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@@ -1,41831 +0,0 @@
->Streptococcus_suis|ORF1 length 457 aa, 1374 bp, from 1..1374 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF5 length 126 aa, 381 bp, from 3933..4313 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF6 length 377 aa, 1134 bp, from 4381..5514 of Streptococcus_suis
-TTGGAGAGTAAAAAAAACATGTCTTTAACAGCAGGAATCGTCGGTTTGCCAAACGTTGGT
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->Streptococcus_suis|ORF7 length 115 aa, 348 bp, from complement(4450..4797) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF8 length 115 aa, 348 bp, from complement(4491..4838) of Streptococcus_suis
-CGCTTGTTGATGCTCTCTAGGTCCGCCAAAATCAATTCTAGGTTAATGGTATCAATATCA
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->Streptococcus_suis|ORF9 length 192 aa, 579 bp, from 5663..6241 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF10 length 1166 aa, 3501 bp, from 6235..9735 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF11 length 125 aa, 378 bp, from complement(6974..7351) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF12 length 117 aa, 354 bp, from complement(8271..8624) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF13 length 124 aa, 375 bp, from 10038..10412 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF14 length 430 aa, 1293 bp, from 10523..11815 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF15 length 422 aa, 1269 bp, from 11816..13084 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF16 length 185 aa, 558 bp, from 13077..13634 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF17 length 664 aa, 1995 bp, from 13635..15629 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF18 length 309 aa, 930 bp, from complement(13835..14764) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF19 length 157 aa, 474 bp, from 15964..16437 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF20 length 189 aa, 570 bp, from complement(17317..17886) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF21 length 103 aa, 312 bp, from complement(19642..19953) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF22 length 106 aa, 321 bp, from complement(20791..21111) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF23 length 109 aa, 330 bp, from 21320..21649 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF24 length 281 aa, 846 bp, from 23560..24405 of Streptococcus_suis
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-GGTGAGACTAGTGGTGTGACATATAATGCACTTGTGGTTGCTAATGGTGGATTAGTTGGC
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-GGCTATGATGCAGATACAAATAGTTTTATCATTAATCAGTTGAACTCAGCTGATGAAATT
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-CAATAA
->Streptococcus_suis|ORF25 length 121 aa, 366 bp, from complement(23778..24143) of Streptococcus_suis
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-TCGTAA
->Streptococcus_suis|ORF26 length 174 aa, 525 bp, from 24386..24910 of Streptococcus_suis
-GTCAAACAAATGCGCAATAAAATGATAGAAATATTCATGTTTCCCATCTTGTTCTTTATT
-TTATTACTTGATGGACAGATTTCAACGTTGGTAACAAATTGGTCGGTCGGATTATTTACT
-ATTTCAAGTCATTTGGTACTTATGTTAGCTATTTTTTATGCTAACTATGTATCTCTTGGT
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->Streptococcus_suis|ORF27 length 446 aa, 1341 bp, from 24911..26251 of Streptococcus_suis
-AAATGTAATAATTGCGTAATATACTTACGCGATTTTTTTGATAAAATGAGAGAGTCAGAA
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-GTATCAGCACCAGTCGTGTCAACGCTAGTAGAAACTACAGTGACTGAAACGGTTGCAGCC
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->Streptococcus_suis|ORF32 length 112 aa, 339 bp, from complement(28604..28942) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF41 length 134 aa, 405 bp, from complement(37334..37738) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF42 length 191 aa, 576 bp, from 37666..38241 of Streptococcus_suis
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-CCGCAGCAAAATGCGGATTTCTACCAAAATGCCCTGCCAACAGACTATTCTATTGCAGCA
-GCTAAACAGTTAAATGGTAAGGAATTGTCCTTCAACAACATTCGTGATGCGGATGCGGCT
-ATCCGTATTATCCGTGATTTCAAGGACCGTCCAACTGTTGTGGCACTCAAACATATGAAC
-CCTTGTGGTATCGGGCAGGCAGAAACTATCGAGAAGGCTTGGGATTATGCTTATGAGGCT
-GACCCAGTATCGATTTTCGGAGGCATTGTCGTGCTGAACAGAGAAGTGGATGCTGCGACG
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-GCGTTAGCTATTTTGACCAATAAAAAGAAAAATCTTCGGATTTTAGAATTGGCTTTTGAC
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-GTTTTGGCGTCGGATGCCTTCTTCCCATTTGCTGATAACGTGGAAGAAATTGCTGCCGCA
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-TAA
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-GGTTTCATTCTTCTATACGCTCGTTGA
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-GATTCCATAGAAGACTTTTCTGAAAGTCTAAAGATTCATAATCAAGTTGAATTACATAGC
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->Streptococcus_suis|ORF63 length 114 aa, 345 bp, from complement(45180..45524) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF64 length 262 aa, 789 bp, from 47041..47829 of Streptococcus_suis
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-GAATTTTAG
->Streptococcus_suis|ORF65 length 195 aa, 588 bp, from 47830..48417 of Streptococcus_suis
-AGGTGTTTTATGGTAGTGCGCTATATGAGGCCAGTTGCTTTATCGCTTGCTTTGATTGTT
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-GGAGGACATTGGATCTACAATCTGTTGGTTTCGAGATTTCCATTTTAA
->Streptococcus_suis|ORF66 length 187 aa, 564 bp, from 48297..48860 of Streptococcus_suis
-TCTAATCATCCGAACTCCACTAGGTTTATTGTTTTCTGTGTTAGCTACTCGTTTTGGCTT
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->Streptococcus_suis|ORF67 length 324 aa, 975 bp, from 48751..49725 of Streptococcus_suis
-TTCCATCACAAATGCTATTTGTTGCCGTACTATATTATGGTACAGCTATTGCCACTTATT
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-CAAAAATTGATTGATATCTTGAAGCAGTGGTCCAGTGAGCGACAAATTTCCATGCTGATT
-TCGAGTCACCAACTAGGTGAGCTGGAGGCCTTGTGCAGCCGCTATGTCTATATCGAATCG
-GGAGAATTGGCAGATGCTTTTGAAGGCAAATCTCATCCAAGTGTGCTCGTGCAGTTGGAC
-ACGACTAAAAACTTAGATTCTGTGAAGGACTTGCTCAATGACCATGTGGTGCTAGAGGGG
-GAAGTGTTAGAGATTTCCACTGCCACACCTACAAGTGAGCTAAATCAGATTTTTGGTGTG
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-TTTACGAAAGGGTAG
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-GTTTCCGATTGCGAGCATCCCATAACTCTACCAATTTCAAAGTCTTCTCAATATTTGGAT
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->Streptococcus_suis|ORF69 length 291 aa, 876 bp, from 49629..50504 of Streptococcus_suis
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-GAAGTAGATGAACATACCATGTTTTTATACCGGGATCTTGGACGGAAGCAGATTTTCTGG
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-TTCATCACCGTTATTCTTCCAAATTTCTTGATGAATGGTTTGATGGTTATGGGGTCAATT
-TATTTTCTGTGGACCATCAGTCCGTGGCTCACGGGTCTTAGTCTCTTCTTGCTTCCTTTG
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-GTGATGACCATGGCTACATTGACAACCTTTGTATTGTACATGATGCAACTGATTGATCCA
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->Streptococcus_suis|ORF73 length 226 aa, 681 bp, from complement(53164..53844) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF74 length 289 aa, 870 bp, from 53667..54536 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF75 length 122 aa, 369 bp, from complement(54442..54810) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF76 length 232 aa, 699 bp, from 54475..55173 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF77 length 307 aa, 924 bp, from 55396..56319 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF78 length 392 aa, 1179 bp, from 56709..57887 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF80 length 409 aa, 1230 bp, from 59494..60723 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF81 length 106 aa, 321 bp, from 59850..60170 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF82 length 518 aa, 1557 bp, from 60881..62437 of Streptococcus_suis
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-GTTTGGAGCTTAGTTTTAAGTGTTTTTAGCGTAGCCAATCCACTGCTAATGCCATTTGCA
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-TTACCGTATGGTTTTGCGATGTCAGTCGTTTACCTGCGTGATGAGGATGTAGAAGATTAT
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-CAGTACCAGTCTGTTCAGACAACGGATTACTTTACGATTTATCAAAAGAATGAATGA
->Streptococcus_suis|ORF83 length 651 aa, 1956 bp, from 62537..64492 of Streptococcus_suis
-AGAAATGTAGGAGAAATGATGTCACATATTATTGAACTACCAGAAATACTAGCCAACCAG
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-AAGTTGATGGTTGGACGCTTTCCGCTGGCAGTCATTTCTATAGAAATTGACCCCTATCTT
-GCTGATGTCAATGTGCATCCGACCAAGCAGGAAGTTCGCATCTCCAAGGAAAAAGAACTC
-ATGACCTTGATTCGAGAGGCGATTAGTCAAGCACTTAAAGAGCAGGACTTGATACCAGAT
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-TCGCCTGTCGAAAATAGACCTACATCTGTTCAATTTGCAGAACGTCAGTCGGTGGAATCA
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->Streptococcus_suis|ORF84 length 138 aa, 417 bp, from complement(62585..63001) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF171 length 119 aa, 360 bp, from complement(114254..114613) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF180 length 106 aa, 321 bp, from complement(117914..118234) of Streptococcus_suis
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-ATCATACAATTTCGATATAATGTGTACGAAAAAGGAAGTAATATTATGTATCAAGTTATT
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->Streptococcus_suis|ORF200 length 165 aa, 498 bp, from complement(126948..127445) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF201 length 360 aa, 1083 bp, from complement(128035..129117) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF202 length 106 aa, 321 bp, from 128792..129112 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF203 length 125 aa, 378 bp, from 129821..130198 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF204 length 119 aa, 360 bp, from 130156..130515 of Streptococcus_suis
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-TAG
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->Streptococcus_suis|ORF224 length 669 aa, 2010 bp, from 140637..142646 of Streptococcus_suis
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-CTGTCAAGCAATTTAATCGAGGCAAAAGCGAAATACGACGGCGTAGCAACCGGTGCGGTA
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->Streptococcus_suis|ORF225 length 106 aa, 321 bp, from complement(142841..143161) of Streptococcus_suis
-GTTGTGTCATATTTCAACAAGTGTGCAAGCATTACTGGATCTGTAAGGTCGTTGATACGA
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->Streptococcus_suis|ORF226 length 376 aa, 1131 bp, from 142893..144023 of Streptococcus_suis
-TTATATAATAAAAACGTTGAAAAGATGCTTGTAGGCTTACAAGTTAATATTTTCACAAAA
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->Streptococcus_suis|ORF227 length 148 aa, 447 bp, from complement(143007..143453) of Streptococcus_suis
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-TTCATCGCAGGTGCTACTCGTGGTGCTGAATTGGAAGCAGCTATCAATGCTTTGGAAGAT
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-GAAAAAGCAGTAGCTGGTTTCCTTTTGGAAAACGAAATTGCTTACATCCAAGAAGCTGTT
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-TTACCGATTTCGATACCTTGA
->Streptococcus_suis|ORF231 length 174 aa, 525 bp, from 146276..146800 of Streptococcus_suis
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-CCGATATTTGTCATGTTAACGATTATGACAAATGTGGCGATGAATAATAAAGCGGGAATT
-ATTGGTGGAGTATCAGCTTTATTAATTATTACATTGTCTATTCCTGCTGGTGATACGATT
-CAATATGTGTTTATTCGTGTGTTTGAAACCTTTATCGGAGTTTTCATTGCGATTCTAGTT
-AATTATGATGTGAATGTTATAAAAAAACGTTTTCAGGATAAATGA
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-TTGACAGATTTAACTGCTCGTCAAATTCGTTACTATGAAGATCAAGGCTTGATTAAGCCC
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-CGTTCGTCGTAA
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-ATCTATACGAATTTCTTGGAAGCTAAGAAAATCGAATGGGCAAGCTACGCAACCTACGTT
-TCTCAATGGGAAATCGACAACTATTTGGATATGTATTAA
->Streptococcus_suis|ORF234 length 560 aa, 1683 bp, from complement(148845..150527) of Streptococcus_suis
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-AAAATCGTCTGTACCGGTGACTTCAAGTTCGACTTCACTCCTGTTGGTGAGCCAGCAGAC
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF235 length 302 aa, 909 bp, from 149316..150224 of Streptococcus_suis
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-CTCGATGAAGGTATCCTTAGGCACCTTGATGTAGCCGAGCTCGATACCGTTAACAATGGC
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->Streptococcus_suis|ORF236 length 241 aa, 726 bp, from 151323..152048 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF237 length 174 aa, 525 bp, from 151961..152485 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF238 length 158 aa, 477 bp, from complement(152153..152629) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF239 length 339 aa, 1020 bp, from 152463..153482 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF240 length 301 aa, 906 bp, from complement(153519..154424) of Streptococcus_suis
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-AAATAA
->Streptococcus_suis|ORF241 length 487 aa, 1464 bp, from 154381..155844 of Streptococcus_suis
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-GCTGAATTAGCAACTGAAAAATAG
->Streptococcus_suis|ORF242 length 103 aa, 312 bp, from complement(155723..156034) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF243 length 322 aa, 969 bp, from 155838..156806 of Streptococcus_suis
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-ATGATGGAGGATGTTCGTAGTCCTGCCTATGATAAGACAGTATCTCTGGTTTATCTGTTT
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-TACCGTTAA
->Streptococcus_suis|ORF244 length 290 aa, 873 bp, from 156775..157647 of Streptococcus_suis
-AGGTACAGAAAAAATGGGTGCATTACCGTTAAGGAGGTTCATGTGAAACAATCAGCTTTT
-AAATCAACAATCTGGATGCATGCCTTCTTGATTTTAGTGGCAATGGGCATGCTGATCCCA
-TTTGTTTGGATGGTGTTGACGTCTTTTAAAACGGTAACCGAATCCACTCAGATGAATCCT
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-AATTTTCCGATACTCTATCTGAACACCATTTTGATGATGTTATGGCGTATCTTTAGCTCG
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-CAAGGGATTGCGACATCTGGTGGAAAATTATAG
->Streptococcus_suis|ORF245 length 103 aa, 312 bp, from complement(157642..157953) of Streptococcus_suis
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-AATAAACTCATTGTAAAGATGGAATTCCTTTGTCTTTTCATGAAAGATAATTCCCATTGT
-AGCCTCCTATAA
->Streptococcus_suis|ORF246 length 736 aa, 2211 bp, from 157648..159858 of Streptococcus_suis
-GAGGCTACAATGGGAATTATCTTTCATGAAAAGACAAAGGAATTCCATCTTTACAATGAG
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-GGGGCTTGGGGGCGTGAGCGGCATCTGCAACTATCGCCTCTTCATCAAGGTTGTCAGTCT
-ATTTACAGTCTCAAAGGGGCTAGTAGTGCGGAGCACAATCCCTTTATGGCTTTGAAACGC
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-CCTGAGCGTTTTTCTTGGACATTAGATAAGGGAGAAGAGTTCCAGACGCCTGAGGTTGTT
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-AAACATCTGGTACGTGGCTATTGGCGTGATAGAGAACGACCTGTTCTCTTGAATAACTGG
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-GGTCTTGGTGTTGAACTCTTTGTCATGGATGATGGTTGGTTTGGCAAGCGAAACCATGAC
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->Streptococcus_suis|ORF266 length 237 aa, 714 bp, from complement(168185..168898) of Streptococcus_suis
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-TACAATAAAGGCATGAATACAGTAGATACCATTATTATCGGAGCGGGGCCTGCTGGCATG
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-GTCCTGACCGACTTCCCCCACAAGAAGCTCCAAGGAATTTCCCTGGACGACGTCACCCTG
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-TTGCCGACCCATTCTGACCAAGACCTGTTTGAACATTTAGAAAAGAACAGGGAAAAATCC
