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author peterjc
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+>Streptococcus_suis|ORF5 length 126 aa, 381 bp, from 3933..4313 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF8 length 115 aa, 348 bp, from complement(4491..4838) of Streptococcus_suis
+CGCTTGTTGATGCTCTCTAGGTCCGCCAAAATCAATTCTAGGTTAATGGTATCAATATCA
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+>Streptococcus_suis|ORF9 length 192 aa, 579 bp, from 5663..6241 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF10 length 1166 aa, 3501 bp, from 6235..9735 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF12 length 117 aa, 354 bp, from complement(8271..8624) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF13 length 124 aa, 375 bp, from 10038..10412 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF14 length 430 aa, 1293 bp, from 10523..11815 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF15 length 422 aa, 1269 bp, from 11816..13084 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF16 length 185 aa, 558 bp, from 13077..13634 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF17 length 664 aa, 1995 bp, from 13635..15629 of Streptococcus_suis
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+GCAGAGGAAGAAAAACAAGAATTAGTTGAAGTTGTTGAATTTTTGAAGGATCCAAAACGC
+TTTACTAAACTTGGAGCACGTATTCCAGCAGGTGTGCTACTAGAGGGTCCTCCAGGAACC
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+TCTGGTTCAGATTTTGTTGAAATGTTTGTTGGTGTCGGTGCCAGCCGTGTTCGTTCATTA
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+GGTCGCCAACGTGGTGTCGGCATGGGTGGCGGTAACGATGAACGTGAACAAACCCTCAAC
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+AATACGAAAGAGTAG
+>Streptococcus_suis|ORF18 length 309 aa, 930 bp, from complement(13835..14764) of Streptococcus_suis
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+ATTTCATCGATGAAAATAATGGCTGGTGCTGCTTTTTTTGCATCTTCAAATAATGAACGA
+ACACGGCTGGCACCGACACCAACAAACATTTCAACAAAATCTGAACCAGAAATGGAGAAG
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+AATAACTTAATAGATGAAGCTAACTCATCTTTAGCTTCCTGTTCTGTTTTGTACTTACCA
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+>Streptococcus_suis|ORF19 length 157 aa, 474 bp, from 15964..16437 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF20 length 189 aa, 570 bp, from complement(17317..17886) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF21 length 103 aa, 312 bp, from complement(19642..19953) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF22 length 106 aa, 321 bp, from complement(20791..21111) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF23 length 109 aa, 330 bp, from 21320..21649 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF24 length 281 aa, 846 bp, from 23560..24405 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF25 length 121 aa, 366 bp, from complement(23778..24143) of Streptococcus_suis
+ATTTCTTTAGAATCAACAGAAATTTTCACAGGTAACTTCGTGAATTCATCCGAATTCGTA
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+TCGTAA
+>Streptococcus_suis|ORF26 length 174 aa, 525 bp, from 24386..24910 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF27 length 446 aa, 1341 bp, from 24911..26251 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF28 length 325 aa, 978 bp, from 26345..27322 of Streptococcus_suis
+GAGGCTGTCATGGCGTTTACTGACTTAAAATTGTTCGCTCTTTCGTCAAATCAGAAGTTA
+GCTGAACAGGTGTCGAAAAAAATAGGAATTCCTCTGGGAAAATCAAGTGTTCGTCAATTT
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+GAGCGTCGTGGTATGGTAGGTGATGGCTATGTTGTTGTATCCCCTGACCATGGTGGTGTG
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+>Streptococcus_suis|ORF29 length 395 aa, 1188 bp, from 27400..28587 of Streptococcus_suis
+GGTGGCAGAATGGATTTATTGAATCGTTTTAATAAGAATTTGAATCGGATTGAGGTTTCG
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+>Streptococcus_suis|ORF30 length 114 aa, 345 bp, from complement(28219..28563) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF31 length 262 aa, 789 bp, from 28568..29356 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF32 length 112 aa, 339 bp, from complement(28604..28942) of Streptococcus_suis
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+ACCGTTAATATTCTTAAAGGGCTGTACCTGATGAAAATCTTCGATATAAGACAGCCCATC
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+>Streptococcus_suis|ORF33 length 338 aa, 1017 bp, from 29344..30360 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF34 length 244 aa, 735 bp, from 30692..31426 of Streptococcus_suis
+AATATTTCACGAAAGGCGAACATTCTCATGAAAACAGACCTTCTCTATTCAGGAAAAGCC
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+>Streptococcus_suis|ORF35 length 1243 aa, 3732 bp, from 31427..35158 of Streptococcus_suis
+GGATTGGAAGATATGGCAAAGCGGATTTTTGTTGAGAAGAAGGCAGCATTTCAGATCAAG
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+>Streptococcus_suis|ORF38 length 103 aa, 312 bp, from complement(34817..35128) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF46 length 101 aa, 306 bp, from complement(39304..39609) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF51 length 231 aa, 696 bp, from complement(40230..40925) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF53 length 168 aa, 507 bp, from 41194..41700 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF55 length 360 aa, 1083 bp, from 41684..42766 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF56 length 123 aa, 372 bp, from complement(41693..42064) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF57 length 126 aa, 381 bp, from complement(42189..42569) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF72 length 109 aa, 330 bp, from 52868..53197 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF73 length 226 aa, 681 bp, from complement(53164..53844) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF136 length 107 aa, 324 bp, from complement(86821..87144) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF146 length 110 aa, 333 bp, from 97233..97565 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF147 length 106 aa, 321 bp, from complement(98724..99044) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF148 length 194 aa, 585 bp, from complement(99223..99807) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF150 length 282 aa, 849 bp, from 100006..100854 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF151 length 128 aa, 387 bp, from complement(100155..100541) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF152 length 112 aa, 339 bp, from complement(100851..101189) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF153 length 153 aa, 462 bp, from 101557..102018 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF154 length 234 aa, 705 bp, from 102019..102723 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF168 length 103 aa, 312 bp, from 111412..111723 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF169 length 264 aa, 795 bp, from complement(111546..112340) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF170 length 111 aa, 336 bp, from complement(111773..112108) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF171 length 119 aa, 360 bp, from complement(114254..114613) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF172 length 1236 aa, 3711 bp, from 114630..118340 of Streptococcus_suis
