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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst	Mon Oct 24 13:15:20 2016 -0400
@@ -0,0 +1,81 @@
+stringMLST
+
+Fast k-mer based tool for multi locus sequence typing (MLST) stringMLST is a tool for detecting the MLST of an isolate directly from the genome sequencing reads. stringMLST predicts the ST of an isolate in a completely assembly and alignment free manner. The tool is designed in a light-weight, platform-independent fashion with minimum dependencies.
+
+Reference http://jordan.biology.gatech.edu/page/software/stringmlst/
+
+Abstract http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/09/06/bioinformatics.btw586.short?rss=1
+
+Application Note http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/09/06/bioinformatics.btw586.full.pdf+html
+
+Manual http://jordan.biology.gatech.edu/page/software/stringmlst/stringMLST-useageDocumentation.pdf
+
+Public repository https://github.com/anujg1991/stringMLST
+
+
+
+License listed below:
+
+LICENSE TERMS FOR stringMLST
+
+1\. INTENT/PURPOSE:
+
+stringMLST is free for academic users and requires permission before any commercial use for any version of this code/algorithm.  
+If you are a commercial user, please contact king.jordan@biology.gatech.edu for permissions.
+
+2\. LICENSEE:
+
+Any person or organization who receives the software with a copy of this license.
+
+3\. INTELLECTUAL PROPERTY LICENSED:
+
+The rights to use, copy, modify, and compile the software,
+subject to the restrictions described in the present document.
+
+5\. SCOPE OF THE LICENSE
+
+\* NON-COMMERCIAL license for research and evaluation purposes ONLY.
+
+\* NO right to commercialize the software, or any derivative work, 
+ without separate agreement with the copyright owners.
+
+6\. MODIFICATION
+
+\* License permits licensee to modify the software for their 
+ research and evaluation purposes.
+
+7\. REDISTRIBUTION
+
+\* License permits licensee to redistribute verbatim copies 
+ of the software, accompanied with a copy of this license.
+
+\* License does not permit licensee to redistribute 
+ modified versions of the software.
+
+\* License does not permit licensee to commercialize the software
+ or any derivative work of the software.
+
+8\. FEE/ROYALTY
+
+\* Licensee pays no royalty for non-commercial license
+
+\* Licensee and any third parties must enter a new agreement
+ for any use beyond scope of license.
+
+9\. NO WARRANTY
+
+The software is provided "as is" without warranty of any kind, 
+either expressed or implied, including, but not limited to, the implied 
+warranties of merchantability and fitness for a particular purpose. 
+The entire risk as to the quality and performance of 
+the program is with the Licensee.
+
+10\. NO LIABILITY
+
+In no event unless required by applicable law or agreed to in writing
+will any copyright owner be liable to Licensee for damages, including any
+general, special, incidental or consequential damages arising out of the
+use or inability to use the program (including but not limited to loss of
+data or data being rendered inaccurate or losses sustained by Licensee 
+or third parties or a failure of the program to operate with other programs),
+even if such holder has been advised of the possibility of such damages.
