
# HG changeset patch
# User petr-novak
# Date 1513071184 18000
# Node ID 5596bafd21193888f1df9facd5636e36e3f70904
# Parent  dd46956ff61f629878b0729ae666430f0a79e026
Uploaded

diff -r dd46956ff61f -r 5596bafd2119 galaxy_integration.org
--- a/galaxy_integration.org	Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
+++ b/galaxy_integration.org	Tue Dec 12 04:33:04 2017 -0500
@@ -1,4 +1,5 @@
 #+TITLE: Building galaxy tools
+* Long reads sampling
 #+BEGIN_SRC sh
 # require planemo
 if [ -e "long_reads_sampling.xml" ]
@@ -19,16 +20,42 @@
 | backing         | up      | original | file                         |
 | [32m[1mTool | written | to       | long_reads_sampling.xml[0m |
 
+
+
+
+* Short read simulator
+#+BEGIN_SRC sh
+# require planemo
+if [ -e "long2short.xml" ]
+then
+   echo "backing up original file"
+   cp long2short.xml long2short.xml.backup
+fi
+/home/petr/anaconda3/bin/planemo tool_init --force  --id 'long2short' \
+--name 'Get pseudo short paired end reads from long reads' \
+--requirement biopython \
+--requirement python@3.6 \
+--example_command 'long2short.py -i input_seq.fasta -o output_seq.fasta -cov coverage -L insert_length -l read_length' \
+--example_input 'input_seq.fasta' \
+--example_output 'output_seq.fasta'
+
+#+END_SRC
+
+#+RESULTS:
+: Tool written to long2short.xml
+
 file must be manually edited
 
+
+* create planemo repo with all tools
 # create toolshed configuration
 #+BEGIN_SRC bash
-planemo shed_init --name=long_reads_sampling \
+/home/petr/anaconda3/bin/planemo shed_init --name=long_reads_sampling \
                     --owner=repeatexplorer \
                     --description=long_reads_sampling \
                     --long_description="Create sample of long reads" \
                     --category="Fasta Manipulation"
-planemo shed_lint --tools
+/home/petr/anaconda3/bin/planemo shed_lint --tools
 #+END_SRC
 
 #+RESULTS:
diff -r dd46956ff61f -r 5596bafd2119 long2short.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/long2short.xml	Tue Dec 12 04:33:04 2017 -0500
@@ -0,0 +1,31 @@
+<tool id="long2short" name="Get pseudo short paired end reads from long reads" version="0.1.0">
+  <requirements>
+    <requirement type="package">biopython</requirement>
+    <requirement type="package" version="3.6">python</requirement>
+  </requirements>
+  <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+  python3 $__tool_directory__/long2short.py -i "$input1" -o "$output1" -cov ${coverage} -L ${insert_length} -l ${read_length}
+  ]]></command>
+  <inputs>
+    <param type="data" name="input1" format="fasta" />
+    <param type="integer" name="insert_length" value="1000" />