-GTTAAGAATACCCTTTCTGAACTCATGCCAGACCGTCTAGCAGACTTTTTCGCTGAAAAC
-TACGATAGCAAGGTCAAGCAAGTTTCCCAAAAAGACCTGACTGAACTGGTCACCCTCCTC
-AAAGTCTTACCTATCAAGATTACAGGCAAGATGTCCCTGGCCAAGTCCTTTGTGACCAAG
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-GAGGCCCTGAAGTGGAGGATCCCCACAAAAAACCTTCTGGAAAACGATACTCTCTTTGCT
-CAGTTACCATTCTTCTACCTACTTTCTTTCATGCTACAGACGGAGTTGTTAGAACCTGGT
-TTCACAATGCAGTTTCCACAAAATTACTTTGCTTGTACATACAGGCTCCTGATAAAAACT
-AATTTCCCTTAG
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-TTGTGGGGATCCTCCACTTCAGGGCCTCAAAGTGAAGGAAGTGTAGCTGGTGATGGAAAG
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-GAAACATGTCATAGTATTTTTCGCACCTCTATACAGTGGTCACGTCTGATTCCGGAAGGG
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-AAAATCAATCCCCATAGAGGCTGGGAAATTTACGAAGAAGGGCTGTACGATATTGCTAAA
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-GAAGGGGAGGGTGTTTTTGAAGAAAATGGCATGATTCAGGATGACTATCGGATTCACTTC
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-GGTTTGGTCTCGCTTGACCTTCAAACTCAGAAGCGTACTGTCAAAAAATCTGGATATTGG
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-AATACCTCGATGGAGCTGAATCAAATGGTCTTCCATGAAGTGAATCCGATAGTCATCCTG
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-GAAATATTGGGATAG
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-CTTTATACCTTTATCCGAAAAGAATTTGTATCAAACGTTCACTACCAAGAATTATTGAGT
-GTGAGCCGTAACACAACATTGACGGATATTAAGAATGTAAAGGAACTTTGCTTGGACTTT
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->Streptococcus_suis|ORF274 length 452 aa, 1359 bp, from 175354..176712 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF275 length 100 aa, 303 bp, from complement(175557..175859) of Streptococcus_suis
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-TGA
->Streptococcus_suis|ORF276 length 141 aa, 426 bp, from complement(176292..176717) of Streptococcus_suis
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-GCATAA
->Streptococcus_suis|ORF277 length 290 aa, 873 bp, from 176690..177562 of Streptococcus_suis
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-GTTTTAGCGAGAGAGTTGGAGGTGACGGAATGA
->Streptococcus_suis|ORF278 length 148 aa, 447 bp, from complement(176913..177359) of Streptococcus_suis
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-AAAGTGCTGGACCTGCATGTCCCTTAG
->Streptococcus_suis|ORF279 length 349 aa, 1050 bp, from 177436..178485 of Streptococcus_suis
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-TCAATTACGGGAAGATTTAGAGCAAGTAACACTTGTTTTAGCGAGAGAGTTGGAGGTGAC
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-GTAGGGGTAGCAGCTGGATTATCTCTTCTAGGATACAAGCCATACATTCATACCTTCGGA
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-AATGCCACGATTGTAGGGTCGGATGCGGGGGTATCAGCGGAGATGAATGGTGGGACTCAC
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-AGTGACGATGTCCTGTTTCAAGCTGTTCTTAAAGAAACCATCAAGGTAGACGGGTTGAAG
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->Streptococcus_suis|ORF280 length 599 aa, 1800 bp, from 178637..180436 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF281 length 100 aa, 303 bp, from 179269..179571 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF282 length 107 aa, 324 bp, from complement(180480..180803) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF283 length 100 aa, 303 bp, from 180513..180815 of Streptococcus_suis
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF284 length 402 aa, 1209 bp, from 181007..182215 of Streptococcus_suis
-GAAAAACTGGTTATAACCAGAAATCACGGAGGAGGAGCTATGTTCCGTTTAGCAAAAGAA
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-GATTTTGAGCGAGTGATTTACCTCGGTTCAGGTGGTTTCTATGGTCTTGCCCACGAAGCT
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-ATCCTCTTTGCCCAAACGGTATCTATTATGGCAGCCATTAAGTGCAACAACTTGCCAGAT
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-GAAAAATAG
->Streptococcus_suis|ORF285 length 566 aa, 1701 bp, from 182330..184030 of Streptococcus_suis
-TTAGGACTTATAGAAATGGAAACTGCAAATAAAAAATTCAGATATAGTATTCGTAAATTT
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-CCGGCACCGAAAGAGGACGAAGTTCCGGCACCAATGCCAGATGCTCCAGCGCCGAAAGCA
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-AAAGTATCTGTTTATCAAGATGTCATAGTTGATGGTAAAGTTGTCGCAACCAACCTATTA
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-TAA
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-ACTCCTCAGTCATTCTACAATATTGTATAA
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-ATTCGGCAATTATTGACCCATACTAGTGGTATTGATCCCTTTATTCCAAATAGGGATAGT
-CTGGATGCCGACCAGCTCAAGGAAGCGATTTTGAAGATTGCTGTAACGGATAAGAAAGCT
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-GACTAA
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->Streptococcus_suis|ORF299 length 109 aa, 330 bp, from 190685..191014 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF300 length 363 aa, 1092 bp, from 191477..192568 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF302 length 104 aa, 315 bp, from complement(191913..192227) of Streptococcus_suis
-AAATCCCCCTCGCTTTCCGATAAAGGTCGAAGCCAAAACGCCCAAATCTATCTATCAAAA
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->Streptococcus_suis|ORF303 length 144 aa, 435 bp, from 192596..193030 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF304 length 211 aa, 636 bp, from 193260..193895 of Streptococcus_suis
-GGTATCAATATGAAAATTGCTATTATTGCAGCGAATGGTCAAGCAGGTCAAACTATTGCA
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-ACCTCTATCGTCAGGCGACAGCGGTCAACTGGACCTATATCAGCCCAGCAGCAGATTTTG
-ATGCAGAAGGTCAAAAATCAGGTGCCTACACTTTGGCTGGCGAGGTTTTCCAAGTCAATG
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-AAAGATAGCTCCATCGAGGAATTATCTTTTTATTTTTTACTTGCATATAGTATAATAATA
-TAA
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->Streptococcus_suis|ORF308 length 402 aa, 1209 bp, from complement(195886..197094) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF309 length 462 aa, 1389 bp, from 197218..198606 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF310 length 111 aa, 336 bp, from complement(197775..198110) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF312 length 104 aa, 315 bp, from complement(200300..200614) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF313 length 1241 aa, 3726 bp, from 200608..204333 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF314 length 106 aa, 321 bp, from complement(203739..204059) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF315 length 256 aa, 771 bp, from 204343..205113 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF316 length 279 aa, 840 bp, from 205255..206094 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF317 length 121 aa, 366 bp, from complement(205758..206123) of Streptococcus_suis
-AACATCTTCAATTTTGACCTTAATTTTTTTTACTTCTGTTGCCATCCAGTTAACTTCCTT
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->Streptococcus_suis|ORF318 length 268 aa, 807 bp, from 206055..206861 of Streptococcus_suis
-TTTGATAGAAAGGAAGTTAACTGGATGGCAACAGAAGTAAAAAAAATTAAGGTCAAAATT
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->Streptococcus_suis|ORF319 length 346 aa, 1041 bp, from 206891..207931 of Streptococcus_suis
-GAGGGTAAAATGGCTAAATATATGAAATATAAAAACTTCATTTGGTTTATTTGCAGCATA
-ATCACTCTGATTTTTCTTTCTTCGTGTAGTTCTATTCAAACCTCCTCTAGTGGCCATTCA
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->Streptococcus_suis|ORF320 length 100 aa, 303 bp, from complement(207250..207552) of Streptococcus_suis
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-TGA
->Streptococcus_suis|ORF321 length 270 aa, 813 bp, from 208022..208834 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF329 length 303 aa, 912 bp, from complement(214494..215405) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF332 length 333 aa, 1002 bp, from 215451..216452 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF333 length 101 aa, 306 bp, from complement(216066..216371) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF334 length 347 aa, 1044 bp, from 216789..217832 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF335 length 560 aa, 1683 bp, from complement(218246..219928) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF336 length 120 aa, 363 bp, from 218906..219268 of Streptococcus_suis
-GGCACGAGGTTGGTCGTGGTTGTTGTAGAAAAGGGCGTTCCAGCCATTTCCGACGGACAT
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF337 length 668 aa, 2007 bp, from complement(219952..221958) of Streptococcus_suis
-AAGGAAAAATATATGGGAAAATTTGAAAAAGAAGCCAAACAGCTCCTAGAAGCTATTGGC
-GGAAAAGAGAATGTCAATGCAGTAACACACTGTGCAACGCGCATGCGCTTTGTTCTTGCA
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->Streptococcus_suis|ORF338 length 115 aa, 348 bp, from 219991..220338 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF340 length 112 aa, 339 bp, from 220660..220998 of Streptococcus_suis
-ACCAATCATAGCAGCTACAAATGGGTAAATGTATTTTACGTTGACACCAAAGAGGGCTGG
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-TTCACCTGGCAACCAGAGGAAGTGATTGACACCATTCCAGAAAGGAGAAACCTGAACGAT
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-ACTGAGCATGATAATTTATTCATGGAAGAGATTGAGCGTATTGCACAGGAAAAATACCAA
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-GAGGACAAGGTATGA
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-TACAGTCGTGGTCTAGTTCTACAGGCCTTCTATAGCATGGGAAGTATTATTGCCCTGGTG
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->Streptococcus_suis|ORF350 length 537 aa, 1614 bp, from 227673..229286 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF351 length 316 aa, 951 bp, from 229314..230264 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF352 length 292 aa, 879 bp, from 230382..231260 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF353 length 676 aa, 2031 bp, from 231399..233429 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF354 length 665 aa, 1998 bp, from 233437..235434 of Streptococcus_suis
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-ATTTTGAAAGGAGCCTAG
->Streptococcus_suis|ORF355 length 145 aa, 438 bp, from 233970..234407 of Streptococcus_suis
-TGTAAGGCAGTTGCGTACAGCAGGTATCCGTTTGATTGCAGGGGATTCGCGCTGGCATTT
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->Streptococcus_suis|ORF356 length 214 aa, 645 bp, from 235424..236068 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF357 length 450 aa, 1353 bp, from 236474..237826 of Streptococcus_suis
-AAACGCTTAGGAGGAACTATGTTAGAACTATTTAAGGCTATCAACAATCTTGTTTGGGGA
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-GAACAGGGCTTGATTTCTATGACGGGTACCTTTATTGATACACTTATCATCTGTACCTTA
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->Streptococcus_suis|ORF373 length 354 aa, 1065 bp, from complement(250324..251388) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF381 length 315 aa, 948 bp, from 254696..255643 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF384 length 104 aa, 315 bp, from complement(256639..256953) of Streptococcus_suis
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-ACCTACACCTTTTGA
->Streptococcus_suis|ORF385 length 205 aa, 618 bp, from 257407..258024 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF386 length 779 aa, 2340 bp, from 258272..260611 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF387 length 108 aa, 327 bp, from complement(258379..258705) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF388 length 256 aa, 771 bp, from complement(259186..259956) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF389 length 240 aa, 723 bp, from 259266..259988 of Streptococcus_suis
-GTGCACGTGAGATTACCCTTGAGAAAGAAAAAACTCTACCACCTAAGGAGAATCCAAAAC
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF390 length 191 aa, 576 bp, from complement(259895..260470) of Streptococcus_suis
-AGCCTTAGATTCAGGCTTCATACCCTCTGTCCGTGGCATTTGAGCTTTCTCTGCTTCTGG
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->Streptococcus_suis|ORF391 length 156 aa, 471 bp, from complement(259957..260427) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF392 length 107 aa, 324 bp, from complement(260428..260751) of Streptococcus_suis
-AGGGTATCTAATATTTATCTATTTTGTTATTTTCTAAGAATATTTAACAAAAAGACTCCA
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->Streptococcus_suis|ORF393 length 249 aa, 750 bp, from 261016..261765 of Streptococcus_suis
-ATTGAAGTAAATAGAGTAAAGGAGCACATTATGAGCAAACAAAAAGTTGTGACAAATCTA
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-AGTGAGGCAAATTCTGGCGGGCAGCCGTATCGCTTTTTTAGTAGAGAAAAAAATGCTAAT
-AATGATGAGCGTAGTTTTGAAAGTCAGTGA
->Streptococcus_suis|ORF394 length 439 aa, 1320 bp, from 261766..263085 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF410 length 107 aa, 324 bp, from complement(272573..272896) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF411 length 205 aa, 618 bp, from complement(272977..273594) of Streptococcus_suis
-ACCAGCATAACTGGAATAGCAATGGTCACCACCTGTCCCAAGACCGCAAAGCAAACCGCA
-ACCGCAATCCGTGGCAAGAGGTGCTTCATGGACTGCAAGAGTCTCGGAATCAGCACTCGT
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-CAGGCAACTATGCCACGCTTTATCAGACTAGCTTGGCTTACGGTCAACTGGTCGATCAAC
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->Streptococcus_suis|ORF473 length 152 aa, 459 bp, from 307350..307808 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF490 length 582 aa, 1749 bp, from 322623..324371 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF491 length 297 aa, 894 bp, from 324960..325853 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF511 length 102 aa, 309 bp, from complement(342377..342685) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF563 length 115 aa, 348 bp, from complement(383917..384264) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF565 length 312 aa, 939 bp, from 385379..386317 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF576 length 112 aa, 339 bp, from complement(393428..393766) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF583 length 391 aa, 1176 bp, from 397805..398980 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF585 length 111 aa, 336 bp, from complement(399847..400182) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF600 length 277 aa, 834 bp, from 409066..409899 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF602 length 120 aa, 363 bp, from complement(410593..410955) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF603 length 182 aa, 549 bp, from complement(410964..411512) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF604 length 261 aa, 786 bp, from 412224..413009 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF605 length 364 aa, 1095 bp, from 412928..414022 of Streptococcus_suis
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-AACATTACTCAATTAGTTGGAAAAACACCTGTTATTAAACTCAATAATATCGTTCCAGAG
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->Streptococcus_suis|ORF624 length 122 aa, 369 bp, from 430318..430686 of Streptococcus_suis
-AAAAGAAAATCCTGTTTTACAGGCTTTTTTCTTATTGTAAAGGAGGGGCTTATGGCCTTT
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->Streptococcus_suis|ORF625 length 255 aa, 768 bp, from 430750..431517 of Streptococcus_suis
-ATTTGTAAGCTTATGTGGGTTAGAAAGGAGGAGTCTATGGTTAGTCAAACTGTTGAAAAA
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->Streptococcus_suis|ORF627 length 597 aa, 1794 bp, from 432553..434346 of Streptococcus_suis
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-ATCACTGGTTTAATCATGGGGAACATGGAAGTTGGCTTGCTAATTGGTGCAAGTTTGCAG
