Mercurial > repos > peterjc > get_orfs_or_cdss

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@@ -0,0 +1,41831 @@
+>Streptococcus_suis|ORF1 length 457 aa, 1374 bp, from 1..1374 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF5 length 126 aa, 381 bp, from 3933..4313 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF6 length 377 aa, 1134 bp, from 4381..5514 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF7 length 115 aa, 348 bp, from complement(4450..4797) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF8 length 115 aa, 348 bp, from complement(4491..4838) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF9 length 192 aa, 579 bp, from 5663..6241 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF10 length 1166 aa, 3501 bp, from 6235..9735 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF18 length 309 aa, 930 bp, from complement(13835..14764) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF19 length 157 aa, 474 bp, from 15964..16437 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF20 length 189 aa, 570 bp, from complement(17317..17886) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF21 length 103 aa, 312 bp, from complement(19642..19953) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF22 length 106 aa, 321 bp, from complement(20791..21111) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF23 length 109 aa, 330 bp, from 21320..21649 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF24 length 281 aa, 846 bp, from 23560..24405 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF25 length 121 aa, 366 bp, from complement(23778..24143) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF26 length 174 aa, 525 bp, from 24386..24910 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF27 length 446 aa, 1341 bp, from 24911..26251 of Streptococcus_suis
+AAATGTAATAATTGCGTAATATACTTACGCGATTTTTTTGATAAAATGAGAGAGTCAGAA
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+>Streptococcus_suis|ORF28 length 325 aa, 978 bp, from 26345..27322 of Streptococcus_suis
+GAGGCTGTCATGGCGTTTACTGACTTAAAATTGTTCGCTCTTTCGTCAAATCAGAAGTTA
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+>Streptococcus_suis|ORF30 length 114 aa, 345 bp, from complement(28219..28563) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF32 length 112 aa, 339 bp, from complement(28604..28942) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF33 length 338 aa, 1017 bp, from 29344..30360 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF34 length 244 aa, 735 bp, from 30692..31426 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF35 length 1243 aa, 3732 bp, from 31427..35158 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF36 length 164 aa, 495 bp, from complement(32644..33138) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF37 length 128 aa, 387 bp, from complement(34369..34755) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF38 length 103 aa, 312 bp, from complement(34817..35128) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF39 length 532 aa, 1599 bp, from 35017..36615 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF40 length 350 aa, 1053 bp, from 36641..37693 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF41 length 134 aa, 405 bp, from complement(37334..37738) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF42 length 191 aa, 576 bp, from 37666..38241 of Streptococcus_suis
+GGAAGACAAGAGTGTGGTCATCAAATGAAACGAATAGCAGTGTTTGCATCAGGCAACGGC
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+>Streptococcus_suis|ORF43 length 118 aa, 357 bp, from complement(38199..38555) of Streptococcus_suis
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+GTCATGATTTCTCCTTATTTTTTCACTGCCCCTAACTCCTCCAAAACTGCTGGATAG
+>Streptococcus_suis|ORF44 length 518 aa, 1557 bp, from 38242..39798 of Streptococcus_suis
+GGAGAAATCATGACAAAACGCGCACTAATTAGCGTATCAGATAAAAATGGTATTGTAGAA
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+GTTTTGGCGTCGGATGCCTTCTTCCCATTTGCTGATAACGTGGAAGAAATTGCTGCCGCA
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+>Streptococcus_suis|ORF56 length 123 aa, 372 bp, from complement(41693..42064) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF57 length 126 aa, 381 bp, from complement(42189..42569) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF61 length 416 aa, 1251 bp, from 43620..44870 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF62 length 434 aa, 1305 bp, from 44860..46164 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF63 length 114 aa, 345 bp, from complement(45180..45524) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF64 length 262 aa, 789 bp, from 47041..47829 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF65 length 195 aa, 588 bp, from 47830..48417 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF66 length 187 aa, 564 bp, from 48297..48860 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF67 length 324 aa, 975 bp, from 48751..49725 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF68 length 132 aa, 399 bp, from complement(49136..49534) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF72 length 109 aa, 330 bp, from 52868..53197 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF73 length 226 aa, 681 bp, from complement(53164..53844) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF78 length 392 aa, 1179 bp, from 56709..57887 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF79 length 321 aa, 966 bp, from complement(58425..59390) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF80 length 409 aa, 1230 bp, from 59494..60723 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF83 length 651 aa, 1956 bp, from 62537..64492 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF84 length 138 aa, 417 bp, from complement(62585..63001) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF163 length 112 aa, 339 bp, from complement(107800..108138) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF181 length 117 aa, 354 bp, from complement(118092..118445) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF182 length 136 aa, 411 bp, from 118445..118855 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF201 length 360 aa, 1083 bp, from complement(128035..129117) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF202 length 106 aa, 321 bp, from 128792..129112 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF203 length 125 aa, 378 bp, from 129821..130198 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF232 length 143 aa, 432 bp, from 146816..147247 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF234 length 560 aa, 1683 bp, from complement(148845..150527) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF235 length 302 aa, 909 bp, from 149316..150224 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF237 length 174 aa, 525 bp, from 151961..152485 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF239 length 339 aa, 1020 bp, from 152463..153482 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF240 length 301 aa, 906 bp, from complement(153519..154424) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF243 length 322 aa, 969 bp, from 155838..156806 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF244 length 290 aa, 873 bp, from 156775..157647 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF245 length 103 aa, 312 bp, from complement(157642..157953) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF246 length 736 aa, 2211 bp, from 157648..159858 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF277 length 290 aa, 873 bp, from 176690..177562 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF283 length 100 aa, 303 bp, from 180513..180815 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF284 length 402 aa, 1209 bp, from 181007..182215 of Streptococcus_suis
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+GAAAAATAG
+>Streptococcus_suis|ORF285 length 566 aa, 1701 bp, from 182330..184030 of Streptococcus_suis
+TTAGGACTTATAGAAATGGAAACTGCAAATAAAAAATTCAGATATAGTATTCGTAAATTT
