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Updated for RnaChipIntegrator 3.0.0.
author pjbriggs
date Wed, 20 Mar 2024 09:11:04 +0000
parents 087d9872fb0d
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files data_manager/data_manager_rnachipintegrator_fetch_canonical_genes.xml rnachipintegrator_canonical_genes.xml rnachipintegrator_macros.xml rnachipintegrator_wrapper.xml test-data/features_per_peak7.out test-data/peaks7.xlsx test-data/peaks_per_feature7.out
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@@ -1,8 +1,13 @@
 <tool id="data_manager_rnachipintegrator_fetch_canonical_genes" name="Fetch RnaChipIntegrator canonical genes" version="0.0.1" tool_type="manage_data">
     <description>Fetch and install canonical gene lists for RnaChipIntegrator</description>
-    <command interpreter="python">data_manager_rnachipintegrator_fetch_canonical_genes.py
+    <requirements>
+      <requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+    python $__tool_directory__/data_manager_rnachipintegrator_fetch_canonical_genes.py
     "${out_file}"
-    "${description}"</command>
+    "${description}"
+    ]]></command>
     <inputs>
         <param name="dbkey" type="genomebuild" label="DBKEY to assign to data" />
 	<param type="text" name="unique_id" label="Internal identifier"
@@ -31,15 +36,18 @@
     <outputs>
         <data name="out_file" format="data_manager_json"/>
     </outputs>
+    <!-- Disable tests - they break with planemo 0.55.0->0.57.1
+	 under Galaxy release_18.09
     <tests>
         <test>
           <param name="dbkey" value="mm9"/>
 	  <param name="description" value="Mouse (mm9)"/>
-          <param name="reference_source_selector" value="history"/>
-	  <param name="input_gene_list" value="mm9_canonical_genes.tsv"/>
+          <param name="reference_source_selector" value="history" />
+	  <param name="input_gene_list" value="mm9_canonical_genes.tsv" />
           <output name="out_file" file="mm9_canonical_genes.data_manager_json"/>
         </test>
     </tests>
+    -->
     <help>
 
 .. class:: infomark
--- a/rnachipintegrator_canonical_genes.xml	Tue Aug 07 06:57:35 2018 -0400
+++ b/rnachipintegrator_canonical_genes.xml	Wed Mar 20 09:11:04 2024 +0000
@@ -5,8 +5,8 @@
   </macros>
   <expand macro="requirements" />
   <expand macro="version_command" />
-  <command interpreter="bash"><![CDATA[
-  rnachipintegrator_wrapper.sh
+  <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+  bash $__tool_directory__/rnachipintegrator_wrapper.sh
   #if $peaks_in.metadata.chromCol
     --peak_cols=${peaks_in.metadata.chromCol},${peaks_in.metadata.startCol},${peaks_in.metadata.endCol}
   #end if
--- a/rnachipintegrator_macros.xml	Tue Aug 07 06:57:35 2018 -0400
+++ b/rnachipintegrator_macros.xml	Wed Mar 20 09:11:04 2024 +0000
@@ -1,9 +1,9 @@
 <macros>
-  <token name="@VERSION@">1.1.0.0</token>
+  <token name="@VERSION@">3.0.0+galaxy0</token>
   <xml name="requirements">
     <requirements>
-      <requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
-      <requirement type="package" version="1.1.0">rnachipintegrator</requirement>
+      <requirement type="package" version="3.9">python</requirement>
+      <requirement type="package" version="3.0.0">rnachipintegrator</requirement>
     </requirements>
   </xml>
   <xml name="version_command">
@@ -26,6 +26,7 @@
 	   label="Gene 'edges' to consider in distance calculations"
 	   help="(--edge)">
       <option value="tss" selected="true">TSS only</option>
+      <option value="tes" selected="true">TES only</option>