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+CATGAGCAAATGATGGGCGTAGGTATGTTCCTTTGGACTGGCGACCTGATAACGGCTAGC
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+CAAAATCTGCGGACGTACCGCATCTCCCTGAGCAAAAGAAATATCTGCCTGCATGACATC
+CGCAATACTTGCCGACAAATCAATCAAGAGGTCGTCCACTTCGATCCCCAAATAATCCAA
+TTCTTTCTGGCTGGCGTTGAGAATGGTCTGAGCTAG
+>Streptococcus_suis|ORF197 length 396 aa, 1191 bp, from 124620..125810 of Streptococcus_suis
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+CAAATGCCAGAAGAAACAGTACTAGCAGCAGGGATTATTGAGCGCATCGGTTTGAACGAT
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+CATACGGTTGCGGTTAAGATTCTCCTAGAAGACTTGCTTAAACACAACATCATCGCTGCT
+TACGAGGAAATTACTGGTATCGGACACCGTGTTGTTGCAGGTGGAGAATACTTCAAGGAG
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+TATCCGATTCCACAAAAATATTATACAGACTATAAAGTTCGTAAGTATGGTGCTCATGGA
+ACGAGCCACTACTATGTAGCGCATGAGGCTGCAAAAGTTTTGGGGCGTCCAATCGAAGAG
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+GAATCTGTGGATACTTCAATGGGCTTCACACCACTAGCTGGTCCAATGATGGGAACTCGT
+TCAGGGGATATTGATCCTGCTATCATTCCTTATTTGATTGCGAATGTTGAAGAACTGAAA
+GATGCTGCAGACGTTGTTAACATGTTGAATAAACAGTCAGGCTTATTCGGTGTATCTGGC
+TTCTCAAGTGATATGCGTGATATTGAAGCAGGTATCCAAGCTCACAATCCAGATGCAGTG
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+TTAAATGGGGCAGATGCTATTGTCTTCACGGCTGGTATGGGTGAAAATGCACCGCTTATG
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+>Streptococcus_suis|ORF198 length 250 aa, 753 bp, from 125924..126676 of Streptococcus_suis
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+TTTGAAAAAGGAGCATTTTTTATGGAAAAGAAAATTCCAAAACTAACGGTGCAGTTGTTG
+GCTGCTATTGCGATGACCCTTGCCTTGGTCATGATTGTAGAGAACTATTTCTCTATTCGG
+ATTTCTGATACTTTACAGGTTCAGTTTACCTTCATTCCCAATACTATTTTGGGAGCTATT
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+>Streptococcus_suis|ORF199 length 441 aa, 1326 bp, from 126663..127988 of Streptococcus_suis
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+CAGTCTATCTTGCAGTCTTCGGATTACACCGTCGGCCGCTTTACATCACCGTCTATCATT
+GATTTTCGAGAGCAGATTGTCTACCAGCAGGAGATGATTTCGGAGGAAGATTTTGCGAGG
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+CTGATTACAGGCTCGCTATATTTCATTACCTATGTGAGGAAGTACATTTTAGAAGAACTT
+GTATAG
+>Streptococcus_suis|ORF200 length 165 aa, 498 bp, from complement(126948..127445) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF201 length 360 aa, 1083 bp, from complement(128035..129117) of Streptococcus_suis
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+TAA
+>Streptococcus_suis|ORF202 length 106 aa, 321 bp, from 128792..129112 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF203 length 125 aa, 378 bp, from 129821..130198 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF204 length 119 aa, 360 bp, from 130156..130515 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF205 length 331 aa, 996 bp, from 130521..131516 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF206 length 213 aa, 642 bp, from 131517..132158 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF207 length 134 aa, 405 bp, from complement(131694..132098) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF208 length 102 aa, 309 bp, from complement(131882..132190) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF209 length 283 aa, 852 bp, from complement(132191..133042) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF210 length 136 aa, 411 bp, from 133010..133420 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF211 length 107 aa, 324 bp, from complement(133858..134181) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF212 length 109 aa, 330 bp, from 133934..134263 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF213 length 100 aa, 303 bp, from complement(134096..134398) of Streptococcus_suis
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+TAG
+>Streptococcus_suis|ORF214 length 545 aa, 1638 bp, from 134259..135896 of Streptococcus_suis
+AATAGAGGTAGAAAAATGGCAAAAGAAATCAAATTTGCAGCAGATGCGCGTGAAAGCATG
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+>Streptococcus_suis|ORF215 length 149 aa, 450 bp, from complement(134868..135317) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF216 length 132 aa, 399 bp, from complement(135221..135619) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF217 length 101 aa, 306 bp, from complement(135651..135956) of Streptococcus_suis
+ATATGTTTGAAATTTTCAAGAAAAAAACACAGCCAAGTAGCTGTGTCATTTTGCTATTTC
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+AAGGGCCGAACGAGTCACCTTAACAGGGTCAATAATACCTGCATCCATCATATTGACCCA
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+AACTGA
+>Streptococcus_suis|ORF218 length 137 aa, 414 bp, from 136128..136541 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF219 length 156 aa, 471 bp, from 136558..137028 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF220 length 136 aa, 411 bp, from complement(136678..137088) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF234 length 560 aa, 1683 bp, from complement(148845..150527) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF235 length 302 aa, 909 bp, from 149316..150224 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF236 length 241 aa, 726 bp, from 151323..152048 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF237 length 174 aa, 525 bp, from 151961..152485 of Streptococcus_suis
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+ATGACGTTGGATAAAAGCTCCGCGTCATTTCGCAAAACAGCCACCGAGGTCTCGTCACAG
+GAGGTCTCGATCGCCAAAATCAATCTATCTTTCATCACGTTCTCTCTTCATTATCACCGC
+GTCCTCGACAGGATGGCGGTAGTAGTCTTTTCGTTTTCCTATTTTGGTAAAATGCTGGCG
+TGTATAGAGGGCCTGAGCTGCGCTATTGGACTCTCTCACTTCGAGGAAAATATCCCCATC
+CCAGTCCATCACAGCAGCCATCAGTTGACTGGCGATTCCCAGCCTCTGAAAATCAGTCTT
+GACAGCAATCTGCAAGATTTCCATCTCATCCAGCACCGTCTGCACAGCCAAAAATCCGAC
+CAATTCCTGACCCTCATAGGCCAAATAATAATCCTCATACTGACTGGTCATGCTTGA
+>Streptococcus_suis|ORF239 length 339 aa, 1020 bp, from 152463..153482 of Streptococcus_suis
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+TCGGTGGCTGTTTTGCGAAATGACGCGGAGCTTTTATCCAACGTCATTGCCAGCCAGATT
+GCCAGCCACCAGCGGTTTGGTGGGGTGGTGCCCGAGGTGGCCAGCCGTCACCATGTGGAA