diff -r 000000000000 -r fc0f15ca12e0 split_by_allele.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/split_by_allele.py	Mon Oct 24 13:15:20 2016 -0400
@@ -0,0 +1,75 @@
+#!/usr/bin/env python
+import getopt
+import sys
+import os
+from Bio import SeqIO
+
+def split_allele_file(alleles,profiles):
+    
+    writers = {}
+
+    handle = open(alleles, "rU")
+    for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
+        
+        seqid=record.id
+        
+        #split out the alelle name from the version number
+        #attempting to split based on '-' first, if that fails, then '_'
+        result = seqid.split('_')
+        
+        if len(result) !=2:
+            result = seqid.split('-')
+            if len(result) ==2:
+                newid = '_'.join(result)
+                record.id = newid
+            else:
+                print "Error could not parse out allele name and number from '%s'" % seqid
+                exit(0)
+            
+                
+        name,num = result
+
+
+        #if writer exist, then write to that current fasta file
+        if name in writers:
+            SeqIO.write(record, writers[name], "fasta")
+        else:
+            #new allele found, create new writer and add the first record
+            file_name = name + '.fasta'
+            output_fh = open(file_name, "w")
+            SeqIO.write(record, output_fh, "fasta")
+            writers[name] = output_fh
+            
+    handle.close()
+
+    #creat config file based on the alleles found
+    with open('config.txt','w') as cfile:
+        cfile.write("[loci]\n")
+        for name, writer in writers.iteritems() :
+            path = os.path.realpath(writer.name)
+            cfile.write("%s\t%s\n" % (name,path))
+        cfile.write("[profile]\n")
+        cfile.write("profile\t%s\n" % profiles)
+
+        
+    return
+
+
+alleles=None
+profiles=None
+
+"""Input arguments"""
+options, remainder = getopt.getopt(sys.argv[1:], '', [
+ 'alleles=',
+ 'profiles='
+])
+
+for opt, arg in options:
+    if opt in ('--alleles'):
+        alleles = arg
+    elif opt in ('--profiles'):
+        profiles = arg
+
+if alleles and profiles:
+    split_allele_file(alleles,profiles)
+
diff -r 000000000000 -r fc0f15ca12e0 stringmlst.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/stringmlst.xml	Mon Oct 24 13:15:20 2016 -0400
@@ -0,0 +1,88 @@
+<tool id="stringmlst" name="StringMLST" version="1.0.4">
+  <description>k-mer tool for multilocus sequence typing</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="2.1">stringmlst</requirement>
+  </requirements>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" />
+  </stdio>
+  <command><![CDATA[
+
+
+
+  python $__tool_directory__/split_by_allele.py --alleles=$alleles --profiles=$scheme
+  &&
+  stringMLST.py --buildDB -c config.txt -k $kmer -P DB
+
+  &&  
+        #if $single_or_paired.type == "single"
+        ln -s "$input_se" "$single_or_paired.input_se.element_identifier".fastq && 
+
+        stringMLST.py
+        --predict
+        -1 "$single_or_paired.input_se.element_identifier".fastq
+        -s 
+        #elif $single_or_paired.type == "paired"
+            ln -s  "$single_or_paired.forward_pe" "$single_or_paired.forward_pe.name"_1.fastq && ln -s  "$single_or_paired.reverse_pe" "$single_or_paired.forward_pe.name"_2.fastq &&
+            stringMLST.py
+            --predict
+            -1 "$single_or_paired.forward_pe.name"_1.fastq -2 "$single_or_paired.forward_pe.name"_2.fastq
+            -p
+        #else
+            ln -s "$single_or_paired.fastq_collection.forward" "$single_or_paired.fastq_collection.forward.name"_1.fastq && ln -s  "$single_or_paired.fastq_collection.reverse" "$single_or_paired.fastq_collection.forward.name"_2.fastq &&
+            stringMLST.py
+            --predict
+            -1 "$single_or_paired.fastq_collection.forward.name"_1.fastq -2 "$single_or_paired.fastq_collection.forward.name"_2.fastq
+            -p
+        #end if
