# HG changeset patch
# User petr-novak
# Date 1512745037 18000
# Node ID dd46956ff61f629878b0729ae666430f0a79e026
Uploaded
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f README.org
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.org Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,73 @@
+#+TITLE: Sequence Read Simulator
+#+AUTHOR: Petr Novak
+
+Create pseudo short reads from long reads (Illumina Like).
+
+* Requirements
+- python version > 3.4
+- biopython
+
+* Available tools
+** long_reads_sampling
+#+BEGIN_EXAMPLE
+
+usage: long_reads_sampling.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-l TOTAL_LENGTH]
+ [-s SEED]
+
+Create sample of long reads, instead of setting number of reads to be sampled,
+total length of all sampled sequences is defined
+
+optional arguments:
+ -h, --help show this help message and exit
+ -i INPUT, --input INPUT
+ file with long reads in fasta format (default: None)
+ -o OUTPUT, --output OUTPUT
+ Output file name (default: None)
+ -l TOTAL_LENGTH, --total_length TOTAL_LENGTH
+ total length of sampled output (default: None)
+ -s SEED, --seed SEED random number generator seed (default: 123)
+#+END_EXAMPLE
+
+** long2short
+#+BEGIN_EXAMPLE
+usage: long2short.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-cov COVERAGE]
+ [-L INSERT_LENGTH] [-l READ_LENGTH]
+
+Creates pseudo short reads from long oxford nanopore reads
+
+optional arguments:
+ -h, --help show this help message and exit
+ -i INPUT, --input INPUT
+ file with long reads in fasta format (default: None)
+ -o OUTPUT, --output OUTPUT
+ Output file name (default: None)
+ -cov COVERAGE, --coverage COVERAGE
+ samplig coverage (default: 0.1)
+ -L INSERT_LENGTH, --insert_length INSERT_LENGTH
+ length of insert, must be longer than read length
+ (default: 600)
+ -l READ_LENGTH, --read_length READ_LENGTH
+ read length (default: 100)
+
+#+END_EXAMPLE
+resulting reads in fasta format has names which include following information:
+ - original long read name index
+ - position of pseudo forward read in long reads
+forward a reverse reads are interlaced a reverse reads are reverse complement of original long sequence
+example outut:
+#+BEGIN_EXAMPLE
+>1_1_101_f
+TGGTACTTGCGGTTACGTATTGCTAGCTAGTCTCCATTTGTCCGTTGGTCTTAGGTGATT
+TTCCAAGCTTTGTGTGTAAATGTAAGGATCCTCATTTGTA
+>1_1_101_r
+GTTTTGTTATCGTGATCCACAGATCAGAAGATATCGCCGCTCACCTGTCAATTAATCTTA
+ACTTAATGTACACTAGGGTTTTGGTTTTAACTGCTATCTT
+>1_2001_2101_f
+CTGAGTTGGGCAACATAGCCGACAAATTTGAACAATAAGCCGGTCCAGCCTTCTTTCTCA
+GCTGATACATGAAACAAATCAAAGGAGCATTGTAAAGGCG
+>1_2001_2101_r
+TTTTGAATGATGGCACTACCGTGATCAAGGACGATGGTCTCCGTTCACTCGCTTTTGTTG
+TACGTTCTCTATGAACTTGGTTTCTTTGCATTCGGTTCTT
+>1_4001_4101_f
+GAAGTTGAAGGAACATTTGGAAAGGTGTGTGAAGACTAATTTGGTCT
+#+END_EXAMPLE
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __init__.py
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-34.pyc
Binary file __pycache__/long2short.cpython-34.pyc has changed
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-35.pyc
Binary file __pycache__/long2short.cpython-35.pyc has changed
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f __pycache__/long2short.cpython-36.pyc
Binary file __pycache__/long2short.cpython-36.pyc has changed
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f galaxy_integration.org
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/galaxy_integration.org Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,41 @@
+#+TITLE: Building galaxy tools
+#+BEGIN_SRC sh
+# require planemo
+if [ -e "long_reads_sampling.xml" ]
+then
+ echo "backing up original file"
+ cp long_reads_sampling.xml long_reads_sampling.xml.backup
+fi
+planemo tool_init --force --id 'long_reads_sampling' \
+--name 'Create sample of long reads' \
+--requirement biopython \
+--example_command 'long_reads_sampling.py -i input_seq.fasta -o output_seq.fasta -l total_length -s seed' \
+--example_input 'input_seq.fasta' \
+--example_output 'output_seq.fasta'
+
+#+END_SRC
+
+#+RESULTS:
+| backing | up | original | file |
+| [32m[1mTool | written | to | long_reads_sampling.xml[0m |
+
+file must be manually edited
+
+# create toolshed configuration
+#+BEGIN_SRC bash
+planemo shed_init --name=long_reads_sampling \
+ --owner=repeatexplorer \
+ --description=long_reads_sampling \
+ --long_description="Create sample of long reads" \
+ --category="Fasta Manipulation"
+planemo shed_lint --tools
+#+END_SRC
+
+#+RESULTS:
+
+# creating repository - once
+
+#+BEGIN_SRC bash
+# it requires planemo server running!
