# HG changeset patch # User petr-novak # Date 1512745037 18000 # Node ID dd46956ff61f629878b0729ae666430f0a79e026 Uploaded diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f README.org --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.org Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,73 @@ +#+TITLE: Sequence Read Simulator +#+AUTHOR: Petr Novak + +Create pseudo short reads from long reads (Illumina Like). + +* Requirements +- python version > 3.4 +- biopython + +* Available tools +** long_reads_sampling +#+BEGIN_EXAMPLE + +usage: long_reads_sampling.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-l TOTAL_LENGTH] + [-s SEED] + +Create sample of long reads, instead of setting number of reads to be sampled, +total length of all sampled sequences is defined + +optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + -i INPUT, --input INPUT + file with long reads in fasta format (default: None) + -o OUTPUT, --output OUTPUT + Output file name (default: None) + -l TOTAL_LENGTH, --total_length TOTAL_LENGTH + total length of sampled output (default: None) + -s SEED, --seed SEED random number generator seed (default: 123) +#+END_EXAMPLE + +** long2short +#+BEGIN_EXAMPLE +usage: long2short.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-cov COVERAGE] + [-L INSERT_LENGTH] [-l READ_LENGTH] + +Creates pseudo short reads from long oxford nanopore reads + +optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + -i INPUT, --input INPUT + file with long reads in fasta format (default: None) + -o OUTPUT, --output OUTPUT + Output file name (default: None) + -cov COVERAGE, --coverage COVERAGE + samplig coverage (default: 0.1) + -L INSERT_LENGTH, --insert_length INSERT_LENGTH + length of insert, must be longer than read length + (default: 600) + -l READ_LENGTH, --read_length READ_LENGTH + read length (default: 100) + +#+END_EXAMPLE +resulting reads in fasta format has names which include following information: + - original long read name index + - position of pseudo forward read in long reads +forward a reverse reads are interlaced a reverse reads are reverse complement of original long sequence +example outut: +#+BEGIN_EXAMPLE +>1_1_101_f +TGGTACTTGCGGTTACGTATTGCTAGCTAGTCTCCATTTGTCCGTTGGTCTTAGGTGATT +TTCCAAGCTTTGTGTGTAAATGTAAGGATCCTCATTTGTA +>1_1_101_r +GTTTTGTTATCGTGATCCACAGATCAGAAGATATCGCCGCTCACCTGTCAATTAATCTTA +ACTTAATGTACACTAGGGTTTTGGTTTTAACTGCTATCTT +>1_2001_2101_f +CTGAGTTGGGCAACATAGCCGACAAATTTGAACAATAAGCCGGTCCAGCCTTCTTTCTCA +GCTGATACATGAAACAAATCAAAGGAGCATTGTAAAGGCG +>1_2001_2101_r +TTTTGAATGATGGCACTACCGTGATCAAGGACGATGGTCTCCGTTCACTCGCTTTTGTTG +TACGTTCTCTATGAACTTGGTTTCTTTGCATTCGGTTCTT +>1_4001_4101_f +GAAGTTGAAGGAACATTTGGAAAGGTGTGTGAAGACTAATTTGGTCT +#+END_EXAMPLE diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __init__.py diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-34.pyc Binary file __pycache__/long2short.cpython-34.pyc has changed diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-35.pyc