fastq (@in_fastqs){
+            my $out = shift @out_fastqs;
+            copy($fastq,$out) || die "Not able to copy '$fastq' to '$out' with error $!";
+	}
+    }
+
+
+
+}
+
+
+sub get_total_length {
+    my (@files) = @_;
+    my $total;
+    foreach my $fastq( @files) {
+
+        open my $in, "<",$fastq || die "Could not open file '$fastq'";
+        #skip first 3 lines
+        for ( 0..2) {
+            my $line = <$in>;
+        }
+
+        while ( <$in>) {
+            chomp;
+            $total+=length($_);
+            #skip first 3 lines
+            for ( 0..2) {
+                my $line = <$in>;
+            }            
+        }
+        close $in;
+        
+        
+    }
+    
+    return $total;
+    
+}
+
+1;
+
+
+=head1 NAME
+
+
+
+seqtk_nml.pl - Down sample fastq(s) if raw coverage is above user provided level
+
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+     seqtk_nml.pl --ref reference.fasta --forward first_R1.fastq --reverse --reverse_R2.fastq --out_forward answer_R1.fastq --out_reverse answer_R2.fastq --log log-file
+
+
+=head1 OPTIONS
+
+=over
+
+=item
+
+=item B<--ref>
+
+Reference fasta file that we getting the expected length [Required]
+
+
+=item B<--cov>
+
+Coverage desired i.e 50.0
+
+
+=item B<--forward>
+
+Forward fastq read file. [Required]
+
+=item B<--reverse>
+
+Reverse fastq read file. Can be optional
+
+
+=item B<--out_forward>
+
+Downsampled forward fastq read file. [Required]
+
+=item B<--out_reverse>
+
+Downsampled reverse fastq read file. Can be optional
+
+
+=item B<--log>
+
+Log file that indicate what has happen. [Required]
+
+=item B<--type>
+
+Indicate to application if we are receiving one or two fastq files [Required] ['paired','single']
+
+
+
+=back
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+
+Downsample fastq(s) reads based on the raw coverage from reference fasta file. Needed when we have too much data to run correctly in downstream analyses tools. i.e spades , snvphyl , etc..
+
+
+=cut
+
+
+
+
+
+=back
+
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+
+
+=cut
+
diff -r 000000000000 -r e1867440ed36 seqtk_nml.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/seqtk_nml.xml	Tue Sep 19 16:37:42 2017 -0400
@@ -0,0 +1,113 @@
+<tool id="seqtk_nml_sample" name="seqTK Sample NML" version="1.0.0">
+  <description>Runs seqTK sample if raw coverage is above user defined threshold </description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
+    <requirement type="package" version="1.6.924">perl-bioperl</requirement>
+  </requirements>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" level="fatal" description="Unknown error has occured"/>
+  </stdio>
+  <command>
+		perl  $__tool_directory__/seqtk_nml.pl --ref $fastar 
+
+		#if $single_or_paired.type == "single"
+			--type single
+ 			--forward $input_se
+ 			--cov $coverage 
+			--out_forward $output
+			--log $log
+		#elif $single_or_paired.type == "paired"
+	        --type paired
+          	--forward $single_or_paired.forward_pe 
+		--reverse $single_or_paired.reverse_pe
+          	--cov $coverage 
+		--out_forward $output 
+		--out_reverse $output_rev
+		--log $log
+        #else
+            collection
+            $single_or_paired.fastq_collection.forward $single_or_paired.fastq_collection.reverse
+            $coverage $output_collection.forward $output_collection.reverse
+        #end if
+
+  </command>
+  <inputs>
+    <conditional name="single_or_paired">
+      <param name="type" type="select" label="Read type">
+	<option value="single">Single-end</option>
+        <option value="paired">Paired-end</option>
+        <option value="collection">Collection Paired-end</option>
+      </param>
+      <when value="single">
+	<param name="input_se" type="data" format="fastqsanger" label="Single end read file(s)"/>
+      </when>
+      <when value="paired">
+	<param name="forward_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Forward paired-end read file"/>
+        <param name="reverse_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Reverse paired-end read file"/>
+      </when>
+      <when value="collection">
+        <param name="fastq_collection" type="data_collection" label="Paired-end reads collection" optional="false" format="txt" collection_type="paired" />
+      </when>
+    </conditional>
+    <param name="fastar" type="data" label="Fasta Reference File" format="fasta" />
+    <param name="coverage" type="integer" label="Desired Coverage" value="50" />
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="fastqsanger" name="output" label="SubSampled Fastq" >
+      <filter>single_or_paired['type']!="collection"</filter>
+    </data>
+    <data format="fastqsanger" name="output_rev" label="SubSampled Fastq Reverse">
+      <filter>single_or_paired['type']=="paired"</filter>
+    </data>
+    <collection name="output_collection" type="paired" label="SubSampled Fastqs">
+      <data name="forward" format="fastqsanger"/>
+      <data name="reverse" format="fastqsanger"/>
+      <filter>single_or_paired['type']=="collection"</filter>
+    </collection>
+    <data format="txt" name="log" label="Log file"/>
+  </outputs>
+  
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="type" value="paired" />
+      <param name="forward_pe" value="inputforward.fastq" />
+      <param name="reverse_pe" value="inputreverse.fastq" />
+      <param name="fastar" value="testref.fasta"/>
+      <param name="coverage" value="50" />
+      <output name="output" file="outputforward.fastq" />
+      <output name="output_rev" file="outputreverse.fastq" />
+      <output name="log" file="lognosample.log" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="type" value="paired" />
+      <param name="forward_pe" value="inputforward.fastq" />
+      <param name="reverse_pe" value="inputreverse.fastq" />
+      <param name="fastar" value="testref.fasta"/>
+      <param name="coverage" value="25" />
+      <output name="output" file="outputdownsamepleforward.fastq" />
+      <output name="output_rev" file="outputdownsameplereverse.fastq" />
+      <output name="log" file="logdownsample.log" />
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+What it does
+============
+
+Calculates raw coverage. If the raw coverage is greater than desired coverage, runs seqTK sample to generate downsampled reads. 