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+>Streptococcus_suis|ORF302 length 104 aa, 315 bp, from complement(191913..192227) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF335 length 560 aa, 1683 bp, from complement(218246..219928) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF351 length 316 aa, 951 bp, from 229314..230264 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF354 length 665 aa, 1998 bp, from 233437..235434 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF355 length 145 aa, 438 bp, from 233970..234407 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF356 length 214 aa, 645 bp, from 235424..236068 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF357 length 450 aa, 1353 bp, from 236474..237826 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF391 length 156 aa, 471 bp, from complement(259957..260427) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF392 length 107 aa, 324 bp, from complement(260428..260751) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF648 length 245 aa, 738 bp, from 449781..450518 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF649 length 388 aa, 1167 bp, from 450519..451685 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF651 length 360 aa, 1083 bp, from 451676..452758 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF652 length 334 aa, 1005 bp, from 452830..453834 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF653 length 102 aa, 309 bp, from complement(452920..453228) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF655 length 120 aa, 363 bp, from complement(454108..454470) of Streptococcus_suis
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+TGA
+>Streptococcus_suis|ORF656 length 136 aa, 411 bp, from complement(455430..455840) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF657 length 203 aa, 612 bp, from 457019..457630 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF658 length 162 aa, 489 bp, from complement(457271..457759) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF659 length 118 aa, 357 bp, from 457278..457634 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF660 length 1608 aa, 4827 bp, from 457812..462638 of Streptococcus_suis
+ACTGCTGGGATTGAAGTGCAAGAAACACCAGTAACAACGGAAATTAGTAAATTAACAGAA
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+>Streptococcus_suis|ORF679 length 201 aa, 606 bp, from 472686..473291 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF752 length 134 aa, 405 bp, from complement(523824..524228) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF760 length 102 aa, 309 bp, from complement(529853..530161) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF769 length 213 aa, 642 bp, from 539231..539872 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF770 length 289 aa, 870 bp, from 539860..540729 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF772 length 100 aa, 303 bp, from complement(541187..541489) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF773 length 127 aa, 384 bp, from 542542..542925 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF775 length 859 aa, 2580 bp, from 543204..545783 of Streptococcus_suis
+TCATTCTTTTTCCTTCTTCTAACAGTTACTGATGTTACTAGTCTAACAAAAAAACACGCC
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+>Streptococcus_suis|ORF791 length 228 aa, 687 bp, from 554995..555681 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF793 length 247 aa, 744 bp, from 555708..556451 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF795 length 406 aa, 1221 bp, from 557839..559059 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF836 length 170 aa, 513 bp, from 585666..586178 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF978 length 304 aa, 915 bp, from 677846..678760 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF998 length 259 aa, 780 bp, from 692156..692935 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1163 length 340 aa, 1023 bp, from 810504..811526 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1167 length 314 aa, 945 bp, from 812192..813136 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1168 length 172 aa, 519 bp, from 813416..813934 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1619 length 381 aa, 1146 bp, from complement(1148713..1149858) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1620 length 286 aa, 861 bp, from complement(1149773..1150633) of Streptococcus_suis
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+TACATCTCAACGGACTATGTCTTCAATGGTGATTTGCCAGTCGGCAAAGAGTGGCAAGTA
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+>Streptococcus_suis|ORF1641 length 343 aa, 1032 bp, from complement(1157112..1158143) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1642 length 179 aa, 540 bp, from complement(1158157..1158696) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1655 length 102 aa, 309 bp, from 1168696..1169004 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1659 length 304 aa, 915 bp, from complement(1170886..1171800) of Streptococcus_suis
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+ATGGAAAAACTAATGGCCCTAGTCTTACTGGTTATGGTGCTGGGTTCAGGAATGCGAGTT
+CTCAACTTACCAGCCCTTTACATTGGTACAATGCTTGTTGGTGCTACAATAGCATTTATT
+AATGTTTTGCTACCAAGTTTGGTTGCGGCTAATTTTCCAAAGAAAATTGGTCTGTATACG
+ACGATTTATATCACTCTCATGGGGGTGGCGGCAACAGTTGCATCTATGATTGCTGTTCCA
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+GCTTTCCTGATCTGGTTGCCTAATGTAAAAAATAACCATCGATTTGCAAGTGAGAACCAA
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+TGA
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+>Streptococcus_suis|ORF1670 length 309 aa, 930 bp, from complement(1177079..1178008) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1672 length 196 aa, 591 bp, from complement(1178995..1179585) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1674 length 296 aa, 891 bp, from complement(1179687..1180577) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1676 length 273 aa, 822 bp, from complement(1182378..1183199) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1677 length 118 aa, 357 bp, from complement(1183175..1183531) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1678 length 241 aa, 726 bp, from complement(1183572..1184297) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1679 length 105 aa, 318 bp, from 1183728..1184045 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1680 length 116 aa, 351 bp, from 1183777..1184127 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1681 length 156 aa, 471 bp, from complement(1184302..1184772) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1682 length 111 aa, 336 bp, from 1184306..1184641 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1702 length 124 aa, 375 bp, from complement(1195608..1195982) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1703 length 130 aa, 393 bp, from complement(1196028..1196420) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1940 length 107 aa, 324 bp, from complement(1350631..1350954) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1977 length 121 aa, 366 bp, from 1378881..1379246 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1978 length 688 aa, 2067 bp, from complement(1380258..1382324) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1979 length 168 aa, 507 bp, from 1381557..1382063 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1980 length 128 aa, 387 bp, from 1382334..1382720 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1998 length 493 aa, 1482 bp, from complement(1394658..1396139) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF1999 length 288 aa, 867 bp, from complement(1396177..1397043) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2000 length 301 aa, 906 bp, from complement(1397018..1397923) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2065 length 120 aa, 363 bp, from 1440606..1440968 of Streptococcus_suis
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+TAG
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+>Streptococcus_suis|ORF2073 length 110 aa, 333 bp, from complement(1443436..1443768) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2074 length 323 aa, 972 bp, from complement(1443848..1444819) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2078 length 313 aa, 942 bp, from complement(1445934..1446875) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2080 length 289 aa, 870 bp, from complement(1446905..1447774) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2081 length 207 aa, 624 bp, from complement(1447762..1448385) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2082 length 433 aa, 1302 bp, from complement(1448430..1449731) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2083 length 119 aa, 360 bp, from 1449174..1449533 of Streptococcus_suis
+GATAGTATTAATTGTCGCACCGACGCTGACAACATCCATGAAGATATGTGCCCCTTGAAT