+GTGATAACGGCCTGTATCGAGGAGGCCTTGTTGGAGGCGGAAGTGACGGCAGAGGACCTG
+ACGGCTGTGGCTGTGACCTATGGGCCTGGCTTAGTTGGTGCCCTGTTGGTCGGGATTTCA
+GCTGCTAAGGCCTTTGCCTGGGCTAACGGTCTGCCGCTCATTCCTGTCAACCACATGGCA
+GGGCATTTGATGGCGGCGCGGGCGGTCAAGGAGTTGGAGTTTCCGCTCTTGGCTCTTTTG
+GTCAGCGGTGGGCACACGGAGTTGGTCTATGTGTCAGAGGCAGGTGACTACAAGATTGTC
+GGTGAAACGCGAGATGATGCGGTCGGCGAAGCCTATGATAAGGTGGGTCGGGTCATGGGC
+CTGCCCTATCCAGCTGGTCGGGTGATTGACGAATTGGCACATGAGGGGCAAGACATTTAT
+GACTTCCCTCGGGCTATGATTAAAGAGGATAATTTGGAGTTTTCTTTCTCTGGTTTGAAA
+TCCGCCTTTATCAACCTCTACCACAATGCCCAGCAGAAAGGGGAGACCTTGTCCAATGCG
+GACTTGTCAGCCTCTTTCCAAGCCTGTGTTATGGACATTCTCATGGCTAAGACCAAGAAG
+GCCTTGGAGCAATACCCTGTCAAAACCTTGGTGGTAGCGGGCGGTGTGGCAGCTAATCAG
+GGCTTGCGAGAGCGGTTGGCTGCTGAAATTACCGATGTGGAGGTTATCATTCCCCCGCTT
+CGCCTCTGCGGTGACAATGCAGGTATGATTGCCTTAGCAGCGGTCAGTGAGTACAATAAG
+GAAAACCTTGCTGGCTGGGACCTCAATGCCAAGCCTAGTCTGGCTTTTGAGAATTTATAG
+>Streptococcus_suis|ORF240 length 301 aa, 906 bp, from complement(153519..154424) of Streptococcus_suis
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+GAGAATACGATGAAAATACAACCTGAATTTTACGTCTTTAATAACAGATCCTATGTAGAT
+TTTTACCCCATCCAATTTGGCATGGAAGCCTGTAAGCCACTTCACTCATTCGGCCCAACT
+ATGAAACAACACTACCTGTTTCACTACATCATCTCTGGTTCAGGTACTTTTTACGATACC
+TCCGACCAACGTGAATACCACCTAACCGCAGGACAGGGCTTCCTTATCTCCCCAGACGCC
+ATCTGTAGCTACGAAGCAGACGAAAAGGACCCCTGGACCTATATCTGGCTTGAATTTGAC
+GGTCTGAAAACTGAGCATTTTCTCAGACAGGCAGGGCTCTCGAAAGAACAACCTATCTTT
+TCACAACGAGAAATGCCCACCTCTAGCCCTGTCTACCATGAAATGAAACAAATTCTCGCG
+CTCCATCATCAAAAAAGCGCTCTAGTTCTCGGACACCTTTACCTCTTTATCTCCTGCCTC
+ATTGACTGTTCGCTAACCAAAACAAGTAGCAAACACGATGAAAACAAGGAATTTTATATA
+CGAGAAGCTATCAACTTCGTAGAACGAAATTATGAGAAAGCTATATCCGTCGATGATTTG
+GCACAAGTGTGCAACCTCAATCGCCACTACTTCAGTCGGCTATTCAAGGAGCAAATGAAC
+ATCTCACCTCAACAATTTATCATCCAATACCGACTCAGCGAAGCCTGCGAACTCTTAAAA
+AACACTACTAAGACACTACAGGAAATTGCTGAAGAAATCGGCTACTCCAACCAATTCAAT
+TTTTCAACTGCTTTTAAAAGACATTACCAAATTTCTCCAAATCGCTGGCGAAAAATCCAC
+AAATAA
+>Streptococcus_suis|ORF241 length 487 aa, 1464 bp, from 154381..155844 of Streptococcus_suis
+AGGCTTACAATTAGTATAGCATATTTATATGTAAATGTGACATTTTATTTGAAAAAATTA
+AAAAATATCCCAAAATCATATGGAATATGTCAAATATTCCTATTTGATTATAAAGCGCTT
+ACATGTTATAGTTATAGTAGAAATAACAAAGTTCGTCGACGTATTCGACAAAAGAAAAGG
+AGTATTATCATGAAGAAAATTGGTCGCTATGTTACCTTGCTTGCGGCTGCAGGCCTGCTG
+GCAGCGTGTTCTACTTCGACTGAGTCTAGCAAAACTACGGGAGGAAGTAGTTCAGGAAAG
+ACAGAAATATCCTATGCTATTTGGGATTCTGGTCAAGAGCCTGGTTTGAGAAAGATTGCG
+GATGAGTTTGAGAAAAAGAATCCAGATATTAAAATCAATATTCAAGTATCGGACTGGGAT
+TCCTACTGGACCATGTTAGAAGCTGGTGCGACAGGTGGTTCATTGCCTGATACCTTCTGG
+ATGCATTCAAATGAGATTTATCGCTATGGTTCCAATGAAATGCTATTGCCATTGGATGAA
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+TACAATAAAAAATTATTTGACGAAGCAGGCATTCCATATCCAGATGATACTTGGGATTGG
+AATAAGTTGAAAGAAGTAGCGAAGAAATTGACCAAGCCAGATGGTAGTCAGTATGGTTTC
+GGTGCTGGTTTGAGTAACCAAGAGGGCTACTACAACTTTATCTATCAAAATGGTGGTAAG
+GTTATTACTGATGATTTGAAATCAGGCTATGCTGATCCTAAGACCATTGAGGCTTTGGAT
+TACTACTTTAGCTTTGTCAAAGAAAAAATTTCACCGGCTATTACAGTAGATAAAGAGCGG
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+GGTTTCACTGCTAATGACTACATTCGTGAAAATGCTGATGTAGCTGTTTTGCCAAAAGGT
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+GATTCAAACAAAAACTTTACTATCAAGAATTATGTTGACATGGTGGATTATGCACAGATT
+CGTCCATATTCACAAACAACCATCAAGTGGGAAGATAAGGCTTATGAGCTATTGAAACCT
+GCTTATCTTGGAGAAAAAGCAACTGAAGAAGCTGCCAAAGAAACAGCTGATATGATGAAT
+GCTGAATTAGCAACTGAAAAATAG
+>Streptococcus_suis|ORF242 length 103 aa, 312 bp, from complement(155723..156034) of Streptococcus_suis
+AAACTCATCTTCATGGTTTGGAAAATAGGAATAATATTGAGCACGATTAATCCAATAATG
+GTCGGTGCTACCATTCCCCATCCCCAAATTGCCTCATTTAAACTTCCTTTTTTTCGGAAC
+ATCTTATCCCCATCCTTCTTCATTTTAATAAGAAGGTCCGGGGAAGAATCAACTTCCCAA
+GACCTCCTACCTATTTTTCAGTTGCTAATTCAGCATTCATCATATCAGCTGTTTCTTTGG
+CAGCTTCTTCAGTTGCTTTTTCTCCAAGATAAGCAGGTTTCAATAGCTCATAAGCCTTAT
+CTTCCCACTTGA
+>Streptococcus_suis|ORF243 length 322 aa, 969 bp, from 155838..156806 of Streptococcus_suis
+AAAATAGGTAGGAGGTCTTGGGAAGTTGATTCTTCCCCGGACCTTCTTATTAAAATGAAG
+AAGGATGGGGATAAGATGTTCCGAAAAAAAGGAAGTTTAAATGAGGCAATTTGGGGATGG
+GGAATGGTAGCACCGACCATTATTGGATTAATCGTGCTCAATATTATTCCTATTTTCCAA
+ACCATGAAGATGAGTTTTCATAAGAGTGGAGATTTCGGCAAAGGTGACATCTTTGTCGGC
+TTGGCAAATTACCAACGCATGTTAGGGGATGCGCAAGTGTGGCAGGCGACATGGAATACC
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+GTGGCAGCACCAGCCGCGGTGACCATGGTTTGGAAATGGCTCTACAATACGGACTTCGGC
+TTGATTAACTATATCTTGCGTCGTTTGGGACTGGGTGCTGTGAACTGGATTGAAGATCCA
+AAGATTGCTCTATACTCAATCGCTTTGATTGGAATTTGGAGTACGGTTGGCTATAGTATG
+ATTTTAATTTTAGCTGGTTTGCAAGAAATTCCAACGGATTTTTATGAGGCAGCTCGCATT
+GATGGAGCTAGTCCGGCCAAGCAATTTTTCTCCATTACCCTGCCATTGGTTTCACCAACC
+CTGTTCTTTGTTGTGGTAACCAGTGTCATTCAATCCATGCAAGTCTTTGATGTTATCTAT
+ATGATGGAGGATGTTCGTAGTCCTGCCTATGATAAGACAGTATCTCTGGTTTATCTGTTT
+TACAATAATTCCTTTAAATATTCGGATAAGGGCTATGGCTCCACCATTGTCATGTTGTTG
+TTATTGATTATTCTTGTCATTACTTTCGTTCAGATGAAGGTACAGAAAAAATGGGTGCAT
+TACCGTTAA
+>Streptococcus_suis|ORF244 length 290 aa, 873 bp, from 156775..157647 of Streptococcus_suis
+AGGTACAGAAAAAATGGGTGCATTACCGTTAAGGAGGTTCATGTGAAACAATCAGCTTTT
+AAATCAACAATCTGGATGCATGCCTTCTTGATTTTAGTGGCAATGGGCATGCTGATCCCA
+TTTGTTTGGATGGTGTTGACGTCTTTTAAAACGGTAACCGAATCCACTCAGATGAATCCT
+TTCCACTTTTTACCAAGTAACTGGATGGTGAGCAATTATACGGAGGCTATTCGGACTAAT
+AATTTTCCGATACTCTATCTGAACACCATTTTGATGATGTTATGGCGTATCTTTAGCTCG
+GTTATGTTTTCAGCTATGGCAGCTTATGCCTTTGCTCGACTGGAGTTTCCTGGGCGGAAT
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+CAGTATTTGATGATTGACCAACTTGGTATGCGCAATACGATTTTTGCTCTGGTATTCCCA
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+TTCAAGGATTTGCTGTGGCCATTGATTATCAACTCAGAGGCTGACAAGGCTACCCTATCT
+AGCGCACTTTCTAAGATTCAGGGAGCTTACGCTGTTAACTATCCTCAGCTCATGGCTGCA
+AGTGTTTTGGCTATTTGGCCGATGTTGGTACTGTATGTGATATTCCAGAAGCAGTTCATC
+CAAGGGATTGCGACATCTGGTGGAAAATTATAG
+>Streptococcus_suis|ORF245 length 103 aa, 312 bp, from complement(157642..157953) of Streptococcus_suis
+ACTGCTACCATCCTTCTGCACCAACTCAAAAGTCGGAGAAAAATAGTCCGTTGTACCATA
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+AATAAACTCATTGTAAAGATGGAATTCCTTTGTCTTTTCATGAAAGATAATTCCCATTGT
+AGCCTCCTATAA
+>Streptococcus_suis|ORF246 length 736 aa, 2211 bp, from 157648..159858 of Streptococcus_suis
+GAGGCTACAATGGGAATTATCTTTCATGAAAAGACAAAGGAATTCCATCTTTACAATGAG
+TTTATTAGCTATGTGTTGACGGTCTTGCCTAATGGTCATATTGGTAGTTTGTATTATGGA
+AAGCGTGTAACAGAAACAGCTTCTTATCAGTATGTACGTGAAGATGAGTATCGTGCTTTG
+ACTTCCTTTGTAGAAGACGATGACCGTTTCTTTTCGCTCCAATATGCCAATCCTGAATTT
+GCTTGTTATGGTACAACGGACTATTTTTCTCCGACTTTTGAGTTGGTGCAGAAGGATGGT
+AGCAGTCTATCGCACTTTGTGTATCAAGGTCATGCGATTTATGCTGGGCGATCGGCTTTG
+AAGGGTCTTCCTCATCTCTATCTGGATGAGGAGGGACAGGCAGATAGTTTGGATATTTAT
+TTGTTGGATGAAGATTCGCAGACCCGGCTGGTCTTGTCTTATACGATTTTTCGAGATTAT
+CCAGCGGTGACTCGCTCTGCTCGTTTTGAACAACTCGGAGAAAAATCTGTCTGTTTGAAC