+planemo shed_create --shed_target local
+#+END_SRC
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long2short.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/long2short.py Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,150 @@
+#!/usr/bin/env python3
+import argparse
+import sys
+from argparse import ArgumentDefaultsHelpFormatter
+from collections import namedtuple
+from collections import OrderedDict
+from Bio import SeqIO
+
+SEQ_FORMAT = "fasta"
+# Default sampling, used on argparse:
+DEFAULT_READ_LENGTH = 200
+DEFAULT_INSERT_LENGTH = 700
+DEFAULT_COVERAGE = 0.1
+
+Sequences_summary = namedtuple('Fasta_summary',
+ ['total_length', 'number_of_sequence',
+ 'id_length', 'file_path', 'format'])
+
+Coordinates = namedtuple('Coordinates', "id start1 end1 start2 end2")
+
+
+def get_sequences_summary(seq_file):
+ ''' return basic characteristic of sequences '''
+ id_length = OrderedDict()
+ totat_length = 0
+ N = 0
+ for seqs in SeqIO.parse(seq_file, SEQ_FORMAT):
+ id_length[seqs.id] = len(seqs)
+ totat_length += len(seqs)
+ N += 1
+ return Sequences_summary(totat_length, N, id_length, seq_file, SEQ_FORMAT)
+
+
+def get_short_pseudoreads_position(fasta_summary, sampling_options):
+ """Return selected position on long read sequences
+ Arguments:
+ fasta_summary - namedtuple Fasta_summaty containing information about sequences
+ sampling options - namedtuple, specified how sequences should be sampled
+ Return value:
+ (sequence_id, start1, end1, start2, end2)
+ """
+ interval = int(2 * sampling_options.read_length /
+ sampling_options.coverage)
+ for seqname, length in fasta_summary.id_length.items():
+ start_positions = range(1, length, interval)
+ for s in start_positions:
+ yield Coordinates(seqname, s, s + sampling_options.read_length,
+ s + sampling_options.insert_length -
+ sampling_options.read_length,
+ s + sampling_options.insert_length)
+
+
+def extract_short_reads(summary, args):
+ '''yield short reades sampled from long reads
+ Arguments:
+ summary.. named tuple specifie sequences properties, path, length, idslist
+ args ..... Define how short sequences should be generated
+ '''
+ pos = get_short_pseudoreads_position(summary, args)
+ coords = next(pos)
+ index = 0
+ for i in SeqIO.parse(summary.file_path, summary.format):
+ index += 1
+ while True:
+ if coords.id == i.id:
+ # forward read
+ subseq_f = i[coords.start1:coords.end1]
+ subseq_f.id = "{}_{}_{}_f".format(index, coords.start1,
+ coords.end1)
+ subseq_f.description = ""