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+>Streptococcus_suis|ORF2084 length 120 aa, 363 bp, from 1449409..1449771 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2085 length 200 aa, 603 bp, from complement(1449840..1450442) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2086 length 406 aa, 1221 bp, from complement(1450486..1451706) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2091 length 361 aa, 1086 bp, from complement(1453300..1454385) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2092 length 104 aa, 315 bp, from 1454038..1454352 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2096 length 171 aa, 516 bp, from complement(1457371..1457886) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2101 length 366 aa, 1101 bp, from 1460501..1461601 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2102 length 475 aa, 1428 bp, from complement(1461668..1463095) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2103 length 131 aa, 396 bp, from complement(1463357..1463752) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2104 length 122 aa, 369 bp, from complement(1464076..1464444) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2105 length 230 aa, 693 bp, from complement(1464651..1465343) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2106 length 131 aa, 396 bp, from 1464954..1465349 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2109 length 402 aa, 1209 bp, from 1466728..1467936 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2111 length 393 aa, 1182 bp, from 1469491..1470672 of Streptococcus_suis
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+GCCAATATTGTCGTCTGTATCCTACATGGACCACTCACCTCAACTCGTCCAAAGCGTGAG
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+>Streptococcus_suis|ORF2112 length 168 aa, 507 bp, from complement(1470907..1471413) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2113 length 449 aa, 1350 bp, from 1471763..1473112 of Streptococcus_suis
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+GCAGACTTTTATGAGAAACGAAAAAGACAATCGCAAACGACTTCAACGAAGCCGCACACG
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+>Streptococcus_suis|ORF2114 length 101 aa, 306 bp, from 1472832..1473137 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2115 length 198 aa, 597 bp, from complement(1473764..1474360) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2116 length 297 aa, 894 bp, from complement(1474332..1475225) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2117 length 278 aa, 837 bp, from complement(1475158..1475994) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2118 length 557 aa, 1674 bp, from complement(1476085..1477758) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2119 length 131 aa, 396 bp, from 1477367..1477762 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2120 length 154 aa, 465 bp, from complement(1477749..1478213) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2121 length 278 aa, 837 bp, from complement(1478167..1479003) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2122 length 294 aa, 885 bp, from complement(1478981..1479865) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2123 length 455 aa, 1368 bp, from complement(1480040..1481407) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2181 length 117 aa, 354 bp, from 1519969..1520322 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2184 length 244 aa, 735 bp, from complement(1521683..1522417) of Streptococcus_suis
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+CTTCTGGGTTGTGTTTCCTGCATCTGCTTGTCTACTTCTGGAACAATAGCCGTTGTCTTT
+GGAGCAATAATAGTTTCCTCTAGTGCGATGATTTCTGTATCACCCGTTACAGCTGATACA
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+>Streptococcus_suis|ORF2212 length 221 aa, 666 bp, from complement(1538252..1538917) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2213 length 1052 aa, 3159 bp, from complement(1538993..1542151) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2215 length 104 aa, 315 bp, from complement(1542224..1542538) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2225 length 388 aa, 1167 bp, from complement(1545877..1547043) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2260 length 455 aa, 1368 bp, from 1572326..1573693 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2263 length 196 aa, 591 bp, from 1574514..1575104 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2264 length 148 aa, 447 bp, from 1574683..1575129 of Streptococcus_suis
+CCCTCGATGTACTCCTCACGAAGAGCTGCTTGTTCCTGCAACTCCTCCTCTGTCAAGCCT
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+>Streptococcus_suis|ORF2265 length 691 aa, 2076 bp, from complement(1574808..1576883) of Streptococcus_suis
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+GTGACCTTCCATGAGAAAATCGGCTCACTTTACGAGCACATGGAACGCACCAAAGTTATC
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+GCGGCGGACATCTACAAATTTGACCTCTTGACAGGCATGGTCGGTGAGTTTGATGAATTG
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+GAAAAGGCGGAGGTGACTGCGATTGACGAGGCCCTCTTCGAAAACGACCAGGAAAAAGCC
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+GCTGTGGCGGTCTTCAATCTCTTGAATAGCAAGTAG
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+CCATAA
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+CCACTTTTGGATGAAGCAACACGAGCAGAATTGTTGAAGGAGGACGCAGAATAA
+>Streptococcus_suis|ORF2270 length 111 aa, 336 bp, from complement(1578052..1578387) of Streptococcus_suis
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+GTGGAGAACTAG
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+TTGCAAGTTATGAGTAAGGAAATGATTAAGCTAGATAATATTGATGTAACTTTCCAGCAG
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+CGCCACATCCAGCAAACCAATCTGCTGAGCAAAAATGGATTTCTTTGA
+>Streptococcus_suis|ORF2279 length 287 aa, 864 bp, from complement(1582978..1583841) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2280 length 237 aa, 714 bp, from complement(1583979..1584692) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2283 length 144 aa, 435 bp, from complement(1585814..1586248) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2284 length 108 aa, 327 bp, from complement(1586387..1586713) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2285 length 287 aa, 864 bp, from 1587299..1588162 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2521 length 227 aa, 684 bp, from complement(1739072..1739755) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2616 length 1700 aa, 5103 bp, from complement(1798336..1803438) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2636 length 101 aa, 306 bp, from complement(1812205..1812510) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2649 length 302 aa, 909 bp, from complement(1824918..1825826) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2657 length 145 aa, 438 bp, from 1827776..1828213 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2837 length 144 aa, 435 bp, from 1944564..1944998 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2841 length 442 aa, 1329 bp, from 1947638..1948966 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2842 length 443 aa, 1332 bp, from 1949143..1950474 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2844 length 289 aa, 870 bp, from 1950449..1951318 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2847 length 689 aa, 2070 bp, from 1953159..1955228 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2848 length 165 aa, 498 bp, from complement(1955382..1955879) of Streptococcus_suis
+TATTTACAGTCTACATGTAGTGTTTTTATTATAAAGAGGAAGTGTATGAAGAAGAAAATA
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+>Streptococcus_suis|ORF2863 length 241 aa, 726 bp, from 1967598..1968323 of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2900 length 366 aa, 1101 bp, from complement(1996681..1997781) of Streptococcus_suis
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+>Streptococcus_suis|ORF2901 length 306 aa, 921 bp, from 1998013..1998933 of Streptococcus_suis
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+VIYKKYGQYAYIVTNTHVINNAEKIDILLASGEKISGELVGSDTYSDIAVIKISADKVTA
+VAEFADSDTIKVGETAIAIGSPLGSVYANTVTQGIISSLSRTVTSQSKDGQTISTNAIQT
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+KTGQVSRPALGVHMVNLTTLSTSQLEKAGLSNTELTSGVVIVSTQSGLPADGKLETFDVI
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+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAGNNTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNNNNN
+NNNNNNNNTAANNTAGMNTGA
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+GGGGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNN
+NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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+ATANATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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+GGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNTAA
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+GGGGGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTN
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNNNNN
+NNNNNNNNTAANNTAGMNTGA