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->Streptococcus_suis|ORF638 length 238 aa, 717 bp, from 439501..440217 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF639 length 897 aa, 2694 bp, from 440290..442983 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF643 length 238 aa, 717 bp, from complement(441973..442689) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF644 length 930 aa, 2793 bp, from 443052..445844 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF645 length 275 aa, 828 bp, from 446050..446877 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF646 length 908 aa, 2727 bp, from 446954..449680 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF652 length 334 aa, 1005 bp, from 452830..453834 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF653 length 102 aa, 309 bp, from complement(452920..453228) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF654 length 628 aa, 1887 bp, from 453928..455814 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF655 length 120 aa, 363 bp, from complement(454108..454470) of Streptococcus_suis
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-TGA
->Streptococcus_suis|ORF656 length 136 aa, 411 bp, from complement(455430..455840) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF657 length 203 aa, 612 bp, from 457019..457630 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF658 length 162 aa, 489 bp, from complement(457271..457759) of Streptococcus_suis
-GTCGTTGCAAATACTACGAGGAAAGCAATGATATTCACGAGCTTCTTGTACTTTCGTCGC
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-CTTTACTGA
->Streptococcus_suis|ORF659 length 118 aa, 357 bp, from 457278..457634 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF660 length 1608 aa, 4827 bp, from 457812..462638 of Streptococcus_suis
-ACTGCTGGGATTGAAGTGCAAGAAACACCAGTAACAACGGAAATTAGTAAATTAACAGAA
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-AGTATGAGATTGGATAAATTGATTTCGGTCGCATTTAATCTTTCAAGGGCAACTGCAAAC
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-TTATTGGAATGA
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-CAACCAAATGGGCTCCTTGAAGAATTTGGTATCAACGTTACCGAAATTGCCCGTCGTGGG
-GATATTGATCCAGTAATCGGTCGCGATCAAGAAATTACCCGTGTCATCGAAATTCTCAAC
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF697 length 205 aa, 618 bp, from 486832..487449 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF698 length 129 aa, 390 bp, from 487465..487854 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF699 length 129 aa, 390 bp, from complement(487855..488244) of Streptococcus_suis
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-CTGGGGAAATCCGTGGCACTTTCTTCGTTGTCAAGGGTAACTATTTATAGGGGAGAAAAT
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->Streptococcus_suis|ORF718 length 104 aa, 315 bp, from complement(501466..501780) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF720 length 304 aa, 915 bp, from 501875..502789 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF721 length 102 aa, 309 bp, from 503103..503411 of Streptococcus_suis
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-TTGGCACGTCGCTTGCCTTCATCAGTTAACCAACCTAAAGACTATGCGTCTATCGATGCT
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-GACCGTGGTACTGTTCGTGTCAACGACGAAATCGAAATCGTTGGTCTTCAAGAAGAAAAA
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->Streptococcus_suis|ORF738 length 123 aa, 372 bp, from complement(514351..514722) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF739 length 111 aa, 336 bp, from 514662..514997 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF741 length 268 aa, 807 bp, from 515288..516094 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF752 length 134 aa, 405 bp, from complement(523824..524228) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF757 length 161 aa, 486 bp, from complement(528704..529189) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF758 length 161 aa, 486 bp, from complement(528795..529280) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF766 length 131 aa, 396 bp, from complement(536552..536947) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF771 length 109 aa, 330 bp, from complement(539869..540198) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF772 length 100 aa, 303 bp, from complement(541187..541489) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF775 length 859 aa, 2580 bp, from 543204..545783 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF776 length 104 aa, 315 bp, from complement(545141..545455) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF777 length 119 aa, 360 bp, from complement(545850..546209) of Streptococcus_suis
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-TAG
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->Streptococcus_suis|ORF796 length 101 aa, 306 bp, from 557969..558274 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF797 length 123 aa, 372 bp, from complement(558233..558604) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF799 length 386 aa, 1161 bp, from 559060..560220 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF800 length 482 aa, 1449 bp, from 560531..561979 of Streptococcus_suis
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-ATACCACGTAGAATGCAATATTGTTTTGAAAAACCTGTTTGGCATCATTCTGATGGTAAA
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-GTAATAAAATATAACGAACTATCCAGAGAAACAGTAGCAGAACGCGTGATGAAAACGGGA
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-CACCAAATTAAATTTCTCAAAGTTAATTATAGATTAATTATAACTCCAGATTTTGCTAAG
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-AGAATTTATCTATATATTCAGAGAAACGGTATTGCAAACACTATTATAAAAATCAAGTCG
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-TTATTTACTATCGGAATATGTCAGCAAATTCTTCCTATAACAACTAAAATATATTTATCA
-ATTTCAATGATGATTATTTCAGTTTTAGCAACGTTGCCAATAAGTTTGATAAAAGATATT
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-GGTTTTAATGGAGGATTGACGCATAAGAACTTTTTTGGAATAACTATTTTAATGGGGTTC
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-GGATTAGAATTGTTTTTGATTCTTATTTCAAACACACGCTCAGTTTATTTAATACTATTG
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->Streptococcus_suis|ORF802 length 333 aa, 1002 bp, from 563382..564383 of Streptococcus_suis
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-ACTTTTGATGGAAATTATCAAGAATCTGAGCTGCAAAAGTGTCAAATTGATTTGGAAGAG
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->Streptococcus_suis|ORF803 length 340 aa, 1023 bp, from 564358..565380 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF804 length 119 aa, 360 bp, from complement(565264..565623) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF805 length 116 aa, 351 bp, from 565381..565731 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF806 length 152 aa, 459 bp, from 565981..566439 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF807 length 104 aa, 315 bp, from 566013..566327 of Streptococcus_suis
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-TGCTTCTTATCATATCTACTTGACCCAGATGCTGTATTTTTCAGTAGTCGCACCATTTTT
-AGCAGTGCAATTTAA
->Streptococcus_suis|ORF808 length 331 aa, 996 bp, from 567199..568194 of Streptococcus_suis
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-ATCCTGATTTCCTTGTTAAAGATGGACGTTGAGAGAGATAGTTTGATGTCCGTTGATATC
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-TCAAAAAATGATATTTTGCGTGAGGGGATAGAATAG
->Streptococcus_suis|ORF809 length 185 aa, 558 bp, from complement(567680..568237) of Streptococcus_suis
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-AACAATTTAAAAAATCTAAAGCAGACGAACTATAGGTCATACCGATATCAAAACGGATAC
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-CCAGAAATGAATAATCAACCCCATCTCGTGGGTGCGGTTTTATGTAGATTGTATAGTCTT
-CCCGATAAGGGGCAAGACCTGCTACATAAATCTCCAACAACTCCTCTTCGGTCACATGAT
-AATCCCAAGACAAGGGCTGGGTCAATAATAGCAATCGTTTTTGAGAAGACTCTTCATCCG
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-GATCAAATAATTGCTTTCTCGGAACTTCTACAAAGGGTTTATAAGCCTCGTCAAATTGTA
-CGAGCGACAGATCATTGA
->Streptococcus_suis|ORF810 length 475 aa, 1428 bp, from 568182..569609 of Streptococcus_suis
-GGGGATAGAATAGGAGGATTCATGTCTAAAAAATCAATAGTTGTCTCAGGTCTCGTCTAT
-ACGATTGGAACCATCCTCGTTCAGGGATTAGCCTTCATTACCCTCCCCATCTATACTCGT
-GTCATTTCTCAGGAAGTATATGGGCAGTTTAGCTTGTATAATTCGTGGGTGGGGCTAGTT
-GGTCTCTTTATCGGTCTACAGTTAGGTGGGGCTTTTGGCCCGGGATGGGTACACTTCCGC
-GAGAAATTTGATGATTTCGTATCCACCTTGATGGTCTCTTCTATCGCTTTCTTTTTACCA
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-TATAAGAAGATTGGGCTTCATTTTCGAAAGGACTATCTTCGGTATGGTTTAAGTATATCG
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-TCTATCTTACAAATTGTGTTTTCGAGCTTGAATACGGTATGGTGTCCGTGGTATTTTGAG
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->Streptococcus_suis|ORF811 length 342 aa, 1029 bp, from 570120..571148 of Streptococcus_suis
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-CATCTAGCACGGAAAATGGTAGAAGTTGCCGTTGATTGTGGTGTGGATGCCGTTAAATTT
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-ATTACAACAGGAGAGTCAGATTCTCAGCTCGAAATGACTCGTCGTTTGGAATTGAGCTTT
-GAAGAGTATCTTGATTTGCGTGATTACTGTCTTGAAAAGGGAGTTGATGTGTTTTCGACA
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-CAAATGTAA
->Streptococcus_suis|ORF812 length 101 aa, 306 bp, from complement(570833..571138) of Streptococcus_suis
-TTTTCAAAAGCACTATGGCAAATATTTTGGTCTTCCTCAAAATCCTGCTCACTCACCTGC
-CCCAAGACTTTGTACCATTCCATTGGCGAAATTCCATTTCCTGGTCTTTTGACAGTGATG
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-GCTACAATTTTATTTCGTACTTCAACTTCTTCTGGCTCTTTTTCAAATTTACCAAGAGAT
-TGTTCCACTATCCTCACTCCTTTTACCAAGGCTGCTAAGATATCAGGAGTAGCACTCGCT
-TTATGA
->Streptococcus_suis|ORF813 length 114 aa, 345 bp, from complement(570861..571205) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF814 length 385 aa, 1158 bp, from 571136..572293 of Streptococcus_suis
-AAATCAAATGTAAGCGGAGTAAGGATGAAAAAAATTTGTTTTGTGACAGGCTCTCGTGCC
-GAATATGGGATTATGCGTCGCTTATTGAGCTATCTACAGGATGATCCAGAAATGGAGCTG
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-ACGGATGAATTTAGAAATCGTGTCATTCAACTAGGAGAAAATCCCAACCATGTACTGAAC
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-ACCTTGGAGGATAACACAGCCGAAGAACAAACGCAGGCCTTATTAGATGCTCTAAAAGAA
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-ACTCGTTATTACCATTCCTTGGTCAAGCATTCACAAGGTTTAATAGGGAATTCTTCGTCA
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-GGTTTGGGGCAATTACGTGATGTGATAGATTTTACCAATCCATTTGAACAACCTGATTCT
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-GAGTTTTATGATAGATAG
->Streptococcus_suis|ORF815 length 219 aa, 660 bp, from 572274..572933 of Streptococcus_suis
-AAGAGTTTTATGATAGATAGGGGAGAAAGTTTGATGAAAAAAGTAGCCTTTCTAGGAGCG
-GGTACCTTTTCAGATGGTGTCCTTCCTTGGTTGGATAGAAGTCGATATGAACTCATTGGA
-TATTTTGAAGATAAACCGATCAGTGACTATCGTGGCTATCCTGTATTTGGTCCCTTGCAA
-GATGTCCTAACCTATTTGGATGATGGAAAAGTAGATGCTGTCTTCGTCACTATAGGTGAC
-AATGTCAAGCGCAAGGAAATCTTTGACTTGCTTGCCAAAGATCATTATGATGCTTTGTTC
-AACATCATTAGCGAGCAAGCCAATATTTTTTCCCCAGATAGTATCAAGGGACGAGGGGTT
-TTCATAGGTTTTTCAAGTTTTGTAGGAGCCGATTCCTATGTCTATGACAATTGTATCATC
-AATACGGGTGCCATTGTGGAACATCATACCACGGTGGAGGCCCATTGTAACATTACTCCA
-GGAGTGACCATAAATGGCTTGTGCCGTATCGGAGAAGGCACTTATATTGGAAGTGGTTCA
-ACAGTGATTCAATGTATCGAGATTGCACCTTATACAACATTGGGGGCAGGGACAGTTGTT
-TTGAAATCGTTGACGGAGTCAGGGACCTATGTTGGTGTACCTGCTAGAAAGATTAAATAG
->Streptococcus_suis|ORF816 length 414 aa, 1245 bp, from 572930..574174 of Streptococcus_suis
-ATAGGTGAATTGATGGAACCAATTTGTCTGATTCCTGCTCGGTCAGGATCAAAAGGTTTA
-CCAAATAAAAACATGTTATTTTTAGATGGTGTACCGATGATTTTCCATACCATTCGAGCT
-GCGATTGAGTCTGGATGTTTTAAGAAAGAAAATATATATGTCAGTACTGATTCAGAGGTT
-TACAAGGAAATTTGTGAAACAACTGGGGTTCAAGTCCTCATGCGTCCAGCTGACTTGGCG
-ACAGATTTTACAACCTCTTTTCAACTGAACGAACATTTTTTACAAGATTTTTCTGATGAC
-CAAGTATTTGTTCTCCTGCAAGTTACGTCCCCATTAAGATCGGGAAAACATGTCAAGGAG
-GCGATGGAGTTATATGGGAAAGGTCAAGCTGACCACGTTGTTAGCTTTACCAAAGTCGAT
-AAGTCTCCAACATTGTTTTCAACTTTAGACGAAAACGGATTCGCTAAGGATATTGCAGGA
-TTAGGTGGCAGTTATCGTCGTCAAGATGAGAAAACACTCTACTATCCTAATGGAGCGATT
-TATATTTCTTCTAAGCAGGCTTATTTAGCGGATAAAACTTATTTTTCTGAAAAAACAGCG
-GCCTATGTGATGACGAAGGAAGATTCGATTGATGTAGATGATCACTTTGATTTTACTGGT
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-AAAAGAGAGTTAAAGCGTTTATGTGAGCAACGAGTCCATGATAGTCTTGTGATTGGCGAT
-AGTCGTCTGTTAGCCTTGTTACTGGATGGTTTCGATAATATCAGCATCGGTGGGATGACA
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-CTTTCTCTTGGTGTGAATGATTTGATTACTGACTATCCCTTGCATATGATTGAGGATACT
-ATTCGCCAGCTGATGGAAAGTCTTGTTTCCAAAGCAGAGCAGGTTTTTGTGACGACGATT
-GCCTACACGCTGTTTCGTGATAGCGTTTCAAATGAAGAAATTGTGCAGCTGAATGACGTT
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-AAAGAGGCGATGCTTGACTATCAGTATACCAATGATGGATTGCATTTCAATCAGATTGGA
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-TGA
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->Streptococcus_suis|ORF836 length 170 aa, 513 bp, from 585666..586178 of Streptococcus_suis
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-TTTACACGCTTTTGGATTTTGGGGGATAAGGCTCCGTCTATTGCCCTGGAACAAGTAGCT
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->Streptococcus_suis|ORF838 length 126 aa, 381 bp, from complement(586427..586807) of Streptococcus_suis
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-TTGCAAAAAAATATCCACTACTTAAATGACAAAGAAAGTCGCGAGTTGGATTATCTATTA
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->Streptococcus_suis|ORF875 length 331 aa, 996 bp, from 606540..607535 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF879 length 495 aa, 1488 bp, from 609352..610839 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF880 length 1422 aa, 4269 bp, from 611201..615469 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF900 length 106 aa, 321 bp, from 627673..627993 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF939 length 477 aa, 1434 bp, from 653875..655308 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF959 length 584 aa, 1755 bp, from complement(665911..667665) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF960 length 131 aa, 396 bp, from complement(666543..666938) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF977 length 331 aa, 996 bp, from 677089..678084 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF978 length 304 aa, 915 bp, from 677846..678760 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF979 length 136 aa, 411 bp, from complement(678272..678682) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF980 length 420 aa, 1263 bp, from 678750..680012 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF998 length 259 aa, 780 bp, from 692156..692935 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF999 length 321 aa, 966 bp, from 692958..693923 of Streptococcus_suis
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-TGTTAG
