changeset 4:6dbb43bdf2f4 draft

planemo upload commit 6a252d04f4b2f79606ab6679b6a91f957e33da7b-dirty

--- a/optbiodes.xml	Thu May 02 07:23:22 2019 -0400
+++ b/optbiodes.xml	Thu May 02 07:46:26 2019 -0400
@@ -4,10 +4,11 @@
         <requirement type="package" version="2">requests</requirement>
     </requirements>
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        python $__tool_directory__/toolOptBioDes.py $input1 $output1 $output2 -server $server
+        python $__tool_directory__/toolOptBioDes.py $input1 $input2 $output1 $output2 -server $server
     ]]></command>
     <inputs>
         <param type="data" name="input1" format="xlsx" />
+        <param type="integer" name="input2" format="xlsx" />
     	<param name="server" type="text" label="OptBioDes RES server" value="http://doe.synbiochem.co.uk/REST" help="OptBioDes REST server" />
     </inputs>
     <outputs>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/out1.csv	Thu May 02 07:46:26 2019 -0400
@@ -0,0 +1,129 @@
+promoter3,promoter5,promoter7,promoter9,gene10,promoter11,pos
+1,3,2,0,1,3,8
+0,3,1,0,0,2,17
+0,2,1,0,0,2,18
+1,2,1,0,1,3,16
+0,0,1,0,0,1,14
+0,2,1,2,1,1,8
+0,2,0,3,1,1,17
+1,1,3,3,0,3,6
+0,3,3,1,0,1,12
+1,0,0,0,1,1,6
+0,3,0,1,1,0,13
+1,3,3,3,1,3,1
+1,0,3,0,0,0,8
+0,0,2,1,0,2,3
+0,2,0,1,0,2,12
+1,3,2,1,0,2,10
+0,0,3,2,0,1,10
+0,2,3,1,1,3,17
+1,0,1,3,1,2,11
+0,0,3,2,1,3,0
+0,1,0,0,1,3,0
+1,3,0,2,0,0,14
+1,0,1,0,0,2,17
+0,1,3,2,1,2,14
+1,2,2,0,0,1,9
+0,1,2,1,1,0,11
+0,1,1,2,1,0,9
+1,1,1,1,0,1,13
+0,0,3,1,1,1,9
+0,0,3,1,1,0,19
+1,1,2,1,1,3,16
+1,3,1,1,1,1,15
+0,2,2,3,0,3,11
+0,3,3,3,1,1,2
+0,1,1,3,1,0,18
+1,1,0,2,0,3,17
+1,2,1,2,1,2,1
+1,0,0,0,0,2,2
+0,0,1,3,0,3,8
+0,2,2,3,1,1,14
+0,2,2,2,1,0,2
+0,0,1,1,0,2,0
+0,0,3,3,0,2,15
+1,2,0,1,1,2,7
+0,2,2,0,1,0,15
+1,3,0,3,1,1,4
+1,2,0,3,1,0,18
+1,2,1,1,1,3,10
+0,2,1,1,0,3,2
+0,0,1,2,0,0,4
+0,3,0,2,0,2,16
+0,3,1,3,1,0,9
+0,3,3,2,1,2,16
+1,2,3,2,1,0,5
+0,2,3,3,0,2,9
+0,1,1,3,0,0,16
+0,3,0,1,1,0,6
+0,1,3,0,1,1,2
+1,0,0,3,1,0,13
+0,2,2,0,0,1,19
+0,0,2,1,1,1,18
+0,0,2,2,0,0,5
+0,3,2,1,0,1,1
+1,3,1,2,0,1,11
+1,1,2,2,0,1,19
+1,0,0,3,1,2,7
+0,2,2,2,0,2,6
+1,0,0,3,0,0,12
+0,0,2,0,1,3,1
+0,3,2,2,1,2,13
+0,2,3,0,0,3,13
+1,3,1,2,1,3,3
+1,0,2,2,1,0,17
+1,2,0,3,0,1,0
+1,2,2,2,1,3,12
+1,3,1,1,0,3,7
+1,0,2,1,1,2,4
+1,0,3,2,1,3,10
+0,3,0,1,1,3,14
+1,2,3,0,1,0,3
+1,2,3,1,0,0,11
+1,1,3,0,0,2,4
+0,1,1,0,0,0,1
+1,2,1,1,0,3,6
+1,2,1,2,1,2,0
+0,3,2,3,0,3,4
+1,3,0,0,1,2,9
+1,3,3,3,0,2,19
+0,1,2,3,0,0,7
+0,1,0,2,0,3,3
+1,1,2,3,0,3,15
+0,3,3,0,1,1,7
+1,3,2,0,0,0,0
+1,1,2,2,1,2,2
+1,2,3,3,0,1,3
+1,1,1,0,1,1,12
+1,0,1,1,0,0,2
+0,2,0,2,1,1,4
+1,0,2,3,0,1,16
+1,3,3,2,0,0,6
+0,0,1,2,0,1,7
+0,1,1,3,1,2,12
+1,3,1,0,1,0,19
+1,0,3,3,0,3,13
+1,1,2,1,0,1,5
+0,3,3,0,0,3,18
+1,3,2,2,0,1,18
+1,1,0,2,0,3,9
+0,1,1,3,1,1,10
+0,2,0,0,0,0,10
+1,1,0,2,0,1,1
+0,3,0,0,0,2,5
+0,1,2,0,1,2,3
+0,1,0,1,0,0,8
+1,2,3,1,0,0,14
+1,0,0,0,1,1,11
+0,1,0,0,0,3,11
+1,1,3,0,1,0,15
+0,3,1,3,1,3,5
+1,1,3,1,1,2,8
+1,3,2,3,0,0,10
+0,1,2,3,1,2,6
+0,0,0,2,0,3,15
+1,0,2,0,1,3,14
+1,1,3,1,0,2,18
+1,1,0,1,1,1,5
+0,0,0,1,1,3,19
+1,2,0,3,0,2,19

--- a/toolOptBioDes.py	Thu May 02 07:23:22 2019 -0400
+++ b/toolOptBioDes.py	Thu May 02 07:46:26 2019 -0400
@@ -17,6 +17,8 @@
     parser = argparse.ArgumentParser(description='toolOptBioDes: Optimal SynBio Design. Pablo Carbonell, SYNBIOCHEM, 2019')
     parser.add_argument('infile', 
                         help='Input xlsx file (DoE specificiations).')
+    parser.add_argument('size', 
+                        help='Library size.')
     parser.add_argument('outfile', 
                         help='Output csv design file.')
     parser.add_argument('diagfile', 
@@ -30,9 +32,9 @@
     res = json.loads( r.content.decode('utf-8') )
     print( res )
     
-def sheetUpload(doefile, outfile, diagfile, url):
+def sheetUpload(doefile, size, outfile, diagfile, url):
     files = { 'file': open(doefile, 'rb' ) }
-    values = {'size': 64}
+    values = {'size': int(size)}
     r = requests.post( os.path.join(url, 'Query' ), files=files, data=values )
     res = json.loads( r.content.decode('utf-8') )
     M = res['data']['M']