# HG changeset patch # User petr-novak # Date 1574427408 18000 # Node ID 378565f5a875202b64d90741527be1d45334fd97 # Parent d397f5a854649890ca0c23a56724fc87fc312842 Uploaded diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 ChipSeqRatioAnalysis.R --- a/ChipSeqRatioAnalysis.R Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/ChipSeqRatioAnalysis.R Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -3,82 +3,28 @@ library(base64enc, quietly=T) -htmlheader=" - +htmlheader= +" ChIP-Seq Mapper Output - +table { + border-collapse: collapse; + border: 1px solid black; + width: 1000pt +} +table, th, td { + border: 1px solid black; +} + - - " + + + +" #arguments @@ -97,21 +43,20 @@ df$"Ratio Chip/(Chip+Input)"=df$Chip_Hits/(df$Chip_Hits + df$Input_Hits) df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)"=(df$Chip_Hits/chipN)/((df$Input_Hits/inputN)+(df$Chip_Hits/chipN)) -outputTable = df[df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)" > threshld,] -outputTable = outputTable[!is.na(outputTable$Cluster),] +outputTable = df[df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)" > threshld, + ] +outputTable = outputTable[!is.na(outputTable$Cluster), + c('Cluster', 'Chip_Hits', 'Input_Hits', + 'Normalized ratio Chip/Input','Normalized ratio Chip/(Chip+Input)')] save.image("tmp.RData") #Plot creation pngfile <- tempfile() png(pngfile, width = 1000, height = 1200, pointsize=20) -par(mfrow=c(3,1)) +par(mfrow=c(2,1)) lims=range(df$"Normalized ratio Chip/Input"[df$"Normalized ratio Chip/Input">0], finite = TRUE) suppressWarnings(plot(df$Cluster,df$"Normalized ratio Chip/Input", log="y", xlab="Cluster Nr.", ylab="Normalized ChiP/Seq ratio", pch=20, ylim=lims)) abline(h=1,col='#00000080', lwd = 2) abline(h=2,col='#FF000080', lwd = 2) -lims=range(df$"Normalized ratio Chip/Input", finite = TRUE) -suppressWarnings(plot(df$Cluster,df$"Normalized ratio Chip/Input", xlab="Cluster Nr.", ylab="Normalize ChiP/Seq ratio", pch=20, ylim=lims)) -abline(h=1,col='#00000080', lwd = 2) -abline(h=2,col='#FF000080', lwd = 2) suppressWarnings(plot(df$Cluster,df$"Normalized ratio Chip/(Chip+Input)", xlab="Cluster Nr.", ylab="Normalized Chip/(Chip+Input)", pch=20)) abline(h=0.5,col='#00000080', lwd = 2) @@ -133,7 +78,8 @@ HTML(graph, file=filename) if (nrow(outputTable)>0){ - HTML(outputTable, file=filename, classtable = "dataframe", row.names=FALSE, Align='left') + HTML(outputTable, file=filename, classtable = "dataframe", + row.names=FALSE, align='left', caption="Clusters with Normalized ChIP/Input ratio > 2", captionalign="top") } HTMLEndFile(filename) file.rename(from=filename, to=HTMLfile) diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 ChipSeqRatioReport --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/ChipSeqRatioReport Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -0,0 +1,265 @@ + + + + ChIP-Seq Mapper Output + + + + + +

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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
Cluster Chip_Hits Input_Hits Ratio Chip/Input Normalized ratio Chip/Input Ratio Chip/(Chip+Input) Normalized ratio Chip/(Chip+Input)
73 + 5171 + 91 + 56.8 + 56.8 +0.98 +0.98 +
112 +15274 +240 + 63.6 + 63.6 +0.98 +0.98 +
160 + 1 + 0 + Inf + Inf +1.00 +1.00 +
168 + 1306 + 25 + 52.2 + 52.2 +0.98 +0.98 +
208 + 3134 + 25 +125.4 +125.4 +0.99 +0.99 +
213 + 1 + 0 + Inf + Inf +1.00 +1.00 +
225 + 409 + 1 +409.0 +409.0 +1.00 +1.00 +
236 + 4638 + 55 + 84.3 + 84.3 +0.99 +0.99 +
250 + 1 + 0 + Inf + Inf +1.00 +1.00 +
294 + 11 + 5 + 2.2 + 2.2 +0.69 +0.69 +
+
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+ +

+ + Generated on: Fri Nov 22 12:59:10 2019 - R2HTML +