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+CCCCCCCCCCCCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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+NNNNNNNNNNNNNNNNTAANNTAG
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+ATANATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+NNNNNNNNNNNNTAA
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+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNNNNNNNNN
+NNNNNNNNTAANNTAGNNTGA
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+TTTTTTTTTTTTTTT
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+GGVFFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXXXX
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+GFFFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXX
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+FFFFFFFFFFFFFFFFXXXXXXXXXX
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+NNNNNNNNTAANNTAGMNTGA
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-@WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642
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-@WTSI_1055_1f15.p1kpIBF bases 1 to 261
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-@WTSI_1055_1f16.p1kpIBF bases 1 to 363
-TAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACATTGGGGGGGGGGGGGGGGGTCGAAAGGTAAAAAAAAAGTAGAAAAATTTCATGCATTTACAAATTAACTTAGAATTTAGCTTCTGCCTACCATAGAGCTCAAATTATGCGATGACACGCTTACGAAATCTGCGCAAGAATTTGTCAAACAGCAACAGTCAAGCAAAATTGTTGATCATGCTCAAATTGTGTGTGAGAATTTCTTTCTTGTTCTGCTGCTCACTTCGAACGAGGATTTAATTGTGCACTACAGAATCGGCGCTTCTTCGCGCTTTACGTCGTTTTCGATT
-+WTSI_1055_1f16.p1kpIBF bases 1 to 363
-!025:<99940.34:502<<<899AAAAICCBBFIIIIIIOKKKKKOKTTTOTNFDHDDIITNIDDDDTTTTNNGGEEMQYYYYYYYYQMB88///BBDDDDDOYYYYYYQQMMMQQPMMKHDDBE??ENILKFFHHD:8.+++-1<@OIIIISKKMKIIIIIIED???EDKKKKKKKJDKKKJJJJJJDJBIDDDDDSKKKKKKMKKDDDKKSSMMSSSPPMSSYYIFFFFFIMTMOSSSMMMMSSSMMKSFFFKKKMF7719.00,,,BBKKMMMKFBB=??DKKKKKKHKKKKKPMKEBDBA<AA>>?:?:.,2./4522-..::<<@B7?BKKKK???BKB???=:43---13/,,/1
-@WTSI_1055_1f17.p1kpIBF bases 1 to 436
-AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACTACTTCTGATGGCCAGAAGAATCGACGTGTTCTCCGAAAAGAACCCGACAAAGAAGATGAGAATATTGGCATTCTTTGACCCGGGGTCACAAGTCACCATGGTGAAAAGTTCCGTGGTACAAGCTCTAAGCCCGCAGAAAATAAAGGAAGGGCTATTGGAAGTGAGCGGCTTCCACAGCGAAATACCGGTGAAGCTGGACGCCCCACAATATAAACTACAAGTTGCCTTGGCAGACGGCCGTTCGGAGAACCTTGTAGCATATCGGGCCGATTGGATAGTCAGATCCATCCGCAGAGCTGAATGGAGCACCGGGAAAGTGGAAGCAGTTGACGATGAGCCGGATTTGCTCATTGGAATGCCAGAG
-+WTSI_1055_1f17.p1kpIBF bases 1 to 436
-!08<;=<:404::4.25:9<>>ECIIIIIIDDDDDHIINIMKKKNNNHDDDDDDDDDIIYNIDDDDTDCCCAA;97699;IIITTTTTTNNNNNIIIIIIIIIIITYYYYTTTNNNTTTYYYYYYYYYYYYTTNNNNOO@8@BEIIITTTYYYYNNNNNTNNNNNNNLLLLLLLLNTYTTTTTTTNNNNNTTTYNNNNNTYYYYTTTTTTYYYYYYYYYTNNNJNOYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTYTTOMKLYYYYTTTTTIINNNNTYYYYYYTNIFFIIIIYYYYYYYYYYYYYYOOOIINKKKQQYYTTTTTTYYYYYOIDDDDDFTKMKGGINKKINNYKKKKMMMKKKKKKMIHH>>==:?;BAAQ=963;<<<<::;33,4./,591,,
-@WTSI_1055_1f23.p1kpIBF bases 1 to 383
-AAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCCCCTATCCCCGCAGAGGTCCATCCAGGAGTCCCAAGAGCACATGGAGAGCACTTTCAAGGCGTTGCGTCGTCAGCTGCCGGTGACGCGCTCCAAGCTGAACTGGCTGAACTTCCATTCCTTCCGCATCACTCAGCAGGAGATGAAGCAGCCGCCCTCGGCCGGCCAGCAACAACAGTCCCAGTGATGGAGCAGTCCAAGAAGAGGAAGCGAGCGAATTTGGAGCATCGCCCATTCATTTCAATTAATACCTTTCCGATTTGTGTACTTTCCCCGACATTTTCGCCATCCAATTATGGCAAGTGAAAGTTT
-+WTSI_1055_1f23.p1kpIBF bases 1 to 383
-!34:<<<<<;289:87;<::>AACCEDIIIFDDHHHINNTYYYKKNNNIIIIHDDDDDIIYNDDDDDTTYYYFDDAAADFKYMIFFDDDDHDDFIFFIIDDHHHITTTYINNIIIKKKOMIHHDHHIYYYYLYINNNNNOKFFFDENNNNNHGGLLLNLNNNNNYNNNLNJTTTNNNJLINNNNTYYYYYYYYYYYYYYNNNNNNYYYTTTTTYTTTTTTYYYYNLIIIIIIIIIYYYYYTTTTTTYYYYYLIIIIIIILTYYYYTTOOKLYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOOIFFIYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKKIIIITOYYYQQOIEEAACC>>@=;>5>AAAAAAIB94
-@WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670
-TTGGCACGCAAAAGACGCAATTCTTCAGACGGATTTAAATTGGCAAGAATATCGAGCTAAATGGCAAATGTTTAAAATGGTAATCCCGGAGGAAGAAGACCACGGATTTTTTAACAAAAATGTAAATTTATTTCATGAATTTGTTGCAAAAACCAAAAGGTGCCAAAATATTGATTTACGAAAAGCGCTAACTTCTTCAGCCAAATGCCCTCTTCAAACCCACTTGATCAATCGTTGCACTCAGTGCTTTTTGATCGCCATTTTCTCCACGTCAGATTTAACCAGTCAATTTTGTCATTGGCTTCCTTTCAATGCGGTTGCTGCTTCAAAATCATCTCTTCCATTAAATTCGGGTAACGAGCCCAATGTTCTTGATGCTTCAACGAAAACTGATCAGGCGAACTGAAAGGGTGTAAAAAAGATAAAAGAAATTGTAAACGCAGCACATTGTCAAGCAAAGCAACCCAAAAAAATCGATTTTGAGTATAGTCAAAAAGGGTTACCCGTCAATGATGATCTGTTGCTGTTTGTTTGATACTCCTCCTTTCAATTTGCGATTGTTGTTGTTGCAATTGGCACGCGAA
-+WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670
-!88BHIQQQYYYITTTTIIINNIIIIKKKYYYYIIIIFFYOMTTTYYIIIIAA99//.1<BKKOOTYYYYTTTTNNTTINNNTTYTTNNNIIITTYTTTTTTTTYYYYYIIIIIOYYYYYYYYYYYTTTTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTOTLLYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYYTNNNNNTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOKKKOOYYYYKK???KQMMMPPPPQMMKKKMPYYYKKKKKKKKKKMMYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYQQQQQI51)%%)4<QQQQQQYYYYTTKTTTTTTTYYYYYYYNNNNNNYYYKKKKGGNNNNYYYYYYYYYYYQMMMMQOKKGIIKKKKYQYYYYYYYYTOOLKKIIIIIOYQQQQQQBA>:;AABAACCCIIIOIIBBIIIII:77<><AAIIIOQQIE=>>>CA>AAABBIIIIIII:00882389667>BAAA?A>77:<844>A?;4++0966.+4492000--4922./..++
-@WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523
-AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGACAAATTCACGGAAGCGTCTCGCACTTTGTGCCGAGGACTGCTGCACAAGGAGCCCACTCTGAGGTTGGGCTGTCGCCGGGTCGGCCGGCCTGAGGACGGCGCGGAAGAGCTGAAGGCACACGCGTTCTTCACACAACCGGACCAGAAGACAGGCAGGGAGCCAATTCCGTGGAGGAAGATGGAGGCCGGCAAGGTGGACGACATTCCCTTCTGAACTGCTAGAGAGGACTTGTAGGAATTCCGTCCTTCAGCTGACACCTCCATTTTGTCCGGACCCCCATTCGGTGTATGCCAAAGATGTGCTGGACATCGAGCAGTTCAGCACTGTCAAGGGAGTTCGTCCGCTTCCACCAAACTTTTCCTACCTGCTGAACCATTAGGTTCGACTTGACGCGACTGACAACTCCTTCTACGACAAGTTCAACAGCGGGTCCGTGTCCATACCTTGGC
-+WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523
-!08<=AAA:28::87;<::>ACECEIIIIIIIIIIINIKBB>C>QQYNHHHHDDHDHIITIDCCCCOONNNNGDFDDINMINNNNNIHHHHHIINNIIINNNNTYTIIIIDDIIIIYYYTTTTTTYIIIDDDGGITYYSKKKIDNNNNTTNNNNNTYYYTLLLLLLLLLLLYYTYJJJJJNTTTTTTTTTTYYOLLLTTOOOTTTTTTTYNNNNNJJJLLLLLLYYYYYYYYYYSSYYONNNNNNLLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYTMMKKKYYYYYYYYYYYYYTTTTTOOLIILLLLTTLNLLLLLLYYYYYYTTTLLLTTTTTTTYYYYYYTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYNIIIIITYYTTTLTTNIIFFFMYYYYYYYOOLKKOOTIFIFIINTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNNNNTYYYYYYYYYYTTTNNNNNNNNTNIIFFFKYYOOOOOIIIA<:77:<<>>>>IOOIHHHDDEIQMMII<924595/4
--- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,241 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-"""Divides a FASTQ into paired and single (orphan reads) as separate files.
-
-The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
-any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
-preserve this sort order. Pairing are recognised based on standard name
-suffices. See below or run the tool with no arguments for more details.
-
-Note that the FASTQ variant is unimportant (Sanger, Solexa, Illumina, or even
-Color Space should all work equally well).
-
-This script is copyright 2010-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
-(formerly SCRI), Scotland, UK. All rights reserved.
-
-See accompanying text file for licence details (MIT license).
-"""
-import os
-import sys
-import re
-from galaxy_utils.sequence.fastq import fastqReader, fastqWriter
-
-if "-v" in sys.argv or "--version" in sys.argv:
-    print "Version 0.0.8"
-    sys.exit(0)
-
-def stop_err(msg, err=1):
-   sys.stderr.write(msg.rstrip() + "\n")
-   sys.exit(err)
-
-msg = """Expect either 3 or 4 arguments, all FASTQ filenames.
-
-If you want two output files, use four arguments:
- - FASTQ variant (e.g. sanger, solexa, illumina or cssanger)
- - Sorted input FASTQ filename,
- - Output paired FASTQ filename (forward then reverse interleaved),
- - Output singles FASTQ filename (orphan reads)
-
-If you want three output files, use five arguments:
- - FASTQ variant (e.g. sanger, solexa, illumina or cssanger)
- - Sorted input FASTQ filename,
- - Output forward paired FASTQ filename,
- - Output reverse paired FASTQ filename,
- - Output singles FASTQ filename (orphan reads)
-
-The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
-any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
-preserve this sort order.
-
-Any reads where the forward/reverse naming suffix used is not recognised
-are treated as orphan reads. The tool supports the /1 and /2 convention
-originally used by Illumina, the .f and .r convention, and the Sanger
-convention (see http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html
-for details), and the new Illumina convention where the reads have the
-same identifier with the fragment at the start of the description, e.g.