+ # reverse complement read
+ subseq_r = i[coords.start2:coords.end2].reverse_complement()
+ subseq_r.id = "{}_{}_{}_r".format(index, coords.start1,
+ coords.end1)
+ subseq_r.description = ""
+ # return only if sequences are long enough
+ if len(subseq_r) == args.read_length:
+ yield subseq_f
+ yield subseq_r
+ coords = next(pos)
+ else:
+ break
+
+
+def long2short(args):
+ '''Sample short reads from long sequences
+ args contain these attributes::
+ ------------
+ input_file - path to file in fasta format
+ output_file - path to output file, fasta format
+ options - options is named tuple and specifies read length
+ coverage, insert length, max number of sequences which will be return
+
+ '''
+ summary = get_sequences_summary(args.input.name)
+ with open(args.output.name, 'w') as f:
+ for i in extract_short_reads(summary, args):
+ SeqIO.write(i, f, SEQ_FORMAT)
+
+
+def get_args():
+ '''Parses command line arguments '''
+ description = "Creates pseudo short reads from long oxford nanopore reads"
+ parser = argparse.ArgumentParser(
+ description=description,
+ formatter_class=ArgumentDefaultsHelpFormatter)
+ parser.add_argument('-i',
+ '--input',
+ type=argparse.FileType('r'),
+ help="file with long reads in fasta format")
+ parser.add_argument('-o',
+ '--output',
+ type=argparse.FileType('w'),
+ help="Output file name")
+ parser.add_argument("-cov",
+ "--coverage",
+ type=float,
+ default=DEFAULT_COVERAGE,
+ help="samplig coverage")
+ parser.add_argument(
+ "-L",
+ "--insert_length",
+ type=int,
+ default=DEFAULT_INSERT_LENGTH,
+ help="length of insert, must be longer than read length")
+ parser.add_argument("-l",
+ "--read_length",
+ type=int,
+ default=DEFAULT_READ_LENGTH,
+ help="read length")
+
+ args = parser.parse_args()
+ if len(sys.argv) == 1:
+ parser.print_help()
+ sys.exit(1)
+
+ #hassert args.insert_length > args.read_length, "read length must be shorter than insert length"
+ return args
+
+
+def main():
+ '''Sample short reads from long sequences
+ Files path are passed as command line positional arguments
+ '''
+ args = get_args()
+ long2short(args)
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ main()
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/long_reads_sampling.py Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,98 @@
+#!/usr/bin/env python3
+import sys
+import argparse
+import random
+from argparse import ArgumentDefaultsHelpFormatter
+from Bio import SeqIO
+from long2short import get_sequences_summary
+
+
+def get_args():