->Streptococcus_suis|ORF1000 length 104 aa, 315 bp, from complement(693149..693463) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1056 length 109 aa, 330 bp, from complement(734874..735203) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1057 length 150 aa, 453 bp, from complement(735204..735656) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1072 length 818 aa, 2457 bp, from 749361..751817 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1145 length 216 aa, 651 bp, from 798189..798839 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1146 length 181 aa, 546 bp, from 798910..799455 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1147 length 242 aa, 729 bp, from 799442..800170 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1148 length 361 aa, 1086 bp, from 800171..801256 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1149 length 266 aa, 801 bp, from 801307..802107 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1150 length 334 aa, 1005 bp, from 802011..803015 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1167 length 314 aa, 945 bp, from 812192..813136 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1168 length 172 aa, 519 bp, from 813416..813934 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1169 length 412 aa, 1239 bp, from 814120..815358 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1186 length 199 aa, 600 bp, from 827610..828209 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1188 length 271 aa, 816 bp, from 829019..829834 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1189 length 123 aa, 372 bp, from 829838..830209 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1191 length 265 aa, 798 bp, from complement(831205..832002) of Streptococcus_suis
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-ATCAGCCAGCGGATTGGTACAGCTTCTGAGGAGGAACTGAAAATAGCTAAACCTGACAAT
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-GAAGCGTATGTGTATGAGTCTGGGGAGATTCCAACTGACATTGTCCAAAAATTACCAAAG
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-GTACTGGAACAAGGTTTGCTAGAAGCCATTGTTGAATATGAACTGATTCCCCTCTTGAAA
-GAATATTGGTTTGATGAACCGACAAAAATTTATGATTGGAGTAGTAAGTTAAGGAGTGCC
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->Streptococcus_suis|ORF1194 length 444 aa, 1335 bp, from complement(835138..836472) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1195 length 424 aa, 1275 bp, from complement(836631..837905) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1196 length 175 aa, 528 bp, from complement(838379..838906) of Streptococcus_suis
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-AATTTAGAAGCTTATGACTACAATGGTGCGCTTTATTTCAGAGCTGAATCAATTCAATTA
-TTTTAA
->Streptococcus_suis|ORF1198 length 453 aa, 1362 bp, from 839429..840790 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1199 length 326 aa, 981 bp, from 841135..842115 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1200 length 284 aa, 855 bp, from 842116..842970 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1201 length 144 aa, 435 bp, from 842957..843391 of Streptococcus_suis
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-ACATTAAAAAGATAA
->Streptococcus_suis|ORF1202 length 343 aa, 1032 bp, from 843537..844568 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1203 length 548 aa, 1647 bp, from 844528..846174 of Streptococcus_suis
-TTTCAATGGTTAAAGAAGGGATGGAAGAAAATGCTTGTTAAAAAAATTGCTTTCGGAAAT
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->Streptococcus_suis|ORF1204 length 525 aa, 1578 bp, from complement(846386..847963) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1205 length 140 aa, 423 bp, from 846503..846925 of Streptococcus_suis
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-ATCTTCTGGCAGACCACCAACGTTGTGGTGAGATTTGATTGTCTCAGCAGTATCCGTTCC
-TGA
->Streptococcus_suis|ORF1206 length 107 aa, 324 bp, from 847253..847576 of Streptococcus_suis
-CAAACCGAGCAAGACTTTCTTGTCCCCAACAGTCTGGCGGATTTTTTCAATTTCTGTTTC
-GATGAAGTTTTCCATTGTCCAGTCGCCTTTGGCTCCACAGATACCAAACGCAAAGTTTTT
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->Streptococcus_suis|ORF1299 length 111 aa, 336 bp, from 914067..914402 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1300 length 118 aa, 357 bp, from 914484..914840 of Streptococcus_suis
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-GTCGGGTACATTCTAAAAAATGCCTAA
->Streptococcus_suis|ORF1369 length 134 aa, 405 bp, from complement(971837..972241) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1370 length 456 aa, 1371 bp, from 972434..973804 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1371 length 101 aa, 306 bp, from 973524..973829 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1372 length 244 aa, 735 bp, from complement(974006..974740) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1373 length 264 aa, 795 bp, from complement(974691..975485) of Streptococcus_suis
-CTACGTTTCAGGACATTTTGGATAGAAAGGAAACAAATGACATCACCTATTTTACAAGTA
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->Streptococcus_suis|ORF1374 length 270 aa, 813 bp, from complement(975461..976273) of Streptococcus_suis
-GGAGAAAAAATGGCAGATTACAACTGGAATGAACGCCATATCATTACTTTTCCAGAGGAG
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->Streptococcus_suis|ORF1375 length 305 aa, 918 bp, from complement(976289..977206) of Streptococcus_suis
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-TCCAACATTTATGAAACTCCAGCTTGGGGCAAGACCGACCAGGCTGATTTCCTCAATCTA
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-TGA
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->Streptococcus_suis|ORF1438 length 614 aa, 1845 bp, from complement(1013444..1015288) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1439 length 143 aa, 432 bp, from 1013900..1014331 of Streptococcus_suis
-TTCTTTCAGCGTATCGGCTGCTCTCTTCTTGCCAGCATTGATCATGGCACCAAAACCACC
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->Streptococcus_suis|ORF1440 length 127 aa, 384 bp, from 1014407..1014790 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1441 length 276 aa, 831 bp, from complement(1015281..1016111) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1491 length 352 aa, 1059 bp, from complement(1051195..1052253) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1492 length 430 aa, 1293 bp, from complement(1052247..1053539) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1493 length 157 aa, 474 bp, from 1052934..1053407 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1494 length 389 aa, 1170 bp, from complement(1053891..1055060) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1533 length 148 aa, 447 bp, from complement(1079057..1079503) of Streptococcus_suis
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-TGA
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-GGCTTGGCTCAACACCAAGGGCAATCCAACGATTGTATGAATCCATATCATCAGGATAGT
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->Streptococcus_suis|ORF1609 length 588 aa, 1767 bp, from complement(1136397..1138163) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1623 length 421 aa, 1266 bp, from complement(1150679..1151944) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1649 length 115 aa, 348 bp, from complement(1164169..1164516) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1650 length 104 aa, 315 bp, from complement(1164517..1164831) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1651 length 102 aa, 309 bp, from 1165520..1165828 of Streptococcus_suis
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-ATAAGGTAG
->Streptococcus_suis|ORF1652 length 252 aa, 759 bp, from complement(1167338..1168096) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1653 length 310 aa, 933 bp, from complement(1168090..1169022) of Streptococcus_suis
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-GAGGGCACTCAGAATCGGATTTTGGAAACGACCATTCGTCCACGCAAGGTGGCTAAAATC
-TTTATTACCCACCTGCACGGTGACCATATTTTTGGCTTGCCTGGTTTCCTGTCTAGCCGT
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-TCTTTTGTCTTGGCAAGTCTTAAAGTATCAGGGACACGCCTACCTTATCGCATTCATTTT
-CATGAGTTTGATGTTGATACGGTAGGTCAGGTCCTAGAAACAGACAAATTCACGGTATTC
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-GGAAAAGGCGATGAGAAGATTGCTCGCAAGCACGGGCATTCGACCAATATGGAAGCCGCT
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-ATTGTCAAAGATTTAGAGGAAATTGAGCTATGA
->Streptococcus_suis|ORF1654 length 102 aa, 309 bp, from complement(1168638..1168946) of Streptococcus_suis
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-GTCTTAAAGTATCAGGGACACGCCTACCTTATCGCATTCATTTTCATGAGTTTGATGTTG
-ATACGGTAG
->Streptococcus_suis|ORF1655 length 102 aa, 309 bp, from 1168696..1169004 of Streptococcus_suis
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-CGTACCTAA
->Streptococcus_suis|ORF1656 length 237 aa, 714 bp, from complement(1169030..1169743) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1657 length 416 aa, 1251 bp, from complement(1169643..1170893) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1658 length 118 aa, 357 bp, from 1170541..1170897 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1659 length 304 aa, 915 bp, from complement(1170886..1171800) of Streptococcus_suis
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-GGAAACAGCCGACGGAGAATCATTCGTGGACTGGAATTGAAAAAATTTGGCGAAAACTTA
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->Streptococcus_suis|ORF1660 length 172 aa, 519 bp, from 1171264..1171782 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1661 length 108 aa, 327 bp, from complement(1171767..1172093) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1662 length 398 aa, 1197 bp, from complement(1172109..1173305) of Streptococcus_suis
-AATCCGAACATTAGGAGACTTAGGAGAAAAATGAAAAAACAATCACCATTTATAATTGCA
-GGAATCGTCATGCTAGGGGTCGTGATGCGTGCCCCCTTTACAGCTTTGCCTGCTATTTTG
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->Streptococcus_suis|ORF1663 length 146 aa, 441 bp, from complement(1172131..1172571) of Streptococcus_suis
-GGCAGAAGCAGGGCTAATGGCTGGTTTCTTCAATATGACAGCTATTCCCATGTCTATGAT
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->Streptococcus_suis|ORF1664 length 109 aa, 330 bp, from 1172989..1173318 of Streptococcus_suis
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-GTTAGAATAGGTTCATCACTAAAACGAAAGAGAGACACACATATGACAACTTCAAGATTC
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-GGAACTTACGAAGCTATTGCCGAAAAATTCCTGCGTGACCAAAAATACGATCGATTCTTC
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->Streptococcus_suis|ORF1686 length 799 aa, 2400 bp, from complement(1186004..1188403) of Streptococcus_suis
-AATAAAGAGATTGAGAAAGTTGAGGTATCTATGAGAAAGACAAGTAAAAAAGGAAAGGCT
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-CGAGTATTGGGGCTTTTATTCATTGCCTTTGCAGCCAGTCGCCTAGGTGTGTTTGGAGTG
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-AAGTTGGTGGAGACGCAGGTAAAAAGAGCAGAGCTTCGAACACAGAAAAAAGCAGAACGA
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-GAGGAAGAGTCAGCTCGGGCTTTGGCACTGGTAGATAGACATGTCAATTTAGAAACGGGT
-GAAATCCTCGAAGAAGAGCCTGTTCAAGTACCGATTATTTCAGAATATGACCACTTAGAC
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-TTCAAGCCTAAGCAGAGACTAGCATATAAACTTCCGTCCATAGACTTATTTGCTCCTATA
-AAAGCTAAGAGTCAGTCCAATGAAAAACGAATTGTTCGTCAGAATATTAAAGTTTTAGAA
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-GAAGCAATAGTTGGCTTTATCAAGGATCAGGCAGATGCAGATTATGATGAATCCTTTGAT
-CCAGGTGAAGTGGCAGAAGGTGATGGCGATGCAGGTTTTGGTGATGCTGGAGGAGATCCA
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->Streptococcus_suis|ORF1687 length 114 aa, 345 bp, from 1186073..1186417 of Streptococcus_suis
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-TCAGCACCATTTTCATCTAGAATCGTCCGACTGTCTGTACCGCTTGATACGGCAAAGGCG
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-ATCTCTCCAATGCGTTACCAAAAAGACGGGAATGACTTTATCAATATCAACTCCAATATC
-TTTGTGACGGGTCATGTGGACTGGGACAAGAAAGTCTTTGTGGCAGAATCCTTCAAGGAA
-ATCGACCATGGGCATGATTTCTATGCAGCTCAAACGACTGAAGGTCCAGAAGGGGAACGT
-GTCATGATTGCCTGGATGCATACATGGGGACGTCCGCTTGTAACCAATGACCTAGGCCAT
-AAGTGGTATGGTCAAATGACCCTGCCTCGTCTACTTAAGCAAGGTGAGAATGGACTCAGG
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-CAAGGACCAAGTAAGCTCTCCCTCAAACTGGACGACAGTCTAGACTTGAAACTGGGTACT
-GACCGAGACTATCTTCAATTTGGCTATGATAAAGCCAAACAAGAAGTCTATATTGATCGT
-AGTCACCTCAAAATCCAGCAAGTTGGTGAGGAGGAATGGTCAACTGTTCGTCGAGCGGTC
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-TGCTGTTGCGACTGGATTCTGCTCGATTTTTTCAAAGTGAATACCGTCAGTCGAGAAGGC
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-TTTATCAGGAGCTAG
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-TGGATTAACAAGGAATGGTTGGACAAACTTGGACTTGATATGCCAAAAACAACAGATGAC
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-AATGGTCCTGCTCACATGGAGCAGTTGATCGCAGACGGTTATGCCTATGTGGAATCGGCC
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-AAATAA
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->Streptococcus_suis|ORF1703 length 130 aa, 393 bp, from complement(1196028..1196420) of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF1705 length 432 aa, 1299 bp, from 1196994..1198292 of Streptococcus_suis
-CCTATAATGAAAAGCAACCACACTCACATTAGAAAGACTCATATGGAACAACTAAATCTT
-ATCACAAATTTTCTCAGAATTAAAGACAAAAATATCACTATCACTGATGAATATGATATG
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->Streptococcus_suis|ORF1706 length 113 aa, 342 bp, from complement(1197618..1197959) of Streptococcus_suis
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-GAGGCCCAGACCAAAAAGCTCTTTGAGGTTGTTAAGCACCGCAACATTCCTGTTTTCACT
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->Streptococcus_suis|ORF1746 length 148 aa, 447 bp, from complement(1224421..1224867) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1781 length 795 aa, 2388 bp, from complement(1248259..1250646) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1796 length 241 aa, 726 bp, from complement(1259063..1259788) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1797 length 504 aa, 1515 bp, from complement(1260075..1261589) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1798 length 112 aa, 339 bp, from complement(1261574..1261912) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1799 length 237 aa, 714 bp, from complement(1262158..1262871) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1800 length 592 aa, 1779 bp, from complement(1262922..1264700) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1801 length 128 aa, 387 bp, from 1263312..1263698 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1802 length 578 aa, 1737 bp, from complement(1264661..1266397) of Streptococcus_suis
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF1873 length 168 aa, 507 bp, from 1310567..1311073 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1874 length 495 aa, 1488 bp, from complement(1310641..1312128) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1883 length 470 aa, 1413 bp, from complement(1314688..1316100) of Streptococcus_suis
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-TAA
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-ATCATCGATGAAAAAATAGGACAATCTCCCTACGCACTTGTCTTTCACACAAATCACGCT
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->Streptococcus_suis|ORF1946 length 385 aa, 1158 bp, from complement(1353298..1354455) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1962 length 112 aa, 339 bp, from complement(1368536..1368874) of Streptococcus_suis
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF1964 length 123 aa, 372 bp, from complement(1370020..1370391) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1978 length 688 aa, 2067 bp, from complement(1380258..1382324) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1981 length 205 aa, 618 bp, from complement(1382544..1383161) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF1985 length 238 aa, 717 bp, from complement(1386327..1387043) of Streptococcus_suis
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-TAG
