# HG changeset patch # User nml # Date 1505853617 14400 # Node ID 77cc50d982c0d5dc978da7326ccaa872b88a35e1 planemo upload for repository https://sourceforge.net/projects/smalt/ commit 008f4667b70be22e9ddf496738b3f74bb942ed28 diff -r 000000000000 -r 77cc50d982c0 smalt_map.sh --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/smalt_map.sh Tue Sep 19 16:40:17 2017 -0400 @@ -0,0 +1,58 @@ +#/bin/bash + + +smi=$1 +shift +sma=$1 +shift +#get format type so we can do extra work if it is a bam file +format=$1 +shift + +#get working directory so we can find the output files +CUR_DIR=`pwd` + + +cp "$smi" "$CUR_DIR/temp.smi" +cp "$sma" "$CUR_DIR/temp.sma" + +#determine if we have 1 or 2 +num_inputs=$1 +shift + +inputs=() + +#determine how many fasta/fastq were given. Needs to be provided by user +if [ $num_inputs -eq 1 ]; then + inputs+=$1 + shift +elif [ $num_inputs -eq 2 ]; then + inputs+=$1 + shift + inputs+=' ' + inputs+=$1 + shift +else + exit 1 +fi + +smaltout=$2 + +smalt map $@ 'temp' $inputs + + +if [ "$format" == "bam" ]; then + if [ $GALAXY_SLOTS ] + then + samtools sort -@ $GALAXY_SLOTS $smaltout 'temp2' + else + samtools sort $smaltout 'temp2' + fi + mv 'temp2.bam' $smaltout +fi + +#remove index files +rm "$CUR_DIR/temp.smi" +rm "$CUR_DIR/temp.sma" + +exit 0 diff -r 000000000000 -r 77cc50d982c0 smalt_map.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/smalt_map.xml Tue Sep 19 16:40:17 2017 -0400 @@ -0,0 +1,340 @@ + + Map query reads (FASTA/FASTQ) format onto the reference sequences + + smalt + + + + + + + + bash $__tool_directory__/smalt_map.sh $smi $sma $oformat.outformat + + #if $singlePaired.sPaired == "single": + 1 $singlePaired.sInput1 + #elif $singlePaired.sPaired == "paired": + 2 $singlePaired.pInput1 $singlePaired.pInput2 + #elif $singlePaired.sPaired == "collections": + 2 $singlePaired.fastq_collection.forward $singlePaired.fastq_collection.reverse + #end if + + -o $output + + #if $oformat.outformat == "sam": + #if $oformat.samOptions: + -f "$oformat.outformat:$oformat.samOptions" + #else + -f "$oformat.outformat" + #end if + #elif $oformat.outformat == "bam": + #if $oformat.bamOptions: + -f "$oformat.outformat:$oformat.bamOptions" + #else + -f "$oformat.outformat" + #end if + #else + -f "$oformat.outformat" + #end if + + + + -n \${GALAXY_SLOTS:-2} + + #if $singlePaired.sPaired != "single": + -l $singlePaired.pairtype + #end if + + + #if $mincover: + -c "$mincover" + #end if + + #if $scordiff: + -d "$scordiff" + #end if + + #if $insfil: + -g "$insfil" + #end if + + #if $insertmax: + -i "$insertmax" + #end if + + #if $insertmin: + -j "$insertmin" + #end if + + #if $minscor: + -m "$minscor" + #end if + + #if $minbasq: + -q "$minbasq" + #end if + + #if $seed: + -r "$seed" + #end if + + #if $sw_weighted: + -w + #end if + + #if $search_harder: + -x + #end if + + #if $minid: + -y "$minid" + #end if + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**What it does** + +SMALT is a pairwise sequence alignment program for the experimentingcient mapping of DNA sequencing reads onto genomic reference sequences. It uses a combination of short-word hashing and dynamic programming. Most types of sequencing platforms are supported including paired-end sequencing reads. + + +------ + + +**Know what you are doing** + +.. class:: warningmark + +There is no such thing (yet) as an automated gearshift in short read mapping. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words = running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy. + + .. __: http://www.sanger.ac.uk/resources/software/smalt/ + +------ + +**Input formats** + +SMALT accepts files in Sanger FASTQ format (galaxy type *fastqsanger*). Use the FASTQ Groomer to prepare your files. + +------ + + +Please cite the website "http://www.sanger.ac.uk/resources/software/smalt/". + +------ + + + -a Output explicit alignments along with the mapping coordinates. + + -c <mincover INT> + Only consider mappings where the k-mer word seeds cover the query read to + a minimum extent. If <mincover> is an integer or floating point > 1.0, at + least this many bases of the read must be covered by k-mer word seeds. If + <mincover> is a floating point <= 1.0, it specifies the fraction of the + query read length that must be covered by k-mer word seeds. This option + is only valid in conjunction with the '-x' flag. + + -d <scordiff INT> + Set a threshold of the Smith-Waterman alignment score relative to the + maximum score. When mapping single reads, all alignments are reported + that have Smith-Waterman scores within <scorediff> of the maximum. + Mappings with lower scores are skipped. If <scorediff> is set to to a + value < 0, all alignments are printed that have scores above the + threshold specified with the '-m <minscor>' option. + For paired reads, only a value of 0 is supported. With the option '-d 0' + all aligments (pairings) with the best score are output. By default + (without the option '-d 0') single reads/mates with multiple best mappings + are reported as 'not mapped'. + + -f <ouform STR> + Specifies the output format. <ouform> can be either 'sam'(default), + 'cigar', 'gff' or 'ssaha'. Optional extension 'sam:nohead,x,clip' + (see manual). Support for BAM format is dependent on additional + libraries (not installed). + + -F <inform STR> + Specifies the input format. The only available format is fastq (default). + Support for BAM and SAM formats (see: samtools.sourceforge.net) depends + on additional libraries (not installed). + + -g <insfil STR> + Use the distribution of insert sizes stored in the file <insfil>. This + file is in ASCII format and can be generated using the 'sample' task see + 'smalt sample -H' for help). + + -H Print these instructions. + + -i <insert_max INT> + Maximum insert size (only in paired-end mode). The default is 500. + + -j <insert_min INT> + Minimum insert size (only in paired-end mode). The default is 0. + + -l <pairtyp STR> + Type of read pair library. <pairtyp> can be either 'pe', i.e. for + the Illumina paired-end library for short inserts ( \|—> <—\| ). 'mp' + for the Illumina mate-pair library for long inserts ( <—\| \|—> ) or + 'pp' for mates sequenced on the same strand ( \|—> \|—> ). 'pe' is the + default. + + -m <minscor INT> + Sets an absolute threshold of the Smith-Waterman scores. Mappings with + scores below that threshold will not be reported. The default is + <minscor> = <wordlen> + <stepsiz> - 1. + + -n <nthreads INT> + Run smalt using mutiple threads. <nthread> is the number of additional + threads forked. The order of the reads in the input files is not preserved + for the output unless '-O' is also specified. + + -o <oufilnam STR> + Write mapping output (e.g. SAM lines) to a separate file. If this option + is not specified, mappings are written to standard output. + + -O Output mappings in the order of the reads in the input files when using + multiple threads (option '-n <nthreads>'). + + + -p Report partial alignments if they are complementary on the read (split + reads). + + -q <minbasq INT> + Sets a base quality threshold (0 <= minbasq <= 10, default 0). + K-mer words of the read with nucleotides that have a base quality below + this threshold are not looked up in the hash index. + + -r <seed INT> + If <seed> >= 0 report an alignment selected at random where there are + multiple mappings with the same best alignment score. With <seed> = 0 + (default) a seed is derived from the current calendar time. If <seed> + < 0 reads with multiple best mappings are reported as 'not mapped'. + + -S <scorspec STR> + Specify alignment penalty scores for a match or mismatch (substitution), + or for opening or extending a gap. <scorspec> is a comma speparated + list of integer assigments to one or more of the following variables: + match, subst, gapopen, gapext, i.e. 