+ '''Parses command line arguments '''
+ description = ("Create sample of long reads, instead"
+ " of setting number of reads to be sampled,"
+ "total length of all sampled sequences is defined")
+
+ parser = argparse.ArgumentParser(
+ description=description,
+ formatter_class=ArgumentDefaultsHelpFormatter)
+ parser.add_argument('-i',
+ '--input',
+ type=argparse.FileType('r'),
+ help="file with long reads in fasta format")
+ parser.add_argument('-o',
+ '--output',
+ type=argparse.FileType('w'),
+ help="Output file name")
+ parser.add_argument("-l",
+ "--total_length",
+ type=int,
+ help="total length of sampled output")
+
+ parser.add_argument("-s",
+ "--seed",
+ type=int,
+ default=123,
+ help="random number generator seed")
+
+ args = parser.parse_args()
+ if len(sys.argv) == 1:
+ parser.print_help()
+ sys.exit(1)
+
+ return args
+
+
+def make_sequence_sample(args, seq_summary):
+ '''
+ create output sequence of required length or larger, save to fasta
+ '''
+ random.seed(args.seed)
+ print(args.seed)
+ selected_seq_id = set()
+ cummulative_length = 0
+ for seq_id in random.sample(seq_summary.id_length.keys(),
+ seq_summary.number_of_sequence):
+ selected_seq_id.add(seq_id)
+ cummulative_length += seq_summary.id_length[seq_id]
+ if cummulative_length >= args.total_length:
+ break
+ print(selected_seq_id)
+ # to make it efficient same orger is necesary
+ selected_seq_id_ordered = [i
+ for i in seq_summary.id_length
+ if i in selected_seq_id]
+ curent_id = selected_seq_id_ordered.pop(0)
+ with open(args.output.name, 'w') as output_seq_file:
+ for seqs in SeqIO.parse(args.input.name, "fasta"):
+ if seqs.id == curent_id:
+ SeqIO.write(seqs, output_seq_file, "fasta")
+ try:
+ curent_id = selected_seq_id_ordered.pop(0)
+ except IndexError:
+ break
+
+
+def main():
+ '''
+ Create sample of longn reads, sample size is defined as total length
+ '''
+ args = get_args()
+ seq_summary = get_sequences_summary(args.input)
+ # check that total length if larger than required sampling
+ if seq_summary.total_length < args.total_length:
+ print("Input sequences total length: ",
+ seq_summary.total_length,
+ file=sys.stderr)
+ print("Required output total length: ",
+ args.total_length,
+ file=sys.stderr)
+ print("Required sequence length is larger than input data, exiting",
+ file=sys.stderr)
+ sys.exit(1)
+
+ make_sequence_sample(args, seq_summary)
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ main()