+        -o $output
+        -r 
+        -P DB -k $kmer
+  
+  ]]></command>
+  <inputs>
+    <conditional name="single_or_paired">
+      <param name="type" type="select" label="Read type">
+        <option value="single">Single-end</option>
+        <option value="paired">Paired-end</option>
+        <option value="collection">Collection Paired-end</option>
+      </param>
+      <when value="single">
+        <param name="input_se" type="data" format="fastqsanger" label="Single end read file(s)"/>
+      </when>
+      <when value="paired">
+        <param name="forward_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Forward paired-end read file"/>
+        <param name="reverse_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Reverse paired-end read file"/>
+      </when>
+      <when value="collection">
+        <param name="fastq_collection" type="data_collection" label="Paired-end reads collection" optional="false" format="fastqsanger" collection_type="paired" />
+      </when>
+    </conditional>
+    <param name="kmer" type="integer" label="K-mer to use" value="35" help="  Kmer length for which the db was created(Default k = 35)." />      
+    <param name="scheme" type="data" format="tabular" label="ST definitions for MLST scheme"/>
+    <param name="alleles" type="data" format="fasta" label="Fasta file of MLST alleles"/>
+    
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="tabular" name="output" label="Results"/>
+    <data format="txt" name="log" label="Log" from_work_dir="DB.log"/>
+    <data format="fastqsanger" name="reads" label='Reads' from_work_dir="*.fq" >
+
+    </data>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="scheme" value="st.tabular" />
+      <param name="alleles" value="st.fasta" />
+      <param name="input_se" value="input.fastqsanger" />
+      <output file="results.tsv" ftype="tabular" name="output" />
+    </test>
+  </tests>
+  <help><![CDATA[
+Original manual for command line available at http://jordan.biology.gatech.edu/page/software/stringmlst/stringMLST-useageDocumentation.pdf
+]]>
+  
+  </help>
+  <citations>
+  </citations>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r fc0f15ca12e0 test-data/input.fastqsanger
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.fastqsanger	Mon Oct 24 13:15:20 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2264 @@
+@SRR2352236_749/2
+GTATTGAATCCGAAAAGGTACAATACGACGTAGACAGAGCCAGCCTAGTTAGCGAAATTGGTTCCAGTGACGAGAAAGTTTTGGCGTTTTCAGGGCATATGGATGTCGTTGATGCGGGTGATGTCTCGAAGTGGAAGTTCCCACCTTTTGAAGCAGCAGAGCATGAAGGGAAAATATACGGACGTGGCGCGACGGATATGAAGTCAGGTCTAGCGGCGAAGATTATTGCAATGATGGAGCTTAATGAAGAA
++
+AAABBFFFFFFBGGGGGGFGGGFHHGHGGGEHHGHCFFCGFHHGEHHHHHHHGGGGGGHHH5CFHHHGGHHGCEEGHFHHHFHGHGGGCFHHGHHGGBFGHHHHHHHF?FHHHFFGG?<CGHBDBGHH2FFGGFDGHGHHHHHHGEFGHFEGHHHFHHHGHHHEHGHGFGGHCC0:0;CG.CAF?E?B-9B@BAD.A.99/FF9//;./;B/;/@;-9---.9/99FF/99:;/9//;B.;9/;/;:/B/B
+@SRR2352236_1495/2
+TGATAACACCAATCATTAGCGCGACGTTGGATAGTACTTGGATCAATGCTTGGTTTAGTGTGTTGGAAATATTATCTAAGTCACTAGTGAAACGACTAAGCATTTCGCCATCATTGCGGCTATCGAAGAAACGGATTGATAGTTTTTCCATCTTGCGGAAAAGCCCTATACGCATTCTGTTCGTCGATTTACCAGCTACCCCTGTCATAATGATACTTTGGATAAAAGTGGCAGCAGCGAGCAGTACGTAG
++
+CCCBBFFFFCCBGGGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHHHHHHHHHFFHGHHHHHHHHGHHHGHHHHHHHHHGGGGGGHHHGHHHHHGGGGHHHHHGGGGGGHHGHHGGHHHGGGGGGEHEGGHHHGHHHHHHGHHGGGGCGBHHHGHHHHHGGGGHGHGHHGFDE-EFGGFFFGGGFGGGGGGFFBBFBGGBCFGFGGG/;F09BBBF0;EFF..:BBF-:-BB:0ABB:
+@SRR2352236_1529/2
+CACTAGAGCCACGTATTTCGCGGTAAGAAGCCGGCGTTCCTTCATCACTGAATAAGTACATAATCATCGTCGTAGCTTCCGGTGTAAGGCTAAAGAAATCCCAGTAACGGTTGCCATCTTGAATATTTGTGCGTGGATCAGGCTTCAAGGAATGAATAACATCCGGAAACTTAATCGCATCACGAATGAAGAATACCGGCAAATTATTTCCGACAAAATCATAATTCCCTTCTTCTGTATAAAACTTACCG
++
+BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHGGGGEEGHHHHGHHHHHH3GHDHHHGHHHHHHHHHHHGGFEHGFGFHHGGFEFHHGFHHHHHHHHHHHFHHFHHHHGGFGGHGHHHFHGGHHHGGHHFHHG<DGGEFHFGHHHGHH1FHFFHHHFHHFHGGHC?EC-CFHGGFHECCD-=0AGD.G0CGCBF0:0;;ABB.B00C0CBF..-;9BF:/9/:B//BBBBBFFBFF/9B/BFF/BB/;/;.