+CGTGCCTTGAGTATGACACTTTGTCTGCCTGATATGGACTATGATTGGTTGCATTTGGAT
+GGGGCTTGGGGGCGTGAGCGGCATCTGCAACTATCGCCTCTTCATCAAGGTTGTCAGTCT
+ATTTACAGTCTCAAAGGGGCTAGTAGTGCGGAGCACAATCCCTTTATGGCTTTGAAACGC
+CCAACTGCGGATGAGCAACAGGGAGAGGTACTAGGCTTCTCGCTCGTCTATAGCGGAAAC
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+GAAGCCATGAGTTTTGATTTTGATGAGGAAACAATTCTTTCCTTGGCCAAAGAGGCTGCA
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+ATTATTGACCAAGTTCATGCTATGGGAATGAAATTTGGACTTTGGATCGAACCTGAAATG
+GTCAATAGGGACAGCGAGCTTTACCGAGCGCATCCAGACTGGATTTTCCATCATCCTCAG
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+CAAAATATTCATGACCAACTCCATCGGCTGTTGGCTGAGCATGATATTGATTATATCAAG
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+GACAATAAGGACTTTACTTCTTGTTTGATGGTCCTTCAGAAACAACAGTAG
+>Streptococcus_suis|ORF247 length 189 aa, 570 bp, from complement(157736..158305) of Streptococcus_suis
+ACTGACAACCTTGATGAAGAGGCGATAGTTGCAGATGCCGCTCACGCCCCCAAGCCCCAT
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+AATCTCGAAAAATCGTATAAGACAAGACCAGCCGGGTCTGCGAATCTTCATCCAACAAAT
+AAATATCCAAACTATCTGCCTGTCCCTCCTCATCCAGATAGAGATGAGGAAGACCCTTCA
+AAGCCGATCGCCCAGCATAAATCGCATGACCTTGATACACAAAGTGCGATAGACTGCTAC
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+AAGCACGATACTCATCTTCACGTACATACTGATAAGAAGCTGTTTCTGTTACACGCTTTC
+CATAATACAAACTACCAATATGACCATTAG
+>Streptococcus_suis|ORF248 length 107 aa, 324 bp, from complement(157954..158277) of Streptococcus_suis
+TTGCAGATGCCGCTCACGCCCCCAAGCCCCATCCAAATGCAACCAATCATAGTCCATATC
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+>Streptococcus_suis|ORF249 length 105 aa, 318 bp, from complement(158509..158826) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF250 length 119 aa, 360 bp, from complement(158827..159186) of Streptococcus_suis
+ACGGTAGAGATTGAGAATATAGCGATGGAAGGTCTCACCTTGTCGATCCGCCTCCCGTGT
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+>Streptococcus_suis|ORF251 length 112 aa, 339 bp, from complement(159424..159762) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF252 length 233 aa, 702 bp, from 160133..160834 of Streptococcus_suis
+ATGAAGAAATATGCTTTTCGTGAAGGGATGCGCGATGCCATTCCCACTGTATTGGGCTAT
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+GAGCATCATACCATTACTCCAGAATGGATGTACGGAAATAATTTTGCAAGCTATGCCTCT
+TGGGTTACATTCACGACTCTCGGCAATCTGATTGGTGGTCTCATTCCAAATCCTGAGCAG
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+>Streptococcus_suis|ORF253 length 115 aa, 348 bp, from complement(160793..161140) of Streptococcus_suis
+AATATCAAACGTAATAACGCGGTTGTAACAACGCCAACCAAGACTGCTAAAAGGATATTT
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+>Streptococcus_suis|ORF254 length 108 aa, 327 bp, from 160818..161144 of Streptococcus_suis
+TTGATGATAAAAACTAACATTTTACTGATTATTCTAATGGCGGCCCTGGTGACCTGGGTG
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+>Streptococcus_suis|ORF255 length 343 aa, 1032 bp, from 161145..162176 of Streptococcus_suis
+GAGGTTTTTATGGTAAAAGAAAATGCCAAAGGTGTCGGACTTTGTTTCCTTTTGGCTTTG
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+TTGGCGGCTTTGGTCTTTCCTAGTCTGGCAACTTGGCTTGGGTTTTCGACTGATTCGGGT
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+ATCTTGTATTTTATCTTAGCTAGTCTAATCACAACGATAGCGGGTGGATTTGGTATAGGG
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+GGGATTTGGTAA
+>Streptococcus_suis|ORF256 length 139 aa, 420 bp, from complement(161780..162199) of Streptococcus_suis
+TGTCTTTCCCACTCACATTTCTCTTACCAAATCCCCAAAATCGCTTGCCAGACCAGTGTC
+AACACCGTCACTCCCAGCCAGCAAACCAGACCAACCATGAGAGCCGCTCTGCCATTTTTC
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+TTAGAGAGGGACTTCAACGGAGCAAACCAATCTGCCCCTATACCAAATCCACCCGCTATC
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+ATCGGGATAATGGCTAAAGTTCGTGTTAGCTTAACCGTCACTGCTGTATCTAAGGTCTGA
+>Streptococcus_suis|ORF257 length 846 aa, 2541 bp, from 162630..165170 of Streptococcus_suis
+GAGGATATCATGTCTTATAAAGATATGTTCAGAAAAGAACAACGTTTTTCTTTTCGTAAA
+TTTAGCTTTGGTCTAGCTTCGGCAGTCATTGCAAACGTTATTTTGGGAGGAGCAATCGCA
+AACAGCCCTGTTGTTCATGCTAACACAGTGACAGAAGCAGAGACAGCTGTAGCACCAGCT
+AACCAAGACCTTGGAAATGAGACTAAAACGGAAGAAGAACCCAAGGAACCAATCGAAGCA
+GTTCGCACGGACATGGAAAACCGTGCAGCTGAAATCTTGCCGGAGGCGCTGAATGCTAGT
+GTAACAAACCAAGCACCAGTTATTCCGACTATTGGAGATCTTCCTAAAGATGCGAGTGGT
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+AGAAATGATGCAACTAAAACTTTTCCAATCACAGATCCAGATAGCGACATTCAAACTATT
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+ACTAATGGCACCTCACCTGGTCCAGTATCTTACTTAGATGGTCCAAATGGGTCAGCCACT
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+CGTCGGATTAAAGTGACGGATGCCACTGGTAATACTACTAAGAGTAATCCGTTCTATATG
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+AATAGCGCTCTTGTAATTGATTCTAGCAACTACAAACATTCAATTGCAGGTTATCGTACC
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+GCGACAACTGATACTGATGGAGATGGCGCCAAAGAAGGAATTGTTGGATATATTCAACCA
+AAAACTGGCGGTGCAAACAGTGGGGTAGCCACTTATACAGGATCAAATAATCTTACTTAT
+GGCTTCACTTACAAAGCTGTTGAGACAAAAGATAAGGCGAATGCCACAGAGGCTAAAACT
+CTCGAATTAGATTACACCATCTTATTCATAGATACTAAAGCACCAGTCATGACACCTAAA
+TCAGAGTACATCCGTTTTGTTGGTGAAGAGTATACGGTTAGCGTCCCAGGTACGGATAAC
+GCCTTCCTTAATACCGGCAAACTAAATGGAACTCTCTCAATTTTGAAAGATGGAGAGTCA
+GGTTCTCTTGTATCATCAGACTTAGGTACAAACACTAAGATTACTTCAGAACTGGATCCT
+ACGGGAGCAACTGCAAACCAAGGAGATGACGGTCAATCTTCAACTAAGTTTAACGTTAAG
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+>Streptococcus_suis|ORF277 length 290 aa, 873 bp, from 176690..177562 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF281 length 100 aa, 303 bp, from 179269..179571 of Streptococcus_suis
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+TAA
+>Streptococcus_suis|ORF282 length 107 aa, 324 bp, from complement(180480..180803) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF283 length 100 aa, 303 bp, from 180513..180815 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF284 length 402 aa, 1209 bp, from 181007..182215 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF285 length 566 aa, 1701 bp, from 182330..184030 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF288 length 175 aa, 528 bp, from complement(182916..183443) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF289 length 213 aa, 642 bp, from complement(182945..183586) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF291 length 760 aa, 2283 bp, from complement(184307..186589) of Streptococcus_suis
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+TAA
+>Streptococcus_suis|ORF292 length 216 aa, 651 bp, from 185183..185833 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF293 length 109 aa, 330 bp, from complement(186716..187045) of Streptococcus_suis
+AGCTTACTATACTGTGACCCTTGCGCCAGTAAAGCTTCAATTTCAGAGGCATTGTCTACT