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/long_reads_sampling.xml Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,30 @@
+
+
+ biopython
+ python3
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f long_reads_sampling.xml.backup
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/long_reads_sampling.xml.backup Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,19 @@
+
+
+ biopython
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f test
diff -r 000000000000 -r dd46956ff61f test-data/read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/read_10k_ALL_oxford_nanopore_sample Fri Dec 08 09:57:17 2017 -0500
@@ -0,0 +1,100000 @@
+>CAM170313_45484_ch382_read3803_1D
+TTGGTTCAGTTGTTACTGCAATTTTGTGGCTGGCAATGGTGCTATGGGTATTCCAGATAGACTTTCCATA
+TTCCTAATAATTCAGGTTCGAATCTCATCCTGTTTCTTCCAGTTTTTGGTTGCAGTGTTCTGGTGACATT
+AAGCCCACATTGGGTAAATGGGTGGTGGTGGTTGGCAAACCGTGTTTGTTCACAATGGGTAATGGGATTT
+GGTTGTGAAGAACCTCCTTGCTCTTGGCGTTGCCTAGCTGTTGCCTCCTCGTCTTCCAGTTTTATGTGAG
+CCTCTTCACAGTTTTCTCTAGTCAGGATCAAAAGAGATACATTGAAGTTTCCTACATAAAAGCGTAAACT
+GCTTCATTAATGAATTACAACCTAGTCAAAATTACAGCTAAAACTTAACAACCAATCACATTTTCAACAG
+TATAATTTAATCCGACTTAGCAGCTTGTTTTAGTGATACAGTTTTTTATTCATAGGTTTTGGCCCCCATA
+GTATCCTAGAAGATTATAGATATGTAAGTTGTGTTTGAATTAATATAACTTAAAAAGAAGTAACACTAGG
+TTTTGGGGTTTTAATCAAGTTATCTTTACGCCCAGTAATTAATTCTGCGGTAAAAGAAATTCATTTTTGA
+TTAATGAGAAATATTCATACGATTGGGTTCAATGATTACACTTGGCATGTTTTTTGGAGTCAAACAATAT
+TACAGCTCTTACCGATGAAATGAAATGTTCACAAAGTCCTCTAGTCAGGTTTCTAGACACCGTGTGGTTT
+GTATTTTGGTCATTGCTTCTGTCTATCAAAAAAGACAGCGTTTCAGTTTCAATATATGAGTAGACAAGAA
+TACTATCTCACAGCTATATGAACAGGTTGGATGAAACTAGATAAAGAATGGTATCTCTAGTCAAATGGCT
+TCAAGGTTTCAATGAAACCAGGTTTTCATCTATATTTGAAAAGAGTTTGCACCAACGAGGGATCTTACAT
+TTACACACAAAGCTTGAGAATCCACTACGTGTTAATAGAATGGAGACTTAGCTACTCGTTTCATTGGTAG
+GTGTGAAGTGAAAAGAGTTGATCCAGGCATCAGTGGTTAATTCAGAGTTGGTTCAGGGGTCCCACTTTCT
+TTTTTACCGTGGAAGTGGTGCTAAGATGAAAAGTAAAGTGAACATAAGAATCTCAAACGTCGCAGCCAAA
+GTATCCAGAGAAGATAAAAATGAAGATTTGGTAAAGTGAGTAACAGAATAAAGAAGTGGCTTTTCTTACT
+TACAGAATCAATCTGGTATGTCGCGTGCTGGTGACGAATAAACCCTTCACTCATGACAAAAAATCGACGT
+AATGCCCTGGCTTCGAAAAGCGTTTTTATGACTGTCTTCTTCTTCTTAAAACAGTCTCACTGAAAGAACT
+AAACAAACCATTTAAAATGAGGATTGAAAATTTTCCCTCAGATACTGTTGAGGAACTGTTCAGGCCTCTT
+CAACAGTGTCACGACCTCTTTCACTAACTGATTTGAATTGTACCGCTTGTCAGTTAACTGGCAGACAGTA
+TTATTCTTCTTGGACACTGGCAGAATTCCTTTGAAGGTTTTACCTCATAAATCTCTGAGGCAGAATCAAT
+GCTTGTTTGCTTTGGTTTCACACCAAATTTTGTTGTGTCTTATTCTCAATTATAATTTCATACCTTTCAC
+CTGTCTTACCTCAAAAGTACCAAGAAGCTGTTTATCGTGTCATTTCATATAAAATGAATGTAGTTGATTA
+CATTAGCAAAGATATAAAAGAGTAGAAGATACCCCTTACTGTTAGCTTCAAATCAACACTTTTGATCTCA