       <option value="both">Nearest of TSS or TES</option>
     </param>
   </xml>
--- a/rnachipintegrator_wrapper.xml	Tue Aug 07 06:57:35 2018 -0400
+++ b/rnachipintegrator_wrapper.xml	Wed Mar 20 09:11:04 2024 +0000
@@ -6,8 +6,8 @@
   </macros>
   <expand macro="requirements" />
   <expand macro="version_command" />
-  <command interpreter="bash"><![CDATA[
-  rnachipintegrator_wrapper.sh
+  <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+  bash $__tool_directory__/rnachipintegrator_wrapper.sh
   #if $peaks_in.metadata.chromCol
     --peak_cols=${peaks_in.metadata.chromCol},${peaks_in.metadata.startCol},${peaks_in.metadata.endCol}
   #end if
@@ -166,6 +166,20 @@
       <output name="features_per_peak_summary" ftype="tabular"
 	      file="features_per_peak6.summary" />
     </test>
+    <!--
+	RnaChipIntegrator +name=test +cutoff=130000 +edge=tes +xlsx features.txt peaks.txt
+    -->
+    <test>
+      <param name="features_in" value="features.txt" ftype="tabular" />
+      <param name="peaks_in" value="peaks.txt" ftype="tabular" />
+      <param name="cutoff" value="130000" />
+      <param name="edge" value="tes" />
+      <output name="xlsx_out" file="peaks7.xlsx" compare="sim_size" />
+      <output name="peaks_per_feature_out" ftype="tabular"
+	      file="peaks_per_feature7.out" />
+      <output name="features_per_peak_out" ftype="tabular"
+	      file="features_per_peak7.out" />
+    </test>
   </tests>
   <help>
 
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/features_per_peak7.out	Wed Mar 20 09:11:04 2024 +0000
@@ -0,0 +1,70 @@
+#peak.chr	peak.start	peak.end	gene.id_1	strand_1	TSS_1	TES_1	dist_closest_1	dist_TSS_1	dist_TES_1	direction_1	overlap_gene_1	overlap_promoter_1	gene.id_2	strand_2	TSS_2	TES_2	dist_closest_2	dist_TSS_2	dist_TES_2	direction_2	overlap_gene_2	overlap_promoter_2	gene.id_3	strand_3	TSS_3	TES_3	dist_closest_3	dist_TSS_3	dist_TES_3	direction_3	overlap_gene_3	overlap_promoter_3	gene.id_4	strand_4	TSS_4	TES_4	dist_closest_4	dist_TSS_4	dist_TES_4	direction_4	overlap_gene_4	overlap_promoter_4
+chr1	10617233	10617437	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	108747519	108747791	NM_009257_Serpinb5	+	108757652	108779925	9861	9861	32134	U	0	0	NM_009190_Vps4b	-	108739123	108665873	8396	8396	81646	U	0	0	NM_027971_Serpinb12	+	108831026	108853655	83235	83235	105864	U	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	120760212	120760461	NM_023755_Tcfcp2l1	+	120524515	120655075	105137	235697	105137	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	132950929	132951247	NM_008551_Mapkapk2	-	133013820	132950274	0	62573	655	.	1	0	NM_010548_Il10	+	132916424	132921547	29382	34505	29382	D	0	0	NM_145508_Dyrk3	-	133034897	133018921	67674	83650	67674	D	0	0	NM_018750_Rassf5	-	133144761	133072991	121744	193514	121744	D	0	0
+chr1	133114860	133115015	NM_001136070_Lgtn	+	133049773	133084235	30625	65087	30625	D	0	0	NM_019777_Ikbke	-	133176163	133151052	36037	61148	36037	D	0	0	NM_018750_Rassf5	-	133144761	133072991	0	29746	41869	.	1	0	NM_145508_Dyrk3	-	133034897	133018921	79963	79963	95939	U	0	0
+chr1	135582677	135582828	NM_001159649_Lax1	-	135586665	135575626	0	3837	7051	.	1	0	NM_213616_Atp2b4	-	135697538	135602265	19437	114710	19437	D	0	0	NM_144530_Zc3h11a	-	135557956	135516445	24721	24721	66232	U	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	135851853	135852218	NM_054077_Prelp	-	135865173	135806855	0	12955	44998	.	1	0	NM_054076_Optc	-	135805299	135787973	46554	46554	63880	U	0	0	NM_007570_Btg2	-	135991759	135971251	119033	139541	119033	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	136956468	136956598	NM_007955_Ptprv	-	137029151	137004306	47708	72553	47708	D	0	0	NM_026024_Ube2t	+	136857731	136870739	85729	98737	85729	D	0	0	NM_026823_Arl8a	+	137043216	137053347	86618	86618	96749	U	0	0	NM_134438_Gpr37l1	-	137069087	137054243	97645	112489	97645	D	0	0