-
-@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA
-@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA
-
-Note that this does support multiple forward and reverse reads per template
-(which is quite common with Sanger sequencing), e.g. this which is sorted
-alphabetically:
-
-WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
-WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
-WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
-WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-
-or this where the reads already come in pairs:
-
-WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
-WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
-WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
-WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-
-both become:
-
-WTSI_1055_4p17.p1kapIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
-WTSI_1055_4p17.p1kpIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-"""
-
-if len(sys.argv) == 5:
-    format, input_fastq, pairs_fastq, singles_fastq = sys.argv[1:]
-elif len(sys.argv) == 6:
-    pairs_fastq = None
-    format, input_fastq, pairs_f_fastq, pairs_r_fastq, singles_fastq = sys.argv[1:]
-else:
-    stop_err(msg)
-
-format = format.replace("fastq", "").lower()
-if not format:
-    format="sanger" #safe default
-elif format not in ["sanger","solexa","illumina","cssanger"]:
-    stop_err("Unrecognised format %s" % format)
-
-def f_match(name):
-   if name.endswith("/1") or name.endswith(".f"):
-      return True
-
-#Cope with three widely used suffix naming convensions,
-#Illumina: /1 or /2
-#Forward/revered: .f or .r
-#Sanger, e.g. .p1k and .q1k
-#See http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html
-re_f = re.compile(r"(/1|\.f|\.[sfp]\d\w*)$")
-re_r = re.compile(r"(/2|\.r|\.[rq]\d\w*)$")
-
-#assert re_f.match("demo/1")
-assert re_f.search("demo.f")
-assert re_f.search("demo.s1")
-assert re_f.search("demo.f1k")
-assert re_f.search("demo.p1")
-assert re_f.search("demo.p1k")
-assert re_f.search("demo.p1lk")
-assert re_r.search("demo/2")
-assert re_r.search("demo.r")
-assert re_r.search("demo.q1")
-assert re_r.search("demo.q1lk")
-assert not re_r.search("demo/1")
-assert not re_r.search("demo.f")
-assert not re_r.search("demo.p")
-assert not re_f.search("demo/2")
-assert not re_f.search("demo.r")
-assert not re_f.search("demo.q")
-
-re_illumina_f = re.compile(r"^@[a-zA-Z0-9_:-]+ 1:.*$")
-re_illumina_r = re.compile(r"^@[a-zA-Z0-9_:-]+ 2:.*$")
-assert re_illumina_f.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA")
-assert re_illumina_r.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA")
-assert not re_illumina_f.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA")
-assert not re_illumina_r.match("@HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA")
-
-
-count, forward, reverse, neither, pairs, singles = 0, 0, 0, 0, 0, 0
-in_handle = open(input_fastq)
-if pairs_fastq:
-    pairs_f_writer = fastqWriter(open(pairs_fastq, "w"), format)
-    pairs_r_writer = pairs_f_writer
-else:
-    pairs_f_writer = fastqWriter(open(pairs_f_fastq, "w"), format)
-    pairs_r_writer = fastqWriter(open(pairs_r_fastq, "w"), format)
-singles_writer = fastqWriter(open(singles_fastq, "w"), format)
-last_template, buffered_reads = None, []
-
-for record in fastqReader(in_handle, format):
-    count += 1
-    name = record.identifier.split(None,1)[0]
-    assert name[0]=="@", record.identifier #Quirk of the Galaxy parser
-    is_forward = False
-    suffix = re_f.search(name)
-    if suffix:
-        #============
-        #Forward read
-        #============
-        template = name[:suffix.start()]
-        is_forward = True
-    elif re_illumina_f.match(record.identifier):
-        template = name #No suffix
-        is_forward = True
-    if is_forward:
-        #print name, "forward", template
-        forward += 1
-        if last_template == template:
-            buffered_reads.append(record)
-        else:
-            #Any old buffered reads are orphans
-            for old in buffered_reads:
-                singles_writer.write(old)
-                singles += 1
-            #Save this read in buffer
-            buffered_reads = [record]
-            last_template = template
-    else:
-        is_reverse = False
-        suffix = re_r.search(name)
-        if suffix:
-            #============
-            #Reverse read
-            #============
-            template = name[:suffix.start()]
-            is_reverse = True
-        elif re_illumina_r.match(record.identifier):
-            template = name #No suffix
-            is_reverse = True
-        if is_reverse:
-            #print name, "reverse", template
-            reverse += 1
-            if last_template == template and buffered_reads:
-                #We have a pair!
-                #If there are multiple buffered forward reads, want to pick
-                #the first one (although we could try and do something more
-                #clever looking at the suffix to match them up...)
-                old = buffered_reads.pop(0)
-                pairs_f_writer.write(old)
-                pairs_r_writer.write(record)
-                pairs += 2
-            else:
-                #As this is a reverse read, this and any buffered read(s) are
-                #all orphans
-                for old in buffered_reads:
-                    singles_writer.write(old)
-                    singles += 1
-                buffered_reads = []
-                singles_writer.write(record)
-                singles += 1
-                last_template = None
-        else:
-            #===========================
-            #Neither forward nor reverse
-            #===========================
-            singles_writer.write(record)
-            singles += 1
-            neither += 1
-            for old in buffered_reads:
-                singles_writer.write(old)
-                singles += 1
-            buffered_reads = []
-            last_template = None
-if last_template:
-    #Left over singles...
-    for old in buffered_reads:
-        singles_writer.write(old)
-        singles += 1
-in_handle.close
-singles_writer.close()
-if pairs_fastq:
-    pairs_f_writer.close()
-    assert pairs_r_writer.file.closed
-else:
-    pairs_f_writer.close()
-    pairs_r_writer.close()
-
-if neither:
-    print "%i reads (%i forward, %i reverse, %i neither), %i in pairs, %i as singles" \
-           % (count, forward, reverse, neither, pairs, singles)
-else:
-    print "%i reads (%i forward, %i reverse), %i in pairs, %i as singles" \
-           % (count, forward, reverse, pairs, singles)
-
-assert count == pairs + singles == forward + reverse + neither, \
-       "%i vs %i+%i=%i vs %i+%i+%i=%i" \
-       % (count,pairs,singles,pairs+singles,forward,reverse,neither,forward+reverse+neither)
--- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.rst	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,109 +0,0 @@
-Galaxy tool to divide FASTQ files into paired and unpaired reads
-================================================================
-
-This tool is copyright 2010-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
-(formerly SCRI, Scottish Crop Research Institute), UK. All rights reserved.
-See the licence text below.
-
-This tool is a short Python script which divides a FASTQ file into paired
-reads, and single or orphan reads. You can have separate files for the
-forward/reverse reads, or have them interleaved in a single file.
-
-Note that the FASTQ variant is unimportant (Sanger, Solexa, Illumina, or even
-Color Space should all work equally well).
-
-This tool is available from the Galaxy Tool Shed at:
-http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/fastq_paired_unpaired
-
-
-Automated Installation
-======================
-
-This should be straightforward, Galaxy should automatically download and install
-the tool from the Galaxy Tool Shed, and run the unit tests
-
-
-Manual Installation
-===================
-
-There are just two files to install:
-
-* fastq_paired_unpaired.py (the Python script)
-* fastq_paired_unpaired.xml (the Galaxy tool definition)
-
-The suggested location is in the Galaxy folder tools/fastq next to other FASTQ
-tools provided with Galaxy.
-
-You will also need to modify the tools_conf.xml file to tell Galaxy to offer
-the tool. One suggested location is next to the fastq_filter.xml entry. Simply
-add the line::
-
-    <tool file="fastq/fastq_paired_unpaired.xml" />
-
-That's it.
-
-
-History
-=======
-
-======= ======================================================================
-Version Changes
-------- ----------------------------------------------------------------------
-v0.0.1  - Initial version, using Biopython
-v0.0.2  - Help text; cope with multiple pairs per template
-v0.0.3  - Galaxy XML wrappers added
-v0.0.4  - Use Galaxy library to handle FASTQ files (avoid Biopython dependency)
-v0.0.5  - Handle Illumina 1.8 style pair names
-v0.0.6  - Record script version when run from Galaxy
-        - Added unit test (FASTQ file using Sanger naming)
-v0.0.7  - Link to Tool Shed added to help text and this documentation.
-v0.0.8  - Use reStructuredText for this README file.
-        - Adopt standard MIT License.
-======= ======================================================================
-
-
-Developers
-==========
-
-This script and other tools for filtering FASTA, FASTQ and SFF files are
-currently being developed on the following hg branch:
-http://bitbucket.org/peterjc/galaxy-central/src/fasta_filter
-
-For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use
-the following command from the Galaxy root folder::
-
-    $ tar -czf fastq_paired_unpaired.tar.gz tools/fastq/fastq_paired_unpaired.* test-data/sanger-pairs-*.fastq
-
-Check this worked::
-
-    $ tar -tzf fastq_paired_unpaired.tar.gz
-    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py
-    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.rst
-    tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml
-    test-data/sanger-pairs-forward.fastq
-    test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq
-    test-data/sanger-pairs-mixed.fastq
-    test-data/sanger-pairs-reverse.fastq
-    test-data/sanger-pairs-singles.fastq
-
-
-Licence (MIT)
-=============
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in
-all copies or substantial portions of the Software.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
-AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
-OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
-THE SOFTWARE.
--- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml	Mon Jul 29 09:28:55 2013 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,105 +0,0 @@
-<tool id="fastq_paired_unpaired" name="Divide FASTQ file into paired and unpaired reads" version="0.0.7">
-	<description>using the read name suffices</description>
-	<version_command interpreter="python">fastq_paired_unpaired.py --version</version_command>
-	<command interpreter="python">
-fastq_paired_unpaired.py $input_fastq.extension $input_fastq
-#if $output_choice_cond.output_choice=="separate"
- $output_forward $output_reverse
-#elif $output_choice_cond.output_choice=="interleaved"
- $output_paired
-#end if
-$output_singles
-	</command>
-	<stdio>
-		<!-- Anything other than zero is an error -->
-		<exit_code range="1:" />
-		<exit_code range=":-1" />
-	</stdio>
-	<inputs>
-		<param name="input_fastq" type="data" format="fastq" label="FASTQ file to divide into paired and unpaired reads"/>
-		<conditional name="output_choice_cond">
-			<param name="output_choice" type="select" label="How to output paired reads?">
-				<option value="separate">Separate (two FASTQ files, for the forward and reverse reads, in matching order).</option>
-				<option value="interleaved">Interleaved (one FASTQ file, alternating forward read then partner reverse read).</option>
-			</param>
-			<!-- Seems need these dummy entries here, compare this to indels/indel_sam2interval.xml -->
-			<when value="separate" />
-			<when value="interleaved" />
-		</conditional>
-	</inputs>
-	<outputs>
-		<data name="output_singles" format="input" label="Orphan or single reads"/>
-		<data name="output_forward" format="input" label="Forward paired reads">
-			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "separate"</filter>
-		</data>
-		<data name="output_reverse" format="input" label="Reverse paired reads">
-			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "separate"</filter>
-		</data>
-		<data name="output_paired" format="input" label="Interleaved paired reads">
-			<filter>output_choice_cond["output_choice"] == "interleaved"</filter>
-		</data>
-	</outputs>
-	<tests>
-		<test>
-			<param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/>
-			<param name="output_choice" value="separate"/>
-			<output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/>
-			<output name="output_forward" file="sanger-pairs-forward.fastq" ftype="fastq"/>
-			<output name="output_reverse" file="sanger-pairs-reverse.fastq" ftype="fastq"/>
-		</test>
-		<test>
-			<param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/>
-			<param name="output_choice" value="interleaved"/>
-			<output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/>
-			<output name="output_paired" file="sanger-pairs-interleaved.fastq" ftype="fastq"/>
-		</test>
-	</tests>
-	<help>
-
-**What it does**
-
-Using the common read name suffix conventions, it divides a FASTQ file into
-paired reads, and orphan or single reads.
-
-The input file should be a valid FASTQ file which has been sorted so that
-any partner forward+reverse reads are consecutive. The output files all
-preserve this sort order. Pairing are recognised based on standard name
-suffices. See below or run the tool with no arguments for more details.
-
-Any reads where the forward/reverse naming suffix used is not recognised
-are treated as orphan reads. The tool supports the /1 and /2 convention
-originally used by Illumina, .f and .r convention, the Sanger convention
-(see http://staden.sourceforge.net/manual/pregap4_unix_50.html for details),
-and the current Illumina convention where the reads get the same identifier
-with the fragment number in the description, for example:
-
- * @HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 1:N:0:TGNCCA
- * @HWI-ST916:79:D04M5ACXX:1:1101:10000:100326 2:N:0:TGNCCA
-
-Note that this does support multiple forward and reverse reads per template
-(which is quite common with Sanger sequencing), e.g. this which is sorted
-alphabetically:
-
- * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
- * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
- * WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
- * WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-
-or this where the reads already come in pairs:
-
- * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF
- * WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
- * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF
- * WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-
-both become:
-
- * WTSI_1055_4p17.p1kapIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kapIBR
- * WTSI_1055_4p17.p1kpIBF paired with WTSI_1055_4p17.q1kpIBR
-
-**Citation**
-
-This tool is available to install into other Galaxy Instances via the Galaxy
-Tool Shed at http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/fastq_paired_unpaired
-	</help>
-</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.py	Mon Jul 29 09:30:44 2013 -0400
@@ -0,0 +1,223 @@
+#!/usr/bin/env python
+"""Find ORFs in a nucleotide sequence file.
+
+get_orfs_or_cdss.py $input_fasta $input_format $table $ftype $ends $mode $min_len $strand $out_nuc_file $out_prot_file
+
+Takes ten command line options, input sequence filename, format, genetic
+code, CDS vs ORF, end type (open, closed), selection mode (all, top, one),
+minimum length (in amino acids), strand (both, forward, reverse), output
+nucleotide filename, and output protein filename.
+
+This tool is a short Python script which requires Biopython. If you use
+this tool in scientific work leading to a publication, please cite the
+Biopython application note:
+
+Cock et al 2009. Biopython: freely available Python tools for computational
+molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 25(11) 1422-3.
+http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878.
+
+This script is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+(formerly SCRI), Dundee, UK. All rights reserved.
+
+See accompanying text file for licence details (MIT/BSD style).
+
+This is version 0.0.3 of the script.
+"""
+import sys
+import re
+
+if "-v" in sys.argv or "--version" in sys.argv:
+    print "v0.0.3"
+    sys.exit(0)
+
+def stop_err(msg, err=1):
+    sys.stderr.write(msg.rstrip() + "\n")
+    sys.exit(err)
+
+try:
+    from Bio.Seq import Seq, reverse_complement, translate
+    from Bio.SeqRecord import SeqRecord
+    from Bio import SeqIO
+    from Bio.Data import CodonTable
+except ImportError:
+    stop_err("Missing Biopython library")
+
+#Parse Command Line
+try:
+    input_file, seq_format, table, ftype, ends, mode, min_len, strand, out_nuc_file, out_prot_file = sys.argv[1:]
+except ValueError:
+    stop_err("Expected ten arguments, got %i:\n%s" % (len(sys.argv)-1, " ".join(sys.argv)))
+
+try:
+    table = int(table)
+except ValueError:
+    stop_err("Expected integer for genetic code table, got %s" % table)
+
+try:
+    table_obj = CodonTable.ambiguous_generic_by_id[table]
+except KeyError:
+    stop_err("Unknown codon table %i" % table)
+
+if ftype not in ["CDS", "ORF"]:
+    stop_err("Expected CDS or ORF, got %s" % ftype)
+
+if ends not in ["open", "closed"]:
+    stop_err("Expected open or closed for end treatment, got %s" % ends)
+
+try:
+    min_len = int(min_len)
+except ValueError:
+    stop_err("Expected integer for min_len, got %s" % min_len)
+
+if seq_format.lower()=="sff":
+    seq_format = "sff-trim"
+elif seq_format.lower()=="fasta":
+    seq_format = "fasta"
+elif seq_format.lower().startswith("fastq"):
+    seq_format = "fastq"
+else:
+    stop_err("Unsupported file type %r" % seq_format)
+
+print "Genetic code table %i" % table
+print "Minimum length %i aa" % min_len
+#print "Taking %s ORF(s) from %s strand(s)" % (mode, strand)
+
+starts = sorted(table_obj.start_codons)
+assert "NNN" not in starts
+re_starts = re.compile("|".join(starts))
+
+stops = sorted(table_obj.stop_codons)
+assert "NNN" not in stops
+re_stops = re.compile("|".join(stops))
+
+def start_chop_and_trans(s, strict=True):
+    """Returns offset, trimmed nuc, protein."""
+    if strict:
+        assert s[-3:] in stops, s
+    assert len(s) % 3 == 0
+    for match in re_starts.finditer(s):
+        #Must check the start is in frame
+        start = match.start()
+        if start % 3 == 0:
+            n = s[start:]
+            assert len(n) % 3 == 0, "%s is len %i" % (n, len(n))
+            if strict:
+                t = translate(n, table, cds=True)
+            else:
+                #Use when missing stop codon,
+                t = "M" + translate(n[3:], table, to_stop=True)
+            return start, n, t
+    return None, None, None
+
+def break_up_frame(s):
+    """Returns offset, nuc, protein."""