+    <param type="integer" name="read_length" value="300" />
+    <param type="float" name="coverage" value="0.1" min="0.0001" max="10"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output1" format="fasta" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input1" value="read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample" />
+      <param name="cov" value="0.1" />
+      <param name="insert_length" value="600" />
+      <param name="read_length" value="100" />
+      <output name="output1" file="pseudo_paired_end.fasta"/>
+    </test>
+  </tests>
+  <help><![CDATA[ Create pseudo short paired-edn reads from long read with
+  required read length, insert length and coverage. Original position on long
+  reads is kept as part of the read name ]]></help>
+
+</tool>
diff -r dd46956ff61f -r 5596bafd2119 long_reads_sampling.xml
--- a/long_reads_sampling.xml	Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
+++ b/long_reads_sampling.xml	Tue Dec 12 04:33:04 2017 -0500
@@ -1,7 +1,7 @@
 <tool id="long_reads_sampling" name="Create sample of long reads" version="0.1.0">
   <requirements>
     <requirement type="package">biopython</requirement>
-    <requirement type="package">python3</requirement>
+    <requirement type="package" version="3.6" >python</requirement>
   </requirements>
   <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
   python3 $__tool_directory__/long_reads_sampling.py -i "$input1" -o "$output1" -l ${total_length} -s ${seed}
@@ -18,7 +18,7 @@
     <test>
       <param name="input1" value="read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample" />
       <param name="total_length" value="1000000" />
-      <param name="seed" value="1234" />
+      <param name="seed" value="123" />
       <output name="output1" file="sampled.fasta"/>
     </test>
   </tests>
diff -r dd46956ff61f -r 5596bafd2119 long_reads_sampling.xml.backup
--- a/long_reads_sampling.xml.backup	Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,19 +0,0 @@
-<tool id="long_reads_sampling" name="Create sample of long reads" version="0.1.0">
-    <requirements>
-        <requirement type="package">biopython</requirement>
-    </requirements>
-    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        long_reads_sampling.py -i "$input1" -o "$output1" -l total_length -s seed
-    ]]></command>
-    <inputs>
-        <param type="data" name="input1" format="fasta" />
-    </inputs>
-    <outputs>
-        <data name="output1" format="fasta" />
-    </outputs>
-    <help><![CDATA[