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+>Streptococcus_suis|ORF294 length 249 aa, 750 bp, from 186741..187490 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF337 length 668 aa, 2007 bp, from complement(219952..221958) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF347 length 226 aa, 681 bp, from 226288..226968 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF348 length 156 aa, 471 bp, from complement(227091..227561) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF349 length 115 aa, 348 bp, from 227142..227489 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF350 length 537 aa, 1614 bp, from 227673..229286 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF357 length 450 aa, 1353 bp, from 236474..237826 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF360 length 200 aa, 603 bp, from 238735..239337 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF362 length 324 aa, 975 bp, from 241105..242079 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF363 length 100 aa, 303 bp, from complement(241756..242058) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF364 length 426 aa, 1281 bp, from 242364..243644 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF365 length 401 aa, 1206 bp, from 243278..244483 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF383 length 511 aa, 1536 bp, from 255769..257304 of Streptococcus_suis
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+GATGCCTACTACGGTTACAAAGAACGTCCAGGTCGCATCAAGTAA
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+>Streptococcus_suis|ORF418 length 117 aa, 354 bp, from complement(277337..277690) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF419 length 431 aa, 1296 bp, from 277742..279037 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF421 length 130 aa, 393 bp, from complement(279392..279784) of Streptococcus_suis
+GGTATTTCCCGTCACACCTGTGTCAGCCACTACCAAATGGGCATGGAGTTTCAGCTCAAA
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+>Streptococcus_suis|ORF496 length 109 aa, 330 bp, from 331398..331727 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF500 length 176 aa, 531 bp, from 336343..336873 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF501 length 104 aa, 315 bp, from 336857..337171 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF545 length 366 aa, 1101 bp, from 363447..364547 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF548 length 1113 aa, 3342 bp, from 367979..371320 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF552 length 704 aa, 2115 bp, from 373020..375134 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF553 length 101 aa, 306 bp, from complement(374115..374420) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF555 length 117 aa, 354 bp, from 376056..376409 of Streptococcus_suis
+CAGGTGTACCAGCTGATAACTTCTCGGCAGATGGTCAATTATGGGGAAATCCTATTTACG
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+>Streptococcus_suis|ORF556 length 764 aa, 2295 bp, from 376788..379082 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF611 length 214 aa, 645 bp, from complement(417500..418144) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF667 length 318 aa, 957 bp, from 464214..465170 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF669 length 455 aa, 1368 bp, from 465724..467091 of Streptococcus_suis
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+TAG
+>Streptococcus_suis|ORF709 length 109 aa, 330 bp, from complement(494130..494459) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF710 length 252 aa, 759 bp, from 494624..495382 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF764 length 208 aa, 627 bp, from 535225..535851 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF794 length 467 aa, 1404 bp, from 556452..557855 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF799 length 386 aa, 1161 bp, from 559060..560220 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF800 length 482 aa, 1449 bp, from 560531..561979 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF801 length 428 aa, 1287 bp, from 561960..563246 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF802 length 333 aa, 1002 bp, from 563382..564383 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF803 length 340 aa, 1023 bp, from 564358..565380 of Streptococcus_suis
+TTAGGGAAGAAAAAAATAATGATTAACATTTCTATCATCGTCCCAATTTACAATGTTGAA
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+TAA
+>Streptococcus_suis|ORF804 length 119 aa, 360 bp, from complement(565264..565623) of Streptococcus_suis
+CGTCTCTTGTTTTGTATTCCACTTATTCGTTCGAAAATAGGCAGAAAGCAACAGAAAAAT
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+TTTCAGAAAGACACTAAAATTAAGATGAAGACACCCTACCAAATAATAAGCATTCATTAG
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+GAATGTTGTAATAAATGGTTGAAAGAAAAGGGGATTAAAATGAATCCAACAAATAGTAGA
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+>Streptococcus_suis|ORF820 length 197 aa, 594 bp, from 575748..576341 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF824 length 128 aa, 387 bp, from complement(577958..578344) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF825 length 108 aa, 327 bp, from complement(578011..578337) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF826 length 135 aa, 408 bp, from 578033..578440 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF827 length 275 aa, 828 bp, from 578638..579465 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF848 length 210 aa, 633 bp, from complement(591529..592161) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF990 length 250 aa, 753 bp, from 685754..686506 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1007 length 111 aa, 336 bp, from complement(698517..698852) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1008 length 505 aa, 1518 bp, from 699049..700566 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1122 length 495 aa, 1488 bp, from 779844..781331 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1270 length 423 aa, 1272 bp, from complement(888221..889492) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1271 length 220 aa, 663 bp, from complement(889532..890194) of Streptococcus_suis
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+TAG