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-TAG
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->Streptococcus_suis|ORF2062 length 130 aa, 393 bp, from 1438853..1439245 of Streptococcus_suis
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-CAAATGGACATCATCGCCAGTCACGCGAACTAA
->Streptococcus_suis|ORF2064 length 104 aa, 315 bp, from complement(1440407..1440721) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2065 length 120 aa, 363 bp, from 1440606..1440968 of Streptococcus_suis
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF2066 length 197 aa, 594 bp, from 1440872..1441465 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2141 length 276 aa, 831 bp, from 1498604..1499434 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2142 length 188 aa, 567 bp, from complement(1499450..1500016) of Streptococcus_suis
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-ATCTTGGCAGGACTAGTTTTGACCATTTACGACATCAAGCATCAGGAATATCCTTTTGCT
-GTCTGGCTCATTTTTACTTTTATAGCTCTGATACTCTCCCAGCTCAACTGGCTTTTCTGT
-GGCTTTTTACTCTTGGCCTATCTGACTGAAAAATGGCAAATCAATATTGGTTCTGGTGAC
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-CAGATTAGTTCCCTCCTAGGGCTTCTTGTCTTCGCCATTTTCAAACCCAAGTCTATTCCC
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-TAG
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-TGA
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-CAGATGCCCATACAAACAAATATCCGCATCAACTTCCTGGGCCCAATAATCCAACCGCTG
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-CTCGTAGGCGAAACAGGTAAGACCTCGGCAGAATTAACCCTAGAAGAAAAAAATAAGATT
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-GCAAAACAATCCTAG
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-TAA
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->Streptococcus_suis|ORF2208 length 117 aa, 354 bp, from 1536171..1536524 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2209 length 214 aa, 645 bp, from complement(1536378..1537022) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2210 length 447 aa, 1344 bp, from complement(1536919..1538262) of Streptococcus_suis
-AAGAGGAATAACATGACAAAAACCTATCATTTTATCGGAATTAAGGGATCGGGTATGAGC
-GCACTTGCTCTTATGTTGCATCAAATGGGGCATAAGGTTCAAGGTAGTGATGTAGAGAAA
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->Streptococcus_suis|ORF2247 length 146 aa, 441 bp, from 1562741..1563181 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2249 length 376 aa, 1131 bp, from complement(1564438..1565568) of Streptococcus_suis
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-ATTGAGGTTTCTAAAGACCCTCGATTCGGTAACACACACGCCTTGATTCTTTTCGAAACT
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-GGTGACCCAGTCTTCTGGTTTACTGTTCGTCCAATCCTTGGTGCTCTTGGTGCTTCACTT
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-ATCCTTGCCGTTCTTGTTCAACGTTGGGTATCTATTACTTTCGCTGTAGATCTTCCTGCT
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-GCCATGCAGAAACTGTCTGCGGATGTGAAAAACTTAGACGCTCAGCTTTTGGAAATCGAT
-GAAGAATTAAACGCCATCATCACCGTTCTTCCAAATACGCCGCACGATTCTGTTCCAGTT
-GGTGCGGATGAAGAAGAAAACGTAGAGGTTCGCCGTTGGGGAACACCTCGTGAATTCACT
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-ACGCCTTACATGGTCAACCACGACTCTATGTTTGGTACTGGTCAATATCCTAAGTTCAAG
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-GACACTGTCTACCAAGTGGTGAACCAAATTCGTAGGACTCCTAAAATCCCTGGACGACGA
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-AGCATTCCTATGGCCCATCAGATGGCGACCAACTACATGATCTTAGACGGGACACCGCAG
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->Streptococcus_suis|ORF2306 length 213 aa, 642 bp, from complement(1602232..1602873) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2307 length 318 aa, 957 bp, from 1602901..1603857 of Streptococcus_suis
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-AAAAATGATCTGCCAGTCTGGGACCCTAACATTCTTACTTGGGACGGTCTGGCGATAGTT
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-TTTAGACTGGCACTCTTGACAACAGCATTTTTGCCAGCAGTTGTAGAAGAAGTCATATTT
-CGAGGCTACTTCTTTAAGAAATTATTTGGATCACAGGTTTTGTTAGGAATAGTTGTTTCA
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-GGCAGTGGTATTATTTTGTCTCTCCTCTATTACAAGAGTAGATACTTAATCTATCCAATA
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-ACCTATTACCGTTTTCCCTCTGCTAGTCTAACGGACTCGGCTCTTGCTATTCGTTTGTAT
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-CCGTTTGAGGTTGTCCTGAAGGTTCTTCCCTTTTTGGATACCGATAACTGTCACCGGCTG
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-TGA
->Streptococcus_suis|ORF2329 length 160 aa, 483 bp, from 1612284..1612766 of Streptococcus_suis
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-TGA
->Streptococcus_suis|ORF2330 length 329 aa, 990 bp, from complement(1613050..1614039) of Streptococcus_suis
-GCAAGAAAAAAAGATGAGGGAATTATGAAGACGAAAATAACAGAATTGCTCGATATTAAG
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-TTGTCTCCTTTTGCGGATGACATTGTTGACTTGGTCATCGAAGAAGGTGTGAAAGTTGTC
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-GATGGTGCAGGTGCAGCGGCAGCCTTTATGTTGGGAGCAGAAGCGGTGCAAGTTGGAACT
-CGTTTTGTAGTAGCTACAGAGTCCAATGCCCATCAGGCTTATAAGGAAAAAGTTTTAAAA
-GCTAAGGATATTGATACAACTGTATCAGCTTCTATTGTTGGACATCCTGTGAGAGCCATC
-AAGAATAAGTTGTCATCTGCTTATGCAGCTGCAGAGAAAGATTTCTTGGCAGGTAAAATT
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-CCTCCGGCTTCCATACCTTCAGCAATAACAGCATCTACCCCTAATTTTTCCATGCGTTTA
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->Streptococcus_suis|ORF2332 length 346 aa, 1041 bp, from complement(1614472..1615512) of Streptococcus_suis
-TGCAGAGTATCAGGTAATGAAGAAAGGACTCATGAAACTCTATCACTTCTTGGAGGATTT
-GAAATGAGAAACCATGCTAAAATCAGTCAGGTGGCCCACTATCTTCCGAAGAAGATTGTG
-ACCAATGATGATTTGGCTCAACGAATGGAGACCAGTGATGAGTGGATTCGTAGCCGTACA
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-GCAACGATTACTCCAGATGCTTCAATGCCATCTACAGCAGCTATGGTTCAAGCAGCAATT
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->Streptococcus_suis|ORF2349 length 322 aa, 969 bp, from complement(1628688..1629656) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2357 length 148 aa, 447 bp, from complement(1634263..1634709) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2365 length 960 aa, 2883 bp, from complement(1636873..1639755) of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF2366 length 145 aa, 438 bp, from 1637233..1637670 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2367 length 105 aa, 318 bp, from complement(1637325..1637642) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2368 length 148 aa, 447 bp, from 1637720..1638166 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2369 length 130 aa, 393 bp, from 1637860..1638252 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2370 length 120 aa, 363 bp, from 1638403..1638765 of Streptococcus_suis
-TTGTCCGATATGAAGTCCCTGCTCGCCTCCGACTTTGACAGACAGGGCTTGGTCATTGAG
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->Streptococcus_suis|ORF2387 length 108 aa, 327 bp, from 1647861..1648187 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2391 length 134 aa, 405 bp, from 1651755..1652159 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2410 length 358 aa, 1077 bp, from complement(1664265..1665341) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2411 length 264 aa, 795 bp, from complement(1665302..1666096) of Streptococcus_suis
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-TAA
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-TAG
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-TAG
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->Streptococcus_suis|ORF2579 length 626 aa, 1881 bp, from complement(1772222..1774102) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2588 length 474 aa, 1425 bp, from complement(1777752..1779176) of Streptococcus_suis
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-TAA
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->Streptococcus_suis|ORF2604 length 107 aa, 324 bp, from 1791681..1792004 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2605 length 123 aa, 372 bp, from 1791905..1792276 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2606 length 163 aa, 492 bp, from complement(1792941..1793432) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2617 length 103 aa, 312 bp, from 1799327..1799638 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2620 length 192 aa, 579 bp, from complement(1803558..1804136) of Streptococcus_suis
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-ATTTTCATCTGTCTGCTCAAAACCAACCCACTGACTGATGACCAAATCAGGTGTGTAGGC
-AATATGCCACTGATCATTGACGAGATTGACATCAAAACTCGTTTCGGTTGTTCCTGTTTT
-CCCAGCGATATGATAATTGGCCGTATCTGCTGTCACTCCCGTACCATTGGTATAGGTACC
-AAGCATCATTGCTGTCATCTTATCTGCGACAGCACGGTCAATCACCTTGGTACTTGTTTC
-TCGATGCTCTGCTAA
->Streptococcus_suis|ORF2624 length 106 aa, 321 bp, from 1805229..1805549 of Streptococcus_suis
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-AAACTTTCTCGACATTTTCCATATCAAGTCCAAACTTTTGTCCATACTCGAAGGCTTTGT
-CAATACCCAAGGTGTTCACTATATAAGCTACTGGTAAATTGTAAGAGAGAGCCAAAGCTT
-GATACATTGGAATGGTATCAGAAGTCGAATAATCATAGTTATGCAAGGTGTAATCGCCGT
-AGGTTTCTGTATGGTTATCCAGAGCCATATCAATCGACCAGCCCGCCGCTACTGCTGGAG
-CATAGGCAACAAGAGGCTTGA
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-GTCGGTCTCTTCGCCGCCTTCTACGCCCATCTCCGTCAAGCCAAGGTCAAAATCATTGAC
-TCCCTTCCCCAACTGGGTGGCCAGCCTGCCATTCTCTATCCTGAGAAGGCCATTTTAGAC
-ATTCCAGCCTTTCCAAGCCTGACGGGACAGGAGTTGACCGACAACCTCCTTGCCCAGCTG
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-ACCATTACCCTAACAACCAACAAGGGCAACCACCAGACCAAGACCCTGATTATCGCTATG
-GGTGGCGGGGCCTTCAAGCCTCGTCCGCTGGAGATTGATGGTGCTGACAGCTTTGACAAC
-GTCCATTACCACGTGTCTAATATCCAGCAGTATGCCGACAAGGACATCGTCGTCTTGGGT
-GGTGGTGACTCTGCGGTCGACTGGTCCCTGGCCTTTGAAAAGATCGCCAAGACCACCCAG
-ATCATCCACCGCCGCGATAACTTCCGAGCCCTTGAGCACAGCGTGGAAGAGCTCAAGCAG
-TCCAGCGTGACCATTCACACACCTTTTATCCCTAAAGGGCTTTCTGGGGAAAATGGCAGA
-GCTTCTGCCATTGATTTCGATAAGGTGAAGAGCGAGGACAAGCTGACCCTGTCTTTTGAC
-CACCTCTTTGTCAACTACGGTTTCAAATCATCTGTCGGAACGCTGAAAGAATGGGGATTG
-GAACTCAATCGCCACCGCATTGTCGTCAACAGCAAGCAAGAAACCTCTGTCCCTGGTATC
-TATGCCATCGGTGACTGTTGCTTCTACGAGGGCAAGATTGACCTGATCGCGACTGGACTG
-GGCGAAGCCCCAACCGCTGTTAACAATGCCATGAACTACCTCAATCCAAACGAAAAAGTG
-CAACCCAAGCACTCAACCAGCCTATAA
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-CACCTTATCGAAATCAATGGCAGAAGCTCTGCCATTTTCCCCAGAAAGCCCTTTAGGGAT
-AAAAGGTGTGTGAATGGTCACGCTGGACTGCTTGAGCTCTTCCACGCTGTGCTCAAGGGC
-TCGGAAGTTATCGCGGCGGTGGATGATCTGGGTGGTCTTGGCGATCTTTTCAAAGGCCAG
-GGACCAGTCGACCGCAGAGTCACCACCACCCAAGACGACGATGTCCTTGTCGGCATACTG
-CTGGATATTAGACACGTGGTAATGGACGTTGTCAAAGCTGTCAGCACCATCAATCTCCAG
-CGGACGAGGCTTGAAGGCCCCGCCACCCATAGCGATAATCAGGGTCTTGGTCTGGTGGTT
-GCCCTTGTTGGTTGTTAG
->Streptococcus_suis|ORF2627 length 306 aa, 921 bp, from 1807861..1808781 of Streptococcus_suis
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-ATTGATATTCGCATTCCCCAAGCCTTTCCTCAACTGACTGTCAAGGAAGTCTTGGAAGAT
-TATTTTCTCATTCCCAGAAAAATTCGCCACTTTCTCCGCACCAAGAAACAGGTCCGTGTC
-AACGGTGAGCTGATTAACTGGCAGTGCCCGATTACCGCAGGCGACTTGTTAGAATTGACC
-TTTGACCAGGAAGATTATCCTGAAAAAAGCATTCCTCTGGGACAGGCGGACTTGGTGGAG
-GAACTCTATCAAGATGAGCACCTCATTATCGTCAACAAGCCCGAAGGCATGAAAACCCAC
-GGCAATGATCCGACAGAAATTGCCCTGCTCAACCATGTGTCTGCCTATGTGGGACAGACT
-TGCTATGTGGTCCACAGACTCGATATGGAAACCAGCGGAGCCATTCTCTTCGCCAAAAAT
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-CTAGCCCTCTGCCAAGGCCAGCTAAAAATGACTGACTGGACTATTACCGATAAGATTGGA
-CGGGACCGGCATGACCGTAGAAAGCGAGTGGTCGACAACCGCAAGGGGCAGACAGCTCTT
-ACCCAGGTCCGCCTCTTGAAGACCCTTGGTAAAAATAGTCTAGTTTCCTGTCGTCTCCAA
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-GACCCGCTTTACAGTCGAGTAGCTCCCCCTCGCCTCATGCTCCACGCCCAAAAACTCAGC
-CTGACCCACCCGCTGACTTTAGAAGAAATCAGCGTGGAGGCGCGGTCGGAGAGTTTTGAA
-AGAATAGTAAAAAAGAGCTGA
->Streptococcus_suis|ORF2628 length 103 aa, 312 bp, from complement(1808089..1808400) of Streptococcus_suis
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-ATTTTTGGCGAAGAGAATGGCTCCGCTGGTTTCCATATCGAGTCTGTGGACCACATAGCA
-AGTCTGTCCCACATAGGCAGACACATGGTTGAGCAGGGCAATTTCTGTCGGATCATTGCC
-GTGGGTTTTCATGCCTTCGGGCTTGTTGACGATAATGAGGTGCTCATCTTGATAGAGTTC
-CTCCACCAAGTCCGCCTGTCCCAGAGGAATGCTTTTTTCAGGATAATCTTCCTGGTCAAA
-GGTCAATTCTAA
->Streptococcus_suis|ORF2629 length 278 aa, 837 bp, from complement(1808808..1809644) of Streptococcus_suis
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-TATGAATCTGCCAAGTCATCTATCTCAGAGGATATTGCCATCATTAAAAAGGCTTTTGAG
-GAAAGCTCTATCGGGCATATTGAAACCATTACTGGTGCCAGTGGAGGAGTTGTTTTTACT
-CCATCGATCTCTAAGGCAGAGTCTGTCGAAATTGCACAGGCCCTTCGTGATCAGATGGCC
-GAAAGTAATCGTATCTTGCCAGGCGGTTATATCTATTCATCTGACTTGCTGTCTACACCA
-CATATTTTGAAAAATGTCGGTCGTATCATTGCAGATGCTTTCAAAGATGAGAAGATTGAT
-GCGGTCATGACAGTTGCGACTAAGGGGGTCCCTTTGGCCAATGCTGTTGCCAATGTCCTT
-AATGTACCGTTTGTGATTGTGCGTCGTGATTTGAAAATCACAGAAGGTTCAACAGTTTCT
-GTCAACTATGTGTCAGGATCTAGCGACCGTATCGAAAAGATGTTCCTGTCTAAGCGTAGT
-TTGAAGGCAGGAAGCCGTGTCTTAATCGTCGATGACTTCTTGAAAAATGGTGGCACCATC
-AATGGTATGATTAGCCTCTTGTCTGAGTTTGACTCAACCTTGGTAGGCGTGGCTGTCTTT
-GCAGAAAACCAAAAAGGGGACCGTAGCGTAGCTAACTACAAGTCTCTGCTCGCTGTGACC
-GACATCAATGTCAAGGAAAATCGCGTGGATGTTGAGTTGGGAAATATTTTTGAATAA
->Streptococcus_suis|ORF2630 length 293 aa, 882 bp, from complement(1809722..1810603) of Streptococcus_suis
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-GGTCTAGGTTTGCCTGTGGCAGAGCCACTAAGTTTTTGGGCGGATGACTTGTCAGTCTAC
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-GTTCAGGCCAACCGTCACTTGCTTGAAGGGAGACCGATTGCCTACCATCATGGAGATTTT
-CACACAGGTAACTTTCTACGGGGCCAGGATGGAAGACTGAAAATTTTAGACTTTGACCGC
-TACGACATAGGAGACCCCTGGGAAGAATTTAACCGTTTGATTTTCACGGCAGATTTGTCT
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->Streptococcus_suis|ORF2631 length 317 aa, 954 bp, from complement(1810588..1811541) of Streptococcus_suis
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-CTAATCAAGTCAGCAGAAGTCCGACAAACACGGGCTGGAAAAGACTACCTAGCTCTGACC
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-AAGGATTTTACTGCTGGAACTGTTGTTCACATGCAGGGGCGCCGTGAGGTTTACAACAAC
-ACCCCCCAGGTCAATCAACTGGTTCTTCGTTTGCCAAAGGCAGGCGAGCCCAACGACCCT
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-ATGATTTTCCGCATCGAAAATGCCACTTGGCAGCGGATCGTCCGTGCTCTCTACAGCAAG
-TACGACAAGGAATTCTATTCCTATCCAGCAGCCAAGACCAATCACCATGCCTTCTACTCA
-GGCTTGTCCTTCCATACAGCGACCATGGTACGCTTGGCAGATAAAATTGGTGACATCTAT
-CCCCAGCTCAACAAGAGCCTGCTCTTTGCAGGAATCATGCTTCATGACCTAGCCAAGGTG
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-GATGCGGAAATGATGATGATGCTATCGGCCTTGGACAAGGTCGGCCCAGGCGAGATGACC
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->Streptococcus_suis|ORF2632 length 122 aa, 369 bp, from 1811065..1811433 of Streptococcus_suis
-GTAGAAGGCATGGTGATTGGTCTTGGCTGCTGGATAGGAATAGAATTCCTTGTCGTACTT
-GCTGTAGAGAGCACGGACGATCCGCTGCCAAGTGGCATTTTCGATGCGGAAAATCATCTG
-GCTCAAATAGTCCTTGGTGTCCTTGACATCCACAGGTGGTTTTTCCTTGAAATCAGCAGG
-GTCGTTGGGCTCGCCTGCCTTTGGCAAACGAAGAACCAGTTGATTGACCTGGGGGGTGTT
-GTTGTAAACCTCACGGCGCCCCTGCATGTGAACAACAGTTCCAGCAGTAAAATCCTTGAT
-TTTCCCTGGTTGGGCATCCCAGATCTTGCCTTCAATCTCACCAGTATCATCCTGGAAGGT
-CAGAGCTAG
->Streptococcus_suis|ORF2633 length 412 aa, 1239 bp, from complement(1811519..1812757) of Streptococcus_suis
-ATGGATATTGTACTACTTATTTTGCTGATACTGGTCTTGCTTGCCTTGGTTTTTCTTTAT
-GGAAAATGGCAGAGCTTGGCCCTGCTTTTGCAAGATCAAGCCGAAGATACAGCAGACAAC
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-CACCAGGAGGTGGAAAGACTCCGCACGGAGCTTTACCAACAGCTAACCGACATCCGTCAA
-GAGCTGAATAAGAGCCACTTGGAAACGCGAGATGCCACCGACCTTCGTTTGCAGGCCATT
-CAGGAGTCCAATGAAAAACGCCTGGAAGAAATGCGGCAGACGGTTGAGGAAAAGCTGGAG
