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Uploaded v0.1.3 with missing HMM file for RXLR tool included.
author peterjc
date Wed, 27 Mar 2013 11:21:05 -0400
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HMMER2.0  [2.3.2]
NAME  cropped
LENG  39
ALPH  Amino
RF    no
CS    no
MAP   yes
COM   hmmbuild --amino consistency/cropped.hmm cropped.fas
NSEQ  39
DATE  Mon Dec  4 09:31:34 2006
CKSUM 7487
XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 
NULT      -4  -8455
NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
          -40      *  -5177
     1   -255  -3924   1452   -518  -4241  -1227   1132   -986    195  -3938  -3014   1281    153  -1634  -2181     93   1473    691  -4109   -192     5
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10298 -11340   -894  -1115   -701  -1378    -40      * 
     2    764    659   1008   -569      3  -3512   1129    153   -489  -3982  -3065    808  -3605    -60    210   -327    438   1332  -4164  -3490     6
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10382 -11424   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3    103  -4006   -696   1095  -4317  -1307   2047   -183  -1778   -483    102   1457   -786   -250   -552    562    -54    300  -4195  -3518     7
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10411 -11453   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     4    620  -4029    829      0   -576   1035  -2229  -1102    607  -4039    312  -2210  -3662   -199   -672    838   1043   -450  -4221   -425     8
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     5   -314  -4060   -780   -661  -4381     87  -2220  -1520   2552  -4076  -3149   -456   -857   1160    948   -337   -967   -378  -4243   -416     9
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     8  -7898  -6806  -8217  -8444  -5914  -7316  -7563  -5637  -8522   3411  -4888  -8458  -7570  -7966  -7946  -8843  -7894  -6444  -6753  -7295    12
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    10   1455  -4054    -59   -793   -649    790  -2221  -4122     65   -910  -3144    332  -3656   -280     94    271   1054    265  -4239  -3558    14
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -34 -10448  -5462   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    11    113  -4029   1185   -601   -795   -271   2697  -4098  -1773  -4044  -3118   1163   -761   -266    844  -1013     74    558  -4213    664    15
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -69 -10415  -4452   -894  -1115  -1372   -704      *      * 
    12    151  -3974    460    544  -4295    567   1189  -4046   1955  -3990  -3063  -2110   -992   -114     56    664     -4  -3596  -4158    612    16
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -124 -10349  -3617   -894  -1115  -2170   -362      *      * 
    13   1133  -3868   -387    922  -4188  -1165  -2029   -919   1307  -3884    258   1329    119    -42  -2117    293    -41   -216  -4052  -3369    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -426 -10226  -1972   -894  -1115  -2958   -199      *      * 
    14    980  -3516   1162    970  -3837  -3018    822  -3587      3  -3532  -2606    781    363  -1217   1177  -1925    408    143  -3700    186    18
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -421  -9803  -1989   -894  -1115  -4103    -86      *      * 
    15    531  -3181    134    806  -3498  -2692  -1351    627    913  -3195  -2271    376  -2785   1432  -1440    595    -96    869  -3366  -2686    19
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -430  -9385  -1965   -894  -1115  -4592    -61      *      * 
    16  -1406  -2851    320   1135  -3161  -2384  -1044    187    546    420  -1944    632  -2477    901    478    140  -1345    836  -3042  -2366    20
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -667  -8960  -1441   -894  -1115  -4877    -50      *      * 
    17    648  -2154  -1046   1526  -2348  -2088   1765  -2027   -459  -2137  -1313   -817  -2200   -412   -922  -1045   2071  -1725   2727  -1848    21
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -158  -8299  -3314   -894  -1115  -4157    -83      *      * 
    18    625  -2305    823   -347  -2567  -1983   -652    329   1634  -2297  -1413   1219  -2077   -215   -756    534   -926    394  -2528  -1884    22
     -   -149   -500    233     45   -381    398    105   -627    210   -466   -721    275    393     45     96    359    117   -367   -295   -244 
     -  -3464  -1530   -828    -60  -4628  -2975   -196      *      * 
    19  -2652  -4450   3714   -674  -4745  -2427  -1924  -4840  -2347  -4682  -4128   1810  -3022  -1631  -3313  -2295  -2777  -4255  -4750  -3725    24
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -9  -7966  -9008   -894  -1115  -4178    -82      *      * 
    20  -1035  -1481   1031  -1022  -1489  -2216   -996  -1104   -947   1100   -667  -1176    813   -825  -1297  -1229   1773   -952  -1851   1488    25
     -   -149   -500    232     45   -381    398    105   -627    210   -465   -721    275    393     45     95    360    117   -365   -295   -250 
     -  -3313   -638  -1962    -36  -5324  -5170    -41      *      * 
    21   -762  -1874   -769   -248  -2169    872   -493  -1841    -93    469  -1085   1422  -1884    -89   1290    894   -720  -1508  -2203  -1616    27
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -311  -7725  -2402   -894  -1115  -4386    -71      *      * 
    22   -829  -1626  -1165   -895  -2419   2071  -1153  -2093   -956    318  -1475   1679  -2131   -843  -1360   1163   -968  -1683  -2602  -2084    28
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     -   -285  -7635  -2520   -894  -1115  -4358    -72      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * 
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      0 
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