+    start = 0
+    for match in re_stops.finditer(s):
+        index = match.start() + 3
+        if index % 3 != 0:
+            continue
+        n = s[start:index]
+        if ftype=="CDS":
+            offset, n, t = start_chop_and_trans(n)
+        else:
+            offset = 0
+            t = translate(n, table, to_stop=True)
+        if n and len(t) >= min_len:
+            yield start + offset, n, t
+        start = index
+    if ends == "open":
+        #No stop codon, Biopython's strict CDS translate will fail
+        n = s[start:]
+        #Ensure we have whole codons
+        #TODO - Try appending N instead?
+        #TODO - Do the next four lines more elegantly
+        if len(n) % 3:
+            n = n[:-1]
+        if len(n) % 3:
+            n = n[:-1]
+        if ftype=="CDS":
+            offset, n, t = start_chop_and_trans(n, strict=False)
+        else:
+            offset = 0
+            t = translate(n, table, to_stop=True)
+        if n and len(t) >= min_len:
+            yield start + offset, n, t
+
+
+def get_all_peptides(nuc_seq):
+    """Returns start, end, strand, nucleotides, protein.
+
+    Co-ordinates are Python style zero-based.
+    """
+    #TODO - Refactor to use a generator function (in start order)
+    #rather than making a list and sorting?
+    answer = []
+    full_len = len(nuc_seq)
+    if strand != "reverse":
+        for frame in range(0,3):
+            for offset, n, t in break_up_frame(nuc_seq[frame:]):
+                start = frame + offset #zero based
+                answer.append((start, start + len(n), +1, n, t))
+    if strand != "forward":
+        rc = reverse_complement(nuc_seq)
+        for frame in range(0,3) :
+            for offset, n, t in break_up_frame(rc[frame:]):
+                start = full_len - frame - offset #zero based
+                answer.append((start - len(n), start, -1, n ,t))
+    answer.sort()
+    return answer
+
+def get_top_peptides(nuc_seq):
+    """Returns all peptides of max length."""
+    values = list(get_all_peptides(nuc_seq))
+    if not values:
+        raise StopIteration
+    max_len = max(len(x[-1]) for x in values)
+    for x in values:
+        if len(x[-1]) == max_len:
+            yield x
+
+def get_one_peptide(nuc_seq):
+    """Returns first (left most) peptide with max length."""
+    values = list(get_top_peptides(nuc_seq))
+    if not values:
+        raise StopIteration
+    yield values[0]
+
+if mode == "all":
+    get_peptides = get_all_peptides
+elif mode == "top":
+    get_peptides = get_top_peptides
+elif mode == "one":
+    get_peptides = get_one_peptide
+
+in_count = 0
+out_count = 0
+if out_nuc_file == "-":
+    out_nuc = sys.stdout
+else:
+    out_nuc = open(out_nuc_file, "w")
+if out_prot_file == "-":
+    out_prot = sys.stdout
+else:
+    out_prot = open(out_prot_file, "w")
+for record in SeqIO.parse(input_file, seq_format):
+    for i, (f_start, f_end, f_strand, n, t) in enumerate(get_peptides(str(record.seq).upper())):
+        out_count += 1
+        if f_strand == +1:
+            loc = "%i..%i" % (f_start+1, f_end)
+        else:
+            loc = "complement(%i..%i)" % (f_start+1, f_end)
+        descr = "length %i aa, %i bp, from %s of %s" \
+                % (len(t), len(n), loc, record.description)
+        r = SeqRecord(Seq(n), id = record.id + "|%s%i" % (ftype, i+1), name = "", description= descr)
+        t = SeqRecord(Seq(t), id = record.id + "|%s%i" % (ftype, i+1), name = "", description= descr)
+        SeqIO.write(r, out_nuc, "fasta")
+        SeqIO.write(t, out_prot, "fasta")
+    in_count += 1
+if out_nuc is not sys.stdout:
+    out_nuc.close()
+if out_prot is not sys.stdout:
+    out_prot.close()
+
+print "Found %i %ss in %i sequences" % (out_count, ftype, in_count)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.rst	Mon Jul 29 09:30:44 2013 -0400
@@ -0,0 +1,121 @@
+Galaxy tool to find ORFs or simple CDSs
+=======================================
+
+This tool is copyright 2011-2013 by Peter Cock, The James Hutton Institute
+(formerly SCRI, Scottish Crop Research Institute), UK. All rights reserved.
+See the licence text below.
+
+This tool is a short Python script (using Biopython library functions)
+to search nucleotide sequences for open reading frames (ORFs) or coding
+sequences (CDSs) where the first potential start codon is used. See the
+help text in the XML file for more information.
+
+This tool is available from the Galaxy Tool Shed at:
+
+* http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/get_orfs_or_cdss
+
+See also the EMBOSS tool ``getorf`` which offers similar functionality and
+has also been wrapped for use within Galaxy.
+
+
+Automated Installation
+======================
+
+This should be straightforward using the Galaxy Tool Shed, which should be
+able to automatically install the dependency on Biopython, and then install
+this tool and run its unit tests.
+
+
+Manual Installation
+===================
+
+There are just two files to install to use this tool from within Galaxy:
+
+* get_orfs_or_cdss.py (the Python script)
+* get_orfs_or_cdss.xml (the Galaxy tool definition)
+
+If you are installing this manually (rather than via the Tool Shed), the
+suggested location is in the Galaxy folder tools/filters next to the tool
+for calling sff_extract.py for converting SFF to FASTQ or FASTA + QUAL.
+You will also need to modify the tools_conf.xml file to tell Galaxy to offer the
+tool. One suggested location is in the filters section. Simply add the line::
+
+    <tool file="filters/get_orfs_or_cdss.xml" />
+
+You will also need to install Biopython 1.54 or later. If you want to run
+the unit tests, include this line in tools_conf.xml.sample and the sample
+FASTA files under the test-data directory. Then::
+
+    ./run_functional_tests.sh -id get_orfs_or_cdss
+
+That's it.
+
+
+History
+=======
+
+======= ======================================================================
+Version Changes
+------- ----------------------------------------------------------------------
+v0.0.1   - Initial version.
+v0.0.2   - Correct labelling issue on reverse strand.
+         - Use the new <stdio> settings in the XML wrappers to catch errors
+v0.0.3   - Include unit tests.
+         - Record Python script version when run from Galaxy.
+v0.0.4   - Link to Tool Shed added to help text and this documentation.
+v0.0.5   - Automated intallation of the Biopython dependency.
+         - Use reStructuredText for this README file.
+         - Adopt standard MIT License.