-        b'usage: long_reads_sampling.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-l TOTAL_LENGTH]\n                              [-s SEED]\n\nCreate sample of long reads, instead of setting number of reads to be\nsampled,total length of all sampled sequences is defined\n\noptional arguments:\n  -h, --help            show this help message and exit\n  -i INPUT, --input INPUT\n                        file with long reads in fasta format (default: None)\n  -o OUTPUT, --output OUTPUT\n                        Output file name (default: None)\n  -l TOTAL_LENGTH, --total_length TOTAL_LENGTH\n                        total length of sampled output (default: None)\n  -s SEED, --seed SEED  random number generator seed (default: 123)\n'
-    ]]></help>
-    <citations>
-    </citations>
-</tool>
\ No newline at end of file
diff -r dd46956ff61f -r 5596bafd2119 test-data/pseudo_paired_end.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/pseudo_paired_end.fasta	Tue Dec 12 04:33:04 2017 -0500
@@ -0,0 +1,21270 @@
+>1_1_101_f
+TGGTTCAGTTGTTACTGCAATTTTGTGGCTGGCAATGGTGCTATGGGTATTCCAGATAGA
+CTTTCCATATTCCTAATAATTCAGGTTCGAATCTCATCCT
+>1_1_101_r
+TAATTACTGGGCGTAAAGATAACTTGATTAAAACCCCAAAACCTAGTGTTACTTCTTTTT
+AAGTTATATTAATTCAAACACAACTTACATATCTATAATC
+>1_2001_2101_f
+ATATGATGTACTTAATCTGAAATCGTACTCACGCAGTAGCAAAAAATCATGGGGAAGCAA
+GAACTTCAGTGAGAAACAGAGATCGTATATTGATGTAGAT
+>1_2001_2101_r
+AATGAGTAATTATGGCTGATGATTCTTGACAGAAAACCACTTAAATTATTTAACTTAAAC
+GATTTCAAACCTATGGAAATTCCTTGTATTTTTTACTGAA
+>1_4001_4101_f
+TCTAGGCAATGGGTATCTGTTCTGATTGGTGGCTTTTATTTCGAGTAGTATAATTGCAGC
+CACTCTTTTGTTGACTCGATCATCTTGGGCTGAACGCAGC
+>1_4001_4101_r
+TTTCCTTGGTTTACATGCATAATAAATTATCTGCCCAAGTGTAATCTTACCATCGGTAGT
+ACATCCGGTTTAGTTGGTATCGCCATCTTATTTTATCATT
+>1_6001_6101_f
+ATGTTGATACCCTTCTCAAAAGCTAATCCGTCGTTTTGACAGCCGATTTGGTTATATCCG
+CGGCGCTTCGAGTGGTCTTTCGCCACGATAGCTGAAGTCT
+>1_6001_6101_r
+TCCATCAGACCAAGAGACCGCCGCCGTACCACGAAGAAAAAGAAGTCGCTGGTGCTGTGT
+GGCGCCAGAGGGCGTGGTATCACGATGTCAGACGCGGGTC
+>1_8001_8101_f
+GGAAATGAACTCTGCGAATTAAACGCATTCTAAAGACTCATGTCGTTCAGAACATCATGG
+GTTCTTCCTATCCAAAAAACTCAAATCCCAGGTGTAGTTC
+>1_8001_8101_r
+ACAAAAAGTGATCCCAGAGGCCGATGCAAGAGGGGTGCACATCTTCCTTTCTGAGTAACC
+TGGCCTCTGGGTCCCAAGATTTGAAGGCAGACCCTGCCTT
+>1_10001_10101_f
+GTAACGTTCTACGGCGTGCTGCCGTTTATCAGGTTACGTCAGTATTGGTTAGAGAGCTGA
+AATTTTTTGTTTTTTTTGTTTAATTACATATTTTTTTTTG
+>1_10001_10101_r
+ACCCAACATGTCTCTACTTTATGTTTATAAAGTCTTCTGATTGAACTCGATTGTTGGAAT
+TGGGTTGGTACACACTCTAACCTTAAAAAAGTAACACAGT
+>1_12001_12101_f
+TGAAAGTTGGAAAAGTACTCAGGGTTTTCTATTTGGACCATTTGAGGTGTTAAAGACATG
+CGTCTTAGATTTCTTTGGTTCGCTGAATCTCTTGATCAGG
+>1_12001_12101_r
+CTACATTTCAAGGATGAATTATTGATTATGTAAATAATAGTGATCATTGCAGTTTGAATT
+ATAATTGATAAAAGAAAACTCACTTTAATACAGCAATACA
+>1_14001_14101_f
+ATAACCGTATATTCACTTTGATCTTTAATTCAATTTCCTCTTGATCGTCTCCTTGGAATT
+TTGAATTACATATGTATAAACGCTGTTTCAAGATGTTTTC