+>Streptococcus_suis|ORF1272 length 314 aa, 945 bp, from complement(890195..891139) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1273 length 260 aa, 783 bp, from complement(891230..892012) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1274 length 130 aa, 393 bp, from complement(892000..892392) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1275 length 234 aa, 705 bp, from complement(892319..893023) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1282 length 316 aa, 951 bp, from 897497..898447 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1283 length 502 aa, 1509 bp, from 898393..899901 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1500 length 605 aa, 1818 bp, from complement(1056906..1058723) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1514 length 343 aa, 1032 bp, from complement(1068490..1069521) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1592 length 100 aa, 303 bp, from 1120752..1121054 of Streptococcus_suis
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+TGA
+>Streptococcus_suis|ORF1593 length 100 aa, 303 bp, from 1123052..1123354 of Streptococcus_suis
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+TGA
+>Streptococcus_suis|ORF1594 length 119 aa, 360 bp, from complement(1123147..1123506) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1595 length 175 aa, 528 bp, from complement(1123777..1124304) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1596 length 228 aa, 687 bp, from complement(1124479..1125165) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1613 length 386 aa, 1161 bp, from complement(1141091..1142251) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1691 length 118 aa, 357 bp, from 1188937..1189293 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1799 length 237 aa, 714 bp, from complement(1262158..1262871) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1805 length 109 aa, 330 bp, from complement(1268199..1268528) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1906 length 135 aa, 408 bp, from complement(1328708..1329115) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1907 length 106 aa, 321 bp, from 1328842..1329162 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1908 length 135 aa, 408 bp, from 1329120..1329527 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1909 length 145 aa, 438 bp, from 1329852..1330289 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1910 length 158 aa, 477 bp, from complement(1330441..1330917) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1911 length 220 aa, 663 bp, from complement(1330817..1331479) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1950 length 228 aa, 687 bp, from complement(1357096..1357782) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2002 length 732 aa, 2199 bp, from complement(1399273..1401471) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2003 length 336 aa, 1011 bp, from 1401381..1402391 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2004 length 387 aa, 1164 bp, from complement(1402423..1403586) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2005 length 368 aa, 1107 bp, from complement(1403587..1404693) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2006 length 118 aa, 357 bp, from 1403611..1403967 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2007 length 101 aa, 306 bp, from 1404127..1404432 of Streptococcus_suis
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+GGTGTTTGCATAGGTAAATTGAAATCTACCGATACTCTCTTGCTCATTGAACCAGCGGAA
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+>Streptococcus_suis|ORF2008 length 103 aa, 312 bp, from 1404835..1405146 of Streptococcus_suis
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+TAG
+>Streptococcus_suis|ORF2048 length 112 aa, 339 bp, from complement(1431050..1431388) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2049 length 380 aa, 1143 bp, from complement(1431515..1432657) of Streptococcus_suis
+ATAAAAGTAGGAAGTCTTATGAAATTACCACGTTTTGGCGTTGAGGAATGGCTGAATGTC
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+>Streptococcus_suis|ORF2050 length 256 aa, 771 bp, from complement(1432786..1433556) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2106 length 131 aa, 396 bp, from 1464954..1465349 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2107 length 429 aa, 1290 bp, from 1465464..1466753 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2109 length 402 aa, 1209 bp, from 1466728..1467936 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2110 length 430 aa, 1293 bp, from 1467986..1469278 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2111 length 393 aa, 1182 bp, from 1469491..1470672 of Streptococcus_suis
+AAGGAGGGAATTATCATGGAGGTTCTCTATCAATCTTGTGCAGGTATTGATGTCCATCAA
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+>Streptococcus_suis|ORF2112 length 168 aa, 507 bp, from complement(1470907..1471413) of Streptococcus_suis
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+TTCCGTATGGAGCAAATAATAGAGTGA
+>Streptococcus_suis|ORF2113 length 449 aa, 1350 bp, from 1471763..1473112 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2114 length 101 aa, 306 bp, from 1472832..1473137 of Streptococcus_suis
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+TTGTAA
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+>Streptococcus_suis|ORF2118 length 557 aa, 1674 bp, from complement(1476085..1477758) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2120 length 154 aa, 465 bp, from complement(1477749..1478213) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2121 length 278 aa, 837 bp, from complement(1478167..1479003) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2126 length 315 aa, 948 bp, from 1481512..1482459 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2132 length 958 aa, 2877 bp, from complement(1487045..1489921) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2195 length 418 aa, 1257 bp, from complement(1527586..1528842) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2202 length 101 aa, 306 bp, from 1532445..1532750 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2206 length 612 aa, 1839 bp, from complement(1534489..1536327) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2209 length 214 aa, 645 bp, from complement(1536378..1537022) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2210 length 447 aa, 1344 bp, from complement(1536919..1538262) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2211 length 131 aa, 396 bp, from 1537129..1537524 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2212 length 221 aa, 666 bp, from complement(1538252..1538917) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2213 length 1052 aa, 3159 bp, from complement(1538993..1542151) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2214 length 101 aa, 306 bp, from 1541396..1541701 of Streptococcus_suis
+CAGCTCCAACCCCTCCTCAAAATAGGCTTGTGGCAGACGAAAATGTCGTCCAAAATGAGT
+AAGAATATCCGAATCTATACCAACTTTCTCTGGTACCAAGGCCCAGAGAAAATCCAGGAG