+@SRR2352236_1629/2
+ATATTAAAATCATGAAAGGCATCGTGGATGAAGTAATGGCTAGCGGATTTGACGGTATCTTCTTAATCGCTTCTAACCCAGTAGATATCTTAACTTACGCTACATGGAAATTCTCAGGTCTTCCAAAAGAACGTGTTATCGGTTCTGGAACAAGCCTTGATACAGCACGTTTCCGTATGTCAATTGCCGACTATCTAAAAGTAGATGCTCGTAACGTCCATGGTTACATCCTTGGCGAACACGGCGATACA
++
+BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHGGHHHHHGHGHHHHHHHHGGCEGHGHHGGGHFFHHHHHFGGFGGHHGHGHGGHGHHGBFHHFHHHGHFHHHHGGGGGHHHBGEHFFFGFFHHHHGHHHHGGHFGHHGHHFGFHHHGGGGGHHHHHHHGHGGHHFHH1FFGB0AHHH1FECGGF11GGFHFHGGAGCCHHFHHHEHGGFGCBB0;D@AGDGGGE?BFF;C0FBB0FFF0;CD-9BFFFFCFFFAB/
+@SRR2352236_2407/2
+CATGAATGGTGCGTGTAAAATGGAGTTGATTTCATTGAAAGTGAGCCAATATTTTACTTTGCCTTTATAGCGATTAAACACGGTGCGGACATAGTTTTCATAGAAGTCGATCATTTTTCTATTTACCCAGCCGTCGTAAGTTTTCGATAAGTGAAGTGGTGTTTCATAGTGAGATAAAGTAATCAGTGGTTCGATATTATGTGCTAGAAGTTCATCGAATAAATCATCGTAAAATTGTAATCCTGCTTCGT
++
+A?ABAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGFGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHHHHHGHHHHFHGFHHGGHGHEGGGHGGGGCFHHHFHHHHFHHHFHFGHG1FGGHHHHHHHGHHGHHGHGHHGGGGGGGFFBGHHH?GHEFFGHFFF@GFHGHGHGBHHFGHHF1?FGFG1D<G<GDDFHHFHGAGCCDFFHGHB<BBG0:CGFGFGCFBGEH0C00C0/;9;.0B/F0BBFF;0;BFCB99
+@SRR2352236_2610/2
+GTTAGTAAGAAAATAGATAATCGCTTTAATAAAGAAATGACAATTGTGTACGTCCCAATAATGAATGGCGACAAATTTGTCGGTTCTATCGTGCTCAATTCACCTATTAGCGGTACGGAGCAAGTAATTGGCACGATTAACCGCTATATGTTCTACACTATTTTACTTTCTATAACGGTAGCACTTATTCTTAGCGCAATCTTGTCCAAACTACAAGTAAATCGAATCAACAACCTACGAGCAGCGACAAA
++
+AAA?3@F5DFFF4A4FBDGGFFEFFEGBEFGGFFGHCGHHGHHHHD5DAGDAFG2AGHHFHFFHEGFHHGCGEEHHGDFHF1EGAGHGHHGBFEFHHFHHGHFHHHGHGFHGGE/>E?<E?FFGFHHHFGGEHBF?FE?GHBDCB?/FGHBGHDBGHF?<FFBGHDHHGHGFFBFGA@ACAHGGFC0DG0DGFHHC?@CFH0GGHFFGG0;CFEF0090;FGG?F/CDF0BBE.;9FF...-@/B--9@-;
+@SRR2352236_2984/2
+TGACAGGGGTAGCTGGTAAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGTTTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTCACTAGTGACTTAGATAATATTTCCAAC
++
+CCCCCFCCECBCGGGGGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHGGGGHHGHHHHHGHHGGGGGHHHHGHHHGGHHHHHHGGHGFHHHHHHHHHHGHHGGGGGHHHHHHGGGGHHHHHHHGHGFGGHGHHGHDGHHHHHHHHHHHGHHHHHHHH
+@SRR2352236_4536/2
+ATACGGGACCAAGCGATGGAAGTACGGAAAACCTTGAAGCCCATTTCGGCAAAAAGTTTCACGTCATCTTTGTAGCGATGATAGAAGTCAATTCCTTCTAATTTTAAGTTATCTGGTGTTGGACCGTCAGTAATGTGACCAAATCCGCCTTTTGGAGTAACATCTTGAACGGAAAGTCCTTTTCCATCGACGTTGTAAGCGCCTTCGAATTGGTTTGCAGCAGCAGCTCCACCCCATAAAAAGTTGGCTGG