Binary file __pycache__/long2short.cpython-35.pyc has changed diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-36.pyc Binary file __pycache__/long2short.cpython-36.pyc has changed diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f galaxy_integration.org --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/galaxy_integration.org Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,41 @@ +#+TITLE: Building galaxy tools +#+BEGIN_SRC sh +# require planemo +if [ -e "long_reads_sampling.xml" ] +then + echo "backing up original file" + cp long_reads_sampling.xml long_reads_sampling.xml.backup +fi +planemo tool_init --force --id 'long_reads_sampling' \ +--name 'Create sample of long reads' \ +--requirement biopython \ +--example_command 'long_reads_sampling.py -i input_seq.fasta -o output_seq.fasta -l total_length -s seed' \ +--example_input 'input_seq.fasta' \ +--example_output 'output_seq.fasta' + +#+END_SRC + +#+RESULTS: +| backing | up | original | file | +| Tool | written | to | long_reads_sampling.xml | + +file must be manually edited + +# create toolshed configuration +#+BEGIN_SRC bash +planemo shed_init --name=long_reads_sampling \ + --owner=repeatexplorer \ + --description=long_reads_sampling \ + --long_description="Create sample of long reads" \ + --category="Fasta Manipulation" +planemo shed_lint --tools +#+END_SRC + +#+RESULTS: + +# creating repository - once + +#+BEGIN_SRC bash +# it requires planemo server running! +planemo shed_create --shed_target local +#+END_SRC diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long2short.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/long2short.py Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,150 @@ +#!/usr/bin/env python3 +import argparse +import sys +from argparse import ArgumentDefaultsHelpFormatter +from collections import namedtuple +from collections import OrderedDict +from Bio import SeqIO + +SEQ_FORMAT = "fasta" +# Default sampling, used on argparse: +DEFAULT_READ_LENGTH = 200 +DEFAULT_INSERT_LENGTH = 700 +DEFAULT_COVERAGE = 0.1 + +Sequences_summary = namedtuple('Fasta_summary', + ['total_length', 'number_of_sequence', + 'id_length', 'file_path', 'format']) + +Coordinates = namedtuple('Coordinates', "id start1 end1 start2 end2") + + +def get_sequences_summary(seq_file): + ''' return basic characteristic of sequences ''' + id_length = OrderedDict() + totat_length = 0 + N = 0 + for seqs in SeqIO.parse(seq_file, SEQ_FORMAT): + id_length[seqs.id] = len(seqs) + totat_length += len(seqs) + N += 1 + return Sequences_summary(totat_length, N, id_length, seq_file, SEQ_FORMAT) + + +def get_short_pseudoreads_position(fasta_summary, sampling_options): + """Return selected position on long read sequences + Arguments: + fasta_summary - namedtuple Fasta_summaty containing information about sequences + sampling options - namedtuple, specified how sequences should be sampled + Return value: + (sequence_id, start1, end1, start2, end2) + """ + interval = int(2 * sampling_options.read_length / + sampling_options.coverage) + for seqname, length in fasta_summary.id_length.items(): + start_positions = range(1, length, interval) + for s in start_positions: + yield Coordinates(seqname, s, s + sampling_options.read_length, + s + sampling_options.insert_length - + sampling_options.read_length, + s + sampling_options.insert_length) + + +def extract_short_reads(summary, args): + '''yield short reades sampled from long reads + Arguments: + summary.. named tuple specifie sequences properties, path, length, idslist + args ..... Define how short sequences should be generated + ''' + pos = get_short_pseudoreads_position(summary, args) + coords = next(pos) + index = 0 + for i in SeqIO.parse(summary.file_path, summary.format): + index += 1 + while True: + if coords.id == i.id: + # forward read + subseq_f = i[coords.start1:coords.end1] + subseq_f.id = "{}_{}_{}_f".format(index, coords.start1, + coords.end1) + subseq_f.description = "" + # reverse complement read + subseq_r = i[coords.start2:coords.end2].reverse_complement() + subseq_r.id = "{}_{}_{}_r".format(index, coords.start1, + coords.end1) + subseq_r.description = "" + # return only if sequences are long enough + if len(subseq_r) == args.read_length: + yield subseq_f + yield subseq_r + coords = next(pos) + else: + break + + +def long2short(args): + '''Sample short reads from long sequences + args contain these attributes:: + ------------ + input_file - path to file in fasta format + output_file - path to output file, fasta format + options - options is named tuple and specifies read length + coverage, insert length, max number of sequences which will be return + + ''' + summary = get_sequences_summary(args.input.name) + with open(args.output.name, 'w') as f: + for i in extract_short_reads(summary, args): + SeqIO.write(i, f, SEQ_FORMAT) + + +def get_args(): + '''Parses command line arguments ''' + description = "Creates pseudo short reads from long oxford nanopore reads" + parser = argparse.ArgumentParser( + description=description, + formatter_class=ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('-i', + '--input', + type=argparse.FileType('r'), + help="file with long reads in fasta format") + parser.add_argument('-o', + '--output', + type=argparse.FileType('w'), + help="Output file name") + parser.add_argument("-cov", + "--coverage", + type=float, + default=DEFAULT_COVERAGE, + help="samplig coverage") + parser.add_argument( + "-L", + "--insert_length", + type=int, + default=DEFAULT_INSERT_LENGTH, + help="length of insert, must be longer than read length") + parser.add_argument("-l", + "--read_length", + type=int, + default=DEFAULT_READ_LENGTH, + help="read length") + + args = parser.parse_args() + if len(sys.argv) == 1: + parser.print_help() + sys.exit(1) + + #hassert args.insert_length > args.read_length, "read length must be shorter than insert length" + return args + + +def main(): + '''Sample short reads from long sequences + Files path are passed as command line positional arguments + ''' + args = get_args() + long2short(args) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/long_reads_sampling.py Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,98 @@ +#!