+>1_14001_14101_r
+GATTTTAAAGAAGAGTAGCCTAAGAGGAGTGAATTAGGACTTTTGAACACTTTTTTTCCT
+GCCATGGTTAGTTTCTTTTCCGGGTTATAATACAACGGTA
+>1_16001_16101_f
+TTAGAGAAGTAGTAACGATACTTTAGGATCTATAATGTACTTTCTCCAGAATTGTGATTA
+CGATCTTTTAGCGTTCTACAAAGCCAAATCAGAGAGTACT
+>1_16001_16101_r
+ATTACCCCTAACAATAAAGCTACTACTTTATTATTTGTTTTGGAAGAACGTAGGCTGCAA
+CTTTATGATCCCAAATGTCCCCTGAATTTTTGGAGACAGA
+>1_18001_18101_f
+GGTCTTATGACAATTTAACTTTTAGTGCCAGTTTTGAAATAATCAACTGCATGTCTTCAT
+CACTTACCTTTGCTGCCTTGGAAACATGGAATTAGATTAG
+>1_18001_18101_r
+ACCAACACCAATGGAATTGGTTGGGGAGGTTAGCTTTGAAAGTTAGTTTGGCTTATAGCA
+ATACCATCTAGTTCTCATCATCCATCAACTCTGGTTAATC
+>1_20001_20101_f
+ATGCGACATGCACTCCTCTTTCAGTGGTTTAATTAAAGCCTTCGCTGAAATCATTTGTGG
+AGTTCTTCGCGTAGTTAACGGCTCTGAATGACGATGGTGA
+>1_20001_20101_r
+TAACACCAGAGGCCCTCGAGGTCGAGGTTTTGGAATGGTTCGAATGATGTGATGATCCAT
+AAAACTAAGGCCAAAGATTGAAGGAGGATAAAGCTTAATT
+>1_22001_22101_f
+TCAACATTATTCAGAGGCTGAGTTTGATCCATCCCACATTCTTTTGGGTCTTGAGGTTTC
+CCCATTAAAGTTGTGTAGGAATTAGGATTAGCGGATCTGA
+>1_22001_22101_r
+TCTTATTGTTTTAATCCAGATACCTTAGTTGTTTTAACTATACTTTTGGAAGAAATATTT
+TAAATTTAATAATCTGAGAAGGAGGGTTTGAACATTCTTA
+>1_24001_24101_f
+GCATTATCTTTTCTTTCTCTTCCTTAAAATTAACACTACTTAACAAATTAGTATCTAGAG
+ACTCTTGTAGTTCTTGGTTATGTTTTCAAAAGAATCATAT
+>1_24001_24101_r
+CAACGTTATCACTTATCAAAATGATTTCACCACAACCTTCATATAAGATTTAATGGATTC
+TCTGATTCTATATGAAAGAGTCGTAATCTTTTCTATTTTC
+>1_26001_26101_f
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+>1_26001_26101_r
+TCACATTATCTTGTTTCTTCTTTATGAGGGCATTCCATTATGTAGAGGCGCAAGATACAT
+CTGTGATCACACCATGTTCTGTGTACATATCCCTCTTCAA
+>1_28001_28101_f
+TACAAAGATAAGAGGAAAAGATAACTTGGGGTTCACTTTTTTGGAGTCATAGGGCAGAAG
+CTCAAAGAGGATGCTCATTTCTTTTGGTTGCTTCCTGGCT
+>1_28001_28101_r
+TAATCCAATAACTTTTAATTTGAGCTTTTAAATTCTTAGTCATTTACTTTAATGTCTCTT
+TACTTCTTACAATATTCATCTTGATTTTCATTTTGCTCAC
+>1_30001_30101_f
+ACTTGAACCACCAAGCTTTCAAGATACTACATTGAATTATGATTTGGAATCAAATGTTTG
+GAGCTTATACACTTTAGTGTGGGACACCGGCGACCGCTAA
+>1_30001_30101_r
+TTTCAAAATGATTTGTTATTTTAATTAACTTCCAGTTTTTACTCATCTTGTATGCCAAAT
+GATTTTGCCCAGATGACTTTTGTCGCTATTTCAAAAGTCA
+>1_32001_32101_f
+ATTCTATCCATATGAGAGAAGTATAAAAATACACGAAAAGCAGCTCCCATGGCCTCAAAC
+AAAACACCTATGACACTAGACTGAAGATCTACTCATACTT
+>1_32001_32101_r
+CCCTCTTATTGACTTGTAGCAGGCACTACACAAGTGGTTCATAAGAACTCAGTAAGCACT
+AGTGATGGCTTCAAAGTTTCTCACCAGACCTAGCACCAGA
+>1_34001_34101_f
+AATATTTATTAACGTACTGCCAGTACATATTACTCGAATTGATATATTATTATTTAAACT
+ATCTTGGGAGCTATTTTAGAAGGTGTTACATTGAGTAGGT
+>1_34001_34101_r
+TTTCGCAAGAGACCAATACATGGTTATGTTTCCTCGCCGAACTCTAAGAACCCATTTCTT
+CAGAATATCTTTCCCATACATTTCGGAATTCTCCCGGCTT
+>1_36001_36101_f
+ATGATCTGTAATTTCCTTACCCATGGATCATTTGTGGTAAATTTATTGATGAATCTTTTG
+AGTTACTGAAAGATAGAAGGAAGCGCGAGACATTTTGGAT
+>1_36001_36101_r