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+>Streptococcus_suis|ORF2252 length 637 aa, 1914 bp, from complement(1567131..1569044) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2253 length 105 aa, 318 bp, from 1568275..1568592 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2269 length 317 aa, 954 bp, from complement(1576844..1577797) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2274 length 100 aa, 303 bp, from 1580318..1580620 of Streptococcus_suis
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+ACGCCTTACATGGTCAACCACGACTCTATGTTTGGTACTGGTCAATATCCTAAGTTCAAG
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+>Streptococcus_suis|ORF2297 length 125 aa, 378 bp, from complement(1594646..1595023) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2303 length 109 aa, 330 bp, from 1598786..1599115 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2304 length 1073 aa, 3222 bp, from complement(1599033..1602254) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2305 length 139 aa, 420 bp, from 1599237..1599656 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2306 length 213 aa, 642 bp, from complement(1602232..1602873) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2307 length 318 aa, 957 bp, from 1602901..1603857 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2308 length 156 aa, 471 bp, from complement(1603911..1604381) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2309 length 213 aa, 642 bp, from complement(1604747..1605388) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2310 length 164 aa, 495 bp, from complement(1605372..1605866) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2311 length 289 aa, 870 bp, from complement(1605909..1606778) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2313 length 139 aa, 420 bp, from 1606527..1606946 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2415 length 114 aa, 345 bp, from 1667405..1667749 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2433 length 340 aa, 1023 bp, from complement(1675760..1676782) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2434 length 636 aa, 1911 bp, from complement(1677135..1679045) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2435 length 111 aa, 336 bp, from complement(1677230..1677565) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2436 length 113 aa, 342 bp, from complement(1678987..1679328) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2437 length 422 aa, 1269 bp, from 1679111..1680379 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2453 length 303 aa, 912 bp, from complement(1692360..1693271) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2454 length 422 aa, 1269 bp, from complement(1693272..1694540) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2496 length 136 aa, 411 bp, from 1718616..1719026 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2497 length 516 aa, 1551 bp, from complement(1718896..1720446) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2649 length 302 aa, 909 bp, from complement(1824918..1825826) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2665 length 270 aa, 813 bp, from complement(1831238..1832050) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2667 length 466 aa, 1401 bp, from complement(1832464..1833864) of Streptococcus_suis
+GAGCCTATGGAAGCAAAGAAATTATGGGGAGGTCGCTTTGAAGCCAGTCTTGAGGAATGG
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+>Streptococcus_suis|ORF2668 length 417 aa, 1254 bp, from complement(1833872..1835125) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2743 length 117 aa, 354 bp, from 1877489..1877842 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2744 length 103 aa, 312 bp, from 1877879..1878190 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2745 length 168 aa, 507 bp, from 1878911..1879417 of Streptococcus_suis
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+TAG
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+>Streptococcus_suis|ORF2765 length 114 aa, 345 bp, from 1893241..1893585 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2766 length 846 aa, 2541 bp, from complement(1893773..1896313) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2801 length 1006 aa, 3021 bp, from complement(1921434..1924454) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2856 length 303 aa, 912 bp, from complement(1959144..1960055) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2858 length 348 aa, 1047 bp, from complement(1960125..1961171) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2905 length 117 aa, 354 bp, from 2000502..2000855 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2908 length 180 aa, 543 bp, from complement(2004615..2005157) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2909 length 413 aa, 1242 bp, from 2005223..2006464 of Streptococcus_suis
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+NNNNNNNNNNNNNNNNNGTGNATANATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAGNNTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+ATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+NNNNNNNNTAANNTAGMNTGA
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+NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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+ATANATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+GGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNTAA
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+ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+NNNNNNNNTAANNTAGNNTGA
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+++ b/test-data/get_orf_input.t1_prot_out.fasta	Tue Jan 29 10:19:01 2013 -0500
@@ -0,0 +1,9 @@
+>alpha|CDS1 length 87 aa, 264 bp, from 68..331 of alpha three forward CDS using table 1
+MXXXXXXXXXXXKKKKKKKKKKKKKKKKNPPPPPPPPPPPPPPPPPGGGGGGGGGGGGGG
+GGGFFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXXXX
+>alpha|CDS2 length 84 aa, 255 bp, from 72..326 of alpha three forward CDS using table 1
+MXXXXXXXXXXKKKKKKKKKKKKKKKKTPPPPPPPPPPPPPPPPRGGGGGGGGGGGGGGG
+GVFFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXX
+>alpha|CDS3 length 86 aa, 261 bp, from 76..336 of alpha three forward CDS using table 1
+MXXXXXXXXKKKKKKKKKKKKKKKKKPPPPPPPPPPPPPPPPPGGGGGGGGGGGGGGGGG
+FFFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXXXXX
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.py	Thu Jan 19 10:17:10 2012 -0500
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.py	Tue Jan 29 10:19:01 2013 -0500
@@ -16,12 +16,12 @@
 molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 25(11) 1422-3.
 http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878.
 