'gapopen=-5,gapext=-4' (no spaces + allowed in <scorespec>). Default:'match=1,subst=-2,gapopen=-4,gapext=-3' + + -w Smith-Waterman scores are complexity weighted. + + -x This flag triggers a more exhaustive search for alignments at the cost + of speed. In paired-end mode each mate is mapped independently.(By + default the mate with fewer hits in the hash index is mapped first and + the vicinity is searched for mappings of its mate.) + + -y <minid FLT> + Sets an identity threshold for a mapping to be reported (default: 0). + <minid> specifies the number of exactly matching nucleotides either as + a positive integer or as a fraction of the read length (<= 1.0). + + diff -r 000000000000 -r 77cc50d982c0 test-data/ecoli_1K_1.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ecoli_1K_1.fq Tue Sep 19 16:40:17 2017 -0400 @@ -0,0 +1,8216 @@ +@EAS20_8_6_1_9_1972/1 trim=6 +ACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCG ++ +HHHHHHGHHHHFHHGGHHFHHHHHFHHFHFHHHHHFHHHHHFHHHHHHHHFHHFHFDHHGG@BGGHCDHE:;3)7.A973A:AA5>AD9G=D6>?BGEHHGHFG +@EAS20_8_6_1_178_1948/1 +ATTCGAGGTAATGCCCCACTGCCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGA ++ 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+HHHHHDHHHHHHIHGHGIEEDFHBDDHGGGBC?C?IHD>GFHGHG?DDGEB?;?,DCF=D??F=BDBGE=DDGDG.>76?>EB>54+?;=5;BEBDAGGA +@EAS20_8_6_1_530_1080/1 trim=1 +AAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAG ++ +EHHHHHHGHHFEHHHHHGHHHHHHGHH=BHHHEHHHHHHHEHFEEHHFDHHHHHHFGHHHHFHFHHEHFHFEHEEHB>EG=F?E=>FHE@CH5HB:81@ +@EAS20_8_6_1_546_406/1 +AAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCAT ++ +HHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHIHHHHHHHHHHHHIFHHHHHHHHHHHIFHHHHHHHHHHHHHGHHHHFHHHHFHHHHEHHDH@8GFHHGHEFBHHGG5G +@EAS20_8_6_1_553_1132/1 correct +CGTTGATGCTATCCGGGCACTGCCCCAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTCAATTGCGCCAG ++ +HHHHHIHHHHHHGHHHHHHHHHDHHHHHHHHHHHIGHH@HHHHHGHHFHDHHHHHHHHGGGHH=HDHHHFHHHGHHHFHH55445#A@@:55555EGGDE +@EAS20_8_6_1_594_142/1 trim=11 +GGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTTCTGTGTTTCCTGTACGCGTCAGCCCG ++ +HIHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIHHFHDHHGEBEEEHHGHIIHHFHHEG@FAFHD;DEFHHH@E.:82=??:=:F5?E6;4<:@B?AE +@EAS20_8_6_1_641_1277/1 trim=50 +GGGCTTTTTTCTGTGTTTCCTGTACGCGTCAGCCCGCACCGTTACCTGTG ++ +HHE=GHHHHHECGHHHG@FDHEFF7@@CAA?FA>FA?9;;>@;5=1AA+D +@EAS20_8_6_1_660_979/1 trim=5 +AGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAAT ++ +HHEGHHHHHHHHHHHHHHHHGFFHHHFEEAHEHHGHHEHDFGHIHHHGGD<9F:FHFHHBC4EEEDEBGHHGE@BCBEDGGFFGACFG=4C39:B +@EAS20_8_6_1_763_241/1 trim=42 +TTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAAAAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTT ++ +GHHHIG@HHHHHHGHGIHHHHHHHEDDFEHCBGGHHHHH@HFFGGAGE;B+>3223;D +@EAS20_8_6_1_789_699/1 +GCGAGTCCCGTCAAAAGTTCGGCAAAAATACGTTCGGCATCGCTGATATTGGGTAAAGCATCCTGGCCGCTAATGGTTTTTTCAATCATCGCCACCAGGT ++ +HGHHHHHHHHGHF@GHHGHHFHF@FD??F>CDHHFHHHHHBEFHHAHCHHHEHH@HHHDFHH;HGHGFHHF>1DDFF?FFEHFEHF0AE.2061585=@/ +@EAS20_8_6_1_802_355/1 correct +AGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGAT ++ 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+=DGGD2CDDDCC6C>;@6@@'DD8=<54<#FCCFG06,/?CCC4@@<4CG,5-A7=+99>>@ +@EAS20_8_6_2_534_259/1 trim=65 +ACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAA ++ +C?DDDDC?@DGGGCG???DDACDCCC7<5CD6D?D +@EAS20_8_6_2_646_1450/1 +CCAGCAGTTTTTCGACCGGATCGATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACATTTTCTCGCCACGGCAAAT ++ +HFGGHHGHHIIHHFHHIHHHHHHGHHHHHHHIHHHHHHHHHHIHGHIHHHHHHHHHHGFEEHIFHHHGGHH@HHFHHHHBBEGGGDGAF,A2-:AFEFFF +@EAS20_8_6_2_727_907/1 +ATAACAGTAACGTTGTGACCGCGCGCTTCTAATACGCCGGCCATAATGGCGATCGACATTTTCTCGCCACGGCAAATCAGCGCAGCGTTGATGCTATCCG ++ +FHHFFBEGGFHHGGHDFHHHABFGEHHHDHDEH@HEFHHEHCIHHHHHHDHEDGFEGEGEDHEHDH=GECEGBIFFCFDGFFEEC:DCEF73E7@>A9,? +@EAS20_8_6_2_758_1658/1 trim=44 +AACCTGCCATCAGCACCATGTGATCAGCCGGAATGCGGCTTGCCGCAATACGGCGG ++ +HHHHHHHHHHHHEHHHHEHHEHHEFDHHHHCFHHHFHECA/4@A@>98B9@8DEA? +@EAS20_8_6_2_768_570/1 +CAACAAACTAATGCCATGCAGGACATGTTTTATTTGGGCAAATTCCTGATCGACGAAAGTTTTCAATTGCGCCAGCGGGAACCCCGGCTGGGCGGCGGCG ++ 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