+TTGCAACTTCAATCTGAACCATAACAAAGTTTTTAGATAAACATCATAAAAGAAGAAGTT
+CAAGATCATGGATAGTTCTCTTTTCATGAATACCTCAAAT
+>1_38001_38101_f
+AAGTGTTGGTTTGGAAGTACATGACATGGTTTAAAGAAATTCAGATGAAGTCTCCTCAAA
+TTCTTGCCCAGTATAATATTTCGGGCGAAACTCTTGTCAG
+>1_38001_38101_r
+AAGCACACAAGTGAACGTGAAGCCCACCGAGACCTCCGGACCTCCATTCATCCCAAAGCT
+ACATGCTCTGGGAAGAAAATAATTGCTTGAATATGACCAA
+>1_40001_40101_f
+GTCTCTTAATTTCAGGCATAGAACATCATAATCCTTGTGGACAATATTCCGGGCCTGGGC
+ATTCTCTATTCACTTGGTTGGAAGAAGGAAGAAGGGAAAG
+>1_40001_40101_r
+ACAAAAGCGCTTTTTCTTTATTATGTTTGTTGATGAAACCCTTAGAATATTGAACCGCTT
+ACTATCGCGGGTGACTTGAATCATGGAGACCTGCACAACA
+>1_42001_42101_f
+TGATTGGTTGGGATGTGCTCTAACAGGTGGCATTATCTGCAGTCTCTTGTCTTGCTCTAA
+TTCCTCCATACGGAGTTCTTGGAATTTCTTGACCACTTTC
+>1_42001_42101_r
+TTAATGAAACACAAACTGAAATCCTTGGAAAGGTCTACAACGCAGACGAGTACAAACCAA
+CTATGAAAAGAATATTGTCTCTGACGTTCGAGGATGGAGA
+>1_44001_44101_f
+ATTTATTTTTTCTACGAAACTTTTTTTCACAAACTTTCTTCTCCATACCCATTTTCATAG
+CTTTCTGAAAAAATTTCTTTGTTCTTCAACAATGGCTCTC
+>1_44001_44101_r
+AGATAAAATGGGAAAAGTAAATATAACGGCTATGCCAGATCTCTCAAAAAACCATCACAA
+GAGTCCACCCAAATAAGGAACCCAAGATGCTGGTGATCCT
+>1_46001_46101_f
+ATGACAAAAATTAGAAAAGAAAATGTTAGATGTGCTCTTAAAGGGAGTTTGCATCCTATT
+GTTTTGATCCATATCTCTTTTATTACAAATGTGATTTGTT
+>1_46001_46101_r
+TTGTGAATTTCAAGTAAACGAACAAAAGAAAATAAAAAAACAAAATTAAGAAAATCGAAA
+AAGGAGAGTTGGATGGATTTCATTAATTTGATGGAGGATC
+>1_48001_48101_f
+TACATGGGAAGCTTAAGGGAGGATCAGTCGAGGTGCGTGAGGAGCTTTCGAGAGTTCGAT
+TTGATTGTTGATTCTTGGCGGGATTTATGCTGCGTGATTT
+>1_48001_48101_r
+TGTCCAAAGTTTCCATGGTCTTTGCAGCATCCAAGGGAGAAACTGCTAAAACCATAACCC
+AATCATGGAGAGGCCAATATGTTAAGGGGCTAACTAATAA
+>2_1_101_f
+TGGTGCTTCGTTCAGTTACGTATTGGCAGGAGTTCAAAGAAGTGGAAAGCCGACAACGTG
+GAAGGATGGTGAACACCAGGTGTTCACAGTAGTCGGAAGA
+>2_1_101_r
+ATTTAAAACTGACCAATGGCGCTGATGTTAGTTAAATTTTTCCAACAACCCAAACTCGGA
+CCGGGTCACACGCTTGTATTAACAGGATATGTTTGCAATG
+>2_2001_2101_f
+TCGATGATGTAGTTGTACCCCTACTCTCCGAAATGCGAGTTACCTCTCAGTTGGTTCGAT
+AAGCGTCGGTTTTTTAGATCATCGTTGATGATTTGGTTGG
+>2_2001_2101_r
+CGGTTGCCCACAACTGGTATATAGAATACTTCATCAGTGGAAGAAGGTCAGTAACCAAAT
+CATCACTATTGATCGAAAAAACTCCGACGCTTAACATCTA
+>2_4001_4101_f
+TATGGTCGATTGATCTCAAATATTTGAACTTCAAAGGCCGTATCTCTCCAGTGTTGGCCA
+AATTGGGTGAGGTTTTTTCCTCTAGTCACAGTGATCCCCT
+>2_4001_4101_r
+TTGCCATGGAAGTGTTCTTCAACAACGCTTACACAAATGGAATTACGATAGAATCCACTG
+AATCGGTCGCATGAACAGCACAGGTTAAGCAAACAAACCC
+>2_6001_6101_f
+GATCATGATTTATTTGGTGATTTTGGAAATGTTTGAGATTGATTTTGATTCAAGTCTTGC
+TGTTGACTTCTATGAGCTTACAAATGCCGTAACTATGTTT
+>2_6001_6101_r
+CAGTGCCCCGCTAAGTAATCAAAATAAAGGCCTCTGCAGACTACATGATTAGAAGAGATG
+TTCTACCTAAATCATTATACAAGCAAAGCAAAGCAAAAGT
+>2_8001_8101_f
+TTCACAGAATCTTCCAGTGCCAGCCGTCGAAGACCCGGTATGCATAGAGATCGCGATATC
+TAGCGAGCATAATGTTTATTTCCCCGGTCGAACTGCCGAC
+>2_8001_8101_r
+ATGTTGTCGTTTCGGCAACATTTTGCAAAAAAGCGGGAGTAATGTTGACACCCCAGACAA