+
+
+Usage
+=====
+
+**Parameters**
+	- Fastq reads (single end, paired end, or paired end collection)
+	- Fasta reference file
+
+**Options**
+	- Desired coverage (50)
+  </help>
+  <citations>
+    <citation type="doi">doi.org/10.1371/journal.pone.0163962</citation>
+  </citations>
+</tool>
+
diff -r 000000000000 -r e1867440ed36 test-data/inputforward.fastq
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputforward.fastq	Tue Sep 19 16:37:42 2017 -0400
@@ -0,0 +1,5024 @@
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:15434:2015 1:N:0:1
+GATGGTTACTTTGTTTGCTTTATGGCTGTTATATTTCTTTTCGTGGTAATCTTTTCCTGGCGTAAAGTTTCCTATCCTTTAGTTTGTATTTTAATGGGTGCGGTCTTTATTTTACTGACAAATTATTTATC
++
+>>>>ADD1@DFB131BB1FB3FF31EFFAA3333D333A112A00AB2222FAGB2F1100AAE//2DFF2212B10BBA1AAD21>22222DG221B0/>////EGHHGBG2G1B2@11BBG11BF22BF
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:14542:2033 1:N:0:1
+CTGTTGGCTCATCCATTAACACAATTGGACGATCCGTTAAGAATGCACGAGCCAGTGCGACACGCTGTTCTTGCC
++
+AA3AADAFFCCFGGFGGGGBGAFFHHDCBGAEGHGGFHGGHHCGHHHHGEEEGGHHHH?FG0EDGEFGHHFFGGG
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:12538:2042 1:N:0:1
+GGCTTCTACAGCAATCGTATGCAATTTTTCATTTGTGACGATATAAG
++
+>1>AAFFFFFFFB11A1AFGGFDBGHH33FGHHHFABGHCAFFGHGH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:15318:2049 1:N:0:1
+ATTTAAATACTGCGCCCCCTCTAAAGAAGCTATATTGCTACTTTCTGCCGTTACTTCACTTATAGAATCTAGCTCTGCTTGTGAAACGTCAGATGTAGTACTAGGTTTATTTAAAGTTGCTTTTATTGCGTTTGCTAAATTCTCATCTGTAAAAATTTCATTAATTGGCGTCGGTTGATCAATTACTGCCGCCTGTACTTCCTCTTTTGAGCTAGTCCCTACCC
++
+AAABAFFFFFFBGG?EFGGGGGHHHFGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGHGGGGGHHGHHHHHHGHGGGHGHGHHHHHHGHHHGHHHHGHHGGHGHHHHFHHGHHHGHHHGHGHHHHHHHHHHHHHHGHGGGGGGHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHGGGG?FGGHHHHGHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGGHGHHHHHHGHHHH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19885:2053 1:N:0:1
+GGTTGGGTGGCTGACGATTGCAGATACGGAAATAGATTATCCAATTTTGCAAAGTACGGATAATGATTACTATTTACATCACAATTATAAAAATGAAAAAGCACGAGCGGGCAGTATTTTTAAAGATTATCGGAATACGAATGAGTTTTTGGATAAAAATACGATCATTTATGGGCATAATATGAAAGAC
++
+1AAAA11A1AFF11FEAFGEGGHFFFHGGCAEGHHFHHHHHHHFDFHHHHGGFHGDGFEAEGHGFGFFFHHHHGHHHGHHFHH1FGGGGFGBEFHHHFHHGFHFG?EEGGCGGGFGGHGHFG1D1GHHBGHECB/FHHHCGAFGHHGGHGGGGHGHHGHFFGEGHHCGFHFHHFFHEGGHHHHHHHHGHH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:17728:2054 1:N:0:1
+CCATAAATCCAACTTCATACGCAACCTCCTTCCTATTCCACTTTTGTTGCCTTTAGTTCACCAGCATTTGTGACAGTTATTTTGAAATTAGAGCCATTTTCAGAAACCAAAATTGCGTCCTGTTTTTTATTCCAATTGGCAATATCGATTGCAGTCACATTATTTTTTTCTGCATTAGCTTCGATTCCATTTAATTTCGTTTTGTCGCTGGCGGGCATTAATCCAGATGTAGTAGTTGTAGCCGAGTCCAA
++
+AAAA?FFFFFFFGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHGGGGGHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHGHGGGGGGGGFFGFGGFGGGGGFFF//:B;FBBFFFFFADFFFFF