+ACGATCCTTCCGGTTTCCAGTTCAATTTGAATCTTGAGAAATGAACACCCTGAACGGATCTTCAGATTCA
+TTTGAATCCTTTGACCAGTACTAAGTCCTTCAGTCTCTCCGTTTGGATCTGTTGCCATTGCAAAACCAAT
+TCTTGTTCCTTGGAAGGAGCTGTATGACTTCATGTGTAACGATATGATGTACTTAATCTGAAATCGTACT
+CACGCAGTAGCAAAAAATCATGGGGAAGCAAGAACTTCAGTGAGAAACAGAGATCGTATATTGATGTAGA
+TATGAGGGGAATCGTCCATCTGGTTGTCATTACCAAAATGGAAATTAATTTGCCCCAGAAAGTTGAGCCT
+TCTTGGGAAATTCAACTTCTTGGAAACTTTGTTGAACTCCTGTGAGGAATCATGAGGCTGCTAGGAGAAA
+TGTGGGAAGCAGGCCTTCATTTGGGGTGTCTCAGAACTTACTAAATGTCCCTCGGCTTCAGTTCATAATC
+CATTAAAATGTCTACGGGATGAGATGGGTGCAGGCATACCCCTCTGTAGTGCAGTTGTCAACCCACTCCT
+TGCTGGAATCTGATCGTGTCCAAGGATATACACAATGGATCATGGCTTCCATTTGAAGGCCTTCTCTGAG
+AGACACATCCTTGCTTGGGATGAGACCATGACTTGGCATCAGTTCTGTGACTTCAGTAAAAAATACAAGG
+AATTTCCATAGGTTTGAAATCGTTTAAGTTAAATAATTTAAGTGGTTTTCTGTCAAGAATCATCAGCCAT
+AATTACTCATTCCATATAAGAATATGTTTTATCAAAAATTGAGTTTTTGCAATGGCTGATAAATGAAATA
+AAGGGCTCTTGGGATATTCGAAGCTCTGTTTGGGAGAACTTTGAAGACATGGTAGAGGAATGAAGAGGCA
+GTCACCGAAAAGTGAATGTATAAAAATTCTCTAAACTGTCGGATCAGGTCCCAGCAGGTTTGATACTTCT
+GTTTAATGCTCTCAAAGGGCAGCTCACTTATCCACTTTGCAGTGGATGGGTCAGTCTTTAACATGAGGTT
+CAGATAGTGGTGATATATGTGATGGAACTGGATCGTCATTAAACCTTCACTAACTTTGCTGGTCCAGCCC
+GCAGGTTTTCAATCACAGGATACCCATTTTGTCCCGGGCCTTCTTTTGAGGTTTAAATCAGGTGTACACT
+CACTATCCTGTTTTTTGCAGACCTCTGCCATTCTTTTTTTTTTAGGTTTAGTAGGATGCCTTTTTTTTTT
+TGCAGTTCTTCCTTTTCCTGGTCAGTTGAATTCTATTTATAAATATTTTTTAATAAAATTGATTCATGAG
+GCGGTCTCCATCATGGTTGTGTATCAAAACTCATGCCAAAATCTTTAACTTTGGACCACACCTCGTTCCG
+GGTATGGCTGCCCTAAGTCTGTGTGGAGAAATACATTTAATTCCGACTTGTCCCCAGAGGCGCACTGGAG
+AAGGCCAAGTAACAGCTGGTGTCTCGGCCAAAGTGCGTCGATTCTGGGTACGTTCAGCGCCGCTGTCATC
+GAACAGGTAAACCAAAACATCAGCCAATTGGTTTCTGTTCAAAGAGGACAATCGCCTGTTCATGGGTTGG
+GTGGTGAGGTCATACCATTTCCGTTGGTTTGATTGGTGACCAAAAGTTTGAATAAAGTACTCCATCGGGG
+TTTCATCTGCTATTTCCTGGAGTCAGCCAGGATACAAGCTTGTTATTGACTATTTATTTAGGTACGAGGA
+AAAGTTAATTTCCGGCACCAAATGCCAGCAGGCCCCCTTCGTTAAGCAGTCAACTATACCCAAACTCCCG
+CGACCGTGACGGTTGTTATCGGCTTAGCATCATGACTTACATTTGATTCAGGATTCAGGGCCTCTCCGGG
+GTGGTTCCTCTCAATCTTTCGTTGAGAAGCAGCGTGTCCTCGCATCGGAAAGTCAGCCTCTTGGTTGGTA
+GCTAATCAGTTGCTTTGCATGCAAGACAAGAACCTTTACTGAAATGGCTTTTTTTTATGAAGTGTATTTG
+GATATACTCTGTGGTATAGACATACTAAATAGCCTTTGGTGAGTGATGACTTTCAAAAATACTTCTGGTG
+GATATTTTGATCTCCTTCAGGCCAGAACCATTAATGGTCTTACGCCTCATCTGTAGGTAGTGAGCAATAG
+CGGGCAAATTTTCTAGGCAATGGGTATCTGTTCTGATTGGTGGCTTTTATTTCGAGTAGTATAATTGCAG
+CCACTCTTTTGTTGACTCGATCATCTTGGGCTGAACGCAGCCAGTAGCATAACCGAGTCAGTACGTCCAT
+GGTCTTTCTACTCTCAGGCTGGGGCTGCTTTGATCTTGGTCTCTTTCTTGTTCATCCTGGTACCGGTGTT