-AAAACCCTGCAAACCCGCCTACAAGCCTCCTTTGAAATGGTGTCTAAGCAGTTGGAATCA
-GTCAATCGTGGTCTGGGTGAAATGCAGACGGTGGCGCGTGATGTGGGTAGTCTTAACAAG
-GTGCTGTCTGGCACCAAAACCCGTGGCATCATGGGTGAATTGCAGCTGGGACAGATTATC
-GAGGATATTTTGACACCTAGCCAATATGAGCGAGAGTTTGCCACAGTTTCAGGCTCTAGT
-GAGCGTGTGGAGTATGCGGTCAAGCTACCAGGACGGACTGAGGGAGACTATATCTACTTG
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-GGGGATAAGGACCAGATTGACCTCCATCGCAAAAATCTCCTGGCAGCTATCAAACGTTTT
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-TTCTTGCCAACCGAAGGGCTGTATTCAGAAGTGGTCCGCAATCCCATTTTCTTTGATGAG
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-TCCCTCTCCGTCGGCTTTAAGACCCTTAACATTCAACGGTCGGCCGATGATATTTCCAAG
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-ATCGAGCGTAGTCTTCGTACCATTGACCTGTACGAAGATGACCAAACCAAGGGGCTGCTT
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->Streptococcus_suis|ORF2634 length 123 aa, 372 bp, from complement(1811833..1812204) of Streptococcus_suis
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-ATGCGGTCAAGCTACCAGGACGGACTGAGGGAGACTATATCTACTTGCCAATCGATTCCA
-AGTTTCCGCTGGCGGACTATTATCGCTTGGAAGATGCCTACGAAAGTGGGGATAAGGACC
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-AAAATATCGTAG
->Streptococcus_suis|ORF2635 length 115 aa, 348 bp, from 1812111..1812458 of Streptococcus_suis
-TCTCCCTCAGTCCGTCCTGGTAGCTTGACCGCATACTCCACACGCTCACTAGAGCCTGAA
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->Streptococcus_suis|ORF2636 length 101 aa, 306 bp, from complement(1812205..1812510) of Streptococcus_suis
-ATAAGAGCCACTTGGAAACGCGAGATGCCACCGACCTTCGTTTGCAGGCCATTCAGGAGT
-CCAATGAAAAACGCCTGGAAGAAATGCGGCAGACGGTTGAGGAAAAGCTGGAGAAAACCC
-TGCAAACCCGCCTACAAGCCTCCTTTGAAATGGTGTCTAAGCAGTTGGAATCAGTCAATC
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-TTTTGA
->Streptococcus_suis|ORF2637 length 135 aa, 408 bp, from 1812746..1813153 of Streptococcus_suis
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-TTGAATGTCTATATCCCTATCTATAAATTCGTTAGAAGCATAGCATTTTTTGAAAAAATA
-ATTGCTGGCATCCAGCGGGTACTTGGCATAACGAATGGTCAGGTGGCTTTGGTCCGACGG
-CATAAAGGAAATGTACTTCATACCAGCAATCGGCGAAATCCTATGACTGCCTGCAGGTCG
-AAAACGGACGACGTTCTGACTGTCCACCAATTCAATCTGCTCCATATAGGCTGCCAAGTC
-GGGTTCTGCAACCAGAAAGAGATTGCTCATCATGTGGTCCATGCGACCACCCAAGGCTCC
-GTATATGCGAACCTGGGCCTGCGGATAGGCCTTGAAGATTTCCTTTAA
->Streptococcus_suis|ORF2638 length 214 aa, 645 bp, from complement(1812758..1813402) of Streptococcus_suis
-GAGCTGCCCTCAATGATTAAGATTGCTGTTATTGCAGGCGGTTCCTTTGACTGCCTTCCT
-GAGCCTGCCGACCTCTATGTGGGGGTAGATGCAGGCTCTCTTCGTCTTCTGGACCATTCC
-CTGCCTCTTGACTGGGCTATCGGTGATTTTGACTCGGTGACCTCTGAGGAGCTGGGGCAG
-ATAAGGGAGATGGCAGAGCAGTTTCTGCAAGCTCCTGCTGAAAAAGATGATACAGACTTG
-GAGTTGGCTTTAAAGGAAATCTTCAAGGCCTATCCGCAGGCCCAGGTTCGCATATACGGA
-GCCTTGGGTGGTCGCATGGACCACATGATGAGCAATCTCTTTCTGGTTGCAGAACCCGAC
-TTGGCAGCCTATATGGAGCAGATTGAATTGGTGGACAGTCAGAACGTCGTCCGTTTTCGA
-CCTGCAGGCAGTCATAGGATTTCGCCGATTGCTGGTATGAAGTACATTTCCTTTATGCCG
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-TTTTTCAAAAAATGCTATGCTTCTAACGAATTTATAGATAGGGATATAGACATTCAACTG
-GATCAGGGCTATGTGGTCCTGATCTACAGTAAGGACAAGGATTAG
->Streptococcus_suis|ORF2639 length 228 aa, 687 bp, from complement(1813383..1814069) of Streptococcus_suis
-AAAATTCAAATAGAAAGTTGGTTCTCTATGTCACATTTTAAGATTGCACCGTCTATTTTG
-GCGGCAGATTATGCAAATTTTGAAAAAGAGCTCAAGCGTCTAGAAAAGACAGGTGTGGAG
-TATGTGCACATTGATGTCATGGATGGTCATTTCGTGCCAAATATCAGCTTTGGGGCGGAT
-GTGGTTGCGGCTATGCGTCCTCATAGCAAGCTGGTTTTTGATTGCCATCTCATGGTGTCC
-AATCCTGAAAATCATATTGAGACCTTTGCACGTGCAGGCGCAGATATTTTAACCATTCAT
-GCAGAAGCAACGGTTCACTTGCATGGAACCTTGCAGAAAATCCGTGCTGCTGGTATGAAG
-GTGGGTGTGGTCATCAATCCAGGTACGCCGCTTGTGACCATTGAGCCTGTGCTTAACTTG
-GTGGATCAGGTGCTTCTCATGACGGTCAACCCAGGTTTTGGTGGACAAGCCTACATTCCA
-GAGGTTGCGGATAAGATTGCAGATTTGGTCAAACTCCGTGAAGCCAAGGGCTTGGCCTTT
-GATATTGAAGTGGACGGCGGGATTGACGATAAGACTATTCATTCAGCCAAAAGTGCGGGT
-GCCAATGTCTTTGTGGCTGGCTCCTATCTCTTCAAAGGAGACTTGGATGCCAACGTTGCC
-AAATTGAGAGCTGCCCTCAATGATTAA
->Streptococcus_suis|ORF2640 length 300 aa, 903 bp, from complement(1814057..1814959) of Streptococcus_suis
-GAACAAGTACACACAAAGGAGTCTTCATTGCAAGGAAGAATTATCAAGGCCTTGGCAGGT
-TTTTACTATGTCGAGGCGGATGGACAGATTTATCAAACCAGAGCTAGAGGAAATTTTCGT
-AAGAAGGGACAAACGCCCTACGTGGGTGATTTTGTGGACTTTTCTGCGGAGGAAAACTCA
-GAAGGCTATATATTAAAGATTCATGAGCGGAAAAATAGTTTGGTTCGACCTCCTATCGTC
-AATATCGATCAGGCGGTGGTTATCATGTCGGCCAAGGAACCTGATTTTAATGCCAATCTA
-CTGGATCGTTTCCTAGTTCTCCTTGAACAGAAGGATATGGATCCCATTATCTATATCTCT
-AAGATGGACTTGGTAGAAGATCGGACGGAGATGGATGCCTTCAAGGCTATCTATGAGAAA
-ATTGGCTATCCTTTTGTCTATAGTTTGGAGGAATTGATGCCTCTTTTACAGGACAAGGTG
-ACGGTCTTTATGGGGCAGACAGGGGTTGGGAAATCGACTCTTCTCAATCGCATTGCGCCA
-GAATTAGCCTTGGAAACAGGGGCGATTTCAGATAGTCTGGGGCGTGGTCGCCATACCACT
-CGTGCGGTCAGCTTCTACAATGTCTTCGGTGGAAAAATTGCGGATACACCCGGTTTTTCA
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-GAAAGTAGCCAGGATTGCAAATTTAGGACCTGTACCCATACCCATGAGCCGGATTGTGCG
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-TAG
->Streptococcus_suis|ORF2641 length 530 aa, 1593 bp, from complement(1815829..1817421) of Streptococcus_suis
-AATGGTGGAGAAGAAATGAAAAAGAGGAATTTTTGGCTAACCTTATCTTGTATTTTTGCA
-GTAGCCCTGCTAAATGTTGGCTTTCTGTACCAATATCGCTATATTATTGATGCTATTGCA
-GCTGGAGATAGACAGGCCTTTGTGTCTTATTTTGTGCAGATGGGGTTAACTGTCCTTGTC
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-TTCCAATTGCAGGCGACCTTTATTGGGAAAATTTTTGATTTACCTTTTAGGCAGTTTGTT
-GAGCAGGGGGCAGGGGCCTATATTTCTCAGCTCAATAATGATTTGGAGACGGTGAAAGAA
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-TTGGCCCTTCTTAGCTTGGATGGTCTGACCGCTATTTTCTTGATTCTGATCTCATTCTTA
-CCAGTTGTGATTCCCTATTTGTTTAAAAAGCGGAGAAGGCTCAATCAGGAGGCGATTTCG
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-GTCTTTTATCTGACCACTCTTTCGATTATCTTTATCGGTGGTTTTCAAGTCTTTTCTGGT
-GCCTTGACCATCGGTGGCTTGACAGCTATTCTGACCATTTCAGAGCAGTTGGTGGATCCC
-ATTAATAGCATTGCGGCAGCCTTTTTGGACAGGCATGCCGTTAAGAAATTAAAGCAAGAG
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-AGTATTCAACTGGTCAAGGCTAGTTATGCTGTCGGTGAAAAACAGGTCTTTGAAGACCTG
-ACCGTAGCGTTTGAGCGTGGCAAGAAGTATTTAATTCTTGGGGAAAGTGGTTCTGGCAAA
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-GATCAAATCTCTCTTTCAGACTTATCCTACCAAGCCATTCAAGACAAGATTGCCTATCTG
-CCACAAGAGGGATCCCTTTTCCATGATACGGTTCTATATAACTTGACCATGGGACGGGAG
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-AGTCTGTCTGCCTTGGATCAGGAAACCTATGCAGTGATTGAAAATTACCTTGCCTCACTA
-GCTGATAAGACGCTCATTCATATTTCCCACCGCGTGTCCGATGAGGTCCTTAGCCGTTAT
-GATGGGGTGGTACGGATTGGGGAGAGCAATTAA
->Streptococcus_suis|ORF2642 length 424 aa, 1275 bp, from complement(1817403..1818677) of Streptococcus_suis
-ATAAATTTACGTATTTTTAAGGAGAATATGATAATGAAATTTATGCTAAATTGTGATTAC
-TACTACCATTACTTTGGTGAAGATTTGATGGTTATAGGAAAATACGGTCAATACTTATTA
-AATGAATATCAAGCGTTAGTTTTAAAACAGATAAACGAAACGGGTAGTGTAGAAAGTTTG
-ATAGGTTACTTCTCTGATATAGCGGGGGAATGTGAAACAAAAATAAAAAAGCTATTATTG
-GATACATTAAAATTATTCTTGAAGAAAGAGTTTATTGTTAAAGGAGTTTCTGTTTATCCG
-AAGCATATTTATGGTGAAGTTGGGAAATTTTACCCTAGGAAAATAGTTATAGAATTAACG
-AATAAATGTCATTTACAGTGTACACACTGTTTTAAGGAAGCTGGACCAATTAACAGGAAT
-TTTTTGAAGTATGAAGAGCTAATAAATTTTTTAGATAGGGTAAAAGGAAAGGTTTATGAA
-ATACAGTTAACGGGTGGGGAGCCGATGGCACATCCTCATTTTAAAGAGATTTCAAAATAT
-GCTACGGAGAACTTTCAAGAAGTAACAATGACAACCACTGGTCATTTAATTAATTCCAAA
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-ATTCTAAACGACCAAATTACCAATGGAAAGGATACATTAAATAAAACGATTAGAGGAATA
-AGATTTCTAAACAATGAGAATTTAGACTATTCAGTGACCAATATTGTTCGAAACAGTCTT
-ATCGACGAATTTGATAATTTTATAGAATTTTTAATACTAAACCAAGTAAAAGCGGTGAGA
-TTTGGGCTATTTAGTCATTTGGGTAGAGGTAAGTTAGTCGGATCAGATTGGTTTTTAAGT
-CCCTCTAAAGTAGAAGAATTTTATGAGATGCTTATAGAAAAAAGTAGAGAGTATGGGAGC
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-GATGGGACAATGCGTTGCGGAGCAGGTGTTATTGAATGGACAATCAATGAGAGTGGCCAT
-ATTAAGCCGTGTACATTCTTTCCGGATGGTGAGTTTTCTTCTTACTCTCTTCAAAATTTT
-GAAGAATATTCAATGCAAAATCACGAACAGAATATTGTAAGGAAAATAAATGATTGGGAA
-GGTTTGCTCCAGACGGTTGGGTTATCAACTAGAAATATTTGCGAAGAAATCTATAAAATG
-GTGGAGAAGAAATGA
->Streptococcus_suis|ORF2643 length 298 aa, 897 bp, from complement(1819013..1819909) of Streptococcus_suis
-ACAAATCCCTTATATACAAAAGGAGGTCTGGAAATGAGTTGTTTTGGGAAAACGTTGAAA
-TTTATCAGAGAGGGAAAGGGGAAGAGTTTGGCGGAGGTCGCCAAGGGACATATTTCTACT
-TCTCAACTTTCTCGGTTTGAAAATGGGGAATCCGACATTACTGTTAGTAAATTATTTGGT
-GTGCTGGCAGAAATGAATGTGGATGTGGACGAGTTCGTGTATGCCAGTCAGGATTTCAAA
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-GTAACCATAAAGAAAATCTTGTCTGAACAATTAGCAAAAGCAGAAAGAGATTCTCGTAGG
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-CATCGATTGGTAGTTTCTCAAGTTCTCCTTAGTGCTTATCTAGTCAGCGTTCAAACTAAG
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-GAAATTTTTGAACGCATTTTGTTTAAATTTGGTAAGGCTTTTTATGATTATCAAAATACC
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-AGCCAGAATATAGCAGATTGGTATGAAAGTATATTGGAAAAGATACTTATTGAGTAG
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->Streptococcus_suis|ORF2663 length 121 aa, 366 bp, from 1830970..1831335 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2664 length 115 aa, 348 bp, from 1831034..1831381 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2665 length 270 aa, 813 bp, from complement(1831238..1832050) of Streptococcus_suis
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-TTTCAAGCTCTGACACGTGTTGAAGCCTTGAAAGTAGGTCACTTCCTTTGGTTAAATCTT
-GGGGAGCCGGATCCGTTCTTTATTTTGCCGATTCTAGCTGCAGTGTTTACATTCCTCAGC
-TCATGGTTGACCAATAAATCAGCAATTGAGAAGAATATGGCTATGACAATTATGACCTAT
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->Streptococcus_suis|ORF2677 length 319 aa, 960 bp, from complement(1838042..1839001) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2681 length 318 aa, 957 bp, from 1841028..1841984 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2682 length 105 aa, 318 bp, from complement(1841648..1841965) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2683 length 462 aa, 1389 bp, from complement(1842041..1843429) of Streptococcus_suis
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-TCTGTTTAG
->Streptococcus_suis|ORF2684 length 222 aa, 669 bp, from complement(1843413..1844081) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2685 length 173 aa, 522 bp, from complement(1844077..1844598) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2761 length 371 aa, 1116 bp, from complement(1889724..1890839) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2762 length 101 aa, 306 bp, from 1890366..1890671 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2763 length 486 aa, 1461 bp, from complement(1890840..1892300) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2804 length 327 aa, 984 bp, from complement(1926603..1927586) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2818 length 469 aa, 1410 bp, from complement(1932318..1933727) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2833 length 149 aa, 450 bp, from complement(1941647..1942096) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2835 length 320 aa, 963 bp, from 1944014..1944976 of Streptococcus_suis
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-TAA
->Streptococcus_suis|ORF2836 length 134 aa, 405 bp, from complement(1944155..1944559) of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2850 length 315 aa, 948 bp, from complement(1955911..1956858) of Streptococcus_suis
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-TGA
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->Streptococcus_suis|ORF2902 length 565 aa, 1698 bp, from 1998923..2000620 of Streptococcus_suis
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->Streptococcus_suis|ORF2903 length 115 aa, 348 bp, from complement(1999705..2000052) of Streptococcus_suis
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-TAG
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-QYQSGDLASRLTNDMSVVLNFITVILPNFLMNGLMVMGSIYFLWTISPWLTGLSLFLLPL
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-D
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-AMQVTEAYLTAKGYACHGTYSLSVQSDLDDQASGAKYGLGSSGAVTVATVKALLTYYGHQ
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-K
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-NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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-NNNNNNNNNNNNTAA
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-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNNNNNN
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-NNNNNNNNNNNNTAA
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+@WTSI_1055_1f17.p1kpIBF bases 1 to 436
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++WTSI_1055_1f23.p1kpIBF bases 1 to 383
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+@WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670
+TTGGCACGCAAAAGACGCAATTCTTCAGACGGATTTAAATTGGCAAGAATATCGAGCTAAATGGCAAATGTTTAAAATGGTAATCCCGGAGGAAGAAGACCACGGATTTTTTAACAAAAATGTAAATTTATTTCATGAATTTGTTGCAAAAACCAAAAGGTGCCAAAATATTGATTTACGAAAAGCGCTAACTTCTTCAGCCAAATGCCCTCTTCAAACCCACTTGATCAATCGTTGCACTCAGTGCTTTTTGATCGCCATTTTCTCCACGTCAGATTTAACCAGTCAATTTTGTCATTGGCTTCCTTTCAATGCGGTTGCTGCTTCAAAATCATCTCTTCCATTAAATTCGGGTAACGAGCCCAATGTTCTTGATGCTTCAACGAAAACTGATCAGGCGAACTGAAAGGGTGTAAAAAAGATAAAAGAAATTGTAAACGCAGCACATTGTCAAGCAAAGCAACCCAAAAAAATCGATTTTGAGTATAGTCAAAAAGGGTTACCCGTCAATGATGATCTGTTGCTGTTTGTTTGATACTCCTCCTTTCAATTTGCGATTGTTGTTGTTGCAATTGGCACGCGAA
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+!88BHIQQQYYYITTTTIIINNIIIIKKKYYYYIIIIFFYOMTTTYYIIIIAA99//.1<BKKOOTYYYYTTTTNNTTINNNTTYTTNNNIIITTYTTTTTTTTYYYYYIIIIIOYYYYYYYYYYYTTTTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTOTLLYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYYTNNNNNTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOKKKOOYYYYKK???KQMMMPPPPQMMKKKMPYYYKKKKKKKKKKMMYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYQQQQQI51)%%)4<QQQQQQYYYYTTKTTTTTTTYYYYYYYNNNNNNYYYKKKKGGNNNNYYYYYYYYYYYQMMMMQOKKGIIKKKKYQYYYYYYYYTOOLKKIIIIIOYQQQQQQBA>:;AABAACCCIIIOIIBBIIIII:77<><AAIIIOQQIE=>>>CA>AAABBIIIIIII:00882389667>BAAA?A>77:<844>A?;4++0966.+4492000--4922./..++
+@WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523
+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGACAAATTCACGGAAGCGTCTCGCACTTTGTGCCGAGGACTGCTGCACAAGGAGCCCACTCTGAGGTTGGGCTGTCGCCGGGTCGGCCGGCCTGAGGACGGCGCGGAAGAGCTGAAGGCACACGCGTTCTTCACACAACCGGACCAGAAGACAGGCAGGGAGCCAATTCCGTGGAGGAAGATGGAGGCCGGCAAGGTGGACGACATTCCCTTCTGAACTGCTAGAGAGGACTTGTAGGAATTCCGTCCTTCAGCTGACACCTCCATTTTGTCCGGACCCCCATTCGGTGTATGCCAAAGATGTGCTGGACATCGAGCAGTTCAGCACTGTCAAGGGAGTTCGTCCGCTTCCACCAAACTTTTCCTACCTGCTGAACCATTAGGTTCGACTTGACGCGACTGACAACTCCTTCTACGACAAGTTCAACAGCGGGTCCGTGTCCATACCTTGGC
++WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523
+!08<=AAA:28::87;<::>ACECEIIIIIIIIIIINIKBB>C>QQYNHHHHDDHDHIITIDCCCCOONNNNGDFDDINMINNNNNIHHHHHIINNIIINNNNTYTIIIIDDIIIIYYYTTTTTTYIIIDDDGGITYYSKKKIDNNNNTTNNNNNTYYYTLLLLLLLLLLLYYTYJJJJJNTTTTTTTTTTYYOLLLTTOOOTTTTTTTYNNNNNJJJLLLLLLYYYYYYYYYYSSYYONNNNNNLLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYTMMKKKYYYYYYYYYYYYYTTTTTOOLIILLLLTTLNLLLLLLYYYYYYTTTLLLTTTTTTTYYYYYYTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYNIIIIITYYTTTLTTNIIFFFMYYYYYYYOOLKKOOTIFIFIINTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNNNNTYYYYYYYYYYTTTNNNNNNNNTNIIFFFKYYOOOOOIIIA<:77:<<>>>>IOOIHHHDDEIQMMII<924595/4
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
@@ -0,0 +1,241 @@
+#!/usr/bin/env python
+"""Divides a FASTQ into paired and single (orphan reads) as separate files.