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:12508:2068 1:N:0:1
+GTTGAAGAGGAACAACTTCTTTTTGCGTTGACCGATTTAAATGCAGAAATCATGGAAAATACTTCTATACCATTTTCCTCAGAGAAAAAACCAGAAGAAGCGATTGAGTTAATTGCTAAAAATGTGAAAAAGATGTGTGAAAACAGAGATATGAACCATTTGCTAGGAG
++
+AAA11@DD1ACCAGGCGGGGGGHHGHGGGGFGFGGGGC1GGHHHEFHHHHHHFHEFFFGGHEFGFFFHBGHHHHHHDGHFFHGCBB@CH/>>GGHHHG0CGGEFEGHEGHFHEFFHHGH1EGGHGFHFHHHGGGHHFGGHHDHFHHHGFFHHHHFHGHHFHHHHHGHGH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:11566:2074 1:N:0:1
+GTTACAACCAATTCCGGAAACAAAAGCAACCCAGAAA
++
+AAAA13DCA?A1FGAGGGGGGBFHABGFHA000F0FG
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19846:2075 1:N:0:1
+ATACTGACGAGGTGTGAATGTTAATGAAGTGGCACTAATATCGTTAAGAAACAGTTTGTTGTCCGCTTTAGAAGCTTGATAAGCAGTCTGGACAATCTCTTTGAATTTTGTTTTCACACTCGGACCATTGTAGTCATCTTGAATTACTTGGTTGGATGCGCCGAACTGCATGCCGAATTTGTGTGAATTAATGACTAATGGCTTTTTTGTGTGGTTCTCTGAAAGTAATAATATTTTTCCGCGGACATCTT
++
+ABABBBFFBBB@EGGGCGGGGGHHGGHGHFHHGHHHGGHHHHGGHHGHGHGHGHHHHEHGHFHHGGGGGHGHHHHGHHHGHHFHHHHHHHHHFFHHHHGHEHHHHFHHHHHHHHHHHHGHHGGGGGHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHGGGGCDGGHHHHHHHHGG-FGHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGFGGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFF
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:18762:2076 1:N:0:1
+GCAGTCAAGTCACTTGTACACCGCGATACCGAGCTTGCTAAACAAGTAG
++
+B@B@AFFFFFFBFGGGGGGGFGGGGGGGGHGGGGGHGHHHHHHFHHAGH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13268:2078 1:N:0:1
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++
+111>>A?FFBFFGGEEEG0GGFFHHHHHHHHHHHFFFFHCCGFHFDBGHBAGG1FBFEGFEFHFGGHHHFHHHGHHHHC?FGFHHHFFHGHGHHHFFGAEEGB0BBGGHFHGGHHFHHHGFHHHFH
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19034:2079 1:N:0:1
+CTGCAACACAAATGCTTGATTCCATGCAACGCAACCC
++
+AAA1AFFFAAAFFGCGEGC1AAB3331BAAA000A0A
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19649:2081 1:N:0:1
+GGAAACAGCCCAGACCACCAGTTAAGGTCCCCAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGGG
++
+B?B@BFFFFBBBCGGEGGGGGGHHDGGHHCHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHGHHHHFHFG
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13457:2084 1:N:0:1
+GCTGAAGAGATAACACTTCCTTTGATTGTTCGAAACCGTGTGAACGGCGACAGGATGACGATGAAAGGGCAAGCAGGAAGTAAGAAACTTAAAGATATTTTCATCGATGCCAAAATACCAAGGCAAGAACGCGACAAGCTCCCTGTGATAACAGACTATACTGGGAAAATCCTTTGGGTTCCCGGCGTGAAGAAGTCTGCATATG
++
+11>A?FF1BCFFBDGGG1GDFFHFF3FGBFAAGCEEHCGGFGF2E0/EACC/EFFFGGAA/?FD1@1>////?>BFGGHGFG2F@10>FGBEGGDFDGF>FE2BD1C/GEHHHHGHHH1CCCEHGHGGEBCCCCGGGHEHH<F0F1FGHHGFHBFGHHHHHF0/CHCEFHHBDGGFHCAFHFHGC-@A@?A0FB9;CFFGGGFF0
+@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13190:2089 1:N:0:1
+ATCTAAAAAATCTAATGACATTATAGTCCCTCCTCAACCGATTTTTGCGCTACTTCTATCCAACTTTCTAACTTATCTACTTTTGCCCGTTGGTCCCATTCCGGGCCAGCTAACGGATGATGTGTGAGTGTGAAATTGAAGTTTATTCCGTTGTAG
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