+CAGATTGTCTCGCGACTTTCATGACAGATTCAAGATTCCT
+>2_10001_10101_f
+TCATGAAGGAGGTAATCTGCTGAGTGGCATTTGGTCTATCTTAGAAGTGAGTTCGAAGAA
+TCAGATAATCAACATATGGCGAATTTGGTGTATGCTTTGA
+>2_10001_10101_r
+AACATTTAACTCCCCTGCCATGCAGAATAACCAACTCTCCTCGAACTCGAGATCACAATT
+TAACATATCCAATACCCCAAGGTCGACTCACATACTTCCT
+>2_12001_12101_f
+GAGAATAATGAGTTTCTAAATATGGAGATATTTTGGAACTAAATATGGAATATTTTAGGA
+ACTAAATATGGAGATATTTTGAACTAAATATGGAGATATT
+>2_12001_12101_r
+ATAATTCGCAGTTAAACTCCCCGCTTACAACTCTTCACTTAATCCTCACCCAATGCAATT
+CATACCTAAAGAACTCTTATGAAAACCTCCGCCACCATCT
+>2_14001_14101_f
+ACCATAAAAGGGACTTGTAATGCGGCGTGCTTGACTTCAGTAAAAACTCTTTTTTGAAAA
+GAAGCTCTAATGTTTTCCCAGGTTTAAACTTTCAGAGTTA
+>2_14001_14101_r
+AGATTTCGCGACAGAGATAGAGACTATTGATAAAAGCAATTGAACTGGTGGTTTCCTGTG
+TCGACACTGGTTATGTGATTTCTTACATTAACAAAAAAAC
+>2_16001_16101_f
+CTACGTTCAAGTTCCTCGAAACCAGAAACATCAATCACCATAGTATATTTCCTCCATCAT
+CATCTTAAATCCTCGTTCGAGATGCTCACGGAAACCATGA
+>2_16001_16101_r
+CATCTCTTCACTCTCCTCAAACCTTCCTTCTTCAATCTTCTTCAATCATCATCTTCAAAA
+CGAACCTGCAAACAGAAGAAGAAGATCGACCACAGCAGAA
+>2_18001_18101_f
+AGGCGGTGGCAAATTATTAGCATCGTGTGCTGAATAGATTAGTTAATTAGAAATTTAATG
+GAATTGGGATAAGATGAATGAAAATGCGATAGAATGAGAA
+>2_18001_18101_r
+GTTATCCTTTCCAATGTACACACCGGTAGTTGTGTGGAGAGGCTTAATATCATTAGGATT
+AAAGGAGTAGGCCAACATGCATTAATCCTCAGCAGCAATC
+>2_20001_20101_f
+TTTCATGTCAATTCTGTCAAAATCGACCATTTAACATCCACCCGATCCATATGTAGTAAT
+TGGTTCATCGCTGATTTTCAACTTTCCATGGCAATCCGCC
+>2_20001_20101_r
+TAATCGACTTCATAAGACTAAGGCAAGATATCAACTTTCAACCAAGGCCAACAATTGCTC
+GCACTTTGCTTCACTCAGTAGGGACATTTATCTTTTGTTA
+>2_22001_22101_f
+ATATTAACTTGTTCATACTAACTCTATAGATTGTTAATATTATCTTATTAATGTAGGCTT
+GTTAACCTAATAACTTAACTTAAAACTTTTTCGCTATAGG
+>2_22001_22101_r
+ACAAAGCATCACAAAAGAGTAAAGAAAGGCCTCTAAGCAAAGCGTCCCAAATGGAACTCG
+CTAAGTCCAAGAGATTATGCCATGACTTTTTTTTTTTTCG
+>2_24001_24101_f
+TCAATGGATCTTAGGTGTTGATTAGGTGAAAACCACAATCCACCAAATAGATGAATTGAT
+TTAATGATGACATTCGAGCCTTTGTTCTGGTAGTTGGTTT
+>2_24001_24101_r
+AGTATGCCACTATCTCTCTCTTAGGTGAAAAGGGACAATATTTTTCACACAATCCCAATG
+AGGAGTAGGAGACTTGTATAACTGTCTTTAAGAAATGACT
+>2_26001_26101_f
+AAACTTCTTTGAGACTGTTCGTTCCTTTTTTCCCTTTCAGCGATAATAAAAAAAGCCACG
+ATGTGACCTCTTGCTTTATGAAGGTTAAGTTAATAAATAA
+>2_26001_26101_r
+AAAATTCCCGTGAGTCATACCTTTTTTGATATTACTATCTTAAACTACTACCGCCAACCA
+ATATTCTCGTTATATAGCTTCCGCCCGAAAGTGTAGTATC
+>3_1_101_f
+AAGTATTAGCGTTCAGTTACGTATTGCTTAAAAGAGGAGGTGAAAAAGAGTATTTTCAAA
+TTAACCATTTCCTTACATTTTACCATTTGTAATGTTGAAA
+>3_1_101_r
+GGGATGAACTGATGATGTTTTTCCTCGCCGGAAAGTATAAACATGAACAACGATGTTCCG
+TGATGATAATGGACAAGTATGGAAAGCGAAGATTCTGATC
+>3_2001_2101_f
+GTGAAATGATAATGATGAATGATATGAATGTGAAACCACTTAGGTTTGCTTCTTAGTGCA
+GACGATTTTTGGATAGCTTCTTGCTGTTTTGGATTTCTTA
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