+
+The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
+any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
+preserve this sort order. Pairing are recognised based on standard name
+suffices. See below or run the tool with no arguments for more details.
+
+Note that the FASTQ variant is unimportant (Sanger, Solexa, Illumina, or even
+Color Space should all work equally well).
+
+This script is copyright 2010-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+(formerly SCRI), Scotland, UK. All rights reserved.
+
+See accompanying text file for licence details (MIT license).
+"""
+import os
+import sys
+import re
+from galaxy_utils.sequence.fastq import fastqReader, fastqWriter
+
+if "-v" in sys.argv or "--version" in sys.argv:
+    print "Version 0.0.8"
+    sys.exit(0)
+
+def stop_err(msg, err=1):
+   sys.stderr.write(msg.rstrip() + "\n")
+   sys.exit(err)
+
+msg = """Expect either 3 or 4 arguments, all FASTQ filenames.
+
+If you want two output files, use four arguments:
+ - FASTQ variant (e.g. sanger, solexa, illumina or cssanger)
+ - Sorted input FASTQ filename,
+ - Output paired FASTQ filename (forward then reverse interleaved),
+ - Output singles FASTQ filename (orphan reads)
+
+If you want three output files, use five arguments:
+ - FASTQ variant (e.g. sanger, solexa, illumina or cssanger)
+ - Sorted input FASTQ filename,
+ - Output forward paired FASTQ filename,
+ - Output reverse paired FASTQ filename,
+ - Output singles FASTQ filename (orphan reads)
+
+The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
+any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
+preserve this sort order.
+
+Any reads where the forward/reverse naming suffix used is not recognised
+are treated as orphan reads. The tool supports the /1 and /2 convention
+originally used by Illumina, the .f and .r convention, and the Sanger
+convention (see http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html
+for details), and the new Illumina convention where the reads have the
+same identifier with the fragment at the start of the description, e.g.
+
+@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA
+@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA 
+
+Note that this does support multiple forward and reverse reads per template
+(which is quite common with Sanger sequencing), e.g. this which is sorted
+alphabetically:
+
+WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
+WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
+WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+
+or this where the reads already come in pairs:
+
+WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
+WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
+WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+
+both become:
+
+WTSI_1055_4p17.p1kapIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+WTSI_1055_4p17.p1kpIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+"""
+
+if len(sys.argv) == 5:
+    format, input_fastq, pairs_fastq, singles_fastq = sys.argv[1:]
+elif len(sys.argv) == 6:
+    pairs_fastq = None
+    format, input_fastq, pairs_f_fastq, pairs_r_fastq, singles_fastq = sys.argv[1:]
+else:
+    stop_err(msg)
+
+format = format.replace("fastq", "").lower()
+if not format:
+    format="sanger" #safe default
+elif format not in ["sanger","solexa","illumina","cssanger"]:
+    stop_err("Unrecognised format %s" % format)
+
+def f_match(name):
+   if name.endswith("/1") or name.endswith(".f"):
+      return True
+
+#Cope with three widely used suffix naming convensions,
+#Illumina: /1 or /2
+#Forward/revered: .f or .r
+#Sanger, e.g. .p1k and .q1k
+#See http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html
+re_f = re.compile(r"(/1|\.f|\.[sfp]\d\w*)$")
+re_r = re.compile(r"(/2|\.r|\.[rq]\d\w*)$")
+
+#assert re_f.match("demo/1")
+assert re_f.search("demo.f")
+assert re_f.search("demo.s1")
+assert re_f.search("demo.f1k")
+assert re_f.search("demo.p1")
+assert re_f.search("demo.p1k")
+assert re_f.search("demo.p1lk")
+assert re_r.search("demo/2")
+assert re_r.search("demo.r")
+assert re_r.search("demo.q1")
+assert re_r.search("demo.q1lk")
+assert not re_r.search("demo/1")
+assert not re_r.search("demo.f")
+assert not re_r.search("demo.p")
+assert not re_f.search("demo/2")
+assert not re_f.search("demo.r")
+assert not re_f.search("demo.q")
+
+re_illumina_f = re.compile(r"^@[a-zA-Z0-9_:-]+ 1:.*$")
+re_illumina_r = re.compile(r"^@[a-zA-Z0-9_:-]+ 2:.*$")
+assert re_illumina_f.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA")
+assert re_illumina_r.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA")
+assert not re_illumina_f.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA")
+assert not re_illumina_r.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA")
+
+
+count, forward, reverse, neither, pairs, singles = 0, 0, 0, 0, 0, 0
+in_handle = open(input_fastq)
+if pairs_fastq:
+    pairs_f_writer = fastqWriter(open(pairs_fastq, "w"), format)
+    pairs_r_writer = pairs_f_writer
+else:
+    pairs_f_writer = fastqWriter(open(pairs_f_fastq, "w"), format)
+    pairs_r_writer = fastqWriter(open(pairs_r_fastq, "w"), format)
+singles_writer = fastqWriter(open(singles_fastq, "w"), format)
+last_template, buffered_reads = None, []
+
+for record in fastqReader(in_handle, format):
+    count += 1
+    name = record.identifier.split(None,1)[0]
+    assert name[0]=="@", record.identifier #Quirk of the Galaxy parser
+    is_forward = False
+    suffix = re_f.search(name)
+    if suffix:
+        #============
+        #Forward read
+        #============
+        template = name[:suffix.start()]
+        is_forward = True
+    elif re_illumina_f.match(record.identifier):
+        template = name #No suffix
+        is_forward = True
+    if is_forward:
+        #print name, "forward", template
+        forward += 1
+        if last_template == template:
+            buffered_reads.append(record)
+        else:
+            #Any old buffered reads are orphans
+            for old in buffered_reads:
+                singles_writer.write(old)
+                singles += 1
+            #Save this read in buffer
+            buffered_reads = [record]
+            last_template = template
+    else:
+        is_reverse = False
+        suffix = re_r.search(name)
+        if suffix:
+            #============
+            #Reverse read
+            #============
+            template = name[:suffix.start()]
+            is_reverse = True
+        elif re_illumina_r.match(record.identifier):
+            template = name #No suffix
+            is_reverse = True
+        if is_reverse:
+            #print name, "reverse", template
+            reverse += 1
+            if last_template == template and buffered_reads:
+                #We have a pair!
+                #If there are multiple buffered forward reads, want to pick
+                #the first one (although we could try and do something more
+                #clever looking at the suffix to match them up...)
+                old = buffered_reads.pop(0)
+                pairs_f_writer.write(old)
+                pairs_r_writer.write(record)
+                pairs += 2
+            else:
+                #As this is a reverse read, this and any buffered read(s) are
+                #all orphans
+                for old in buffered_reads:
+                    singles_writer.write(old)
+                    singles += 1
+                buffered_reads = []
+                singles_writer.write(record)
+                singles += 1
+                last_template = None
+        else:
+            #===========================
+            #Neither forward nor reverse
+            #===========================
+            singles_writer.write(record)
+            singles += 1
+            neither += 1
+            for old in buffered_reads:
+                singles_writer.write(old)
+                singles += 1
+            buffered_reads = []
+            last_template = None
+if last_template:
+    #Left over singles...
+    for old in buffered_reads:
+        singles_writer.write(old)
+        singles += 1
+in_handle.close
+singles_writer.close()
+if pairs_fastq:
+    pairs_f_writer.close()
+    assert pairs_r_writer.file.closed
+else:
+    pairs_f_writer.close()
+    pairs_r_writer.close()
+
+if neither:
+    print "%i reads (%i forward, %i reverse, %i neither), %i in pairs, %i as singles" \
+           % (count, forward, reverse, neither, pairs, singles)
+else:
+    print "%i reads (%i forward, %i reverse), %i in pairs, %i as singles" \
+           % (count, forward, reverse, pairs, singles)
+
+assert count == pairs + singles == forward + reverse + neither, \
+       "%i vs %i+%i=%i vs %i+%i+%i=%i" \
+       % (count,pairs,singles,pairs+singles,forward,reverse,neither,forward+reverse+neither)
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.rst
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.rst	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
@@ -0,0 +1,109 @@
+Galaxy tool to divide FASTQ files into paired and unpaired reads
+================================================================
+
+This tool is copyright 2010-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+(formerly SCRI, Scottish Crop Research Institute), UK. All rights reserved.
+See the licence text below.
+
+This tool is a short Python script which divides a FASTQ file into paired
+reads, and single or orphan reads. You can have separate files for the
+forward/reverse reads, or have them interleaved in a single file.
+
+Note that the FASTQ variant is unimportant (Sanger, Solexa, Illumina, or even
+Color Space should all work equally well).
+
+This tool is available from the Galaxy Tool Shed at:
+http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/fastq_paired_unpaired
+
+
+Automated Installation
+======================
+
+This should be straightforward, Galaxy should automatically download and install
+the tool from the Galaxy Tool Shed, and run the unit tests
+
+
+Manual Installation
+===================
+
+There are just two files to install:
+
+* fastq_paired_unpaired.py (the Python script)
+* fastq_paired_unpaired.xml (the Galaxy tool definition)
+
+The suggested location is in the Galaxy folder tools/fastq next to other FASTQ
+tools provided with Galaxy.
+
+You will also need to modify the tools_conf.xml file to tell Galaxy to offer
+the tool. One suggested location is next to the fastq_filter.xml entry. Simply
+add the line::
+
+    <tool file="fastq/fastq_paired_unpaired.xml" />
+
+That's it.
+
+
+History
+=======
+
+======= ======================================================================
+Version Changes
+------- ----------------------------------------------------------------------
+v0.0.1  - Initial version, using Biopython
+v0.0.2  - Help text; cope with multiple pairs per template
+v0.0.3  - Galaxy XML wrappers added
+v0.0.4  - Use Galaxy library to handle FASTQ files (avoid Biopython dependency)
+v0.0.5  - Handle Illumina 1.8 style pair names
+v0.0.6  - Record script version when run from Galaxy
+        - Added unit test (FASTQ file using Sanger naming)
+v0.0.7  - Link to Tool Shed added to help text and this documentation.
+v0.0.8  - Use reStructuredText for this README file.
+        - Adopt standard MIT License.
+======= ======================================================================
+
+
+Developers
+==========
+
+This script and other tools for filtering FASTA, FASTQ and SFF files are
+currently being developed on the following hg branch:
+http://bitbucket.org/peterjc/galaxy-central/src/fasta_filter
+
+For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use
+the following command from the Galaxy root folder::
+
+    $ tar -czf fastq_paired_unpaired.tar.gz tools/fastq/fastq_paired_unpaired.* test-data/sanger-pairs-*.fastq
+
+Check this worked::
+
+    $ tar -tzf fastq_paired_unpaired.tar.gz
+    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py
+    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.rst
+    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml
+    test-data/sanger-pairs-forward.fastq
+    test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq
+    test-data/sanger-pairs-mixed.fastq
+    test-data/sanger-pairs-reverse.fastq
+    test-data/sanger-pairs-singles.fastq
+
+
+Licence (MIT)
+=============
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
+THE SOFTWARE.
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
@@ -0,0 +1,105 @@
+<tool id="fastq_paired_unpaired" name="Divide FASTQ file into paired and unpaired reads" version="0.0.7">
+	<description>using the read name suffices</description>
+	<version_command interpreter="python">fastq_paired_unpaired.py --version</version_command>
+	<command interpreter="python">
+fastq_paired_unpaired.py $input_fastq.extension $input_fastq
+#if $output_choice_cond.output_choice=="separate"
+ $output_forward $output_reverse
+#elif $output_choice_cond.output_choice=="interleaved"
+ $output_paired
+#end if
+$output_singles
+	</command>
+	<stdio>
+		<!-- Anything other than zero is an error -->
+		<exit_code range="1:" />
+		<exit_code range=":-1" />
+	</stdio>
+	<inputs>
+		<param name="input_fastq" type="data" format="fastq" label="FASTQ file to divide into paired and unpaired reads"/>
+		<conditional name="output_choice_cond">
+			<param name="output_choice" type="select" label="How to output paired reads?">
+				<option value="separate">Separate (two FASTQ files, for the forward and reverse reads, in matching order).</option>
+				<option value="interleaved">Interleaved (one FASTQ file, alternating forward read then partner reverse read).</option>
+			</param>
+			<!-- Seems need these dummy entries here, compare this to indels/indel_sam2interval.xml -->
+			<when value="separate" />
+			<when value="interleaved" />
+		</conditional>
+	</inputs>
+	<outputs>
+		<data name="output_singles" format="input" label="Orphan or single reads"/>
+		<data name="output_forward" format="input" label="Forward paired reads">
+			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "separate"</filter>
+		</data>
+		<data name="output_reverse" format="input" label="Reverse paired reads">
+			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "separate"</filter>
+		</data>
+		<data name="output_paired" format="input" label="Interleaved paired reads">
+			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "interleaved"</filter>
+		</data>
+	</outputs>
+	<tests>
+		<test>
+			<param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/>
+			<param name="output_choice" value="separate"/>
+			<output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/>
+			<output name="output_forward" file="sanger-pairs-forward.fastq" ftype="fastq"/>
+			<output name="output_reverse" file="sanger-pairs-reverse.fastq" ftype="fastq"/>
+		</test>
+		<test>
+			<param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/>
+			<param name="output_choice" value="interleaved"/>
+			<output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/>
+			<output name="output_paired" file="sanger-pairs-interleaved.fastq" ftype="fastq"/>
+		</test>
+	</tests>
+	<help>
+
+**What it does**
+
+Using the common read name suffix conventions, it divides a FASTQ file into
+paired reads, and orphan or single reads.
+
+The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
+any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
+preserve this sort order. Pairing are recognised based on standard name
+suffices. See below or run the tool with no arguments for more details.
+
+Any reads where the forward/reverse naming suffix used is not recognised
+are treated as orphan reads. The tool supports the /1 and /2 convention
+originally used by Illumina, .f and .r convention, the Sanger convention
+(see http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html for details),
+and the current Illumina convention where the reads get the same identifier
+with the fragment number in the description, for example:
+
+ * @HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA
+ * @HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA 
+
+Note that this does support multiple forward and reverse reads per template
+(which is quite common with Sanger sequencing), e.g. this which is sorted
+alphabetically:
+
+ * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
+ * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
+ * WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+ * WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+
+or this where the reads already come in pairs:
+
+ * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
+ * WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+ * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
+ * WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+
+both become:
+
+ * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
+ * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
+
+**Citation**
+
+This tool is available to install into other Galaxy Instances via the Galaxy
+Tool Shed at http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/fastq_paired_unpaired
+	</help>
+</tool>
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/filters/get_orfs_or_cdss.py
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.py	Tue Apr 23 11:48:43 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,223 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-"""Find ORFs in a nucleotide sequence file.
-
-get_orfs_or_cdss.py $input_fasta $input_format $table $ftype $ends $mode $min_len $strand $out_nuc_file $out_prot_file
-
-Takes ten command line options, input sequence filename, format, genetic
-code, CDS vs ORF, end type (open, closed), selection mode (all, top, one),
-minimum length (in amino acids), strand (both, forward, reverse), output
-nucleotide filename, and output protein filename.
-
-This tool is a short Python script which requires Biopython. If you use
-this tool in scientific work leading to a publication, please cite the
-Biopython application note:
-
-Cock et al 2009. Biopython: freely available Python tools for computational
-molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 25(11) 1422-3.
-http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878.
-
-This script is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
-(formerly SCRI), Dundee, UK. All rights reserved.
-
-See accompanying text file for licence details (MIT/BSD style).
-
-This is version 0.0.3 of the script.
-"""
-import sys
-import re
-
-if "-v" in sys.argv or "--version" in sys.argv:
-    print "v0.0.3"
-    sys.exit(0)
-
-def stop_err(msg, err=1):
-    sys.stderr.write(msg.rstrip() + "\n")
-    sys.exit(err)
-
-try:
-    from Bio.Seq import Seq, reverse_complement, translate
-    from Bio.SeqRecord import SeqRecord
-    from Bio import SeqIO
-    from Bio.Data import CodonTable
-except ImportError:
-    stop_err("Missing Biopython library")
-
-#Parse Command Line
-try:
-    input_file, seq_format, table, ftype, ends, mode, min_len, strand, out_nuc_file, out_prot_file = sys.argv[1:]
-except ValueError:
-    stop_err("Expected ten arguments, got %i:\n%s" % (len(sys.argv)-1, " ".join(sys.argv)))
-
-try:
-    table = int(table)
-except ValueError:
-    stop_err("Expected integer for genetic code table, got %s" % table)
-
-try:
-    table_obj = CodonTable.ambiguous_generic_by_id[table]
-except KeyError:
-    stop_err("Unknown codon table %i" % table)
-
-if ftype not in ["CDS", "ORF"]:
-    stop_err("Expected CDS or ORF, got %s" % ftype)
-
-if ends not in ["open", "closed"]:
-    stop_err("Expected open or closed for end treatment, got %s" % ends)
-
-try:
-    min_len = int(min_len)
-except ValueError:
-    stop_err("Expected integer for min_len, got %s" % min_len)
-
-if seq_format.lower()=="sff":
-    seq_format = "sff-trim"
-elif seq_format.lower()=="fasta":
-    seq_format = "fasta"
-elif seq_format.lower().startswith("fastq"):
-    seq_format = "fastq"
-else:
-    stop_err("Unsupported file type %r" % seq_format)
-
-print "Genetic code table %i" % table
-print "Minimum length %i aa" % min_len
-#print "Taking %s ORF(s) from %s strand(s)" % (mode, strand)
-
-starts = sorted(table_obj.start_codons)
-assert "NNN" not in starts
-re_starts = re.compile("|".join(starts))
-
-stops = sorted(table_obj.stop_codons)
-assert "NNN" not in stops
-re_stops = re.compile("|".join(stops))
-
-def start_chop_and_trans(s, strict=True):
-    """Returns offset, trimmed nuc, protein."""