/usr/bin/env python3 +import sys +import argparse +import random +from argparse import ArgumentDefaultsHelpFormatter +from Bio import SeqIO +from long2short import get_sequences_summary + + +def get_args(): + '''Parses command line arguments ''' + description = ("Create sample of long reads, instead" + " of setting number of reads to be sampled," + "total length of all sampled sequences is defined") + + parser = argparse.ArgumentParser( + description=description, + formatter_class=ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('-i', + '--input', + type=argparse.FileType('r'), + help="file with long reads in fasta format") + parser.add_argument('-o', + '--output', + type=argparse.FileType('w'), + help="Output file name") + parser.add_argument("-l", + "--total_length", + type=int, + help="total length of sampled output") + + parser.add_argument("-s", + "--seed", + type=int, + default=123, + help="random number generator seed") + + args = parser.parse_args() + if len(sys.argv) == 1: + parser.print_help() + sys.exit(1) + + return args + + +def make_sequence_sample(args, seq_summary): + ''' + create output sequence of required length or larger, save to fasta + ''' + random.seed(args.seed) + print(args.seed) + selected_seq_id = set() + cummulative_length = 0 + for seq_id in random.sample(seq_summary.id_length.keys(), + seq_summary.number_of_sequence): + selected_seq_id.add(seq_id) + cummulative_length += seq_summary.id_length[seq_id] + if cummulative_length >= args.total_length: + break + print(selected_seq_id) + # to make it efficient same orger is necesary + selected_seq_id_ordered = [i + for i in seq_summary.id_length + if i in selected_seq_id] + curent_id = selected_seq_id_ordered.pop(0) + with open(args.output.name, 'w') as output_seq_file: + for seqs in SeqIO.parse(args.input.name, "fasta"): + if seqs.id == curent_id: + SeqIO.write(seqs, output_seq_file, "fasta") + try: + curent_id = selected_seq_id_ordered.pop(0) + except IndexError: + break + + +def main(): + ''' + Create sample of longn reads, sample size is defined as total length + ''' + args = get_args() + seq_summary = get_sequences_summary(args.input) + # check that total length if larger than required sampling + if seq_summary.total_length < args.total_length: + print("Input sequences total length: ", + seq_summary.total_length, + file=sys.stderr) + print("Required output total length: ", + args.total_length, + file=sys.stderr) + print("Required sequence length is larger than input data, exiting", + file=sys.stderr) + sys.exit(1) + + make_sequence_sample(args, seq_summary) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/long_reads_sampling.xml Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,30 @@ + + + biopython + python3 