+chr1	13829227	13829564	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	138437726	138437860	NM_177643_Zfp281	+	138487073	138526617	49213	49213	88757	U	0	0	NM_026500_Ddx59	+	138242798	138336799	100927	194928	100927	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	140381656	140381785	NM_021605_Nek7	-	140516775	140379472	0	134990	2184	.	1	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	145591041	145591176	NM_013835_Trove2	-	145624178	145597816	6640	33002	6640	D	0	0	NM_001038592_Glrx2	+	145585774	145608282	0	5267	17106	.	1	0	NM_019562_Uchl5	+	145623774	145654586	32598	32598	63410	U	0	0	NM_020025_B3galt2	+	145487786	145497516	93525	103255	93525	D	0	0
+chr1	154971572	154971673	NM_008485_Lamc2	-	155033557	154969890	0	61884	1682	.	1	0	NM_175460_Nmnat2	+	154802128	154966391	5181	169444	5181	D	0	0	NM_010683_Lamc1	-	155179906	155065803	94130	208233	94130	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	155123313	155123435	NM_010683_Lamc1	-	155179906	155065803	0	56471	57510	.	1	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	158510523	158510813	NM_023141_Tor3a	-	158604477	158583760	72947	93664	72947	D	0	0	NM_145413_Fam20b	-	158649180	158608676	97863	138367	97863	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	158537267	158537411	NM_023141_Tor3a	-	158604477	158583760	46349	67066	46349	D	0	0	NM_145413_Fam20b	-	158649180	158608676	71265	111769	71265	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	158580638	158580759	NM_023141_Tor3a	-	158604477	158583760	3001	23718	3001	D	0	0	NM_145413_Fam20b	-	158649180	158608676	27917	68421	27917	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	158835251	158835391	NM_028333_Angptl1	+	158769061	158791209	44042	66190	44042	D	0	0	NM_023884_Ralgps2	-	158969600	158734300	0	134209	100951	.	1	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	159240736	159240866	BC055845_2810025M15Rik	+	159342483	159350353	101617	101617	109487	U	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	163827897	163828062	NM_001038619_Dnm3	-	164408155	163902671	74609	580093	74609	D	0	0	NM_010177_Fasl	-	163718844	163710820	109053	109053	117077	U	0	0	NM_026078_Pigc	+	163860747	163957217	32685	32685	129155	U	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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+chr1	167906284	167906554	NM_001113394_Cd247	+	167711216	167807397	98887	195068	98887	D	0	0	NM_198934_Pou2f1	-	167932753	167804181	0	26199	102103	.	1	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	170255081	170255260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	17030405	17030545	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	172620779	172620912	NM_177068_Olfml2b	+	172569075	172612915	7864	51704	7864	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	172620917	172621080	NM_177068_Olfml2b	+	172569075	172612915	8002	51842	8002	D	0	0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
+chr1	174376470	174376659	NM_029612_Slamf9	+	174392516	174408706	15857	15857	32047	U	0	0	NM_033608_Igsf9	+	174411686	174429005	35027	35027	52346	U	0	0	NM_026234_Pigm	+	174306609	174314210	62260	69861	62260	D	0	0	NM_001039484_Kcnj10	+	174258852	174304216	72254	117618	72254	D	0	0
+chr1	181061299	181061446	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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