-    if strict:
-        assert s[-3:] in stops, s
-    assert len(s) % 3 == 0
-    for match in re_starts.finditer(s):
-        #Must check the start is in frame
-        start = match.start()
-        if start % 3 == 0:
-            n = s[start:]
-            assert len(n) % 3 == 0, "%s is len %i" % (n, len(n))
-            if strict:
-                t = translate(n, table, cds=True)
-            else:
-                #Use when missing stop codon,
-                t = "M" + translate(n[3:], table, to_stop=True)
-            return start, n, t
-    return None, None, None
-
-def break_up_frame(s):
-    """Returns offset, nuc, protein."""
-    start = 0
-    for match in re_stops.finditer(s):
-        index = match.start() + 3
-        if index % 3 != 0:
-            continue
-        n = s[start:index]
-        if ftype=="CDS":
-            offset, n, t = start_chop_and_trans(n)
-        else:
-            offset = 0
-            t = translate(n, table, to_stop=True)
-        if n and len(t) >= min_len:
-            yield start + offset, n, t
-        start = index
-    if ends == "open":
-        #No stop codon, Biopython's strict CDS translate will fail
-        n = s[start:]
-        #Ensure we have whole codons
-        #TODO - Try appending N instead?
-        #TODO - Do the next four lines more elegantly
-        if len(n) % 3:
-            n = n[:-1]
-        if len(n) % 3:
-            n = n[:-1]
-        if ftype=="CDS":
-            offset, n, t = start_chop_and_trans(n, strict=False)
-        else:
-            offset = 0
-            t = translate(n, table, to_stop=True)
-        if n and len(t) >= min_len:
-            yield start + offset, n, t
-                        
-
-def get_all_peptides(nuc_seq):
-    """Returns start, end, strand, nucleotides, protein.
-
-    Co-ordinates are Python style zero-based.
-    """
-    #TODO - Refactor to use a generator function (in start order)
-    #rather than making a list and sorting?
-    answer = []
-    full_len = len(nuc_seq)
-    if strand != "reverse":
-        for frame in range(0,3):
-            for offset, n, t in break_up_frame(nuc_seq[frame:]):
-                start = frame + offset #zero based
-                answer.append((start, start + len(n), +1, n, t))
-    if strand != "forward":
-        rc = reverse_complement(nuc_seq)
-        for frame in range(0,3) :
-            for offset, n, t in break_up_frame(rc[frame:]):
-                start = full_len - frame - offset #zero based
-                answer.append((start - len(n), start, -1, n ,t))
-    answer.sort()
-    return answer
-
-def get_top_peptides(nuc_seq):
-    """Returns all peptides of max length."""
-    values = list(get_all_peptides(nuc_seq))
-    if not values:
-        raise StopIteration
-    max_len = max(len(x[-1]) for x in values)
-    for x in values:
-        if len(x[-1]) == max_len:
-            yield x
-
-def get_one_peptide(nuc_seq):
-    """Returns first (left most) peptide with max length."""
-    values = list(get_top_peptides(nuc_seq))
-    if not values:
-        raise StopIteration
-    yield values[0]
-
-if mode == "all":
-    get_peptides = get_all_peptides
-elif mode == "top":
-    get_peptides = get_top_peptides
-elif mode == "one":
-    get_peptides = get_one_peptide
-
-in_count = 0
-out_count = 0
-if out_nuc_file == "-":
-    out_nuc = sys.stdout
-else:
-    out_nuc = open(out_nuc_file, "w")
-if out_prot_file == "-":
-    out_prot = sys.stdout
-else:
-    out_prot = open(out_prot_file, "w")
-for record in SeqIO.parse(input_file, seq_format):
-    for i, (f_start, f_end, f_strand, n, t) in enumerate(get_peptides(str(record.seq).upper())):
-        out_count += 1
-        if f_strand == +1:
-            loc = "%i..%i" % (f_start+1, f_end)
-        else:
-            loc = "complement(%i..%i)" % (f_start+1, f_end)
-        descr = "length %i aa, %i bp, from %s of %s" \
-                % (len(t), len(n), loc, record.description)
-        r = SeqRecord(Seq(n), id = record.id + "|%s%i" % (ftype, i+1), name = "", description= descr)
-        t = SeqRecord(Seq(t), id = record.id + "|%s%i" % (ftype, i+1), name = "", description= descr)
-        SeqIO.write(r, out_nuc, "fasta")
-        SeqIO.write(t, out_prot, "fasta")
-    in_count += 1
-if out_nuc is not sys.stdout:
-    out_nuc.close()
-if out_prot is not sys.stdout:
-    out_prot.close()
-
-print "Found %i %ss in %i sequences" % (out_count, ftype, in_count)
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/filters/get_orfs_or_cdss.txt
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.txt	Tue Apr 23 11:48:43 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,93 +0,0 @@
-Galaxy tool to find ORFs or simple CDSs
-=======================================
-
-This tool is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
-(formerly SCRI, Scottish Crop Research Institute), UK. All rights reserved.
-See the licence text below.
-
-This tool is a short Python script (using Biopython library functions)
-to search nucleotide sequences for open reading frames (ORFs) or coding
-sequences (CDSs) where the first potential start codon is used. See the
-help text in the XML file for more information.
-
-There are just two files to install:
-
-* get_orfs_or_cdss.py (the Python script)
-* get_orfs_or_cdss.xml (the Galaxy tool definition)
-
-If you are installing this manually (rather than via the Tool Shed), the
-suggested location is in the Galaxy folder tools/filters next to the tool
-for calling sff_extract.py for converting SFF to FASTQ or FASTA + QUAL.
-You will also need to modify the tools_conf.xml file to tell Galaxy to offer the
-tool. One suggested location is in the filters section. Simply add the line:
-
-<tool file="filters/get_orfs_or_cdss.xml" />
-
-You will also need to install Biopython 1.54 or later. If you want to run
-the unit tests, include this line in tools_conf.xml.sample and the sample
-FASTA files under the test-data directory. Then:
-
-./run_functional_tests.sh -id get_orfs_or_cdss
-
-That's it.
-
-
-History
-=======
-
-v0.0.1 - Initial version.
-v0.0.2 - Correct labelling issue on reverse strand.
-       - Use the new <stdio> settings in the XML wrappers to catch errors
-v0.0.3 - Include unit tests.
-       - Record Python script version when run from Galaxy.
-
-
-Developers
-==========
-
-This script and related tools are being developed on the following hg branch:
-http://bitbucket.org/peterjc/galaxy-central/src/tools
-
-For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use
-the following command from the Galaxy root folder:
-
-$ tar -czf get_orfs_or_cdss.tar.gz tools/filters/get_orfs_or_cdss.* test-data/get_orf_input*.fasta test-data/Ssuis.fasta
-
-Check this worked:
-
-$ tar -tzf get_orfs_or_cdss.tar.gz
-filter/get_orfs_or_cdss.py
-filter/get_orfs_or_cdss.txt
-filter/get_orfs_or_cdss.xml
-test-data/get_orf_input.fasta
-test-data/get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta
-test-data/get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta
-test-data/get_orf_input.t11_nuc_out.fasta
-test-data/get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta
-test-data/get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta
-test-data/get_orf_input.t11_prot_out.fasta
-test-data/get_orf_input.t1_nuc_out.fasta
-test-data/get_orf_input.t1_prot_out.fasta
-test-data/Ssuis.fasta
-
-
-Licence (MIT/BSD style)
-=======================
-
-Permission to use, copy, modify, and distribute this software and its
-documentation with or without modifications and for any purpose and
-without fee is hereby granted, provided that any copyright notices
-appear in all copies and that both those copyright notices and this
-permission notice appear in supporting documentation, and that the
-names of the contributors or copyright holders not be used in
-advertising or publicity pertaining to distribution of the software
-without specific prior permission.
-
-THE CONTRIBUTORS AND COPYRIGHT HOLDERS OF THIS SOFTWARE DISCLAIM ALL
-WARRANTIES WITH REGARD TO THIS SOFTWARE, INCLUDING ALL IMPLIED
-WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS, IN NO EVENT SHALL THE
-CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY SPECIAL, INDIRECT
-OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS
-OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE
-OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE
-OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE.
diff -r 324775a016ce -r 6a14074bc810 tools/filters/get_orfs_or_cdss.xml
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.xml	Tue Apr 23 11:48:43 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,164 +0,0 @@
-<tool id="get_orfs_or_cdss" name="Get open reading frames (ORFs) or coding sequences (CDSs)" version="0.0.3">
-	<description>e.g. to get peptides from ESTs</description>
-	<version_command interpreter="python">get_orfs_or_cdss.py --version</version_command>
-	<command interpreter="python">
-get_orfs_or_cdss.py $input_file $input_file.ext $table $ftype $ends $mode $min_len $strand $out_nuc_file $out_prot_file
-	</command>
-	<stdio>
-		<!-- Anything other than zero is an error -->
-		<exit_code range="1:" />
-		<exit_code range=":-1" />
-	</stdio>
-	<inputs>
-		<param name="input_file" type="data" format="fasta,fastq,sff" label="Sequence file (nucleotides)" help="FASTA, FASTQ, or SFF format." />
-		<param name="table" type="select" label="Genetic code" help="Tables from the NCBI, these determine the start and stop codons">
-			<option value="1">1. Standard</option>
-			<option value="2">2. Vertebrate Mitochondrial</option>
-			<option value="3">3. Yeast Mitochondrial</option>
-			<option value="4">4. Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma</option>
-			<option value="5">5. Invertebrate Mitochondrial</option>
-			<option value="6">6. Ciliate Macronuclear and Dasycladacean</option>
-			<option value="9">9. Echinoderm Mitochondrial</option>
-			<option value="10">10. Euplotid Nuclear</option>
-			<option value="11">11. Bacterial</option>
-			<option value="12">12. Alternative Yeast Nuclear</option>
-			<option value="13">13. Ascidian Mitochondrial</option>
-			<option value="14">14. Flatworm Mitochondrial</option>
-			<option value="15">15. Blepharisma Macronuclear</option>
-			<option value="16">16. Chlorophycean Mitochondrial</option>
-			<option value="21">21. Trematode Mitochondrial</option>
-			<option value="22">22. Scenedesmus obliquus</option>
-			<option value="23">23. Thraustochytrium Mitochondrial</option>
-		</param>
-		<param name="ftype" type="select" value="True" label="Look for ORFs or CDSs">
-                        <option value="ORF">Look for ORFs (check for stop codons only, ignore start codons)</option>
-                        <option value="CDS">Look for CDSs (with start and stop codons)</option>
-		</param>
-                <param name="ends" type="select" value="open" label="Sequence end treatment">
-			<option value="open">Open ended (will allow missing start/stop codons at the ends)</option>
-                        <option value="closed">Complete (will check for start/stop codons at the ends)</option>
-                        <!-- TODO? Circular, for using this on finished bacteria etc -->
-                </param>
-
-		<param name="mode" type="select" label="Selection criteria" help="Suppose a sequence has ORFs/CDSs of lengths 100, 102 and 102 -- which should be taken? These options would return 3, 2 or 1 ORF.">
-                    <option value="all">All ORFs/CDSs from each sequence</option>
-                    <option value="top">All ORFs/CDSs from each sequence with the maximum length</option>
-                    <option value="one">First ORF/CDS from each sequence with the maximum length</option>
-		</param>
-                <param name="min_len" type="integer" size="5" value="30" label="Minimum length ORF/CDS (in amino acids, e.g. 30 aa = 90 bp plus any stop codon)">
-                </param>
-                <param name="strand" type="select" label="Strand to search" help="Use the forward only option if your sequence directionality is known (e.g. from poly-A tails, or strand specific RNA sequencing.">
-                    <option value="both">Search both the forward and reverse strand</option>
-                    <option value="forward">Only search the forward strand</option>
-                    <option value="reverse">Only search the reverse strand</option>
-                </param>
-	</inputs>
-	<outputs>
-		<data name="out_nuc_file" format="fasta" label="${ftype.value}s (nucleotides)" />
-		<data name="out_prot_file" format="fasta" label="${ftype.value}s (amino acids)" />
-	</outputs>
-	<tests>
-                <test>
-                        <param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
-                        <param name="table" value="1" />
-                        <param name="ftype" value="CDS" />
-                        <param name="ends" value="open" />
-                        <param name="mode" value="all" />
-                        <param name="min_len" value="10" />
-                        <param name="strand" value="forward" />
-                        <output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t1_nuc_out.fasta" />
-                        <output name="out_prot_file" file="get_orf_input.t1_prot_out.fasta" />
-                </test>
-		<test>
-			<param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
-			<param name="table" value="11" />
-			<param name="ftype" value="CDS" />
-			<param name="ends" value="closed" />
-			<param name="mode" value="all" />
-			<param name="min_len" value="10" />
-			<param name="strand" value="forward" />
-			<output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t11_nuc_out.fasta" />
-			<output	name="out_prot_file" file="get_orf_input.t11_prot_out.fasta" />
-		</test>
-		<test>
-                        <param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
-                        <param name="table" value="11" />
-                        <param name="ftype" value="CDS" />
-                        <param name="ends" value="open" />
-                        <param name="mode" value="all" />
-                        <param name="min_len" value="10" />
-                        <param name="strand" value="forward" />
-                        <output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta" />
-                        <output name="out_prot_file" file="get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta" />
-		</test>
-                <test>
-			<param name="input_file" value="Ssuis.fasta" />
-			<param name="table" value="11" />
-			<param name="ftype" value="ORF" />
-			<param name="ends" value="open" />
-			<param name="mode" value="all" />
-			<param name="min_len" value="100" />
-			<param name="strand" value="both" />
-			<output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta" />
-			<output name="out_prot_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta" />
-		</test>
-	</tests>
-	<requirements>
-		<requirement type="python-module">Bio</requirement>
-	</requirements>
-	<help>
-
-**What it does**
-
-Takes an input file of nucleotide sequences (typically FASTA, but also FASTQ
-and Standard Flowgram Format (SFF) are supported), and searches each sequence
-for open reading frames (ORFs) or potential coding sequences (CDSs) of the
-given minimum length. These are returned as FASTA files of nucleotides and
-protein sequences.
-
-You can choose to have all the ORFs/CDSs above the minimum length for each
-sequence (similar to the EMBOSS getorf tool), those with the longest length
-equal, or the first ORF/CDS with the longest length (in the special case
-where a sequence encodes two or more long ORFs/CDSs of the same length). The
-last option is a reasonable choice when the input sequences represent EST or
-mRNA sequences, where only one ORF/CDS is expected.
-
-Note that if no ORFs/CDSs in a sequence match the criteria, there will be no
-output for that sequence.
-
-Also note that the ORFs/CDSs are assigned modified identifiers to distinguish
-them from the original full length sequences, by appending a suffix.
-
-The start and stop codons are taken from the `NCBI Genetic Codes
-&lt;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi&gt;`_.
-When searching for ORFs, the sequences will run from stop codon to stop
-codon, and any start codons are ignored. When searching for CDSs, the first
-potential start codon will be used, giving the longest possible CDS within
-each ORF, and thus the longest possible protein sequence. This is useful
-for things like BLAST or domain searching, but since this may not be the
-correct start codon may not be appropriate for signal peptide detection
-etc.
-
-**Example Usage**
-
-Given some EST sequences (Sanger capillary reads) assembled into unigenes,
-or a transcriptome assembly from some RNA-Seq, each of your nucleotide
-sequences should (barring sequencing, assembly errors, frame-shifts etc)
-encode one protein as a single ORF/CDS, which you wish to extract (and
-perhaps translate into amino acids).
-
-If your RNS-Seq data was strand specific, and assembled taking this into
-account, you should only search for ORFs/CDSs on the forward strand.
-
-**Citation**
-
-This tool uses Biopython. If you use this tool in scientific work leading
-to a publication, please cite the Biopython application note (and Galaxy
-too of course):
-
-Cock et al 2009. Biopython: freely available Python tools for computational
-molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 25(11) 1422-3.
-http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878.
-
-	</help>
-</tool>