+======= ======================================================================
+
+
+Developers
+==========
+
+This script and related tools are being developed on the following hg branch:
+http://bitbucket.org/peterjc/galaxy-central/src/tools
+
+For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use
+the following command from the Galaxy root folder::
+
+    $ tar -czf get_orfs_or_cdss.tar.gz tools/filters/get_orfs_or_cdss.* tools/filters/repository_dependencies.xml test-data/get_orf_input*.fasta test-data/Ssuis.fasta
+
+Check this worked::
+
+    $ tar -tzf get_orfs_or_cdss.tar.gz
+    filter/get_orfs_or_cdss.py
+    filter/get_orfs_or_cdss.rst
+    filter/get_orfs_or_cdss.xml
+    tools/filters/repository_dependencies.xml
+    test-data/get_orf_input.fasta
+    test-data/get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta
+    test-data/get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta
+    test-data/get_orf_input.t11_nuc_out.fasta
+    test-data/get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta
+    test-data/get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta
+    test-data/get_orf_input.t11_prot_out.fasta
+    test-data/get_orf_input.t1_nuc_out.fasta
+    test-data/get_orf_input.t1_prot_out.fasta
+    test-data/Ssuis.fasta
+
+
+Licence (MIT)
+=============
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
+THE SOFTWARE.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/filters/get_orfs_or_cdss.xml	Mon Jul 29 09:30:44 2013 -0400
@@ -0,0 +1,166 @@
+<tool id="get_orfs_or_cdss" name="Get open reading frames (ORFs) or coding sequences (CDSs)" version="0.0.5">
+	<description>e.g. to get peptides from ESTs</description>
+	<version_command interpreter="python">get_orfs_or_cdss.py --version</version_command>
+	<command interpreter="python">
+get_orfs_or_cdss.py $input_file $input_file.ext $table $ftype $ends $mode $min_len $strand $out_nuc_file $out_prot_file
+	</command>
+	<stdio>
+		<!-- Anything other than zero is an error -->
+		<exit_code range="1:" />
+		<exit_code range=":-1" />
+	</stdio>
+	<inputs>
+		<param name="input_file" type="data" format="fasta,fastq,sff" label="Sequence file (nucleotides)" help="FASTA, FASTQ, or SFF format." />
+		<param name="table" type="select" label="Genetic code" help="Tables from the NCBI, these determine the start and stop codons">
+			<option value="1">1. Standard</option>
+			<option value="2">2. Vertebrate Mitochondrial</option>
+			<option value="3">3. Yeast Mitochondrial</option>
+			<option value="4">4. Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma</option>
+			<option value="5">5. Invertebrate Mitochondrial</option>
+			<option value="6">6. Ciliate Macronuclear and Dasycladacean</option>
+			<option value="9">9. Echinoderm Mitochondrial</option>
+			<option value="10">10. Euplotid Nuclear</option>
+			<option value="11">11. Bacterial</option>
+			<option value="12">12. Alternative Yeast Nuclear</option>
+			<option value="13">13. Ascidian Mitochondrial</option>
+			<option value="14">14. Flatworm Mitochondrial</option>
+			<option value="15">15. Blepharisma Macronuclear</option>
+			<option value="16">16. Chlorophycean Mitochondrial</option>
+			<option value="21">21. Trematode Mitochondrial</option>
+			<option value="22">22. Scenedesmus obliquus</option>
+			<option value="23">23. Thraustochytrium Mitochondrial</option>
+		</param>
+		<param name="ftype" type="select" value="True" label="Look for ORFs or CDSs">
+                        <option value="ORF">Look for ORFs (check for stop codons only, ignore start codons)</option>
+                        <option value="CDS">Look for CDSs (with start and stop codons)</option>
+		</param>
+                <param name="ends" type="select" value="open" label="Sequence end treatment">
+			<option value="open">Open ended (will allow missing start/stop codons at the ends)</option>
+                        <option value="closed">Complete (will check for start/stop codons at the ends)</option>
+                        <!-- TODO? Circular, for using this on finished bacteria etc -->
+                </param>
+
+		<param name="mode" type="select" label="Selection criteria" help="Suppose a sequence has ORFs/CDSs of lengths 100, 102 and 102 -- which should be taken? These options would return 3, 2 or 1 ORF.">
+                    <option value="all">All ORFs/CDSs from each sequence</option>
+                    <option value="top">All ORFs/CDSs from each sequence with the maximum length</option>
+                    <option value="one">First ORF/CDS from each sequence with the maximum length</option>
+		</param>
+                <param name="min_len" type="integer" size="5" value="30" label="Minimum length ORF/CDS (in amino acids, e.g. 30 aa = 90 bp plus any stop codon)">
+                </param>
+                <param name="strand" type="select" label="Strand to search" help="Use the forward only option if your sequence directionality is known (e.g. from poly-A tails, or strand specific RNA sequencing.">
+                    <option value="both">Search both the forward and reverse strand</option>
+                    <option value="forward">Only search the forward strand</option>
+                    <option value="reverse">Only search the reverse strand</option>
+                </param>
+	</inputs>
+	<outputs>
+		<data name="out_nuc_file" format="fasta" label="${ftype.value}s (nucleotides)" />
+		<data name="out_prot_file" format="fasta" label="${ftype.value}s (amino acids)" />
+	</outputs>
+	<tests>
+                <test>
+                        <param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
+                        <param name="table" value="1" />
+                        <param name="ftype" value="CDS" />
+                        <param name="ends" value="open" />
+                        <param name="mode" value="all" />
+                        <param name="min_len" value="10" />
+                        <param name="strand" value="forward" />
+                        <output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t1_nuc_out.fasta" />
+                        <output name="out_prot_file" file="get_orf_input.t1_prot_out.fasta" />
+                </test>
+		<test>
+			<param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
+			<param name="table" value="11" />
+			<param name="ftype" value="CDS" />
+			<param name="ends" value="closed" />
+			<param name="mode" value="all" />
+			<param name="min_len" value="10" />
+			<param name="strand" value="forward" />
+			<output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t11_nuc_out.fasta" />
+			<output	name="out_prot_file" file="get_orf_input.t11_prot_out.fasta" />
+		</test>
+		<test>
+                        <param name="input_file" value="get_orf_input.fasta" />
+                        <param name="table" value="11" />
+                        <param name="ftype" value="CDS" />
+                        <param name="ends" value="open" />
+                        <param name="mode" value="all" />
+                        <param name="min_len" value="10" />
+                        <param name="strand" value="forward" />
+                        <output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.t11_open_nuc_out.fasta" />
+                        <output name="out_prot_file" file="get_orf_input.t11_open_prot_out.fasta" />
+		</test>
+                <test>
+			<param name="input_file" value="Ssuis.fasta" />
+			<param name="table" value="11" />
+			<param name="ftype" value="ORF" />
+			<param name="ends" value="open" />
+			<param name="mode" value="all" />
+			<param name="min_len" value="100" />
+			<param name="strand" value="both" />
+			<output name="out_nuc_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.nuc.fasta" />
+			<output name="out_prot_file" file="get_orf_input.Suis_ORF.prot.fasta" />
+		</test>
+	</tests>
+	<requirements>
+		<requirement type="python-module">Bio</requirement>
+	</requirements>
+	<help>
+
+**What it does**
+
+Takes an input file of nucleotide sequences (typically FASTA, but also FASTQ
+and Standard Flowgram Format (SFF) are supported), and searches each sequence
+for open reading frames (ORFs) or potential coding sequences (CDSs) of the
+given minimum length. These are returned as FASTA files of nucleotides and
+protein sequences.
+
+You can choose to have all the ORFs/CDSs above the minimum length for each
+sequence (similar to the EMBOSS getorf tool), those with the longest length
+equal, or the first ORF/CDS with the longest length (in the special case
+where a sequence encodes two or more long ORFs/CDSs of the same length). The
+last option is a reasonable choice when the input sequences represent EST or
+mRNA sequences, where only one ORF/CDS is expected.
+
+Note that if no ORFs/CDSs in a sequence match the criteria, there will be no
+output for that sequence.
+
+Also note that the ORFs/CDSs are assigned modified identifiers to distinguish
+them from the original full length sequences, by appending a suffix.
+
+The start and stop codons are taken from the `NCBI Genetic Codes
+&lt;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi&gt;`_.
+When searching for ORFs, the sequences will run from stop codon to stop
+codon, and any start codons are ignored. When searching for CDSs, the first
+potential start codon will be used, giving the longest possible CDS within
+each ORF, and thus the longest possible protein sequence. This is useful
+for things like BLAST or domain searching, but since this may not be the
+correct start codon may not be appropriate for signal peptide detection
+etc.
+
+**Example Usage**
+
+Given some EST sequences (Sanger capillary reads) assembled into unigenes,
+or a transcriptome assembly from some RNA-Seq, each of your nucleotide
+sequences should (barring sequencing, assembly errors, frame-shifts etc)
+encode one protein as a single ORF/CDS, which you wish to extract (and
+perhaps translate into amino acids).
+
+If your RNS-Seq data was strand specific, and assembled taking this into
+account, you should only search for ORFs/CDSs on the forward strand.
+
+**Citation**
+
+This tool uses Biopython. If you use this tool in scientific work leading
+to a publication, please cite the Biopython application note (and Galaxy
+too of course):
+
+Cock et al 2009. Biopython: freely available Python tools for computational
+molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 25(11) 1422-3.
+http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878.
+
+This tool is available to install into other Galaxy Instances via the Galaxy
+Tool Shed at http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/peterjc/get_orfs_or_cdss
+	</help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/filters/repository_dependencies.xml	Mon Jul 29 09:30:44 2013 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<repositories description="This requires Biopython as a dependency.">
+<!-- Leave out the tool shed and revision to get the current
+     tool shed and latest revision at the time of upload -->
+<repository changeset_revision="5d0c54f7fea2" name="package_biopython_1_61" owner="biopython" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+</repositories>