-This script is copyright 2011 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+This script is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
 (formerly SCRI), Dundee, UK. All rights reserved.
 
 See accompanying text file for licence details (MIT/BSD style).
 
-This is version 0.0.1 of the script.
+This is version 0.0.2 of the script.
 """
 import sys
 import re
@@ -159,7 +159,7 @@
         for frame in range(0,3) :
             for offset, n, t in break_up_frame(rc[frame:]):
                 start = full_len - frame - offset #zero based
-                answer.append((start, start + len(n), -1, n ,t))
+                answer.append((start - len(n), start, -1, n ,t))
     answer.sort()
     return answer
 
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.txt	Thu Jan 19 10:17:10 2012 -0500
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.txt	Tue Jan 29 10:19:01 2013 -0500
@@ -1,7 +1,7 @@
 Galaxy tool to find ORFs or simple CDSs
 =======================================
 
-This tool is copyright 2011 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+This tool is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
 (formerly SCRI, Scottish Crop Research Institute), UK. All rights reserved.
 See the licence text below.
 
@@ -15,9 +15,9 @@
 * get_orfs_or_cdss.py (the Python script)
 * get_orfs_or_cdss.xml (the Galaxy tool definition)
 
-The suggested location is in the Galaxy folder tools/filters next to the tool
+If you are installing this manually (rather than via the Tool Shed), the
+suggested location is in the Galaxy folder tools/filters next to the tool
 for calling sff_extract.py for converting SFF to FASTQ or FASTA + QUAL.
-
 You will also need to modify the tools_conf.xml file to tell Galaxy to offer the
 tool. One suggested location is in the filters section. Simply add the line:
 
@@ -25,13 +25,19 @@
 
 You will also need to install Biopython 1.54 or later. If you want to run
 the unit tests, include this line in tools_conf.xml.sample and the sample
-FASTA files under the test-data directory. That's it.
+FASTA files under the test-data directory. Then:
+
+./run_functional_tests.sh -id get_orfs_or_cdss
+
+That's it.
 
 
 History
 =======
 
 v0.0.1 - Initial version.
+v0.0.2 - Correct labelling issue on reverse strand.
+       - Use the new <stdio> settings in the XML wrappers to catch errors
 
 
 Developers
@@ -43,7 +49,7 @@
 For making the "Galaxy Tool Shed" http://community.g2.bx.psu.edu/ tarball use
 the following command from the Galaxy root folder:
 
-tar -czf get_orfs_or_cdss.tar.gz tools/filters/get_orfs_or_cdss.*
+tar -czf get_orfs_or_cdss.tar.gz tools/filters/get_orfs_or_cdss.* test-data/get_orf_input*.fasta
 
 Check this worked:
 
@@ -51,6 +57,14 @@
 filter/get_orfs_or_cdss.py
 filter/get_orfs_or_cdss.txt
 filter/get_orfs_or_cdss.xml
+test-data/get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta
+test-data/get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta
+test-data/get_orf_input.t11_nuc_out.fasta
+test-data/get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta
+test-data/get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta
+test-data/get_orf_input.t11_prot_out.fasta
+test-data/get_orf_input.t1_nuc_out.fasta
+test-data/get_orf_input.t1_prot_out.fasta
 
 
 Licence (MIT/BSD style)
--- a/tools/filters/get_orfs_or_cdss.xml	Thu Jan 19 10:17:10 2012 -0500
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.xml	Tue Jan 29 10:19:01 2013 -0500
@@ -1,8 +1,13 @@
-<tool id="get_orfs_or_cdss" name="Get open reading frames (ORFs) or coding sequences (CDSs)" version="0.0.1">
+<tool id="get_orfs_or_cdss" name="Get open reading frames (ORFs) or coding sequences (CDSs)" version="0.0.2">
 	<description>e.g. to get peptides from ESTs</description>
 	<command interpreter="python">
 get_orfs_or_cdss.py $input_file $input_file.ext $table $ftype $ends $mode $min_len $strand $out_nuc_file $out_prot_file
 	</command>
+	<stdio>
+		<!-- Anything other than zero is an error -->
+		<exit_code range="1:" />
+		<exit_code range=":-1" />
+	</stdio>
 	<inputs>
 		<param name="input_file" type="data" format="fasta,fastq,sff" label="Sequence file (nucleotides)" help="FASTA, FASTQ, or SFF format." />
 		<param name="table" type="select" label="Genetic code" help="Tables from the NCBI, these determine the start and stop codons">
@@ -85,6 +90,17 @@
                         <output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta" />
                         <output name="out_prot_file" file="get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta" />
 		</test>
+                <test>
+			<param name="input_file" value="Ssuis.fasta" />
+			<param name="table" value="11" />
+			<param name="ftype" value="ORF" />
+			<param name="ends" value="open" />
+			<param name="mode" value="all" />
+			<param name="min_len" value="100" />
+			<param name="strand" value="both" />
+			<output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta" />
+			<output name="out_prot_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta" />
+		</test>
 	</tests>
 	<requirements>
 		<requirement type="python-module">Bio</requirement>