+GGCGGTCTGAAGTCACCTCCGTCAGGTGTAATAAGCTGGATCTCAACAACCAATCATTCTTATAGACAAT
+TCTGTAATCTTTCTATTTTACCTTCGAGCGATGGTGGATTCTTCGATCTATACCAAGCCATTAGCGTCTG
+TAGATTCAACGGTTCGGTCTAAAGGTGTTGATGGAGTCATTGCTTTTCCATAGAATGATTTTTTTTGAAA
+AGGAAAAAGCGAAAAAACGTACATTTTTTTTGTAAAAGGTAAAAAAAAGCTGAAAAGAAAGACTTAAATT
+GTTTAAAAGCGATCTTTATTGAATGATAAAATAAGATGGCGATACCAACTAAACCGGATGTACTACCGAT
+GGTAAGATTACACTTGGGCAGATAATTTATTATGCATGTAAACCAAGGAAAACTGATAAAATCCTCTTTT
+CGATTAAATTGGCGGACGACTTTTTTGGGCGAATGGTGTTGAGCTTTTTTATCGGGTTCGCTGAATCAAT
+CCTCGATCAATTCGTATTTTCCATCGCCAAAGAAGCTTTGGCCGTTGTAGGGAGAAACAAACCCCAGGTT
+GGAAAATGCGAACTGATATTACAGGACTACCCGGTCTTCTGATCCAAACTTATCTTCTTTGATGGTAATC
+TCATTGCCCCGGCCGGGCATTCTGACAACCGCCCAAATGAACTGGCTGTATGTAAGAAGAGATAAAGTCT
+GGCTCCCGGGTGTGAAACTTTGGGCGTCATTGATGGTTTAGTACGGCGACATCTCGGCCCATCTGGCCAT
+CATCTCTACAAATGCAAACCAGTGCGGCTAACAATCCTCTTAACACACTCAGACAGCGATCCGTTCCGTT
+CATGTTGAATGGTGGGGGATGAAACGCATTTTGGCCTGAATCAGGGCATTTAACGTGATGGTATGGCAGT
+GGATATATCTTTTTGCAAGATGCTCTTCAGACCTGCAGTTAATCTTCAGCTGGCGTCAACCGGCCAAGGC
+GAGCTCTACAGTATGAAAACCTAAACTGAGTTACGCTTGGCCTCGGGGTTGATCTTGCCATATGATCAAA
+CTTCATTGGGCTTTCTTTGGAAGAACATTGGAGAAAGAGCCTCAATAAACATGGAAGCTTATCTTGCTTG
+CACTCCAATTGTGACCGAGCTTCATTGCTGATTCACGCCCTCGGGCGTCAGATTGAATTATCAGGGTGAA
+ACCAGCCAGGCTAACGTTTATGATAAAACCATTTGGATACGGGTCTCAGGTGGAACATAAGGCCATATTA
+AGTGCGGGAGGTACTCCTCGCCTCGCGAGAACAGCCATGGTGAGAATGGAATCTTTGGCAGGGGGTCTCG
+GTTGACTACAGCGGTCTTTCTTGTCATCCTGGCCTTCGTGCTTTCCTTCACCAGAATCACGTCGCCGGAG
+GATCACCTGGTGGCCTTCTTACGAGCGGATGCGTTTCCCTTTATTTTGCCTAAACTGAGTATTCGCGTAA
+TGCTGATGGTTGATAGTCATGCTGGTGACCCTGCGTATCGACGTATCCTCTGGGTGAACTTCTGATGTGA
+TATATTCTTAATTAACTGCACTGGCGATGTATTACCGGTGCAGGGATGTATCTTTCTCCTCAGACGGTCA
+TTGCAGCGGTGATTAAGTTAACCAAAGAAATTCGTTGTTTGTGATGGTCAGTGTTTCAGTCGTTCGCGTT
+CGCCTTTCAGGAAATATTATTGTTGGGCGGAGTCTCAGAGACATATCGCTACTGGGAATAAAATGCATTG
+TTATGTTTTCTTCACCGGATGAATTTCATTAGTGAAGTTCAGCCTTCATCTATGTTGATACCCTTCTCAA
+AAGCTAATCCGTCGTTTTGACAGCCGATTTGGTTATATCCGCGGCGCTTCGAGTGGTCTTTCGCCACGAT
+AGCTGAAGTCTTCACCTCCATCCGCTAAACAAGTTCCGGTTTCCATATCATGACATTAAACTCCTCGCCC
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+TTTTAAGGCGCTGATGCCACATGACATGGGCGGGTGAACAGATTGAAAGCCGCGTTGGCATATCAGGCAA
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+ACGATTCTTT
+>CAM170313_45484_ch386_read5441_1D
+TCAAAATGCATTTTCAATACATGATTAATTTGGTTGTCTATCTTAAATCGAATATCTACCGATCTAATCC
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+>CAM170313_45484_ch430_read2707_1D
+AATTGTACGTTCAGTTGCATTATTTACTGAGGTGCTTGGTTAGGCTGGCTAATTTTAAGAATTATTCAGC
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