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.xml.backup --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/long_reads_sampling.xml.backup Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,19 @@ + + + biopython + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f test diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f test-data/read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500 @@ -0,0 +1,100000 @@ +>CAM170313_45484_ch382_read3803_1D +TTGGTTCAGTTGTTACTGCAATTTTGTGGCTGGCAATGGTGCTATGGGTATTCCAGATAGACTTTCCATA +TTCCTAATAATTCAGGTTCGAATCTCATCCTGTTTCTTCCAGTTTTTGGTTGCAGTGTTCTGGTGACATT +AAGCCCACATTGGGTAAATGGGTGGTGGTGGTTGGCAAACCGTGTTTGTTCACAATGGGTAATGGGATTT +GGTTGTGAAGAACCTCCTTGCTCTTGGCGTTGCCTAGCTGTTGCCTCCTCGTCTTCCAGTTTTATGTGAG +CCTCTTCACAGTTTTCTCTAGTCAGGATCAAAAGAGATACATTGAAGTTTCCTACATAAAAGCGTAAACT +GCTTCATTAATGAATTACAACCTAGTCAAAATTACAGCTAAAACTTAACAACCAATCACATTTTCAACAG +TATAATTTAATCCGACTTAGCAGCTTGTTTTAGTGATACAGTTTTTTATTCATAGGTTTTGGCCCCCATA +GTATCCTAGAAGATTATAGATATGTAAGTTGTGTTTGAATTAATATAACTTAAAAAGAAGTAACACTAGG +TTTTGGGGTTTTAATCAAGTTATCTTTACGCCCAGTAATTAATTCTGCGGTAAAAGAAATTCATTTTTGA +TTAATGAGAAATATTCATACGATTGGGTTCAATGATTACACTTGGCATGTTTTTTGGAGTCAAACAATAT +TACAGCTCTTACCGATGAAATGAAATGTTCACAAAGTCCTCTAGTCAGGTTTCTAGACACCGTGTGGTTT +GTATTTTGGTCATTGCTTCTGTCTATCAAAAAAGACAGCGTTTCAGTTTCAATATATGAGTAGACAAGAA +TACTATCTCACAGCTATATGAACAGGTTGGATGAAACTAGATAAAGAATGGTATCTCTAGTCAAATGGCT +TCAAGGTTTCAATGAAACCAGGTTTTCATCTATATTTGAAAAGAGTTTGCACCAACGAGGGATCTTACAT +TTACACACAAAGCTTGAGAATCCACTACGTGTTAATAGAATGGAGACTTAGCTACTCGTTTCATTGGTAG +GTGTGAAGTGAAAAGAGTTGATCCAGGCATCAGTGGTTAATTCAGAGTTGGTTCAGGGGTCCCACTTTCT +TTTTTACCGTGGAAGTGGTGCTAAGATGAAAAGTAAAGTGAACATAAGAATCTCAAACGTCGCAGCCAAA +GTATCCAGAGAAGATAAAAATGAAGATTTGGTAAAGTGAGTAACAGAATAAAGAAGTGGCTTTTCTTACT +TACAGAATCAATCTGGTATGTCGCGTGCTGGTGACGAATAAACCCTTCACTCATGACAAAAAATCGACGT +AATGCCCTGGCTTCGAAAAGCGTTTTTATGACTGTCTTCTTCTTCTTAAAACAGTCTCACTGAAAGAACT +AAACAAACCATTTAAAATGAGGATTGAAAATTTTCCCTCAGATACTGTTGAGGAACTGTTCAGGCCTCTT +CAACAGTGTCACGACCTCTTTCACTAACTGATTTGAATTGTACCGCTTGTCAGTTAACTGGCAGACAGTA +TTATTCTTCTTGGACACTGGCAGAATTCCTTTGAAGGTTTTACCTCATAAATCTCTGAGGCAGAATCAAT +GCTTGTTTGCTTTGGTTTCACACCAAATTTTGTTGTGTCTTATTCTCAATTATAATTTCATACCTTTCAC +CTGTCTTACCTCAAAAGTACCAAGAAGCTGTTTATCGTGTCATTTCATATAAAATGAATGTAGTTGATTA +CATTAGCAAAGATATAAAAGAGTAGAAGATACCCCTTACTGTTAGCTTCAAATCAACACTTTTGATCTCA +ACGATCCTTCCGGTTTCCAGTTCAATTTGAATCTTGAGAAATGAACACCCTGAACGGATCTTCAGATTCA +TTTGAATCCTTTGACCAGTACTAAGTCCTTCAGTCTCTCCGTTTGGATCTGTTGCCATTGCAAAACCAAT +TCTTGTTCCTTGGAAGGAGCTGTATGACTTCATGTGTAACGATATGATGTACTTAATCTGAAATCGTACT +CACGCAGTAGCAAAAAATCATGGGGAAGCAAGAACTTCAGTGAGAAACAGAGATCGTATATTGATGTAGA +TATGAGGGGAATCGTCCATCTGGTTGTCATTACCAAAATGGAAATTAATTTGCCCCAGAAAGTTGAGCCT +TCTTGGGAAATTCAACTTCTTGGAAACTTTGTTGAACTCCTGTGAGGAATCATGAGGCTGCTAGGAGAAA +TGTGGGAAGCAGGCCTTCATTTGGGGTGTCTCAGAACTTACTAAATGTCCCTCGGCTTCAGTTCATAATC +CATTAAAATGTCTACGGGATGAGATGGGTGCAGGCATACCCCTCTGTAGTGCAGTTGTCAACCCACTCCT +TGCTGGAATCTGATCGTGTCCAAGGATATACACAATGGATCATGGCTTCCATTTGAAGGCCTTCTCTGAG +AGACACATCCTTGCTTGGGATGAGACCATGACTTGGCATCAGTTCTGTGACTTCAGTAAAAAATACAAGG +AATTTCCATAGGTTTGAAATCGTTTAAGTTAAATAATTTAAGTGGTTTTCTGTCAAGAATCATCAGCCAT +AATTACTCATTCCATATAAGAATATGTTTTATCAAAAATTGAGTTTTTGCAATGGCTGATAAATGAAATA +AAGGGCTCTTGGGATATTCGAAGCTCTGTTTGGGAGAACTTTGAAGACATGGTAGAGGAATGAAGAGGCA +GTCACCGAAAAGTGAATGTATAAAAATTCTCTAAACTGTCGGATCAGGTCCCAGCAGGTTTGATACTTCT +GTTTAATGCTCTCAAAGGGCAGCTCACTTATCCACTTTGCAGTGGATGGGTCAGTCTTTAACATGAGGTT +CAGATAGTGGTGATATATGTGATGGAACTGGATCGTCATTAAACCTTCACTAACTTTGCTGGTCCAGCCC +GCAGGTTTTCAATCACAGGATACCCATTTTGTCCCGGGCCTTCTTTTGAGGTTTAAATCAGGTGTACACT +CACTATCCTGTTTTTTGCAGACCTCTGCCATTCTTTTTTTTTTAGGTTTAGTAGGATGCCTTTTTTTTTT +TGCAGTTCTTCCTTTTCCTGGTCAGTTGAATTCTATTTATAAATATTTTTTAATAAAATTGATTCATGAG +GCGGTCTCCATCATGGTTGTGTATCAAAACTCATGCCAAAATCTTTAACTTTGGACCACACCTCGTTCCG +GGTATGGCTGCCCTAAGTCTGTGTGGAGAAATACATTTAATTCCGACTTGTCCCCAGAGGCGCACTGGAG +AAGGCCAAGTAACAGCTGGTGTCTCGGCCAAAGTGCGTCGATTCTGGGTACGTTCAGCGCCGCTGTCATC +GAACAGGTAAACCAAAACATCAGCCAATTGGTTTCTGTTCAAAGAGGACAATCGCCTGTTCATGGGTTGG +GTGGTGAGGTCATACCATTTCCGTTGGTTTGATTGGTGACCAAAAGTTTGAATAAAGTACTCCATCGGGG +TTTCATCTGCTATTTCCTGGAGTCAGCCAGGATACAAGCTTGTTATTGACTATTTATTTAGGTACGAGGA +AAAGTTAATTTCCGGCACCAAATGCCAGCAGGCCCCCTTCGTTAAGCAGTCAACTATACCCAAACTCCCG +CGACCGTGACGGTTGTTATCGGCTTAGCATCATGACTTACATTTGATTCAGGATTCAGGGCCTCTCCGGG +GTGGTTCCTCTCAATCTTTCGTTGAGAAGCAGCGTGTCCTCGCATCGGAAAGTCAGCCTCTTGGTTGGTA +GCTAATCAGTTGCTTTGCATGCAAGACAAGAACCTTTACTGAAATGGCTTTTTTTTATGAAGTGTATTTG +GATATACTCTGTGGTATAGACATACTAAATAGCCTTTGGTGAGTGATGACTTTCAAAAATACTTCTGGTG +GATATTTTGATCTCCTTCAGGCCAGAACCATTAATGGTCTTACGCCTCATCTGTAGGTAGTGAGCAATAG +CGGGCAAATTTTCTAGGCAATGGGTATCTGTTCTGATTGGTGGCTTTTATTTCGAGTAGTATAATTGCAG +CCACTCTTTTGTTGACTCGATCATCTTGGGCTGAACGCAGCCAGTAGCATAACCGAGTCAGTACGTCCAT +GGTCTTTCTACTCTCAGGCTGGGGCTGCTTTGATCTTGGTCTCTTTCTTGTTCATCCTGGTACCGGTGTT +GGCGGTCTGAAGTCACCTCCGTCAGGTGTAATAAGCTGGATCTCAACAACCAATCATTCTTATAGACAAT +TCTGTAATCTTTCTATTTTACCTTCGAGCGATGGTGGATTCTTCGATCTATACCAAGCCATTAGCGTCTG 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+CTTCATTGGGCTTTCTTTGGAAGAACATTGGAGAAAGAGCCTCAATAAACATGGAAGCTTATCTTGCTTG +CACTCCAATTGTGACCGAGCTTCATTGCTGATTCACGCCCTCGGGCGTCAGATTGAATTATCAGGGTGAA +ACCAGCCAGGCTAACGTTTATGATAAAACCATTTGGATACGGGTCTCAGGTGGAACATAAGGCCATATTA +AGTGCGGGAGGTACTCCTCGCCTCGCGAGAACAGCCATGGTGAGAATGGAATCTTTGGCAGGGGGTCTCG +GTTGACTACAGCGGTCTTTCTTGTCATCCTGGCCTTCGTGCTTTCCTTCACCAGAATCACGTCGCCGGAG +GATCACCTGGTGGCCTTCTTACGAGCGGATGCGTTTCCCTTTATTTTGCCTAAACTGAGTATTCGCGTAA +TGCTGATGGTTGATAGTCATGCTGGTGACCCTGCGTATCGACGTATCCTCTGGGTGAACTTCTGATGTGA +TATATTCTTAATTAACTGCACTGGCGATGTATTACCGGTGCAGGGATGTATCTTTCTCCTCAGACGGTCA +TTGCAGCGGTGATTAAGTTAACCAAAGAAATTCGTTGTTTGTGATGGTCAGTGTTTCAGTCGTTCGCGTT +CGCCTTTCAGGAAATATTATTGTTGGGCGGAGTCTCAGAGACATATCGCTACTGGGAATAAAATGCATTG +TTATGTTTTCTTCACCGGATGAATTTCATTAGTGAAGTTCAGCCTTCATCTATGTTGATACCCTTCTCAA +AAGCTAATCCGTCGTTTTGACAGCCGATTTGGTTATATCCGCGGCGCTTCGAGTGGTCTTTCGCCACGAT +AGCTGAAGTCTTCACCTCCATCCGCTAAACAAGTTCCGGTTTCCATATCATGACATTAAACTCCTCGCCC 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