++
+BBBBB?DBDBBBGGG?GGGGGGHHHGGGGGHHGHHHHGGGHHHHHHHHGGGGHHHGFHHGHHHGHEFHHHHHHHHHGGHGHHGHHHGHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGEGHGHEHHHGGGGGHHHHHHHGHHGHGHHHDGGFGHHHGFFFHFHDGFFHHHHGH?ACDHHGGEHHHGGHGHDHGGFGHGHHHHGGGGFFG?;BEFF9C.CB0CFGEF?AFBFG/9AA=?F/9BBB.9/:BB/AD
+@SRR2352236_5019/2
+AAGAATAAGTGCTACCGTTATAGAAAGTAAAATAGTGTAGAACATATAGCGGTTAATCGTGCCAATTACTTGCTCCGTACCGCTAATAGGTGAATTGAGCACGATAGAACCGACAAATTTGTCGCCATTCATTATTGGGACGTACACAATTGTCATTTCTTTATTAAAGCGATTATCTATTTTCTTACTAACTGTTTCGCCACTTTCAAGTTTTTTCTTATCATCCGAAGAAATAGAGAAATCCTTTGGTA
++
+BCCCBFFFFFFFGGGGFFGGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGGGGGGHHHGHHGHHHHHHHHHHHFHHGHHGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHGGGGGFHHHHHHGEGGGHHFHHHFHHEFHHGGHHGHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHFGFGGGHHGHGHGHGHHHHHHFHHHHHHHHHEADGDEFHHHF0GGHHGGGGGGGGGEGGBD.;9DFFFGGFBFF0;FGGFFFFFB
+@SRR2352236_5649/2
+ACTTTTTATGGGGTGGAGCTGCTGCTGCAAACCAATTCGAAGGCGCTTACAACGTCGATGGAAAAGGACTTTCCGTTCAAGATGTTACTCCAAAAGGCGGATTTGGTCACATTACTGACGGTCCAACACCAGATAACTTAAAATTAGAAGGAATTGACTTCTATCATCGCTACAAAGATGACGTGAAACTTTTTGCCGAAATGGGCTTCAAGGTTTTCCGTACTACCATCGCTTGCTACCGTATCTTCCCA
++
+>>AAA3DA33B1A11EFGFFCB1GDGCHHHHHCGHHBFCBGF/AE?EE/1BFHEEGAEABEGBG0>EFCFFHDHC1E0F2GHHHFG2@FFFHH1GGGHCCEG<GDF/BGFF2>GFF22<<CEGCFHGEC/F0<<GGFH1?FFFFFHFHE1000<11><F<DBGF00DDB..<-DCCCC0000..;..GB00;90-F0-9-?.9FAA/.9090/000.09-/---/9-///-AFFE-///-;9--A/BB/-9
+@SRR2352236_5835/2
+ATCCATTGCACCTTGTTCATCTTCGCTAATCCATTCAGTGATTGGAAGACCGCCGACAGTTGTGTGGCTCCATGCTGGGAATTCTGTATCGCCGTGTTCGCCAAGGATGTAACCATGGACGTTACGAGCATCTACTTTTAGATAGTCGGCAATTGACATACGGAAACGTGCTGTATCAAGGCTTGTTCCAGAACCGATAACACGTTCTTTTGGAAGACCTGAGAATTTCCATGTAGCGTAAGTTAAGATAT
++
+CCCDDFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGFGGGHHHHGHHGHGHGHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGEGHHHGGGGGHGHGHGHHHHHFHGCGDFFHGGGGGGHHHHHHHHHHGGGHHFFGCFGGHHHHHHHHHHGGFFHGCGHGHGHHHH0CCHHFGCCGFEGFGGGF9BDEGGGG:C/A0CFFGBBFAFFFFFFFFF0FBFBFFFFFFFFF.AB0FFF000;
+@SRR2352236_7394/2
+GATCACGTAATGTTTCTGGAGAATGTTGCCCATGAATTACTGTTGAAAAACGAGCAAAAACCTCCGTTTCCGTTCCTTCTTCTTGCAAAAATTTAGCCATTGTATATTTTTTCATGCTTTTCTTAGTGACAAATTTCCCGTGAGCACCAGCACCACGAGCATGTACAACCCGTTCTGGTACTCGCTCTCTATCAAAATGTGCCAATTTCTCAATAAGCACATAATCTTCTATCAAAGTTGGTCCTTTACG
++
+CCDCCFCFFFCFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHFHHHGGGGGGHHHHGGHHHGHHHHHGHHHHFHHHHHHHHHHHGHHHHHHGHGHHHHGHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHGHGGGHHHHHGHGHGHHGGGGGHHHHHHHGGGGCGHGHHFHHHHGGGHHHGFDHHHHFHHFHHFHHHHHHHHHCGFFHGHHHHHHHHGGGGGBBFFFGB:FBEFEFGFFFG
+@SRR2352236_7812/2
+GCTCCATGCTGGGAATTCTGTATCGCCGTGTTCGCCAAGGATGTAACCATGGACGTTACGAGCATCTACTTTTAGATAGTCGGCAATTGACATACGGAAACGTGCTGTATCAAGGCTTGTTCCAGAACCGATAACACGTTCTTTTGGAAGACCTGAGAATTTCCATGTAGCGTAAGTTAAGATATCTACTGGGTTAGAAGCGATTAAGAAGATACCGTCAAATCCGCTAGCCATTACTTCATCCACGATG
++
+CCCCDFFFFFFFGGGGGGGGGGHHGGGGGGHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHHGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGGHHHHHHHHHHGEFFHGGHHGHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHCCDGGHHHGGHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHFHHGGEGGHHHHHHHHHHHHHGHHFHHGGGGHGGACGGGGGFGGBFFFFACDDFGFGFFFA;AFFFFFFFE;BFFF9FFD-.:
+@SRR2352236_8057/2
+GGATTTAACGGTATAATTAATGGAACCTTTATGCGCATAAACAATCCGGTGTCCACTCGGTTCGCCGATAATCAAGCCATCTAAATCATCTGCGTAACCTTTTTGCGTTAGTTGTTCGGCTCCAAGTTCACCGACTTCTTCACCAACCGTTGCTAATAATCTAATTTTGCCATTTAGTTTTTGTTTTTCTTCATGAAGCTCAATCATTGCAATAATCATCGCCGCTAGACCTGACTTCATATCCGTCGCG
++
+AA3>AFFBFBBBCFGGGGGGGGHFBFFFDGHFHHGFGGGFHHGEGFHGGGGGHHHHDHGDAEFCG?ECE>FHFHHHGGBEBGH4BGGGHEFGEGAAFEGHHHHHCBEE?AEBDGGCG?CGGGGHHHFHFFFFGGGGGHFHHGHFH.CDC<A<.GG0GFGFHHFDDF=<DEHHHD0CCCGCG.@:/CCFHH0CC;00;09CB000F0B90FFG009FFFBF9A.-9B-A/;/B./BFFB///;F/9..--9
+@SRR2352236_10438/2
+TTTTGATAGAGAGCGAGTACCAGAACGGGTTGTACATGCTCGTGGTGCTGGTGCTCACGGGAAATTTGTCACTAAGAAAAGCATGAAAAAATATACAATGGCTAAATTTTTGCAAGAAGAAGGAACGGAAACGGAGGTTTTTGCTCGTTTTTCAACAGTAATTCATGGGCAACATTCTCCAGAAACATTACGTGATCCACGCGGTTTCTCCGTTAAGTTTTATACAGAAGAAGGGAATTATGATTTTGTCG
++
+ABCCCCFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHGGGFGGGHHHHHHGHGGHGHGHHHHFHHHHGHHGGDCHHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHGGGHHHGHHHGHHHHHHHHHHGHHGGHHGHHHEHHHGGGGGHGGGGG<FGGEGEHFFAFGEGHEHHHHDGHGHHHGHHHFHGHHGHEBGHHHGHGHHFHHHGHGH/GFGEEGGGCCGB09FD;CEEFBFFGBFBBFF0FF9BFFB?FFFEFFB009BF90;
+@SRR2352236_11297/2
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++
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+538	80	74	85	99	53	209	69	CC542	L. innocua
+539	80	74	85	99	53	212	69	CC542	L. innocua
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