+ + \ No newline at end of file diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 fasta_tmp_single diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 paired_fastq_filtering.R --- a/paired_fastq_filtering.R Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/paired_fastq_filtering.R Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -75,7 +75,7 @@ make_option(c("-C", "--cutadapt_options"), action = "store", type = "character", help = "file specifying cutadapt options", default = NULL), make_option(c("-j", "--chunk_size"), action = "store", type = "numeric", help = "Number of sequences processed in single step. This option affect speed of processing and memory usage [default %default]", - default = 1e+06), + default = 1000000), make_option(c('-F', '--filter_seq'),action='store',type='character',help='file specifying sequences for filtering (e.g. plastid DNA)',default=NULL) ) @@ -241,16 +241,24 @@ number_of_chunks = round(n1/CHUNK_SIZE) +## adjust chunk size to make last chunk of the same size is all other +## this is to avoid small last chunk +CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks) + if (number_of_chunks == 0) { CHUNK_SIZE = n1 number_of_chunks = 1 } if (!is.null(opt$sample_size)) { - sample_size_in_chunk = opt$sample_size/number_of_chunks + sample_size_in_chunk = round(opt$sample_size/number_of_chunks) + n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks } else { - sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE + sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE + n_missing = 0 } +cat("number chunks ", number_of_chunks, "\n") +cat("chunks size ", CHUNK_SIZE, "\n") # adjust the chunk size to get exact count of sequences: CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks) F_id = ifelse(opt$rename, "/1", "1") @@ -263,11 +271,14 @@ nucleotideFrequenciesForward = nucleotideFrequenciesReverse = matrix(0) while (TRUE) { chunk = chunk + 1 + cat("chunk number ", chunk, "\n") fq1 <- yield(f1) fq2 <- yield(f2) if (length(fq1) == 0) { break } + cat("chunk number ", chunk, " imported\n") + cat("chunk size", length(fq1), "\n") ## rename chunk_id = sprintf(paste0("%0", round(log10(number_of_chunks)) + 1, "d"), chunk) cat("chunk id ", chunk_id, "\n") @@ -341,7 +352,7 @@ - # remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA) + ## remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA) if (!is.null(opt$filter_seq)){ blast_results1 = megablast(fqF1, database=opt$filter_seq) blast_results2 = megablast(fqF2, database=opt$filter_seq) @@ -374,8 +385,9 @@ fqF2@id = BStringSet(paste0(id(fqF2), R_id)) - if (sum(inc1) > sample_size_in_chunk) { - smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk)) + if (sum(inc1) > (sample_size_in_chunk + n_missing)) { + smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk + n_missing)) + n_missing = 0 ## this was to correct rounding error writeFun(fqF1[inc1][smp], file = f1out, mode = "a") writeFun(fqF2[inc2][smp], file = f2out, mode = "a") nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[inc1][smp])) diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 paired_fastq_filtering.xml --- a/paired_fastq_filtering.xml Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/paired_fastq_filtering.xml Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -1,4 +1,7 @@ + + + Preprocessing of paired reads fastq files including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and interlacing. Broken diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 single_fastq_filtering.R --- a/single_fastq_filtering.R Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/single_fastq_filtering.R Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -201,25 +201,25 @@ number_of_chunks=round(n1/CHUNK_SIZE) +CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks) + if (number_of_chunks==0){ CHUNK_SIZE=n1 number_of_chunks=1 } if (!is.null(opt$sample_size)){ - sample_size_in_chunk=opt$sample_size/number_of_chunks + sample_size_in_chunk=round(opt$sample_size/number_of_chunks) + n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks }else{ sample_size_in_chunk=CHUNK_SIZE + n_missing = 0 } # adjust the chunk size to get exact count of sequences: CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks) save.image("tmp.RData") -print("--------------------------------") -print (sample_size_in_chunk) -print (opt$sample_size) -print (CHUNK_SIZE) -print("--------------------------------") + f1 <- FastqStreamer(opt$fastqA, CHUNK_SIZE) total=0 nucleotideFrequenciesForward = matrix(0) @@ -291,8 +291,9 @@ # filter complete pairs again: # create new id - last character must differentiate pair - for interlacig - if (length(fqF1)>sample_size_in_chunk){ - smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk)) + if (length(fqF1)>(sample_size_in_chunk + n_missing)){ + smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk + n_missing)) + n_missing = 0 writeFun(fqF1[smp],file=f1out,mode='a') nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[smp])) diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 single_fastq_filtering.xml --- a/single_fastq_filtering.xml Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/single_fastq_filtering.xml Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -1,4 +1,7 @@ + + + Preprocessing of fastq files including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and sampling diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz Binary file test_data/ERR215189_1_part.fastq.gz has changed diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz Binary file test_data/ERR215189_2_part.fastq.gz has changed diff -r d397f5a85464 -r 378565f5a875 test_data/seq_C_10k --- a/test_data/seq_C_10k Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,30000 +0,0 @@ ->2000001 -GTTTATCTGATTTGGCATGAGTATTTCATGGTGTACAATGCATTTGATGTATCTGAGAAT -TCTCTTAGCTACAAGTATAAATTGTATGATCTTGGTTCCT ->2000002 -TGATCTACCAAATTATCTAATGAGGCTTTATAGAAGCTAGCATATAGGAAGAAGATATTG -TTTCCTGAGAGATCTAGTTGGCAAGATCGGAAGAGCACAC ->2000003 -GTTCAATATGGTGAAGTATTGATATTTCTTTTCATCAATACCGTGAGGTATTGATCTTTC -TTTTTCTTCAAAACCGTGAAGTATTGATCTTCCCTAGATC ->2000004 -TGCAACACTAGATCTTTTACTTGTCATATTGCGGGCTTATTAAGCAGATAGATGGAGGAA -CCAAGATCATACAATTTATAGTTTGAGCTAAAAGATTCCT ->2000005 -CTTTTTGGTTTATTACGGTTTTGGATTTTGCTTACACGGGATTGACCTTTCAACGACTCA -TGTTATGTAATGTAGTTCTTTGTTCATCGAGTACTGGACC ->2000006 -GAATATTGGAAGACTGAGCTACAACTTGCAGATTTTCTAACCAAGCCATCAAAGAAAACA -AGACTTGAGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGAC ->2000007 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-CATGTAACATTTTTTCAGGCGGGAATTTAATTAAAGTGGC ->2000016 -GAGTTTTTGAAAGGATCAATCCTTATCTACCAAAGACTCAACCATAAAGAAGAAGTTGCA -GAGAAAAGAAGTGCTTTACATACTATGAGTAGTTGAAGCG ->2000017 -GAGCCCAATTCCTATATTCCGATGAAGCTCTTCATTAGAGCTTTAATTGGAAGAGCTAAG -ACTCATCCTCTCTCTCAACACAGATAAAAAACCACACATT ->2000018 -CTCTTTTTAACCTTTGTAACACATTCACGTCATTCCAATAAACATTATTTTTACCTTGAT -TTCAGTCTAAGACATTATAAATTCCATGGAGTCTGTAAAA ->2000019 -ACTAAATGAAGAAAAGAAACTACATTACACAACATGAGTAGTTGAAAGGGCCAACCCTTG -TTAATTAAAGACTTAAGCCTAGTAAACCAAAAACAGAGAA ->2000020 -CCATTCATCAAGCTACGGTACATACTTTGACTTAGCTTATAGGTAAATTCATCAAGGTAA -CGTAGATATTTTGACTTAGTGTAAGGTCGAATCCTCAACG ->2000021 -CGTCAAAAAATGTACATTTCAACTACTCAAACTATGTAATGTACTTTCAATCCTCTTTAT -TTGTTTTCTTATTGTTAAGTCTTTGATCAACATCGGTCAG ->2000022 -GTGATTAGGGATTTCGTCGACAAGGAAGAGACGTTTCAACTAATAAAATTATGTAAGTCA -CTTATTTTCTCTTCATTTGCTTCTTTAAGTTTGAGTCTCT ->2000023 -TACTTAGAGTTAAGAAAATTCTCACATACATCAAATGCACTCTAGACCCTGAAATACTCA -TGCCAAATCTGATAAACTCAAGAAGGGAAGCAAATGCATC ->2000024 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